Paulo Ricardo Batista
Jovem Cientista Nosso Estado (FAPERJ, desde 2018) Pesquisador em Saúde Pública da FIOCRUZ - PROCC, na área de Modelagem Molecular e professor do quadro permanente do programa de pós-graduação em Biologia Computacional e Sistemas do Instituto Oswaldo Cruz. Possui graduação em Ciências Biológicas - Modalidade Médica pela UFRJ (2003), mestrado em Ciências Biológicas - Biofísica pelo Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho/UFRJ (2005), doutorado em Ciências Biológicas - Biofísica pelo IBCCF/UFRJ (2009) e doutorado em Análise de Genomas e Modelagem Molecular em cotutela pela Université Paris 7 Denis Diderot (França). Realizou um ano e meio de pós-doutoramento no INMETRO-RJ (2009-10), na École Normale Supérieure de Cachan (França - 2010-12) e no Institut Pasteur de Paris (França - 2012), na Unité de Bio-Informatique Structurale, sob a supervisão do Dr. Michael Nilges. É revisor de 9 journals internacionais renomados. Tem experiência na área de Biofísica, com ênfase em Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos e Biotecnológicos. Atuando principalmente nos seguintes temas: Dinâmica Molecular, Dinâmica Essencial, Análise de Modos Normais, Modos Consensus, análises de energia livre, bioinformática e predição de estrutura de complexos macro-moleculares à partir de dados experimentais de baixa resolução (cryo-EM, crosslink-MS). Com aplicações em sistemas biológicos como: a protease de subtipos do HIV-1, catepsina B, plasmepsinas e outras protéinas-alvos em malária, celulase, RNA poymerase, etc. No contexto Biotecnológico, atua no desenvolvimento de biocombustíveis e desenvolvimento de fármacos para doenças negligenciadas.
Informações coletadas do Lattes em 21/05/2024
Acadêmico
Formação acadêmica
Doutorado em Analyse de Génomes et Modélisation Moléculaire
2007 - 2009
Université Paris Diderot
Título: Étude de la flexibilité de la protéase du VIH-1 par Modélisation et Dynamique Moléculaire, Analyse des modes normaux et des modes consensus
Orientador: em Université Paris Diderot ( David Perahia)
com Pedro Geraldo Pascutti. Coorientador: Paulo Mascarello Bisch. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)
2005 - 2009
Universidade Federal do Rio de Janeiro
Título: Estudo da flexibilidade da Protease do HIV-1 por Modelagem e Dinâmica Molecular, Análise de modos normais e dos modos consensus
Orientador: em Université Paris Diderot ( David Perahia)
com Pedro Geraldo Pascutti. Coorientador: Pedro Geraldo Pascutti. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: "flaps"; falcipaína; Modelagem Molecular; Protease; Subtipos do HIV-1; Dinâmica Molecular. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.
Mestrado em Ciências Biológicas - Biofísica
2003 - 2005
Instituto de biofísica Carlos Chagas Filho
Título: Estudos Computacionais da Protease do HIV-1: Abertura das Alças e Diferenças entre Subtipos
, Ano de Obtenção: 2005.Pedro Geraldo Pascutti.Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: HIV; Modelagem Molecular; Dinâmica Molecular; Subtipos do HIV-1.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Enzimologia. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular / Especialidade: Desenvolvimento de Novos Fármacos. Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Saúde Humana Ou dos Animais; Desenvolvimento de Produtos Tecnológicos Voltados Para A Saúde Humana; Informática.
Graduação em Ciências Biológicas Modalidade Médica
1999 - 2003
Universidade Federal do Rio de Janeiro
Título: O estudo do envolvimento do sistema de cininas na leishmaniose visceral:Infecção por Leishmania donovani (LD-1S)
Orientador: Julio Scharfstein
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Curso técnico/profissionalizante em 2º Grau Técnico em Eletrônica
1994 - 1997
Centro Federal de Educação Tecnológica Celso Suckow da Fonseca
Pós-doutorado
2012 - 2012
Pós-Doutorado. , Institut Pasteur, PASTEUR, França.
2010 - 2012
Pós-Doutorado. , École Normale Supérièure de Cachan, ENS, França. , Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
2009 - 2010
Pós-Doutorado. , Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia, INMETRO, Brasil. , Bolsista do(a): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ, FAPERJ, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas
Formação complementar
2015 - 2015
Structural Modelling for Large Macromolecular Comp. (Carga horária: 40h). , Instituto Gulbenkian de Ciência, IGC, Portugal.
2013 - 2013
Multiscale simulation of polymers: P & C. (Carga horária: 10h). , Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
2013 - 2013
Biomolecular modeling across spatial temp scales. (Carga horária: 10h). , Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
2012 - 2012
6th EMBO Practical Course on Biomolecular Simulati. (Carga horária: 64h). , European Molecular Biology Organization, EMBO/EMBL, Alemanha.
2009 - 2009
Latin American Posgraduate Program of Biophysics. (Carga horária: 40h). , Latin American Federation of Biophysical Societies, LAFEBS, Argentina.
2008 - 2008
MOL MED IRELAND COURSE: DRUG DESIGN & DELIVERY. (Carga horária: 15h). , Dublin Molecular Medicine Centre, DMMC, Irlanda.
2006 - 2006
3D QSAR Strategies in Drug Design. (Carga horária: 2h). , 3o Simpósio Brasileiro em Química Medicinal, BRAZMEDCHEM, Brasil.
2006 - 2006
Biologia Estrutural e Química Medicinal. (Carga horária: 81h). , Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia, CBAB, Brasil.
2004 - 2004
Química e Estrutura de Proteínas: Proteômica. (Carga horária: 50h). , Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
2004 - 2004
Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. (Carga horária: 44h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2001 - 2001
Aspectos Gerais da Hematopoese. (Carga horária: 6h). , Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
2000 - 2000
Aspectos Evolutivos do Sistema Nervoso. (Carga horária: 6h). , Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
2000 - 2000
Transgênese Animal e Vegetal. (Carga horária: 6h). , Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
Idiomas
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Pouco.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Francês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Áreas de atuação
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Química de Macromoléculas/Especialidade: Proteínas.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular/Especialidade: Desenvolvimento de novos farmacos.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica.
Organização de eventos
BATISTA, PAULOR. ; Lery, LMS ; AMORIM, G. C. ; CUNHA, M. M. L. . 4th French Brazilian Symposium on Biosciences. 2018. (Congresso).
Dardenne, Laurent E. ; Caffarena, Ernesto R. ; Pascutti, Pedro G ; BATISTA, P. R. ; GOLIATT, P. V. Z. C. ; GUEDES, I. A. ; MAGALHAES, C. S. ; Gomes, Diego E. B. ; CUSTODIO, F. L. . IX ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2018. (Congresso).
BATISTA, P. R. ; Lery, LMS ; IZADI-PRUNEYRE, N. ; ALMEIDA, M. S. ; BISCH, P. M. ; AMORIM, G. C. ; CUNHA, M. M. L. ; FREITAS, M. S. . Rio International School in Structural Biology. 2018. (Congresso).
DARDENNE, L. E. ; Caffarena, Ernesto R. ; Pascutti, Pedro G ; BATISTA, P. R. ; Costa, M. G. S. . VIII ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2016. (Outro).
BATISTA, P. R. ; Lery, LMS ; AMORIM, G. C. ; CUNHA, M. M. L. . 3rd French Brazilian Symposium on Biosciences - III Br.bio.Fr. 2016. (Congresso).
BATISTA, P. R. ; Lery, LMS ; AMORIM, G. C. ; CUNHA, M. M. L. ; AGUIAR, J. M. C. ; Aguiar, D . 2nd French-Brazillian Symposium on Biosciences. 2014. (Congresso).
Dardenne, Laurent E. ; Caffarena, Ernesto R. ; Pascutti, Pedro G. ; BATISTA, P. R. ; Costa, M. G. S. . VII ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2014. (Outro).
BATISTA, P. R. ; Lery, LMS ; Aguiar, D ; Amorim, G ; Cunha, M ; Coelho, J . 1st French-Brazilian Symposium on Biosciences. 2012. (Congresso).
Participação em eventos
IV Escola Brasileira de Modelagem Molecular.Structure modeling of large protein complexes using MS/crosslinking data as distance restraints. 2017. (Outra).
3rd Annual Workshop of the SAIMS (South American Innitiative in Molecular Simulations) and the Center for Computational Engineering & Sciences at Unicamp (CCES.-. 2016. (Outra).
IV Workshop em Métodos Computacionais Aplicados às Ciências Farmacêuticas. Análise dos modos normais para o estudo de mudanças conformacionais em proteínas. 2016. (Congresso).
1st Symposium on Current Topics in Molecular Biophysics.Close correspondence between flexibility profiles derived from normal mode analysis and exp erimental data from hydrogen/deuterium exchange rates for a set of different proteins. 2014. (Simpósio).
2nd French-Brazilian Symposium on Biosciences.Opening Cerimony as president of the Br.Bio.fr. 2014. (Simpósio).
ISCB-LA/X-MEETING in Bioinformatics/BSB/SoiBio. A Statistical Model for prediction of hydrogen/deuterium exchange based on data from Normal Mode Analysis.. 2014. (Congresso).
Mini-simpósio Especial da Reunião Anual do Projeto Casadinho/PROCAD Programa de Pós-Graduação em Bioinformática ICB/UFMG e Programa de Biologia Computacional e Sistemas d.A Statistical Model for prediction of hydrogen/deuterium exchange based on data from Normal Mode Analysis.. 2014. (Simpósio).
3o Simpósio de integração PG-BCS/FIOCRUZ-RJ e PG-Bi3o Simpósio de integração PG-BCS/FIOCRUZ-RJ e PG-Bioinfo/UFMGoinfo/UFMG. 2013. (Simpósio).
WORKSHOP DEFIS - Biophysics of large macromolecular assemblies : experiments and simulations. Evaluating and validating the interaction of MHC proteins with predicted epitopes from Leishmania amazonensis C-terminal CPB: insights from metadynamics. 2013. (Congresso).
X-Meeting BSB 2013 - International Conference of the AB3C and the Brazilian Symposium on Bioinformatics. Using metadynamics to evaluate the binding affinity between H-2 MHC class I proteins and peptides derived from the C-terminal of CPB of Leishmania amazonensis. 2013. (Congresso).
2nd French ENSC- Schrödinger Meeting & Workshop. Consensus modes, a robust description of protein collective motions from multiple-minima normal mode analysis?application to the HIV-1 protease. 2011. (Congresso).
GGMM (Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire) 2011. Free energy proles along consensus normal mode directions provide insight into HIV-1 protease ap opening motions. 2011. (Congresso).
Journées de Modélisation à Paris. 2011. (Simpósio).
YOUNG RESEARCHERS IN LIFE SCIENCES - Institut Pasteur. High temperatures enhance cooperative motions between CBM and catalytic domains of a thermostable cellulase: mechanism insights from essential dynamics. 2011. (Congresso).
XXXIX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. SBBq-Conesul Symposium: Consensus Modes, a robust description of collective motions frommultiple-minima normal mode analysis application to the HIV-1 protease. 2010. (Congresso).
Latin American Postgraduate Program of Biophysics Course.Consensus Modes, a robust description of protein collective motions from multiple-minima normal mode analysis. 2009. (Outra).
Latin American Postgraduate Program of Biophysics Course.Consensus Modes, a robust description of protein collective motions from multiple-minima normal mode analysis. 2009. (Outra).
VII Iberoamerican Biophysics Congress. Consensus Modes, a robust description of protein collective motions from multiple-minima normal mode analysis. 2009. (Congresso).
The First Worshop Proteomics of the New World.The First Worshop Proteomics of the New World. 2008. (Simpósio).
Trends in Enzymology - TINE 2008. A new method for protein flexibility studies combining molecular dynamics simulations and normal mode analysis applied to HIV protease. 2008. (Congresso).
6th EBSA & British Biophysical Society Congress. Molecular dynamics of protease of different HIV subtypes complexed with commercial inhibitors. 2007. (Congresso).
Structural Bioinformatics Workshop - LNLS.Structural Bioinformatics Workshop. 2007. (Simpósio).
3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry.Molecular Modeling and Dynamics Studies of Proteases of Different HIV-1 Subtypes complexed with commercial inhibitors: The non-B proteases. 2006. (Simpósio).
III Escola de Modelagem Molecular de Sistemas.III Escola de Modelagem Molecular de Sistemas. 2006. (Outra).
III Escola de Modelagem Molecular em Sistemas.Molecular Modeling and Dynamics Studies of Brazilian HIV-1 Protease mutants. 2006. (Outra).
THE 2006 GORDON CONFERENCE ON DNA REPAIR, MUTATION AND CANCER. Differential survival of E. coli uvrA, uvrB, and uvrC mutants to non-UV damage induced by chemical alkylating agents depicts the possibility of alternative forms of DNA damage recognition. 2006. (Congresso).
VI ESCOLA DO CENTRO BRASILEIRO DE PESQUISAS FÍSICAS. 2006. (Outra).
XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. COMPARING MOLECULAR MODELING AND DYNAMICS WITH CRYSTALLOGRAPHY: BRAZILIAN HIV-1 PROTEASE MUTANTS. 2006. (Congresso).
1st International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology. 1st International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology. 2005. (Congresso).
VII Jornada de Iniciação Científica do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho.VII Jornada de Iniciação Científica do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho. 2005. (Outra).
XXXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. omputational Studies of HIV-1 Protease of B and non-B Subtypes complexed with ritonavir. 2005. (Congresso).
1° Simpósio sobre Técnicas Avançadas de Análise Proteômica e Estudo de Proteínas. 2004. (Simpósio).
1st Latin American Protein Society Meeting. 1st Latin American Protein Society Meeting. 2004. (Congresso).
2nd International Workshop on Spectroscopy for Biology. 2nd International Workshop on Spectroscopy for Biology. 2004. (Congresso).
II Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos.II Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2004. (Encontro).
VI Jornada Científica II Conferência Carlos Chagas Filho.VI Jornada Científica II Conferência Carlos Chagas Filho. 2004. (Outra).
V Ibero-American Congress of Biophysics. V Ibero-American Congress of Biophysics. 2003. (Congresso).
XXIII Jornada de Iniciação Científica da UFRJ.XXIII Jornada de Iniciação Científica da UFRJ. 2001. (Seminário).
XXII Jornada de Iniciação Científica da UFRJ.XXII Jornada de Iniciação Científica da UFRJ. 2000. (Seminário).
XXVII Anual meeting on Basic Research in Chagas Disease. XXVII Anual meeting on Basic Research in Chagas Disease. 2000. (Congresso).
Participação em bancas
ZERI, A. C. M.; GUIDO, R. V. C.;BATISTA, PAULOR.. B-fator e sua conectividade com mudanças conformacionais: Uma análise térmica do modelo de lisozima. 2022. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-graduação em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.
GUIMARAES, A. C. R.; PORTO, C. B. A.; PEREIRA, B. A. S.; PEREIRA, M. C. S.;BATISTA, P. R.. Proposição de modelos tridimensionais da Região COOH-terminal da cisteíno-proteinase B de Leishmania L. amazonensis. 2014. Dissertação (Mestrado em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz.
CAFFARENA, E. R.; GUIMARAES, A. C. R.; GARRATT, R. C.;BATISTA, P. R.. Análise e caracterização de co-variação / co-evolução de resíduos de aminoácidos nas famílias de proteínas: aspartil proteases pepsina-símile (APPS) e fosfolipases A2 (PLA2). 2013. Dissertação (Mestrado em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz.
CAFFARENA, E. R.Bisch, Paulo MascarelloBATISTA, P. R.. APRIMORAMENTO DE METODOLOGIAS PARA PREDIÇÃO AB-INITIO DE ESTRUTURA DE PROTEÍNAS UTILIZANDO GENERALIZED SIMULATED ANNEALING.. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.
BATISTA, P. R.; PAVAO, M. S. G.; HEISE, N.; TODESCHINI, A. R.; SILVA, W. S.; OLIVEIRA, F. M. B.; MASUDA, C. A.. Implicações funcionais e estruturais da modificação por O-GlcNAc na proteína glutamina:frutose-6-fosfato aminotransferase (GFAT). 2017. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.
BATISTA, P. R.; PASSETTI, F.. TPP riboswitch como alvo múltiplo para o tratamento de infecções fúngicas. 2021. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz.
BATISTA, P. R.; SILVA JUNIOR, F. P.. A Computational Methodology to Overcome Challenges Associated with the Search for Specific Targets to Develop Drugs against Leishmania major.. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz.
BATISTA, P. R.; GUIMARAES, A. C. R.. Estudo da interação entre as proteínas H-2 e epítopos preditos da extensão COOH terminal da cisteína proteinase B da Leishmania (L.) amazonensis. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz.
BATISTA, PAULOR.; SILVA-JUNIOR, E. F.. Dinâmica Molecular empregada na seleção de conformações bioativas: a proteína nsP2 do vírus Chikungunya como estudo de caso. 2022. Exame de qualificação (Mestrando em PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM CIÊNCIAS FARMACÊUTICAS) - Universidade Estadual de Feira de Santana.
BATISTA, P. R.Costa, M. G. S.. Desenvolvimento de Biobetters variantes de Rituximab usando uma abordagem in silico: Uso de dinâmica molecular e energia livre de ligação para realçar a afinidade de anticorpos. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz.
BATISTA, P. R.; TORRES, P. H. M.. Caracterização Computacional das Interações de Integrinas da família B1 com ligantes específicos como suporte ao desenvolvimento de novas moléculas com potencial farmacológico. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz.
BATISTA, P. R.; SILVA JUNIOR, F. P.. Estudos sobre a estrutura e o comportamento dinâmico do receptor P2X7 humano através de modelagem comparativa e dinâmica molecular. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz.
BATISTA, P. R.; CARELS, N.. Implementação de cálculos de potenciais de superficie molecular para a estimativa da drogabilidade do proteoma do T. cruzi. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz.
BATISTA, P. R.CAFFARENA, E. R.. Modelagem Molecular de Novos Derivados Triazólicos Inibidores de Alfa- Glicosidase com Potencial Terapêutico em Diabetes do Tipo II. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz.
BATISTA, P. R.; GUIMARAES, A. C. R.. Reconstrução tridimensional da região COOH-terminal da císteino-proteinase B de Leishmania (Leishmania) amazonensis. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz.
BATISTA, P. R.. Análise computacional da influência da mutação M36I na interação da protease do HIV-1 com seus substratos naturais. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.
BATISTA, P. R.; Franco, G. R.;Bisch, PM. Revelando os Mecanismos Moleculares da Proteção Conformacional da Nitrogenase Contra o Oxigênio em Bactérias Diazotróficas. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas - Modalidade Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.
BATISTA, P. R.Bisch, PMPASCUTTI, P. G.. Estudo por Modelagem e Dinâmica Molecular da Protease do HIV-1 subtipo C. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.
RUIZ, J. C.; SETUBAL, J. C.; NICOLAS, M. F.;BATISTA, P. R.; BRAGANHOLO, V.. Concurso pra Pesquisador em Saúde Pública do IOC - Fiocruz-RJ. 2014. Instituto Oswaldo Cruz.
BATISTA, P. R.; PINHEIRO, A. S.; SOARES, R. M.. Professor Substituto de Biologia Estrutural e Desenho de Drogas. 2013. Universidade Federal do Rio de Janeiro.
BATISTA, P. R.; ALVES, M. R.; SOUZA, M. P. C.. Seleção de candidatos para bolsa institucional PNPD CAPES do Programa de Pós Graduação de Biologia Computacional e Sistemas do IOC. 2016. Instituto Oswaldo Cruz.
Ricardo Batista, Paulo. Seleção de candidatos ao doutorado no Programa de Pós Graduação de Biologia Computacional e Sistemas do IOC. 2014. Instituto Oswaldo Cruz.
BATISTA, P. R.. Seleção de candidatos PIBIC Fiocruz. 2014. Fundação Oswaldo Cruz.
BATISTA, P. R.; MAGALHAES, C. S.. Projeto de Tese de Doutorado da Aluna Lucianna Helene Silva dos Santos. 2013. Fundação Oswaldo Cruz.
BATISTA, P. R.Lery, LMS; PASSETTI, F.; BENTANCOR, G. J. B.; CATANHO, M.. Seleção de candidatos para bolsa institucional PNPD CAPES do Programa de Pós Graduação de Biologia Computacional e Sistemas do IOC. 2013. Instituto Oswaldo Cruz.
Orientou
Estudos computacionais da Piocina R2; Início: 2023; Dissertação (Mestrado em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);
Mecanismos moleculares envolvidos na lesão neural hanseniana: interações entre o glicolipídio fenólico 1; Início: 2023; Tese (Doutorado em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);
Estudo de Sistemas de Secreção por modelagem molecular; Início: 2020; Tese (Doutorado em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz; (Orientador);
Início: 2021; Fundação Oswaldo Cruz, Fundação de apoio à Fiocruz;
Estudo da proteína S do SARS-Cov-2 por modelagem Molecular; 2021; Dissertação (Mestrado em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Caracterização do mecanismo de ação do Sistema de Secreção do tipo VI: dinâmica molecular dos componentes estruturais; 2018; Dissertação (Mestrado em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Desenvolvimento de um servidor para predição de dados de troca hidrogênio/deutério em proteínas; 2016; Dissertação (Mestrado em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz,; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Análise da flexibilidade de proteínas através da análise de modos normais; 2014; Dissertação (Mestrado em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Efeito das glicosilações sobre a estrutura e dinâmica da celulase Cel7A de Trichoderma reesei; 2019; Tese (Doutorado em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Modelagem molecular de componentes do T6SS; 2016; Tese (Doutorado em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Estudo conformacional da protease do HIV resistente a múltiplas drogas; 2015; Tese (Doutorado em Programa de Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz,; Coorientador: Paulo Ricardo Batista;
2017; Fundação Oswaldo Cruz,; Paulo Ricardo Batista;
Reengenharia dos movimentos da celulase CEL9A-68 através de mutações na região do linker; 2020; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biofísica) - Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Centro de Integração Empresa-Escola; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Descoberta de potenciais inibidores e novos sítios de ligação nodomínio RdRp da proteína NS5 do ZIKV através do uso deferramentas computacionais; 2019; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Farmácia) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Manipulando a dinâmica da celulase Cel9A-68 através de mutações na região do linker; 2016; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas: Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Centro de Integração Empresa-Escola; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Análise computacional da influência da mutação M36I na interação da protease do HIV-1 com seus substratos naturais; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Estudos por dinâmica molecular da proteína pro-apoptótica Bax e seus ativadores; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas - Modalidade Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Modelagem e Dinâmica Molecular de subtipos da protease do HIV; 2006; Iniciação Científica; (Graduando em Biologia) - Centro de Educação a Distância do Estado de Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Análise da flexibilidade de proteínas por modos normais; 2013; Orientação de outra natureza - Fundação Oswaldo Cruz; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Análise da interação da protease do subtipo C do HIV-1 com o nelfinavir por modelagem molecular; 2007; Orientação de outra natureza; (Modelagem Computacional - Bioinformática) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Paulo Ricardo Batista;
Produções bibliográficas
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DE ARAÚJO, EVANDRO ARES ; CORTEZ, ANELYSE ABREU ; DE OLIVEIRA ARNOLDI PELLEGRINI, VANESSA ; VACILOTTO, MILENA MOREIRA ; CRUZ, AMANDA FREITAS ; Batista, Paulo Ricardo ; POLIKARPOV, IGOR . Molecular mechanism of cellulose depolymerization by the two-domain BlCel9A enzyme from the glycoside hydrolase family 9. CARBOHYDRATE POLYMERS , v. -, p. 121739--, 2024.
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COSTA, MAURICIO G. S. ; Batista, P. R. ; GOMES, ANTONIEL AS ; BASTOS, L. S. ; LOUET, MAXIME ; FLOQUET, N. ; BISCH, P. M. ; PERAHIA, D. . MDexciteR: Enhanced Sampling Molecular Dynamics by Excited Normal Modes or Principal Components Obtained from Experiments. Journal of Chemical Theory and Computation , p. -, 2023.
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SOARES, TALYTA DO NASCIMENTO ; VALADARES, VERÔNICA SILVA ; AMORIM, GISELE CARDOSO ; CARVALHO, MAYARA DE MATTOS LACERDA ; BERRÊDO'PINHO, MARCIA ; ALMEIDA, FÁBIO CENEVIVA LACERDA ; Bisch, Paulo Mascarello ; Batista, Paulo Ricardo ; LERY, LETÍCIA MIRANDA SANTOS . The C-terminal extension of VgrG4 from Klebsiella pneumoniae remodels host cell microfilaments. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS , v. -, p. ---, 2022.
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BATISTA, P. R. ; MAIA, A. M. ; GONZALEZ, A. C. S. ; CASTRO JUNIOR, A. B. ; PAREDES, B. D. ; SOUSA JUNIOR, I. P. ; THIAGO, L. S. ; CINELLI, L. P. ; CABRAL, L. M. ; GARCEZ, P. P. ; FARIAS, R. S. ; VALENTE, R. C. ; BRANCO, M. T. L. C. ; RUMJANEK, V. M. B. D. . Jogo da Adesão - Uma maneira mais divertida de entender Ciência.. In: XXII Jornada de Iniciação Científica da UFRJ, 2000, Rio de Janeiro. Anais da XXII Jornada de Iniciação Científica da UFRJ, 2000. v. 1. p. 1-1.
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BATISTA, P. R. . Structure modeling of large protein complexes using MS/crosslinking data as distance restraints. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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BATISTA, P. R. . Structure modeling of large protein complexes using MS/crosslinking data as distance restraints. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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BATISTA, P. R. . APPLICATIONS OF NORMAL MODE-BASED HYBRID APPROACHES TO EXPLORE PROTEIN ENERGY SURFACE. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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BATISTA, P. R. . Análise dos modos normais para o estudo de mudanças conformacionais em proteínas. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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BATISTA, PAULO R . Predição de mudanças conformacionais em proteínas com técnicas híbridas de modelagem molecular. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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BATISTA, P. R. . Novas abordagens no Estudo de Estrutura e Função de Proteínas. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
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Ricardo Batista, Paulo . Evaluating and validating the interaction of MHC proteins with predicted epitopes from Leishmania amazonensis C-terminal CPB: insights from metadynamics. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
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BATISTA, P. R. ; ROBERT, C. H. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, PM ; PERAHIA, D. . Consensus Modes, a robust description of protein collective motions from multiple-minima normal mode analysis. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Outras produções
Costa, M. G. S. ; BATISTA, P. R. ; GOMES, ANTONIEL AS ; BASTOS, L. S. ; FLOQUET, N. ; PERAHIA, D. . MDexciteR (https://github.com/mcosta27/MDexciteR). 2023.
BATISTA, P. R. ; WILTER, A. . Scripts para automação de processos de Dinâmica Molecular. 2006.
Costa, M. G. S. ; Ricardo Batista, Paulo ; CUNHA, M. M. L. ; Lery, LMS ; Aguiar, D ; AGUIAR, J. M. C. ; AMORIM, G. C. . br.BIO.fr entrevista Mauricio Costa do PROCC/Fiocruz-RJ. 2014. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).
BATISTA, P. R. ; CUNHA, M. M. L. ; Lery, LMS ; Aguiar, D ; AMORIM, G. C. ; AGUIAR, J. M. C. . br.BIO.fr entrevista prof. Cristina Russi, professora do Instituto de Química e Diretora do Departamento de Cooperação Internacional da Universidade do Estado do Rio de Janeiro. 2014. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).
BATISTA, P. R. ; CUNHA, M. M. L. ; Lery, LMS ; AMORIM, G. C. ; Aguiar, D ; AGUIAR, J. M. C. . br.BIO.fr entrevista a Prof br.BIO.fr entrevista a Prof. Denise Pires de Carvalho. Denise Pires de Carvalho. 2013. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).
BATISTA, P. R. ; Aguiar, D ; CUNHA, M. M. L. ; Lery, LMS ; AMORIM, G. C. ; AGUIAR, J. M. C. . br.BIO.fr: Interview with Nicole Le Douarin (Académie des Sciences Française). 2012. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).
BATISTA, P. R. ; CUNHA, M. M. L. ; Lery, LMS ; AMORIM, G. C. ; Aguiar, D ; AGUIAR, J. M. C. . br.BIO.fr entrevista Fernando Guimarães, doutorando do Institut Pasteur. 2012. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).
BATISTA, P. R. ; CUNHA, M. M. L. ; Lery, LMS ; Aguiar, D ; AMORIM, G. C. ; AGUIAR, J. M. C. . Interview with David PERAHIA (Research Director - CNRS, Ecole Normale Supérieure de Cachan). 2012. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).
BATISTA, P. R. ; CUNHA, M. M. L. ; Lery, LMS ; Aguiar, D ; AMORIM, G. C. ; AGUIAR, J. M. C. . br.BIO.fr entrevista Prof. Paulo Bisch da UFRJ. 2012. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).
BATISTA, P. R. ; CUNHA, M. M. L. ; Lery, LMS ; Aguiar, D ; AMORIM, G. C. ; AGUIAR, J. M. C. . br.BIO.fr entrevista Prof. Carlos Levi, Reitor da UFRJ. 2012. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).
Lery, LMS ; BATISTA, P. R. ; CUNHA, M. M. L. ; AMORIM, G. C. ; Aguiar, D ; AGUIAR, J. M. C. . br.Bio.fr - Promoting French-Brazillian Collaboration on Biosciences. 2012; Tema: Biociências - Colaborações científicas franco-brasileiras. (Rede social).
BATISTA, P. R. ; Lery, LMS ; CUNHA, M. M. L. ; Aguiar, D ; AMORIM, G. C. ; AGUIAR, J. M. C. . br.Bio.fr - Promoting French-Brazillian Collaboration on Biosciences. 2012; Tema: Biociências - Colaborações científicas franco-brasileiras. (Site).
BATISTA, P. R. . Jogo de Adesão - Uma maneira mais divertida de entender Ciência. 2000. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Jogo de tabuleiro baseado em temas científicos.).
Projetos de pesquisa
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2020 - Atual
Inova Covid19 - Geração de Conhecimento, Descrição: Tem o objetivo selecionar propostas para a ?Geração do Conhecimento? nas áreas definidas pela Fiocruz como prioritárias para a Pandemia da Covid-19.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Coordenador / Ernesto R. Caffarena - Integrante / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Pedro Henrique Monteiro Torres - Integrante / Marcelo Ferreira C. Gomes - Integrante / Mario de Oliveira Neto - Integrante / Evandro Ares de Araujo - Integrante., Financiador(es): Fundação Oswaldo Cruz - Auxílio financeiro.
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2018 - Atual
Jovem Cientista Nosso Estado - FAPERJ, Descrição: E_04/2018. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Coordenador.
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2018 - Atual
Inova Fiocruz - Geração de Conhecimento, Descrição: Número de inscrição: 7461986481. Título do Projeto: Uma nova abordagem integrativa para a determinação da estrutura de proteínas-alvo visando o desenvolvimento de novos fármacos contra infecções multirresistentes. Coordenador: Paulo Ricardo Batista; Coordenadora adjunta: Leticia Miranda Lery Santos; valor aprovado: R$: 100.000,00. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Coordenador / Leticia Lery - Integrante.
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2016 - Atual
Pesquisa de novos efetores alostéricos para proteínas envolvidas na sinalização celular: do uso de simulações computacionais à proposta de potenciais fármacos moduladores., Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Paulo Mascarello Bisch em 29/11/2016., Descrição: CAPES/COFECUB Edital #16/2016 Coordenador Francês: Dr. Nicolas Floquet. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / PAULO MASCARELLO BISCH - Coordenador / Ernesto R. Caffarena - Integrante / David Perahia - Integrante / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Nicolas Floquet - Integrante.
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2016 - Atual
Uma nova abordagem integrativa para o estudo da estrutura de grandes complexos macromoleculares: caracterização de alvos moleculares em doenças infecciosas e crônicas, Descrição: Programa Apoio a Grupos Emergentes de Pesquisa no Estado do Rio de Janeiro. FAPERJ-RJ.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Coordenador / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Leticia Lery - Integrante / Gisele Cardoso Amorim - Integrante / Viviane Silva de Paula - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
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2014 - Atual
Reengenharia de Celulases por métodos computacionais para a melhoria da produção de biocombustíveis de segunda geração, Descrição: Apoio a Projetos de Pesquisa / MCTI/CNPQ/Universal 14/2014 - Faixa A - até R$ 30.000,00 462004/2014-7. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Coordenador / Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Ernesto R. Caffarena - Integrante / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Tácio Vinício Amorim Fernandes - Integrante / Wanderley de Souza - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
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2014 - Atual
Criando enzimas mais eficientes para a produção de biocombustíveis usando ferramentas computacionais, Descrição: APQ1 - Auxílio à pesquisa básica n# E-26/110.568/2014. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Coordenador / Ernesto R. Caffarena - Integrante / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Pascutti, Pedro G - Integrante / Wanderley de Souza - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
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2013 - Atual
Identificação e caracterização de fatores de virulência de Klebsiella pneumoniae através de métodos de biologia molecular, biologia estrutural, biologia celular e bioinformática, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Paulo Mascarello Bisch em 27/05/2013., Descrição: Projeto N° E-26/112.693/2012 Edital FAPERJ N° 29/2012 - Programa Apoio à Formação e Consolidação de Grupos de Pesquisa Multi-Institucionais e Interdisciplinares ? 2012 Instituições participantes: UFRJ, UERJ, FIOCRUZ. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / PAULO MASCARELLO BISCH - Coordenador / Leticia Lery - Integrante / Marcel Menezes Lyra da Cunha - Integrante / Fabio Ceneviva Lacerda Almeida - Integrante / Gisele Cardoso Amorim - Integrante / Juliana de Mattos Coelho Aguiar - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
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2013 - Atual
Estudo de compostos com potencial farmacológico e vacinal no controle do ciclo de transmissão da Leishmania sp.: Uma abordagem computacional, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ernesto Raúl Caffarena em 13/09/2013., Descrição: Auxílio à Pesquisa ? APQ1 - FAPERJ. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Ernesto R. Caffarena - Coordenador / Carlos Roberto Alves - Integrante.
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2012 - Atual
Metodos de Modelagem Molecular Aplicados no Estudo Estrutural de Cadeias de Celulose e seus Complexos com Celulases para Produção de Biocombustíveis., Descrição: submetido para Chamada MCTI/CNPq/Inmetro N 08/2012. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Diego Enry Barreto Gomes - Coordenador.
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2010 - Atual
Análise Estrutural de Cadeias de Celulose e seus Complexos com Celulases por Métodos Computacionais de Modelagem Molecular, Descrição: submetido para Edital MCT/CNPq/Inmetro n 059/2010 - PROMETRO, coordenado por Rafael de Cássio Bernardi. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Coordenador / Pascutti, Pedro G - Integrante / Rafael de Cássio Bernardi - Integrante.
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2007 - 2009
DESENVOLVIMENTO DE SOFTWARES E APLICAÇÕES EM MODELAGEM E DINÂMICA MOLECULAR SOBRE SISTEMAS BIOLÓGICOS, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Edital MCT/CNPq 15/2007 - Universal. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (8) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Pascutti, Pedro G - Coordenador.
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2007 - 2009
MODELAGEM E DINÂMICA DE ESTRUTURAS MOLECULARES DE INTERESSE BIOLÓGICO, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Com este projeto pretendemos dar continuidade à implementação e às aplicações de métodos computacionais para a simulação de sistemas biomoleculares, confrontando com dados experimentais. Serão estudados fármacos com ação em membranas biológicas e no bloqueio de enzimas, peptídeos e proteínas na presença de biomembranas. Serão aplicados métodos estocásticos avançados de "Simulated Annealing" no estudo do enovelamento de cadeias polipeptídicas, na modelagem de complexos moleculares e no refinamento de modelos de proteínas. Serão modelados complexos protéicos envolvidos no câncer e a inibição de proteases importantes na AIDS, Doença de Chagas e Malária.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (8) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (6) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
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2006 - 2009
INSTITUTO MILÊNIO DE BIOLOGIA ESTRUTURAL EM BIOMEDICINA E BIOTECNOLOGIA, Descrição: Instituições participantes: Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Instituto Militar de Engenharia (IME), Centro de Biotecnologia Molecular Estrutural (CBME) / Intituto de Fisica de Sao Carlos- USP, Laboratório Nacional de Luz Sincrotron (LNLS), Universidade Federal da Bahia (UFBA), Universidade Estadual de Feira de Santana, Universidade Federal de Santa Catarina, Universidade Estadual do Rio de Janeiro, Biomanguinhos/IOC (FIOCRUZ), Universidade de Brasília (UNB), Instituto Nacional do Câncer (INCA) CEMO, Universidade Estadual de Santa Cruz (UESC, Bahia).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (9) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Coordenador / Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / PAULO MASCARELLO BISCH - Integrante / Pedro Alexandre G. Lapido Loureiro - Integrante / José Daniel Figueroa-Villar - Integrante / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Diego Enry Barreto Gomes - Integrante / Kleber C. Mundim - Integrante / Marcelo A. Moret - Integrante / Jerson Lima Silva - Integrante / Glaucius Oliva - Integrante / Wanderley de Souza - Integrante.
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2003 - 2010
Subtipos do HIV-1, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Coordenador.
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2002 - 2010
Estudo da Protease do HIV-1 por Modelagem e Dinâmica Molecular, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Coordenador.
Projetos de desenvolvimento
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2007 - 2009
ANIMAÇÃO COMPUTACIONAL DE INTERAÇÕES MOLECULARES, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Edital FAPERJ n.º 04/2007 Programa DIFUSÃO E POPULARIZAÇÃO DA CIÊNCIA E TECNOLOGIA NO ESTADO DO RIO DE JANEIRO.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (6) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador.
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2005 - 2008
NOVAS FERRAMENTAS COMPUTACIONAIS PARA ANÁLISE ESTRUTURAL EM BIOMOLÉCULAS, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Desenvolvimento de software baseado em novos métodos estatísticos para o cálculo do enovelamento de peptídeos e pequenas proteínas, refinamento de modelos obtidos por Modelagem Comparativa e em Docking Molecular. processo CNPq 507391/2004-7 - Edital de fomento Tecnológico-14/2004 - R$149.163,95 bolsas ITI/DTI/EV.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Samuel Silva da Rocha Pita - Integrante / Arlan da Silva Gonçalves - Integrante / Pascutti, Pedro G. - Coordenador / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Diego Enry Barreto Gomes - Integrante / Ranlig Carvalho de Medeiros - Integrante / Tácio Vinício Amorim Fernandes - Integrante.
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2007 - 2009
ANIMAÇÃO COMPUTACIONAL DE INTERAÇÕES MOLECULARES, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Edital FAPERJ n.º 04/2007 Programa DIFUSÃO E POPULARIZAÇÃO DA CIÊNCIA E TECNOLOGIA NO ESTADO DO RIO DE JANEIRO.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (6) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador.
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2005 - 2008
NOVAS FERRAMENTAS COMPUTACIONAIS PARA ANÁLISE ESTRUTURAL EM BIOMOLÉCULAS, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Desenvolvimento de software baseado em novos métodos estatísticos para o cálculo do enovelamento de peptídeos e pequenas proteínas, refinamento de modelos obtidos por Modelagem Comparativa e em Docking Molecular. processo CNPq 507391/2004-7 - Edital de fomento Tecnológico-14/2004 - R$149.163,95 bolsas ITI/DTI/EV.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Samuel Silva da Rocha Pita - Integrante / Arlan da Silva Gonçalves - Integrante / Pascutti, Pedro G. - Coordenador / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Diego Enry Barreto Gomes - Integrante / Ranlig Carvalho de Medeiros - Integrante / Tácio Vinício Amorim Fernandes - Integrante.
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2007 - 2009
ANIMAÇÃO COMPUTACIONAL DE INTERAÇÕES MOLECULARES, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Edital FAPERJ n.º 04/2007 Programa DIFUSÃO E POPULARIZAÇÃO DA CIÊNCIA E TECNOLOGIA NO ESTADO DO RIO DE JANEIRO.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (6) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador.
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NOVAS FERRAMENTAS COMPUTACIONAIS PARA ANÁLISE ESTRUTURAL EM BIOMOLÉCULAS, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Desenvolvimento de software baseado em novos métodos estatísticos para o cálculo do enovelamento de peptídeos e pequenas proteínas, refinamento de modelos obtidos por Modelagem Comparativa e em Docking Molecular. processo CNPq 507391/2004-7 - Edital de fomento Tecnológico-14/2004 - R$149.163,95 bolsas ITI/DTI/EV.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Samuel Silva da Rocha Pita - Integrante / Arlan da Silva Gonçalves - Integrante / Pascutti, Pedro G. - Coordenador / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Diego Enry Barreto Gomes - Integrante / Ranlig Carvalho de Medeiros - Integrante / Tácio Vinício Amorim Fernandes - Integrante.
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2007 - 2009
ANIMAÇÃO COMPUTACIONAL DE INTERAÇÕES MOLECULARES, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Edital FAPERJ n.º 04/2007 Programa DIFUSÃO E POPULARIZAÇÃO DA CIÊNCIA E TECNOLOGIA NO ESTADO DO RIO DE JANEIRO.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (6) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador.
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2005 - 2008
NOVAS FERRAMENTAS COMPUTACIONAIS PARA ANÁLISE ESTRUTURAL EM BIOMOLÉCULAS, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Desenvolvimento de software baseado em novos métodos estatísticos para o cálculo do enovelamento de peptídeos e pequenas proteínas, refinamento de modelos obtidos por Modelagem Comparativa e em Docking Molecular. processo CNPq 507391/2004-7 - Edital de fomento Tecnológico-14/2004 - R$149.163,95 bolsas ITI/DTI/EV.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Samuel Silva da Rocha Pita - Integrante / Arlan da Silva Gonçalves - Integrante / Pascutti, Pedro G. - Coordenador / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Diego Enry Barreto Gomes - Integrante / Ranlig Carvalho de Medeiros - Integrante / Tácio Vinício Amorim Fernandes - Integrante.
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NOVAS FERRAMENTAS COMPUTACIONAIS PARA ANÁLISE ESTRUTURAL EM BIOMOLÉCULAS, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Desenvolvimento de software baseado em novos métodos estatísticos para o cálculo do enovelamento de peptídeos e pequenas proteínas, refinamento de modelos obtidos por Modelagem Comparativa e em Docking Molecular. processo CNPq 507391/2004-7 - Edital de fomento Tecnológico-14/2004 - R$149.163,95 bolsas ITI/DTI/EV.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Samuel Silva da Rocha Pita - Integrante / Arlan da Silva Gonçalves - Integrante / Pascutti, Pedro G. - Coordenador / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Diego Enry Barreto Gomes - Integrante / Ranlig Carvalho de Medeiros - Integrante / Tácio Vinício Amorim Fernandes - Integrante.
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2005 - 2008
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2005 - 2008
NOVAS FERRAMENTAS COMPUTACIONAIS PARA ANÁLISE ESTRUTURAL EM BIOMOLÉCULAS, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Desenvolvimento de software baseado em novos métodos estatísticos para o cálculo do enovelamento de peptídeos e pequenas proteínas, refinamento de modelos obtidos por Modelagem Comparativa e em Docking Molecular. processo CNPq 507391/2004-7 - Edital de fomento Tecnológico-14/2004 - R$149.163,95 bolsas ITI/DTI/EV.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Samuel Silva da Rocha Pita - Integrante / Arlan da Silva Gonçalves - Integrante / Pascutti, Pedro G. - Coordenador / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Diego Enry Barreto Gomes - Integrante / Ranlig Carvalho de Medeiros - Integrante / Tácio Vinício Amorim Fernandes - Integrante.
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2007 - 2009
ANIMAÇÃO COMPUTACIONAL DE INTERAÇÕES MOLECULARES, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Edital FAPERJ n. 04/2007 Programa DIFUSÃO E POPULARIZAÇÃO DA CIÊNCIA E TECNOLOGIA NO ESTADO DO RIO DE JANEIRO.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (6) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador.
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2005 - 2008
NOVAS FERRAMENTAS COMPUTACIONAIS PARA ANÁLISE ESTRUTURAL EM BIOMOLÉCULAS, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Desenvolvimento de software baseado em novos métodos estatísticos para o cálculo do enovelamento de peptídeos e pequenas proteínas, refinamento de modelos obtidos por Modelagem Comparativa e em Docking Molecular. processo CNPq 507391/2004-7 - Edital de fomento Tecnológico-14/2004 - R$149.163,95 bolsas ITI/DTI/EV.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Samuel Silva da Rocha Pita - Integrante / Arlan da Silva Gonçalves - Integrante / Pascutti, Pedro G. - Coordenador / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Diego Enry Barreto Gomes - Integrante / Ranlig Carvalho de Medeiros - Integrante / Tácio Vinício Amorim Fernandes - Integrante.
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2007 - 2009
ANIMAÇÃO COMPUTACIONAL DE INTERAÇÕES MOLECULARES, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Edital FAPERJ n. 04/2007 Programa DIFUSÃO E POPULARIZAÇÃO DA CIÊNCIA E TECNOLOGIA NO ESTADO DO RIO DE JANEIRO.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (6) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador.
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2005 - 2008
NOVAS FERRAMENTAS COMPUTACIONAIS PARA ANÁLISE ESTRUTURAL EM BIOMOLÉCULAS, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Pedro Geraldo Pascutti em 18/02/2013., Descrição: Desenvolvimento de software baseado em novos métodos estatísticos para o cálculo do enovelamento de peptídeos e pequenas proteínas, refinamento de modelos obtidos por Modelagem Comparativa e em Docking Molecular. processo CNPq 507391/2004-7 - Edital de fomento Tecnológico-14/2004 - R$149.163,95 bolsas ITI/DTI/EV.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Paulo Ricardo Batista - Integrante / Samuel Silva da Rocha Pita - Integrante / Arlan da Silva Gonçalves - Integrante / Pascutti, Pedro G. - Coordenador / Maurício Garcia Souza Costa - Integrante / Diego Enry Barreto Gomes - Integrante / Ranlig Carvalho de Medeiros - Integrante / Tácio Vinício Amorim Fernandes - Integrante.
Prêmios
2018
Jovem Cientista Nosso Estado, FAPERJ.
2018
Bolsa de Produtividade em Pesquisa - PQ, CNPq.
2016
Menção honrosa ao trabalho "Modeling MS native-state amide hydrogen exchange through structural and dynamical properties", VIII Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos., LNCC.
2015
5th Most Read Article (May-June 2015) - Journal of Chemical Theory and Computation (Costa et al, DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00003), ACS Publications., J. Chem. Theory Comput..
2014
Prêmio "Universidad de La Habana", Universidad de La Habana.
2014
Premio Nacional de La Academia De Ciencias de Cuba, La Academia de Ciencias de Cuba.
2013
Melhor poster no X-Meeting BSB 2013, AB3C e BSB.
2011
Melhor Poster na Escola Brasileira de Modelagem Molecular, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ABC - SANTO ANDRÉ -SP.
2010
Selecionado para o Simpósio SBBq-Cone Sul - auxílio passagem e estadia, SBBq.
2010
Selecionado para bolsa de posdoutorado PNPD CAPES, CAPES/IBCCF.
2010
Oustanding poster award in III Postlatam Course 2010, SBBf- IUPAB - ICSU - LAFeBS - SAB - IBCCF.
2010
Menção honrosa do CCS na XXXII Jornada Julio Massarani de Iniciação Científica Artística e Cultural da UFRJ, PIBIC- CNPq.
2009
Outstanding Poster Award on the VII Iberoamerican Congress of Biophysics and Latin American Posgraduate Program of Biophysics Course, Brazilian Biophysical Society, SOBLA, Latin American Federation of Biophysical Societies.
2009
Outstanding Poster Award (2) on the VII Iberoamerican Congress of Biophysics and Latin American Posgraduate Program of Biophysics Course, Brazilian Biophysical Society, SOBLA, Latin American Federation of Biophysical Societies.
2009
Best Poster in AB3C X-meeting 2009, Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C).
2008
Darcy Fontoura de Almeida Student Award- First Workshop Proteomics in the New World, Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC.
2007
Bolsa de Doutorado Sandwich no Exterior, CNPq.
2006
Prêmio SBBq (Melhor Poster), Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq.
2006
Best Work Mension, III International Symposium on Biochemistry and Molecular Biology - Havana - Cuba.
2004
Prêmio para Participação em Congressos Nacionais, Pós-Graduação do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho.
2004
Fellowship for Fees, accomodation and transportation on the 1st Latin American Protein Society Meeting, 1st Latin American Protein Society Meeting.
Histórico profissional
Endereço profissional
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Fundação Oswaldo Cruz, Presidência da Fiocruz, PROCC - Programa de Computação Científica. , Grupo de Biofísica Computational e Modelagem Molecular, PROCC. Residência Oficial, Avenida Brasil, 4365, Manguinhos, 21045900 - Rio de Janeiro, RJ - Brasil, Telefone: (21) 38361103, URL da Homepage:
Experiência profissional
2012 - Atual
Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e TecnologiaVínculo: , Enquadramento Funcional:
2012 - Atual
Fundação Oswaldo CruzVínculo: , Enquadramento Funcional: Pesquisador em Saúde Pública, Carga horária: 40
Atividades
-
12/2012
Pesquisa e desenvolvimento, Presidência da Fiocruz, PROCC - Programa de Computação Científica.,Linhas de pesquisa
2010 - Atual
École Normale Supérieure de Cachan, ENS/CachanVínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador
Outras informações:
Colaboração bilateral através de projeto CAPES-COFECUB.
2012 - Atual
Institut PasteurVínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Colaborador
Outras informações:
Colaboração com a Unidade de BioInformática Estrutural, chefiada pelo prof. Michael Nilges.
2001 - Atual
Universidade Federal do Rio de JaneiroVínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Outro
Atividades
-
04/2001 - 04/2003
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Programa de Biofísica.,Linhas de pesquisa
-
04/2001 - 02/2003
Estágios , Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Programa de Biofísica.,Estágio realizado, O estudo do envolvimento do sistema de cininas na leishmaniose visceral:Infecção por Leishmania donovani (LD-1S).
2024 - Atual
École Normale Supérieure Paris-Saclay, ENS Paris-SaclayVínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Professor Visitante Senior
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