Felipe de Oliveira Outi

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Projetos de pesquisa

• 2014 - Atual

  Peptídeos antibacterianos: Investigação por modelagem computacional, Descrição: Neste projeto empregaremos a técnica de dinâmica molecular para descrever, em resolução atomística, a interação entre nanoestruturas de peptídeos em contato com membranas biológicas. Peptídeos anfifílicos A3K, A6K e A9K exibem uma propensão para aumentar nano-agregação com o aumento do tamanho da cauda hidrofóbica da alanina. A capacidade antibacteriana, definida pelo percentual de morte de bactérias num determinado tempo e numa dada concentração de peptídeo, sugerem uma forte correlação com a hidrofobicidade do peptídeo. A descrição destas interações é fundamental para a compreensão completa destes processos biológicos, em especial, para explicar os efeitos do comprimento da cauda hidrofóbica na atividade antibacteriana de tais peptídeos, que ainda é uma questão em aberto.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Felipe de Oliveira Outi - Integrante / Eudes Eterno Fileti - Coordenador.

• 2013 - 2014

  Estudo computacional da auto-organização de nanoestruturas peptídicas, Descrição: Este projeto prevê o uso de simulações computacionais via dinâmica molecular atomística, visando o estudo de nanoestruturas baseadas em peptídeos, em particular à estrutura sintetizada RF8, a base de fenilalanina e arginina. Propriedades estruturais e dinâmicas destas nanoestruturas serão examinadas, calculando interações entre os vários grupos presentes no sistema, afim de determinar o que causa a estabilidade da fibra, bem como ela se comporta variando duas incógnitas: (1) A porcentagem em massa de água na qual a fibra é solvatada, (2) A força iônica. Palavras-chave: simulação computacional, nanoestruturas de peptídeo, dinâmica molecular.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Felipe de Oliveira Outi - Integrante / Eudes Eterno Fileti - Coordenador.

• 2012 - 2013

  Estudo de membranas celulares lipídicas por meio de dinâmica molecular atomística e coarse-grained, Descrição: Conhecer o comportamento estrutural e dinâmico de membranas biológicas é de fundamental importância para grandes áreas biológicas, como bioquímica e biofísica. Este projeto estudou por meio de dinâmica molecular atomística e coarse grained bicamadas lipídicas, buscando investigar as propriedades termodinâmicas do sistema, como energias de interação entre as camadas lipídicas, gráficos de densidade para calcular a espessura da bicamada, juntamente com uma análise conformacional visualizando a trajetória do sistema durante o período simulado. Palavras-chave: simulação computacional, membranas celulares, dinâmica molecular.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Felipe de Oliveira Outi - Integrante / Eudes Eterno Fileti - Coordenador.