Vinícius Martins de Oliveira

Possuo graduação em Física Biológica pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (2010) e Mestrado e Doutorado em Biofísica Molecular pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (2017). Tenho experiência na área de Física, com ênfase em Biofísica Molecular. Meus interesses de pesquisa estão na fronteira entre física, química e biologia. Minha especialidade é em modelos computacionais de biomoléculas, com foco no enovelamento e estabilidade de proteínas.

Informações coletadas do Lattes em 14/09/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Ciências Biomoleculares e Farmacológicas

2013 - 2017

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Título: Efeito das interações eletrostáticas e de pH no enovelamento e estabilidade de proteínas
Vitor Barbanti Pereira Leite. Coorientador: Ronaldo Júnio de Oliveira. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Mestrado em Ciências Biomoleculares e Farmacológicas

2011 - 2013

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Título: Estudo por Simulação Computacional da Interação entre Polieletrólitos fracos e Macroíons Esféricos, Ano de Obtenção: 2013
Sidney Jurado de Carvalho.Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Graduação em física biologica

2007 - 2010

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Título: Estudo por Simulação Computacional da Interação de Peptídeos Catiônicos e Bicamadas Lipídicas
Orientador: Prof. Dr. João Ruggiero Neto
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Pós-doutorado

2021

Pós-Doutorado. , University of Maryland, UMB, Estados Unidos. , Bolsista do(a): National Institutes of Health, NIH, Estados Unidos. , Grande área: Ciências Biológicas

2018

Pós-Doutorado. , Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil. , Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular. , Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação / Especialidade: Modelos Analíticos e de Simulação.

2017 - 2018

Pós-Doutorado. , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil. , Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas

Formação complementar

2019 - 2019

Workshop de Caracterização de Macromoléculas. (Carga horária: 8h). , Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.

2018 - 2018

Workshop em Calorimetria de Proteínas. (Carga horária: 8h). , Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.

2018 - 2018

School on Physics Applications in Biology. (Carga horária: 40h). , Fundação Instituto de Física Teórica, IFT, Brasil.

2016 - 2016

Introductory School on Parallel Programming and Parallel Architecture. (Carga horária: 80h). , International Centre For Theoretical Physics, ICTP, Itália.

2014 - 2014

Segunda Escola de Biofísica Molecular. (Carga horária: 40h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2014 - 2014

Introduction to Interactive Programming in Python. (Carga horária: 60h). , Rice University, RICE, Estados Unidos.

2010 - 2010

Extensão universitária em Curso de Verão em Biofísica Molecular. (Carga horária: 65h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2010 - 2010

Bases de dados como fonte de informação. (Carga horária: 1h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2010 - 2010

A ética em pesquisa no contexto da Unesp. (Carga horária: 1h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2009 - 2009

Extensão universitária em Curso de Verão em Biofísica Molecular. (Carga horária: 72h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2009 - 2009

Simulando sistemas complexos em física e bioloia. (Carga horária: 4h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2009 - 2009

Eletrônica orgânica e suas aplicações.. (Carga horária: 4h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2009 - 2009

Comunicação Oral e escrita. (Carga horária: 4h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Espanhol

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química/Especialidade: Química Teórica.

Organização de eventos

OLIVEIRA, V. M. . Ciência Aberta CNPEM 2019. 2019. (Outro).

OLIVEIRA, V. M. . III Semana da Física. 2014. (Congresso).

V.M. de OLIVEIRA . 2ª Escola de Biofísica Molecular: Ressonância Magnética Nuclear (RMN) aplicada à Biofísica das Moléculas da Vida: Uma abordagem experimental, teórica e computacional. 2014. (Outro).

Participação em eventos

Synergy of experiment and computation in quantitative systems biology. pH Changes Modulate the Balance Between the Functional States of the Estrogen Receptor Alpha. 2019. (Congresso).

2nd Symposium on Current Topics in Molecular Biophysics.CHARACTERIZATION OF POSSIBLE FUNCTIONAL TRANSITION ROUTES OF ESTROGEN RECEPTORS. 2018. (Simpósio).

XLIII Congress of Brazilian Biophysical Society. CHARACTERIZATION OF FUNCTIONAL TRANSITION PATHS OF ESTROGEN RECEPTORS. 2018. (Congresso).

XXX Congresso de Iniciação Científica da Unesp. CIC - 2018. 2018. (Congresso).

III Escola de Biofísica Molecular.The internal friction in the R15, R16 and R17 domains of alpha-spectrin may be explain by non-native interactions. 2017. (Simpósio).

III Escola de Biofísica Molecular.The influence of hydration interactions on the differential capacitance of an electrolyte solution. 2017. (Simpósio).

Primeira Fase do XXIX Congresso de Iniciação Científica da Unesp. Àvaliador de trabalhos apresentados. 2017. (Congresso).

VI Semana da Física.Enovelamento e Estabilidade de Proteínas via Simulações Computacionais Simplificadas. 2017. (Outra).

Workshop Physics and Biology of Proteins.Effect of Cancer-Activating Mutations and pH on the Functional Transition of the Estrogen Receptor. 2017. (Oficina).

XLII Congress of the Brazilian Biophysical Society (SBBf). CONFORMATIONAL TRANSITIONS OF ESTROGEN RECEPTOR USING A DUAL-BASIN STRUCTURE BASED MODEL: EFFECTS OF MUTATIONS AND PH. 2017. (Congresso).

Gordon Research Conference - Protein Folding Dynamics. Study of Agonist-Antagonist Conformational Transitions of Estrogen Receptor using a Dual-Basin Structure Based Model. 2016. (Congresso).

23rd Congress of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) and 44th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq). THEORETICAL MODELS APPLIED IN THE DEVELOPMENT OF A LESS ALLERGENIC PROTEIN OF THE MITE BLOMIA TROPICALIS FOR IMMUNOTHERAPY IN ALLERGIC RESPIRATORY DISEASES. 2015. (Congresso).

23rd Congress of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) and 44th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq). Optimization of charge-charge interaction of enzymes related to second generation bioethanol improving thermal stability. 2015. (Congresso).

23rd Congress of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) and 44th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq). NTL9 FOLDING AT CONSTANT PH: THE IMPORTANCE OF ELECTROSTATIC INTERACTION AND PH-DEPENDENCE. 2015. (Congresso).

Energy Landscapes in Biophysics. 2015. (Outra).

Minischool on Biophysics of Protein Interactions.A Monte Carlo Approach for Optimization of the Charge-Charge Interaction on the Protein Surface. 2015. (Simpósio).

1st Symposium on Current Topics in Molecular Biophysics.Adsorption of pH-Responsive Polyelectrolyte Chains onto Spherical Macroions. 2014. (Simpósio).

43a. Reunião Anual da SBBq. Computacional Simulation of Interaction between pH-responsive polyelectrolytes and Spherical Macroions. 2014. (Congresso).

Workshop at the interface between physics and biology. 2014. (Simpósio).

Workshop on Second Generation Bioethanol 2013: Enzymatic Hydrolysis. 2013. (Seminário).

XXV Congresso de Iniciação Científica da Unesp. Parecerista de trabalhos da área de exatas. 2013. (Congresso).

Primeira Escola de Biofísica Molecular: O papel da biofísica no século XXI na área de saúde e geração de energia limpa e renovável. 2012. (Outra).

XXXV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. Estudo por Simulação Computacional da Interação entre Polieletrólitos Fracos e Macroíons Esféricos. 2012. (Congresso).

Encontro de Física 2011: Integração da Física na América Latina.The Effects of Vesicle Charge on the Membrane Fusion Induced by Cationic Peptide in Anionic Vesicles. 2011. (Encontro).

Física + Bioinformática 2011.Estudo por Simulação Computacional da Interação entre Polieletrólitos Fracos e Macroíon Esférico. 2011. (Simpósio).

VIII Semana da Física Biológica. 2011. (Outra).

Curso de verão em biofísica molecular - 2010.Estudo por Simulação Computacional da Interação de Peptídeos Antimicrobianos e Bicamadas Lipídicas. 2010. (Outra).

Primeira fase do XXII Congresso de iniciação científica (CIC-unesp). Estudo por Simulação Computacional da Interação de Peptídeos Catiônicos e Bicamadas Lipídicas. 2010. (Congresso).

Segunda fase do XXII Congresso de iniciação científica (CIC-unesp). Estudo por Simulação Computacional da Interação de Peptídeos Catiônicos e Bicamadas Lipídicas. 2010. (Congresso).

VII Semana da Física Biológica. 2010. (Outra).

Curso de verão em biofísica molecular - 2009. 2009. (Outra).

VI Semana da Física Biológica. 2009. (Outra).

XXI Congresso de iniciação científica (CIC-unesp). Estudo por Simulação Computacional de Peptídeos Líticos em Membranas Modelo. 2009. (Congresso).

V Semana da Física Biológica. 2008. (Outra).

IV Semana da Física Biológica. 2007. (Outra).

Participação em bancas

Aluno: Renan Pereira Pedro

DE OLIVEIRA, V. M.. Estudo das propriedades elétricas e análise óptica de células eletroquímicas emissoras de luz. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Produções bibliográficas

DE OLIVEIRA, VINÍCIUS M. ; DIAS, MARIELI M. G. ; AVELINO, THAYNÁ M. ; VIDEIRA, NATÁLIA B. ; DA SILVA, FERNANDO B. ; DORATIOTO, TÁBATA R. ; WHITFORD, PAUL C. ; LEITE, VITOR B. P. ; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M. . pH and the Breast Cancer Recurrent Mutation D538G Affect the Process of Activation of Estrogen Receptor α. BIOCHEMISTRY , v. 61, p. 455-463, 2022.
DE GODOI CONTESSOTO, VINÍCIUS ; RAMOS, FELIPE CARDOSO ; DE MELO, RICARDO RODRIGUES ; DE OLIVEIRA, VINÍCIUS MARTINS ; SCARPASSA, JOSIANE ANIELE ; DE SOUSA, AMANDA SILVA ; ZANPHORLIN, LET'CIA MARIA ; SLADE, GABRIEL GOUVEA ; LEITE, VITOR BARBANTI PEREIRA ; RULLER, ROBERTO . Electrostatic interaction optimization improves catalytic rates and thermotolerance on xylanases. BIOPHYSICAL JOURNAL , v. 120, p. 2172-2180, 2021.
DE OLIVEIRA, VINÍCIUS M. ; CAETANO, DANIEL L. Z. ; DA SILVA, FERNANDO B. ; MOURO, PAULO R. ; DE OLIVEIRA, ANTONIO B. ; DE CARVALHO, SIDNEY J. ; LEITE, VITOR B. P. . pH and Charged Mutations Modulate Cold Shock Protein Folding and Stability: A Constant pH Monte Carlo Study. Journal of Chemical Theory and Computation , v. 16, p. 765-772, 2020.
B. DA SILVA, FERNANDO ; MARTINS DE OLIVEIRA, VINÍCIUS ; SANCHES, MURILO NOGUEIRA ; CONTESSOTO, VINÍCIUS G. ; LEITE, VITOR B.P. . Rational Design of Chymotrypsin Inhibitor 2 by Optimizing Non-Native Interaction. Journal of Chemical Information and Modeling , v. 60, p. 982, 2019.
MARTINS DE OLIVEIRA, VINÍCIUS ; GODOI CONTESSOTO, VINÍCIUS DE ; BRUNO DA SILVA, FERNANDO ; ZAGO CAETANO, DANIEL LUCAS ; JURADO DE CARVALHO, SIDNEY ; PEREIRA LEITE, VITOR BARBANTI . Effects of pH and Salt Concentration on Stability of a Protein G Variant Using Coarse-Grained Models. BIOPHYSICAL JOURNAL , v. 114, p. 65-75, 2018.
CONTESSOTO, VINÍCIUS G. ; DE OLIVEIRA, VINÍCIUS M. ; FERNANDES, BRUNO R. ; SLADE, GABRIEL G. ; LEITE, VITOR B. P. . TKSA-MC: A Web Server for rational mutation through the optimization of protein charge interactions. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS , v. 87, p. 1, 2018.
B. DA SILVA, FERNANDO ; CONTESSOTO, VINÍCIUS G. ; MARTINS DE OLIVEIRA, VINÍCIUS M. ; CLARKE, JANE ; LEITE, VITOR B.P. . Non-Native Cooperative Interactions Modulate Protein Folding Rates. JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B , v. 122, p. 1, 2018.
EBERLE, RAPHAEL ; ARNI, RAGHUVIR ; KAWAI, LIEGE ; LEITE, VITOR ; CONTESSOTO, VINÍCIUS ; OLIVEIRA, VINICIUS ; CARUSO, ICARO ; CORONADO, MONIKA . Cold Shock Protein A from Corynebacterium pseudotuberculosis: Role of Electrostatic Forces in the Stability of the Secondary Structure. Protein and Peptide Letters , v. 24, p. 358-367, 2017.
CAETANO, DANIEL L. Z. ; BOSSA, GUILHERME V. ; DE OLIVEIRA, VINICIUS M. ; BROWN, MATTHEW A. ; DE CARVALHO, SIDNEY J. ; MAY, SYLVIO . Differential capacitance of an electric double layer with asymmetric solvent-mediated interactions: mean-field theory and Monte Carlo simulations. PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS , v. 19, p. 23971-23981, 2017.
CONTESSOTO, VINÍCIUS G. ; DE OLIVEIRA, VINÍCIUS M. ; DE CARVALHO, SIDNEY J. ; OLIVEIRA, LEANDRO C. ; LEITE, VITOR B. P. . NTL9 Folding at Constant pH: The Importance of Electrostatic Interaction and pH Dependence. Journal of Chemical Theory and Computation , v. 12, p. 3270-3277, 2016.
CAETANO, DANIEL L. Z. ; BOSSA, GUILHERME V. ; DE OLIVEIRA, VINICIUS M. ; BROWN, MATTHEW A. ; DE CARVALHO, SIDNEY J. ; MAY, SYLVIO . Role of ion hydration for the differential capacitance of an electric double layer. PCCP. Physical Chemistry Chemical Physics (Print) , v. 18, p. 27796-27807, 2016.
DE OLIVEIRA, V. M. ; DE CARVALHO, S. J. . Adsorption of pH-responsive polyelectrolyte chains onto spherical macroions. The European Physical Journal. E, Soft Matter (Print) , v. 37, p. 1, 2014.
DE OLIVEIRA, V. M. ; CAETANO, D. L. Z. ; ABREGO, J. R. B. ; OLIVEIRA JUNIOR, A. B. ; ANTONIASSI, R. M. ; BOSSA, G. V. . Práticas de optica e introdução à física moderna: coleta e análise de dados experimentais. 1. ed. São Paulo: Cultura acadêmica, 2014. v. 1. 133p .
CONTESSOTO, VINÍCIUS G. ; DE OLIVEIRA, VINÍCIUS M. ; LEITE, VITOR B. P. . Coarse-Grained Simulations of Protein Folding: Bridging Theory and Experiments. Coarse-Grained Simulations of Protein Folding: Bridging Theory and Experiments. 1ed.: Humana, 2022, v. , p. 303-315.
DE OLIVEIRA, V.M. . PPAR Modulation Through Posttranslational Modification Control. PPAR Modulation Through Posttranslational Modification Control. 1ed.: , 2021, v. , p. 537-.
OLIVEIRA, V. M. ; RUGGIERO NETO, J. ; CARVALHO, S. J. . Estudo por Simulação Computacional da Interação de Peptídeos Catiônicos e Bicamadas Lipídicas. In: XXII Congresso de Iniciação Científica da Unesp, 2010, São José do Rio Preto. Anais do XXI I Congresso de Iniciação Científica da Unesp, 2010.
OLIVEIRA, V. M. ; RUGGIERO NETO, J. ; CARVALHO, S. J. . Estudo por Simulação Computacional da Interação de Peptídeos Antimicrobianos e Bicamadas Lipídicas. In: XXI Congresso de Iniciação Científica da Unesp, 2009, São José do Rio Preto. Anais do XXI Congresso de Iniciação Científica da Unesp, 2009. p. 799-802.
DE OLIVEIRA, VINÍCIUS M. . pH Changes Modulate the Balance Between the Functional States of the Estrogen Receptor Alpha. In: Synergy of experiment and computation in quantitative systems biology, 2019, Nové Hrady. Synergy of experiment and computation in quantitative systems biology, 2019.
OLIVEIRA, V. M. . Efeito Cooperativo de Mutação Câncer-Ativadora e de pH na Ativação do Receptor de Estrógeno. 2019. (Apresentação de Trabalho/Outra).

Outras produções

OLIVEIRA, V. M. ; CARVALHO, S. J. . Simulação da Interação de Peptídeos Antimicrobianos e Bicamadas Lipídicas. 2009.

Histórico profissional

Endereço profissional

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto. , Cristovao Colombo, Jardim Nazare, 15054000 - São José do Rio Preto, SP - Brasil, URL da Homepage:

Experiência profissional

2018 - Atual

Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2012 - 2012

Avanzi Telecom

Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 8

Outras informações:
Atuou como programador em PHP e SQL

2017 - 2018

Faculdade de Tecnologia do Estado de São Paulo

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor de Ensino Superior, Carga horária: 8

2018 - Atual

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2013 - 2017

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutorando, Carga horária: 40

2011 - 2013

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Aluno de Mestrado, Regime: Dedicação exclusiva.

2012 - 2012

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 4

Outras informações:
Estágio docência na Disciplina "Metodos Computacionais II " no curso de Graduaçao de Física.

2009 - 2010

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Graduação em física biológica, Regime: Dedicação exclusiva.