Rodrigo de Oliveira Almeida

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• ALMEIDA, R. O. ; DA SILVA, RICHARDSON BARBOSA GOMES ; Simões, Danilo . Harvester Maintenance Prediction Tool: Machine Learning Model Based on Mechanical Features. Agriengineering , v. 7, p. 97, 2025.

• ALMEIDA, RODRIGO OLIVEIRA ; DA SILVA, RICHARDSON BARBOSA GOMES ; Simões, Danilo . Cut-to-Length Harvesting Prediction Tool: Machine Learning Model Based on Harvest and Weather Features. Forests , v. 15, p. 1398, 2024.

• LEAL, R. D. ; da SILVA, T. ; NICODEMO, A. C. ; ALMEIDA, R.O. ; MUNIS, R. A. ; da SILVA, R. B. G. ; SIMOES, D. . Harvesters? productivity prediction in Brazilian Eucalyptus plantations: development of a model from machine learning. International Journal of Forest Engineering , v. 35, p. 1, 2024.

• WOLF, IVAN RODRIGO ; MARQUES, LUCAS FARINAZZO ; DE ALMEIDA, LAUANA FOGAÇA ; LÁZARI, LUCAS CARDOSO ; DE MORAES, LEONARDO NAZÁRIO ; CARDOSO, LUIZ HENRIQUE ; ALVES, CAMILA CRISTINA DE OLIVEIRA ; NAKAJIMA, RAFAEL TAKAHIRO ; SCHNEPPER, AMANDA PIVETA ; GOLIM, MARJORIE DE ASSIS ; CATALDI, THAIS REGIANI ; NIJLAND, JEROEN G. ; PINTO, CAMILA MOREIRA ; FIORETTO, MATHEUS NAIA ; ALMEIDA, RODRIGO OLIVEIRA ; DRIESSEN, ARNOLD J. M. ; SIM'ES, RAFAEL PLANA ; LABATE, MÔNICA VENEZIANO ; GROTTO, REJANE MARIA TOMMASINI ; LABATE, CARLOS ALBERTO ; et.al . Integrative Analysis of the Ethanol Tolerance of Saccharomyces cerevisiae. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , v. 24, p. 5646, 2023.

• ZAIOSC SIMMI, FRANCINE ; JOSÉ DALLAGNOL, LEANDRO ; OLIVEIRA ALMEIDA, RODRIGO ; DA ROSA DORNELES, KEILOR ; MAIA SOUZA, GUSTAVO . Barley systemic bioelectrical changes detect pathogenic infection days before the first disease symptoms. COMPUTERS AND ELECTRONICS IN AGRICULTURE , v. 209, p. 107832, 2023.

• MUNIS, R. A. ; ALMEIDA, R.O. ; CAMARGO, D. A. ; da SILVA, R. B. G. ; WOJCIECHOWSKI, J. ; SIMOES, D. . Tactical Forwarder Planning: A Data-Driven Approach for Timber Forwarding. Forests , v. 14, p. 1782, 2023.

• MUNIS, R. A. ; ALMEIDA, R. O. ; CAMARGO, D. A. ; da SILVA, R. B. G. ; WOJCIECHOWSKI, J. ; SIMOES, D. . Machine Learning Methods to Estimate Productivity of Harvesters: Mechanized Timber Harvesting in Brazi. Forests , v. 13, p. 1068, 2022.

• ALMEIDA, R.O. ; MUNIS, R. A. ; CAMARGO, D. A. ; da SILVA, T. ; SASSO JUNIOR, V. A. ; SIMOES, D. . Prediction of Road Transport of Wood in Uruguay: Approach with Machine Learning. Forests , v. 13, p. 1, 2022.

• ALMEIDA, RODRIGO OLIVEIRA ; DA SILVA, SARAH SANTOS ; CUNHA, ANA CATARINA MONTEIRO CARVALHO MORI DA . Micropropagation of Dalbergia nigra, an endangered Brazilian forest tree. REVISTA AGROGEOAMBIENTAL , v. 12, p. 9-18, 2021.

• DE OLIVEIRA ALMEIDA, RODRIGO ; VALENTE, GUILHERME TARGINO . Predicting metabolic pathways of plant enzymes without using sequence similarity: Models from machine learning. Plant Genome , v. 13, p. 1-13, 2020.

• ALMEIDA, R.O. ; SILVA, S. S. ; CUNHA, A. C. M. C. M. . BAP growth regulator effect in vitro shoot multiplication of Melanoxylon brauna Schott. MULTIVERSO - REVISTA ELETRÔNICA DO CAMPUS JUIZ DE FORA , v. 5, p. 1-11, 2020.

• CANTÃO, NATÁLIA MIRELE ; FOGAÇA DE ALMEIDA, LAUANA ; RODRIGO WOLF, IVAN ; OLIVEIRA ALMEIDA, RODRIGO ; ALVES DE ALMEIDA CRUZ, ANDRESSA ; NUNES, CAROLINE ; BARBOSA, ALEXANDRE NAIME ; VALENTE, GUILHERME TARGINO ; DE MOURA CAMPOS PARDINI, MARIA INÊS ; GROTTO, REJANE MARIA TOMMASINI . HIV Reverse Transcriptase and Protease Genes Variability Can Be a Biomarker Associated with HIV and Hepatitis B or C Coinfection. Scientific Reports , v. 8, p. 1-12, 2018.

• ALMEIDA, R.O. ; SILVA, S. D. dos A. ; DUTRA, L. F. . Induction of somatic embryogenesis and plant regeneration of sugarcane cv. RB925345 from somatic embryos. SCIENTIA AGRARIA PARANAENSIS , v. 17, p. 165-169, 2018.

• STOTZ, HENRIK U. ; DE OLIVEIRA ALMEIDA, RODRIGO ; DAVEY, NEIL ; STEUBER, VOLKER ; VALENTE, GUILHERME T. . Review of combinations of experimental and computational techniques to identify and understand genes involved in innate immunity and effector-triggered defence. METHODS , v. 131, p. 120-127, 2017.

• VALENTE, GUILHERME T. ; NAKAJIMA, RAFAEL T. ; FANTINATTI, BRUNO E. A. ; MARQUES, DIEGO F. ; ALMEIDA, RODRIGO O. ; SIMÕES, RAFAEL P. ; MARTINS, CESAR . B chromosomes: from cytogenetics to systems biology. CHROMOSOMA , v. 1, p. 1-9, 2016.

• ALMEIDA, R.O. ; SILVA, S.D.A. ; VARGAS, D.P. ; DUTRA, L.F. . Indução e Regeneração de Embriões Somáticos de Cana-de-Açúcar RB996961. Scientia Agraria Paranaensis , v. 14, p. 154-159, 2015.

• ALMEIDA, R. O. ; SILVA, S. D. A. E. ; VARGAS, D.P. ; DUTRA, L. F. . Indução de embriogênese somática em cana-de-açúcar RB935744. Revista Agrogeoambiental , v. 6, p. 19-26, 2015.

• ALVES, W. V. ; MARTINS, R. C. ; ALMEIDA, R. O. ; LORENZETTI, E. R. . Repelência dos óleos essenciais de Corymbia citriodora e Lavandula spp. sobre larvas de Rhipicephalus (Boophilus) microplus.. Cadernos de Agroecologia , v. 8, p. 1-5, 2013.

• OLIVEIRA ALMEIDA, RODRIGO . Micropropagation of Aloe vera. In: T. Pullaiah. (Org.). Micropropagation of Medicinal Plants. 1ed.: BENTHAM SCIENCE PUBLISHERS, 2024, v. 1, p. 91-100.

• Silva, Richardson Barbosa Gomes da ; ALMEIDA, RODRIGO DE OLIVEIRA ; Simões, Danilo ; Denadai, Marcelo Scantamburlo ; Dallapiccola, Heitor Scaramussa ; Costa, Leonardo José Silva da ; Silva, Maicon dos Santos da ; Silva, André Lucas Sousa da ; Pandolfo, Paloma Trevisan ; Rodrigues, Taíse Conceição . INTELIGÊNCIA ARTIFICIAL APLICADA À CIÊNCIA FLORESTAL. Ciência da Computação avanços e tendências em pesquisa. 1ed.: Editora Científica Digital, 2023, v. 2, p. 128-143.

• LORENZETTI, E. R. ; CAMPOS, T. K. ; OLIC, A. B. ; OLIVEIRA, P. C. ; ALMEIDA, R. O. ; MARTINS, R. C. . Bambu como recurso para tecnologias sociais na Zona da Mata mineira. In: DRUMOND, P. M.; WIEDMAN, G. (Org.).. (Org.). Bambus no Brasil: da biologia à tecnologia.. 1ed.Rio de Janeiro: Instituto Ciência Hoje, 2017, v. , p. 1-655.

• DUTRA, L. F. ; VARGAS, D. P. ; ALMEIDA, R. O. ; PEREIRA, A. S. ; CASTRO, C. M. ; NINO, A. F. P. ; SILVA, F. O. X. ; VIEIRA, F. C. B. ; CORADIN, J. H. . Contribuições da Embrapa Clima Temperado para a conservação ´in vitro´ de germoplasma de batata.. Revista Batata Show, p. 48 - 50, 01 set. 2012.

• BASSAN, A. R. ; SIMOES, D. ; ALMEIDA, R.O. ; da SILVA, T. ; SASSO JUNIOR, V. A. . Análise da Produtividade da Grapple Saw em Florestas de Eucalyptus: Abordagem do Método dos Mínimos Quadrados. In: X Congresso Virtual de Agronomia, 2022, Curitiba. Anais do X Congresso Virtual de Agronomia, 2022.

• SIMOES, D. ; ALMEIDA, R.O. ; TAMIOSSO, S. S. ; da SILVA, T. ; SASSO JUNIOR, V. A. . Análise Técnica-Econômica do Grapple Skidder em Floresta Plantada de Eucalyptus. In: X Congresso Virtual de Agronomia, 2022, Curitiba. Anais do X Congresso Virtual de Agronomia, 2022.

• SIMOES, D. ; ROCHA, Q. S. ; ALMEIDA, R.O. ; da SILVA, T. ; SASSO JUNIOR, V. A. . Aprendizado de máquina aplicado na predição da atividade de manutenção de máquinas florestai. In: X Congresso Virtual de Agronomia, 2022, Curitiba. Anais do X Congresso Virtual de Agronomia, 2022.

• SIMOES, D. ; PANDOLFO, P. T. ; ALMEIDA, R.O. ; da SILVA, T. ; SASSO JUNIOR, V. A. . Predição da manutenção de máquinas florestais autopropelidas em sistema full tree utilizando machine learning. In: X Congresso Virtual de Agronomia, 2022, Curitiba. Anais do X Congresso Virtual de Agronomia, 2022.

• SIMOES, D. ; MUNIS, R. A. ; ALMEIDA, R.O. ; da SILVA, T. ; SASSO JUNIOR, V. A. . Transporte Rodoviário de Madeira: Decisões Estratégicas a Partir de Machine Learning. In: X Congresso Virtual de Agronomia, 2022, Curitiba. Anais do X Congresso Virtual de Agronomia, 2022.

• da SILVA, T. ; SASSO JUNIOR, V. A. ; ALMEIDA, R.O. ; MUNIS, R. A. ; SIMOES, D. . Cosecha de madera en plantaciones de Eucalyptus en brasil: enfoque de machine learning. In: XXXVI Jornadas forestales de Entre Ríos, 2022, Concordia. XXXVI Jornadas forestales de Entre Ríos, 2022. p. 1-255.

• SASSO JUNIOR, V. A. ; da SILVA, T. ; da SILVA, A. L. S. ; ALMEIDA, R.O. ; MUNIS, R. A. ; SIMOES, D. . Detección de anomalías en forwarder en plantaciones de Eucalyptus: enfoque en machine learning. In: XXXVI Jornadas forestales de Entre Ríos, 2022, Concordia. XXXVI Jornadas forestales de Entre Ríos, 2022. p. 1-255.

• SASSO JUNIOR, V. A. ; da SILVA, T. ; ALMEIDA, R.O. ; MUNIS, R. A. ; SIMOES, D. . Machine learning aplicada à detecção de anomalias do harvester em florestas plantadas de Eucalyptus. In: IV Encontro Brasileiro sobre Mecanização, Colheita e Transporte Florestal - IV MECFOR, 2022, Campina Grande. Anais do VI Encontro Brasileiro de Mecanização, Colheita e Transporte Florestal. Inovações tecnológicas em operações florestais. Mossoró: Queima Bucha, 2022. p. 1-42.

• LEAL, R. D. ; da SILVA, T. ; NICODEMO, A. C. ; ALMEIDA, R.O. ; MUNIS, R. A. ; SIMOES, D. . Planejamento estratégico do harvester: aplicação da técnica machine learning. In: IV Encontro Brasileiro sobre Mecanização, Colheita e Transporte Florestal - IV MECFOR, 2022, Campina Grande. Anais do VI Encontro Brasileiro de Mecanização, Colheita e Transporte Florestal. Inovações tecnológicas em operações florestais. Mossoró: Queima Bucha, 2022. p. 1-42.

• SIMOES, D. ; MUNIS, R. A. ; ALMEIDA, R.O. ; da SILVA, T. ; SASSO JUNIOR, V. A. . Custos do Transporte Rodoviário de Madeira de Eucalyptus: Abordagem em Aprendizagem de Máquina. In: X Congresso Virtual de Agronomia, 2022, Curitiba. Anais do X Congresso Virtual de Agronomia, 2022.

• ALMEIDA, R. O. . Predição de enzimas do metabolismo de xenobióticos de bactérias por aprendizado de máquina. In: IV CONFESO, 2019, Teresópolis. IV CONFESO - Sustentabilidade socioambiental: cada gota conta. Teresópolis: UNIFESO, 2019. v. 1. p. 24-551.

• VITAL, C. E. ; NUNES, L. G. ; ALMEIDA, R. O. ; OUWERKERK P. B. F. ; Van Der Straeten, D. ; ALMEIDA, A. M. . Manipulação Genética do Metabolismo de Giberelinas do Arroz em Condições de Submersão. In: V Congresso Brasileiro de Arroz Irrigado e XXVII Reunião da Cultura do Arroz Irrigado, 2007, Pelotas - RS. V Congresso Brasileiro de Arroz Irrigado e XXVII Reunião da Cultura do Arroz Irrigado, 2007. v. 1. p. 315-317.

• NICODEMO, A. C. ; ALMEIDA, R.O. ; da SILVA, A. L. S. ; SASSO JUNIOR, V. A. ; MARIANO, M. C. G. ; SIMOES, D. . Detecção de anomalias no funcionamento de harvester para manutenção preditiva. In: Simpósio Brasileiro de Pós-Graduação em Ciências Florestais, 2022, Curitiba. Anais do Simpósio Brasileiro de Pós-Graduação em Ciências Florestais, 2022. v. 1. p. 1-103.

• da SILVA, T. ; da SILVA, A. L. S. ; MARIANO, M. C. G. ; ALMEIDA, R.O. ; SIMOES, D. . Aplicação de machine learning para predição da produtividade do harvester. In: Simpósio Brasileiro de Pós-Graduação em Ciências Florestais, 2022, Curitiba. Anais do Simpósio Brasileiro de Pós-Graduação em Ciências Florestais, 2022. v. 1. p. 1-103.

• da SILVA, A. L. S. ; SASSO JUNIOR, V. A. ; LEAL, R. D. ; ALMEIDA, R.O. ; SIMOES, D. . Aprendizado de máquina para detecção de anomalias: manutenção do forwarder em florestas plantadas de Eucalyptus spp. In: Simpósio Brasileiro de Pós-Graduação em Ciências Florestais, 2022, Curitiba. Anais do Simpósio Brasileiro de Pós-Graduação em Ciências Florestais, 2022. v. 1. p. 1-103.

• GROTTO, R. M. T. ; Fogaça, L. ; WOLF, I. R. ; ALMEIDA, R. O. ; CRUZ, A. A. ; BARBOSA, A. N. ; SILVA, G. F. ; VALENTE, G. T. ; PARDINI, M. I. M. C. . Mutations profile in HIV transcriptase reverse and protease genes in HIV/HBV and HIV/HCV coinfected patients. In: XXVII Brazilian Congress of Virology & X Mercosur Meeting of Virology, 2016, Pirenópolis. Annals of the XXVII Brazilian Congress of Virology & X Mercosur Meeting of Virology. Novo Hamburgo: Brazilian Societey for Virology Board of Directors, 2016. v. 20. p. 19-20.

• ALMEIDA, R. O. ; VALENTE, GUILHERME T. ; LEMKE, N. . Machine learning to search of patterns on enzymes related to lipid metabolism in bioenergy plants. In: X meeting, 2015, São Paulo. X meeting 2015, 2015. v. 0. p. 0-0.

• ALMEIDA, R. O. ; BESPALHOK FILHO, J. C. . ANÁLISE IN SILICO DE PROTEÍNAS RELACIONADAS À RESISTÊNCIA A LUZ ULTRAVIOLETA DE ESPÉCIES DE Pseudomonas syringae. In: XXXVI Congresso Paulista de Fitopatologia, 2013, São Paulo. Anais... XXXVI Congresso Paulista de Fitopatologia, 2013.

• ALMEIDA, R. O. ; BESPALHOK FILHO, J. C. . COMPARAÇÃO IN SILICO DE PROTEÍNAS DE ESPÉCIES DE Pseudomonas syringae. In: XXXVI Congresso Paulista de Fitopatologia, 2013, São Paulo. Anais... XXXVI Congresso Paulista de Fitopatologia, 2013.

• ALMEIDA, R. O. . Comparação in silico de proteínas de espécies de Monilinia. In: 46 Congresso Brasileiro de Fitopatologia, 2013, Ouro Preto. Anais... 46 Congresso Brasileiro de Fitopatologia, 2013.

• ALMEIDA, R. O. . COMPARAÇÃO IN SILICO DA COLD SHOCK PROTEIN DE RICINUS COMMUNIS. In: II Simpósio Internacional de Botânica Aplicada, 2013, Manaus. Anais... II Simpósio Internacional de Botânica Aplicada, 2013.

• ALMEIDA, R. O. . ANÁLISE IN SILICO DE PROTEÍNAS DE QUATRO ESPÉCIES DA FAMÍLIA EUPHORBIACEAE. In: II Simpósio Internacional de Botânica Aplicada, 2013, Manaus. Anais... II Simpósio Internacional de Botânica Aplicada, 2013.

• ALMEIDA, R. O. ; BESPALHOK FILHO, J. C. . Comparação in silico de proteínas relacionadas à resistência a doenças em espécies de rosaceae. In: I Simpósio Internacional de Botânica Aplicada, 2012, Lavras - MG. Anais... Simpósio Internacional de Botânica Aplicada, 2012.

• ALMEIDA, R. O. ; BESPALHOK FILHO, J. C. . Análise in silico de proteínas de espécies da família Rosaceae. In: I Simpósio Internacional de Botânica Aplicada, 2012, Lavras - MG. Anais... Simpósio Internacional de Botânica Aplicada, 2012.

• ALMEIDA, R. O. ; MOLINARI, H. B. C. ; DUTRA, L. F. ; SILVA, S. D. A. E. ; VARGAS, D. P. . EMBRIOGÊNESE SOMÁTICA EM CANA-DE-AÇÚCAR VARIEDADE RB867515. In: V Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011, Joinville - SC. Anais... V Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011.

• ALMEIDA, R. O. ; MOLINARI, H. B. C. ; DUTRA, L. F. ; SILVA, S. D. A. E. ; VARGAS, D. P. . ORGANOGÊNESE DIRETA EM Saccharum spp. HÍBRIDOS INTERESPECÍFICOS. In: V Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011, Joinville - SC. Anais... V Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011.

• VARGAS, D. P. ; DUTRA, L. F. ; UENO, B. ; ALMEIDA, R. O. ; FERREIRA, L. V. ; COSTA, R. R. . DESINFESTANTES PARA O ESTABELECIMENTO IN VITRO DE PESSEGUEIRO CV. RIGITANO. In: V Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011, Joinville - SC. Anais... V Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011.

• VARGAS, D. P. ; DUTRA, L. F. ; ALMEIDA, R. O. ; MAYER, A. N. ; SILVA, P. C . BAP E ZEA NO ESTABELECIMENTO IN VITRO DO PORTA-ENXERTO DE PESSEGUEIRO MIRABOLANO. In: V Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011, Joinville - SC. Anais... V Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011.

• FERREIRA, L. V. ; ALMEIDA, R. O. ; VARGAS, D. P. ; COSTA, R. R. ; DUTRA, L. F. ; ANTUNES, L. E. C. . ESTABELECIMENTO IN VITRO DE Eugenia uniflora L.(Myrtaceae). In: V Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011, Joinville - SC. Anais... V Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011.

• COSTA, R. R. ; DANIELOWSKI, R. ; PETERS, J. A. ; DUTRA, L. F. ; FERREIRA, L. V. ; VARGAS, D. P. ; ALMEIDA, R. O. . POSIÇÃO DOS EXPLANTES NA MULTIPLICAÇÃO IN VITRO DE MACIEIRA CV GALA. In: V Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011, Joinville - SC. Anais... V Congresso Brasileiro de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011.

• VITAL, C. E. ; NUNES, L. G. ; ALMEIDA, R. O. ; OUWERKERK P. B. F. ; Van Der Straeten, D. ; ALMEIDA, A. M. . Genetic Manipulation of rice gibberellin metabolism in conditions of submersion and hypoxia. In: XXXVI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq) and 10th IUBMB Conference, 2007, Salvador - BA. Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2007. p. E-96.

• VITAL, C. E. ; NUNES, L. G. ; ALMEIDA, R. O. ; OUWERKERK P. B. F. ; Van Der Straeten, D. ; ALMEIDA, A. M. . Genetic manipulation of rice gibberellin metabolism in conditions of submergence and hypoxia. In: VI Encuentro Latinoamericano y del Caribe de Biotecnología Agropecuaria, REDBIO, 2007, Viña del Mar y Valparaíso. VI Encuentro Latinoamericano y del Caribe de Biotecnología Agropecuaria, 2007.

• CARDOSO, L. H. ; ALMEIDA, R. O. ; WOLF, I. R. ; VALENTE, GUILHERME T. . Análise e construção de redes de co-expressão para explicar o efeito do feedback negativo na capacidade de sobrevivência ao estresse em Saccharomyces cerevisiae. 2019. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• ALMEIDA, R. O. ; FERREIRA, M. T. B. . Construção de redes de Co-expressão e suas aplicações. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• FERREIRA, M. T. B. ; ALMEIDA, R. O. . Processamento de reads de RNA-Seq e possibilidades de análises (DE). 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALMEIDA, R. O. ; LORENZETTI, E. R. ; BESPALHOK FILHO, J. C. ; SILVA, S. D. A. E. . Análise in silico de proteínas de Ricinus communis L.. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• ALMEIDA, R. O. . Procariotos - montagem e anotação de genoma. Kindle Direct Publishing - Amazon, 2020 (ebook).

• LORENZETTI, E. R. ; ALMEIDA, R. O. . Fitossanidade Vegetal. Rio Pomba - MG: CEAD - IFSEMG, 2012 (Material Didático).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2021 - 2023

  Predição de funções enzimáticas (EC number) por aprendizado de máquina, Descrição: Enzimas são proteínas altamente especializadas e notáveis, que catalisam inúmeras reações químicas, com alta especificidade e velocidade, transformando substratos em produtos e conservando energia. Com a informação da função enzimática (EC number) de cada enzima, é possível realizar a reconstrução de rotas bioquímicas/metabólicas de forma completa de um determinado genoma. Nos ultimos anos, grande quantidade de informações genômicas e proteômicas têm sido depositadas em bancos de dados públicos, porém pouco exploradas. De forma a extrair maior quantidade de informações e padrões destes bancos de dados, o aprendizado de máquina vem sendo utilizado para minerar informações e levantar hipóteses relevantes sobre mecanismos biológicos ocultos a partir dos dados disponibilizados. Nesse sentido, o presente trabalho visa construção de modelos de alta performance para predição de função enzimática (EC number).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Rodrigo de Oliveira Almeida - Coordenador / Yasmin Gama Tiradentes dos Santos - Integrante / Luisa Silva Castro - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2021 - 2022

  Aplicação de aprendizado de máquina para predição de genes de resistência a fitopatógenos (genes R), Descrição: Ao longo do tempo, as plantas vêm sofrendo frequentes ataques dos mais variados fitopatógenos, levando assim ao desenvolvimento de um complexo sistema de defesa. Esta defesa pode ser do tipo PTI (pattern-triggered immunity) e/ou ETI (effector-triggered immunity). Sendo o segundo nível de defesa, o processo ETI utiliza receptores transmembrana para se ligarem especificamente às proteínas efetoras provenientes dos patógenos, ativando assim a resposta de hipersensibilidade e resultando na resistência ao ataque do patógeno. Com o avanço tecnológico dos sequenciadores, tanto de ácidos nucleicos quanto de proteínas, diversos genomas estão sendo sequenciados, levando a um crescimento exponencial da base de dados. Abordagens computacionais vêm sendo aplicadas para ampliação da lista de genes candidatos a genes R (gene de resistência a patógenos), rincipalmentevia homologia de sequências. Entretanto, alguns genes podem não apresentar domínios específicos, comprometendo esse tipo de abordagem. Com a constante evolução dos estudos na área de inteligência artificial, o aprendizado de máquina vem sendo empregado cada vez mais em diversos tipos de dados. Neste sentido, o presente projeto visa a aplicação de aprendizado de máquina para predição de genes R, utilizando sequências de nucleotídeos e proteínas, proveniente de banco de dados públicos como Ensembl e Uniprot.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Rodrigo de Oliveira Almeida - Coordenador / Leonardo Rodrigues de Oliveira - Integrante / Luisa Silva Castro - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2019 - 2020

  Automação, monitoramento e modelagem no processo de irrigação de baixo custo, Descrição: Um sistema de irrigação depende de inúmeros fatores, como clima local, características do solo, cultura a ser irrigada e recursos hídricos disponíveis. Existem diferentes métodos de irrigação, podendo ser localizada, por aspersão ou por superfície, sendo a escolha de qual método utilizar de acordo com a disponibilidade de capital para investir, topografia da propriedade, tipo de cultura a ser produzida e condições de solo. Todavia, o uso de tecnologia nas propriedades de pequenos agricultores no Brasil ainda continua limitada, principalmente a atividade de automação da irrigação, sendo esta realizada pelos pequenos produtores de forma manual. Com o avanço tecnológico, foram desenvolvidos microcontroladores mais acessíveis financeiramente, como a plataforma Arduino. Nesse sentido, o presente trabalho visa o desenvolvimento de modelos cultura-específico para uso eficiente da água em sistema de automação de irrigação de baixo custo baseado na plataforma Arduino, de modo que possa ser utilizado por pequenos produtores rurais.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rodrigo de Oliveira Almeida - Coordenador / Ruan José Vargas Milani - Integrante / Higor Guilherme Eusebio Machado - Integrante., Financiador(es): Instituto Federal do Sudeste de Minas Gerais - Bolsa., Número de produções C, T & A: 1

• 2019 - 2020

  Predição de funções enzimáticas (EC number) por aprendizado de máquina, Descrição: Enzimas são proteínas altamente especializadas e notáveis, que catalisam inúmeras reações químicas, com alta especificidade e velocidade, transformando substratos em produtos e conservando energia. Com a informação da função enzimática (EC number) de cada enzima, é possível realizar a reconstrução de rotas bioquímicas/metabólicas de forma completa de um determinado genoma. Nos ultimos anos, grande quantidade de informações genômicas e proteômicas têm sido depositadas em bancos de dados públicos, porém pouco exploradas. De forma a extrair maior quantidade de informações e padrões destes bancos de dados, o aprendizado de máquina vem sendo utilizado para minerar informações e levantar hipóteses relevantes sobre mecanismos biológicos ocultos a partir dos dados disponibilizados. Nesse sentido, o presente trabalho visa construção de modelos de alta performance para predição de função enzimática (EC number).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Rodrigo de Oliveira Almeida - Coordenador / Gabriel Santos Gonçalves - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2017 - 2018

  Predição de enzimas do metabolismo de xenobióticos em microorganismos degradadores de compostos fenólicos por aprendizado de máquina, Descrição: O fenol é um composto presente em diversos efluentes industriais, como na indústria de fertilizantes, produção de tintas, produção de coque, polpa de papel e outras mais. Em altas concentrações, esse composto é tóxico aos organismos vivos. Entretanto, alguns microorganismos são capazes de degradar o fenol, além de outros compostos aromáticos. Várias enzimas capazes de degradar tal composto já foram seqüenciadas e identificadas em diversos genomas bacterianos. Com o avanço dos seqüenciadores, tanto de ácidos nucléicos quanto de proteínas, há uma enorme quantidade de informações depositadas em bancos de dados públicos ainda a serem exploradas. Sendo assim, necessita-se de meios mais efetivos para a interpretação deste grande volume de informação. De forma a auxiliar esse processamento de informações biológicas, o aprendizado de máquina, o qual consiste na programação de computadores para aprender de forma automatizada e levantar hipóteses relevantes sobre mecanismos biológicos ocultos a partir de dados disponibilizados a ele, surge como uma grande ferramenta para suprir a necessidade de interpretação de grande quantidade de dados. Neste sentido, a associação entre o aprendizado de máquina, dados moleculares dos genomas/proteomas de bactérias degradadoras de compostos xenobióticos (especialmente fenol), o presente trabalho visa buscar padrões relativos ao metabolismo de compostos xenobióticos e assim construir modelos que possam ser usados em outras espécies.. , Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rodrigo de Oliveira Almeida - Coordenador., Financiador(es): Instituto Federal do Sudeste de Minas Gerais - Outra., Número de produções C, T & A: 3

• 2011 - 2012

  Desenvolvimento da cultura da cana-de-açúcar para o Rio Grande do Sul foco na produção de álcool, Descrição: Descrição: O Brasil é o maior produtor de açúcar e de álcool do mundo. Análises de cenários indicam um mercado potencial amplamente favorável para o açúcar e o álcool. Como conseqüência desta realidade, a cultura da cana-de-açúcar está se expandindo vigorosamente em diversos estados da federação brasileira. Equivocadamente, o estado do Rio Grande do Sul, reconhecidamente líder e protagonista de processos nacionais de desenvolvimento, nesta questão, não se encontra em consonância com o atual contexto nacional. O estado do Rio Grande do Sul é, hoje, grande importador de álcool, com demanda de 98% do consumo interno atual e o custo do litro do álcool no estado é em média 42% mais alto em comparação com o estado de São Paulo. Com o objetivo de superar esta realidade, instituições públicas e privadas estão conjugando esforços os quais estão configurados no presente projeto, que tem como objetivo viabilizar a cultura da cana-de-açúcar para produção de álcool, de forma sustentável, no estado do Rio Grande do Sul, contribuindo para a expansão da fronteira agrícola e para o desenvolvimento da agroindústria sucroalcooleira. Para a consecução do objetivo proposto, esforços serão concentrados nas planos de ação; recursos genéticos, melhoramento genético, manejo do solo e ecofisiologia da planta; zoneamento pedoclimático; manejo fitossanitário; utilização de subprodutos e economia da produção, envolvendo pesquisadores de diferentes instituições.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 8) / Mestrado acadêmico ( 12) / Doutorado ( 3) . Integrantes: Beatriz Emygdio - Integrante / Bernardo Ueno - Integrante / Mirtes Melo - Integrante / Giovani Theisen - Integrante / João Guilherme Casagrande Jr - Integrante / João Carlos Medeiros Madail - Integrante / Dori Edson Nava - Integrante / Ivan Rodrigues de Almeida - Integrante / hugo Bruno Correa molinari - Integrante / jorge Schafhauser Jr - Integrante / Sergio Delmar dos Anjos e Silva - Coordenador.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rodrigo de Oliveira Almeida - Integrante / Sérgio delmar dos Anjos e Silva - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

Projetos de desenvolvimento

• 2021 - Atual

  Desenvolvimento de datalogger monitoramento de ambientes, Descrição: O monitoramento ambiental atua em diversos fatores a serem observados, como temperatura ambiente, umidade relativa do ar, pressão atmosférica, intensidades luminosa, etc. Esses dados são de grande importância para avaliação sobre mudança climática (mundial / regional), ambientação animal e produção agrícola. Aparelhos que registram tais dados (chamados de dataloggers), presentes no mercado, geralmente são limitados a poucos sensores. Além disso, os valores desses aparelhos geralmente inviabilizam a compra e consequentemente dificultando pesquisadores a montar uma estrutura de captação de dados para posterior análise. Com o avanço tecnológico, diversas placas microcontroladores foram desenvolvidas e com valores de mercado mais atrativos, como plataforma Arduino, Raspberry Pi, e outras. Além disso, essas plataformas permitem ao usuário customizar seu dispositivo, adicionando assim sensores que realmente necessitam utilizar. Nesse sentido, o presente trabalho visa o desenvolvimento de um datalogger alternativo baseado na plataforma Arduino, de modo a conter um conjunto maior de sensores e com valor mais acessível a pesquisadores, empresas, instituições de ensino/pesquisa e outros usuários. Após testes de funcionalidade em laboratório, o aparelho será avaliado quanto a resistência a intempéries ambientais, portabilidade e facilidade de instalação.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Rodrigo de Oliveira Almeida - Coordenador / Thays Aparecida Ribeiro Sevidanes - Integrante / Leonardo Rodrigues de Oliveira - Integrante.

• 2021 - 2022

  Desenvolvimento de datalogger monitoramento de ambientes, Descrição: O monitoramento ambiental atua em diversos fatores a serem observados, comotemperatura ambiente, umidade relativa do ar, pressão atmosférica, intensidadesluminosa, etc. Esses dados são de grande importância para avaliação sobre mudançaclimática (mundial / regional), ambientação animal e produção agrícola. Aparelhos queregistram tais dados (chamados de dataloggers), presentes no mercado, geralmentesão limitados a poucos sensores. Além disso, os valores desses aparelhos geralmenteinviabilizam a compra e consequentemente dificultando pesquisadores a montar umaestrutura de captação de dados para posterior análise. Com o avanço tecnológico,diversas placas microcontroladores foram desenvolvidas e com valores de mercadomais atrativos, como plataforma Arduino, Raspberry Pi, e outras. Além disso, essasplataformas permitem ao usuário customizar seu dispositivo, adicionando assimsensores que realmente necessitam utilizar. Nesse sentido, o presente trabalho visa odesenvolvimento de um datalogger alternativo baseado na plataforma Arduino, de modoa conter um conjunto maior de sensores e com valor mais acessível a pesquisadores,empresas, instituições de ensino/pesquisa e outros usuários. Após testes defuncionalidade em laboratório, o aparelho será avaliado quanto a resistência aintempéries ambientais, portabilidade e facilidade de instalação.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) . , Integrantes: Rodrigo de Oliveira Almeida - Coordenador / Thays Aparecida Ribeiro Sevidanes - Integrante / Leonardo Rodrigues de Oliveira - Integrante / Dayane de Resende Fortunato - Integrante.