Juliana Silva Bernardes
Juliana Silva Bernardes é professora adjunta da Univeridade Pierre et Marie Curie (Paris-França). Possui graduação em Ciência da Computação pela Universidade Federal Fluminense (2002), mestrado em Engenharia de Sistemas e Computação pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2005) e doutorado com dupla titulação pelas universidades UFRJ (COPPE Sistema) e Université Pierre et Marie Curie (Paris VI). Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Inteligência Artificial e desenvolve projetos de pesquisa em biologia computacional
Informações coletadas do Lattes em 03/09/2025
Acadêmico
Formação acadêmica
Doutorado em Engenharia de Sistemas e Computação
2007 - 2012
Universidade Federal do Rio de Janeiro
Título: Combinando aprendizado de máquina e informações evolutivas na identificação e classificação funcional de proteínas homólogas distantes
Orientador: em Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( Alessandra Carbone)
com Gerson Zaverucha. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Palavras-chave: Aprendizado de Máquinas; Biologia Computacional; Detecção de Homologias em Proteínas.Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Inteligência Artificial.
Mestrado em Engenharia de Sistemas e Computação
2003 - 2005
Universidade Federal do Rio de Janeiro
Título: Detecção de Homologias Distantes através de HMMs e Informações Estruturais de Proteínas,Ano de Obtenção: 2005
Orientador: Vítor Manuel de Morais Santos Costa e Gerson Zaverucha
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Aprendizado de Máquinas; Hidden Markov Models; Biologia Computacional; Detecção de Homologias em Proteínas.Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação. Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Inteligência Artificial.
Pós-doutorado
2014 - 2014
Pós-Doutorado. , Laboratory of Computational and Quantitative Biology. , Bolsista do(a): Institut du Calcul et de la Simulation. , Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Inteligência Artificial / Especialidade: Técnicas de Aprendizado de Máquina.
2012 - 2014
Pós-Doutorado. , Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil. , Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. , Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Inteligência Artificial. , Grande Área: Engenharias / Área: Engenharia Biomédica.
Formação complementar
2004 - 2004
Bioinformática. (Carga horária: 40h). , Fundação Oswaldo Cruz.
2002 - 2002
Unified Modeling Language UML. (Carga horária: 40h). , BRQ-Systens.
2002 - 2002
Java Programming II (Servlet e JSP). (Carga horária: 40h). , Instituto INFNET Rio de Janeiro.
2002 - 2002
Java Programming I. (Carga horária: 40h). , Instituto INFNET Rio de Janeiro.
2001 - 2001
Mastering Web Applications Development Using Visua. (Carga horária: 40h). , Instituto INFNET Rio de Janeiro.
2001 - 2001
Implementando Microsoft Windows 2000. (Carga horária: 40h). , ARCON.
2001 - 2001
Microsoft Windows 2000 Professional and Server. (Carga horária: 20h). , ARCON.
2001 - 2001
Sist Operacional e de Rede Microsoft Windows 2000. (Carga horária: 20h). , ARCON.
2001 - 2001
MS Project 98. (Carga horária: 24h). , Datamec S/A Sistema e Processamento de Dados.
2000 - 2000
Creating and Managing a Web Server Using MS IIS 4. (Carga horária: 24h). , ARCON.
Idiomas
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende BemLê Razoavelmente.
Francês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Áreas de atuação
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Inteligência Artificial.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Inteligência Artificial/Especialidade: Técnicas de Aprendizado de Máquina.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformatica.
Participação em eventos
Workshop on Machine Learning in Systems Biology.Greedy cluster, a fast and sensitive method for grouping protein sequences. 2014. (Simpósio).
CiE2013: Computability in Europe. Combining multiple evolutionary models and machine learning for protein domain identification. 2013. (Congresso).
24th Annual Molecular Parasitology Meeting. Large scale analysis of the Plasmodium falciparum proteome through a multitude of diversified probablistic models.. 2013. (Congresso).
X-Meeting & BSB 2013. Gene selection and classification for cancer microarray data with multiple ordering criteria. 2013. (Congresso).
Bioinformatique des Plasmodium et autres pathogènes majeurs.Ensemble models for predicting transcription factors in Plasmodium Falciparum. 2010. (Simpósio).
Global Dialogues on Emerging Science and Technology (GDEST) Conference on Bioinformatics. 2006. (Congresso).
International Workshop on Genomic Databases. 2005. (Oficina).
International Conference on Bioinformatics and Computation Biology. 2004. (Congresso).
Participação em bancas
BERNARDES, J. S.; GONCALVES, L R Oliveira; SILVA, R.. Aplicação web para a automação de uma clinica veterinaria. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estácio de Sá.
BERNARDES, J. S.. Top 10 da qualidade gerência de projetos com qualidade. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estácio de Sá.
BERNARDES, J. S.; SILVA, R.; ALMEIDA, Rogério. A.; LICHT, F. L.. Gerenciador eletrônico de documentos para a policia rodoviária federal GED/PRF. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estácio de Sá.
GONCALVES, L R Oliveira; SILVA, R.;BERNARDES, J. S.. de Queiroz.Sistema gerenciador de templates para banco de dados. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estácio de Sá.
Orientou
Combinando aprendizado de máquina e múltiplos modelos evolutivos para classificação de domínios funcionais de proteínas homólogas distantes; Início: 2014; Iniciação científica (Graduando em Engenharia de Computação e Informação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);
Avaliação e melhoramento de métodos para agrupamento de proteínas homologas distantes; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia de Computação e Informação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Juliana Silva Bernardes;
Produções bibliográficas
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BERNARDES, J. S. ; PEDREIRA, CARLOS E. . A Review of Protein Function Prediction Under Machine Learning Perspective. Recent Patents on Biotechnology , v. 999, p. 25-30, 2013.
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BERNARDES, J. S. ; Carbone, Alessandra ; Zaverucha, Gerson . A discriminative method for family-based protein remote homology detection that combines inductive logic programming and propositional models. BMC Bioinformatics , v. 12, p. 83, 2011.
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BERNARDES, J. S. ; Fernandez, J. H ; Vasconcelos, A.T.R . Structural descriptor database: a new tool for sequence based functional site prediction. BMC Bioinformatics , v. 9, p. 492, 2008.
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BERNARDES, J. S. ; DAVILA, A. ; SANTOS, V. ; ZAVERUCHA, G. . Improving model construction of profile HMMs for remote homology detection through structural alignment.. BMC Bioinformatics , v. 8, p. 435, 2007.
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COSTA, J. B. ; BERNARDES, J. S. ; SANTOS, V. ; ZAVERUCHA, G. . Remote Homology Detection Through Discriminative Statistical Relational Learning. In: The European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, 2008, Belgica. In: Workshop on Statistical and Relational Learning in Bioinformatics (StReBio), 2008.
-
VIEIRA, F. R. J. ; BERNARDES, J. S. . Greedy cluster, a fast and sensitive method for grouping protein sequences. In: Machine Learning in Systems Biology, 2014, Strasbourg. The eighth International Workshop on Machine Learning in Systems Biology, 2014. p. http://mlsb.cc/.
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BERNARDES, J. S. ; VAQUERO, C. ; ZAVERUCHA, G. ; Carbone, Alessandra . Combining multiple evolutionary models and machine learning for protein domain identification. In: CiE2013 - Computability in Europe, 2013, Milão. The Nature of Computation Logic, Algorithms, Applications, 2013. p. 39.
-
FORTUNATO, A. E. ; BERNARDES, JULIANA S. ; FALCIATORE, A. ; Carbone, Alessandra . Looking for the circadian clock components in marine diatoms. In: EMBO workshop, 2013, Paris. The Molecular life of Diatoms, 2013. p. 105.
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BERNARDES, J. S. ; FORTUNATO, A. E. ; FALCIATORE, A. ; Carbone, Alessandra . Phaeodactylum tricornutum genome re-annotation through multiple evolutionary models. In: EMBO workshop, 2013, Paris. The Molecular life of Diatoms, 2013. p. 132.
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BERNARDES, J. S. ; VAQUERO, C. ; ZAVERUCHA, G. ; Carbone, Alessandra . Large scale analysis of the Plasmodium falciparum proteome through a multitude of diversified profiles. In: 24th Molecular Parasitology Meeting, 2013, Woods hole. MPM XXIV, 2013. p. 207.
-
BERNARDES, J. S. ; Zaverucha, Gerson ; Carbone, Alessandra ; VAQUERO, C. . Intelligent Strategies for Remote Homology Detection. In: Dagstuhl Seminar 11081, 2011, Dagstuhl. Combinatorial and Algorithmic Aspects of Sequence Processing. Dagstuhl: Dagstuhl Publishing, 2011. v. 1. p. 52-52.
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BERNARDES, J. S. ; ZAVERUCHA, G. ; SANTOS, V. ; DAVILA, A. . Remote Homology Detection with HMMs and Structural Issues. In: International Workshop on Genomic Database, 2005, Rio de Janeiro. International Workshop on Genomic Database, 2005.
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BERNARDES, J. S. ; ZAVERUCHA, G. ; SANTOS, V. ; DAVILA, A. . GIBTs - Graphical Interface to Bioinformatics Tools. In: International Conference on Bioinformatics and Computation Biology, 2004, Angra dos Reis, Rio de Janeiro. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.
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DAVILA, A. BERRIMAN, M. GRISARD, E. C. KISSINGER, J. HERTZ-FOWLER, C. PIRES, Paulo F. BARROS, L. BAIÃO, F. MATTOSO, M. COSTA, V. ZAVERUCHA, G. AGGARWAL, G. CASTRO, P.A.R. OLIVEIRA, P.M. SOUZA, S. BERNARDES, J. S. LORENZINI, D. M. GUERREIRO, L. T. A. WAGNER, G. OCAÑA, K.A.C.S FERREIRA, Y.C. RECH, D.H. MENDES, P. N. CAMPOS, L. M. MAZZONI, C. J. , et al. FRÖHLICH, A. A. M. STEINDEL, M. CAVALCANTI, M. C. CAMPOS, M. L. M. ; The BiowebDB Consortium: an integrative Bioinformatics approach for comparative genomics of Kinetoplastida. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.
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OCAÑA, K.A.C.S ; BERNARDES, J. S. ; CASTRO, P.A.R. ; DAVILA, A. . A database of Hidden Markov Models for Mobile Genetic Elements identification. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis, Rio de Janeiro. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.
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BERNARDES, J. S. ; SANTOS, A.D . Processador Super Escalar. In: Seminário de iniciação cientifica, 2000, Niteroi. 10 º seminário de iniciação cientifica da Universidade Federal Fluminense, 2000.
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BERNARDES, J. S. ; VAQUERO, C. ; ZAVERUCHA, G. ; Carbone, Alessandra . Combining multiple evolutionary models and machine learning for protein domain identification. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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BERNARDES, J. S. ; VAQUERO, C. ; ZAVERUCHA, G. ; Carbone, Alessandra . Large scale analysis of the Plasmodium falciparum proteome through a multitude of diversified probablistic models.. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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BERNARDES, J. S. ; PEDREIRA, C. E. . Gene selection and classification for cancer microarray data with multiple ordering criteria. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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FORTUNATO, A. E. ; BERNARDES, J. S. ; Carbone, Alessandra ; FALCIATORE, A. . Looking for the circadian clock components in marine diatoms. 2013. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
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BERNARDES, J. S. ; FORTUNATO, A. E. ; FALCIATORE, A. ; Carbone, Alessandra . Phaeodactylum tricornutum genome re-annotation through multiple evolutionary models. 2013. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
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BERNARDES, J. S. ; Domain identification in proteins exploring a multitude of diversified profiles. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
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BERNARDES, J. S. ; Carbone, Alessandra ; ZAVERUCHA, G. ; VAQUERO, C. . Intelligent strategies for remote homology detection. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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BERNARDES, J. S. ; ZAVERUCHA, G. ; Carbone, Alessandra . A discriminative method for protein remote homology detection that combines Inductive Logic Programming and propositional models.. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
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BERNARDES, J. S. ; Remote Homology Detection. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
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BERNARDES, J. S. ; Homoligias e Similaridades. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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BERNARDES, J. S. ; Introdução a Algoritmos. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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BERNARDES, J. S. ; Hidden Markov Models (HMMs) e HMMer. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Histórico profissional
Endereço profissional
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Université Pierre et Marie Curie, Biologie Computationnelle et Quantitative. , 15, Rue de l'Ecole de Médecine, Site des Cordeliers, 75006 - Paris, - França, Telefone: (33) 014427733, URL da Homepage:
Experiência profissional
2014 - Atual
Université Pierre et Marie CurieVínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto I, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2007 - 2011
UFRJ - COPPE SistemasVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutoranda, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
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03/2007 - 08/2011
Pesquisa e desenvolvimento , Sistemas e Computação, .,Linhas de pesquisa
2004 - 2009
Universidade Estácio de SáVínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Professor Auxiliar I
Atividades
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03/2004 - 08/2009
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Ambientes Internet, Banco de Dados I, Banco de dados II, Banco de Dados III, Conexionismo, Data Mining, Engenharia de Software - Análise essencial, Engenharia de Software - Qualidade de Software, Java, lógica
2006 - 2007
Laboratório Nacional de Computação CientíficaVínculo: Pesquisador, Enquadramento Funcional: Bolsista DTI - Nível M, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2003 - 2004
Empresa Brasileira de Telecomunicacões EmbratelVínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Analista de Sistemas, Carga horária: 20
Outras informações:
Bolsista CoppeTec
Atividades
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10/2003 - 07/2004
Serviços técnicos especializados , IRST - Sistema de Integração Telefônica., .,Serviço realizado, Atividades: Analista de Sistema e desenvolvedor WEB. Ferramentas: J2EE (Servlet, JSP, and EJB), Oracle, jboss, jbuilder, e Rational Rose (UML)..
2001 - 2003
UnisysVínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Analista de Sistemas, Carga horária: 40
Atividades
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11/2002 - 02/2003
Serviços técnicos especializados , SIAHAB - Sistema para acompanhamento de residencias populares., .,Serviço realizado, Sistema para a Caixa Econômica Federal. Atividades: Analista de Sistema e desenvolvedor WEB. Ferramentas: J2EE (Servlet e Jsp), banco de dados Db2, Websphere e Rational Rose (UML)..
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07/2001 - 12/2002
Serviços técnicos especializados , Sistema web para controle de atividades de atendentes., .,Serviço realizado, Sistema desenvolvido para a intranet da Unisys/Datamec. Atividades: Analista de Sistema e desenvolvedor WEB. Ferramentas: Active Serve Pages (ASP), SQL Server database, e Rational Rose (UML).
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05/2002 - 09/2002
Serviços técnicos especializados , Biblioteca Online, .,Serviço realizado, Sistema desenvolvido para a intranet da Unisys/Datamec. Atividades: Analista de Sistema e desenvolvedor WEB. Ferramentas: Active Serve Pages (ASP), SQL Server database, e Rational Rose (UML)..
-
04/2002 - 08/2002
Serviços técnicos especializados , Bobs Intranet, .,Serviço realizado, Sistema desenvolvido para a rede de alimentação Bob's. Atividades: Analista de Sistema e desenvolvedor WEB. Ferramentas: Java (applets), Active Serve Pages (ASP), e SQL Server database..
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01/2002 - 03/2002
Serviços técnicos especializados , Sistema para busca de informações pessoais., .,Serviço realizado, Sistema desenvolvido para a intranet da Unisys/Datamec. Atividades: Analista de Sistema e desenvolvedor WEB. Ferramentas: Active Serve Pages (ASP), SQL Server database, e Rational Rose (UML)..
2000 - 2001
DATAMEC S/A - Sistemas e Processamento de DadosVínculo: estagiaria, Enquadramento Funcional: Analista de Sistemas, Carga horária: 20
Atividades
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10/2000 - 02/2001
Estágios , Sistema de cadastro de curriculum vitae., .,Estágio realizado, Sistema desenvolvido para a intranet da Datamec. Atividades: Analista de Sistema e desenvolvedor WEB. Ferramentas: Active Serve Pages (ASP) e SQL Server database..
2000 - 2000
Universidade Federal FluminenseVínculo: Iniciação Cientifica, Enquadramento Funcional: Bolsista iniciação ciêntifica
Outras informações:
Desenvolvimento de um processador super escalar
Atividades
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04/2000 - 10/2000
Pesquisa e desenvolvimento , Centro Tecnológico, .,Linhas de pesquisa
Criando um monitoramento
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