Fábio Henrique Viduani Martinez

Pós-doutorado

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Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• TASO, FERNANDA TIEMI DE SOUZA ; REIS, VALÉRIA QUADROS DOS ; Martinez, Fábio Viduani . Analyzing Discourses in Portuguese Word Embeddings: A Case of Gender Bias Outside the English-Speaking World. Journal on Interactive Systems , v. 16, p. 532-543, 2025.

• ARAUJO, ELOI ; Martinez, Fábio V. ; HIGA, CARLOS H.A. ; SOARES, JOSÉ . Matrices inducing generalized metric on sequences. DISCRETE APPLIED MATHEMATICS , v. 332, p. 135-154, 2023.

• SILVA, HELMUTH O. M. ; Rubert, Diego P. ; ARAUJO, ELOI ; STEFFEN, ECKHARD ; DOERR, DANIEL ; VIDUANI MARTINEZ, FABIO . Algorithms for the genome median under a restricted measure of rearrangement. RAIRO-OPERATIONS RESEARCH , v. 57, p. 1045-1058, 2023.

• Rubert, Diego P. ; Martinez, Fábio V. ; Braga, Marília D. V. . Natural family-free genomic distance. Algorithms for Molecular Biology , v. 16, p. 4, 2021.

• Rubert, Diego P. ; Fábio V. Martinez ; STOYE, J. ; DOERR, D. . Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants. BMC GENOMICS , v. 21, p. (Suppl 2):273, 2020.

• Rubert, Diego P. ; ARAUJO, F. E. S. ; STEFANES, M. A. ; STOYE, J. ; Fábio Viduani Martinez . Searching and inferring colorful topological motifs in vertex-colored graphs. JOURNAL OF COMBINATORIAL OPTIMIZATION , v. 40, p. 379-411, 2020.

• RUBERT, D. P. ; HOSHINO, E. A. ; BRAGA, M. D. V. ; STOYE, J. ; Fábio Viduani Martinez . Computing the family-free DCJ similarity. BMC BIOINFORMATICS , v. 19, p. (Suppl 6):152, 2018.

• Rubert, Diego P. ; FEIJÃO, PEDRO ; BRAGA, MARÍLIA DIAS VIEIRA ; Stoye, Jens ; MARTINEZ, FÁBIO HENRIQUE VIDUANI . Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time. Algorithms for Molecular Biology , v. 12, p. 3, 2017.

• Martinez, F. V. ; FEIJAO, P. ; BRAGA, M. D. V. ; STOYE, J. . On the family-free DCJ distance and similarity. Algorithms for Molecular Biology , v. 10, p. 13, 2015.

• FEIJÃO, PEDRO ; MARTINEZ, FÁBIO ; THÉVENIN, ANNELYSE . On the distribution of cycles and paths in multichromosomal breakpoint graphs and the expected value of rearrangement distance. BMC Bioinformatics , v. 16, p. S1, 2015.

• Adi, Said S. ; Braga, Marília D.V. ; Fernandes, Cristina G. ; Ferreira, Carlos E. ; Martinez, Fábio Viduani ; Sagot, Marie-France ; Stefanes, Marco A. ; Tjandraatmadja, Christian ; Wakabayashi, Yoshiko . Repetition-free longest common subsequence. Discrete Applied Mathematics , v. 158, p. 1315-1324, 2010.

• KISHI, R. M. ; Fábio Martinez . Experimentos para o problema da árvore de Steiner dos terminais folhas. Revista Eletrônica de Iniciação Científica , v. VIII, p. 44-77, 2008.

• Fábio Martinez ; José Coelho de Pina ; José Soares . Algorithms for terminal Steiner trees. Theoretical Computer Science , v. 389, p. 133-142, 2007.

• Fábio Martinez ; Guilherme P. Telles ; Nalvo F. Almeida . Algoritmos e heurísticas para comparação exata e aproximada de seqüências. In: Marinho P. Barcelos; Antônio A. F. Loureiro. (Org.). XXIV Jornadas de Atualização em Informática / XXV Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. 1ed.: Editora da SBC, 2005, v. 24, p. 1545-1586.

• ARAUJO, ELOI ; Fábio Viduani Martinez ; ROZANTE, L. C. da S. ; Nalvo F. Almeida . Extended Pairwise Sequence Alignment. In: The 23rd International Conference on Computational Science and Its Applications, 2023, Athens. Proceedings of ICCSA 2023 (Lecture Notes in Computer Science), 2023. v. 13956. p. 218-230.

• SILVA, C. C. S. ; Fábio Viduani Martinez ; ISHII, R. P. . Natural Language Processing Techniques for Hate Speech Evaluation for Brazilian Portuguese. In: The 23rd International Conference on Computational Science and Its Applications, 2023, Athens. Proceedings of ICCSA 2023 (Lecture Notes in Computer Science), 2023. v. 14107. p. 104-117.

• TASO, FERNANDA TIEMI DE S. ; REIS, VALÉRIA Q. ; MARTINEZ, FÁBIO H. V. . Discriminação Algorítmica de Gênero: Estudo de Caso e Análise no Contexto Brasileiro. In: Workshop sobre as Implicações da Computação na Sociedade, 2023, Brasil. Anais do IV Workshop sobre as Implicações da Computação na Sociedade (WICS 2023), 2023. p. 13-25.

• TASO, FERNANDA TIEMI DE S. ; REIS, VALÉRIA Q. ; Martinez, Fábio V. . Sexismo no Brasil: análise de um Word Embedding por meio de testes baseados em associação implícita. In: Simpósio Brasileiro de Tecnologia da Informação e da Linguagem Humana, 2023, Brasil. Anais do XIV Simpósio Brasileiro de Tecnologia da Informação e da Linguagem Humana (STIL 2023). Editora da SBC: Sociedade Brasileira de Computação, 2023. p. 53-62.

• ARAUJO, F. E. S. ; ROZANTE, L. C. da S. ; RUBERT, D. P. ; Fábio Viduani Martinez . Algorithms for Normalized Multiple Sequence Alignments. In: 32nd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2021), 2021, Fukuoka. Proceedings of the 32nd International Symposium on Algorithms and Computation. Dagstuhl, Germany: LIPIcs?Leibniz International Proceedings in Informatics, 2021. v. 212. p. 40:1-40:16.

• RUBERT, D. P. ; Fábio V. Martinez ; Braga, Marília D.V. . Natural Family-Free Genomic Distance. In: Workshop on Algorithms in Bioinformatics, 2020, Pisa. 20th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2020), 2020. v. 172. p. 3:1-3:23.

• Rubert, Diego P. ; Stoye, Jens ; MARTINEZ, FÁBIO H. V. . Distance and Similarity Measures in Comparative Genomics. In: Concurso de Teses e Dissertações da SBC, 2020, Brasil. Anais do Concurso de Teses e Dissertações da SBC (CTD-SBC 2020). p. 7-12.

• RUBERT, D. P. ; MEDEIROS, G. L. ; HOSHINO, E. A. ; BRAGA, M. D. V. ; STOYE, J. ; Martinez, Fabio V. . Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ. In: 15th RECOMB Comparative Genomics Satellite Conference, 2017, Barcelona. Proceedings of the 15th RECOMB Comparative Genomics Satellite Conference, 2017.

• Rubert, Diego P. ; FEIJAO, P. ; Braga, Marília D. V. ; Stoye, Jens ; Martinez, Fábio V. . A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates. In: 16th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI),, 2016, Aarhus, Denmark. Lecture Notes in Bioinformatics, 2016. v. 9838. p. 293-306.

• Fábio Viduani Martinez ; FEIJAO, P. ; Braga, Marília D.V. ; STOYE, J. . On the family-free DCJ distance. In: 14th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2014), 2014, Wrocław. Lecture Notes in Bioinformatics, 2014. v. 8701. p. 174-186.

• FEIJAO, P. ; Fábio Viduani Martinez ; THEVENIN, A. . On the multichromosomal Hultman number. In: 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2014), 2014, Belo Horizonte. Lecture Notes in Bioinformatics, 2014. v. 8826. p. 9-16.

• Ludovic Cottret ; MILREU, P. V. ; ACUÑA, V. ; MARCHETTI-SPACCAMELA, A. ; Fábio Martinez ; SAGOT, M. ; STOUGIE, L. . Enumerating precursor sets of target metabolites in a metabolic network. In: 8th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), 2008, Karlsruhe. Lecture Notes in Computer Science, 2008. v. 5251. p. 233-244.

• Fábio Martinez ; José Soares . Steiner Trees with a Terminal Order. In: 15th International Conference on Computing, 2006, Cidade do México. Proceedings of the 15th International Conference on Computing. Los Alamitos, California, USA: IEEE Publishing, 2006. p. 254-259.

• Fábio Martinez ; José Coelho de Pina ; José Soares . Algorithms for terminal Steiner trees. In: The Eleventh Annual International Computing and Combinatorics Conference (COCOON 2005), 2005, Kunming. Lecture Notes in Computer Science, 2005. v. 3595. p. 369-379.

• SILVA, HELMUTH O. M. ; Rubert, Diego P. ; ARAUJO, ELOI ; Martinez, Fábio V. . Algorithms for a Restricted Genome Median Problem. In: Encontro de Teoria da Computação, 2022, Brasil. Anais do VII Encontro de Teoria da Computação (ETC 2022). Porto Alegre, RS: Editora da SBC, 2022. p. 45-48.

• ADI, S. S. ; BRAGA, M. D. V. ; FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; Fábio Martinez ; SAGOT, M. ; Marco Stefanes ; Christian Tjandraatmadja ; WAKABAYASHI, Y. . Repetition-free longest common subsequence. In: IV Latin-American Algorithms, Graphs and Optimization Symposium, 2007, Puerto Varas. Eletronic Notes in Discrete Mathematics, 2007. v. 30. p. 243-248.

• Fábio Viduani Martinez . A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Fábio Viduani Martinez . On the family-free DCJ distance. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Fábio Martinez ; José Soares . Steiner Trees with a Terminal Order. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Fábio Martinez ; José Coelho de Pina ; José Soares . Algorithms for Terminal Steiner Trees. 2005. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Fábio Viduani Martinez . Algoritmos e heurı́sticas para comparações exata e aproximada de sequências. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2022 - Atual

  Desenvolvimento de modelos preditivos para a severidade e progressão dos desvios coluna vertebral em indivíduos com escoliose a partir do escaneamento de tronco em três dimensões, Descrição: Escoliose é definida como um complexo desalinhamento tridimensional da coluna vertebral na qual há o aparecimento de uma curvatura lateral no plano coronal, normalmente associada com o aplanamento das curvaturas no plano sagital e rotação vertebral em seu eixo longitudinal, sendo a última alteração apontada como fundamental no mecanismo de aparecimento da deformidade. O escaneamento do tronco tem se mostrado útil na avaliação dos desvios da coluna por avaliar a parte estética da deformidade. Além disso, estudos tem demonstrado a possibilidade de utilizar o escaneamento para análise de assimetria do tronco, diminuindo o uso do raio-x. Este estudo tem por objetivo desenvolver e verificar a acurácia de um método de análise de assimetria combinado a Machine Learning, em classificar as curvas em leve, moderada ou grave, sem uso do raio-x. Para o treinamento do modelo de predição serão coletados dados secundários de 400 indivíduos com Escoliose Idiopática do Adolescente (EIA, provenientes de uma clínica de reabilitação em escoliose (Escoliose Brasil). Os dados serão treinados por uma rede neural artificial (ANN) e uma rede convolucional (CNN) para atingir os resultados da radiografia.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Coordenador / Renato Porfírio Ishii - Integrante / Francisco Eloi Soares de Araujo - Integrante / Thomaz Nogueira Burke - Integrante.

• 2021 - Atual

  Neutralidade Algorítmica, Descrição: Um algoritmo pode ser descrito como uma sequência finita de passos precisos que fornece respostas corretas, isto é, produz uma coleção de dados esperada de saída para uma dada coleção de dados de entrada. Avanços no desenvolvimento de algoritmos têm sido obtidos sistematicamente por pesquisadores da área. De maneira concomitante, computadores têm evoluído como máquinas de processamento de informações, com acréscimo visível em suas capacidades de processar, armazenar e transmitir dados. Aos algoritmos e aos computadores dá-se o nome de um sistema computacional e, como uma tecnologia, sistemas computacionais têm tido avanços progressivos notáveis em curtos períodos de tempo. Algoritmos permeiam amplamente a vida contemporânea, compondo, por exemplo, a essência dos motores de busca na internet, dos motores de recomendação e de propaganda, das plataformas de mídias sociais, de vendas online, entre outros. Além disso, os algoritmos têm sido cada vez mais usados em processos de seleção de empregos, de concessão de empréstimos financeiros, de avaliação de perfis em planos de saúde privados e diversos outros serviços, assim como para influenciar o comportamento das pessoas. Algumas áreas das Ciências Humanas, tais como as Ciências Sociais, têm se debruçado sobre as questões éticas dos processos algorítmicos envolvidos em aplicações incorporadas em software e hardware, devido aos seus impactos políticos e sociais, questionando as suposições da assim chamada neutralidade algorítmica. As decisões no desenvolvimento dos algoritmos, os conjuntos de dados que os alimentam e as saídas que resultam da tomada de decisão algorítmica podem ser tendenciosos, potencialmente prejudicando minorias e perpetuando discriminações. A introdução de viés em um sistema computacional, e mais especificamente em um algoritmo, pode ser realizada de várias maneiras. Durante a construção de um conjunto de dados que alimentará um sistema computacional, os mesmos podem ser coletados, digitalizados, adaptados e inseridos em um banco de dados de acordo com critérios definidos por seres humanos. Em seguida, os programadores atribuem prioridades ou hierarquias para como um programa avalia e classifica esses dados. Isso requer decisões humanas sobre como os dados são categorizados e quais dados são incluídos ou descartados desses bancos. Alguns algoritmos coletam seus próprios dados sob critérios selecionados por humanos, que também podem refletir o preconceito dos mesmos. Outros algoritmos podem reforçar estereótipos e preferências à medida que processam e exibem dados "relevantes'' para usuários, por exemplo, selecionando informações com base em escolhas anteriores de um usuário ou grupo de usuários semelhante. Preconceito pode ser encontrado na coleta dos dados e no seu pré-processamento, mas também pode surgir como resultado do projeto dos algoritmos. Em geral, o projeto de um algoritmo inclui uma fase de modelagem, onde uma abstração matemática do mundo real é traduzida por meio de estruturas de dados e métodos que as manipulam. Como em todo modelo, essa abstração é fortemente influenciada por decisões tomadas de antemão por projetistas desse sistema. Em um outro exemplo, mecanismos de recomendação de produtos que funcionam usando associações entre usuários semelhantes, ou que fazem uso de características de marketing previamente deduzidas, podem depender de associações imprecisas que refletem amplos estereótipos étnicos, de gênero, socioeconômicos ou raciais. Outro exemplo vem da determinação de critérios para o que é incluído e excluído nos resultados de pesquisas em ferramentas de busca na internet, podendo apresentar imprevisibilidade em resultados de pesquisas, como por exemplo algoritmos de recomendação de voo, que omitem omitem voos que não seguem as rotas de uma determinada companhia aérea que financia esse software.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Coordenador / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Diego Rorato Fogaça - Integrante / Guilherme Rodrigues Passamani - Integrante / Marcelo de Souza Lauretto - Integrante / Victor Garcia Miranda - Integrante., Número de produções C, T & A: 3

• 2019 - 2022

  Problema da Mediana em Genômica Comparativa, Descrição: Neste projeto estudaremos o tópico de reconstruções filogenéticas ancestrais baseadas em rearranjos de genomas, uma subárea da genômica comparativa em bioinformática. Estamos especialmente interessados no problema de computar um genoma ancestral que seja uma mediana de um conjunto de determinados genomas. O problema da mediana consiste em encontrar um ``genoma mediano'' ou ``mediana'' de modo que a soma das distâncias de rearranjo entre esse novo genoma e cada genoma dado seja minimizada. Para cada distância de rearranjo considerada, temos um problema da mediana distinto. O modelo mais simples representa os genomas como um conjunto de cromossomos, em que cada um pode ser linear ou circular e composto por uma sequência de genes orientados. Ademais, para um determinado conjunto de genes, este modelo assume que cada gene ocorre exatamente uma vez em cada genoma. Sabemos que as similaridades e diferenças entre dois genomas circulares nesse modelo podem ser representadas por um grafo bipartido composto apenas por ciclos de comprimento par. Uma distância entre os dois genomas pode ser diretamente derivada deste grafo. Seja c o número total de ciclos e seja c_i, para i = 2, 4, 6, ..., o número de ciclos de comprimento i nesse grafo. A distância de breakpoint é dada por |G| - c_2, e seja a distância geral |G| - c, onde G é o conjunto dos genes. Enquanto o problema de obter a mediana por meio da distância de breakpoint é um problema computacional fácil, o problema de computar a mediana a partir da distância geral é um problema computacional NP-difícil, mesmo para um conjunto de entrada de apenas três genomas. Um dos objetivos desse projeto é determinar o limite em que essa complexidade se modfica. Para isso, vamos primeiro nos concentrar no estudo da complexidade do problema da mediana para a distância c_4, ou seja |G| - c_2 - c_4. Conjecturamos que a complexidade do problema da mediana neste caso segue a da distância geral e é NP-difícil. Caso refutemos essa conjectura, examinaremos a complexidade da mediana da distância c_6, ou seja |G| - c_2 - c_4 - c_6, e assim por diante. Além disso, especialmente para a distância c_4, devemos propor algoritmos exatos, baseados em programação linear inteira, e heurísticas para realização de experimentos com dados biológicos simulados e reais.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Coordenador / Diego Padilha Rubert - Integrante / Francisco Eloi Soares de Araujo - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2019 - Atual

  Nova Medida Prática de Similaridade Local em Genômica Comparativa e Aplicações, Descrição: Neste projeto, planejamos analisar aspectos teóricos e investigar novas aplicações de uma medida genômica de similaridade local recentemente proposta, baseada em rearranjos de larga escala. Medidas genômicas de similaridade local têm a vantagem de poderem ser utilizadas na comparação de regiões em quaisquer pares de genomas, em especial aqueles altamente divergentes sujeitos a múltiplas rodadas de mutações e eventos de duplicação/triplicação completa do genoma, tal como ocorre em diversas espécies de plantas. Esta é uma questão importante no desenvolvimento de metodologias e software de análise para comparação de genomas, apoiando a investigação de questões importantes da biologia molecular, genética e biomedicina. Por exemplo, angiospermas como os eudicots, são um assunto importante em estudos paleogenômicos, não apenas por seu significado ecológico e relevância para a indústria agrícola, mas também porque a reconstrução de genomas ancestrais de plantas é considerada um dos empreendimentos mais desafiadores desta área de pesquisa. A genômica comparativa tem provado seu inestimável valor, não apenas no entendimento dos genomas das espécies, mas também no entendimento dos mecanismos evolutivos, das relações entre as espécies e de uma série de outras questões importantes. Podemos enumerar sucintamente exemplos de onde a pesquisa neste campo pode dar suporte: (i) detecção de características e funções nos genomas, (ii) busca por indícios de inovação nos genomas dos vertebrados, (iii) reconstrução de árvores filogenéticas, (iv) elucidação da evolução dos vertebrados, (v) busca por indícios de adaptação da linguagem pela alteração de uma proteína-chave nos ancestrais humanos, (vi) busca por sinais de seleção aprimorados pela domesticação, (vii) estudo de doenças, e até (vi) compreensão da evolução dos cromossomos sexuais. O rearranjo de genomas é uma área de pesquisa em genética comparativa que tenta entender as dinâmicas de modificações estruturais de genomas ao longo do tempo. Operações típicas de rearranjo de genomas são inversões de um segmento cromossômico, trocas de bloco que trocam pares de segmentos, transposições que são trocas de bloco de segmentos adjacentes, translocação de material genético entre dois cromossomos e fusão e fissão de cromossomos. Uma importante operação de rearranjo estudado nos últimos anos é a double cut and join (DCJ), que consiste em cortar um genoma em duas posições distintas (possivelmente em dois cromossomos distintos) e unir de uma maneira diferente as quatro extremidades abertas resultantes, representa a maioria dos rearranjos em larga escala que modificam os genomas. Além disso, alguns métodos permitem indels, significando inserção ou exclusão dos segmentos cromossômicos. Nesse ramo, geralmente deseja-se obter (i) uma medida de distância sob alguma operação de rearranjo ou (ii) uma sequência de operações de rearranjo que transforma um genoma em outro, ou distância de edição (contar ou número de operações nessa sequência é uma maneira de obter (i)).. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / Jens Stoye - Integrante / Diego Padilha Rubert - Coordenador / Francisco Eloi Soares de Araujo - Integrante / Daniel Doerr - Integrante., Número de produções C, T & A: 7

• 2017 - 2020

  Otimização em Genômica Comparativa, Descrição: Genômica comparativa é uma área de pesquisa da Biologia Molecular Computacional em que características genômicas de diferentes organismos são comparadas. As características genômicas podem incluir sequências de DNA, genes, ordem dos genes, sequências regulatórias e outros marcos estruturais genômicos. Neste ramo de pesquisa, genomas inteiros ou grandes partes dos genomas resultantes de projetos genoma são comparados para estudar semelhanças biológicas básicas e diferenças, bem como as relações evolutivas entre os organismos. O princípio fundamental da genômica comparativa é que as características comuns dos dois organismos, muitas vezes, são codificadas dentro do DNA, e essas informações são evolutivamente conservadas entre eles. Este projeto prevê o estudo de problemas de detecção de estruturas conservadas, rearranjo de genomas e de reconstrução da ordem ancestral de genes em genômica comparativa, com uso de técnicas de otimização para o desenvolvimento de algoritmos eficientes como proposta de solução dos problemas computacionais relacionados.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Coordenador / Francisco Elói Soares de Araújo - Integrante / Jens Stoye - Integrante / Diego Padilha Rubert - Integrante., Número de produções C, T & A: 7

• 2009 - 2011

  Continuidade na Consolidação das Linhas de Pesquisa do Mestrado em Ciência da Computação do DCT--UFMS, Descrição: Apesar do evidente progresso do Programa de Mestrado em Ciência da Computação do DCT, o programa ainda apresenta pontos a serem melhorados. Em todas as avaliações anuais e trienais da CAPES, o programa tem se esforçado para minimizar e corrigir os problemas apontados. A participação de orientadores do Programa em comitês de programa ou atividades similares, nacionais ou internacionais, não é significativa. Isto é, de certa forma, uma conseqüência do reduzido número de docentes do grupo de pesquisa do DCT no momento da avaliação da CAPES e da pouca visibilidade do grupo nos cenários científicos nacional e internacional. Esta questão não é mais tão grave como em 2001, 2002, 2003 e 2004, os anos em que a CAPES avaliou o Programa. Acredita-se que isto seja corrigido como uma conseqüência natural do aumento da produção científica do grupo de pesquisa do DCT e do esforço de seus docentes para se inserir no cenário científico nacional. Um exemplo disso é o fato do DCT ter organizado em Campo Grande o Congresso da SBC de 2006, o XXI Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI 2008) e o 20th International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing (SBAC--PAD 2008). O tempo de titulação dos alunos ainda é alto e é decorrente da escassez de bolsas de mestrado para financiar os estudos dos alunos do programa, o que os obriga a trabalhar e se tornarem alunos em tempo parcial. A produção intelectual não está uniformemente distribuída entre os orientadores do programa, com participação dos estudantes de mestrado, pois alguns docentes ainda têm baixa produtividade. Nesta proposta, recursos financeiros foram solicitados para implementar um conjunto de ações que visem tratar as questões levantadas. Estas ações envolvem a participação dos grupos de pesquisa do DI da PUC--Rio, IME--USP, ICMC--USP, IC--UNICAMP e CIC--UnB. O foco dessas ações é a consolidação das várias linhas de pesquisa do Programa de Mestrado em Ciência da. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (50) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (10) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / Marcelo Henriques de Carvalho - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2008 - 2010

  Algoritmos para Análise Pós-genômica, Descrição: Dentre os objetivos de um projeto genoma está a determinação das funções de cada um dos genes do organismo de interesse. Isso permite um melhor conhecimento dos mecanismos celulares responsáveis pelo desenvolvimento desse organismo. O conhecimento pode então ser usado no controle de pragas, prevenção de doenças, tratamento de endemias, etc. Uma forma de se determinar as funções dos genes de um organismo é por meio da análise dos produtos derivados dessas regiões funcionais: proteínas, no caso de genes codificadores, e RNAs, no caso de genes não codificadores. Nesse último caso, analisa-se a seqüência dos RNAs pertencentes ao transcriptoma do organismo. Essa análise tem por objetivo identificar os {\RNA}s não-mensageiros e definir o tipo desse RNA. O problema da análise de proteínas consiste na análise das redes metabólicas de um organismo na busca por informações úteis sobre o papel desempenhado pelas suas proteínas. Apesar de haver um número considerável de ferramentas de identificação de genes não-codificadores dentro do genoma, poucos são os trabalhos que tratam da identificação de RNAs não-codificadores dentro do transcriptoma. Sobre o problema da análise de redes metabólicas, considerando que os dados relativos a essas redes constituem informações relativamente novas, não são muitos os trabalhos que tratam da análise dessas estruturas. Essas considerações e a relevância associada à tarefa de determinação das funções dos genes justificam pesquisas adicionais nesses campos, com o desenvolvimento de formulações mais adequadas, novas metodologias e programas para análise de RNAs e de redes metabólicas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3

• 2007 - 2009

  Modelos e Algoritmos para Biologia Integrativa (Projeto STIC/AMSUD/CAPES), Descrição: Historicamente, a área de Biologia Computacional, ao menos sob o ponto de vista algorítmico, originou-se com a análise de seqüências. Durante vários anos, apenas seqüências isoladas eram analisadas. Com avanços dos projetos de seqüenciamento, genomas completos passaram então a serem analisados. De início, outros tópicos de interesse da área tratavam ou de questões relacionadas a seqüências (filogenia molecular, por exemplo) ou relacionadas com a análise de outros elementos biológicos elementares (tais como proteina ou RNA). Recentemente, o interesse em um entendimento mais profundo de como tais objetos biológicos elementares interagem entre si no contexto geral de um genoma, célula ou organismo levou ao desenvolvimento de toda uma nova área de invostigação. O estudo de relações, apesar de não completamente novo, ganhou um grande destaque nos últimos anos. Tais relações dizem respeito a todos os elementos de uma célula ou organismo. Eles podem até mesmo envolver elementos extra-celulares, ou elementos que pertencem ao ambiente de um organismo, já que alguns deles pode ter influência direta no funcionamento de um sistema vivo. Investigar essas relações requer o estudo do que se chama Biologia Integrativa. Este é o objetivo geral deste projeto. Para alcançar este objetivo, o projeto se utilizará das experiências de pesquisadores de áreas diferentes e complementares (modelagem matemática e análise formal, análise de dados, algoritmos estocáticos e discretos, combinatória, e biologia evolucionária e computacional) pertencentes aos vários grupos envolvidos, alguns deles com longa história de colaborações (o coordenador francês é ex-aluno da Universidade de São Paulo) enquanto outras colaborações são mais recentes (entre UFMS e França) ou totalmente novas (entre Chile e Brasil, e Chile e França).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (5) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante / Marco Aurélio Stefanes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Marie-France Sagot - Coordenador., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Instituto de Matemática e Estatística - Cooperação / Universidade Adolfo Ibañez - Cooperação / Universidade Federal de Mato Grosso do Sul - Cooperação / Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Siège - Cooperação., Número de produções C, T & A: 2

• 2007 - 2009

  Consolidação das Linhas de Pesquisa do Mestrado em Ciência da Computação do DCT-UFMS, Descrição: Prposta de consolidação de novos grupos de pesquisa do programa de mestrado em Ciência da Computação do Departamento de Computação e Estatística (DCT) da Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, com participação do DI-PUC-Rio, DCC-IME-USP, ICMC-USP-São Carlos e IC-UNICAMP (Projeto CNPq Processo Número 620171/2006-5).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (50) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Jr. - Integrante / Marcelo Henriques de Carvalho - Integrante / Marco Aurélio Stefanes - Integrante / Henrique Mongelli - Coordenador / Edson Norberto Cáceres - Integrante / Marcelo Augusto Santos Turine - Integrante / Marcelo Ferreira Siqueira - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Instituto de Matemática e Estatística - Cooperação / Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro - Cooperação / Universidade Estadual de Campinas - Cooperação / Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação - Cooperação., Número de produções C, T & A: 1

• 2005 - 2007

  Restrições do Problema de Steiner em Grafos, Descrição: O problema de Steiner em grafos é um problema amplamente estudado devido às suas aplicações em diversas áreas. Esse problema é computacionalmente difícil e algoritmos de aproximação têmsido propostos para solucioná-lo desde 1968. Um problema correlato, chamado problema da árvore de Steiner de terminais folhas surge em outras aplicações tais como em roteamento de placas VLSI, transporte, telecomunicações, construção de árvores filogenéticas, entre outros. Esse problema é uma restrição do problema de Steiner em grafos, é computacionalmente difícil e algoritmos de aproximação também têm surgido. Esse projeto tem como objetivo desenvolver algoritmos de aproximação para problemas difíceis motivados por restrições do problema de Steiner em grafos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (0) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Coordenador / José Coelho de Pina Júnior - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Marcelo Henriques de Carvalho - Integrante., Financiador(es): Universidade de São Paulo - Cooperação / Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia de MS - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3

• 2005 - 2007

  Transporte do Sistema Linux para Estações de Jogos Baseadas na Arquitetura MIPS, Descrição: A construção de máquinas paralelas, nos primórdios, sempre envolveu vultuosos recursos para alcançar máquinas de alto desempenho. O atual estado da arte da computação paralela apresenta perspectivas promissoras na produção de máquina paralelas de alto desempenho a baixo custo. Para isto, faz-se o uso de PC?s agrupados, processos chamados de clustering, através de uma rede de alta velocidade. O nosso estudo tem por objetivo transportar o sistema operacional GNU/Linux para a plataforma MIPS do console de estação de jogos da Sony, o Playstation 2, com o intuito de transformá-la em uma máquina computacional de propósito geral em uma arquitetura paralela.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (5) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / Marco Aurélio Stefanes - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia de MS - Auxílio financeiro.

• 2005 - 2007

  Otimização Combinatória: Teoria, Projeto de Algoritmos e Aplicações (CNPq Projeto Universal 478329/2004-0), Descrição: O objetivo desse projeto é o estudo de problemas de otimização combinatória. Temos particular interesse em projeto de algoritmos de aproximação e em resultados de inaproximabilidade para tais problemas. Consideraremos em nossas pesquisas problemas clássicos da teoria dos grafos, problemas de empacotamento e problemas em biologia computacional.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (5) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante / José Coelho de Pina Júnior - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Márcia Rosana Cerioli - Integrante / Paulo Feofiloff - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade de São Paulo - Cooperação / Universidade Federal de Mato Grosso do Sul - Cooperação / Universidade Federal do Rio de Janeiro - Cooperação., Número de produções C, T & A: 3

• 2005 - 2007

  Algoritmos Paralelos com Programação Dinâmica para Problemas de Otimização Combinatória, Descrição: A técnica de programação dinâmica tem produzido soluções eficientes para muitos problemas de otimização com diversas aplicações práticas. Dentre eles, podemos citar os mais famosos como o problema da maior subseqüência comum com aplicações em processamento de textos e em biologia molecular computacional, problema da construção dos caminhos de custo mínimo entre todos os pares de vértices em um grafo, com aplicações em roteamento de placas VLSI, redes de computadores, transporte de cargas, telecomunicações e geoprocessamento, problema da tringularização ótima de um polígono convexo, com aplicações em geometria computacional, computação gráfica e visão computacional. Por outro lado, a computação paralela consiste de um conjunto de processadores interligados que juntos resolvem um determinado problema, de forma mais rápida que a computação seqüencial, a qual utiliza somente um processador. Em áreas que trabalham com um grande quantidade de informações, como por exemplo, biologia computacional, processamento de imagens, modelagem e simulação de grandes sistemas, entre outras o uso de paralelismo tem conseguido acelerações de tempo significativas. Neste projeto propomos o desenvovimento de algoritmos paralelos realísticos para solucionar problemas de otimização através da técnica de programação dinâmica com economia de tempo e espaço. Implementações desses algoritmos serão projetadas para solucionar esses problemas e aplicá-las a casos reais em biologia molecular computacional, geoprocessamento, computação gráfica, entre outros.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Marco Aurélio Stefanes - Coordenador / Edson Norberto Cáceres - Integrante., Financiador(es): Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.

• 2004 - 2008

  Foundations of Computer Science: Combinatorial Algorithms and Discrete Structures -- Thematic/ProNEx Project (FAPESP/CNPq) Proc. FAPESP 2003/09925-5, Descrição: The research proposed under this project focuses on the development of efficient combinatorial algorithms and on the investigation of discrete structures of intrinsic interest, with the global aim of giving support of fundamental nature to computer science (CS). This project's approach is of a classical nature. Of the multiple fronts of CS that try to give support to computationally intense research projects of modern science, this project falls into the mathematical category, attacking algorithmic problems rigorously. The algorithms that are developed are analysed for correctness and computational complexity, and, when, relevant, they are implemented.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (10) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / José Coelho de Pina Júnior - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Marcelo Henriques de Carvalho - Integrante / Marco Aurélio Stefanes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Paulo Feofiloff - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Alair Pereira do Lago - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Coordenador / Renato José da Silva Carmo - Integrante / Ricardo Dahab - Integrante / Jair Donadelli Jr. - Integrante / André Luiz Pires Guedes - Integrante / Orlando Lee - Integrante / Manoel Lemos - Integrante / Sóstenes Lins - Integrante / Cláudio Leonerdo Lucchesi - Integrante / Flávio Keidi Miyazawa - Integrante / Cid Carvalho de Souza - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Universidade de São Paulo - Cooperação / Universidade Federal de Pernambuco - Cooperação / Universidade Federal do Paraná - Cooperação / Universidade Federal de Mato Grosso do Sul - Cooperação / Universidade Estadual de Campinas - Cooperação., Número de produções C, T & A: 7

• 1997 - 2004

  Complexity of Discrete Structures (Projeto ProNEx 107/97 - MCT/CNPq Proc. CNPq 664107/1997-4), Descrição: Investigação dos problemas relacionados a estruturas discretas, algoritmos e complexidades.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (20) / Mestrado acadêmico: (30) / Doutorado: (10) . , Integrantes: Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / José Coelho de Pina Júnior - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Jr. - Integrante / Marcelo Henriques de Carvalho - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Márcia Rosana Cerioli - Integrante / Paulo Feofiloff - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Coordenador / Ricardo Dahab - Integrante / Manoel Lemos - Integrante / Sóstenes Lins - Integrante / Cláudio Leonerdo Lucchesi - Integrante / Flávio Keidi Miyazawa - Integrante / Cid Carvalho de Souza - Integrante / Celina M. H. Figueiredo - Integrante / Cleide S. Martins Gomes - Integrante / Katia Silva Guimarães - Integrante / Sulamita Klein - Integrante / Arnaldo Mandel - Integrante / João Meidanis - Integrante / Célia Picinin de Mello - Integrante / João Carlos Setubal - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade de São Paulo - Cooperação / Universidade Estadual de Campinas - Cooperação / Universidade Federal do Rio de Janeiro - Cooperação / Universidade Federal de Pernambuco - Cooperação / Universidade Federal de Mato Grosso do Sul - Cooperação., Número de produções C, T & A: 5

Prêmios