Emerson Rodrigo da Silva

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• GARCIA, BIANCA B.M. ; MERTINS, OMAR ; DA Silva, Emerson R. ; HAN, SANG W. . Influence of the degree of arginine substitution on chitosan-N-arginine-based chitosomes: Insights for improved gene delivery systems. JOURNAL OF DRUG DELIVERY SCIENCE AND TECHNOLOGY , v. 92, p. 105368, 2024.

• CASTELLETTO, VALERIA ; MELLO, LUCAS ; da Silva,E.R. ; SEITSONEN, JANI ; HAMLEY, IAN . Comparison of the self¿assembly and cytocompatibility of conjugates of Fmoc (9¿fluorenylmethoxycarbonyl) with hydrophobic, aromatic, or charged amino acids. JOURNAL OF PEPTIDE SCIENCE , v. e, p. 3571, 2024.

• DE MOURA, DIEGO SOARES ; VASCONCELOS, EDUARDO SANTOS ; PAZINATO, JULIA CRISTINA OLIVEIRA ; DEFFERRARI, DIEGO ; MERTINS, OMAR ; DA SILVA, EMERSON RODRIGO ; DELGADO, PATRICK MATHEWS ; GARCIA, IRENE TERESINHA SANTOS . Structuring of sodium tungstate with sodium dodecyl sulphate in aqueous media and its implications for advanced materials development. CERAMICS INTERNATIONAL , v. 50, p. 39837-39845, 2024.

• FACTORI, IRINA M. ; da Silva,E.R. ; GERBELLI, B. B. ; LIBERATO, M. S. ; ARAUJO, D. R. ; ALVES, W. A. . PVA/titanate nanotube nanocomposites: Evaluating the required structural properties for their performance as macromolecule delivery systems. JOURNAL OF APPLIED POLYMER SCIENCE , p. e56226, 2024.

• CALIARI, A. B. ; BICEV, RENATA NAPORANO ; SILVA, C. C. ; SOUZA, S. G. E. ; SILVA, M. G. ; SOUZA, L. E. A. ; MELLO, L. R. ; HAMLEY, IAN ; MOTTA, G. ; DEGROUARD, JÉRIL ; TRESSET, GUILLAUME ; QUARESMA, A. J. C. ; NAKAIE, CLOVIS R. ; da Silva,E.R. . Self-assembly, Cytocompatibility, and Interactions of Desmopressin with Sodium Polystyrene Sulfonate. Soft Matter , v. 20, p. 9597-9613, 2024.

• DE MELLO, LUCAS RODRIGUES ; HONDA, TÂMISA SEEKO BANDEIRA ; HAN, SANG WON ; CASTELLETTO, VALERIA ; HAMLEY, IAN WILLIAM ; POROSK, LY ; LANGEL, ÜLO ; DA SILVA, EMERSON RODRIGO . Structure-activity relationships of DNA nanocarriers based on the amphipathic cell penetrating peptide transportan 10. RSC Pharmaceutics , v. 1, p. 976-993, 2024.

• POROSK, LY ; HÄRK, HELERI HEIKE ; BICEV, RENATA NAPORANO ; GAIDUT?IK, ILJA ; NEBOGATOVA, JEKATERINA ; ARMOLIK, EGER-JASPER ; ARUKUUSK, PIRET ; DA SILVA, EMERSON RODRIGO ; LANGEL, ÜLO . Aggregation Limiting Cell-Penetrating Peptides Derived from Protein Signal Sequences. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , v. 24, p. 4277, 2023.

• HÄRK, HELERI H. ; POROSK, LY ; DE MELLO, LUCAS R. ; ARUKUUSK, PIRET ; DA Silva, Emerson R. ; KURRIKOFF, KAIDO . Modification of the Linker Amino Acid in the Cell-Penetrating Peptide NickFect55 Leads to Enhanced pDNA Transfection for In Vivo Applications. PHARMACEUTICS , v. 15, p. 883, 2023.

• DA COSTA LOURENÇO, THIAGO ; MELLO, LUCAS ; ICIMOTO, MARCELO YUDI ; BICEV, RENATA NAPORANO ; HAMLEY, IAN ; CASTELLETTO, VALERIA ; NAKAIE, CLOVIS RYUCHI ; SILVA, EMERSON RODRIGO . DNA-templated self-assembly of bradykinin into bioactive nanofibrils. Soft Matter , p. 4869-4879, 2023.

• FERREIRA, MARIANA M. L. ; DE SOUZA, SINVAL E. G. ; DA SILVA, CAROLINE C. ; SOUZA, LOUISE E. A. ; BICEV, RENATA N. ; DA Silva, Emerson R. ; NAKAIE, CLOVIS R. . Pyroglutamination-Induced Changes in the Physicochemical Features of a CXCR4 Chemokine Peptide: Kinetic and Structural Analysis. BIOCHEMISTRY , v. 62, p. 2530-2540, 2023.

• CASTELLETTO, VALERIA ; MELLO, LUCAS ; SILVA, EMERSON RODRIGO DA ; SEITSONEN, JANI ; HAMLEY, IAN W . Self-Assembly and Cytocompatibility of Amino Acid Conjugates Containing a Novel Water-Soluble Aromatic Protecting Group. BIOMACROMOLECULES , v. 24, p. 5403-5413, 2023.

• BICEV, RENATA NAPORANO ; DE SOUZA DEGENHARDT, MAXIMILIA FRAZÃO ; DE OLIVEIRA, CRISTIANO LUIS PINTO ; DA SILVA, EMERSON RODRIGO ; DEGROUARD, JÉRIL ; TRESSET, GUILLAUME ; RONSEIN, GRAZIELLA ELIZA ; DEMASI, MARILENE ; DA CUNHA, FERNANDA MARQUES . Glucose restriction in Saccharomyces cerevisiae modulates the phosphorylation pattern of the 20S proteasome and increases its activity. Scientific Reports , v. 13, p. 19383, 2023.

• FERREIRA, RAUL L. ; JR, WALTER MUNIZ ; SOUZA, LOUISE E. A. ; NAVARRO, HECTOR M. C. ; DE MELLO, LUCAS R. ; MASTELARO, VALMOR R. ; SALES, TASSO O. ; BARBOSA, CINTYA D. A. E. S. ; RIBEIRO, ADRIANA S. ; DA Silva, Emerson R. ; LANDELL, MELISSA F. ; DE OLIVEIRA, ITALO N. . Harnessing Efficient ROS Generation in Carbon Dots Derived from Methyl Red for Antimicrobial Photodynamic Therapy. Acs Applied Bio Materials , v. 6, p. 4345-4357, 2023.

• DE MELLO, LUCAS R. ; CARRASCOSA, VINICIUS ; REBELATO, EDUARDO ; JULIANO, MARIA A. ; HAMLEY, IAN W. ; CASTELLETTO, VALERIA ; VASSILIADES, SANDRA V. ; ALVES, WENDEL A. ; NAKAIE, CLOVIS R. ; DA Silva, Emerson R. . Nanostructure Formation and Cell Spheroid Morphogenesis of a Peptide Supramolecular Hydrogel. LANGMUIR , v. 38, p. 3434-3445, 2022.

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• SOARES, BRUNA M. ; SODRÉ, PEDRO T. ; AGUILAR, ANDREA M. ; GERBELLI, BARBARA B. ; PELIN, JULIANE N. B. D. ; ARGÜELLO, KARINA B. ; SILVA, Emerson R. ; DE FARIAS, MARCELO A. ; PORTUGAL, RODRIGO V. ; SCHMUCK, CARSTEN ; COUTINHO-NETO, MAURÍCIO D. ; ALVES, WENDEL A. . Structure optimization of lipopeptide assemblies for aldol reactions in an aqueous medium. PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS , v. 23, p. 10953-10963, 2021.

• CINEL, VICTOR DAL POSOLO ; TAKETA, THIAGO BEZERRA ; CARVALHO, BRUNA GREGATTI ; TORRE, LUCIMARA GAZIOLA ; MELLO, LUCAS RODRIGUES ; SILVA, EMERSON RODRIGO ; HAN, SANG WON . Microfluidic encapsulation of nanoparticles in alginate microgels gelled via competitive ligand exchange crosslinking. BIOPOLYMERS , v. 112, p. e23432, 2021.

• FACTORI, IRINA M. ; AMARAL, JÚLIA M. ; CAMANI, PAULO H. ; ROSA, DERVAL S. ; LIMA, BRUNA A. ; BROCCHI, MARCELO ; DA Silva, Emerson R. ; SOUZA, JULIANA S. . ZnO Nanoparticle/Poly(vinyl alcohol) Nanocomposites via Microwave-Assisted Sol-Gel Synthesis for Structural Materials, UV Shielding, and Antimicrobial Activity. ACS Applied Nano Materials , v. 4, p. acsanm.1c01334, 2021.

• DE MELLO, LUCAS R. ; POROSK, LY ; LOURENÇO, THIAGO C. ; GARCIA, BIANCA B. M. ; COSTA, CARLOS A. R. ; HAN, SANG W. ; DE SOUZA, JULIANA S. ; LANGEL, ÜLO ; DA Silva, Emerson R. . Amyloid-like Self-Assembly of a Hydrophobic Cell-Penetrating Peptide and Its Use as a Carrier for Nucleic Acids. ACS Applied Bio Materials , v. 4, p. 6404-6416, 2021.

• FERNANDES PATTA, ANA C.M. ; MATHEWS, PATRICK D. ; MADRID, RAFAEL R.M. ; RIGONI, VERA L.S. ; SILVA, Emerson R. ; MERTINS, OMAR . Polyionic complexes of chitosan-N-arginine with alginate as pH responsive and mucoadhesive particles for oral drug delivery applications. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES , v. 148, p. 550-564, 2020.

• MELLO, LUCAS ; AGUIAR, RODRIGO BARBOSA ; YAMADA, RENATA ; DE MORAES, JANE ZVEITER ; HAMLEY, IAN ; ALVES, WENDEL ANDRADE ; REZA, MEHEDI ; RUOKOLAINEN, JANNE ; SILVA, EMERSON RODRIGO . Amphipathic Design Dictates Self-Assembly, Cytotoxicity and Cell Uptake of Arginine-rich Surfactant-like Peptides. Journal of Materials Chemistry B , v. 8, p. 2495-2507, 2020.

• MELLO, LUCAS ; HAMLEY, IAN ; CASTELLETTO, VALERIA ; GARCIA, BIANCA BONETTO MORENO ; LOURENÇO, THIAGO DA COSTA ; VASSILIADES, SANDRA VALERIA ; ALVES, WENDEL ANDRADE ; HAN, SANG WON ; SILVA, EMERSON RODRIGO . Self-assembly and Intracellular Delivery of DNA by a Truncated Fragment Derived from the Trojan Peptide Penetratin. Soft Matter , v. 16, p. 4746-4755, 2020.

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• DE MELLO, LUCAS RODRIGUES ; HAMLEY, IAN W. ; CASTELLETTO, VALERIA ; GARCIA, BIANCA BONETTO MORENO ; HAN, SANG WON ; OLIVEIRA, CRISTIANO LUIS PINTO ; SILVA, Emerson R. . Nanoscopic Structure of Complexes Formed Between DNA and the Cell Penetrating Peptide Penetratin. JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B , v. 123, p. 8861-8871, 2019.

• CASTELLETTO, VALERIA ; EDWARDS-GAYLE, CHARLOTTE ; HAMLEY, IAN ; BARRETT, GLYN ; SEITSONEN, JANI ; RUOKOLAINEN, JANNE ; MELLO, LUCAS ; SILVA, EMERSON RODRIGO . Model Self-Assembling Arginine-Based Tripeptides Show Selective Activity Against Pseudomonas Bacteria. CHEMICAL COMMUNICATIONS , v. 56, p. 615-618, 2019.

• SILVA, Emerson R. ; LISTIK, EDUARDO ; HAN, SANG W. ; ALVES, WENDEL A. ; SOARES, BRUNA M. ; REZA, MEHEDI ; RUOKOLAINEN, JANNE ; HAMLEY, IAN W. . Sequence length dependence in arginine/phenylalanine oligopeptides: Implications for self-assembly and cytotoxicity. BIOPHYSICAL CHEMISTRY , v. 233, p. 1-12, 2018.

• PELIN, JULIANE N. B. D. ; GATTO, EMANUELA ; VENANZI, MARIANO ; CAVALIERI, FRANCESCA ; OLIVEIRA, CRISTIANO L. P. ; MARTINHO, HERCULANO ; SILVA, Emerson R. ; AGUILAR, ANDREA M. ; SOUZA, JULIANA S. ; ALVES, WENDEL A. . Hybrid Conjugates Formed between Gold Nanoparticles and an Amyloidogenic Diphenylalanine-Cysteine Peptide. ChemistrySelect , v. 3, p. 6756-6765, 2018.

• DE MOURA, DIEGO SOARES ; PAZINATO, JULIA CRISTINA OLIVEIRA ; PEREIRA, MARCELO BARBALHO ; MERTINS, OMAR ; SILVA, EMERSON RODRIGO ; GARCIA, IRENE TERESINHA SANTOS . Poly(vinyl alcohol) as a structuring agent for peroxotungstic acid. JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS , p. 92-100, 2018.

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• HAMLEY, IAN W ; BURHOLT, SAMUEL ; HUTCHINSON, JESSICA ; CASTELLETTO, VALERIA ; DA SILVA, EMERSON RODRIGO ; ALVES, WENDEL ANDRADE ; GUTFREUND, PHILIPP ; NEWBY, GEMMA E ; PORCAR, LIONEL ; DATTANI, RAJEEV ; HERMIDA-MERINO, DANIEL ; REZA, MEHEDI ; RUOKOLAINEN, JANNE ; STASIAK, JOANNA . Shear Alignment of Bola-Amphiphilic Arginine-Coated Peptide Nanotubes. Biomacromolecules , v. 18, p. 141-149, 2017.

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• SOUZA, MÁRCIA I. ; PRIETO, TATIANA ; RODRIGUES, TIAGO ; FERREIRA, F. F. ou Furlan, F. ; NASCIMENTO, FRANCISCO B. ; RIBEIRO, ANDERSON O. ; da Silva, E.R.T. ; GIUNTINI, FRANCESCA ; ALVES, WENDEL A. . Conjugation with L,L-diphenylalanine Self-Assemblies Enhances In Vitro Antitumor Activity of Phthalocyanine Photosensitizer. Scientific Reports , v. 7, p. 13166-1-13166-12, 2017.

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• RODRIGO DA SILVA, EMERSON ; COONEY, GARY ; HAMLEY, IAN ; ALVES, WENDEL ANDRADE ; LEE, SHANNON ; O'CONNOR, BRENDAN ; REZA, MEHEDI ; RUOKOLAINEN, JANNE ; WALLS, DERMOT . Structural Behaviour and Gene Delivery in Complexes Formed Between DNA and Arginine-Containing Peptide Amphiphiles. Soft Matter (Print) , v. 12, p. 9158-9169, 2016.

• SOARES, BRUNA MIRANDA ; AGUILAR, ANDREA MARIA ; SILVA, EMERSON ; COUTINHO, MAURICIO ; HAMLEY, IAN ; REZA, MEHEDI ; RUOKOLAINEN, JANNE ; ALVES, WENDEL ANDRADE . Chiral Organocatalysts Based on Lipopeptide Micelles for Aldol Reactions in Water. PCCP. Physical Chemistry Chemical Physics (Print) , v. 19, p. 1181-1189, 2016.

• KOGIKOSKI JR, SERGIO ; LIBERATO, MICHELLE DA SILVA ; FACTORI, IRINA MARINHO ; DA SILVA, EMERSON RODRIGO ; DE OLIVEIRA, CRISTIANO LUIS PINTO ; ANDO, ROMULO A. ; ALVES, WENDEL ANDRADE . Polycaprolactone-Polyaniline Blend: Effects of the Addition of Cysteine on the Structural and Molecular Properties. Journal of Physical Chemistry. C , v. 121, p. 863-877, 2016.

• DECANDIO, Carla C. ; SILVA, Emerson R. ; HAMLEY, IAN W. ; CASTELLETTO, VALERIA ; LIBERATO, MICHELLE S. ; OLIVEIRA, VANI X. ; OLIVEIRA, CRISTIANO L. P. ; ALVES, WENDEL A. . Self-Assembly of a Designed Alternating Arginine/Phenylalanine Oligopeptide. LANGMUIR , v. 31, p. 4513-4523, 2015.

• DA SILVA, EMERSON RODRIGO ; ALVES, WENDEL ANDRADE ; CASTELLETTO, VALERIA ; REZA, MEHEDI ; RUOKOLAINEN, JANNE ; HUSSAIN, ROHANAH ; HAMLEY, IAN WILLIAM . Self-assembly pathway of peptide nanotubes formed by a glutamatic acid-based bolaamphiphile. Chemical Communications (London. 1996. Print) , v. 51, p. 11634-11637, 2015.

• DA SILVA, EMERSON RODRIGO ; WALTER, MERLIN NATHANIEL MARK ; REZA, MEHEDI ; CASTELLETTO, VALERIA ; RUOKOLAINEN, JANNE ; CONNON, CHE JOHN ; ALVES, WENDEL ANDRADE ; HAMLEY, IAN WILLIAM . Self-Assembled Arginine-Capped Peptide Bolaamphiphile Nanosheets for Cell Culture and Controlled Wettability Surfaces. Biomacromolecules , v. 16, p. 3180-3190, 2015.

• SOUZA, MÁRCIA I. ; SILVA, Emerson R. ; JAQUES, YGOR M. ; FERREIRA, Fabio F. ; FILETI, EUDES E. ; ALVES, WENDEL A. . The role of water and structure on the generation of reactive oxygen species in peptide/hypericin complexes. Journal of Peptide Science (Print) , v. 20, p. 554-562, 2014.

• BIANCHI, ROBERTA C. ; DA SILVA, EMERSON RODRIGO ; DALL'ANTONIA, LUIZ H. ; FERREIRA, FABIO FURLAN ; ALVES, WENDEL ANDRADE . A Nonenzymatic Biosensor Based on Gold Electrodes Modified with Peptide Self-Assemblies for Detecting Ammonia and Urea Oxidation. Langmuir , v. 30, p. 140918155008002-11473, 2014.

• LIBERATO, MICHELLE S. ; KOGIKOSKI, SERGIO ; SILVA, Emerson R. ; COUTINHO-NETO, MAURICIO D. ; SCOTT, LUIS P. B. ; SILVA, RICARDO H. ; OLIVEIRA, VANI X. ; ANDO, RÔMULO A. ; ALVES, WENDEL A. . Self-Assembly of Arg-Phe Nanostructures via the Solid-Vapor Phase Method. Journal of Physical Chemistry. B , v. 117, p. 733-740, 2013.

• SOUZA, MÁRCIA I. ; JAQUES, YGOR M. ; DE ANDRADE, GISLAINE P. ; RIBEIRO, ANDERSON O. ; DA Silva, Emerson R. ; FILETI, EUDES E. ; ÁVILLA, ÉRICK DE SOUZA ; PINHEIRO, MAURÍCIO V. B. ; KRAMBROCK, KLAUS ; ALVES, WENDEL A. . Structural and Photophysical Properties of Peptide Micro/Nanotubes Functionalized with Hypericin. The Journal of Physical Chemistry. B (1997 : Online) , v. 117, p. 2605-2614, 2013.

• SILVA, RONDES FERREIRA ; DE ARAÚJO, DANIELE RIBEIRO ; SILVA, EMERSON RODRIGO DA ; ANDO, RÔMULO AUGUSTO ; ALVES, WENDEL ANDRADE . L-diphenylalanine microtubes as potential drug-delivery system: characterization, release kinetics and cytotoxicity. Langmuir , v. 29, p. 10205-10212, 2013.

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• DE MELLO, LUCAS R. ; POROSK, LY ; LOURENÇO, THIAGO C. ; GARCIA, BIANCA B. M. ; COSTA, CARLOS A. R. ; HAN, SANG W. ; SOUZA, JULIANA S. ; LANGEL, ÜLO ; SILVA, EMERSON RODRIGO DA . A Biophysical and in vitro characterization of an amyloidogenic and highly tolerated cell penetrating peptide. 2021. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

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• SILVA, E.R. . Nanoscopic Structure of DNA Carriers Based on Cell-Penetrating Peptides. 2020. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

• MELLO, L. R. ; GARCIA, B. B. M. ; HAN, SANG W. ; Silva,E.R. . Multiple Approaches for Structural Imaging of Cell Penetrating Peptides Conjugated to Nucleic Acids. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CARRASCOSA, V. ; MELLO, L. R. ; REBELATO, E. ; Silva,E.R. . Physico-Chemical Properties of a Fibronectin-Inspired Bolaamphiphipile Peptide. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• MELLO, L. R. ; YAMADA, R. ; MORAES, J. Z. ; HAMLEY, IAN WILLIAM ; ALVES, W. A. ; Silva,E.R. . Self-assembled peptides nanostructures: How shape and structure impact cytotoxicity. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CARRASCOSA, V. ; MELLO, L. R. ; REBELATO, E. ; Silva,E.R. . Development and caracterization of a new drug release system based in a thermostable peptide hydrogel. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• MELLO, L. R. ; HAN, S. W. ; Silva,E.R. . Small-Angle Scattering on Cell Penetrating Peptides. 2017. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

• Silva,E.R. ; LIBERATO, M. S. ; KOGIKOSKI, S. ; DECANDIO, Carla C. ; OLIVEIRA, C. L. P. ; ALVES, W. A. . Fibrillation of Arg/Phe peptides investigated by Small-Angles X-rays Scattering. 2013. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

• LIBERATO, M. S. ; KOGIKOSKI JR., S. ; Silva,E.R.T. ; SILVA, R. H. T. ; OLIVEIRA JUNIOR, V. X. ; SCOTT, L. P. B. ; ALVES, W. A. . Synthesis and characterization of [Arg-Phe]-octapeptide nanostructures prepared via solid-vapor phase. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Teixeira da Silva, E.R. ; de Oliveira, E.A. ; Février, A. ; Nallet,F. ; Navailles,L. . Polymorphism of DNA superstructures in zwitterionic L_alpha phases. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Teixeira da Silva, E.R. ; DOBRINDT, J. ; de Oliveira, E.A. ; Février, A. ; Grellet, E. ; Nallet,F. ; Navailles,L. . Structure and dynamics of DNA confined between non-cationic membranes. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Projetos de pesquisa

• 2024 - Atual

  EMU concedido no processo 22/03056-6: microscópio de força atômica, Descrição: Este projeto de Equipamento Multiusuário (EMU) tem como objetivo a instalação de um Microscópio de Força Atômica (AFM) no campus São Paulo da Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). O AFM é um instrumento de varredura por sonda que permite a obtenção de dados de interfaces em escala nanoscópica. Ele possibilita, entre outras aplicações, a obtenção da topografia da superfície de materiais diversos, desde substratos rígidos até membranas celulares. Trata-se de um equipamento voltado para o levantamento de informações como relevo, forma e tamanhos de nanopartículas, coeficientes de rugosidade, medidas elétricas (por exemplo, condutividade, resistividade, força eletrostática), entre outras propriedades. Outras aplicações mais avançadas envolvem a realização de ensaios de espectrospia de força, possibilitando a obtenção de informações mecânicas valiosas como módulos de elasticidade, forças de adesão e dados de rigidez. Dentre os potenciais sistemas analisados, destacam-se: nanopartículas orgânicas e inorgânicas (por exemplo, lipossomos e vesículas, nanoesferas metálicas, fibras amiloidais, agregados proteicos, cadeias de ácidos nucleicos, etc.), membranas celulares (em meio líquido ou fixadas para análise em ar), filmes orgânicos, superfícies de tecidos, hidrogéis poliméricos, interfaces sólidas (por exemplo, biossensores, superfícies de implantes, etc.). O equipamento será instalado na plataforma de microscopia do Centro de Farmacologia e Biologia Molecular (INFAR), com potencial para servir a dezenas de grupos de pesquisa tanto da própria UNIFESP quanto de instituições parceiras. Sua instalação ampliará, portanto, o leque de microscopias atualmente disponíveis no campus SP da UNIFESP, servindo também como complemento a metodologias tradicionais como microscopia confocal e eletrônica, beneficiando projetos conduzidos tanto em departamentos dedicados à pesquisa básica quanto clínica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Emerson Rodrigo da Silva - Coordenador / MERTINS, OMAR - Integrante / Alioscka Augusto Caldeira Araujo Sousa - Integrante / NAKAIE, CLOVIS R. - Integrante / BICEV, RENATA N. - Integrante / Fabio Dupart Nascimento - Integrante / Maria Christi na Werneck de Avellar Winston - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2024 - Atual

  Coacervados Bioinspirados Baseados em Peptídeos Bioativos Derivados de Proteomas Virais, Descrição: Os condensados biomoleculares são um fenômeno comum na matéria biológica, desempenhando um papel crucial no bom funcionamento celular. Este fenômeno surge quando ocorre uma separação espontânea de fases em equilíbrio num meio líquido, tipicamente desencadeada pela mistura de biomoléculas com cargas opostas num meio aquoso. Além disso, podem servir como etapa intermediária na formação de estruturas micro estruturadas, como os hidrogéis. Estes condensados são também referidos como "coacervados", e têm um grande potencial na investigação biofísica, onde podem servir como modelos para o estudo de organelas sem membrana em biologia sintética, bem como para a fabricação de transportadores moleculares capazes de entregar compostos terapêuticos. Neste projeto, iremos focar na formulação e caraterização de novos coacervados resultantes da associação de peptídeos bioativos (penetrantes celulares, anti-inflamatórios, matriz extracelular) derivados de proteomas virais em associação com sequências de ácidos nucleicos. O principal objetivo científico e o desafio tecnológico da nossa proposta consistem na obtenção de fases termodinamicamente estáveis em condições tipicamente encontradas no ambiente biológico. Para superar este desafio, propomos modificar sequências peptídicas derivadas de proteínas do antígeno de superfície do vírus da hepatite B (HBV) ou da proteína spike do SARS-CoV-2, cujas capacidades de penetração celular já foram identificadas pelo nosso grupo. Inspirados por uma estratégia recentemente desenvolvida por parceiros na França, introduziremos modificações nestas sequências bioativas, possivelmente adicionando cadeias de ácidos graxos à sua estrutura. A caraterização estrutural destes condensados será efetuada utilizando técnicas avançadas, incluindo espalhamento de raios X a baixo ângulo em síncrotron, a microscopia eletrônica criogênica e a microscopia de força atômica. Avaliações funcionais destes condensados serão realizadas em cultura de células, utilizando técnicas de microscopia de fluorescência e citometria de fluxo. O projeto enfatiza a cooperação internacional com um centro de pesquisa de classe mundial na interface física/biologia e representa uma oportunidade única de intercâmbio envolvendo estudantes e pesquisadores brasileiros, elevando assim o status do nosso grupo de pesquisa.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Emerson Rodrigo da Silva - Coordenador / TRESSET, GUILLAUME - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2023 - Atual

  Caracterização ultraestrutural de nanoscaffolds bioativos, Descrição: Matrizes nanoestruturadas obtidas a partir da auto-organização de biomoléculas são uma classe promissora para formulação da próxima geração de biomateriais. Nesse contexto, scaffolds tridimensionais constituídos por redes fibrilares nanoscópicas que mimetizam o meio biológico estão entre os sistemas mais atraentes para aplicação biotecnológica. Obviamente, o conhecimento detalhado da organização espacial desses arranjos em escala nanométrica é um aspecto crucial para seu pleno desenvolvimento e aplicação. O presente projeto visa o desenvolvimento e consolidação de uma linha de pesquisa ligada à caracterização estrutural de scaffolds nanoscópicos dotados de bioatividade. As matrizes aqui desenvolvidas serão constituídas por hidrogéis baseados em peptídeos capazes de reproduzir o microambiente encontrado em tecidos biológicos e modular respostas celulares. Em particular, formularemos sistemas contendo motivos de adesão celular e peptídeos penetrantes de células. A ultraestrutura desses materiais será analisada por um conjunto amplo de técnicas biofísicas, com especial ênfase em microscopia de força atômica (AFM). Trata-se de um projeto integrado que, por meio do treinamento de estudantes de graduação e pós-graduação, terá como resultado estruturante a implementação a técnica de AFM para análise de materiais biológicos no campus São Paulo da UNIFESP.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Emerson Rodrigo da Silva - Coordenador / Clovis Ryuichi Nakaie - Integrante / BICEV, RENATA N. - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2020 - 2024

  Matrizes Peptídicas Bioativas: da Estrutura Molecular às Aplicações Biomédicas, Descrição: Este projeto de tese tem por objetivo a produção e caracterização de matrizes nanoestruturadas obtidas a partir da auto-organização de peptídeos bioativos. Nossa atenção será concentrada em sequências pertencentes a três classes de compostos bioativos: peptídeos penetrantes de células, peptídeos constituintes da matriz extracelular (colágeno e elastina) e peptídeos anti-inflamatórios. Buscaremos responder a perguntas fundamentais ligadas à estruturação desses sistemas bem como providenciar informação acerca de suas propriedades estruturais supramoleculares. A estrutura desses sistemas na presença de drogas modelo será investigada. Um conjunto de técnicas experimentais avançadas que incluem nanoespectroscopia de infravermelho acoplada à microscopia de força atômica (AFM-IR), espalhamento de raios X a baixo ângulo (SAXS) e microscopia por espalhamento Raman coerente anti-Stokes (CARS) será utilizado para investigar a organização dos sistemas com elevado grau de resolução. Além da caracterização estrutural detalhada, pretendemos testar a bioatividade desses sistemas para determinar se as funções exibidas pelos blocos moleculares são preservadas ou mesmo amplificadas mediante a organização em superestruturas. Baseados nos resultados estruturais e de bioatividade, desejamos estabelecer relações do tipo estrutura-atividade e contribuir para otimizar a formulação de materiais biomédicos baseados nessas moléculas bioativas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Emerson Rodrigo da Silva - Coordenador / Lucas Rodrigues de Mello - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2020 - 2023

  Organização estrutural e bioatividade em sistemas auto-organizados de peptídeos e nucleotídeos, Descrição: Ácidos nucleicos e peptídeos ocupam posição privilegiada no espectro de materiais usados para a fabricação de bionanoestruturas. Essas espécies moleculares exibem alta versatilidade físico-química concomitantemente à biocompatibilidade intrínseca. Inspirados por essas propriedades únicas, visamos nesse projeto formular materiais nanoestruturados baseados na auto-organização de peptídeos e nucleotídeos. Um conjunto de técnicas avançadas incluindo nanoespectroscopia de infravermelho, espalhamento de raios-X a baixo ângulo resolvido no tempo, microscopia de força atômica em meio líquido e microscopia de espalhamento Raman anti-Stokes será utilizado para revelar detalhes dessas nanopartículas através da escala mesoscópica, da estrutura secundária à interação com membranas celulares na escala micrométrica. Nosso foco será em três classes principais de peptídeos bioativos: peptídeos penetrantes de células (CPPs), constituintes da matriz extracelular (sequências tipo colágeno e elastina) e peptídeos anti-inflamatórios. Os blocos nucleotídicos serão monofosfatos baseados nas bases purinas adenina e guanosina. As capacidades dessas matrizes para encapsular drogas modelo será investigada. Além da caracterização estrutural detalhada, desejamos testar a bioatividade desses sistemas para determinar se as funções exibidas pelos blocos moleculares são preservadas ou mesmo amplificadas mediante a organização em superestruturas. Baseados nas informações estruturais e de bioatividade, desejamos estabelecer relações do tipo estrutura-atividade e contribuir para otimizar a formulação de materiais biomédicos baseados nessas moléculas bioativas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Emerson Rodrigo da Silva - Coordenador / Cristiano Luís Pinto de Oliveira - Integrante / CASTELLETTO, VALERIA - Integrante / HAMLEY, IAN WILLIAM - Integrante / Sang Won Han - Integrante / Lucas Rodrigues de Mello - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2019 - 2022

  Fabricação de Nanoestruturas de Bradicinina Mediada por DNA, Descrição: A auto-organização de biomoléculas constitui uma estratégia central em campos emergentes como a engenharia biomolecular, a bionanotecnologia e a nanomedicina. Inspirados pelo rico polimorfismo observado em componentes biológicos fundamentais, cientistas trabalhando na interface Física-Química-Biologia têm tirado vantagem das características únicas exibidas por blocos moleculares extremamente versáteis como os amino ácidos e as nucleobases para construir uma série de novos materiais com aplicações que vão desde o transporte intracelular até a produção de matrizes teciduais. Neste projeto, pretendemos desenvolver estratégias de fabricação de nanoestruturas inéditas baseadas na Bradicinina, um peptídeo-hormônio com potente efeito hipotensor. A extensa presença de prolinas na composição deste peptídeo confere a ele rigidez estrutural que dificulta a formação de estruturas de com simetria definida em solução. Para contornar esse problema, a estratégia central será o uso de cadeias lineares de DNA como template que, através de interações eletrostáticas, mediarão a automontagem das nanoestruturas peptídicas. Diversos parâmetros físico-químicos, envolvendo desde modificações no desenho da molécula de Bradicinina até características iônicas do meio de promoção da automontagem, serão testados. A estrutura dos arranjos formados será elucidada por meio de uma série de ferramentas biofísicas compreendendo métodos espectroscópicos, espalhamento a baixo ângulo e microscopia avançada. O sucesso da formulação desses sistemas e a compreensão detalhada de sua organização nanoscópica abrirão portas para a produção de nanoestruturas bioativas com propriedades de controle de pressão arterial.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Emerson Rodrigo da Silva - Coordenador / HAMLEY, IAN - Integrante / Clovis Ryuichi Nakaie - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2019 - Atual

  CAPES-Print: Desenvolvimento de tratamentos e terapias para doenças inflamatórias, Descrição: A inflamação aguda é definida como reação imunológica do corpo Humano com o objetivo de defesa contra elementos estranhos - estes incluem microrganismos e toxinas. Esse processo ocorre em diversas etapas (podendo ser única ou múltipla) com lesões e reparações teciduais em busca do retorno ao estado fisiológico normal. Não raramente, em processos inflamatórios leves a moderados, de curta duração, ocorre a reparação tecidual sem sequelas, no entanto, a severidade com cronicidade do processo inflamatório pode levar a modificações teciduais de diversos graus e contribuir para a indução de várias doenças, podendo levar a falência dos órgãos afetados e até mesmo a morte do paciente. Este projeto tem como objetivo a compreensão fisiopatológica com foco no tratamento e desenvolvimento de terapias de diversos tipos de doenças de cunho inflamatório, que incluem doenças isquêmicas (ex. cerebrais, cardíacas, de membros e de estruturas sensoriais da orelha interna); doenças respiratórias causadas pela poluição ambiental, alergias; doenças metabólicas (como diabetes e suas consequências) e tóxicas (ex. acidentes com toxinas de animais peçonhentos). Dessa maneira, aproveitando os conhecimentos gerados por pesquisas em ciências básicas e translacionais, pretende-se desenvolver terapias baseadas na modulação de genes que controlam a atividade das células inflamatórias (como monócitos e macrófagos), no uso de células-tronco entre outras abordagens que visam potenciais tratamentos anti-inflamatórios e regenerativos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Emerson Rodrigo da Silva - Integrante / Sang Won Han - Coordenador.

• 2017 - 2020

  Peptídeos Penetrantes de Células para Transporte de DNA Plasmidial e microRNA: da Estrutura Nanoscópica à Entrega de Genes, Descrição: Em fins da década de 1980, pesquisas relacionadas ao HIV conduziram à descoberta surpreendente de que certos domínios proteicos são capazes de transpor membranas eucarióticas. Essas sequências curtas, contendo tipicamente entre 5 e 40 aminoácidos, logo foram denominadas peptídeos penetrantes de células (CPPs) e seu potencial para a produção de vetores sintéticos aplicados à terapia gênica foi prontamente reconhecido. A literatura atual apresenta cerca 150 CPPs eficazes para o transporte de compostos bioativos; no entanto, análises detalhadas da organização nanoscópica de conjugados baseados em CPPs ainda são bastante escassas. Este cenário leva à ausência de informações fundamentais para se estabelecer correlações entre estrutura e transfecção, dificultando a otimização desses transportadores. Neste projeto, contribuiremos para o preenchimento dessas lacunas por meio de investigações sistemáticas acerca do ordenamento nanoscópico de conjugados de CPPs e ácidos nucleicos. Estudaremos complexos envolvendo tanto sequências circulares longas (4.7 kb) de DNA plasmidial quanto RNA pequeno (20-22 nt). A organização nanoscópica será elucidada por meio de uma combinação sofisticada de técnicas biofísicas envolvendo espalhamento de raios X e de nêutrons a baixo ângulo, difração de raios X em fibras, microscopia eletrônica e de força atômica e métodos espectroscópicos. Paralelamente, ensaios de transfecção serão realizados para investigar tanto a expressão quanto a supressão de proteína fluorescente verde em células de mamíferos para revelar o papel da estrutura na eficiência desses vetores. Como objetivo final, pretendemos identificar aspectos estruturais comuns a diferentes tipos de CPPs e, a partir desses traços universais, produzir novos CPPs com estrutura otimizada para transfecção.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Emerson Rodrigo da Silva - Coordenador / Cristiano Luís Pinto de Oliveira - Integrante / CASTELLETTO, VALERIA - Integrante / HAMLEY, IAN WILLIAM - Integrante / Sang Won Han - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2016 - 2018

  Conjugados polímero-peptídeo para formulação de hidrogéis e seu uso em detecção, Descrição: Propomos estudar o processo de hidrogelação de sequências peptídicas de baixo peso molecular, conjugados com polímeros orgânicos baseados em PEG. As matrizes de hidrogel obtidas por esse processo poderão ser utilizadas, por exemplo, para imobilização dos antígenos da leishmaniose visando o desenvolvimento de imunossensores. Essas espécies são amplamente capazes de estabelecer biointerfaces por meio de operações de reconhecimento molecular, ampliando significativamente seu leque de aplicações. Estudaremos em detalhe a síntese e formulação desses sistemas, empreendendo análises detalhadas de seus aspectos físico-químicos. Um amplo conjunto de ferramentas analíticas será empregado para trazer informações acerca de propriedades estruturais, reológicas e térmicas que, presumivelmente, guardam relação direta com as características químicas desenvolvidas nas etapas de síntese e formulação. Para ampliar nossa contribuição para o entendimento desses sistemas, essas informações experimentais serão combinadas experimentos in silico tendo em vista a elucidação de mecanismos fundamentais presentes na formação das nanoestruturas. Em uma segunda etapa, essas matrizes serão funcionalizadas com compostos ativos, assim como variações das estruturas dos polímeros sintéticos derivados do polietileno glicol, com intuito de se obterem diferentes organizações supramoleculares com possíveis aplicações em arquiteturas de detecção.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Emerson Rodrigo da Silva - Integrante / ALVES, W.A. - Coordenador / FILETI, EUDES E. - Integrante / SOUZA, SIVONEY - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2013 - 2016

  Investigações estruturais em sistemas-modelo baseados em peptídeos anfifílicos, Descrição: Propomos a síntese e caracterização de novas nanoestruturas peptídicas, a partir de reações de auto-organização. Serão preparadas sequências peptídicas inéditas do tipo bola-anfifílicos e lipopeptídicos. A escolha por essas classes está apoiada no rico polimorfismo de mesofases que elas são capazes de formar e na sua capacidade de estabelecer biointerfaces por meio de operações de reconhecimento molecular, ampliando significativamente seu leque de aplicações. Estudaremos a formação desses sistemas e os tipos de interações presentes em sua construção. Técnicas de espalhamento a baixo ângulo (raios X e nêutrons) serão utilizadas para determinação de aspectos estruturais a fim de lançar luz sobre mecanismos físico-químicos envolvidos em sua automontagem. Uma vez determinadas as condições ótimas para a formação dos arranjos, os respectivos diagramas de fases serão levantados. Para isso, técnicas que fornecem informações complementares nos espaços direto e recíproco serão utilizadas. Por meio delas, além de informações de morfologia e estrutura, parâmetros elásticos e/ou termodinâmicos serão obtidos. Essas informações, combinadas a experimentos in silico realizados por colaboradores, contribuirão para a elucidação dos processos em nível fundamental. Posteriormente, serão realizados estudos de modificações estruturais destes peptídeos, variando-se os resíduos de aminoácidos empregados na formação de micro- e nanoestruturas. O intuito é a obtenção de diferentes organizações supramoleculares com possíveis aplicações em arquiteturas de detecção. Ainda, este tipo de formação hierárquica poderá ser acompanhado in situ utilizando a técnica de SAXS, como demonstrado em diversas aplicações prévias.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Emerson Rodrigo da Silva - Coordenador / Wendel Andrade Alves - Integrante / HAMLEY, IAN WILLIAM - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2013 - 2015

  Auto-Organização Hierárquica de Peptídeos Anfifílicos: Mecanismos Fundamentais e Potenciais Aplicações, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Emerson Rodrigo da Silva - Integrante / Cristiano Luís Pinto de Oliveira - Integrante / ALVES, W.A. - Coordenador / FILETI, EUDES E. - Integrante / Fábio Furlan Ferreira - Integrante / Alexandre Reily Rocha - Integrante.

Prêmios