Antônio pedro de castello branco da rocha camargo

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Orientou

Produções bibliográficas

• GRAHAM, EMILY B. ; CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; WU, RUONAN ; NECHES, RUSSELL Y. ; NOLAN, MATT ; PAEZ-ESPINO, DAVID ; KYRPIDES, NIKOS C. ; JANSSON, JANET K. ; MCDERMOTT, JASON E. ; HOFMOCKEL, KIRSTEN S. ; BLANCHARD, JEFFREY L. ; LIU, XIAO JUN A. ; RODRIGUES, JORGE L. MAZZA ; FREEDMAN, ZACHARY B. ; BALDRIAN, PETR ; STURSOVA, MARTINA ; DEANGELIS, KRISTEN M. ; LEE, SUNGEUN ; GODOY-VITORINO, FILIPA ; YEOH, YUN KIT ; et.al . A global atlas of soil viruses reveals unexplored biodiversity and potential biogeochemical impacts. Nature Microbiology , v. 9, p. 1873-1883, 2024.

• COOK, RYAN ; TELATIN, ANDREA ; BOURAS, GEORGE ; CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; LARRALDE, MARTIN ; EDWARDS, ROBERT A ; ADRIAENSSENS, EVELIEN M . Driving through stop signs: predicting stop codon reassignment improves functional annotation of bacteriophages. ISME Communications , v. 4, p. ycae079, 2024.

• COCLET, CLÉMENT ; CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; ROUX, SIMON ; MORARU, CRISTINA . MVP: a modular viromics pipeline to identify, filter, cluster, annotate, and bin viruses from metagenomes. mSystems , v. 000, p. e00888-24, 2024.

• CAMARGO, ANTONIO PEDRO . Unveiling plasmid diversity in nature. NATURE REVIEWS MICROBIOLOGY , v. 22, p. 597-597, 2024.

• CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; CALL, LEE ; ROUX, SIMON ; NAYFACH, STEPHEN ; HUNTEMANN, MARCEL ; PALANIAPPAN, KRISHNAVENI ; RATNER, ANNA ; CHU, KEN ; MUKHERJEEP, SUPRATIM ; REDDY, T B K ; CHEN, I-MIN A ; IVANOVA, NATALIA N ; ELOE-FADROSH, EMILEY A ; WOYKE, TANJA ; BALTRUS, DAVID A ; CASTAÑEDA-BARBA, SALVADOR ; DE LA CRUZ, FERNANDO ; FUNNELL, BARBARA E ; HALL, JAMES P J ; MUKHOPADHYAY, AINDRILA ; et.al . IMG/PR: a database of plasmids from genomes and metagenomes with rich annotations and metadata. NUCLEIC ACIDS RESEARCH (ONLINE) , v. 52, p. D164-D173, 2023.

• PAVLOPOULOS, GEORGIOS A. ; BALTOUMAS, FOTIS A. ; LIU, SIRUI ; SELVITOPI, OGUZ ; CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; NAYFACH, STEPHEN ; AZAD, ARIFUL ; ROUX, SIMON ; CALL, LEE ; IVANOVA, NATALIA N. ; CHEN, I. MIN ; PAEZ-ESPINO, DAVID ; KARATZAS, EVANGELOS ; ACINAS, SILVIA G. ; AHLGREN, NATHAN ; ATTWOOD, GRAEME ; BALDRIAN, PETR ; BERRY, TIMOTHY ; BHATNAGAR, JENNIFER M. ; BHAYA, DEVAKI ; et.al . Unraveling the functional dark matter through global metagenomics. Nature , v. 622, p. 594-602, 2023.

• CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; ROUX, SIMON ; SCHULZ, FREDERIK ; BABINSKI, MICHAL ; XU, YAN ; HU, BIN ; CHAIN, PATRICK S. G. ; NAYFACH, STEPHEN ; KYRPIDES, NIKOS C. . Identification of mobile genetic elements with geNomad. Nature Biotechnology , v. 01, p. 01, 2023.

• RILEY, ROBERT ; BOWERS, ROBERT M. ; CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; CAMPBELL, ASHLEY ; EGAN, ROB ; ELOE-FADROSH, EMILEY A. ; FOSTER, BRIAN ; HOFMEYR, STEVEN ; HUNTEMANN, MARCEL ; KELLOM, MATTHEW ; KIMBREL, JEFFREY A. ; OLIKER, LEONID ; YELICK, KATHERINE ; PETT-RIDGE, JENNIFER ; SALAMOV, ASAF ; VARGHESE, NEHA J. ; CLUM, ALICIA . Terabase-Scale Coassembly of a Tropical Soil Microbiome. MICROBIOLOGY SPECTRUM , v. 11, p. e00200-23, 2023.

• MUKHERJEE, SUPRATIM ; PALANIAPPAN, KRISHNAVENI ; SESHADRI, REKHA ; CHU, KEN ; RATNER, ANNA ; HUANG, JINGHUA ; HUNTEMANN, MARCEL ; HAJEK, PATRICK ; RITTER, STEPHAN ; WEBB, CODY ; WU, DONGYING ; VARGHESE, NEHA ; STAMATIS, DIMITRI ; LI, CINDY TIANQING ; OVCHINNIKOVA, GALINA ; BOWERS, ROBERT M. ; CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; NAYFACH, STEPHEN ; SCHULZ, FREDERIK ; ROUX, SIMON ; et.al . Bioinformatics Analysis Tools for Studying Microbiomes at the DOE Joint Genome Institute. Journal Of The Indian Institute Of Science , v. 103, p. 857-875, 2023.

• ROUX, SIMON ; CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; COUTINHO, FELIPE H. ; DABDOUB, SHAREEF M. ; DUTILH, BAS E. ; NAYFACH, STEPHEN ; TRITT, ANDREW . iPHoP: An integrated machine learning framework to maximize host prediction for metagenome-derived viruses of archaea and bacteria. PLOS BIOLOGY , v. 21, p. e3002083, 2023.

• LEE, BENJAMIN D. ; NERI, URI ; ROUX, SIMON ; WOLF, YURI I. ; CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; KRUPOVIC, MART ; SIMMONDS, PETER ; KYRPIDES, NIKOS ; GOPHNA, URI ; DOLJA, VALERIAN V. ; KOONIN, EUGENE V. . Mining metatranscriptomes reveals a vast world of viroid-like circular RNAs. CELL , v. 186, p. 646-661.e4, 2023.

• NERI, URI ; WOLF, YURI I. ; ROUX, SIMON ; CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; LEE, BENJAMIN ; KAZLAUSKAS, DARIUS ; CHEN, I. MIN ; IVANOVA, NATALIA ; ZEIGLER ALLEN, LISA ; PAEZ-ESPINO, DAVID ; BRYANT, DONALD A. ; BHAYA, DEVAKI ; KRUPOVIC, MART ; DOLJA, VALERIAN V. ; KYRPIDES, NIKOS C. ; KOONIN, EUGENE V. ; GOPHNA, URI ; NARROWE, ADRIENNE B. ; PROBST, ALEXANDER J. ; SCZYRBA, ALEXANDER ; et.al . Expansion of the global RNA virome reveals diverse clades of bacteriophages. CELL , v. 1, p. 1, 2022.

• PAPES, FABIO ; CAMARGO, ANTONIO P. ; DE SOUZA, JANAINA S. ; CARVALHO, VINICIUS M. A. ; SZETO, RYAN A. ; LAMONTAGNE, ERIN ; TEIXEIRA, JOSÉ R. ; AVANSINI, SIMONI H. ; SÁNCHEZ-SÁNCHEZ, SANDRA M. ; NAKAHARA, THIAGO S. ; SANTO, CAROLINA N. ; WU, WEI ; YAO, HANG ; ARAÚJO, BARBARA M. P. ; VELHO, PAULO E. N. F. ; HADDAD, GABRIEL G. ; MUOTRI, ALYSSON R. . Transcription Factor 4 loss-of-function is associated with deficits in progenitor proliferation and cortical neuron content. Nature Communications , v. 13, p. 1, 2022.

• FIAMENGHI, MATEUS BERNABE ; BUENO, JOÃO GABRIEL RIBEIRO ; CAMARGO, ANTÔNIO PEDRO ; BORELLI, GUILHERME ; CARAZZOLLE, MARCELO FALSARELLA ; PEREIRA, GONÇALO AMARANTE GUIMARÃES ; DOS SANTOS, LEANDRO VIEIRA ; JOSÉ, JULIANA . Machine learning and comparative genomics approaches for the discovery of xylose transporters in yeast. Biotechnology for Biofuels and Bioproducts , v. 15, p. 1, 2022.

• CAMARGO, A. P. C. B. R. ; DE SOUZA, RAFAEL S. C. ; JOSE, JULIANA ; GERHARDT, ISABEL R. ; DANTE, RICARDO A. ; MUKHERJEE, SUPRATIM ; HUNTEMANN, MARCEL ; KYRPIDES, NIKOS C. ; CARAZZOLLE, MARCELO F. ; ARRUDA, PAULO . Plant microbiomes harbor potential to promote nutrient turnover in impoverished substrates of a Brazilian biodiversity hotspot. ISME Journal , v. 14, p. 354-370, 2022.

• CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; NAYFACH, STEPHEN ; CHEN, I-MIN A ; PALANIAPPAN, KRISHNAVENI ; RATNER, ANNA ; CHU, KEN ; RITTER, STEPHAN J ; REDDY, T B K ; MUKHERJEE, SUPRATIM ; SCHULZ, FREDERIK ; CALL, LEE ; NECHES, RUSSELL Y ; WOYKE, TANJA ; IVANOVA, NATALIA N ; ELOE-FADROSH, EMILEY A ; KYRPIDES, NIKOS C ; ROUX, SIMON . IMG/VR v4: an expanded database of uncultivated virus genomes within a framework of extensive functional, taxonomic, and ecological metadata. NUCLEIC ACIDS RESEARCH (ONLINE) , v. 51, p. D733-D743, 2022.

• TAVELLA, TATYANA ALMEIDA ; DA SILVA, NOELI SOARES MELO ; SPILLMAN, NATALIE ; KAYANO, ANA CAROLINA ANDRADE VITOR ; CASSIANO, GUSTAVO CAPATTI ; VASCONCELOS, ADRIELLE AYUMI ; CAMARGO, ANTÔNIO PEDRO ; DA SILVA, DJANE CLARYS BAIA ; FONTINHA, DIANA ; SALAZAR ALVAREZ, LUIS CARLOS ; FERREIRA, LETÍCIA TIBURCIO ; PERALIS TOMAZ, KAIRA CRISTINA ; NEVES, BRUNO JUNIOR ; ALMEIDA, LUDIMILA DIAS ; BARGIERI, DANIEL YOUSSEF ; LACERDA, MARCUS VINICIUS GUIMARÃES DE ; LEMOS CRAVO, PEDRO VITOR ; SUNNERHAGEN, PER ; PRUDÊNCIO, MIGUEL ; ANDRADE, CAROLINA HORTA ; et.al . Violacein-Induced Chaperone System Collapse Underlies Multistage Antiplasmodial Activity. ACS Infectious Diseases , v. 7, p. 759-776, 2021.

• ALMEIDA, LUDIMILA DIAS ; SILVA, ALI SALIM FARAJ ; MOTA, DANIEL CALIXTO ; VASCONCELOS, ADRIELLE AYUMI ; CAMARGO, ANTÔNIO PEDRO ; PIRES, GABRIEL SILVA ; FURLAN, MONIQUE ; FREIRE, HELENA MARTINS RIBEIRO DA CUNHA ; KLIPPEL, ANGÉLICA HOLLUNDER ; SILVA, SUÉLEN FERNANDES ; ZANELLI, CLESLEI FERNANDO ; CARAZZOLLE, MARCELO FALSARELLA ; OLIVER, STEPHEN G. ; BILSLAND, ELIZABETH . Yeast Double Transporter Gene Deletion Library for Identification of Xenobiotic Carriers in Low or High Throughput. mBio , v. 12, p. 1, 2021.

• VASCONCELOS, ADRIELLE A. ; JOSÉ, JULIANA ; TOKIMATU, PAULO M. ; CAMARGO, ANTONIO P. ; TEIXEIRA, PAULO J. P. L. ; THOMAZELLA, DANIELA P. T. ; DO PRADO, PAULA F. V. ; FIORIN, GABRIEL L. ; COSTA, JULIANA L. ; FIGUEIRA, ANTONIO ; CARAZZOLLE, MARCELO F. ; PEREIRA, GONÇALO A. G. ; BARONI, RENATA M. . Adaptive evolution of Moniliophthora PR-1 proteins towards its pathogenic lifestyle. Bmc Ecology And Evolution , v. 21, p. 1, 2021.

• CARVALHO, LUCAS M ; CARVALHO-NETTO, OSMAR V ; CALDERÓN, LUIGE L ; GUTIERREZ, MILENA ; DE ASSIS, MICHELLE A ; MOFATTO, LUCIANA S ; CAMARGO, ANTONIO P ; DOS SANTOS, LEANDRO V ; BORELLI, GUILHERME ; TEMER, BEATRIZ ; ARAUJO, GUIDO ; PEREIRA, GONÇALO A G ; CARAZZOLLE, MARCELO F . Understanding the differences in 2G ethanol fermentative scales through omics data integration. FEMS YEAST RESEARCH (ONLINE) , v. 21, p. 1, 2021.

• CAMARGO, ANTONIO P ; SOURKOV, VSEVOLOD ; PEREIRA, GONÇALO A G ; CARAZZOLLE, MARCELO F . RNAsamba: neural network-based assessment of the protein-coding potential of RNA sequences. NAR Genomics and Bioinformatics , v. 2, p. lqz024, 2020.

• NAYFACH, STEPHEN ; CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; SCHULZ, FREDERIK ; ELOE-FADROSH, EMILEY ; ROUX, SIMON ; KYRPIDES, NIKOS C. . CheckV assesses the quality and completeness of metagenome-assembled viral genomes. Nature Biotechnology , v. 1, p. 1, 2020.

• NAKAHARA, T. S. ; CAMARGO, A. P. C. B. R. ; MAGALHÃES, PEDRO H. M. ; SOUZA, MATEUS A. A. ; RIBEIRO, PEDRO G. ; MARTINS-NETTO, PAULO H. ; CARVALHO, VINICIUS M. A. ; JOSÉ, JULIANA ; PAPES, FABIO . Peripheral oxytocin injection modulates vomeronasal sensory activity and reduces pup-directed aggression in male mice. Scientific Reports , v. 10, p. 19943, 2020.

• DE CARVALHO, L.M. ; BORELLI, G. ; CAMARGO, A.P. ; DE ASSIS, M.A. ; DE FERRAZ, S.M.F. ; FIAMENGHI, M.B. ; JOSÉ, J. ; MOFATTO, L.S. ; NAGAMATSU, S.T. ; PERSINOTI, G.F. ; SILVA, N.V. ; VASCONCELOS, A.A. ; PEREIRA, G.A.G. ; CARAZZOLLE, M.F. . Bioinformatics applied to biotechnology: A review towards bioenergy research. BIOMASS & BIOENERGY , v. 123, p. 195-224, 2019.

• CAMARGO, ANTONIO P ; NAKAHARA, THIAGO S ; FIRMINO, LUIZ E R ; NETTO, PAULO H M ; DO NASCIMENTO, JOÃO B P ; DONNARD, ELISA R ; GALANTE, PEDRO A F ; CARAZZOLLE, MARCELO F ; MALNIC, BETTINA ; PAPES, FABIO . Uncovering the mouse olfactory long non-coding transcriptome with a novel machine-learning model. DNA RESEARCH , v. ., p. ., 2019.

• CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; DE SOUZA, RAFAEL SOARES CORREA ; DE BRITTO COSTA, PATRÍCIA ; GERHARDT, ISABEL RODRIGUES ; DANTE, RICARDO AUGUSTO ; TEODORO, GRAZIELLE SALES ; ABRAHÃO, ANNA ; LAMBERS, HANS ; CARAZZOLLE, MARCELO FALSARELLA ; HUNTEMANN, MARCEL ; CLUM, ALICIA ; FOSTER, BRIAN ; FOSTER, BRYCE ; ROUX, SIMON ; PALANIAPPAN, KRISHNAVENI ; VARGHESE, NEHA ; MUKHERJEE, SUPRATIM ; REDDY, T. B. K. ; DAUM, CHRIS ; COPELAND, ALEX ; et.al . Microbiomes of Velloziaceae from phosphorus-impoverished soils of the campos rupestres, a biodiversity hotspot. Scientific Data , v. 6, p. ., 2019.

• CARVALHO, VINICIUS M. A. ; NAKAHARA, THIAGO S. ; CARDOZO, LEONARDO M. ; SOUZA, MATEUS A. A. ; CAMARGO, ANTONIO P. ; TRINTINALIA, GUILHERME Z. ; FERRAZ, ELIANA ; PAPES, FABIO . Lack of spatial segregation in the representation of pheromones and kairomones in the mouse medial amygdala. Frontiers in Neuroscience , v. 9, p. 283, 2015.

• PAPES, FABIO ; NAKAHARA, THIAGO S. ; CAMARGO, ANTONIO P. . Behavioral Assays in the Study of Olfaction: A Practical Guide. In: Fabio Marques Simoes de Souza; Gabriela Antunes. (Org.). Methods in Molecular Biology. 1ed.: Springer New York, 2018, v. , p. 289-388.

• MUTZ, P. ; CAMARGO, ANTONIO P. ; SAHAKYAN, H. ; NERI, U. ; BUTKOVIC, A. ; WOLF, YURI I. ; KRUPOVIC, M. ; DOLJA, VALERIAN V. ; KOONIN, EUGENE V. . The protein structurome of Orthornavirae and its dark matter. mBio , 2024.

• ALMEIDA, B. M. R. C. ; BUENO, J. G. R. ; SUNNERHAGEN, PER ; BILSLAND, ELIZABETH ; SANTOS, L. V. ; CAMARGO, A. P. . Harnessing tardigrade metabolism to boost Saccharomyces cerevisiae?s tolerance against lignocellulosic hydrolysate inhibitors. 2024. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• CAMARGO, ANTONIO P. . Uncovering and organizing the plasmid diversity across Earth's microbiomes. 2024. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MESTRE, M. R. ; ZHENG, H. ; RUSSEL, J. ; CAMARGO, ANTONIO P. ; PINILLA-REDONDO, R. ; SØRENSEN, S. J. . Unraveling the role of plasmids in disseminating prokaryotic immune systems across ecosystems. 2024. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• CAMARGO, ANTONIO P. . Automatic virus taxonomic assignment with geNomad. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CAMARGO, A.P. . You can move, but you can?t hide: large-scale identification of mobile genetic elements. 2022. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• CAMARGO, A.P. . Metagenomic investigation of the microbiomes of Velloziaceae adapted to the nutrient- impoverished substrates of the campos rupestres. 2021. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• CAMARGO, ANTONIO P. ; SOUZA, R. S. C. ; ARRUDA, P. ; CARAZZOLLE, M. F. . Unravelling the microbiomes of endemic plants adapted to P-impoverished soils. 2019. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• CAMARGO, A.P. ; SOUZA, R. S. C. ; ARRUDA, PAULO ; CARAZZOLLE, M.F. . Microbiomes of Velloziaceae from phosphorus impoverished soils of the campos rupestres, a biodiversity hotspot. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CAMARGO, A.P. . Uncovering the mouse olfactory long non-coding transcriptome. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• SILVA, J. J. B. ; ABREU, L. G. F. ; SILVA, N. V. ; CAMARGO, A.P. ; CUNHA, C. P. ; PEREIRA, G.A.G. ; CARAZZOLLE, M.F. . Integrated transcriptomic and metabolomic analyzes applied to cane-energy: a new variety of cane with high biomass productivity. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CAMARGO, A.P. . Metagenomic investigation of the microbiomes of plants adapted to phosphorus nutritional limitation. 2019. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• FIAMENGHI, M. B. ; BORELLI, G. ; CAMARGO, A.P. ; CARAZZOLLE, M. F. ; PEREIRA, G.A.G. ; JOSÉ, JULIANA . A machine learning approach for predicting xylose transport capacity. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CAMARGO, ANTONIO P. ; CARAZZOLLE, M. F. ; PAPES, FABIO . Unraveling the lincRNA transcriptome of the mice olfactory system. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CAMARGO, ANTONIO P. ; CARAZZOLLE, M. F. ; PAPES, FABIO . Analysis of the lincRNA transcriptome in the accessory olfactory system. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CAMARGO, A. P. C. B. R. ; SANTOS, L. V. ; CARAZZOLLE, M. F. ; PEREIRA, G. A. G. . Isolation of xylose isomerases by metagenomic screening targeting Saccharomyces cerevisiae expression for second-generation bioethanol production. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CAMARGO, A. P. C. B. R. ; NAKAHARA, THIAGO S. ; PAPES, FABIO . Generation of a knockout mouse strain for an olfactory receptor gene involved in the generation of instinctive behaviors. 2015. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• CAMARGO, A. P. C. B. R. ; TELES, C. B. ; ANTUNES, E. R. M. ; MORAIS, F. P. ; ZUCCOLI, G. S. ; OLIVEIRA, P. P. T. ; NESHICH, I. A. P. ; ARRUDA, P. . Análise da interação entre o antimicrobiano triclocarban e a enzima FabI. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CORNMAN, A. ; WEST-ROBERTS, J. ; CAMARGO, ANTONIO PEDRO ; ROUX, S. ; BERACOCHEA, M. ; MIRDITA, M. ; OVCHINNIKOV, S. ; HWANG, Y. . The OMG dataset: An Open MetaGenomic corpus for mixed-modality genomic language modeling. Cold Spring Harbor, 2024 (Pre-print).

• MUTZ, P. ; CAMARGO, A. P. ; SAHAKYAN, H. ; NERI, U. ; BUTKOVIC, A. ; WOLF, YURI I. ; KRUPOVIC, M. ; DOLJA, VALERIAN V. ; KOONIN, EUGENE V. . The protein structurome of Orthornavirae and its dark matter. Cold Spring Harbor, 2024 (Pre-print).

• JHA, N. ; KRAVITZ, J. ; WEST-ROBERTS, J. ; CAMARGO, ANTONIO P. ; ROUX, SIMON ; CORNMAN, A. ; HWANG, Y. . Gaia: A Context-Aware Sequence Search and Discovery Tool for Microbial Proteins. Cold Spring Harbor, 2024 (Pre-print).

• GRAHAM, E. B. ; CAMARGO, A. P. ; WU, R. ; NECHES, R. Y. ; NOLAN, M. ; PAEZ-ESPINO, D. ; COPELAND, A. ; KYRPIDES, N. C. ; JANSSON, J. K. ; MCDERMOTT, J. E. ; HOFMOCKEL, K. S. ; The Soil Virosphere Consortium . Global Biogeography of the Soil Virosphere. bioRxiv, 2023 (Pre-print).

• COOK, R. ; TELATIN, A. ; BOURAS, G. ; CAMARGO, A.P. ; LARRALDE, M. ; EDWARDS, R. A. ; ADRIAENSSES, E. M. . Predicting stop codon reassignment improves functional annotation of bacteriophages. bioRxiv, 2023 (Pre-print).

• CAMARGO, A. P. ; VASCONCELOS, A. A. ; FIAMENGHI, M. B. ; PEREIRA, G. A. G. ; CARAZZOLLE, M. F. . tspex: a tissue-specificity calculator for gene expression data. Research Square, 2020 (Pre-print).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2024 - Atual

  Desenvolvimento de análises avançadas para desvendar a dinâmica e o potencial funcional de genomas virais, Descrição: O viroma humano, que compreende o conjunto de vírus detectados em humanos, inclui patógenos, vírus que infectam microrganismos do microbioma humano e vírus transitórios provenientes de alimentos ou água. A maioria desses vírus é identificada por meio de dados metagenômicos, onde seus genomas são sequenciados diretamente, sem a necessidade de cultivo laboratorial. Devido à vasta diversidade viral e à limitada caracterização experimental da maioria dos vírus, a interpretação biológica desses genomas ainda é muito limitada. Para elucidar a biologia do viroma humano, é essencial classificá-los, associá-los aos seus hospedeiros e inferir a função de seus genes, entretanto, os métodos computacionais atuais apresentam limitações em termos de resolução e precisão. Este projeto visa desenvolver ferramentas, bancos de dados e pipelines para (i) realizar a classificação taxonômica de vírus a partir de seus genomas, (ii) prever possíveis hospedeiros e (iii) identificar a função de seus genes. Este projeto está sendo conduzido no contexto do Programa do Viroma Humano, do National Institutes of Health (NIH, EUA).. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo - Integrante / Nikos C. Kyrpides - Coordenador / simon roux - Integrante., Financiador(es): National Institutes of Health - Auxílio financeiro.

• 2023 - Atual

  Investigação computacional de mecanismos de interação bacteriófago-hospedeiro no sistema gastrointestinal humano, Descrição: Bacteriófagos têm a capacidade de infectar quase todas as linhagens bacterianas conhecidas, porém os mecanismos moleculares subjacentes a essa capacidade de infecção são pouco compreendidos. A maioria dos fagos mostra especificidade por um espectro restrito de hospedeiros bacterianos, e os processos de infecção são detalhadamente descritos para poucos pares bactéria-bacteriófago. Para permitir a descoberta de princípios gerais que regem a especificidade dos fagos, este projeto lança mão de uma ampla coleção de fagos obtidos de metagenomas do sistema gastrointestinal humano. Através de técnicas como genômica comparativa, análise de polimorfismos genéticos, estrutura proteica, e predição de hospedeiros, busca-se identificar genes e polimorfismos que influenciam a mudança de hospedeiro. Este conhecimento é crucial para avançar no desenvolvimento de novas estratégias de fagoterapia, especialmente diante do desafio de desenvolver fagos que sejam específicos para bactérias patogênicas alvo, abrindo caminho para novas estratégias no tratamento de infecções bacterianas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo - Integrante / ROUX, SIMON - Integrante / NAYFACH, STEPHEN - Integrante / Nikos C. Kyrpides - Coordenador., Financiador(es): Department of Energy - Auxílio financeiro.

• 2023 - Atual

  Diversidade e ecologia de plasmídios associados a bactérias não-cultivadas de solos, Descrição: Atualmente, a diversidade dos plasmídeos conhecidos em bactérias do solo é restrita a poucas linhagens, na maioria isoladas de solos agrícolas. Considerando a imensa variedade de solos no planeta e a ampla gama de bactérias não cultiváveis presentes neles, nosso conhecimento a respeito do papel ecológico dos plasmídeos em bactérias do solo permanece limitado. Este projeto visa identificar genomas de plasmídeos em metagenomas de diversos solos ao redor do planeta, caracterizar a diversidade destes plasmídeos, e investigar seu papel metabólico e ecológico. Uma compreensão aprofundada dos plasmídeos de bactérias do solo, em uma perspectiva global, poderá elucidar como esses elementos genéticos contribuem para processos como a competição bacteriana, interações planta-microorganismo, capacidade de degradação de carboidratos, e a ampliação do potencial biossintético das bactérias hospedeiras.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo - Integrante / Nikos C. Kyrpides - Coordenador / Mateus Bernabe Fiamenghi - Integrante., Financiador(es): Department of Energy - Auxílio financeiro.

• 2021 - 2024

  Identificação em larga escala de vírus e plasmídeos em dados de sequenciamento de genomas, metagenomas, e metatranscriptomas, Descrição: Plasmídeos e vírus, elementos genéticos móveis presentes em todos os ecossistemas terrestres, atuam como vetores da transferência horizontal de genes, impactando a evolução de microrganismos e a dinâmica de comunidades microbianas. Para explorar sua ampla diversidade genética, faz-se necessário ir além dos genomas de isolados microbianos e investigar dados metagenômicos, que capturam a diversidade genômica em ecossistemas naturais. Para tal, foi desenvolvido o geNomad, uma ferramenta computacional que combina aprendizado de máquina e técnicas de biologia computacional para identificar com precisão sequências genômicas de plasmídeos e vírus em dados de sequenciamento. Ao aplicar o geNomad a milhares de genomas e metagenomas, revelou-se uma diversidade sem precedentes de novos plasmídeos e vírus, compilados nos bancos de dados IMG/PR e IMG/VR, respectivamente. O IMG/PR é atualmente o maior repositório de sequências plasmidiais, sendo pioneiro ao contemplar plasmídeos de ambientes naturais. Já o IMG/VR multiplicou por seis a diversidade viral conhecida até então. Esses recursos viabilizam investigações sobre a vasta diversidade, evolução e ecologia de vírus e plasmídeos na natureza, com aplicações que vão desde o combate a patógenos resistentes a antibióticos à descoberta de novas ferramentas para manipulação genética.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo - Coordenador / Nikos C. Kyrpides - Integrante., Financiador(es): Department of Energy - Auxílio financeiro.

• 2021 - Atual

  Desenvolvimento de algoritmos para identificação, classificação taxonômica e anotação de genomas virais, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo - Integrante / ROUX, SIMON - Integrante / KYRPIDES, NIKOS C. - Coordenador., Financiador(es): Department of Energy - Auxílio financeiro.

• 2018 - 2021

  Investigação metagenômica dos microbiomas de plantas adaptadas à limitação nutricional de fósforo, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Marcelo Falsarella Carazzolle em 25/06/2018., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo - Integrante / Paulo Arruda - Integrante / Marcelo Falsarella Carazzolle - Coordenador.

• 2016 - 2018

  Análise do transcritoma do sistema olfativo acessório, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Fabio Papes em 22/01/2017., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo - Integrante / Marcelo Falsarella Carazzolle - Integrante / PAPES, FABIO - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2015 - 2016

  Geração de uma linhagem de camundongos knockout para um gene de receptor olfativo envolvido na geração de comportamentos instintivos, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Fabio Papes em 05/10/2015., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo - Integrante / PAPES, FABIO - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2013 - 2015

  Prospecção de genes visando a expressão em leveduras para usos industriais, Projeto certificado pela empresa BioCelere Agroindustrial em 06/10/2015., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Coordenador / Leandro Vieira dos Santos - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

Prêmios