Yuri Rafael de Oliveira Silva

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Participação em eventos

Participação em bancas

Produções bibliográficas

• DE OLIVEIRA SILVA, YURI RAFAEL ; BARNES, GRAYSON ; ZHENG, DIA ; ZHITNITSKY, DANIEL ; GEATHERS, SAMUEL J. ; PETERS, STEPHEN C. ; SZALAI, VERONIKA A. ; HELMANN, JOHN D. ; FISHER, ORIANA S. . Copper acquisition in Bacillus subtilis involves Cu(II) exchange between YcnI and YcnJ. JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY , v. 301, p. 110480, 2025.

• DE OLIVEIRA SILVA, YURI RAFAEL ; ZHENG, DIA ; PETERS, STEPHEN C. ; FISHER, ORIANA S. . Stabilization of a Cu-binding site by a highly conserved tryptophan residue. JOURNAL OF INORGANIC BIOCHEMISTRY , v. 253, p. 112501, 2024.

• SILVA, YURI RAFAEL DE OLIVEIRA ; CONTRERAS'MARTEL, CARLOS ; MACHEBOEUF, PAULINE ; DESSEN, ANDRÉA . Bacterial secretins: Mechanisms of assembly and membrane targeting. PROTEIN SCIENCE , v. 29, p. 893-904, 2020.

• GOMIDE, ANNE CYBELLE PINTO ; IBRAIM, IZABELA COIMBRA ; ALVES, JORIANNE T.C. ; DE SÁ, PABLO GOMES ; DE OLIVEIRA SILVA, YURI RAFAEL ; SANTANA, MARIANA PASSOS ; SILVA, WANDERSON MARQUES ; FOLADOR, EDSON LUIZ ; MARIANO, DIEGO C.B. ; DE PAULA CASTRO, THIAGO LUIZ ; BARBOSA, SILVANIRA ; DORELLA, FERNANDA ALVES ; CARVALHO, ALEX F. ; PEREIRA, FELIPE L. ; LEAL, CARLOS A.G. ; FIGUEIREDO, HENRIQUE C.P. ; AZEVEDO, VASCO ; SILVA, ARTUR ; FOLADOR, ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO . Transcriptome analysis of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar Equi in two conditions of the environmental stress. GENE , v. 677, p. 349-360, 2018.

• DE OLIVEIRA SILVA, YURI RAFAEL ; MACIEL TODA, ARMANDO ; ISOTANI, SEIJI ; PEREIRA XAVIER, LUCIANA . Uso de gamificação em aulas de Bioquímica como ferramenta de engajamento e motivação no ensino superior. REVISTA DE ENSINO DE BIOQUÍMICA , v. 15, p. 178-188, 2017.

• Ribeiro, John Lucas ; SILVA, YURI RAFAEL DE OLIVEIRA ; Freire, Ana Luiza ; Rosa, Carlos Augusto ; Santos, Agenor Valadares ; Xavier, Luciana Pereira . AVALIAÇÃO DE GLICOSIDASES EXTRACELULARES PRODUZIDAS POR LEVEDURAS OBTIDAS DA MICROBIOTA INTESTINAL DE LARVAS DE Hypsipyla spp. (Lepidoptera: Pyralidae). As Ciências Biológicas nas Dimensões Humanista, Crítica e Reflexiva. 1ed.: Atena Editora, 2019, v. , p. 105-116.

• TODA, A. M. ; SILVA, Y. R. O. ; CRUZ, W. M. ; XAVIER, L. P. ; ISOTANI, S. . Um processo de Gamificação para o ensino superior: Experiências em um módulo de Bioquímica.. In: Congresso Brasileiro de Informática na Educação, 2016, Uberlândia. Anais do Workshop sobre Informática na Escola, 2016, 2016.

• SILVA, Y. R. O. ; ZHENG, D. ; PETERS, S. ; FISHER, O. . Investigating the role of a highly conserved tryptophan in the copper-binding site of Bacillus subtilis YcnI protein.. In: The 73rd ACA Annual Meeting, 2023, Baltimore. Acta Cryst., 2023. v. A79. p. a356.

• ZHENG, D. ; SILVA, Y. R. O. ; FISHER, O. . Structural characterization of a metal transporter from Bacillus subtilis. In: The 73rd ACA Annual Meeting, 2023, Baltimore. Acta Cryst., 2023. v. A79. p. a338.

• John Ribeiro ; SILVA, YURI RAFAEL DE OLIVEIRA ; Agenor Santos ; Luciana Xavier . Prospecting and Characterization of Glucosidases from the Gut Microbiota of Hypsipyla spp. Larvae (Lepidoptera: Pyralidae). In: 47 th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2018, Joinville, SC. 47 th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2018.

• SILVA, Y. R. O. ; SANTOS, A. V. ; XAVIER, L. P. . Prospection of celullolytic enzymes in bacteria isolated from the gut of Hypsipyla spp. caterpillars. In: 29º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2017, Foz do Iguaçu. Anais do 29º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2017.

• SILVA, Y. R. O. ; TODA, A. M. ; XAVIER, L. P. . Teaching Biochemistry using educational games and gamification strategies.. In: 45th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2016, Natal. Annals of SBBq 2016, 2016.

• SILVA, Y. R. O. ; SA, P. H. C. G. ; BARRETO, D. F. ; ALVES, J. T. C. ; DIAS, L. M. ; CAVALCANTE, A. L. Q. ; VERAS, A. A. O. ; PINTO, A. C. ; RAMOS, R. T. J. ; SILVA, A. L. C. ; AZEVEDO, V. ; CARNEIRO, A. R. . Transfer RNA and Small RNA differential expression in Corynebacterium pseudotuberculosis strain 258 under abiotic stresses. In: 28º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2015, Florianópolis/SC. ANAIS DO 28º CBM 2015, 2015.

• BARAUNA, R. A. ; LOBATO, A. ; COSTA, S. ; BARRETO, D. F. ; SILVA, Y. R. O. ; CAVALCANTE, A. L. Q. ; SA, P. H. C. G. ; VERAS, A. A. O. ; GRACAS, D. A. ; GUIMARAES, L. C. ; CANARIO, M. V. ; BENEVIDES, L. ; SCHNEIDER, M. P. C. ; RAMOS, R. T. J. ; SPIER, S. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. L. C. . Genome sequencing of twelve strains of the animal pathogen Corynebacterium pseudotuberculosis bv. equi. In: 28º Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2015, Florianópolis/SC. ANAIS DO 28º CBM 2015, 2015.

• ALVES, J. T. C. ; DIAS, L. M. ; PINTO, A. C. ; SILVA, Y. R. O. ; CAVALCANTE, A. L. Q. ; PEREIRA, K. N. O. ; GOMES, J. C. M. . Differential expression of Corynebacterium pseudotuberculosis strain 258 in response to abiotic stresses. In: 60º Congresso Brasileiro de Genética, 2014, Guarujá. 60º Congresso Brasileiro de Genética, 2014.

• DE OLIVEIRA SILVA, YURI RAFAEL . Desvendando mecanismos bacterianos utilizando Biologia Estrutural. 2024. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DE OLIVEIRA SILVA, YURI RAFAEL . Exploring the role of the ycn operon in copper acquisition by Bacillus subtilis. 2024. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• SILVA, Y. R. O. . Unveiling copper acquisition in Bacillus subtilis. 2024. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• RIBEIRO, J. L. ; SILVA, Y. R. O. ; SANTOS, A. V. ; XAVIER, L. P. . Prospecting and characterization of glucosidases from the gut microbiota of Hypsipyla spp. larvae (Lepidoptera: Pyralidae). 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• SILVA, Y. R. O. . Prospecção, produção e caracterização de α-Glicosidases e Celulases em Leveduras obtidas a partir de frutos de Euterpe oleracea. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• SILVA, Y. R. O. ; TODA, A. M. ; ISOTANI, S. ; XAVIER, L. P. . Uso de Estratégias de Gamificação no Ensino de Bioquímica. 2016. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• SILVA, Y. R. O. . Perfil transcricional de Corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 258 em condição fisiológica de cultivo e sob a condição de estresse térmico. 2015. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

Projetos de pesquisa

• 2024 - Atual

  Caracterização estrutural de adaptação por CRISPR guiada por IHF, Descrição: Evidências recentes mostram que a aquisição de novos espaçadores por sistemas CRISPR é guiada por sequências conservadas de DNA na região leader que recrutam proteínas de ligação ao DNA do hospedeiro. Em bactérias do filo pseudomonadota, a proteína IHF curva o DNA genômico, gerando o posicionamento ideal para a integração do DNA parasítico. Nossa pesquisa visa elucidar estruturalmente como este processo ocorre em diversos tipos de sistemas CRISPR.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Yuri Rafael de Oliveira Silva - Coordenador / Andrew Santiago-Frangos - Integrante.

• 2019 - 2024

  Caracterização do sistema Ycn de aquisição de cobre em Bacillus subtilis, Descrição: A aquisição de cobre é um processo altamente regulado em bactérias, pois o excesso deste íon essencial pode ser tóxico para bactérias. Em Bacillus subtilis, cobre pode ser adquirido através do sistema Ycn, que inclui um regulador transcricional (YcnK), um possível importador de cobre (YcnK) e uma proteína extracelular de função desconhecida (YcnI). Este projeto visa elucidar os mecanismos de funcionamento e regulação deste sistema, incluindo a captura e importação de cobre e a regulação transcricional.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Yuri Rafael de Oliveira Silva - Integrante / Oriana Fisher - Coordenador.

• 2018 - 2022

  Caracterização estrutural de efetores do sistema de secreção do tipo II (T2SS) de Acinetobacter baumannii, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Andrea Dessen de Souza e Silva em 07/06/2018., Descrição: Acinetobacter baumannii é um patógeno nosocomial responsável por milhões de infecções hospitalares por ano em pacientes debilitados. Este patógeno tornou-se mais relevante nos últimos anos devido aos grandes índices de resistência a antibióticos a ele associados, entrando na lista de bactérias prioritárias para desenvolvimento de novos tratamentos da Organização Mundial da Saúde. Seus mecanismos de infecção e toxicidade são pouco conhecidos em relação a outros patógenos, o que causa um entrave no desenvolvimento de novos tratamentos contra este microrganismo. Sabe-se que A. baumannii possui um sistema de secreção do tipo II (T2SS) envolvido na patogenicidade, que exporta a protease CpaA e a lipase LipA para o meio extracelular, entretanto o papel destes efetores na infecção ainda não foi estabelecido. Estas proteínas dependem de chaperonas no periplasma para que sejam exportadas (CpaB e LipB, respectivamente), outro fato ainda sem explicação. Este projeto tem como objetivo caracterizar estruturalmente as proteínas CpaA e LipA, tanto na presença quanto na ausência das chaperonas CpaB e LipB, contribuindo para a elucidação do mecanismo de transporte no T2SS e seu papel na patogenicidade. Serão realizadas a clonagem, expressão e purificação das enzimas e das suas respectivas chaperonas, para que passem por ensaios de cristalização e posteriormente difração de raios-X para resolução das estruturas tridimensionais. Ensaios biofísicos serão realizados para estudar as interações entre os pares de proteínas e ensaios microbiológicos para o estudo de seu papel na virulência. Estes resultados representarão as primeiras informações em detalhe atômico sobre efetores do T2SS de A. baumannii, e abrirão novas portas para o desenvolvimento de tratamentos antibacterianos no futuro.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Yuri Rafael de Oliveira Silva - Integrante / Andrea Dessen de Souza e Silva Weissenhorn - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2016 - 2016

  Identificação e caracterização do domínio de interação do fator H do sistema complemento humano com a proteína SdrE de Staphylococcus aureus, Descrição: O patógeno bacteriano Staphylococcus aureus é o agente causal de infecções respiratórias e epiteliais, assim como muitos casos de envenenamento alimentar. Cepas de S. aureus resistentes a múltiplos antibióticos já foram identificadas em hospitais do mundo inteiro, e consequentemente este patógeno é considerado um alvo importantíssimo para o desenvolvimento de novos agentes antimicrobianos. Após as primeiras etapas de infecção, S. aureus reside e replica dentro das células do hospedeiro, e utiliza estratégias complexas para se proteger do sistema imunitário que é ativado assim que o micróbio penetra no corpo. Uma das estratégias envolve SdrE, uma proteína localizada na superfície bacteriana, que se liga a molécula humana Factor H (fH), um regulador do sistema imunológico. A compreensão dos detalhes da interação entre SdrE de S. aureus e o Factor H humano será importante para o desenvolvimento de novos agentes capazes de bloquear o efeito da bactéria patogênica.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Yuri Rafael de Oliveira Silva - Integrante / Milena Andreotti de Freitas - Integrante / Daniel Maragno Trindade - Integrante / Andrea Dessen de Souza e Silva Weissenhorn - Coordenador.

• 2016 - Atual

  Detecção e avaliação das enzimas da microbiota do intestino da Broca-da-Andiroba (Hypsipyla spp.) (Lepidoptera: Pyralidae), Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Luciana Pereira Xavier em 21/01/2017., Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Yuri Rafael de Oliveira Silva - Integrante / Luciana Pereira Xavier - Coordenador / Agenor Valadares Santos - Integrante.

• 2015 - 2016

  Prospecção, produção e caracterização de α-Glicosidases e Celulases em Leveduras obtidas a partir de frutos de Euterpe oleracea, Descrição: Realizar a prospecção, produção e caracterização de enzimas alfa-glicosidase e celulase em leveduras obtidas a partir do fruto de Euterpe oleracea em busca de enzimas de interesse industrial e biotecnológico.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Yuri Rafael de Oliveira Silva - Integrante / Luciana Pereira Xavier - Coordenador.

• 2014 - 2014

  Identificação de uma possível flippase de Undecaprenil-Pirofosfato em Bacillus subtilis, Descrição: Utilização do transposon mariner para identificar uma possível flippase envolvida na reciclagem de undecaprenil-pirofosfato, molécula importante por estar envolvida na síntese da parede celular e ser alvo para o antibiótico Bacitracina.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Yuri Rafael de Oliveira Silva - Integrante / John Helmann - Coordenador.

• 2012 - 2015

  Análise da genômica funcional de Corynebacterium pseudotuberculosis biotipos ovis e equi sob diferentes condições de estresse biologicamente relevantes, Descrição: As análises do transcriptoma de C. pseudotuberculosis permitirão a identificação de novos determinantes moleculares de virulência para um conhecimento mais aprofundado da patogênese bacteriana, bem como a seleção de candidatos para o desenvolvimento de medidas profiláticas eficientes contra as enfermidades causadas por C. pseudotuberculosis.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Yuri Rafael de Oliveira Silva - Integrante / Adriana Ribeiro Carneiro - Integrante / Rommel Thiago Jucá Ramos - Integrante / Artur Luiz da Costa da Silva - Coordenador / Vasco Azevedo - Integrante.

Prêmios