Hermes Luís Neubauer de Amorim

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Orientou

Produções bibliográficas

• ALDERETE, BÁRBARA LOPES ; DA SILVA, JULIANA ; GODOI, RAFAEL ; DA SILVA, FERNANDA RABAIOLI ; TAFFAREL, SILVIO ROBERTO ; DA SILVA, LUCAS PISONI ; GARCIA, ANA LETICIA HILARIO ; JÚNIOR, HORST MITTEREGGER ; DE AMORIM, HERMES LUÍS NEUBAUER ; PICADA, JAQUELINE NASCIMENTO . Evaluation of toxicity and mutagenicity of a synthetic effluent containing azo dye after Advanced Oxidation Process treatment. CHEMOSPHERE , v. 263, p. 128291, 2021.

• DA SILVA, JÂMESON FERREIRA ; CORRÊA, DIONE SILVA ; CAMPOS, ÉRICO LEITE ; LEITE, GIOVANA ZAMPRÔNIO ; DE OLIVEIRA, JOÃO DENIS MEDEIROS ; FACHINI, JEAN ; DA SILVA, JULIANA ; OBACH, ELIANE SEMPÉ ; CAMPO, LEANDRA FRANCISCATO ; GRIVICICH, IVANA ; DE AMORIM, HERMES LUIS NEUBAUER ; PICADA, JAQUELINE NASCIMENTO . Evaluation of toxicological aspects of three new benzoxazole compounds with sunscreen photophysical properties using in silico and in vitro methods. TOXICOLOGY IN VITRO , v. 79, p. 105300, 2021.

• ROSSETTI, MARIA LUCIA ; ALMEIDA DA SILVA, PEDRO EDUARDO ; SALVATO, RICHARD STEINER ; REIS, ANA JÚLIA ; SCHIEFELBEIN, SUN HEE ; VON GROLL, ANDREA ; BARCELLOS, REGINA BONES ; MASCHMANN, RAQUEL ; ESTEVES, LEONARDO SOUZA ; SPIES, FERNANDA ; TRESPACH, RUBIA RAUBACH ; DALLA COSTA, ELIS REGINA ; NEUBAUER DE AMORIM, HERMES LUÍS . A highly rifampicin resistant Mycobacterium tuberculosis strain emerging in Southern Brazil. TUBERCULOSIS , v. 125, p. 102015, 2020.

• Ramos, Ricardo Martins ; PEREZ, J. M. ; BATISTA, L. A. ; de AMORIM, H. L. N. . Interaction of wild type, G68R and L125M isoforms of the arylamine-N-acetyltransferase from Mycobacterium tuberculosis with isoniazid: a computational study on a new possible mechanism of resistance. Journal of Molecular Modeling (Online) , v. 18, p. 4013-4024, 2012.

• Coelho, Millene Borges ; Costa, Elis Regina Dalla ; Vasconcellos, Sidra Ezídio Gonçalves ; Linck, Natali ; Ramos, Ricardo Martins ; Amorim, Hermes Luís Neubauer de ; Suffys, Philip Noel ; Santos, Adalberto Rezende ; Silva, Pedro Eduardo Almeida da ; Ramos, Daniela Fernandes ; Silva, Márcia Susana Nunes ; Rossetti, Maria Lucia Rosa . Sequence and structural characterization of tbnat gene in isoniazid-resistant Mycobacterium tuberculosis: Identification of new mutations. Mutation Research (Print) , v. 712, p. 33-39, 2011.

• Amorim, Hermes Luís Neubauer ; NETZ, Paulo Augusto ; GUIMARÃES, Jorge Almeida . Thrombin allosteric modulation revisited: a molecular dynamics study. Journal of Molecular Modeling , v. 16, p. 725-735, 2010.

• PEREZ, J. M. ; Ramos, R.M. ; Coelho, M.B. ; Rossetti, M.L. ; de AMORIM, H. L. N. . Análise computacional da interação da isoniazida com as formas selvagem (wt) e mutante (G68R) da n-acetiltransferase de Mycobacterium tuberculosis. Revista de Iniciação Científica da ULBRA , v. 2010, p. 105-116, 2010.

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• Ramos, R.M. ; Brandin A.S. ; de AMORIM, H. L. N. . Bioinformatica Estrutural Aplicada à Farmacogenética. Cadernos Temáticos , v. 19, p. 41-47, 2008.

• de AMORIM, H. L. N. . Química Medicinal: dos genes aos fármacos. Química Hoje (Cessou em 2008. Cont. ISSN 2175-1382 Química e Saúde) , v. 13, p. 9-11, 2008.

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• OSTJEN, Karina ; FELIPE, Cirleni Dominga ; GUIMARÃES, J. A. ; de AMORIM, H. L. N. . Estudo Computacional de Peptídeos Ativos da Nitroforina-2 Visando o Planejamento de Fármacos Anticoagulantes. Revista de Iniciação Científica da ULBRA , v. 5, p. 115-122, 2006.

• PAZZINI, Fabiano ; OLIVEIRA, Fernanda ; SORDI, Fernanda ; GUIMARÃES, J. A. ; de AMORIM, H. L. N. . Análise Computacional de Domínios Tóxicos de Fosfolipases A2 Secretadas de Veneno. Revista de Iniciação Científica da ULBRA , v. 5, p. 99-108, 2006.

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• Amorim, Hermes Luís Neubauer de ; Costa, Valentim Emilio Uberti . O emprego de lipases como agentes de resolução cinética de enantiômeros em síntese orgânica: aspectos gerais sobre a influência do solvente. Química Nova , v. 22, n.6, p. 863-873, 1999.

• RUSSO, Cristina ; PINTO, Antônio F M ; de AMORIM, H. L. N. ; GUIMARÃES, Jorge Almeida . Molecular modeling studies of an anticoagulant peptide derived from nitrophorin-2 in the active site of factor IXa: perspectives to drug design. In: Winter International Seminar on Information Technology, 2004, Cancun. ACM International Conference Proceeding Series. Proceedings of the winter international synposium on Information and communication technologies. Dublin: Trinity College, 2004. v. 58. p. 249-254.

• RUSSO, C. ; BAZZAN, A. ; GUIMARÃES, J. A. . Creation of Hidden Markov Model for Preliminary Identification and Characterization of Subfamily Signatures in Serpin Protein Superfamily. In: I Workshop Brasileiro de Bioinformática, 2002, Gramado. Anais do Workshop de Bioinformática, 2002. p. 99-101.

• PEREZ, J. M. ; de AMORIM, H. L. N. . Análise computacional da interação da isoniazida com as formas selvagem e mutante(G68R) N-acetiltransferase de Mycobacterium tuberculosis. In: XV Salão de Iniciação Científica da Ulbra, 2009, Canoas. XV Salão de Iniciação Científica da Ulbra, 2009.

• PFLUCK, A. C. D. ; de AMORIM, H. L. N. . ESTUDO COMPUTACIONAL DOS EFEITOS DA TEMPERATURA E DO SOLVENTE NAS PROPRIEDADES CONFORMACIONAIS DE Pseudomonas cepacia LIPASE. In: XV Salão de Iniciação Científica da Ulbra, 2009, Canoas. XV Salão de Iniciação Científica da Ulbra, 2009.

• Mottin, M ; ANDRADE, A.S.C. de ; NETZ, P. A. ; de AMORIM, H. L. N. . Simulação via Dinâmica Molecular das interações entre o fármaco antitumoral ecteinascidina e oligonucleotídeos. In: IV Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, 2008, Petrópolis. IV Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, 2008. p. 28-28.

• ANDRADE, A.S.C. de ; Mottin, M ; de AMORIM, H. L. N. ; NETZ, P. A. . Simulação de Dinâmica Molecular de complexos Ecteinascidna-DNA: energias de interação e formação de complexo covalente. In: 31a Reunião da Sociedade Brasileira de Química, 2008, Águas de Lindóia. 31a Reunião da Sociedade Brasileira de Química, 2008.

• ANDRADE, A.S.C. de ; Mottin, M ; de AMORIM, H. L. N. ; NETZ, P. A. . Estudo das interações e alterações estruturais em oligonucleotídeos e complexos DNA-Et743 via Dinâmica Molecular. In: II Simpósio de Estrutura Eletrônica e Dinâmica Molecular, 2008, Brasília. II Simpósio de Estrutura Eletrônica e Dinâmica Molecular, 2008. p. 20-20.

• ANDRADE, Alex Sandro Cardoso de ; Mottin, M ; de AMORIM, H. L. N. ; NETZ, P. A. . Simulação da interação de oligonucleotídeos com o fármaco antitumoral ecteinascidina: caracterização estrutural e termodinâmica. In: XXX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais da XXX RASBQ, 2007.

• ANDRADE, A.S.C. de ; Mottin, M ; de AMORIM, H. L. N. ; NETZ, P. A. . Estudo das interações e alterações estruturais induzidas em complexos DNA-Ecteinascidina via Dinâmica Molecular. In: XIV Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2007, Poços de Caldas. Livro de Resumos do XIV SBQT, 2007. p. 239.

• Ramos, R.M. ; Vinadé, R. ; de AMORIM, H. L. N. . Molecular interactions between isoniazid and its metabolites with CYP2E1 isoforms: a Docking and Molecular Dynamics study. In: X-meeting 2007, AB3C 3rd International Conference, 2007, São Paulo. Livro de Resumos do X-meeting 2007, 2007.

• OLIVEIRA, Tiago Charão de ; GUIMARÃES, Jorge Almeida ; de AMORIM, H. L. N. . Computational Study of the Structure-Function Relationships of Venon Secreted Phospholipases A2 D49. In: XXXV Reunião Anual da SBBq, 2006, Águas de Lindóia. Livro de Resumos da XXXV Reunião Anual da SBBq, 2006.

• CACERES, Rafael Andrade ; GUIMARÃES, Jorge Almeida ; de AMORIM, H. L. N. . DOCKING AND MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS OF THE TERNARY COMPLEXES BETWEEN GLYCYRRHIZIN DERIVATIVES AND THROMBIN, FACTOR XA AND TRYPSIN. In: XXXV Reunião Anual da SBBq, 2006, Águas de Lindóia. Livro de resumos da XXXV Reunião Anual da SBBq, 2006.

• NETZ, P. A. ; ROSA, I.R. da ; de AMORIM, H. L. N. . Molecular Dynamics simulations of temperature induced conformational transitions in prion-like oligopeptides. In: PASI 2006 - Disorder and Complexity, 2006, Mar del Plata. Annals of PASI 2006 - Disorder and Complexity, 2006.

• ANDRADE, Alex Sandro Cardoso de ; ROSA, Igor Ribeiro da ; de AMORIM, H. L. N. ; NETZ, Paulo Augusto . Dinâmica Molecular do Fármaco Antitumoral Ecteinascidina e sua interação com o DNA. In: 29a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2006, Águas de Lindóia, 2006.

• CACERECES, Rafael Andrade ; GUIMARÃES, Jorge Almeida ; de AMORIM, H. L. N. . Conformational and Thermodynamical Analysis of Glycyrrhizin Derivatives: Perspectives to Drug Development. In: XXXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira da Bioquímica e Biologia Molecular, 2005, Águas de Lindóia. Conformational and Thermodynamical Analysis of Glycyrrhizin Derivatives: Perspectives to Drug Development, 2005. v. 24.

• de AMORIM, H. L. N. ; OLIVEIRA, Fernanda ; PASSINI, Fabiano ; GUIMARÃES, Jorge Almeida . Structure-Activity Relationships of D49 and K49 Phospholipases A2 from Molecular Dynamics Simulations. In: XXXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2005, Águas de Lindóia. Livro de resumos da XXXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2005. v. 24.

• PAZZINI, Fabiano ; GUIMARÃES, Jorge Almeida ; de AMORIM, H. L. N. . Function prediction of Phospholipases A2 through a bioinformatics approach. In: XXXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira da Bioquímica e Biologia Molecular, 2005, Águas de Lindóia. Livro de resumos da XXXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira da Bioquímica e Biologia Molecular, 2005. v. 24.

• RUSSO, C. ; PINTO, Antônio F M ; GUIMARÃES, Jorge Almeida . Docking studies of an anticoagulant peptide fragment derived from nithrophorn-2 in the active site of factor IXa: perspectives to drug design. In: XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira da Bioquímica e Biologia Molecular, 2002, Caxambu, 2002.

• de AMORIM, H. L. N. ; NETZ, Paulo Augusto ; GUIMARÃES, Jorge Almeida . Dynamics constraints involved in FXIa, FXa and thrombin specificity. In: Workshop on Molecular Modeling in Biophysics: Methods and Applications, 2002, Rio de Janeiro, 2002.

• de AMORIM, H. L. N. ; NETZ, Paulo Augusto ; GUIMARÃES, Jorge Almeida . Nanoscale Molecular Dynamics Simulations of Thrombin: Perspectives to Drug Design. In: 15th Annual Symposium of the Protein Society, 2001, Philadelphia. Protein Science. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. v. 10. p. 208-208.

• de AMORIM, H. L. N. ; NETZ, Paulo Augusto ; GUIMARÃES, Jorge Almeida . Molecular Dynamic Simulations: An Insight on the Allosteric Behavior of Thrombin. In: XXX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2001, Caxambú, 2001.

• de AMORIM, H. L. N. ; NETZ, P. A. ; GUIMARÃES, J. A. . Conformational Transitions in Human Thrombin: Effect of the Interaction with Hirudin(Gly54-Gln65) and Glycyrrhizin. In: XXIX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2000, Caxambú, 2000.

• de AMORIM, H. L. N. ; NETZ, P. A. ; GUIMARÃES, J. A. . Estudo de estados alostéricos da trombina através de simulações de dinâmica molecular. In: XXVI Congresso dos Químicos Teóricos de Expressão Latina, 2000, Caxambú, 2000.

• de AMORIM, H. L. N. ; COSTA, V. E. U. ; LIVOTTO, P. R. ; HALFEN, R. A. P. ; POHLMANN, A. ; MORISSO, F. D. P. ; ALIFANTES, J. ; AXT, M. ; LÁPIS, A. A. M. ; NICHELE, A. G. ; MARTINS, J. E. D. ; WAGNER, K. ; KANTO, K. F. S. . Síntese, RMN e Aplicações de Derivados Policíclicos Tensos. In: V Encontro de Química da Região Sul, 1997, Porto Alegre, 1997.

• de AMORIM, H. L. N. ; COSTA, V. E. U. . Chemoenzimatic Stereoselective Synthesis of 2-hydroxymethyl-5,6-epoxy-3,4,5,6-tetrahydro-2H-pyran, an Intermediate to Preparation of Sugar Analogues. In: VII Brazilian Meeting on Organic Synthesis, 1996, Rio de Janeiro, 1996.

• de AMORIM, H. L. N. ; COSTA, V. E. U. ; ALTENBACH, H. J. ; KREUTZ, O. C. ; SCHROEDER, E. K. . Uso de Enzimas para Resolução Enantiomérica. In: XVIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 1995, Caxambú, 1995.

• de AMORIM, H. L. N. ; FONTOURA, Luiz Antônio Mazzini . Aplicação da CCD à Síntese Orgânica. In: Encontro de Debates sobre o Ensino de Química, 1993, Porto Alegre, 1993.

• RUSSO, Cristina da Cunha ; de AMORIM, H. L. N. ; GUIMARÃES, Jorge Almeida . Modeling and docking of factor IXa and an anticoagulant peptide. Biophysical Journal , Bathesda, USA, v. 88, n.1, p. 217-217, 2005.

• de AMORIM, H. L. N. . Aspectos práticos relacionados com o estudo in silico da interação ligante-receptor. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• de AMORIM, H. L. N. . Aspectos práticos relacionados com o estudo in silico da interação ligante-receptor. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• de AMORIM, H. L. N. . Simulação de Proteínas. 2015. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• de AMORIM, H. L. N. . Relatório das Conclusões do GT Outras Áreas. 2010. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

• Azevedo FHC ; LANGE, J. R. ; OLIVEIRA, R. F. ; BATISTA, L. A. ; de AMORIM, H. L. N. . In Silico Screening and Analysis of Potential Inhibitors of Arylamine N-Acetyltransferases (NATs) from the Traditional Chinese Medicine: A Study Using Free Available Tools 2017 (Preprint).

• Rossetti, Maria Lucia Rosa ; Silva, Pedro Eduardo Almeida da ; GROLL, A. V. ; Costa, Elis Regina Dalla ; de AMORIM, H. L. N. . An In Silico Study of a Novel rpoB Insertion in a Cluster of Clinical Strains of Mycobacterium tuberculosis Highly-Rifampicin Resistant 2017 (Preprint).

• VOET, Donald ; VOET, Judit . Bioquímica, 3a. ed. Porto Alegre: Artmed, 2006 (Consultoria, supervisão e revisão técnica).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2015 - Atual

  Prospecção in silico de inibidores seletivos da 11-beta hidroxiesteroide desidrogenase tipo 1 (11-HSD1) com perspectivas de prevenção de danos à pele, Descrição: Na pele, o excesso do cortisol pode limitar o reparo tecidual, regulando de forma negativa a cicatrização de feridas e a integridade cutânea, bem como sua produção está associada ao processo de envelhecimento cutâneo. O cortisol é sistematicamente liberado em resposta a vários fatores de estresse, físico e psicológico, sendo que nos tecidos sua concentração é modulada pelas isoenzimas da família 11-beta hidroxiesteroide desidrogenase (11-HSD), responsáveis pela ativação e inativação dos glicorticóides. Portanto, estes aspectos incentivam o planejamento de inibidores seletivos da 11-HSD1 para uso tópico de forma a combater efeitos indesejados da alta concentração de cortisol. Desta forma, este trabalho tem como objetivo de usar métodos in silico para filtrar, dentre bibliotecas de ligantes virtuais como ZINC e PubChem, inibidores seletivos da 11-HSD1.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado profissional: (1) . , Integrantes: Hermes Luís Neubauer de Amorim - Coordenador / Joveline Richardt Lange - Integrante / DANIELLE DUTRA ALBRECHT - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2012 - Atual

  POLIMORFISMOS NAS ENZIMAS DA SUBFAMÍLIA CITOCROMO P450 2E1 (CYP2E1): EFEITOS SOBRE A ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL, DINÂMICA MOLECULAR E FUNÇÃO, Descrição: A enzima citocromo P450 2E1 (CYP2E1) é fundamental do ponto de vista farmacológico e toxicológico, uma vez que está envolvida nos processos de metabolização de compostos e fármacos como o etanol, acetaminofeno, benzeno e clorzoxasona. No fim da década de 90, foi descoberto um polimorfismo atribuído a CYP2E1, caracterizada uma mutação funcional com substituição R76H. Esta mutação é responsável por uma atividade enzimática reduzida para determinados substratos. Logo, a compreensão das interações e mecanismos moleculares envolvendo as isoformas selvagem e mutante da CYP2E1 torna-se imprescindível para o planejamento e desenvolvimento de fármacos, visando otimizar a especificidade, seletividade e etapas que compreendem os processos ADMET. Objetivos específicos do projeto: Parametrizar e validar modelos para modelagem da interação de substratos e inibidores selecionados das enzimas da subfamília CYP2E1. Avaliar e correlacionar em termos estruturais e dinâmicos as interações intramoleculares decorrentes de mutações em enzimas da subfamília CYP2E1. Desenvolver e validar a aplicação dos filtros de docagem em simulações de dinâmica molecular. Desenvolver e validar protocolos de validação estatística dos resultados obtidos. Correlacionar mutações pontuais em enzimas da subfamília CYP2E1 em termos de função e reconhecimento molecular. Implementar suíte para automatização de simulações por docagem em ensembles conformacionais.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Hermes Luís Neubauer de Amorim - Coordenador / Luis André Batista - Integrante / RICARDO FERREIRA DE OLIVEIRA - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2010 - Atual

  PLANEJAMENTO DE INIBIDORES SELETIVOS DA ENZIMA ARILAMINA N-ACETILTRANSFERASE (NAT), Descrição: Arilaminas N-acetitransferases (NATs) são enzimas citosólicas altamente polimórficas, presentes tanto em eucariotos quanto em procariotos. Estas enzimas desempenham importante papel na detoxificação e ativação metabólica de xenobióticos, além da síntese de compostos endógenos importantes. No proteoma humano, as NATs são encontradas em duas formas, NAT1 e NAT2. Altamente homólogas, essas formas estão relacionadas com o metabolismo da acetil-CoA, bem como a acetilação de metabólitos N-hidroxilados, influenciando assim a atividade biológica e toxicidade desta classe de compostos químicos. NATs também estão presentes no proteoma de diversos procariotos, incluindo micobactérias como, por exemplo, o M. tuberculosis (TBNAT), o M. marinum (MMNAT) e o M. smegmatis (MSNAT). Em M. tuberculosis há evidências sugerindo que a TBNAT é importante para o crescimento e desenvolvimento do bacilo, atuando na síntese normal de ácidos micólicos e, consequentemente, outros componentes derivados da parede celular. Em humanos a hiperatividade da NAT1 tem sido relacionada a ocorrência de diversos tipos de câncer com resistência a quimioterapia. A soma dos fatores mencionados, a relevância metabólica e o envolvimento na resistência a fármacos, colocam a TBNAT e NAT1 como alvos interessantes para o planejamento de fármacos voltados para o tratamento da TB resistente e alguns tipos de câncer. Contudo, a alta semelhança estrutural compartilhada entre as NATs humanas (NATH) e as NATs bacterianas representa um desafio para o planejamento de inibidores seletivos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Hermes Luís Neubauer de Amorim - Coordenador / Francisco Honeidy Carvalho Azevedo - Integrante / Joveline Richardt Lange - Integrante / Lucas Sempé Obach - Integrante., Número de produções C, T & A: 5

• 2005 - Atual

  Planejamento de fármacos anti-câncer, Descrição: De forma geral, neste projteto são usados métodos CADD (computer assisted drug design) no estudo da interação entre compostos com atividade anti-câncer com o DNA. Os objetivos compreedem o desenho de novas estruturas com potencial anti-câncer. Os estudos de CADD devem orientar a síntese de novos compostos, de forma que estes possam ser testados com relação a atividade biológica in vitro e in vivo.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Hermes Luís Neubauer de Amorim - Integrante / Paulo Augusto Netz - Coordenador / João Pegas Henriques - Integrante / Jenifer Saffi - Integrante / Rafael Andrade Cacereces - Integrante., Financiador(es): Universidade Luterana do Brasil - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2003 - 2007

  Emprego de técnicas de Bioinformática Estrutural para identificação e caracterização de assinaturas de subfamílias funcionais na Superfamília das Fosfolipases, Descrição: As fosfolipases compreendem uma grande família de proteínas inicialmente identificadas pela sua atividade hidrolítica contra glicerofosfolipídeos. Atualmente, sabe-se que muitas proteínas classificadas como fosfolipases não apresentam atividade catalítica, estando, por exemplo, envolvidas em processos de sinalização e modulação celular decorrentes da interação destas com outras proteínas. Além disto, a despeito da conservação de seqüência e estrutura, são conhecidadas diversas fosfolipases de ação tóxica. Neste projeto são empregadas técnicas de modelagem molecular, simulação de dinâmica molecular e de bioinformática clássica com o objetivo de entender as bases estruturais das diferentes funções biológicas e bioquímicas apresentadas por estas enzimas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Hermes Luís Neubauer de Amorim - Coordenador / Cristina Russo - Integrante / Jorge A Guimarães - Integrante / Fabiano Passini - Integrante / Tiago Charão de Oliveira - Integrante., Financiador(es): Universidade Luterana do Brasil - Remuneração / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2003 - 2006

  Emprego de técnicas de Bioinformática Estrutural para identificação e caracterização de assinaturas de subfamílias funcionais na Superfamília das Serpinas, Descrição: Serpinas (do inglês, serpins = serine proteinases inhibitors) representam uma superfamília de proteínas regulatórias, constituídas por 350 a 500 aminoácidos. As serpinas apresentam uma grande variedade de funções biológicas incluindo, por exemplo, a inibição de serino-proteinases das famílias da tripsina e da quimotripsina. Atualmente há um interesse crescente em torno das serpinas, oriundo principalmente em decorrência da importância destas para o campo da saúde. Neste caso, está bem estabelecido que mutações pontuais nestas proteínas estão associadas a um grande número de doenças (por exemplo, certas desordens relacionadas com a coagulação sangüínea, o efisema pulmonar, a cirrose além de um certo número de doenças mentais). Centenas proteínas da família das serpinas já foram identificadas em virus e em eucariotos superiores. Neste caso, é importante notar que as serpinas representam uma superfamília de proteínas que são estruturalmente semelhantes, mas que apresentam funções biológicas diferentes. Enquanto que a maioria das serpinas inibe as serino-proteinases das famílias da tripsina e da quimotripsina, há muitas serpinas apresentam características inibitórias frente a proteínas de outras famílias ou, ainda, não apresentam atividade inibitória. Nesta última subclasse de serpinas estão presentes proteínas que possuem diversos papéis biológicos, tais como o transporte de hormônios e a regulação da pressão sangüínea. Os objetivos gerais deste projeto são: (A) Utilizando Modelos Ocutos de Markov (MOMs), propor uma metodologia para a classificação de subfamílias funcionais dentro da superfamília das serpinas; (B) Empregar, conjuntamente com MOMs, métodos de Bioinformática Estrutural no estudo das serpinas, visando o melhor entendimento estrutural e funcional destas proteínas; (C) Contribuir para o desenvolvimento de agentes terapêuticos visando o tratamento das desordens originadas por serpinas mutantes.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Hermes Luís Neubauer de Amorim - Integrante / Cristina Russo - Integrante / Jorge A Guimarães - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Universidade Federal do Rio Grande do Sul - Cooperação / Universidade Luterana do Brasil - Remuneração.

• 1998 - Atual

  Planejamento de Fármacos com Potencial Anticoagulante, Descrição: A glicirrizina (ácido 18-beta-glicerritínico-3-O-beta-D-glucuronopiranosil-(1->4)-beta-D-glucuronideo, GL) foi identificada por nosso grupo como um inibidor natural, o primeiro de origem vegetal, da trombina. GL é uma saponina triterpenóide constituída por uma molécula de ácido glicirrético (GA) e duas moléculas de ácido glucurônico (GU). A glicirrizina é conhecida por apresentar atividade anti-inflamatória, anti-alergênica, antiviral, anticarcinogênica, além de ser bloqueadora da ligação de quinase. Outras atividades descritas incluem o efeito inibidor da produção PAF por neutrófilos e a inibição da migração de leucócitos presentes em sítios de inflamação. Em trabalho de nosso grupo foi sugerido que a atividade anticoagulante da glicirrizina decorre de sua capacidade de ligação no exosítio 1 de ligação de ânions (E1LA) da a-trombina. A despeito de sua atividade anticoagulante, foi observado que o efeito inibitório da glicirrizina situa-se na faixa do micromolar, o que sugere que a interação glicirrizina-trombina é de baixa afinidade. Como abordagem inicial dentro do projeto de desenho de ligantes de trombina baseados na glicirrizina, é necessário que se faça o reconhecimento detalhado das interações atômicas entre GL e o E1LA da trombina. Para tanto, técnicas de modelagem molecular serão empregadas para a obtenção de um modelo teórico da estrutura do complexo ternário trombina-glicirrizina. A partir deste, estão sendo desenhadas novas estruturas derivadas de GL afim de determinar quais compostos possuem maior afinidade e seletividade para com a trombina. Estes estudos orientarão a síntese de compostos para serem avaliados com relação ao potencial anticoagulante.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Hermes Luís Neubauer de Amorim - Coordenador / Jorge Almeida Guimarães - Integrante / João Alexandre R G Barbosa - Integrante / Rafael Andrade Caceres - Integrante., Financiador(es): Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade Federal do Rio Grande do Sul - Cooperação / Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais - Cooperação / Universidade Luterana do Brasil - Remuneração / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro.

Prêmios