Adriano Velasque Werhli

Pós-doutorado

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Organização de eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• HERASYMENKO, OLEKSANDRA ; SILVA, MADHUSHIKA ; ABU-SALEH, ABD AL-AZIZ A. ; AHMAD, AYAZ ; ALVARADO-HUAYHUAZ, JESUS ; ARCE, OSCAR E. A. ; ARMSTRONG, ROLY J. ; ARROWSMITH, CHERYL ; BACHTA, KELLY E. ; BECK, HARTMUT ; BERTA, DENES ; BIENIEK, MATEUSZ K. ; BLAY, VINCENT ; BOLOTOKOVA, ALBINA ; BOURNE, PHILIP E. ; BREZNIK, MARKO ; BROWN, PETER J. ; CAMPBELL, AARON D. G. ; CAROSATI, EMANUELE ; WERHLI, A. V. ; et.al . CACHE Challenge #2: Targeting the RNA Site of the SARS-CoV-2 Helicase Nsp13. Journal of Chemical Information and Modeling , v. 65, p. 1, 2025.

• AZEVEDO, RAÍZA DOS SANTOS ; SANTANA, HUGO ; SEUS, VINÍCIUS ROSA ; CAMARGO, ALEX DIAS ; WERHLI, ADRIANO VELASQUE ; MACHADO, KARINA DOS SANTOS ; CANÇADO, LETÍCIA JUNGMANN ; QUIRINO, BETANIA FERRAZ ; MARINS, LUIS FERNANDO . Development of a β-glucosidase improved for glucose retroinhibition for cellulosic ethanol production: an integrated bioinformatics and genetic engineering approach. Biotechnology For Biofuels And Bioproducts , v. 18, p. 1-19, 2025.

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• KOKUSZI, LUCAS THADEU FELIPE ; PAES, YAGO MENDES ; FARIA, ALINE LOISE SANTANA ; ALVARADO-HUAYHUAZ, JESUS ; BALBONI, MAURÍCIO DORNELLES CALDEIRA ; DOS SANTOS, MARINALVA CARDOSO ; DOS SANTOS, SANDRA CRUZ ; DE MENEZES VICENTI, JULIANO ROSA ; PARIZE, ALEXANDRE LUIS ; WERHLI, ADRIANO VELASQUE ; DOS SANTOS MACHADO, KARINA ; DE LIMA, VÂNIA RODRIGUES . Benzohydroxamate and nitrobenzohydroxamate affect membrane order: Correlations between spectroscopic and molecular dynamics to approach tuberculosis. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOMEMBRANES , v. 1866, p. 184378, 2024.

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• DOS SANTOS, MARINALVA CARDOSO ; SCAINI, JOÃO LUÍS RHEINGANTZ ; LOPES, MÁRCIO VINICIUS COSTA ; RODRIGUES, BEATRIZ GONÇALVES ; SILVA, NICHOLE OSTI ; BORGES, CARLA ROBERTA LOPES ; DOS SANTOS, SANDRA CRUZ ; DOS SANTOS MACHADO, KARINA ; Werhli, Adriano Velasque ; DA SILVA, PEDRO EDUARDO ALMEIDA ; LOURENÇO, MARIA C.S. ; DA SILVA, EMERSON T. ; DE SOUZA, MARCUS V.N. ; DE LIMA, VÂNIA RODRIGUES ; GONÇALVES, RAONI SCHROEDER B. . Mefloquine synergism with anti-tuberculosis drugs and correlation to membrane effects: Biologic, spectroscopic and molecular dynamics simulations studies. BIOORGANIC CHEMISTRY , v. 110, p. 104786, 2021.

• DE LOURDES DO CARMO GUIMARÃES DINIZ, JACIARA ; von Groll, Andrea ; UNIS, GISELA ; DALLA-COSTA, ELIS REGINA ; ROSA ROSSETTI, MARIA LÚCIA ; VIANNA, JÚLIA SILVEIRA ; RAMOS, DANIELA FERNANDES ; REIS, ANA JÚLIA ; BARTOLOMEU HALICKI, PRISCILA CRISTINA ; RHEINGANTZ SCAINI, JOÃO LUIS ; CASTILLOS DE IBRAHIM DAS NEVES, YASMIN ; PHELAN, JODY ; GOMES, ANA RITA ; CAMPINO, SUSANA ; MACHADO, KARINA DOS SANTOS ; Werhli, Adriano Velasque ; PAIN, ARNAB ; CLARK, TAANE GREGORY ; PERDIGÃO, JOÃO ; VIVEIROS, MIGUEL ; et.al . Whole-genome sequencing as a tool for studying the microevolution of drug-resistant serial Mycobacterium tuberculosis isolates. TUBERCULOSIS , v. 131, p. 102137, 2021.

• JOSENDE, MARCELO ESTRELLA ; NUNES, SILVANA MANSKE ; DE OLIVEIRA LOBATO, ROBERTA ; GONZÁLEZ-DURRUTHY, MICHEL ; KIST, LUISA ; BOGO, MAURÍCIO REIS ; WASIELESKY, WILSON ; SAHOO, SANGRAN ; NASCIMENTO, JEFFERSON PATRÍCIO ; FURTADO, CLASCÍDIA APARECIDA ; FATTORINI, DANIELE ; REGOLI, FRANCESCO ; MACHADO, KARINA ; Werhli, Adriano V. ; MONSERRAT, JOSÉ MARÌA ; VENTURA-LIMA, JULIANE . Graphene oxide and GST-omega enzyme: An interaction that affects arsenic metabolism in the shrimp Litopenaeus vannamei. SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT , v. 716, p. 136893, 2020.

• SANTA-HELENA, EDUARDA ; CABRERA, DIEGO DA COSTA ; D'OCA, MARCELO G. MONTES ; SCAINI, JOÃO LUÍS RHEINGANTZ ; DE OLIVEIRA, MATHEUS WILLIAM BANDEIRA ; Werhli, Adriano Velasque ; MACHADO, KARINA DOS SANTOS ; GONÇALVES, CARLA AMORIM NEVES ; NERY, LUIZ EDUARDO MAIA . Long-chain fatty dihydropyridines: Docking calcium channel studies and antihypertensive activity. LIFE SCIENCES , v. 259, p. 118210, 2020.

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• GONZALEZ-DURRUTHY, MICHEL ; WERHLI, ADRIANO WERHLI ; CORNETET, LUISA ; MACHADO, KARINA S ; GONZALEZ-DIAZ, HUMBERTO ; WASILIESKY JR, WILSON ; RUAS, CAROLINE P. ; GELESKY, MARCOS A. ; MONSERRAT, JOSE M. . Predicting the Binding Properties of Single Walled Carbon Nanotubes (SWCNT) with ADP/ATP Mitochondrial Carrier using Molecular Docking, Chemoinformatics, and Nano-QSBR Perturbation Theory. RSC Advances , v. 1, p. 1, 2016.

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• Mendoza, M. R. ; WERHLI, A. V. . Inferring Genetic Regulatory Networks with an Hierarchical Bayesian Model and a Parallel Sampling Algorithm. In: Brazilian Symposium on Neural network, 2010, São Bernardo do Campo. 2010 Eleventh Brazilian Symposium on Neural Networks (SBRN 2010). California: Conference Publishing Services (CPS), 2010. p. 91-96.

• Botelho, S. S. C. ; BRAUNSTEI, S. H. ; WERHLI, A. V. . Análise Exploratória de Dados para o Desenvolvimento de Sistemas de Previsão de Alarmes em Plantas Industriais. In: Simposio Brasileiro de Automação Inteligente, 2009, Brasília. Anais do IX Simpósio Brasileiro de Automação Inteligente,, 2009. v. 9.

• Marcelo Paravisi ; WERHLI, A. V. ; Julio C. S. Jaques Jr. ; RODRIGUES, R. ; BICHO, A. ; JUNG, C. R. ; MUSSE, S. R. . Continuum Crowds with Local Control. In: Computer Graphics International, 2008, Istanbul. Proceedings of Computer Graphics International, 2008. p. 108-115.

• Husmeier, D. ; WERHLI, A. V. . Bayesian Integration of Biological Prior Knowledge into the Reconstruction of Gene Regulatory Networks with Bayesian Networks. In: COMPUTATIONAL SYSTEMS BIOINFORMATICS, 2007, San Diego. Proceedings of the CSB 2007 Conference. Georgia: Peter Markstein and Ying Xu, 2007. v. 6. p. 85-95.

• WERHLI, A. V. ; LEMKE, N. . Um novo operador evolutivo para determinação de estrutura tridimensional de proteínas.. In: XXIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2003, Campinas. Anais do XXIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. Porto Alegre: Editora da SBC, 2003. v. 7. p. 287-296.

• WERHLI, A. V. ; BORBA, A. H. ; HENNEMANN, L. . A Method to Choose the Best Calibration Gas for Catalytic Combustion Gas Sensors. In: Isa Expo 2003, 2003, Houston. Isa Expo 2003, 2003.

• WERHLI, A. V. ; CECHIN, A. L. ; WAGNER, A. ; HEINEN, F. ; LEMKE, N. ; OSORIO, F. S. . Comparação entre algoritmos genéticos e redes neurais aplicados ao problema da cinemática inversa. In: InfoUYclei2002, 2002, Montevideo. Programas y Resumenes de InfoUYclei2002, 2002. v. 1. p. 1-11.

• WAGNER, A. ; Emmendorfer, L. R. ; WERHLI, A. V. . DESCOBERTA DE CONHECIMENTO EM BANCOS DE DADOS: APLICADO AO CASO DE ALUNOS COM SUBSÍDIO NO NÚCLEO DE ASSITÊNCIA ESTUDANTIL NAE DA UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE - FURG. In: XIX Seminário de Iniciação Científica da UNIJUÍ, 2011, Ijuí. Salão do Conhecimento - XIX Seminário de Iniciação Científica, 2011. p. 1-5. CD-ROM.

• CAMARGO, A. D. ; Werhli, Adriano Velasque ; MACHADO, K. S. . A comparison of molecular dynamics simulations using GROMACS with GPU and CPU. In: Escola Gaúcha de Bioinformática - EGB 2015, 2015, Porto Alegre. Escola Gaúcha de Bioinformática - EGB 2015, 2015. v. 1. p. 1-4.

• CAMARGO, A. D. ; WERHLI, ADRIANO V ; MACHADO, KARINA S. . Predição de estabilidade em pontos de mutação em proteína através de ferramentas computacionais. In: Encontro de Pós-Graduação na 13a. Mostra da Produção Universitária - MPU 2015, 2015, Rio Grande. 13a. Mostra da Produção Universitária - MPU 2015, 2015. p. 1-2.

• BARRETO, N. M. ; WERHLI, A. V. . Inferência de Redes Genéticas Regulatórias Utilizando Redes Booleanas. In: Mostra de Produção Universitária, 2011, Rio Grande. Mostra de Produção Universitária, 2011.

• DUARTE, K. P. ; WERHLI, A. V. . Inferência de Estrutura de Redes Biológicas com a Combinação de Métricas de Redes Bayesianas. In: Mostra de Produção Universitária - FURG, 2011, Rio Grande. Mostra de Produção Universitária - FURG, 2011.

• LORENZ, W. G. ; WERHLI, A. V. . Data Mining: Aplicado ao Caso de Alunos com Subsídio no Núcleo de Assistência Estudantil - NAE da Universidade Federal do Rio Grande - FURG. In: Mostra de Produção Universitária - FURG, 2011, Rio Grande. Mostra de Produção Universitária - FURG, 2011.

• WERHLI, A. V. . Comparison of Bayesian networks and its extensions applied to the inference of regulatory networks. In: 9th European Conference on Computational Biology, 2010, Ghent. 9th European Conference on Computational Biology, 2010.

• Mendoza, M. R. ; WERHLI, A. V. . Inferring genetic regulatory networks with an hierarchical Bayesian model and a parallel sampling algorithm. In: 9th European Conference on Computational Biology, 2010, Ghent. 9th European Conference on Computational Biology, 2010.

• WERHLI, A. V. ; Husmeier, D. . Combining gene expression data and different sources of biological prior knowledge for inferring genetic regulatory networks with Bayesian networks. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WERHLI, A. V. . Inferring regulatory networks using multiple data sources. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WERHLI, A. V. ; Grzegorczyk, Marco ; Husmeier, D. . Comparative Evaluation of the Accuracy of Reverse Engineering Gene Regulatory Networks with various Machine Learning Methods. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WERHLI, A. V. ; GHAZAL, P. . Discussion on the Paper by Handcock, Raftery and Tantrum: Model-based clustering for social networks. Oxford: Blackwell Synergy, 2007 (Discussão de artigo).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2022 - Atual

  Rede Gaúcha de Genômica Aplicada à Saúde, Descrição: A revolução genômica e biotecnológica tem modificado rapidamente diversas áreas do conhecimento, que vão desde o aprendizado sobre mecanismos envolvidos na evolução de espécies, passando pela promoção da saúde através da vigilância epidemiológica, até o diagnóstico mais rápido e preciso de enfermidades e a descoberta de novas doenças e sua fisiopatologia. Para que estes avanços se traduzam em benefício para a sociedade gaúcha, é necessária a criação de um ambiente, no estado, propício para o desenvolvimento de estudos experimentais, clínicos, recursos humanos e empresas nesta área. Neste sentido, a presente proposta busca viabilizar a criação de centros de genômica no RS, com diferentes focos e expertise, e a realização de projeto-modelo nestes centros. Estes projetos se relacionam a diferentes áreas da saúde, baseados no conceito One Health proposto pela OMS. Os estudos envolvem questões relacionadas à saúde da população gaúcha, incluindo condições que afetam desde recém-nascidos até idosos. Fazem parte da presente proposta projetos envolvendo abordagens com o objetivo de prevenção de doenças (piloto de triagem neonatal expandida na população gaúcha e vigilância epidemiológica de zoonoses), estudos que busquem entender mecanismos e desenvolver tratamentos para doenças que afetam recém-nascidos (criação de linhagens e modelos animais para erros inatos) bem como para doenças/condições que afetam a população adulta (câncer, doenças neurodegenerativas e cardiovasculares). O grupo é constituído por investigadores de mais de uma dezena de instituições de ensino e pesquisa de múltiplas regiões do Estado, juntamente a órgãos do governo, apoiados por ONGs e Startups gaúchas. Uma abordagem interdisciplinar, composta por profissionais das áreas da saúde, biologia, ética, informática e direito garantirão não apenas que as metodologias propostas sejam aplicadas, mas também permitirão a discussão acerca do tema junto à sociedade, auxiliando no processo de entendimento destas tecnologias, seus riscos, benefícios e aplicações, por parte da população e de autoridades.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante / Roberto Giugliani - Coordenador / Ursula da Silveira Matte - Integrante / Marcelo Lazzaron Lamers - Integrante / Jaderson Costa da Costa - Integrante / Nadja Schroder - Integrante / Alexandre Luz de Castro - Integrante / Fabio Klamt - Integrante / Ida Vanessa Doederlein Schwartz - Integrante / Marcia Rosangela Wink - Integrante / Tiago Veiras Collares - Integrante / Paulo Cavalheiro Schenkel - Integrante / Dennis Maletich Junqueira - Integrante / Daniel Rodrigo Marinowic - Integrante / Daiana Silva de Ávila - Integrante / Fernanda Marques de Souza Godinho - Integrante / Denise Cantarelli Machado - Integrante / Guilherme Baldo - Integrante / Bárbara Kunzler Souza - Integrante / Rodrigo Grassi de Oliveira - Integrante., Financiador(es): FUNDACAO DE AMPARO A PESQUISA DO ESTADO DO RIO GRANDE DO SUL - Auxílio financeiro.

• 2022 - Atual

  CIARS - Inteligência Artificial aplicada à Saúde (Rede Inovadora em Tecnologias Estratégicas), Descrição: O problema em torno do qual a presente rede está estruturada é a necessidade observada de um conjunto de soluções computacionais em Ciência de Dados e Inteligência Artificial para proporcionar avanços significativos em diversos processos da área de saúde: (1) Auxílio ao diagnóstico médico a partir da localização e predição de achados clínicos nas diversas modalidades de dados disponíveis, por exemplo, dados clínicos, exames de imagens de múltiplas modalidades, dados genômicos, comportamentais, entre outros. (2) Predição antecipada de situações de maior risco, tanto em nível individual como de comunidade ou população, de modo a orientar ações proativas de gestão e controle de saúde. (3) Auxílio à classificação dos pacientes conforme o grau de complexidade e urgência do tratamento para melhor alocação de recursos, conforme a disponibilidade. (4) Gestão do fluxo de pacientes e otimização da distribuição de recursos intra-hospitalares de acordo com a condição clínica dos pacientes e disponibilidade desses recursos. (5) Facilitação do acesso de pacientes ao atendimento adequado às suas necessidades em casos de urgência e emergência, através da gerência de fluxo de pacientes na rede de saúde. (6) Provimento dos gestores com informações acuradas que possam ser utilizadas no processo de tomada de decisão de incorporação de tecnologias e gestão de recursos de saúde. A equipe agrega 44 pesquisadores de diferentes universidades (UFRGS, PUCRS, UFCSPA, Unisinos, UFPel, FURG, UPF e UFSM) e hospitais (Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Hospital São Lucas e Hospital Universitário Dr. Miguel Riet Corrêa Jr.), além de duas startups (Epigenica Biosciences e noharm.ai) e de hospitais e empresas parceiras (Hospital Mãe de Deus e a empresa NVidia).. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Mariana Recamonde Mendoza - Integrante / Andrea von Groll - Integrante / MACHADO, KARINA - Integrante / Eduardo Borges Nunes - Integrante / Rodrigo Barros - Integrante / Luís Alvaro de Lima Silva - Integrante / Carla Maria Dal Sasso Freitas - Coordenador / Marcelo Rebonatto - Integrante / Silvio Cazella - Integrante / Carisi Polanczyk - Integrante / Suzi Camey - Integrante / Philippe Navaux - Integrante., Financiador(es): FUNDACAO DE AMPARO A PESQUISA DO ESTADO DO RIO GRANDE DO SUL - Auxílio financeiro.

• 2022 - Atual

  Q-BaBEL: Química quântica e computacional, BioinformÁtica e BiotEcnoLogia interdisciplinares em saúde, agronegócio e energia: Novos Inibidores para a Ricina e Novas beta-Glicosidases para o Bioetanol, Descrição: O Brasil tem na biotecnologia um amplo potencial para alavancar sua competitividade, devido à sua enorme biodiversidade. Este potencial encontra particular nicho no setor produtivo brasileiro do agronegócio e da indústria de biocombustíveis. Estas áreas se sobrepõem na produção do óleo da mamona para biodiesel e fins industriais, bem como na produção do bioetanol a partir de bagaço lignocelulósico (etanol de segunda geração ou 2G). Contudo, ambos os setores apresentam entraves para seu crescimento desimpedido em viabilidade econômica e sustentabilidade. O agronegócio da mamona tem na ricina, uma enzima do pericarpo interno da semente e com toxicidade 10 vezes maior que a do veneno de cascavel, um forte atenuante, dados os riscos de acidentes e seu potencial no bioterrorismo. Já as enzimas que controlam o passo limitante na fase de sacarificação para o etanol 2G, as beta-Glicosidases, tendem a serem fortemente inibidas pelos monossacarídeos produzidos (inibindo assim, todo o processo) e desnaturadas pelas condições extremas necessárias nos biorreatores. Assim, a busca racional por novas moléculas e métodos que possam inibir ou de alguma forma desativar a toxicidade da ricina, bem como da engenharia das -glicosidases de forma a otimizá-las para a produção de etanol 2G, se tornam metas de imediato impacto para a biotecnologia e setor produtivo brasileiros. Esta proposta, reúne uma rede de especialistas computacionais e experimentais que já vêm trabalhando em sinergia nesses dois tópicos há mais de 7 anos, a rede BaBEL (http://babel.dcc.ufmg.br/). Pretende-se o uso sinérgico de química teórica, bioinformática e métodos experimentais in vitro e in situ na predição, prospecção e validação de novos inibidores da ricina e de novos mutantes de Beta-Glicosidases que permitam a melhor sanação nos entraves técnicos do agronegócio da mamona e da produção de etanol 2G. Estas metas têm impacto iminente para a química/bioquímica teórica aplicada e para o setor produtivo brasileiro.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Raquel Cardoso de Melo Minard - Integrante / Carlos Henrique da Silveira - Integrante / Sabrina Azevedo Silveira - Integrante / Demetrius Antonio Machado de Araújo - Integrante / Gerd Bruno da Rocha - Coordenador / MARINS, L.F. - Integrante / DOS SANTOS MACHADO, KARINA - Integrante / DE LIMA, LEONARDO HENRIQUE FRANÇA - Integrante / José Maurício Schneedorf Ferreira da Silva - Integrante.

• 2017 - Atual

  Bioinformática aplicada à medicina personalizada: do diagnóstico ao tratamento de doenças, Descrição: Neste projeto de pesquisa estamos interessados em desenvolver e aplicar estratégias para integrar, explorar e analisar dados genômicos com o objetivo de identificar novos biomarcadores com valor diagnóstico ou prognóstico, e potenciais alvos terapêuticos. Através de abordagens de Bioinformática e da união de esforços de pesquisadores com formação e experiência em Ciências da Computação, Biológicas e da Saúde, pretendemos abordar questões de pesquisa nesta linha relacionadas a doenças cardiovasculares e câncer, com foco no potencial translacional dos achados in silico. Isto é, pretende-se através da realização deste projeto gerar conhecimento científico com potencial uso clínico, que possam trazer importantes benefícios às ações assistenciais e atividades preventivas no Sistema Único de Saúde (SUS) ao aprimorar o processo de diagnóstico, elaboração do prognóstico e planejamento terapêutico dos pacientes acometidos com estas patologias. Dentro desta temática, este projeto irá abordar, especificamente, as seguintes questões de pesquisa: i) detecção de diferenças moleculares entre hipertrofia cardíaca fisiológica e patológica com potencial aplicação terapêutica no tratamento da insuficiência cardíaca, ii) identificação de biomarcadores de doença aterosclerótica instável, iii) caracterização de alterações moleculares em tumores sólidos de mama, ovário e cólon em pacientes portadores de mutações germinativas em genes de predisposição ao câncer para investigação de biomarcadores de câncer hereditário, iv) avaliação da patogenicidade de variantes de significado incerto em genes de predisposição ao câncer.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Mariana Recamonde Mendoza - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante / Márcio Dorn - Coordenador / Thais Christina Webber dos Santos - Integrante / BIOLO, ANDREIA - Integrante / Mário INOSTROZA-PONTA - Integrante / Hugo Verli - Integrante / Bruno Borguesan - Integrante / Bruno Iochins Grisci - Integrante / Rodrigo Ligabue Braun - Integrante / Patricia Ashton Prolla - Integrante / Nadine Clausell - Integrante / Luis Eduardo Paim Rohde - Integrante., Financiador(es): FUNDACAO DE AMPARO A PESQUISA DO ESTADO DO RIO GRANDE DO SUL - Auxílio financeiro.

• 2015 - Atual

  PEIXES TRANSGÊNICOS FLUORESCENTES: UM NOVO CAMPO PARA A PISCICULTURA ORNAMENTAL NO BRASIL - Edital Universal 2014, Descrição: A piscicultura ornamental é uma área promissora da aquacultura no Brasil, considerando a alta demanda do mercado internacional e a capacidade brasileira de produção e exportação de organismos aquáticos ornamentais. Desta forma, a presente proposta objetiva utilizar tecnologias inovadoras, já estabelecidas pelo grupo de pesquisa proponente, para produção de peixes ornamentais fluorescentes. Esses organismos podem apresentar atrativos diferenciados, os quais poderão amenizar os problemas atualmente enfrentados por este mercado, como extrativismo, introdução de espécies exóticas e baixa novidade de mercado. Na presente proposta, serão produzidas novas variantes de proteínas fluorescentes através de mutagênese, a fim de gerar proteínas que apresentem características importantes para a produção de linhagens de peixes ornamentais fluorescentes como: estabilidade, espectro de emissão de luz mais próximo ao visível e diferentes cores. Para isto serão colaboradores o grupo de pesquisa coordenado pelo Prof. Dr. Luis Fernando Marins (ICB/FURG), o qual foi pioneiro na produção de linhagens transgênicas do peixe Danio rerio no Brasil. Essas linhagens foram produzidas com o objetivo principal de conhecer os mecanismos relacionados ao processo de crescimento em peixes. Paralelamente, essas linhagens carregam proteínas fluorescentes marcadoras de transgenia, as quais emitem fluorescência somente sob radiação ultravioleta. As análises de bioinformática serão desenvolvidas em colaboração com os grupos de pesquisas coordenados pelos professores Dr. Adriano Velasque Werhli e Dra. Karina dos Santos Machado, ambos do Centro de Ciências Computacionais (C3/FURG). Essas análises permitirão identificar as estruturas moleculares capazes de tornar as proteínas fluorescentes mais adequadas a produção de peixes ornamentais fluorescentes.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante / Luis Fernando Fernandes Marins - Coordenador / Daniela Volcan Almeida - Integrante.

• 2014 - Atual

  Bioinformática Estrutural de Proteínas: modelos, algoritmos e aplicações biotecnológicas, Descrição: Este projeto propõe-se enfrentar dois desafios biotecnológicos de grande relevância nacional. O primeiro envolve a ricina, uma potente fitotoxina encontrada na mamoneira. Co-produtos da produção do óleo de mamona podem conter quantidades letais de ricina. Além do risco de intoxicação animal e humana do bagaço, isso tem dificultado sua reutilização e reciclagem, em especial no semiárido nordestino. A ricina preocupa também pelo seu potencial uso como arma química. Portanto, há forte apelo para se encontrar meios efetivos de neutralizar, inibir e/ou detectar a ricina. O segundo envolve a modelagem de celulases multifuncionais, capazes de degradar eficientemente a lignocelulose, composto base para a produção de biocombustíveis de segunda geração, os quais têm por princípio a utilização de subprodutos de plantas que não podem ser usados na alimentação humana. Ambos desafios exigem uma abordagem multidisciplinar sinérgica entre a modelarem teórica in silico e experimental in vitro. Objetivos: 1) Prever in silico e validar in vitro ligantes de ricina 2) Simular in silico e caracterizar in vitro efeitos causados por intervenções estratégicas em beta-glicosidases modificadas. 3) Projetar, implementar e validar modelos, algoritmos e ferramentas de Quimioinformática e Bioinformática Estrutural de Proteínas que permitam dar suporte aos objetivos biotecnológicos previamente descritos. Espera-se que este projeto possa revelar novas plataformas químicas para o desenvolvimento de inibidores, kits de detecção, biossensores, neutralizadores (substratos suicidas) e outros produtos de inovação biotecnológica baseados na ricina, com potencial para alavancar o agronegócio da mamona e a indústria nacional de fármacos. Espera-se também a modelagem de celulases multifuncionais, capazes especialmente de orientar a manipulação genética de algas produtoras de $\beta$-glicosidases, com características catalíticas eficientes e de tolerância à inibição por glicose e celobiose, permitindo seu uso industrial na produção de etanol de segunda geração. Espera-se, em fim, que esses desafios possam inspirar novas metodologias matemáticas, computacionais, químicas e bioquímicas integradas, de modo a gerar artefatos biotecnológicos inovadores, bem como contribuir para a formação de profissionais com perfil multidisciplinar altamente qualificados... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (6) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Leonardo Ramos Emmendorfer - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante / Raquel Cardoso de Melo Minard - Coordenador / Carlos Henrique da Silveira - Integrante / Wagner Meira Jr - Integrante / Marcelo Matos Santoro - Integrante / Douglas Eduardo Valente Pires - Integrante / François Artiguenave - Integrante / Marcos Augusto dos Santos - Integrante / Karine Bastard - Integrante / Marcel Salanoubat - Integrante / Gisele Lobo Pappa - Integrante / aldete Maria Gonçalves-Almeida - Integrante / Sabrina Azevedo Silveira - Integrante / DAVID VALLENET - Integrante / Thiago Ferreira Noronha - Integrante / Demetrius Antonio Machado de Araújo - Integrante / Gerd Bruno da Rocha - Integrante / Luis Fernando Fernandes Marins - Integrante / David Ascher - Integrante / Tom Blundell - Integrante / Liv Soares Severino - Integrante / Luis Cesar Rodrigues - Integrante / Paulo Lilles Jorge Drews Jr - Integrante / Bráulio Roberto Gonçalves Marinho Couto - Integrante.

• 2013 - Atual

  Simulação e Inferência de Modelos Mecanicistas de vias biológicas, Descrição: Um grande desafio em Biologia Computacional é a modelagem das redes regulatórias através de modelos mecanicistas, ou seja por sistemas de equações diferenciais acopladas. Neste caso o número de parâmetros e a necessidade de conhecimento da estrutura da redes tornam o seu uso proibitivo para a maioria dos casos. Porém, com o avanço de métodos de medição de variáveis biológica e poder computacional alguns modelos mecanicistas de pequenas redes regulatórias são desenvolvidas atualmente com grande sucesso. Nesta proposta estamos especificamente interessados na investigação de métodos estatístico e computacionais para a inferência da estrutura e parâmetros de redes regulatórias modeladas por sistemas de equações diferenciais ordinárias (ODEs).. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Coordenador / Dirk Husmeier - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2011 - 2013

  Inferência de vias biológicas a partir de dados pós-genômicos, Descrição: Ultimamente temos testemunhado um rápido desenvolvimento de diferentes técnicas para a medição de grandes quantidades de dados biológicos. Também, é cada vez mais claro que não são os componentes biológicos isolados, mas sim sua combinação em intrincadas redes, os responsáveis por funções biológicas complexas como, por exemplo, o desenvolvimento e a manutenção da vida. Nesta projeto de pesquisa estamos especificamente interessados na investigação da performance de diferentes técnicas de reconstrução de redes regulatórias biológicas. Em particular, pretendemos propor novos métodos de inferência de Redes Booleanas e compará-los com alguns métodos já existentes: Redes Bayesianas, Redes de Relevância e Modelos Gráficos Gaussianos. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Coordenador / Leonardo Ramos Emmendorfer - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 4

• 2009 - 2011

  SACI - Sistema Avançado de Supervisão, Inspeção e Diagnóstico de Sistemas Elétricos: Geração, Transmissão e Distribuição, Descrição: Desenvolvimento de Arquitetura de Hardware e Software para monitoramento, diagnótico e prognóstico da vida útil para equipamentos do sistema elétrico de potência, mais precisamente condutores dedicados a geração, distribuição baseada em redes de sensores móveis composta por robôs móveis de inspeção aérea e subterrânea. FINEP Edital Rede Ct-energ FURG, UFRN e UFRGS.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Coordenador / Leonardo Ramos Emmendorfer - Integrante / Silvia Silva da Costa Botelho - Integrante / Vinícius Menezes de Oliveira - Integrante / Nelson Lopes Duarte Filho - Integrante / Denis Teixeira Franco - Integrante / Diana Francisca Adamatti - Integrante / Eder Gonçalves - Integrante / Adelardo Medeiros - Integrante / Carlos Eduardo Pereira - Integrante., Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro.

• 2009 - Atual

  Inferência de estrutura de redes biológicas com a combinação de métricas de Redes Bayesianas, Descrição: Nos últimos tempos, temos testemunhado o aparecimento de novas técnicas de medição que permitem investigar os sistemas biológicos com uma riqueza de detalhes nunca obtida antes. Dentre estas técnicas, a possibilidade de medição da expressão de milhares de genes ao mesmo tempo fez surgir, dentre muitas outras, a idéia de que poderíamos inferir a estrutura regulatória destes genes, ou seja, como estes genes regulam uns aos outros. De modos a possibilitar esta inferência, levando em consideração os dados obtidos, várias métricas diferentes para atribuir uma pontuação (score) a estas redes foram criadas. Dentre estas métricas duas muito importantes e vastamente exploradas são destacadas: Bayesian Dirichlet (Heckerman, 1995) (BDe) e Bayesian Gaussian (BGe) (Heckerman, 1994). Em resumo, estas duas métricas são a solução analítica da integração sobre todo o espaço de parâmetros da equação que fornece a métrica, a qual indica o quanto um modelo é adequado frente aos dados observados. Devido a características intrínsecas de cada uma destas métricas, sabe-se antecipadamente que ambas apresentam vantagens e desvantagens na sua utilização. Até os dias de hoje, quando se infere uma rede regulatória genética escolhe-se somente um destes scores para a classificação dos modelos. Neste projeto apresentamos uma proposta de um novo método para a inferência da estrutura de redes regulatórias utilizando os dois scores de uma maneira combinada. O método proposto é baseado em um modelo probabilista hierárquico Bayesiano e possibilita a integração dos dois scores além de conhecimento a priori sobre a estrutura da rede regulatória em estudo.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Coordenador., Financiador(es): FUNDACAO DE AMPARO A PESQUISA DO ESTADO DO RIO GRANDE DO SUL - Auxílio financeiro.

• 2008 - 2010

  Engenharia reversa de redes biológicas a partir de dados pós genômicos, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 4

Projetos de desenvolvimento

• 2021 - Atual

  SMART VOUT, Descrição: Este projeto tem como objetivo a especificação e desenvolvimento de um sistema computacional para identificação inteligente de perfis de consumo energético em conjuntos habitacionais ambientalmente responsáveis.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Leonardo Ramos Emmendorfer - Integrante / Vinícius Menezes de Oliveira - Coordenador / Karina dos Santos Machado - Integrante., Financiador(es): Universidade Federal do Rio Grande - Outra / CONCEPTU PROTOTIPOS E SISTEMAS LTDA - ME - Auxílio financeiro / Associação Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial - Auxílio financeiro.

• 2021 - Atual

  Refinaria 4.0, Descrição: Este projeto tem como objetivo o desenvolvimento de sistemas de medição baseada em visão para auxilio na rotina de leitura de dispositivos indicadores locais.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Vinícius Menezes de Oliveira - Integrante / Ricardo N. Rodrigues - Integrante / Eduardo Borges Nunes - Integrante / Luciano Maciel Ribeiro - Coordenador / Eder Mateus Nunes Gonçalves - Integrante., Financiador(es): Associação Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial - Auxílio financeiro / Refinaria Riograndense - Auxílio financeiro / Universidade Federal do Rio Grande - Outra.

• 2021 - Atual

  INOVAÇÃO MEDLIFE V1.0 - excelência na relação médico-paciente Olámed Medlife, Descrição: O projeto INOVAÇÃO MEDLIFE V1.0 - EXCELÊNCIA NA RELAÇÃO MÉDICO-PACIENTE OLÁMED MEDLIFE é um projeto de pesquisa, desenvolvimento e inovação que integra sensores e dispositivos médicos, desenvolvimento de algoritmos para interpretação e processamento de linguagem natural, desenvolvimento de software para sistemas automatizados de interação médico-paciente e utilização de tecnologias de inteligência artificial e analytics para melhorar a experiência de comunicação, agilizar o registro das consultas por meio de processamento dos dados adquiridos e coletados, e as interações pós-consultas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (9) / Mestrado acadêmico: (4) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Alessandro Bicho - Integrante / Vinícius Menezes de Oliveira - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante / Emmendorfer, Leonardo R. - Integrante / Eduardo Borges Nunes - Integrante / Rafael Alceste Berri - Integrante / Márcio Roberto Machado da Silva - Coordenador / Marcelo de Gemensoro Malheiros - Integrante / Helida Salles Santos - Integrante., Financiador(es): Associação Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial - Auxílio financeiro / Serviço de Apoio às Micro e Pequenas Empresas de Porto Alegre - Auxílio financeiro / Universidade Federal do Rio Grande - Outra / MEDLIFE SERVICOS EM TELEMEDICINA, SAUDE E TECNOLOGIA LTDA - Auxílio financeiro.

• 2021 - Atual

  Wearable, Descrição: O Wearable é um projeto que trabalha com tecnologias de dispositivos vestíveis (wearables) e ciência de dados para detecção de níveis de cansaço/fadiga de motoristas enquanto dirigem, alimentando um sistema mobile (aplicativo) integrado a tecnologia de reconhecimento de imagens proprietária.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Vinícius Menezes de Oliveira - Coordenador / Karina dos Santos Machado - Integrante / Rafael Alceste Berri - Integrante., Financiador(es): Associação Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial - Auxílio financeiro / Serviço de Apoio às Micro e Pequenas Empresas de Porto Alegre - Auxílio financeiro / Universidade Federal do Rio Grande - Outra / Creare Sistemas - Auxílio financeiro.

• 2021 - Atual

  SMART VOUT, Descrição: Este projeto tem como objetivo a especificação e desenvolvimento de um sistema computacional para identificação inteligente de perfis de consumo energético em conjuntos habitacionais ambientalmente responsáveis.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Leonardo Ramos Emmendorfer - Integrante / Vinícius Menezes de Oliveira - Coordenador / Karina dos Santos Machado - Integrante., Financiador(es): Associação Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial - Auxílio financeiro / CONCEPTU PROTOTIPOS E SISTEMAS LTDA - ME - Auxílio financeiro / Universidade Federal do Rio Grande - Outra.

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  INOVAÇÃO MEDLIFE V1.0 - excelência na relação médico-paciente Olámed Medlife, Descrição: O projeto INOVAÇÃO MEDLIFE V1.0 - EXCELÊNCIA NA RELAÇÃO MÉDICO-PACIENTE OLÁMED MEDLIFE é um projeto de pesquisa, desenvolvimento e inovação que integra sensores e dispositivos médicos, desenvolvimento de algoritmos para interpretação e processamento de linguagem natural, desenvolvimento de software para sistemas automatizados de interação médico-paciente e utilização de tecnologias de inteligência artificial e analytics para melhorar a experiência de comunicação, agilizar o registro das consultas por meio de processamento dos dados adquiridos e coletados, e as interações pós-consultas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (9) / Mestrado acadêmico: (4) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Alessandro Bicho - Integrante / Vinícius Menezes de Oliveira - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante / Emmendorfer, Leonardo R. - Integrante / Eduardo Borges Nunes - Integrante / Rafael Alceste Berri - Integrante / Márcio Roberto Machado da Silva - Coordenador / Marcelo de Gemensoro Malheiros - Integrante / Helida Salles Santos - Integrante., Financiador(es): Associação Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial - Auxílio financeiro / Serviço de Apoio às Micro e Pequenas Empresas de Porto Alegre - Auxílio financeiro / Universidade Federal do Rio Grande - Outra / MEDLIFE SERVICOS EM TELEMEDICINA, SAUDE E TECNOLOGIA LTDA - Auxílio financeiro.

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  Refinaria 4.0, Descrição: Este projeto tem como objetivo o desenvolvimento de sistemas de medição baseada em visão para auxilio na rotina de leitura de dispositivos indicadores locais.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Vinícius Menezes de Oliveira - Integrante / Ricardo N. Rodrigues - Integrante / Eduardo Borges Nunes - Integrante / Luciano Maciel Ribeiro - Coordenador / Eder Mateus Nunes Gonçalves - Integrante., Financiador(es): Associação Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial - Auxílio financeiro / Refinaria Riograndense - Auxílio financeiro / Universidade Federal do Rio Grande - Outra.

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  Wearable, Descrição: O Wearable é um projeto que trabalha com tecnologias de dispositivos vestíveis (wearables) e ciência de dados para detecção de níveis de cansaço/fadiga de motoristas enquanto dirigem, alimentando um sistema mobile (aplicativo) integrado a tecnologia de reconhecimento de imagens proprietária.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Adriano Velasque Werhli - Integrante / Vinícius Menezes de Oliveira - Coordenador / Karina dos Santos Machado - Integrante / Rafael Alceste Berri - Integrante., Financiador(es): Associação Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial - Auxílio financeiro / Creare Sistemas - Auxílio financeiro / Serviço de Apoio às Micro e Pequenas Empresas de Porto Alegre - Auxílio financeiro / Universidade Federal do Rio Grande - Outra.