Ruy Freitas Reis

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Produções bibliográficas

• DE OLIVEIRA, JOÃO VÍCTOR COSTA ; FATIGATE, GUSTAVO RESENDE ; SILVA, GUSTAVO GONÇALVES ; CÂNDIDO, LUCAS NASCIMENTO ; REIS, RUY FREITAS ; DE MELO QUINTELA, BÁRBARA ; LOBOSCO, MARCELO . Adaptive load balancing for heterogeneous systems: A performance-guided approach for 3D hydro-mechanical modeling of edema formation. JOURNAL OF COMPUTATIONAL AND APPLIED MATHEMATICS , v. 472, p. 116770, 2026.

• FATIGATE, GUSTAVO RESENDE ; MARTINS, GUSTAVO COELHO ; LOBOSCO, MARCELO ; REIS, RUY FREITAS . Influence of blood-related parameters for hyperthermia-based treatments for cancer. Journal of Computational Science , v. -, p. 102556, 2025.

• PASSOS, CAMILA RIBEIRO ; MOREIRA, ALEXANDRE ALTAMIR ; REIS, RUY FREITAS ; DOS SANTOS, RODRIGO WEBER ; LOBOSCO, MARCELO ; ROCHA, BERNARDO MARTINS . A Coupled Model of the Cardiovascular and Immune Systems to Analyze the Effects of COVID-19 Infection. Biotech , v. 14, p. 19, 2025.

• Freitas Reis, R V ; Freitas Reis, N A ; FREITAS REIS, RUY . Hate speeches in well-ordered societies and real societies. REVISTA QUAESTIO IURIS , v. 17, p. 402-439, 2025.

• FATIGATE, GUSTAVO RESENDE ; MARTINS, GUSTAVO COELHO ; LOBOSCO, MARCELO ; REIS, RUY FREITAS . Impact of inaccuracies of injection positioning for hyperthermia treatment for cancer. JOURNAL OF COMPUTATIONAL AND APPLIED MATHEMATICS , v. -, p. 116780, 2025.

• REIS, RUY FREITAS ; CONGDON, PETER . Editorial: Epidemiological considerations in COVID-19 forecasting. Frontiers in Epidemiology , v. 2, p. 2:1119559, 2023.

• FATIGATE, GUSTAVO RESENDE ; LOBOSCO, MARCELO ; REIS, RUY FREITAS . A 3D Approach Using a Control Algorithm to Minimize the Effects on the Healthy Tissue in the Hyperthermia for Cancer Treatment. Entropy , v. 25, p. 684, 2023.

• Xavier, Carolina Ribeiro ; OLIVEIRA, RAFAEL SACHETTO ; Vieira, Vinícius da Fonseca ; ROCHA, BERNARDO MARTINS ; REIS, RUY FREITAS ; QUINTELA, BÁRBARA DE MELO ; LOBOSCO, MARCELO ; SANTOS, RODRIGO WEBER DOS . Timing the race of vaccination, new variants, and relaxing restrictions during COVID-19 pandemic. Journal of Computational Science , v. -, p. 101660, 2022.

• LOURENCO, W. J. ; REIS, R. F. ; Ruiz-Baier, R ; Rocha, B.M. ; WEBER DOS SANTOS, RODRIGO ; LOBOSCO, M. . A poroelastic approach for modelling myocardial oedema in acute myocarditis. Frontiers in Physiology , v. 1, p. 1, 2022.

• BARNAFI, N. A. ; GÓMEZ-VARGAS, B. ; LOURENÇO, W. J. ; REIS, R. F. ; ROCHA, B. M. ; LOBOSCO, M. ; RUIZ-BAIER, R. ; DOS SANTOS, R. WEBER . Finite Element Methods for Large-Strain Poroelasticity/Chemotaxis Models Simulating the Formation of Myocardial Oedema. JOURNAL OF SCIENTIFIC COMPUTING , v. 92, p. 92, 2022.

• Fatigate, G. R. ; Neves, R. F. C. ; LOBOSCO, M. ; REIS, R. F. . Tissue Damage Control Algorithm for Hyperthermia Based Cancer Treatments. Lecture Notes in Computer Science , v. 13351, p. 1-12, 2022.

• OLIVEIRA, RAFAEL SACHETTO ; Xavier, Carolina Ribeiro ; Vieira, Vinícius da Fonseca ; ROCHA, BERNARDO MARTINS ; REIS, RUY FREITAS ; QUINTELA, BÁRBARA DE MELO ; DOS SANTOS, RODRIGO WEBER . How Fast Vaccination Can Control the COVID-19 Pandemic in Brazil?. Lecture Notes in Computer Science , v. 12743, p. 497-510, 2021.

• GUEDES, B. R. ; LOBOSCO, MARCELO ; DOS SANTOS, RODRIGO WEBER ; REIS, RUY FREITAS . Uncertainty Quantification of Tissue Damage Due to Blood Velocity in Hyperthermia Cancer Treatments. Lecture Notes in Computer Science , v. 12743, p. 511-524, 2021.

• REIS, RUY FREITAS ; PIGOZZO, ALEXANDRE BITTENCOURT ; BONIN, CARLA REZENDE BARBOSA ; QUINTELA, BARBARA DE MELO ; POMPEI, LARA TURETTA ; VIEIRA, ANA CAROLINA ; SILVA, LARISSA DE LIMA E ; XAVIER, MAICOM PETERS ; WEBER DOS SANTOS, RODRIGO ; LOBOSCO, MARCELO . A Validated Mathematical Model of the Cytokine Release Syndrome in Severe COVID-19. FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES , v. 8, p. 639423, 2021.

• DE ALMEIDA PIRES, CARLOS ALEXANDRE ; DE OLIVEIRA KNOP, IGOR ; FREITAS REIS, RUY ; DE MELO QUINTELA, BÁRBARA . Semana da Computação da UFJF: desafios e perspectivas entre os anos de 2017 e 2019. REVISTA COMING - COMMUNICATIONS AND INNOVATIONS GAZETTE , v. 5, p. 82-89, 2021.

• REIS, RUY FREITAS ; OLIVEIRA, RAFAEL SACHETTO ; QUINTELA, BÁRBARA DE MELO ; CAMPOS, JOVENTINO DE OLIVEIRA ; GOMES, JOHNNY MOREIRA ; ROCHA, BERNARDO MARTINS ; LOBOSCO, MARCELO ; DOS SANTOS, RODRIGO WEBER . The Quixotic Task of Forecasting Peaks of COVID-19: Rather Focus on Forward and Backward Projections. FRONTIERS IN PUBLIC HEALTH , v. 9, p. 623521, 2021.

• REIS, R. F. ; QUINTELA, B. M. ; J. DE OLIVEIRA CAMPOS ; GOMES, J. M. ; Rocha, B M ; LOBOSCO, M. ; R. W. DOS SANTOS . Characterization of the COVID-19 pandemic and the impact of uncertainties, mitigation strategies, and underreporting of cases in South Korea, Italy, and Brazil. CHAOS SOLITONS & FRACTALS , p. 109888, 2020.

• SANTOS, IGOR PIRES DOS ; REIS, RUY FREITAS ; QUEIROZ, RAFAEL ALVES BONFIM DE . SIMULATION OF PULSATILE FLOW THROUGH ARTERIAL TREE MODELS. REVISTA MUNDI ENGENHARIA, TECNOLOGIA E GESTÃO , v. 5, p. 292-01-292-14, 2020.

• REIS, RUY FREITAS ; DOS SANTOS, RODRIGO WEBER ; ROCHA, BERNARDO MARTINS ; LOBOSCO, MARCELO . On the mathematical modeling of inflammatory edema formation. COMPUTERS & MATHEMATICS WITH APPLICATIONS , v. 78, p. 2994-3006, 2019.

• REIS, RUY FREITAS ; FERNANDES, JULIANO LARA ; SCHMAL, THAIZ RUBERTI ; ROCHA, BERNARDO MARTINS ; DOS SANTOS, RODRIGO WEBER ; LOBOSCO, MARCELO . A personalized computational model of edema formation in myocarditis based on long-axis biventricular MRI images. BMC BIOINFORMATICS , v. 20, p. 532, 2019.

• Pompei, L. T. ; REIS, R. F. ; DOS SANTOS, R W ; LOBOSCO, M. . Paralelização em um Ambiente de Memória Distribuída de um Simulador da Formação de Edemas no Coração. REVISTA ELETRÔNICA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA , v. 16, p. -, 2018.

• REIS, R. F. ; DOS SANTOS, R W ; LOBOSCO, M. . Influence of the Immune System on the Biological Dynamics of the Interstitial Fluid Pressure. IFMBE Proceedings , v. 60, p. 304-307, 2017.

• QUINTELA, B. M. ; CONWAY, J. M. ; HYMAN, J. M. ; R. F. REIS ; R. W. DOS SANTOS ; M. LOBOSCO ; PERELSON, A. S. . An Age-based Multiscale Mathematical Model of the Hepatitis C Virus Life-cycle During Infection and Therapy: Including Translation and Replication. IFMBE Proceedings , v. 60, p. 508-5011, 2017.

• REIS, R. F. ; DOS SANTOS, R W ; LOBOSCO, M. . A Plasma Flow Model in the Interstitial Tissue Due to Bacterial Infection. Lecture Notes in Computer Science , v. 9656, p. 335-345, 2016.

• R. F. REIS ; R. W. DOS SANTOS ; J. DE OLIVEIRA CAMPOS ; M. LOBOSCO . Interstitial Pressure Dynamics Due to Bacterial Infection. MECÁNICA COMPUTACIONAL , v. XXXIV, p. 1181-1194, 2016.

• REIS, RUY FREITAS ; LOUREIRO, FELIPE DOS SANTOS ; LOBOSCO, MARCELO . Parameters analysis of a porous medium model for treatment with hyperthermia using OpenMP. JOURNAL OF PHYSICS. CONFERENCE SERIES (ONLINE) , v. 633, p. 012087, 2015.

• REIS, RUY FREITAS ; LOUREIRO, FELIPE DOS SANTOS ; LOBOSCO, MARCELO . 3D numerical simulations on GPUs of hyperthermia with nanoparticles by a nonlinear bioheat model. JOURNAL OF COMPUTATIONAL AND APPLIED MATHEMATICS , v. 295, p. 35-47, 2015.

• REIS, R. F. ; LOUREIRO, F. S ; LOBOSCO, M. . A Parallel 2D Numerical Simulation of Tumor Cells Necrosis by Local Hyperthermia. JOURNAL OF PHYSICS. CONFERENCE SERIES (ONLINE) , v. 490, p. 012138, 2014.

• Silva, Laura Polverari e ; LOBOSCO, MARCELO ; REIS, RUY FREITAS . A Computational Immune Approach for Modeling Different Levels of Severity in COVID-19 Infections. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer Nature Switzerland, 2025, v. , p. 387-394.

• Ribeiro, Matheus R. ; Quintela, Bárbara de M. ; REIS, RUY F. ; DOS SANTOS, RODRIGO W. ; LOBOSCO, MARCELO . Predicting Antibody Responses to Type V GBS-TT Conjugate Vaccine Using Computational Modelling. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer Nature Switzerland, 2025, v. , p. 372-386.

• MARTINS, GUSTAVO COELHO ; FATIGATE, GUSTAVO RESENDE ; LOBOSCO, MARCELO ; REIS, RUY FREITAS . Uncertainty Quantification of Thermal Damage in Hyperthermia as a Cancer Therapy. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer Nature Switzerland, 2025, v. , p. 419-433.

• COSTA, G. M. R. ; LOBOSCO, M. ; EHRHARDT, M. ; REIS, R. F. . Mathematical analysis and a nonstandard scheme for a model of the immune response against COVID-19. Contemporary Mathematics. 1ed.: American Mathematical Society, 2024, v. , p. 251-270.

• Esteves, A M B ; FATIGATE, G. R. ; LOBOSCO, M. ; REIS, RUY F. . Influence of the Capillaries Bed in Hyperthermia for Cancer Treatment. In: Miky?ka, J.; de Mulatier, C.; Paszynski, M.; Krzhizhanovskaya, V.V.; Dongarra, J.J.; Sloot, P.M. (Org.). Lecture Notes in Computer Science. -ed.Springer Nature: Switzerland, 2023, v. 14074, p. 623-637.

• MOREIRA, A. A. ; PASSOS, C. R. ; REIS, R. F. ; LOBOSCO, M. ; DOS SANTOS, R W ; Rocha, B M . Modelo Acoplado do Sistema Cardiovascular e Imunológico para Análise dos Efeitos da Infecção por COVID-19. In: XXVI Encontro Nacional de Modelagem Computacional e XIV Encontro de Ciência e Tecnologia dos Materiais, 2023, Nova Friburgo. Anais do Encontro Nacional de Modelagem Computacional e Encontro de Ciência e Tecnologia dos Materiais. Recife: Even3, 2023.

• XAVIER, MAICOM PETERS ; POMPEI, LARA T. ; DE O. VIEIRA, ANA CAROLINA G. ; DE PAULA, MATHEUS A. M. ; BONIN, CARLA R. B. ; REIS, RUY F. ; PIGOZZO, ALEXANDRE B. ; QUINTELA, BARBARA DE M. ; DOS SANTOS, RODRIGO W. ; LOBOSCO, MARCELO . Modelling the Human Immune System Response to the ChAdOx1 nCoV-19 Vaccine. In: 2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2021, Houston. 2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2021. p. 3327.

• XAVIER, MAICOM PETERS ; REIS, RUY F. ; DOS SANTOS, RODRIGO W. ; LOBOSCO, MARCELO . A simplified model of the Human Immune System response to the COVID-19. In: 2020 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2020, Seoul. 2020 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2020. p. 1311.

• Larissa de L. e Silva ; Maicom P. Xavier ; R. W. DOS SANTOS ; M. LOBOSCO ; REIS, R. F. . Uncertain Quantification of Immunological Memory to Yellow Fever Virus. In: 2020 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2020, Seoul. 2020 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2020.

• POMPEI, LARA TURETTA ; REIS, RUY FREITAS ; DOS SANTOS, RODRIGO WEBER ; LOBOSCO, MARCELO . Modeling the Increase of Interstitial Pressure During Viral Infections. In: 2019 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2019, San Diego. 2019 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2019. p. 2176.

• Pompei, L. T. ; REIS, R. F. ; LOBOSCO, M. . Paralelização em um Ambiente de Memória Distribuída de um Simulador da Formação de Edemas no Coração. In: Simpósio de Sistemas Computacionais de Alto Desempenho, 2018, São Paulo. WSCAD-WIC 2018 - Workshop de Iniciação Científica em Arquitetura de Computadores e Computação de Alto Desempenho, 2018. p. 532-537.

• REIS, R. F. ; ROCHA, B. M. ; SANTOS, R. W. DOS ; LOBOSCO, M. . An Hydro-Mechanical Model of Edema Formation Applied to Bacterial Myocarditis. In: 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2018, Madrid. 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2018. p. 1418.

• FATIGATE, G. R. ; REIS, R. F. ; Neves, R F C . Um Estudo Comparativo de Simulação de Hipertermia com Nanopartículas Magnéticas. In: X Encontro Acadêmico de Modelagem Computacional, 2017, Petropolis. Anais do X Encontro Acadêmico de Modelagem Computacional, 2017.

• REIS, R. F. ; LOUREIRO, F. S ; LOBOSCO, M. . Solução Numérica Paralela de um Modelo de Biotransferência de Calor Tridimensional Não Linear. In: XI SIMMEC / II EMMCOMP, 2014, Juiz de Fora. XI SIMMEC / II EMMCOMP, 2014.

• Fernandes, K. G ; LOUREIRO, F. S ; REIS, R. F. . Uma aplicação do método das diferenças finitas com funções de base radial em problemas de biotransferência de calor. In: XI SIMMEC / II EMMCOMP, 2014, Juiz de Fora. XI SIMMEC / II EMMCOMP, 2014.

• REIS, R. F. ; LOUREIRO, F. S ; LOBOSCO, M. . Implementação em OpenMP de um modelo tridimensional para simulação de hipertermia local. In: XXXV Ibero-Latin American Congress on Computational Methods in Engineering in Fortaleza - CILAMCE, 2014, Fortaleza. XXXV Ibero-Latin American Congress on Computational Methods in Engineering in Fortaleza - CILAMCE, 2014.

• Fernandes, K. G ; LOUREIRO, F. S ; REIS, R. F. . Resolução de um modelo convectivo de biotransferência de calor via MDF com funções de base radial. In: XXXV Ibero-Latin American Congress on Computational Methods in Engineering in Fortaleza - CILAMCE, 2014, Fortaleza. XXXV Ibero-Latin American Congress on Computational Methods in Engineering in Fortaleza - CILAMCE, 2014.

• BARNAFI, NICOLÁS ; GÓMEZ-VARGAS, BRIAN ; DE JESUS LOURENCO, WESLEY ; REIS, RUY FREITAS ; ROCHA, BERNARDO MARCELO ; LOBOSCO, MARCELO ; RUIZ-BAIER, RICARDO ; WEBER DOS SANTOS, RODRIGO . A large-strain poroelastic model for myocardial oedema formation. In: 10th Vienna Conference on Mathematical Modelling, 2022, Viena/Austria. MATHMOD 2022 Discussion Contribution Volume, 2022. p. 77.

• FATIGATE, G. R. ; MAFRA, E. M. ; REIS, R. F. ; Neves, R F C . SIMULAÇÕES NUMÉRICAS DE HIPERTERMIA COM NANOPARTÍCULAS MAGNÉTICAS ATRAVÉS DE MEIO POROSO. In: 9ª JORNADA CIENTÍFICA E TECNOLÓGICA E 6º SIMPÓSIO DA PÓS-GRADUAÇÃO DO IFSULDEMINAS, 2017, Machado. 9ª Jornada Científica e Tecnológica e 6º Simpósio da Pós-Graduação do IFSULDEMINAS, 2017.

• REIS, R. F. ; LOUREIRO, F. S . Modelagem Computacional Térmica de Tumores sob Tecidos de Pele. In: IV Workshop de Trabalhos de Graduação e Pós-Graduação do DCC, 2012, Juiz de Fora. Relatórios Técnicos do DCC/UFJF, 2012.

• REIS, R. F. ; SILVA, A. P. C . Construindo Topoplogias Inteligentes para sistemas P2P-TV. In: I Workshop de Trabalhos de Graduac¸ao e Pós-Graduação - DCC/UFJF, 2010, Juiz de Fora. Relatórios Técnicos do DCC/UFJF, 2010.

• REIS, R. F. ; DOS SANTOS, R W ; Rocha, B M ; LOBOSCO, M. . Mechanical Modeling of Edema Formation Applied to Bacterial Myocarditis. In: ESCO 2018 - 6th European Seminar on Computing, 2018, Pilsen. ESCO 2018 - 6th European Seminar on Computing, 2018.

• REIS, R. F. ; LOUREIRO, F. S ; LOBOSCO, M. . A Parallel 3D Numerical Simulation of Hyperthermia Cancer Treatment Considering a Nonlinear Bioheat Transfer Model. In: VIII Pan-American Workshop Applied and Computational Mathematics, 2014, Barranquilla. VIII Pan-American Workshop Applied and Computational Mathematics, 2014.

• SILVA ; LOBOSCO, M. ; REIS, RUY FREITAS . A Computational Immune Approach for Modeling Different Levels of Severity in COVID-19 Infections. 2025. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• RIBEIRO, M. R. ; QUINTELA, B. ; REIS, RUY FREITAS ; LOBOSCO, M. . Predicting Antibody Responses to Type V GBS-TT Conjugate Vaccine Using Computational Modelling. 2025. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MARTINS, G. C. ; FATIGATE, G. R. ; LOBOSCO, M. ; REIS, RUY FREITAS . Uncertainty Quantification of Thermal Damage in Hyperthermia as a Cancer Therapy. 2025. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• REIS, R. F. . Computer Simulations of Heat Flow for Cancer Treatment. 2023. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• Esteves, A M B ; FATIGATE, G. R. ; LOBOSCO, M. ; REIS, R. F. . Influence of the Capillaries Bed in Hyperthermia for Cancer Treatment. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• REIS, R. F. ; DOS SANTOS, R W ; Rocha, B M ; LOBOSCO, M. . Mechanical modeling of edema formation applied to bacterial myocarditis. 2018. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• REIS, R. F. ; DOS SANTOS, R W ; Rocha, B M ; LOBOSCO, MARCELO . Blood plasma flow model applied to bacterial myocarditis. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• REIS, RUY FREITAS ; DOS SANTOS, R W ; LOBOSCO, M. . Influence of the immune system on the biological dynamics of the interstitial fluid pressure. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• QUINTELA, B. M. ; HYMAN, J. M. ; CONWAY, J. M. ; REIS, R. F. ; DOS SANTOS, R W ; LOBOSCO, M. ; PERELSON, A. S. . An age-based multiscale mathematical model of the hepatitis C virus life-cycle during infection and therapy: Including translation and replication. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• REIS, R. F. ; LOUREIRO, F. S ; LOBOSCO, M. . Solução Numérica Paralela de um Modelo de Biotransferência de Calor Tridimensional Não Linear. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• REIS, R. F. ; LOUREIRO, F. S ; LOBOSCO, M. . A Parallel 3D Numerical Simulation of Hyperthermia Cancer Treatment Considering a Nonlinear Bioheat Transfer Model. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Fernandes, K. G ; LOUREIRO, F. S ; REIS, R. F. . Resolução de um modelo convectivo de biotransferência de calor via MDF com funções de base radial. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• REIS, R. F. ; LOUREIRO, F. S ; LOBOSCO, M. . Implementação em OpenMP de um modelo tridimensional para simulação de hipertermia local. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• REIS, R. F. ; LOUREIRO, F. S . Modelagem Computacional Térmica de tumores sob tecidos de Pele. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• REIS, R. F. ; SILVA, A. P. C . Construindo Topologias Inteligentes para Sistemas P2P-TV. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2024 - Atual

  Modelagem do sistema imune por meios estocasticos e computação de alto desempenho, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Coordenador / LAURA POLVERARI E SILVA - Integrante.

• 2024 - Atual

  Analise de Incertezas de Modelos Matemáticos de Terapia por Hipertermia aplicado ao câncer, Descrição: O câncer é uma preocupação de saúde global crescente. Em 2018, de acordo com o Instituto Nacional do Câncer, foram reportados mais de 18 milhões de novos casos de câncer e cerca de 9,5 milhões de mortes em todo o mundo devido a diferentes formas da doença. Estimativas do Instituto Oncoguia para o Brasil projetam um total de 625 mil novos casos de câncer por ano entre 2020 e 2022. Além disso, o Global Burden of Disease estima que em 2019, 10,08 milhões de pessoas morreram prematuramente devido ao câncer. Uma alternativa emergente aos tratamentos convencionais é a hipertermia, na qual o calor é aplicado para elevar a temperatura do tecido a um nível que induz a necrose das células, muitas vezes eliminando a necessidade de intervenção cirúrgica. Assim, este estudo visa empregar métodos estocásticos para analisar e quantificar as incertezas associadas aos parâmetros de modelos matemáticos que descrevem o tratamento com hipertermia.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Coordenador / Gustavo Coelho Martins - Integrante.

• 2023 - 2024

  Análise estocástica do sistema imune com computação de alto desempenho, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Coordenador / LAURA POLVERARI E SILVA - Integrante., Financiador(es): Universidade Federal de Juiz de Fora - Bolsa., Número de produções C, T & A: 1

• 2023 - 2024

  Estudo e avaliação de incertezas em modelos matemáticos de terapia por hipertermia, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Coordenador / ISABELA SALVADOR ROMÃO - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2022 - 2023

  Uma abordagem estocástica para a modelagem de tratamentos baseados em hipertermia, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Coordenador / LUCAS MARTINS OLIVEIRA - Integrante.

• 2022 - 2023

  Computação de alto desempenho aplicado na análise estocástica de modelos matemáticos do sistema imune, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Coordenador / Gustavo Morais Rodrigues Costa - Integrante / LAURA POLVERARI E SILVA - Integrante., Financiador(es): Universidade Federal de Juiz de Fora - Bolsa.

• 2022 - Atual

  Desenvolvimento de modelos computacionais personalizados da miocardite e da formação de edemas decorrentes de infecção viral, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Bernardo Martins Rocha em 20/04/2022., Descrição: A miocardite, uma inflamação do músculo cardíaco, normalmente resulta de uma infecção viral seguida por destruição inflamatória do miocárdio. A miocardite pode resultar em insuficiência cardíaca, arritmias ventriculares e na formação de edemas, e está associada a altas taxas de mortalidade. A caracterização e o diagnóstico desta doença apresentam grandes desafios e ainda existem muitos aspectos do seu comportamento e de suas consequências que são desconhecidos. A recente pandemia aumentou ainda mais estes desafios, já que a miocardite se apresenta de forma mais significativa em pacientes que tiveram a COVID-19.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Integrante / Marcelo Lobosco - Integrante / Rodrigo Weber dos Santos - Integrante / Barbara de Melo Quintela - Integrante / Joventino de Oliveira Campos - Integrante / Bernardo Martins Rocha - Coordenador / Rafael Alves Bonfim de Queiroz - Integrante / Carolina Ribeiro Xavier - Integrante / Vinícius da Fonseca Vieira - Integrante / Flávia de Souza Bastos - Integrante / Guilherme Côrtes Fernandes - Integrante / Juliano de Lara Fernandes - Integrante / Michelli Marlane Silva Loureiro - Integrante / Rafael Sachetto Oliveira - Integrante / Thaiz Ruberti Schmal - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2021 - 2024

  Modelagem Computacional do Sistema Imunológico Humano, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Marcelo Lobosco em 20/04/2022., Descrição: Um dos sistemas mais importantes presentes nas mais diversas e distintas formas de vida é o sistema imunológico (SI). Seu papel primário é o de identificar e exterminar agentes patogênicos que tentam invadir os organismos vivos, causando-lhes danos que podem ser irreversíveis. Cabe também ao SI desempenhar variados papéis, como eliminar as células do próprio organismo que podem estar se comportando de forma anormal, e que poderiam dar origem a tumores, caso não fossem eliminadas. O SI é ainda responsável pelo processo de eliminação de células mortas e renovação de algumas das estruturas do organismo. Em mamíferos, o SI é composto por uma vasta e complexa rede de células, tecidos e órgãos. Dados os importantes papéis desempenhados pelo SI na defesa do organismo, é essencial que se compreenda profundamente o seu funcionamento. Entretanto, a sua grande complexidade e a interação entre seus muitos componentes, nos mais diversos níveis, tornam a tarefa extremamente complexa. Uma ferramenta que pode ser de grande auxílio para o entendimento do funcionamento deste sistema é a modelagem matemática-computacional. Através do uso deste ferramental, pesquisadores da área de imunologia poderiam realizar um grande volume de experimentos e testar um grande número de hipóteses em um curto período de tempo, sem que sejam necessários estudos in vivo ou in vitro. O objetivo de nosso grupo de pesquisa multidisciplinar é o de demonstrar a viabilidade da reprodução, com o uso de ferramentas matemático-computacionais, de processos biológicos relacionados ao funcionamento do sistema imunológico humano. Em particular, no escopo deste projeto, pretende-se demonstrar a possibilidade de reprodução in silico do: a) escoamento do plasma sanguíneo no tecido intersticial devido a uma infecção bacteriana; e b) dos efeitos no organismo de uma vacina contra a febre amarela. Tais objetivos constituem a extensão e aplicação de modelos desenvolvidos no escopo de trabalhos anteriores.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Integrante / Rodrigo Weber dos Santos - Integrante / Marcelo Lobosco - Coordenador / Maicom Peters Xavier - Integrante / BONIN, CARLA REZENDE BARBOSA - Integrante / Guilherme Côrtes Fernandes - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro.

• 2021 - 2024

  Análise e Quantificação de Incertezas de Modelos Matemáticos de Terapia por Hipertermia, Descrição: Segundo a Organização Mundial de Saúde (OMS) em conjunto com a Organização Pan-Americanada Saúde (OPAS) o câncer é a segunda principal causa de morte no mundo e foi responsável por9,6 milhões de mortes em 2018. A nível global, uma em cada seis mortes está relacionada àdoença. Existem mais de 100 tipos de câncer, sendo os mais comuns os de pulmão, mama,colorretal, próstata, câncer de pele não-melanoma e estômago. Uma alternativa aos tratamentosconvencionais que tem sido desenvolvida é realizada por meio de hipertermia onde o calor éempregado para superaquecer o tecido até uma determinada temperatura que leva à necrose dascélulas, evitando a necessidade de um processo cirúrgico invasivo. Neste âmbito, esta pesquisaalmeja utilizar métodos estocásticos para analisar e quantificar as incertezas relacionadas aosparâmetros de modelos matemáticos que descrevem um tratamento baseado em hipertermia.Através do uso desta ferramenta, pesquisadores poderão realizar o planejamento por meio desimulações in silico do procedimento, considerando as incertezas presentes nos parâmetros. Istoé, a análise das incertezas pode fornecer informações importantes para o planejamento detratamentos por hipertermia. Além disso, este estudo pretende demonstrar que a análise deincertezas pode ser uma ferramenta importante para a medicina in silico, principalmentediminuindo a necessidade de ensaios clínicos com animais e também de estudos em humanos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Coordenador / Marcelo Lobosco - Integrante / Rodrigo Weber dos Santos - Integrante / Gustavo Resende Fatigate - Integrante / Bernardo Martins Rocha - Integrante / Antônio Marchese Bravo Esteves - Integrante / Gustavo Coelho Martins - Integrante / LUCAS MARTINS OLIVEIRA - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Outra.

• 2021 - 2022

  Paralelização de métodos estocásticos para quantificação de incertezas em modelos de terapia por hipertermia, Descrição: Segundo a Organização Mundial de Saúde (OMS) em conjunto com a Organização Pan-Americana da Saúde (OPAS) o câncer é a segunda principal causa de morte no mundo e foi responsável por 9,6 milhões de mortes em 2018. A nível global, uma em cada seis mortes está relacionada à doença. Existem mais de 100 tipos de câncer, sendo os mais comuns de pulmão, mama, colorreta, próstata, câncer de pele não-melanoma e estômago. Uma alternativa aos tratamentos convencionais que tem sido desenvolvida é realizada por meio de hipertermia onde o calor é empregado para superaquecer o tecido até uma determinada temperatura que leva à necrose das células, evitando a necessidade de um processo cirúrgico. Assim, esta pesquisa almeja utilizar métodos estocásticos para analisar e quantificar as incertezas relacionadas aos parâmetros de modelos matemáticos que descrevem um tratamento baseado em hipertermia. Em estudos anteriores o coordenador deste projeto trabalhou com modelos matemáticos de terapia de câncer por meio da hipertermia. Assim, este projeto almeja desenvolver uma ferramenta que consiga analisar a robustez dos modelos matemáticos que modelam este tipo de tratamento. Esta ferramenta poderá ser utilizada para auxiliar a tomada de decisão quanto a tratamentos baseados em hipertermia. Espera-se, ainda, avaliar a análise proposta por meio de comparações qualitativas e quantitativas com dados disponíveis na literatura.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Coordenador / Antônio Marchese Bravo Esteves - Integrante.

• 2021 - 2022

  Análise estocástica de modelos matemáticos do sistema imune em ambiente paralelo, Descrição: De acordo com a Organização Pan-Americana da Saúde (OPAS), as doenças infecciosas possuem grande influência na saúde pública na região das Américas e em todo o mundo. A Organização Mundial da Saúde (OMS) indicou que doenças como dengue, febre amarela, Doença de Chagas, malária, e outras doenças causadas por micro-organismos conhecidos como patógenos representam mais de 17% das doenças infecciosas no mundo, causando mais de 700 mil mortes por ano. A maioria das infecções que afetam os seres humanos é causada por micro-organismos conhecidos como patógenos. Um dos sinais conhecidos de uma resposta inflamatória do sistema imune a uma infecção é a edematização do local infeccionado. Modelos matemáticos capazes de equacionar a dinâmica da patofisiologia da formação de edemas é algo novo e com muitas perguntas em aberto. Além disso, possuem diversas aplicações na biologia computacional e biomecânica. Em estudos anteriores o coordenador deste projeto elaborou modelos capazes de reproduzir aspectos chaves na formação de edema devido a uma resposta inflamatória a uma infecção. Este projeto almeja desenvolver uma ferramenta que consiga analisar a robustez dos modelos matemáticos de formação de edemas inflamatórios. Espera-se, ainda, avaliar a análise proposta por meio de comparações qualitativas com dados disponíveis na literatura. Este estudo se dará por meio de uma investigação sistemática através de equações diferenciais parciais para modelar os principais aspectos deste fenômeno e técnicas de quantificação de incertezas e analise de sensibilidade.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Coordenador / Gustavo Morais Rodrigues Costa - Integrante.

• 2020 - 2021

  Quantificação de incertezas em modelos matemáticos de terapia por hipertermia, Descrição: Este projeto almeja desenvolver uma ferramenta que consiga analisar a robustez dos modelos matemáticos que modelam este tipo de tratamento. Esta ferramenta poderá ser utilizada para auxiliar a tomada de decisão quanto a tratamentos baseados em hipertermia. Espera-se, ainda, avaliar a análise proposta por meio de comparações qualitativas e quantitativas com dados disponíveis na literatura.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Coordenador / Bruno Rocha Guedes - Integrante., Número de produções C, T & A: 2

• 2020 - 2021

  Análise de modelos matemáticos para edemas inflamatórios, Descrição: Este projeto almeja desenvolver uma ferramenta que consiga analisar a robustez dos modelos matemáticos de formação de edemas inflamatórios. Espera-se, ainda, avaliar a análise proposta por meio de comparações qualitativas com dados disponíveis na literatura. Este estudo se dará por meio de uma investigação sistemática através de equações diferenciais parciais para modelar os principais aspectos deste fenômeno e técnicas de quantificação de incertezas e analise de sensibilidade.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Coordenador / Larissa de Lima e Silva - Integrante., Financiador(es): Universidade Federal de Juiz de Fora - Bolsa., Número de produções C, T & A: 2

• 2019 - 2020

  Modelagem mecânica da miocardite bacteriana, Descrição: Uma vez que é possível visualizar o acúmulo de líquido no miocárdio inflamado este trabalho almeja descrever matematicamente o processo inflamatório no miocárdio que leva a este acúmulo de líquido à região edematizada.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Coordenador / Gabriel Santos Fortunato - Integrante.

• 2019 - 2020

  Modelagem Matemática da Formação de Edemas, Descrição: Este trabalho tem como objetivo investigar os aspectos que levam à formação de um edema extracelular devido a uma resposta inflamatória. Uma vez que foram encontrados na literatura modelos matemáticos que acoplassem a dinâmica do sistema imunológico com a formação de um edema apenas para infecções bacterianas, será feito um profundo estudo sobre a fisiologia do tema no âmbito de uma resposta inflamatória viral. Desta forma, este trabalho almeja propor uma maneira de acoplar modelos matemáticos que lidam com a dinâmica do sistema imune com a dinâmica da pressão do fluido intersticial e sua influência na deformação do tecido.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Coordenador / Larissa de Lima e Silva - Integrante., Financiador(es): Universidade Federal de Juiz de Fora - Bolsa.

• 2012 - 2013

  Modelagem Computacional de Problemas de Biotransferência de Calor, Descrição: Modelagem Computacional de Problemas de Biotransferência de Calor utilizando o método das diferenças finitas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Integrante / Felipe dos Santos Loureiro - Coordenador.

• 2011 - 2012

  O Método da Aproximação Explícita de Green Aplicado a Problemas de Bio-Transferência de Calor, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Integrante / Felipe dos Santos Loureiro - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa., Número de produções C, T & A: 1

• 2010 - 2011

  Análise e Minimização do Impacto de Métrica de Atraso no Desempenho de Sistemas P2P-TV, Descrição: Análise e Minimização do Impacto de Métrica de Atraso no Desempenho de Sistemas P2P-TV. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Integrante / Ana Paula Couto da Silva - Coordenador., Financiador(es): Universidade Federal de Juiz de Fora - Bolsa.

• 2009 - 2010

  Estudo de Topologias Inteligentes para Sistemas P2P-TV, Descrição: Este projeto tem como maior objetivo estudar e propor novos algoritmos para construção de overlays em sistemas P2P-TV, considerando informações da rede física e dos participantes da propagação do conteúdo.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Ruy Freitas Reis - Integrante / Ana Paula Couto da Silva - Coordenador., Financiador(es): Universidade Federal de Juiz de Fora - Bolsa.

Prêmios