Célio Dias Santos Júnior

Doutor pelo Programa de Pós-graduação em Genética e Evolução, pela Universidade Federal de São Carlos (UFSCar) e Institut del Ciencies del Mar - Barcelona, Espanha (ICM). Mestre pelo mesmo Programa, com dissertação sobre a utilização de tecnologias informáticas para produção de proteínas ab initio. Bacharel em Biotecnologia pela Universidade Federal de Uberlândia (UFU), com período sanduíche em Bioquímica na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra (FCTUC) com estágio no Centro de Neurociências da Universidade de Coimbra (CNC/FCTUC). Pos-doutorado em Bioinformática, Machine Learning e AI pelo Instituto de Ciência e Tecnologia de Inteligência Inspirada pelo Cérebro (ISTBI/Fudan University, Shanghai, China). Atualmente, envolvido em um pós-doutorado pela UFSCar através do projeto AtlantECO (HORIZON, EU). Projetos anteriores incluem big data, machine learning e deep learning, a cultura de tecidos vegetais, a análise e bioprospecção de microbiota ambiental e intestinal de insetos praga de cultivos economicamente relevantes, como cana de açúcar.

Informações coletadas do Lattes em 13/04/2024

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em GENÉTICA EVOLUTIVA E BIOLOGIA MOLECULAR

2016 - 2018

Universidade Federal de São Carlos
Título: Aspectos moleculares da degradação de matéria orgânica terrestre por microrganismos do rio Amazonas - Metagenômica e genômica populacional
Orientador: em Instituto de Ciencias del Mar ( Ramiro Logares)
com Flávio Henrique Silva. Coorientador: Ramiro Logares. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Metagenômica; Potencial Biotecnológico; Bioprospecção; Amazônia; NGS; Bioinformática. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Biotecnologia Ambiental e Recursos Naturais. Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.

Mestrado em GENÉTICA EVOLUTIVA E BIOLOGIA MOLECULAR

2014 - 2016

Universidade Federal de São Carlos
Título: Conversão de uma histidina amônia liase em fenilalanina amônia liase por meio de biologia sintética
, Ano de Obtenção: 2016.Flávio Henrique da Silva.Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: phenylalanine ammonia-lyase; evolution; Phylogeny; recombinant enzyme; synthetic biology.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Evolução. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biotecnologia. Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.

Graduação em Biotecnologia

2009 - 2013

Universidade Federal de Uberlândia
Título: Diversidade e Potencial Biotecnológico das Bactérias Endofíticas da Mamona (R. communis)
Orientador: Ana Maria Bonetti
com

Pós-doutorado

2023

Pós-Doutorado. , Universidade Federal de São Carlos, UFSCAR, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Biologia e Fisiologia dos Microorganismos. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Biotecnologia Ambiental e Recursos Naturais.

2019 - 2022

Pós-Doutorado. , Fudan University, FUDAN, China. , Bolsista do(a): Chinese National Science Foundation, CNSF, China. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica. , Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Machine Learning.

Formação complementar

2011 - 2011

Curso de Análise Forense de DNA. (Carga horária: 8h). , Renova Cursos, RC', Brasil.

2011 - 2011

Técnicas de estudo de instabilidade genética. (Carga horária: 3h). , Sociedade Brasileira de Genética, SBG, Brasil.

2011 - 2011

Processos de Conv. da Biomassa em Biocombustível. (Carga horária: 6h). , Universidade Federal de Uberlândia, UFU, Brasil.

2010 - 2010

I Curso de Toxinologia do Triângulo Mineiro. (Carga horária: 12h). , Universidade Federal de Uberlândia, UFU, Brasil.

2010 - 2010

Fundamentos e Perspectivas Biotecnológicas: miRNA. (Carga horária: 4h). , Universidade Federal de Uberlândia, UFU, Brasil.

2010 - 2010

Clonagem e Biosseguridade. (Carga horária: 3h). , Universidade Federal de Uberlândia, UFU, Brasil.

2010 - 2010

Língua alemã. (Carga horária: 45h). , Universidade Federal de Uberlândia, UFU, Brasil.

2010 - 2010

Microrganismos Endofíticos. (Carga horária: 32h). , Centro de Energia Nuclear na Agricultura da Universidade de São Paulo, CENA/USP, Brasil.

2009 - 2009

Biossegurança. (Carga horária: 140h). , Centro Científico Conhecer, IBIO, Brasil.

2009 - 2009

Relatórios EIA/RIMA. (Carga horária: 40h). , Centro Científico Conhecer, IBIO, Brasil.

2009 - 2009

Microbiologia Veterinária. (Carga horária: 40h). , Centro Científico Conhecer, IBIO, Brasil.

2009 - 2009

Biossegurança no Campo. (Carga horária: 60h). , Centro Científico Conhecer, IBIO, Brasil.

2004 - 2008

Língua Inglesa. (Carga horária: 345h). , FISK English Courses, FISK, Brasil.

2003 - 2004

Automação. (Carga horária: 92h). , BIT Company Educação e Tecnologia, BIT, Brasil.

Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Espanhol

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Alemão

Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Bioinformática.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Bioquímica.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Biologia Molecular.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Microbiologia.

Organização de eventos

BONETTI, A.M. ; SANTOS JÚNIOR, C. D. . IV ENCONTRO DE GENÉTICA DE MINAS GERAIS / IV ENGEMIG. 2012. (Congresso).

SANTOS JR., C.D. . 1 Curso de Técnicas Básicas em Biologia Molecular. 2012. (Outro).

Participação em eventos

59° Congresso Brasileiro de Genética. The spa gene evolution: evidences of recombination in a typing gene of biotechnological interest from Staphylococcus aureus. 2013. (Congresso).

I Workshop de atualização técnico-científica do Laboratório de Nanobiotecnologia. 2012. (Outra).

VI Congresso Científico Anual - Imunologia, Doenças Imunológicas e Imunoterapias. 2012. (Congresso).

VI Congresso do NEF/AAC: Imunologia, Doenças Imunológicas e Imunoterapias. 2012. (Congresso).

57° Congresso Brasileiro de Genética. Metagenomic Analysis of Endophytic Bacterial Biodiversity from Seeds of Ricinus communis. 2011. (Congresso).

Experimentação em Laboratório em Regime de Contenção - Animal e Vegetal. Experimentação a Campo. 2011. (Seminário).

I Ciclo de Palestras da Biotecnologia. 2011. (Seminário).

II Ciclo de Palestras da Biotecnologia. 2011. (Seminário).

I Seminário de Genética e Bioquímica. 2011. (Simpósio).

Visita Técnica ao Instituto Butantã. 2011. (Outra).

Multimodal Imaging of Disease Models in Live Mice. 2010. (Outra).

II Congresso Regional de Biotecnologia - OGMs: Problema ou Solução?. 2009. (Congresso).

Participação em bancas

Aluno: Andres Santiago Ortiz Morazan

HENRIQUE-SILVA, F.;SANTOS-JÚNIOR, CÉLIO D.; FREIRE, C. C. M.. Análises bioinformáticas de proteínas de resistência do tipo Nucleotide binding site - leucine rich repeat (NBS-LRR) de café. 2019. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Genética e Evolução - PPGGEV) - Universidade Federal de São Carlos.

Orientou

Adriana Rendelucci

Análise de séries históricas para verificação da relação entre a agricultura, os códigos florestais e a área de florestas no Brasil; Início: 2023; Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em MBA Agronegócios) - INSTITUTO DE PESQUISAS E EDUCACAO CONTINUADA EM ECONOMIA E GESTAO DE EMPRES; (Orientador);

Karen Susana Manjarrez Madera

Verificação do potencial de isolados bacterianos do intestino do besouro-praga Sphenophorus levis para a degradação de poliestireno expandido; 2022; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-graduação em Biotecnologia - PPGBIOTEC) - Universidade Federal de São Carlos, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Célio Dias Santos Júnior;

Guilherme Bonotti Coppini

Desenvolvimento de um módulo de análises taxonômicas do gene 16S rRNA de metagenomas para o programa BEAF (Referenced Binning Engine for Autonomous Finding): BEAF-16S; 2018; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Célio Dias Santos Júnior;

Natália Silva da Trindade

Conservation and Recombinational Contexts in Apoptosis Pathway in Aspergillus fumigatus; 2015; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de Uberlândia; Orientador: Célio Dias Santos Júnior;

Anna J

Vinnes; Cryptic AMPs from Prokaryotes: an investigation with AMPsphere and proGenomes2; 2021; Iniciação Científica - Fudan University; Orientador: Célio Dias Santos Júnior;

Tobi Olanipekun

AzuC: A non-conventional AMP candidate; 2020; Iniciação Científica - Fudan University; Orientador: Célio Dias Santos Júnior;

Amy Houseman

Cryptic antimicrobial peptides (AMPs) in the human gut: a potential case study; 2019; Iniciação Científica - Fudan University; Orientador: Célio Dias Santos Júnior;

Guilherme Bonotti Coppini

Implementação de um módulo de identificação taxonômica de microrganismos baseado no gene do 16S rRNA no programa BEAF e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração; 2018; Iniciação Científica; (Graduando em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Célio Dias Santos Júnior;

Jelena Somborsky

Visual representation of features in AMPSphere; 2022; Orientação de outra natureza - Fudan University; Orientador: Célio Dias Santos Júnior;

Breno Livio Silva de Almeida

Global Microbial Small ORFs Catalog - Gene rarefaction for smORFs; 2022; Orientação de outra natureza - Fudan University; Orientador: Célio Dias Santos Júnior;

Produções bibliográficas

  • COELHO, LUIS PEDRO ; SANTOS'JÚNIOR, CÉLIO DIAS ; DE LA FUENTE'NUNEZ, CESAR . Challenges in computational discovery of bioactive peptides in ?omics data. PROTEOMICS , v. X, p. 202300105, 2024.

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  • FUJIMURA, P. T. ; VAZ, E. R. ; Carlos Jr. ; CARVALHO, W. J. ; REIS, C. F. ; SANTOS JR., C.D. ; FREITAS, G. R. O. ; YOKOSAWA, J. ; CARNEIRO, A. P. ; GOULART, L. R. ; VECCHI, L. ; UEIRA-VIEIRA, C . DEVELOPMENT OF TWO POTENTIAL TOOLS AGAINST THE REPLICATION OF THE DENGUE VIRUS. In: XXV Brazilian Congress of Virology and IX Mercosur Meeting of Virology, 2014, Ribeirão Preto, SP. XXV Brazilian Congress of Virology and IX Mercosur Meeting of Virology. Ribeirão Preto, SP: SBV, 2014. v. SN. p. 1-SN.

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  • CARDOSO JÚNIOR, CAM ; MATUSITA, SH ; SANTOS JÚNIOR, C. D. ; FRANCO, MM ; UEIRA-VIEIRA, C ; BONETTI, A.M. . Restriction approach to analysis methylation pattern in Melipona. In: 57° Congresso Brasileiro de Genética, 2011, Águas de Lindóia, SP. Manipulação do DNA: 4 Décadas rompendo fronteiras, 2011.

  • DIAS, A. C. C. ; VIEIRA, FCF ; SANTOS JÚNIOR, C. D. ; MENDES, MG ; Kerr, W.E. ; BONETTI, A.M. . Microssatelite markers in Ricinus communis. In: 57° Congresso Brasileiro de Genética, 2011, Águas de Lindóia. Manipulação do DNA: 4 Décadas rompendo fronteiras, 2011.

  • MENDES, M. G. ; SANTOS JR., C.D. ; DIAS, A. C. C. ; ARAUJO, N. B. ; BONETTI, A.M. . Analysis of Ricinus communis L. as Bioindicator of Air Quality by Comet Assay. In: 57. Congresso Brasileiro de Genética, 2011, Águas Lindóia, SP. Anais do 57. Congresso Brasileiro de Genética. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2011. v. 1. p. GP 003-GP 003.

  • SANTOS-JÚNIOR, C.D. ; HUBER, P. ; ARBOLEDA, C. M. ; SARMENTO, H. . MARINE MICROBES UNTOUCHED DIVERSITY - A BIOINFORMATICS APPROACH. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SANTOS-JÚNIOR, CÉLIO D. ; HUBER, P. ; SARMENTO, H. . Estimating the competition for carbon sources in marine microbes. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SANTOS-JÚNIOR, CÉLIO D. . Biotecnologia e Metagenômica. 2018. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • SANTOS-JÚNIOR, CÉLIO D. . Biologia Sintética: horizontes e aplicações. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SANTOS-JÚNIOR, C.D. . Exploring the genetic machinery of the Amazon river microbiome through metagenomics and population genomes: Connections to Carbon degradation. 2018. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • SANTOS-JÚNIOR, C.D. . Aplicação da Biologia Sintética na ressuscitação de genes ancestrais. 2015. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • SANTOS-JÚNIOR, C.D. . Biologia Sintética. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SANTOS JÚNIOR, C. D. . Endófitas, maus ou bons micróbios, uma questão de perspectiva. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SANTOS-JÚNIOR, C.D. . Endófitas, maus ou bons micróbios, uma questão de perspectiva. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SANTOS-JÚNIOR, C.D. . Proteômica - Uma das barreiras 'ômicas' finais. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SANTOS-JÚNIOR, C.D. . Técnicas Básicas em Biologia Molecular. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SANTOS-JÚNIOR, CÉLIO D. ; SARMENTO, H. ; HENRIQUE-SILVA, F. ; LOGARES, R. . AMnrGC - Amazon river non-reduntant microbial genes catalogue (Version v2018-01) 2018 (Data set).

  • SANTOS-JÚNIOR, CÉLIO D. ; HENRIQUE-SILVA, F. ; LOGARES, R. . Annotation of metagenome-assembled genomes retrieved from Amazon river basin metagenomes (Version v1) 2018 (Data set).

  • SANTOS-JÚNIOR, CÉLIO D. . Reference libraries to execute the Annopipe software 2017 (Data set).

Outras produções

SANTOS-JÚNIOR, C.D. . Simgenes - Pipeline to simulate and create random genes with selected features.. 2023.

SANTOS JUNIOR, C.D. ; SHAOJUN, P. ; XING-MING, Z. ; COELHO, L. P. . (Meta)genomic Antimicrobial Peptides Classification and Retrieval - MACREL. 2019.

SANTOS-JÚNIOR, CÉLIO D. ; COPPINI, G. B. ; HENRIQUE-SILVA, F. . Referenced Binning Engine for Autonomous Finding - BEAF. 2018.

SANTOS-JÚNIOR, CÉLIO D. ; HENRIQUE-SILVA, F. . Amazon Gene Catalogue Searching System - AGSSY. 2018.

SANTOS-JÚNIOR, CÉLIO D. . annopipe - Automated pipeline for annotation and parsing of predicted genes files.. 2017.

SANTOS JUNIOR, C.D. ; HENRIQUE-SILVA, F. ; LOGARES, R. . Researchers generate the most complete microbial gene catalogue of the Amazon River. 2020. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

SANTOS JUNIOR, C.D. ; HENRIQUE-SILVA, FLAVIO ; LOGARES, R. . Pesquisa da UFSCar apresenta maior catálogo gênico da Amazônia. 2020. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

SANTOS-JÚNIOR, CÉLIO D. ; NUNES, F. . Equipe da UFSCar ganha medalha de Ouro em competição internacional. 2015. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

SANTOS-JÚNIOR, CÉLIO D. ; NUNES, F. . UFSCar ganha ouro em competição do MIT com proposta de repelente. 2015. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

SANTOS JÚNIOR, C. D. . 1° Workshop de Capacitação de Acessorias e Diretorias da Biotec BRA - Empresa Júnior de Inovações Biotecnológicas. 2012. .

Prêmios

2018

Menção honrosa pela "IMPLEMENTAÇÃO DE UM MÓDULO DE IDENTIFICAÇÃO TAXONÔMICA DE MICRORGANISMOS BASEADO NO GENE DO 16S rRNA NO PROGRAMA BEAF E SUA APLICAÇÃO EM DADOS DE SEQUENCIAMENTO DE NOVA GERAÇÃO", CoPICT-ProPQ-UFSCar.

2015

Medalha de Ouro na International Genetically Engineered Machine competition (iGEM) com team:UFSCar-Brasil, International Genetically Engineered Machine competition (iGEM).

2015

Moção de congratulação com relação ao projeto BugShoo, Câmara de Vereadores de São Carlos-SP.

2015

Honra ao mérito pela medalha de ouro na competição iGEM-2015, Universidade Federal de São Carlos.

2014

Medalha de Bronze e Prêmio Giant Jamboree na International Genetically Engineered Machine competition (iGEM) com team:Brasil-SP, International Genetically Engineered Machine (iGEM) Foundation.

2014

Menção Honrosa pelo trabalho "THE FOLATE/PTERIDINE TRANSPORTER OF LEISHMANIA SP.: A POTENTIAL MOLECULAR TARGET WITH AN EVENTFUL EVOLVING HISTORY", Sociedade Brasileira de Genética.

2014

Honra ao mérito pela medalha de bronze na competição iGEM-2014, Universidade Federal de São Carlos.

2011

Menção Honrosa pelo pôster Metagenomic Analysis of Endophytic Bacterial Biodiversity from Seeds of Ricinus communis, Sociedade Brasileira de Genética.

Histórico profissional

Experiência profissional

2023 - Atual

Instituto de Pesquisas e Educação Continuada em Economia e Gestão de Empres

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Orientador de MBA

2022 - 2022

Fudan University

Vínculo: Pesquisador ad hoc, Enquadramento Funcional: Pesquisador ad hoc, Carga horária: 40

Outras informações:
Esta posição consistiu em desenvolver atividades de pesquisa, data management e análise relacionados ao projeto AMPSphere o qual eu desenvolvi durante meu período pos-doutoral. Durante este período também realizei atividades de extensão e comunicação através da coordenação do blog e newsletter do grupo BDB (Big Data Biology) do Instituto de Ciencia e Tecnologia para Inteligência Artifical Inspirada em Cérebros (ISTBI) da Universidade de Fudan (Shaghai, China), sob a supervisão do Prof. Dr. Luis Pedro Coelho.

Atividades

  • 06/2019

    Pesquisa e desenvolvimento, Institute of Science and Technology for Brain-Inspired Intelligence.,Linhas de pesquisa

2017 - 2018

Instituto de Ciencias del Mar

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista PDSE - Extensão, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Investigação de análises metagenômicas do microbioma do mar mediterrâneo

2012 - 2013

Universidade de Coimbra

Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 40

Outras informações:
Esta parceria firmada entre UFU e UC permitiu o desenvolvimento e aprendizado de diversas técnicas de análise filogenética e clonagem molecular. Utilizando-se diversos tipos de materiais, e cultivos celulares. A partir de análises de cepas de Legionella pneumophila foram realizados diversos estudos que culminaram em artigos e reports.

Atividades

  • 09/2012 - 06/2013

    Estágios , Faculdade de Ciências e Tecnologia, Centro de Neurociências.,Estágio realizado, Evolução molecular do gene NttA em diferentes estirpes de Legionella pneumophila.

2010 - 2013

Universidade Federal de Uberlândia

Vínculo: Graduação, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 20

Atividades

  • 03/2012 - 04/2013

    Estágios , Instituto de Biotecnologia.,Estágio realizado, Utilização de ácido dinitrosalicílico em soluções tamponadas como alternativa aos métodos analíticos para detecção e quantificação de DNA atuais, utilizando-se como modelo de ácido nucléico o material proveniente da levedura (S. cerevisae).

  • 12/2010 - 02/2012

    Estágios , Instituto de Biotecnologia.,Estágio realizado, Estudo da biodiversidade bacteriana endofítica contida em sementes de Ricinus communis (Mamona) através de ferramenta metagenômica. Além do isolamento e caracterização bioquímica e molecular de cepas provenientes destas sementes.

  • 03/2010 - 11/2010

    Estágios , Instituto de Biotecnologia.,Estágio realizado, Estudo da propagação in vitro de Ricinus communis, alternativas para contornar a oxidação de explantes e contaminação. Técnicas de inoculação e meios de cultura, suplementados com fitormônios. Identificação molecular de variedades por SSR.