Rafael Ferreira Soares

Realizou sua iniciação científica como bolsista no Instituto Oswaldo Cruz / Laboratório de Comunicação Celular para construção de um cluster de computadores no intuito de inserir abordagens in silico ao laboratório. Obteve o bacharelado em Farmácia pelo Centro Universitário Serra dos Órgãos - UNIFESO (2012) e Mestrado pelo programa de pós-graduação em biologia computacional e sistemas do Instituto Oswaldo Cruz-IOC (2015) através de bolsa CNPq. Bolsista FioTec no período de (08/2019 a 07/2020). Atualmente, doutor pelo programa de Biologia Computacional e Sistema do IOC-FIOCRUZ (2019), sendo responsável técnico da plataforma de Bioinformática (RPT04A) da Vice-Presidência de Pesquisa e Coleções Biológicas (VPPCB), membro da Rede Genômica Fiocruz (https://www.genomahcov.fiocruz.br) que atua no sequenciamento e identificação de variantes de SARS-CoV-2 no Brasil e responsável técnico de computação da Vice-Presidência de Pesquisa e Coleções Biológicas (VPPCB) da Fundação Oswaldo Cruz - FIOCRUZ, com interesses futuros na área de biologia estrutural para produção de fármacos.

Informações coletadas do Lattes em 01/07/2023

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas

2015 - 2019

Fundação Oswaldo Cruz
Título: Estudo Dos estados de protonação das Histidinas catalíticas da enzima Ribose 5-Fosfato Isomerase de Trypanosoma Cruzi
, Ano de obtenção: 2019. Ernesto Raul Caffarena. Coorientador: Ana Carolina Ramos Guimarães. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Trypanosoma cruzi; Ribose-5-Phosphate Isomerase; Thermodynamic Integration; Molecular Dynamics Simulation; Network models.

Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas

2013 - 2015

Fundação Oswaldo Cruz
Título: Caracterização estrutural e funcional do modelo in silico da proteína de membrana P2X7 humana, Ano de Obtenção: 2015
Ernesto Raul Caffarena.Coorientador: Pedro Celso Nogueira Teixeira. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Graduação em Farmácia

2009 - 2012

Centro Universitário Serra dos Órgãos
Título: CONSTRUÇÃO DE UM CLUSTER SMP (DISKLESS) E ENSAIOS DE DINÂMICA MOLECULAR EM MODELO DE BICAMADA LIPÍDICA.
Orientador: Pedro Celso Nogueira Teixeira

Curso técnico/profissionalizante em Técnico em Enfermagem

2004 - 2006

Espaço e Saúde

Curso técnico/profissionalizante em Montagem e Manutenção de Micros

2004 - 2005

MICROLINS

Formação complementar

2015 - 2015

Applied Statistical Thermodynamics 2015: from theory to molecular dynamics. (Carga horária: 80h). , Fundación Ciencia para la Vida, FCV, Chile.

2014 - 2014

Cálculo de Modos Normais em Proteínas. (Carga horária: 6h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2011 - 2011

Entomologia forense. (Carga horária: 8h). , Renova cursos, RENOVA, Brasil.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências da Saúde / Área: Farmácia.

Grande área: Ciências da Saúde / Área: Farmácia / Subárea: Modelagem Molecular.

Participação em eventos

Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2022. (Simpósio).

Workshop de Integração, Pesquisa e Inovação.One Click. 2019. (Outra).

Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica. An in silico alternative to find and understand important residues of catalytic binding sites in Ribose-5-Phosphate Isomerase B from T.cruzi. 2018. (Congresso).

IV Escola Brasileira de Modelagem Molecular - EBMM. Study of the molecular interaction between calalytic binding site residues of Ribose 5 Phosphate isomerase and D-ribose-5-phosphate. 2017. (Congresso).

12th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering.The Influence Of The Pentose?s Pathway Of The Clostridium acetobutylicum On The Production Of Butanol: Insights From Mathematical Modeling. 2016. (Outra).

X-meeting BSB 2016. Identification of druggable binding sites in ribose-5-phosphate isomerase of T. cruzi. 2016. (Congresso).

Reunião Anual do programa Casadinho/Procad entre o Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG e o Programa de Pós-Graduação em Biologia Computacional e Sistemas (BCS).. 2014. (Outra).

Second French-Brazilian Symposium on Biosciences br.BIO.fr. 2014. (Simpósio).

VII Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2014. (Outra).

V - Simpósio de Estrutura Eletronica e Dinâmcia Molecular. 2014. (Simpósio).

X-meeting BSB 2014. Dynamic Behavior Study of the humen P2X7 receptor through comparative modeling and molecular dynamics. 2014. (Congresso).

X-meeting BSB 2013.Estudo sobre a estrutura 3D do receptor P2X7 humano.. 2013. (Simpósio).

XXVIII Reunião Anual da Federação de Sociedades de Biologia Experimental - FeSBE.Construção de um cluster SMP Diskless e Dinâmica Molecular de modelo de bicamada lipidica.. 2013. (Outra).

Participação em bancas

Aluno: Catia da Rosa Silva Alves

SANTOS, D. A.; GAIQUE, T. G.; SANTOS, L. M. B.;SOARES, R. F.. Abandono de Animais Domésticos: Principais Causas da Renúncia de Cães e Gatos de Alunos do Consórcio Cederj. 2020. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

SOARES, R. F.. 4th Brazilian Student Council Symposium: Women in Bioinformatics. 2019. Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.

Produções bibliográficas

ALBERTO, ANAEL VIANA PINTO ; DA SILVA FERREIRA, NATIELE CARLA ; SOARES, RAFAEL FERREIRA ; ALVES, LUIZ ANASTACIO . Molecular Modeling Applied to the Discovery of New Lead Compounds for P2 Receptors Based on Natural Sources. Frontiers in Pharmacology , v. 11, p. 01/01221-13, 2020.
MOREIRA, DANIEL A. ; LAMARCA, ALESSANDRA P. ; SOARES, RAFAEL FERREIRA ; COELHO, ANA M. A. ; FURTADO, CAROLINA ; SCHERER, NICOLE M. ; MOREIRA, MIGUEL A. M. ; SEUÁNEZ, HECTOR N. ; BORONI, MARIANA . Transcriptome of the Southern Muriqui Brachyteles arachnoides (Primates:Platyrrhini), a Critically Endangered New World Monkey: Evidence of Adaptive Evolution. Frontiers in Genetics , v. 11, p. 1-15, 2020.
SOARES, RAFAEL F. ; ANTUNES, DEBORAH ; SANTOS, LUCIANNA H. S. ; ROCHA, GISELE VIEIRA ; BASTOS, LEONARDO SOARES ; GUIMARÃES, ANA CAROLINA R. ; CAFFARENA, ERNESTO R. . Studying effects of different protonation states of His11 and His102 in ribose-5-phosphate isomerase of Trypanosoma cruzi : an example of cooperative behavior. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , v. 38, p. 1-10, 2019.
V.P. Alberto, Anael ; H.S. Santos, Lucianna ; Ferreira, Rafael ; N.M. Ferreira, Dinarte ; A. Alves, Luiz . A Brief View of Molecular Modeling Approaches to P2 Receptors. In: Luiz Anastácio Alves, Anael Viana Pinto Alberto. (Org.). Receptors p1 and p2 as Targets for Drug Therapy in Humans [Working Title]. London SE1 9SG, United Kingdom: IntechOpen, 2019, v. , p. 1-19.
SOARES, RAFAEL FERREIRA ; DA SILVA, FABRÍCIO ALVES BARBOSA ; GUIMARÃES, ANA CAROLINA RAMOS ; CAFFARENA, ERNESTO RAUL . The influence of the pentose?s pathway of the Clostridium Acetobutylicum on the production of butanol: Insights from mathematical modeling. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF COMPUTATIONAL METHODS IN SCIENCES AND ENGINEERING 2016 (ICCMSE 2016), 2016, Athens. org.crossref.xschema._1.Title@26119465. v. 1790. p. 100011.
SOARES, R. F. . One Click. 2019. (Apresentação de Trabalho/Outra).
SOARES, R. F. ; GUIMARAES, A. C. R. ; CAFFARENA, E. R. . An in silico alternative to find and understand important residues of catalytic binding sites in Ribose-5-Phosphate Isomerase B from T.cruzi. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
SOARES, RAFAEL FERREIRA ; GUIMARÃES, ANA CAROLINA RAMOS ; CAFFARENA, ERNESTO RAUL . Study of the molecular interaction between calalytic binding site residues of Ribose 5 Phosphate isomerase and D-ribose-5-phosphate. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
SOARES, R. F. ; SILVA, F. A. B. ; GUIMARAES, A. C. R. ; CAFFARENA, E. R. . The Influence Of The Pentose?s Pathway Of The Clostridium acetobutylicum On The Production Of Butanol: Insights From Mathematical Modeling. 2016. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
SOARES, R. F. ; GUIMARAES, A. C. R. ; CAFFARENA, E. R. . Identification of druggable binding sites in ribose-5-phosphate isomerase of T. cruzi. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
SOARES, R. F. ; TEIXEIRA, P. C. N. ; CAFFARENA, E. R. . Dynamic Behavior Study of the humen P2X7 receptor through comparative modeling and molecular dynamics. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
SOARES, R. F. ; TEIXEIRA, P. C. N. ; CAFFARENA, E. R. . Studies on the structure and conformation of the transmembrane domain of the P2X7 receptor. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
SOARES, R. F. ; TEIXEIRA, P. C. N. ; CAFFARENA, E. R. . CONSTRUÇÃO DE UM CLUSTER SMP (DISKLESS) E DINÂMICA MOLECULAR DE MODELO DE BICAMADA LIPÍDICA.. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções

GUIMARAES, A. C. R. ; MARTINS, T. E. P. ; SOARES, R. F. . Fundamentos de Bioinformática. 2020. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

SILVA, V. S. ; SANTOS, D. A. ; SANTOS, L. H. S. ; PEREIRA, J. C. ; DUVAL, F. V. ; MACHADO, L. A. ; OLIVEIRA, A. S. ; QUINTANILHA, A. T. ; CASTILHO, V. V. S. ; SOARES, R. F. . Bioinformática Estrutural. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

OLIVEIRA, A. S. ; SOARES, R. F. ; CASTILHO, V. V. S. ; SANTOS, L. H. S. ; PEREIRA, J. C. ; SANTOS, D. A. ; QUINTANILHA, A. T. . Bioinformática Estrutural. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Histórico profissional

Endereço profissional

Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz. , Avenida Brasil - de 3503 a 7799 - lado ímpar, Manguinhos, 21040360 - Rio de Janeiro, RJ - Brasil, Telefone: (21) 38658142, URL da Homepage:

Experiência profissional

2019 - Atual

Fundação Oswaldo Cruz

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2012 - 2012

Fundação Oswaldo Cruz

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estagiario, Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Desenvolvimento de um cluster de computadores de alto desempenho para realização de trabalhos em dinâmica molecular, bem como a compreensão dos softwares utilizados para realização das simulações em dinâmica molecular. As informações desenvolvidas contribuíram para o desenvolvendo do meu trabalho de conclusão de curso de titulo: Construção de um cluster de alto desempenho (SMP) Diskless para realização de ensaios em dinâmica molecular.

2011 - 2011

Centro Universitário Serra dos Órgãos

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor/Estagiário, Carga horária: 6

Outras informações:
Monitor das disciplinas de Bioquímica I & II

2010 - 2010

Centro Universitário Serra dos Órgãos

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor/Estagiário, Carga horária: 6

Outras informações:
Monitor da disciplina de Farmacognosia I.

2010 - 2010

Hospital da Força Aérea do Galeão

Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 40

2020 - Atual

Fundação para o Desenvolvimento Científicio e Tecnológico em Saúde

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Resposável técnico da Platarforma RPT04A, Carga horária: 45, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
A RPT04A (Plataforma de Bioinformática IOC-RJ) é parte da Rede de Plataformas Tecnológicas da Fiocruz. Foi estruturada como suporte tecnológica para pesquisa, desenvolvimento tecnológico e vigilância em saúde, e para otimizar os recursos de infraestrutura, de manutenção e de operação de equipamentos de maior complexidade na instituição. Esta rede também está acessível para cientistas de outras instituições, públicas e privadas e para empresas.