Paulo augusto Netz

Paulo Augusto Netz possui graduação em Química pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (1989), mestrado em Química pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (1992) e doutorado em Química pela Universität Bielefeld, Alemanha (1997). Possui pós-doutoramento na Universität Bielefeld (1997) e no Max Planck Institut für Polymerforschung (Mainz, Alemanha, 2014-2015). Atualmente é professor titular da Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Publicou 72 artigos em periódicos especializados e 88 trabalhos em anais de eventos. Possui 2 livros publicados e 4 capítulos de livros. Orientou 8 dissertações de mestrado, 5 teses de doutorado, 3 supervisões de pós-doutorado, co-orientou 4 dissertações de mestrado e 2 teses de doutorado, orientou 21 trabalhos de iniciação científica e 14 trabalhos de conclusão de curso nas áreas de Química, Farmácia, Ensino de Química e Física. Atualmente orienta 1 trabalho de iniciação científica, 1 dissertação de mestrado, e 2 teses de doutorado. Entre 1999 e 2005 coordenou 3 projetos de pesquisa. Atualmente coordena 4 projetos de pesquisa. Atua na área de Química, com ênfase em Química Teórica. Em suas atividades profissionais interagiu com mais de 50 colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos. Em seu currículo Lattes os termos mais freqüentes na contextualização da produção científica, tecnológica e artístico-cultural são: Dinâmica Molecular, Simulação, Educação em Química, Água, físico-química, Difusão, cinética química, Difusão em Géis, Multimeios e Físico-Química de Polímeros.

Informações coletadas do Lattes em 11/09/2024

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Química

1992 - 1997

Universitat Bielefeld
Título: Computerexperimente zur Struktur, Dynamik und Diffusion in Polyacrylamidgelen
Orientador: Thomas Dorfmüller
Bolsista do(a): Deutscher Akademischer Austauschdienst, DAAD, Alemanha. Palavras-chave: simulação; Físico-Química de Polímeros; Géis; Difusão em Géis; Fractais; dinâmica molecular. Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química / Especialidade: Química do Estado Condensado. Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada / Especialidade: Propriedades de Transportes de Matéria Condensada (Não Eletrônica). Setores de atividade: Desenvolvimento de Novos Materiais.

Mestrado em Química

1990 - 1992

Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Título: Simulação Computacional de Processos de Reticulação: Aplicação do Método de Monte Carlo no Estudo da Cura de Resinas Epóxi com Anidrido e Amina Terciária como Iniciador
, Ano de Obtenção: 1992.Dimitrios Samios.Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: simulação; Polímeros; Método de Monte Carlo; Reticulação; Físico-Química de Polímeros; Agregação. Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química / Especialidade: Química Teórica. Setores de atividade: Desenvolvimento de Novos Materiais.

Graduação em Química

1985 - 1989

Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Pós-doutorado

2014 - 2015

Pós-Doutorado. , Max Planck Institut für Polymerforschung, MPIP, Alemanha. , Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

1997 - 1997

Pós-Doutorado. , Universität Bielefeld, UB, Alemanha. , Bolsista do(a): Graduiertenkolleg Strukturbildungsprozesse Universität Bielefeld, GK - UB, Alemanha. , Grande área: Ciências Exatas e da Terra, Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada / Especialidade: Propriedades de Transportes de Matéria Condensada (Não Eletrônica).

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Pouco.

Alemão

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química/Especialidade: Química Teórica.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral/Especialidade: Física Estatística e Termodinâmica.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química/Especialidade: Química do Estado Condensado.

Grande área: Ciências Humanas / Área: Educação / Subárea: Ensino-Aprendizagem/Especialidade: Tecnologia Educacional.

Organização de eventos

Kaline Coutinho ; Elizete Ventura do Monte ; MARQUES, A. S. ; VILELA, A. A. ; BORGES JR., I. ; ANGEIRAS, J. ; COSTA, L. A. S. ; MORGON, N. ; NETZ, P. A. . XIX Simpósio Brasileiro de Química Teórica. 2017. (Congresso).

Degreve, L. ; Rocha, A. B. ; SKAF, M. S. ; NETZ, P. A. ; Araújo, R.C.M.U. ; Resende, S.M. ; Magela e Silva, G. . XV Simpósio Brasileiro de Química Teórica. 2009. (Congresso).

ALMEIDA, W. B. ; SILVA, A. B. F. ; BRUNS, R. ; ARBILLA, G. ; PAVAO, A. C. ; ROCHA FILHO, T. M. ; NETZ, P. A. ; BARONE, P. M. V. B. ; DUARTE, H. A. . XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica. 2001. (Congresso).

Participação em eventos

Autoorg 7th Meeting on Self Assembly Structures in Solution and at Interfaces. 2022. (Congresso).

III SQTEA – Simpósio de Química Teórica e Estrutural de Anápolis.Dynamical and Structural Behavior of Supercooled Water. 2022. (Simpósio).

Liquid Matter Conference. Molecular dynamics simulations of structural and dynamical aspects of DNA hydration water. 2021. (Congresso).

XXI Simpósio Brasileiro de Química Teórica.Supercooled DNA hydration water: dynamical and structural aspects. 2021. (Simpósio).

Participação em bancas

Aluno: Erlí José Padilha Júnior

TESSARO, I. C.; MARCILIO, N. R.; CARDOZO, N. S. M.; SOARES, R. P.;NETZ, P. A.. Análise de Equações de Estado para polímeros. 2014. Dissertação (Mestrado em Engenharia Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Daiane Canabarro Leite

NETZ, P. A.; FERRÃO, M. F.; TSAO, M.; Silveira, N. P.. Estudo Teórico-Experimental de complexo metálico da amilopectina. 2013. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Caio César Ferreira Florindo

Bassi, A.B.M.S.; Aparício, R.;NETZ, P. A.. Estudos de Estados Estáveis e não estáveis através da termodinâmica dos processos homogêneos em meios contínuos. 2012. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Andresa da Costa Ribeiro

SILVEIRA, Nádya Pesce da;NETZ, P. A.; SOARES, R. M. D.; WYRVALSKI, C. N.; BALZARETTI, N. M.; NACHTIGALL, S. M. B.. Estudo estrutural da gliadina para aplicação em biomateriais. 2012. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Luana de Almeida Fiel

NETZ, P. A.; BECK, R. C. R.; TEIXEIRA, H. F.; Pohlman, A. R.. Espalhamento múltiplo de luz em temperatura variável: um método inovador para determinação dos parâmetros termodinâmicos de dispersões coloidais. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: André de Oliveira Guerrero

NETZ, P. A.; Aparício, R.; Bassi, A.B.M.S.. Aplicação da termodinâmica dos meios homogêneos ao estudo de estados metaestáveis e instáveis. 2010. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Edson Fauth Vargas Filho

NETZ, P. A.; Termignoni, C.; Dardenne, L.; Verli, H.. Caracterização Estrutural e Conformacional de Toxinas da Família das Actinoporinas. 2010. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Gabriela Bernardes Escouto

NETZ, P. A.; Gosmann, G.; Termignoni, C.; Verli, H.. Caracterização molecular da enzima heparinase II de Flavobacterium heparinum através de simulações de dinâmica molecular. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Cláudio Ricardo da Silva Carvalho

NETZ, P. A.; GELLER, M.; Linardi, P.R.;Serrano, A.. Simulação Computacional: um instrumento que influencia e potencializa conceitos nas representações simbólicas no ensino da geometria molecular. 2009. Dissertação (Mestrado em Ensino de Ciências e Matemática) - Universidade Luterana do Brasil.

Aluno: André Luciano Pasinato da Costa

SOUZA, O. N.;NETZ, P. A.; SCHROEDER, E.; SOUTO, A. A.. Estudo da interação da 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase de Mycobacterium tuberculosis com o complexo inorgânico Isoniazida-pentacianoferrato por simulação dinâmica molecular. 2008. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

Aluno: Cristina Russo

NETZ, P. A.. Modelagem de serino-proteinases e de inibidores com ferramentas de Bioinformática estrutural. 2006. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Claudia Carobin Orlandi

NETZ, P. A.; MALDANER, O. A.; GELLER, M.. Um estudo sobre a utilização de simulações computacionais no ensino do equilíbrio químico. 2004. Dissertação (Mestrado em Pós Graduação Em Ciências Ppgcien) - Universidade Luterana do Brasil.

Aluno: Edson Bernardi

NETZ, P. A.; LIVOTTO, Paolo R.; SKAF, M. S.. Dinâmica molecular de solvatação de um soluto monoatômico em argônio e a teoria da resposta linear.. 2004. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Érica Teixeira Prates

NASCIMENTO, A. S.;NETZ, P. A.; SILVA, R. A. N.; Aparício, R.; SKAF, M. S.. Dinâmica Molecular de Hidrolases para Sacarificação de celulose e proteínas correlatas. 2013. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: André Assunção da Silva Teixeira Ribeiro

ALENCASTRO, R. B.;NETZ, P. A.; Rocha, A. B.; COUTINHO, K. R.; CAFFARENA, E. R.. Simulações Híbridas Monte Carlo/Dinâmica Molecular de Sistemas Biológicos. 2012. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Físico-Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Fernanda Marur Mazzé

Degreve, L.; DIAS, L. G.;NETZ, P. A.; Custódio, R.; Gomide Freitas, L. C.. Proteínas envolvidas na etapa de brotamento do vírus HIV-1: estudos por simulação molecular. 2008. Tese (Doutorado em Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão PReto -USP) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Eduardo Fischli Laschuck

NETZ, P. A.; TAKAHATA, Yuji; GONÇALVES, Paulo F B; LIVOTTO, Paolo R.. Novo Formalismo Semi-Empírico para Cálculos Químico-Quânticos. 2005. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Márcio Marques Martins

NETZ, P. A.; LIVOTTO, Paolo R.; SKAF, M. S.; DANI, S.. Influência de Parâmetros Moleculares em Funções de Correlação Temporal na Dinâmica de Solvatação. 2004. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Paulo F

NETZ, P. A.; LIVOTTO, Paolo R.; Custódio, R.; Gomide Freitas, L. C.. B. Gonçalves. Novos modelos para o cálculo de energia livre de solvatação em simulações de Dinâmica Molecular. 2003. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Silvia Dani

NETZ, P. A.; Degreve, L.; Silveira, N. P.; LIVOTTO, Paolo R.. Simulação computacional por Dinâmica Molecular de propriedades de equilíbrio e espectroscópicas de misturas líquidas CS2/C6H6. 2003. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Leonardo Uhlmann Soares

LASCHUK, E.F.; STASSEN, H. K.;NETZ, P. A.; LIVOTTO, Paolo R.. Cálculos Teóricos das reações de abstração de H do etanol através de métodos de estrutura eletrônica com base CC e modelos de extrapolação. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Jones de Andrade

LIVOTTO, Paolo R.;NETZ, P. A.; DIEHL, A.. Líquidos iônicos e solventes perfluorados – desenvolvimento de campo de força, validação de estudo de propriedades físicas. 2007. Exame de qualificação (Doutorando em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Paulo F

NETZ, P. A.; LIVOTTO, Paolo R.;SAMIOS, D.. B. Gonçalves. Novos modelos para o cálculo de energia livre de solvatação. 2002. Exame de qualificação (Doutorando em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Daiane Canabarro Leite

NETZ, P. A.; TSAO, M.; SILVEIRA, Nádya Pesce da. Estudo Teórico-Experimental de complexo metálico da amilopectina. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Luis Andre Baptista dos Santos

Netz, Paulo A.; FONTOURA, L. M.; AMORIM, H. L. N.. Avaliação computacional da interação ligante-receptor: um estudo sobre os métodos de docagem on the fly e linear interaction energy. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Química) - Universidade Luterana do Brasil.

Aluno: Ueiler Lisoski Duarte

NETZ, P. A.; STASSEN, H. K.; PEZZI, R. P.. Estudo computacional da agregação de polipeptídeos AgB8/1, AgB8/2 e AgB8/3. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Marcia Ilone Klipstein Weissheimer

Netz, Paulo Augusto; STASSEN, H. K.; PEZZI, R. P.. Efeito da transferência de carga em propriedades de líquidos iônicos contendo o cátion 1-butil-3-metil-imidazólio. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Emanuelle Lazzaretti

STASSEN, H. K.; BICA, C. I. D.;NETZ, P. A.. Separação de Biodiesel e Glicerol Utilizando Líquido Iônico baseado em cátions EMI. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Anderson Azeredo Souza

NETZ, P. A.; FERRAZ, A.B.F.; AMORIM, Hermes L Neubauer de. Análise Computacional da Interação da Hiperforina com as Proteínas SERT e PXR. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Química) - Universidade Luterana do Brasil.

Aluno: Danusa Aríete Kroetz

NETZ, P. A.. Uma estratégia de uso de práticas experimentais e simulação computacional para o ensino de Teoria Cinética dos Gases. 2006. Outra participação, Universidade Luterana do Brasil.

Aluno: Raquel da Silva Leviski

NETZ, P. A.; SILVEIRA, Nádya Pesce da. Estudos Computacionais da Bicamada Lipídica POPE/POPG com polipeptídeo Moricina. 2005. Outra participação, Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Netz, Paulo A.; Hölzle, L.R.B.; Pavan, F.. Banca Avaliadora no Concurso Público para Professor da UNIPAMPA - Bagé. 2008. Universidade Federal do Pampa.

NETZ, P. A.; LIVOTTO, Paolo R.; ALVES, M. C. M.. Banca da sessão de Química e Física Teóricas do XVIII Salão de Iniciação Científica UFRGS. 2006. Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Orientou

Guilherme Pinheiro da Silva

Estudo computacional de interações de fármacos aprovados com proteínas Spike da SARS-CoV-2; Início: 2022; Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; (Orientador);

Ezequiel Lorenzett

Estudo computacional das propriedades dinâmicas e estruturais da água sob regimes de confinamento e osmose reversa; Início: 2024; Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Thiago Antonio Valdez Garcia

Estudos computacionais da degradação enzimática de poliuretanos; Início: 2021; Tese (Doutorado em PPGQ/UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; (Orientador);

Anderson Jader Antunes Brizola dos Santos

Determinação de estruturas intermediárias no processo de enovelamento da proteína ciclo-oxigenase-2 (COX 2) através de simulação computacional combinado com espectrometria de massa auxiliada a rápida marcação oxidativa e desenvolvimento de possíveis inibidores; Início: 2017; Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

José Adriano da Silva

Início: 2024; Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico;

André José da Rosa

Métodos de energia livre no estudo da interação proteínas-ligantes em alvos relevantes do Coronavírus; Início: 2023; Iniciação científica (Graduando em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Ícaro Ariel Simon

Modelagem molecular no estudo das interações receptor-ligante e no desenho racional de inibidores da biossíntese de petrobactina em Bacillus anthracis: dehidroshikimato desidratase como alvo de novas terapias anti-antraz; 2016; Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Guilherme Kilpp Gonzatti

Investigação computacional da vitrificação da água de solvatação do DNA; 2015; Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Luis Andre Baptista dos Santos

Estudo do mecanismo de associação e dissociação dos ligantes netropsina e hoechst 33258 frente a diferentes sequências de DNA; 2015; Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Vanessa Petry do Canto

Estudo da interação das Monoaminoxidases A e B com possíveis inibidores derivados da 1,4-Naftoquinona através de metodologias computacionais; ; 2014; Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Cristina Gavazzoni

Anomalias dinãmicas e termodinâmicas em um modelo de dímeros com interação de duas escalas; 2012; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: Paulo Augusto Netz;

Tiago Espinosa de Oliveira

Análise computacional da interação entre novas bases de tröger fluorescentes e o oligonucleotídeo(B-DNA) via docking e dinâmica molecular; ; 2012; Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, ; Coorientador: Paulo Augusto Netz;

Helen Nathalia Thompson

Mudanças estruturais na proteína príon celular induzidas por alteração de pH; 2012; Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, ; Coorientador: Paulo Augusto Netz;

Clarisse Gravina Ricci

Investigação computacional dos mecanismos de interação entre bases de Tröger e o DNA; 2010; Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Alex Sandro Cardoso de Andrade

Dinâmica Molecular do Fármaco Antitumoral Ecteinascidina e sua interação com o DNA; 2008; 0 f; Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, ; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Ricardo Luiz de Oliveira

O uso de analogias no ensino da química; 2006; Dissertação (Mestrado em Pós Graduação Em Ciências Ppgcien) - Universidade Luterana do Brasil, ; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Osvaldo Balen

Modelagem e Simulação Computacional: uma aplicação ao ensino de Ciências; 2004; Dissertação (Mestrado em Ensino de Ciências e Matemática) - Universidade Luterana do Brasil, ; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Leandro Greff da Silveira

Estudos Teóricos da Reação de Alquilação Desracemizante em Enaminas Quirais; 2004; Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: Paulo Augusto Netz;

José Daniel Souza

Identificação de obstáculos epistemológicos e elaboração de materiais didáticos para o ensino de Físico-Química; ; 2023; Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Paulo Augusto Netz;

José Adriano da Silva

Estudo do mecanismo de crescimento de nanobastões de ouro em sistemas coloidais através de cálculos de dinâmica molecular; 2020; Tese (Doutorado em Química e Biotecnologia) - Universidade Federal de Alagoas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Paulo Augusto Netz;

Vanessa Petry do Canto

Estudo computacional da degradação enzimática de polímeros: aplicação a resíduos de poliuretano; 2019; Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Luis Andre Baptista dos Santos

Estudo do processo de desenovelamento de oligoribonucleotídeos por dinâmica molecular de não equilíbrio; 2019; Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Cristina Gavazzoni

Congelamento de Água Confinada em Nanotubos de Fosfato de Alumínio; 2017; Tese (Doutorado em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: Paulo Augusto Netz;

Tiago Espinosa de Oliveira

Investigação Computacional das Propriedades Estruturais,Termodinâmicas e Dinâmicas de Hidrogéis Termossensíveis; 2016; Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, ; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Fábio dos Santos Grasel

Investigação da Interação de Ligantes Fluorescentes Derivados de Benzazóis com B-DNA por Docking e Dinâmica Molecular, Ano de obtenção; 2013; Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, ; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Rodrigo dos Santos Fuscaldo

2022; Universidade Federal do Rio Grande do Sul, ; Paulo Augusto Netz;

Tiago Espinosa de Oliveira

2018; Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Paulo Augusto Netz;

Ricardo Fagundes da Rocha

2016; Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Paulo Augusto Netz;

Eduardo Ramires Kuhn

Estudo computacional de docagem e dinâmica molecular sobre o mecanismo de ação do Molnupiravir sobre o Coronavírus SARS-CoV-2; 2023; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Maurício Jaeger Soares

Estudo de dockagem molecular dos componentes do medicamento Paxlovid TM com a proteína M pro do vírus SARS-CoV-2; 2023; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Alexandre Cardoso Capsi Pires

Análise da viabilidade de peptídeos como inibidores da enzima DPP-IV via docagem molecular; 2023; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

José Daniel Souza

Identificação de obstáculos epistemológicos no livro Físico-química I de Luiz Pilla; 2022; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Guilherme Pinheiro da Silva

Estudo sobre a ocorrência natural de fluidos supercríticos no Planeta Vênus ; ; 2021; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Ricardo Fagundes da Rocha

Utilização de um aplicativo como ferramenta educacional para o ensino de química; 2018; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Ícaro Ariel Simon

Desenvolvimento de inibidores da biossíntese de petrobactina: deidroshikimato desidratase como alvo de terapias anti-antraz; 2015; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Guilherme Kilpp Gonzatti

Estudo numérico da cinética de supra-agregação em dispersões coloidais; 2012; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Vanessa Petry do Canto

Estudo da interação da menadiona com as monoaminooxidases A e B via Docking e Dinâmica Molecular; 2011; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Melina Mottin

Estudo da Reatividade da Saframicina A frente a oligonucleotídeos via Docagem e Dinâmica Molecular; 2009; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Farmácia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Clarice Gravina Ricci

A, B e Z-DNA: Caracterização Conformacional e Importância Biológica; 2007; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Farmácia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Alex Sandro Cardoso de Andrade

Uso de ferramentas computacionais no ensino da cinética química; 2004; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Química) - Universidade La Salle - Canoas; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Adriana Simane Camera

Uso de Softwares no Estudo dos Estados de Agregação da Matéria; 2004; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Química) - Universidade La Salle - Canoas; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Vanderlei Dihl Noggi

Modelagem Molecular de Moléculas de Interesse Biológico; 1999; 0 f; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Química) - Universidade Luterana do Brasil; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Pedro Antonio Bastiani Paganelli

Docking e simulação de fármacos promissores no tratamento da Covid-19; 2023; Iniciação Científica; (Graduando em Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Eduardo Ramires Kuhn

Métodos computacionais no estudo das interações ligantes-proteínas em sistemas de interesse medicinal; 2022; Iniciação Científica; (Graduando em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Daniel Baldin Franceschini

Métodos computacionais no estudo das interações ligantes-proteínas em sistemas de interesse medicinal; 2019; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Augusto Netz;

MIGUEL BARBEDO ZACOUTEGUY

Simulação computacional da interação entre hidroxiapatita e biomoléculas; 2019; Iniciação Científica; (Graduando em engenharia química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Brenda Borges Xavier

Métodos de energia livre no estudo da interação proteínas-ligantes; 2018; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Gabriel Araújo de Souza

Estudos computacionais da interação entre DNA e ligantes via docking e dinâmica molecular; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Augusto Netz;

NATHÁLIA HENRICH CORREIA

Estudos computacionais da interação entre DNA e ligantes via docking e dinâmica molecular; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Matheus Heydrich Machado

Estudo das propriedades anômalas da água; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Allan de Moraes Lisboa

Simulação de interação de ligantes com o DNA; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Guilherme Kilpp Gonzatti

Comportamento termodinâmico e dinâmico de fluidos com potencial soft-core shoulder; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Jacqueline Dalla Vechia

Estudos computacionais de hidrogéis para o desenvolvimento de materiais biomiméticos com aplicação em medicina; ; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Química Industrial) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Mauro Safir Filho

Renato Krebs Rosa

Estudos computacionais da interação entre DNA e ligantes via docking e dinâmica molecular; 2011; Iniciação Científica; (Graduando em engenharia química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Leticia dos Santos Silva

Estudos Computacionais da interação entre DNA e ligantes via docking e dinâmica molecular; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Augusto Netz;

MARLON PEREIRA DA SILVA

Estudos computacionais da interação entre DNA e ligantes via docking e dinâmica molecular; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em engenharia química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Helen Natalia Thompson

Simulação Computacional de Moléculas de Interesse Biológico; 2008; Iniciação Científica; (Graduando em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Thomas Michael Bartlett

Simulação Computacional de Moléculas de Interesse Biológico; 2007; Iniciação Científica; (Graduando em engenharia química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Igor Ribeiro da Rosa

Simulação Dinâmica Molecular de Mudanças Conformacionais em Príons; 2006; Iniciação Científica; (Graduando em Química) - Universidade Luterana do Brasil, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Melina Mottin

Simulação computacional de aspectos estruturais e dinâmicos do DNA; 2006; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Adriana Simane Camera

Simulação computacional da água e de outros fluidos anômalos; 2003; Iniciação Científica; (Graduando em Química) - Universidade La Salle - Canoas; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Luis Rodrigo Machado

Simulação Computacional e Modelagem Molecular de Moléculas de Interesse Biológico; 2000; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Química) - Universidade Luterana do Brasil; Orientador: Paulo Augusto Netz;

Produções bibliográficas

FERRARI, CAROLINA RUIS ; DE OLIVEIRA, TIAGO ESPINOSA ; BUZALAF, MARÍLIA AFONSO RABELO ; Netz, Paulo Augusto . Interaction of Statherin-Derived Peptide with the Surface of Hydroxyapatite: Perspectives Based on Molecular Dynamics Simulations. CARIES RESEARCH , v. 58, p. 431-443, 2024.
PINHEIRO, ADRIANA CASTRO ; NUNES, IANKA JACONDINO ; FERREIRA, WESLEY VIEIRA ; TOMASINI, PAULA PELLENZ ; TRINDADE, CRISTIANO ; MARTINS, CAROLINA CRISTÓVÃO ; WILHELM, ETHEL ANTUNES ; OLIBONI, ROBSON DA SILVA ; Netz, Paulo Augusto ; STIELER, RAFAEL ; CASAGRANDE, OSVALDO DE LAZARO ; SAFFI, JENIFER . Antioxidant and Anticancer Potential of the New Cu(II) Complexes Bearing Imine-Phenolate Ligands with Pendant Amine N-Donor Groups. PHARMACEUTICS , v. 15, p. 376, 2023.
MOHAMMED ELGADI, GAZALAH S. ; ELSEGOOD, MARK R. J. ; PATEL, MIHEAL ; NETZ, PAULO. A. ; DE OLIVEIRA, TIAGO E. ; KIMBER, MARC C. . A Family of Bisnaphthyl C 2 -Symmetric and Asymmetric Clefts: Synthesis, Solid-State Structure, and Calculation of the Interplanar Angle. JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY , v. 88, p. 3965, 2023.
SOUZA, JOSÉ DANIEL ; PASSOS, CAMILA GREFF ; Netz, Paulo Augusto . Exploring Bachelard’s Epistemological Obstacles in Physical Chemistry Textbooks: The Case of Thermodynamics Concepts. REVISTA ACTA SCIENTIAE , v. 25, p. 30-58, 2023.
NETZ, PAULO A . Molecular dynamics simulations of structural and dynamical aspects of DNA hydration water. JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER , v. 34, p. 164002, 2022.
CAMARGO DA LUZ, LILIAN ; GÖZDE GÜNDÜZ, MIYASE ; BEAL, ROINEY ; MODERNELL ZANOTTO, GABRIEL ; RAMIRES KUHN, EDUARDO ; AUGUSTO NETZ, PAULO ; 'AFAK, CIHAT ; FERNANDO BRUNO GONÇALVES, PAULO ; DA SILVEIRA SANTOS, FABIANO ; SEVERO RODEMBUSCH, FABIANO . Theoretical and experimental investigation of 1,4-dihydropyridine-based hexahydroquinoline-3-carboxylates: Photophysics and bovine serum albumin binding studies. JOURNAL OF PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY A-CHEMISTRY , v. 429, p. 113915, 2022.
GRÖHS FERRAREZE, PATRÍCIA ALINE ; ZIMERMAN, RICARDO ARIEL ; FRANCESCHI, VINÍCIUS BONETTI ; CALDANA, GABRIEL DICKIN ; Netz, Paulo Augusto ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH . Molecular evolution and structural analyses of the spike glycoprotein from Brazilian SARS-CoV-2 genomes: the impact of selected mutations. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , v. 41, p. 3110-3128, 2022.
ARENHART SOARES, FRANCIELA ; PAULO BIZARRO LOPES, JOÃO ; MICHAEL PILOTTI, RENAN ; RAMIRES KUHN, EDUARDO ; AUGUSTO NETZ, PAULO ; ANTONIO MERLO, ALOIR ; ZUKERMAN SCHPECTOR, JULIO ; ANTONIO CESCHI, MARCO ; FRANCISCATO CAMPO, LEANDRA . Lophine-cinnamoyl hybrids: Synthesis, photophysical properties and a spectroscopic and molecular dynamics approach towards interactions with bovine serum albumin. JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS , v. 367, p. 120376, 2022.
DO CANTO, VANESSA PETRY ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; Netz, Paulo Augusto . Computational studies of polyurethanases from Pseudomonas. JOURNAL OF MOLECULAR MODELING , v. 27, p. 46, 2021.
'ST'FL', ERMAN SALIH ; 'IHO'LU TEPE, ARZUHAN ; Netz, Paulo A. ; SARIKÜRKCÜ, CENGIZ ; KILIÇ, 'BRAHIM HALIL ; TEPE, BEKTA' . Determination of the interaction between the receptor binding domain of 2019-nCoV spike protein, TMPRSS2, cathepsin B and cathepsin L, and glycosidic and aglycon forms of some flavonols. Turkish Journal Of Biology , v. 45, p. 484-502, 2021.
ISTIFLI, ERMAN SALIH ; Netz, Paulo A. ; SIHOGLU TEPE, ARZUHAN ; SARIKURKCU, CENGIZ ; TEPE, BEKTAS . Understanding the molecular interaction of SARS-CoV-2 spike mutants with ACE2 (angiotensin converting enzyme 2). JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , v. 40, p. 12760-12771, 2021.
NARANG, PAYAL ; DE OLIVEIRA, TIAGO E. ; VENKATESU, PANNURU ; Netz, Paulo A. . The role of osmolytes in the temperature-triggered conformational transition of poly( N -vinylcaprolactam): an experimental and computational study. PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS , v. 22, p. 5301, 2020.
DA SILVA, JOSÉ A. ; Netz, Paulo A. ; MENEGHETTI, MARIO R. . Growth Mechanism of Gold Nanorods: the Effect of Tip-Surface Curvature As Revealed by Molecular Dynamics Simulations. LANGMUIR , v. 36, p. 257-263, 2020.
DA SILVA, JOSÉ ADRIANO ; MENEGHETTI, MARIO ROBERTO ; Netz, Paulo Augusto . Molecular Dynamics Simulations of the Structural Arrangement and Density of Alkylamine Surfactants on Copper Surfaces: Implications for Anisotropic Growth of Copper Nanowires. ACS Applied Nano Materials , v. 3, p. 5343-5350, 2020.
DE ANDRADE, JONES ; BRUNO GONÇALVES, PAULO FERNANDO ; Netz, Paulo Augusto . Why does the novel Coronavirus Spike Protein interact so strongly with the human ACE2? A thermodynamic answer.. CHEMBIOCHEM , v. 22, p. 865-875, 2020.
ISTIFLI, ERMAN SALIH ; Netz, Paulo A. ; SIHOGLU TEPE, ARZUHAN ; HUSUNET, MEHMET TAHIR ; SARIKURKCU, CENGIZ ; TEPE, BEKTAS . analysis of the interactions of certain flavonoids with the receptor-binding domain of 2019 novel coronavirus and cellular proteases and their pharmacokinetic properties. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , v. 40, p. 2460-2474, 2020.
SOARES, FRANCIELA ; CESCHI, MARCO ; FRANCESCHINI, DANIEL ; DO CANTO, VANESSA ; NETZ, PAULO ; CAMPO, LEANDRA . Tianeptine Esters Derivatives: A Study of Protein-Drug Interaction Performed by Fluorescence Quenching and Molecular Docking. JOURNAL OF THE BRAZILIAN CHEMICAL SOCIETY , p. 2125, 2019.
DO CANTO, VANESSA PETRY ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; Netz, Paulo Augusto . Polyurethanases: Three-dimensional structures and molecular dynamics simulations of enzymes that degrade polyurethane. JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING , v. 89, p. 82-95, 2019.
DOS SANTOS, M. A. F. ; HABITZREUTER, M. A. ; SCHWADE, M. H. ; BORRASCA, R. ; ANTONACCI, M. ; Gonzatti, G. K. ; NETZ, P. A. ; Barbosa, M. C. . Dynamical aspects of supercooled TIP3P-water in the grooves of DNA. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS , v. 150, p. 235101, 2019.
BAPTISTA, LUIS A. ; Netz, Paulo A. . Single molecule force spectroscopy of a streptomycin-binding RNA aptamer: An out-of-equilibrium molecular dynamics study. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS , v. 151, p. 195102, 2019.
DIEDRICH, DENISE ; WILDNER, ANDREIA C. ; SILVEIRA, THAYSE F. ; SILVA, GLORIA N.S. ; SANTOS, FRANCINE DOS ; DA SILVA, ELENILSON F. ; DO CANTO, VANESSA P. ; VISIOLI, FERNANDA ; GOSMANN, GRACE ; BERGOLD, ANA M. ; ZIMMER, ALINE R. ; Netz, Paulo A. ; GNOATTO, SIMONE C.B. . SERCA plays a crucial role in the toxicity of a betulinic acid derivative with potential antimalarial activity. CHEMICO-BIOLOGICAL INTERACTIONS , v. 287, p. 70-77, 2018.
DE OLIVEIRA, TIAGO ; MARQUES, CARLOS ; Netz, Paulo Augusto . Molecular dynamics study of the LCST transition in aqueous poly( N -n-propylacrylamide).. PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS , v. 20, p. 10100-10107, 2018.
Romão, Luciana ; DO CANTO, VANESSA P. ; NETZ, P. A. ; MOURA-NETO, VIVALDO ; PINTO, ÂNGELO C. ; FOLLMER, C. . Conjugation with polyamines enhances the antitumor activity of naphthoquinones against human glioblastoma cells. ANTI-CANCER DRUGS , v. 29, p. 1-520-529, 2018.
THOMPSON, HELEN NATHALIA ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; ANDRADE CACERES, RAFAEL ; DARDENNE, LAURENT EMMANUEL ; Netz, Paulo Augusto ; STASSEN, HUBERT . Prion protein conversion triggered by acidic condition: a molecular dynamics study through different force fields. JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY , v. 39, p. 2000, 2018.
DE OLIVEIRA, TIAGO E. ; MUKHERJI, DEBASHISH ; KREMER, KURT ; Netz, Paulo A. . Effects of stereochemistry and copolymerization on the LCST of PNIPAm. The Journal of Chemical Physics , v. 146, p. 034904, 2017.
GRASEL, FÁBIO S. ; CASTANHO, GABRIEL O. ; FONTOURA, LUIZ A. M. ; Netz, Paulo A. . Computational Study of Electronic Effects from β-Substituents on the Tautomerism of Naphthazarin Derivatives. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso) , v. 28, p. 567-574, 2017.
ZANATTA, MARCILEIA ; DOS SANTOS, FRANCISCO P. ; BIEHL, CRISTINA ; MARIN, GRACIANE ; EBELING, GUNTER ; Netz, Paulo A. ; DUPONT, JAIRTON . Organocatalytic Imidazolium Ionic Liquids H/D Exchange Catalysts. Journal of Organic Chemistry , v. 82, p. 2622-2629, 2017.
Gavazzoni, Cristina ; GIOVAMBATTISTA, NICOLAS ; Netz, Paulo A. ; Barbosa, Marcia C. . Structure and mobility of water confined in AlPO 4 -54 nanotubes. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS , v. 146, p. 234509, 2017.
LEAL, BÁRBARA C. ; AYDOS, GUILHERME L. P. ; Netz, Paulo A. ; DUPONT, JAIRTON . Ru-Catalyzed Estragole Isomerization under Homogeneous and Ionic Liquid Biphasic Conditions. ACS Omega , v. 2, p. 1146-1155, 2017.
DE OLIVEIRA, TIAGO E. ; Netz, Paulo A. ; KREMER, KURT ; JUNGHANS, CHRISTOPH ; MUKHERJI, DEBASHISH . C-IBI: Targeting cumulative coordination within an iterative protocol to derive coarse-grained models of (multi-component) complex fluids. The Journal of Chemical Physics , v. 144, p. 174106, 2016.
NICK, THOMAS A. ; DE OLIVEIRA, TIAGO E. ; PILAT, DOMINIK W. ; SPENKUCH, FELIX ; BUTT, HANS-JÜRGEN ; HELM, MARK ; Netz, Paulo A. ; BERGER, RÜDIGER . Stability of a Split Streptomycin Binding Aptamer. Journal of Physical Chemistry. B , v. 120, p. 6479-6489, 2016.
Netz, Paulo A. ; POTESTIO, RAFFAELLO ; KREMER, KURT . Adaptive resolution simulation of oligonucleotides. The Journal of Chemical Physics , v. 145, p. 234101, 2016.
DE OLIVEIRA, TIAGO E. ; Netz, Paulo A. ; MUKHERJI, DEBASHISH ; KREMER, KURT . Why does high pressure destroy co-non-solvency of PNIPAm in aqueous methanol?. Soft Matter (Print) , v. 11, p. 8599-8604, 2015.
GONZATTI, GUILHERME K. ; NETZ, P. A. ; Fiel, Luana A. ; POHLMANN, A. R. . Colloidal Dispersion Stability: Kinetic Modeling of Agglomeration and Aggregation. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso) , v. 26, p. 373-380, 2015.
COELHO-CERQUEIRA, EDUARDO ; Netz, Paulo A. ; DO CANTO, VANESSA P. ; PINTO, ANGELO C. ; Follmer, Cristian . Beyond Topoisomerase Inhibition: Antitumor 1,4-Naphthoquinones as Potential Inhibitors of Human Monoamine Oxidase. Chemical Biology & Drug Design (Print) , v. 83, p. 401-410, 2014.
Gavazzoni, Cristina ; GONZATTI, GUILHERME K. ; PEREIRA, LUIZ FELIPE ; RAMOS, LUIS HENRIQUE COELHO ; Netz, Paulo A. ; Barbosa, Marcia C. . The role of the anisotropy on the solid-fluid phase transition in core-softened shoulder-dumbbells systems. The Journal of Chemical Physics , v. 140, p. 154502, 2014.
GRASEL, FÁBIO DOS S. ; OLIVEIRA, TIAGO E. DE ; Netz, Paulo A. . Investigation of the Interaction of 2-(2'-Hydroxyphenyl)-benzoxazoles and their Derivatives with B-DNA by Docking and Molecular Dynamics. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso) , v. 26, p. 420-433, 2014.
FIEL, LUANA A. ; ADORNE, MÁRCIA D. ; GUTERRES, SÍLVIA S. ; Netz, Paulo A. ; POHLMANN, ADRIANA R. . Variable temperature multiple light scattering analysis to determine the enthalpic term of a reversible agglomeration in submicrometric colloidal formulations: A quick quantitative comparison of the relative physical stability. Colloids and Surfaces. A, Physicochemical and Engineering Aspects (Print) , v. 431, p. 93-104, 2013.
Netz, Paulo Augusto . Benzothiadiazoles as DNA intercalators: Docking and simulation. International Journal of Quantum Chemistry , v. 112, p. 3296-3302, 2012.
Grasel, Fábio Dos Santos ; De Oliveira, Tiago Charão ; Fontoura, Luiz Antonio Mazzini ; Da Cruz Rigotti, Italo José ; Netz, Paulo Augusto . N-arylamides and N-arylcarbamates N¿CO internal rotation barrier study by molecular modeling. International Journal of Quantum Chemistry , v. 112, p. 1678-1687, 2012.
RICCI, Clarisse Gravina ; Ricci, Clarisse G. ; NETZ, P. A. . Simulation of the interactions between Tröger bases and DNA. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso) , v. 23, p. 1334-1346, 2012.
Coelho Cerqueira, Eduardo ; Netz, Paulo Augusto ; Diniz, Cristiane ; Petry do Canto, Vanessa ; Follmer, Cristian . Molecular insights into human monoamine oxidase (MAO) inhibition by 1,4-naphthoquinone: Evidences for menadione (vitamin K3) acting as a competitive and reversible inhibitor of MAO. Bioorganic & Medicinal Chemistry (Print) , v. 19, p. 7416-7424, 2011.
Neto, B. A. D. ; Lápis, A. A. M. ; NETZ, P. A. ; Spencer, J. ; Dias, S. L. P. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. ; Dupont, J. ; Tamborim, S. M. . Synthesis and Enzymatic Evaluation of the Guanosine Analogue 2-Amino-6-mercapto-7-methylpurine Ribonucleoside (MESG). Insights into the Phosphorolysis Reaction Mechanism based on the Blueprint Transition State: SN1 or SN2?. Journal of the Brazilian Chemical Society (Online) , v. 21, p. 151-156, 2010.
Amorim, Hermes Luís Neubauer ; Netz, Paulo Augusto ; Guimarães, Jorge Almeida . Thrombin allosteric modulation revisited: a molecular dynamics study. Journal of Molecular Modeling , v. 16, p. 725-735, 2010.
Barros de Oliveira, Alan ; Neves, Eduardo B. ; Gavazzoni, Cristina ; Paukowski, Juliana Z. ; Netz, Paulo A. ; Barbosa, Marcia C. . Liquid crystal phase and waterlike anomalies in a core-softened shoulder-dumbbells system. The Journal of Chemical Physics , v. 132, p. 164505, 2010.
Neto, Brenno A. D. ; Lapis, Alexandre A. M. ; Mancilha, Fabiana S. ; Batista Jr., Eraldo L. ; Netz, Paulo A. ; Rominger, Frank ; Basso, Luiz A. ; Santos, Diógenes S. ; Dupont, Jaïrton . On the selective detection of duplex deoxyribonucleic acids by 2,1,3-benzothiadiazole fluorophores. Molecular Biosystems (Print) , v. 6, p. 967-975, 2010.
Ricci, Clarisse G. ; de Andrade, Alex S. C. ; MOTTIN, Melina ; Netz, Paulo A. . Molecular Dynamics of DNA: Comparison of Force Fields and Terminal Nucleotide Definitions. Journal of Physical Chemistry. B , v. 114, p. 9882-9893, 2010.
de Oliveira, A. B. ; NETZ, P. A. ; Barbosa, M. C. . An ubiquitous mechanism for water-like anomalies. Europhysics Letters , v. 85, p. 36001, 2009.
Ricci, Clarisse G. ; Netz, Paulo A. . Docking Studies on DNA-Ligand Interactions: Building and Application of a Protocol To Identify the Binding Mode. Journal of Chemical Information and Modeling , v. 49, p. 1925-1935, 2009.
OLIVEIRA, Alan Barros de ; FRANZESE, G. ; NETZ, P. A. ; BARBOSA, Marcia C . Waterlike hierarchy of anomalies in a continuous spherical shouldered potential. Journal of Chemical Physics , v. 128, p. 064901, 2008.
DASILVA, S ; SAMIOS, D ; NETZ, P. A. ; JUSTO, D ; DEBORTOLI, A . Numerical simulation of biological base pairs considering geometric and energetic criteria. Applied Mathematics and Computation , v. 200, p. 602-609, 2008.
de Oliveira, A. B. ; NETZ, P. A. ; Barbosa, M. C. . Which mechanism underlies the water-like anomalies in core-softened potentials?. European Physical Journal B , v. 64, p. 481-486, 2008.
de Amorim, Hermes Luis N. ; Caceres, Rafael Andrade ; NETZ, P. A. . Linear Interaction Energy (LIE) Method in Lead Discovery and Optimization. Current Drug Targets , v. 9, p. 1100-1105, 2008.
SILVEIRA, Leandro Greff da ; SACHETO, D. ; NETZ, P. A. ; OLIVEIRA, Eduardo Rolim de . Computational investigation of mechanistic aspects of the alkylation of chiral enamines. Journal of Molecular Structure. Theochem , v. 814, p. 75-84, 2007.
OLIVEIRA, Alan Barros de ; BARBOSA, Marcia C B ; NETZ, P. A. . Interplay between structure and density anomaly for an isotropic core-softened ramp-like potential. Physica. A , v. 386, p. 744-747, 2007.
Barros de Oliveira, Alan ; Netz, Paulo A. ; COLLA, Thiago ; Barbosa, Marcia C. . Thermodynamic and dynamic anomalies for a three-dimensional isotropic core-softened potential. Journal of Chemical Physics , v. 124, p. 084505, 2006.
Netz, Paulo A. ; Buldyrev, Sergey V. ; Barbosa, Marcia C. ; Stanley, H. Eugene . Thermodynamic and dynamic anomalies for dumbbell molecules interacting with a repulsive ramplike potential. Physical Review. E, Statistical, Nonlinear and Soft Matter Physics , v. 73, p. 061504, 2006.
de Oliveira, Alan Barros ; Netz, Paulo A. ; COLLA, Thiago ; Barbosa, Marcia C. . Structural anomalies for a three dimensional isotropic core-softened potential. Journal of Chemical Physics , v. 125, p. 124503, 2006.
OLIVEIRA, R. L. DE ; NETZ, P. A. . O uso de analogias no ensino do equilíbrio químico. Acta Scientiae (ULBRA) , v. 8, p. 57-68, 2006.
BALEN, Osvaldo ; NETZ, P. A. . Aplicação da modelagem e simulação no ensino de modelos de sistemas gasosos. Acta Scientiae (ULBRA) , Canoas, RS, v. 7, n.2, p. 29-39, 2005.
NETZ, P. A. ; STARR, F. ; Barbosa, M. C. ; Stanley, H. Eugene . Computer simulation of dynamical anomalies in stretched water. Brazilian Journal of Physics , São Paulo, v. 34, p. 24, 2004.
NETZ, P ; RAYMUNDI, J ; CAMERA, A ; BARBOSA, M . Dynamic anomalies of fluids with isotropic doubled-ranged potential. Physica. A , v. 342, p. 48-53, 2004.
STANLEY, H ; BARBOSA, M ; MOSSA, S ; NETZ, P ; SCIORTINO, F ; STARR, F ; YAMADA, M . Statistical physics and liquid water at negative pressures. Physica. A , v. 315, p. 281-289, 2002.
NETZ, P. A. ; STARR, F W ; BARBOSA, Marcia C ; STANLEY, H Eugene . Translational and rotational diffusion in stretched water. Journal of Molecular Liquids , v. 101, p. 159-168, 2002.
NETZ, P ; STARR, F ; BARBOSA, M ; STANLEY, H . Relation between structural and dynamical anomalies in supercooled water. Physica. A , v. 314, p. 470-476, 2002.
NETZ, P. A. ; Serrano, A. . Um modelo microscópico alternativo para o ensino dos gases ideais: partículas imateriais. Acta Scientiae (ULBRA) , Canoas, RS, v. 4, p. 49-56, 2002.
Netz, Paulo A. ; Starr, Francis W. ; Stanley, H. Eugene ; Barbosa, Marcia C. . Static and dynamic properties of stretched water. Journal of Chemical Physics , Estados Unidos, v. 115, n.1, p. 344, 2001.
REIHER, M. ; NETZ, P. A. . Welche Bedeutung haben theoretische Konzepte in der Chemie. Chemie in Unserer Zeit , Alemanha, v. 33, n.3, p. 177-185, 1999.
NETZ, P. A. ; DORFMÜLLER, T. . Computer Simulation Studies on the Polymer-Induced Modification of Water Properties in Polyacrylamide Gels. Journal of Physical Chemistry. B , Estados Unidos, v. 102, n.25, p. 4875-4886, 1998.
OLDIGES, C. ; TÖNSING, T. ; NETZ, P. A. ; EIMER, W. . Molecular Dynamics Simulation of Tracer Diffusion of Acetonitril in Polyacrylamide Hydrogels. Berichte der Bunsen Gesellschaft Physical Chemistry Chemical Physics Weinhein , Alemanha, v. 102, n.11, p. 1620-1624, 1998.
NETZ, P. A. ; DORFMÜLLER, T. . Computer simulation studies of diffusion in gels: Model Structure. Journal of Chemical Physics , Estados Unidos, v. 107, n.21, p. 9221-9233, 1997.
NETZ, P. A. ; DORFMÜLLER, T. . Computer simulation studies of anomalous diffusion in gels: Structural properties and probe-size dependence. Journal of Chemical Physics , Estados Unidos, v. 103, n.20, p. 9074-9082, 1995.
NETZ, P. A. ; SAMIOS, D. . The study of the network formation as a cluster-cluster diffusion limited aggregation process: modelling of the curing of an epoxy-resin using the Monte Carlo method. Macromolecular Theory and Simulations , Alemanha, v. 3, p. 607-621, 1994.
NETZ, P. A. ; ORTEGA, G. G. . Fundamentos de Físico-Química, uma abordagem conceitual para as ciências farmacêuticas. Porto Alegre: ARTMED, 2002. v. 1. 300p .
NETZ, P. A. . Computerexperimente zur Struktur, Dynamik und Diffusion in Polyacrylamidgelen. Göttingen, Alemanha: Cuvillier Verlag, 1997. v. 1. 189p .
SOUZA, J. D. ; PASSOS, C. G. ; NETZ, P. A. . Identificação de obstáculos epistemológicos em livro didático de Ensino Superior. In: Pedro Membiela, María Isabel Cebreiros e Manuel Vidal. (Org.). Perspectivas y prácticas docentes en la enseñanza de las ciencias Perspectivas e práticas docentes no ensino de ciências. 1ed.Ourense (Espanha): , 2021, v. , p. 291-.
Netz, Paulo A. ; Gonzatti, G. K. ; BARBOSA, Marcia C ; Paukowski, Juliana Z. ; Gavazzoni, Cristina ; Barros de Oliveira, Alan . Phase Diagram and Waterlike Anomalies in Core-Softened Shoulder-Dumbbell Complex Fluids. In: Juan Carlos Moreno-Piraján. (Org.). Thermodynamics - Physical Chemistry of Aqueous Systems. : INTECH, 2011, v. , p. -.
NETZ, P. A. ; STARR, F W ; STANLEY, H Eugene ; BARBOSA, Marcia C . Dynamic properties of stretched water. In: V. V. Brazhkin. (Org.). New Kinds of Phase Transitions: Transformations in Disordered Substances. NATO Science Series II. : Kluwer Academic Publishers, 2002, v. 81, p. 417-422.
STANLEY, H Eugene ; BARBOSA, Marcia C ; MOSSA, S ; NETZ, P. A. ; SCIORTINO, Francesco ; STARR, F W ; YAMADA, Masako . Water at positive and negative pressures. In: A. R. Imre. (Org.). Liquid under Negative Pressures. NATO Science Series II. : Kluwer, 2002, v. 84, p. 59-67.
NETZ, P. A. . Simulações Computacionais Aplicadas ao Estudo da Estrutura, Dinâmica e Difusão em Géis de Poliacrilamida. Acta Scientiae, Canoas, RS, , v. 1, 11 jun. 1999.
OLDIGES, C. ; TÖNSING, T. ; NETZ, P. A. ; EIMER, W. . A parallel molecular dynamics algorithm for SIMD machines based on force decomposition. Preprints of the ZiF: Research Group Multi-Scale Phenomena: the simulation of complex systems on massively parallel computers, Bielefeld, Alemanha, 01 ago. 1998.
NETZ, P. A. ; DORFMÜLLER, T. . Computer Simulation Studies on the Polymer-Induced Modification of Water Properties in Polyacrylamide Gels: 1. Structure. Preprintserie des FSPM, Bielefeld, Alemanha, 01 ago. 1998.
BALEN, Osvaldo ; NETZ, P. A. . Utilizando a Modelagem e a Simulação computacional no Estudo do Comportamento dos Gases. In: XVI SNEF - Simpósio Nacional de Ensino de Física, 2005, Rio de Janeiro. Anais do XVI SNEF, 2005. p. 159.
BALEN, Osvaldo ; NETZ, P. A. ; Serrano, A. . A modelagem matemática e a simulação no ensino de ciências. In: XV Simpósio Nacional de Ensino de Física, 2003, Curitiba. E-book do XV SNEF, 2003. p. 2307-2311.
SAMIOS, D. ; NETZ, P. A. ; FERRÃO, M. F. . Computational Simulation of Network formation processes: the study of the dynamics of curing of epoxy resins:. In: II Congresso Brasileiro de Polímeros, 1993. Anais do 2. CBPOL, 1993. v. 2. p. 767-77.
SAMIOS, D. ; NETZ, P. A. ; FERRÃO, M. F. . A Monte Carlo Algorithm to Study Polymerization Reactions. The case of cure of epoxy resins with anhydride and amines.. In: II Simposio Latinoamericano de Polimeros, 1990, Guadalajara. Memorias do II SLAP, 1990. v. 1. p. 606-610.
SOUZA, J. D. ; PASSOS, C. G. ; NETZ, P. A. . Identificação de obstáculos epistemológicos em livro didático de Ensino Superior. In: V Simposio Internacional de Ensino das Ciencias SIEC 2020, 2020, Vigo, Espanha. V Simposio Internacional de Ensino das Ciencias SIEC 2020, 2020.
Netz, Paulo A. ; POTESTIO, RAFFAELLO ; KREMER, KURT . Multiscale modeling of DNA. In: Mainz Materials Simulation Days 2015, 2015, Mainz, Alemanha. Anais do MMSD, 2015.
Netz, Paulo A. ; POTESTIO, RAFFAELLO ; KREMER, KURT . Adaptive Resolution Simulation of Oligonucleotides. In: SBQT 2015, 2015, Pirenópolis, GO. Anais do SBQT, 2015.
WILDNER, A. C. ; SILVA, G. N. S. ; GNOATTO, S. C. B. ; Netz, Paulo A. ; BERGOLD, A. M. . Conformational analysis of new triterpende as antimalarial by Molecular Modeling. In: 7. BrazMedChem, 2014. Anais do 7. BrazMedChem. p. CAB-075.
BAPTISTA, L. A. ; Netz, Paulo A. . Investigando o papel da água na dissociação da netropsina do DNA via Metadinâmica.. In: 37 RASBQ, 2014, Natal. Anais da 37. RASBQ, 2014. p. TEO-005.
GRASEL, F.S. ; OLIVEIRA, T. E. ; NETZ, P. A. . Study of the Interactions of Fluorescent Benzazole-Derived Tröger's Bases with B-DNA by Docking e Molecular Dynamics. In: 2nd International Conference and Exhibition Drug Design 2013, 2013, Oxford. Annals of 2nd International Conference and Exhibition Drug Design 2013, 2013. p. 24-24.
NETZ, P. A. ; OLIVEIRA, T. E. . Molecular Dynamics simulations of the temperature-dependent hydration in Poly(N-isopropylacrylamide) oligomers.. In: International Soft Mater Conference 2013, 2013, Roma. Annals of International Soft Mater Conference 2013, 2013.
NETZ, P. A. ; Fiel, L. A. ; Gonzatti, G. K. ; POHLMANN, A. R. . Variable Temperature Multiple Light Scattering: description of the method and kinetic modeling. In: International Soft Mater Conference 2013, 2013, Roma. Annals of International Soft Mater Conference 2013, 2013.
OLIVEIRA, T. E. ; GRASEL, F.S. ; NETZ, P. A. . Computational analysis of the interaction between new ﬂuorescent Tröger’s bases and a B-DNA oligonucleotide by docking and molecular dynamics. In: International Soft Mater Conference 2013, 2013, Roma. Annals of International Soft Mater Conference 2013, 2013.
Gonzatti, G. K. ; NETZ, P. A. . Estudo numérico da cinética de supra-agregação em dispersões coloidais. In: 36a. Reunião Anual da SBQ, 2013, Águas de Lindóia. anais da 36a. RASBQ, 2013.
Thompson, H. N. ; STASSEN, H. K. ; Netz, Paulo A. . THE LONG-RANGE ELECTROSTATIC INTERACTIONS IN THE PROCESS OF CONFORMATIONAL CONVERSION OF CELLULAR PRION PROTEIN. In: XVII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2013. Anais do XVII SBQT, 2013. p. 118.
Netz, Paulo A. ; Gonzatti, G. K. ; Fiel, L. A. ; POHLMANN, A. R. . INFLUENCE OF TEMPERATURE ON PARTICLE SIZE DISTRIBUTION IN SUPRA-AGGREGATION PROCESSES: A STUDY OF KINETIC MODELS,. In: Autoorg 2012, 2012, São Pedro, SP. Anais do Autoorg 2012, 2012. p. A0-49.
GRASEL, F.S. ; OLIVEIRA, T. E. ; Netz, Paulo A. . Estudo da Interação de Biossensores Fluorescentes por ESIPT com DNA por Docking e Dinâmica Molecular. In: 35a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2012, Águas de Lindóia. Anais da 35a RASBQ, 2012.
Netz, Paulo A. ; FOLLMER, C. ; CANTO, V. P. . Simulação por Dinâmica Molecular do ligante menadiona com as monoaminooxidases A e B: uma abordagem estrutural. In: 35a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2012, São Pedro, SP. Anais da 35a RASBQ, 2012.
Thompson, H. N. ; STASSEN, H. K. ; Netz, Paulo A. . Influence of protonation states of histidine residues in the process of conformational conversion of cellular prion protein. In: BrazMedChem 6o. Simpósio Brasileiro em Química Medicinal, 2012, Canela, RS. Anais do 6o, BrazMedChem, 2012.
Petry do Canto, Vanessa ; Netz, Paulo A. ; FOLLMER, C. . Estudo computacional das monoaminooxidases A e B com ligantes derivados da 1,4-naftoquinona. In: XXXVIII Quitel - Congresso de Químicos Teóricos de Expressão Latina, 2012, Natal, RN. Anais do XXXVIII Quitel, 2012.
OLIVEIRA, T. E. ; GRASEL, F.S. ; Netz, Paulo A. . Computational Analysis of the interaction between new fluorescent Tröger’s bases and a B-DNA oligonucleotide by docking and molecular dynamics. In: XXXVIII Quitel - Congresso de Químicos Teóricos de Expressão Latina, 2012, Natal, RN. Anais do XXXVIII Quitel, 2012.
Thompson, H. N. ; STASSEN, H. K. ; Netz, Paulo A. . Structural changes in Cellular Prion Protein Simulated at Low pH. In: XXXVIII Quitel - Congresso de Químicos Teóricos de Expressão Latina, 2012, Natal, RN. Anais do XXXVIII Quitel, 2012.
Paukowski, Juliana Z. ; Gavazzoni, Cristina ; NEVES, E. B. ; OLIVEIRA, Alan Barros de ; NETZ, P. A. ; BARBOSA, Marcia C . Liquid crystal phase and water-like anomalies in a core-softened shoulder-dumbbells system. In: XXXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2011, Foz do Iguaçu. Anais do XXXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2011.
Cerqueira, E.C. ; Diniz, C. ; NETZ, P. A. ; FOLLMER, C. . Efeito de derivados naturais de 1,4-naftoquinona na atividade de monoamino oxidase. In: 34a Reunião Anual da SBQ, 2011, Florianópolis. Anais da 34a RASBQ, 2011.
OLIVEIRA, T. E. ; Descalzo, R. ; GRASEL, F.S. ; NETZ, P. A. ; Stefani, V. . Análise Computacional da Interação entre Novas Bases de Tröger Fluorescentes via ESIPT e o DNA. In: 34a Reunião Anual da SBQ, 2011, Florianópolis. Anais da 34a RASBQ, 2011.
NETZ, P. A. . Interações entre Benzotiadiazóis e DNA: docagem e simulação. In: 34a Reunião Anual da SBQ, 2011, Florianópolis. Anais da 34a RASBQ, 2011.
Meinhardt, T. F. ; Dalla Vechia, J. ; NETZ, P. A. . Simulação Dinâmica Molecular Da Hidratação De Uma Solução Aquosa De Colágeno Dependente Da Temperatura. In: 34a Reunião Anual da SBQ, 2011, Florianópolis. Anais da 34a RASBQ, 2011.
Netz, Paulo A. ; BARBOSA, Marcia C ; Paukowski, Juliana Z. ; Gavazzoni, Cristina ; Gonzatti, G. K. ; Barros de Oliveira, Alan . Anomalous behavior in core-softened shoulder-dumbbell fluids. In: 8th Liquid Matter Conference, 2011, Viena, Áustria. Annals of the 8th Liquid Matter Conference, 2011.
Thompson, H. N. ; STASSEN, H. K. ; Netz, Paulo A. . The force field influence in the process of structural conversion of cellular prion protein simulated at low pH. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto, MG. Anais do XVI SBQT, 2011.
Netz, Paulo A. ; Meinhardt, T. F. ; Dalla Vechia, J. . Simulação dinâmica molecular da estrutura e dinâmica da água na presença de colágeno. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto, MG. Anais do XVI SBQT, 2011.
Grasel, Fábio Dos Santos ; OLIVEIRA, T. E. ; Netz, Paulo A. . Dinâmica Molecular do Fármaco S-Monastrol como inibidor alostérico da Cinesina Eg5. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto, MG. Anais do XVI SBQT, 2011.
Netz, Paulo A. ; Follmer, Cristian ; Petry do Canto, Vanessa . Interação da MAO-A e MAO-B com menadiona e 1,4-naftoquinona via Docking e Dinâmica Molecular. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto, MG. Anais do XVI SBQT, 2011.
Netz, Paulo A. ; BARBOSA, Marcia C ; Gonzatti, G. K. . Phase Diagram and Waterlike Anomalies in Core-Softened Shoulder-Dumbbell Complex Fluids. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto, MG. Anais do XVI SBQT, 2011.
Meinhardt, T. F. ; NETZ, P. A. . Molecular dynamics studies on temperature-dependent hydration in aqueous solutions of model collagen. In: International Macromolecular Colloquium, 2010, Gramado. Annals of the International Macromolecular Colloquium, 2010. p. 1282-1283.
Fiel, L. A. ; Adorne, M. A. ; RIZZI, M. ; VENTURINI, C. G. ; Guterres, S. S. ; POHLMANN, A. R. ; NETZ, P. A. . Determination of thermodynamical parameters of dispersed sustems by variable temperature multiple light scattering to predict physical stability. In: International Macromolecular Colloquium, 2010, Gramado. Annals of the International Macromolecular Colloquium, 2010. p. 170-172.
Tiggemann, H. M. ; SILVEIRA, Leandro Greff da ; LIVOTTO, Paolo R. ; NETZ, P. A. ; OLIVEIRA, Eduardo Rolim de . Utilização do fator de Boltzmann na análise das energias dos estados de transição na reação de Michael via iminas quirais. In: Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2009, Poços de Caldas. Anais do XV SBQT, 2009. p. 60-60.
MOTTIN, Melina ; RICCI, C. G. ; NETZ, P. A. . Reatividade de saframicinas frente ao DNA estudada via docking molecular. In: Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2009, Poços de Caldas. Anais do XV SBQT, 2009. p. 150-150.
RICCI, C. G. ; MOTTIN, Melina ; ANDRADE, A. S. C. DE ; NETZ, P. A. . Dinâmica e estabilidade de oligonucleotídeos em simulações longas: comparação de campos de força e condições dos nucleotídeos terminais.. In: Simpósio de Química Teórica, 2009, Poços de Caldas. Anais do XV SBQT, 2009. p. 279-279.
RICCI, C. G. ; NETZ, P. A. . Interação entre o DNA e bases de tröger investigada através de docking molecular. In: Simpósio de Química Teórica, 2009, Poços de Caldas. Anais do XV SBQT, 2009. p. 286-286.
NETZ, P. A. ; GRASEL, F.S. ; FONTOURA, L. M. . Determinação da barreira de rotação interna da ligação N-C(O) em N-arilamidas e N-arilcarbamatos terciários por cálculos computacionais usando teoria do funcional de densidade. In: XLIX Congresso Brasileiro de Química - CBQ, 2009, Porto Alegre. Anais do XLIX CGQ, 2009.
BARTLETT, T. ; NETZ, P. A. . Simulação dinâmica molecular da alteração conformacional induzida em oligopeptídeos semelhantes a príons. In: XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2008, Águas de Lindóia, SP. Anais da XXXI RASBQ, 2008.
ANDRADE, A. S. C. DE ; MOTTIN, Melina ; AMORIM, H. L. N. ; NETZ, P. A. . Simulação dinâmica molecular de complexos Ecteinascidina-DNA: energias de interação e formação de complexo covalente. In: XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2008, Águas de Lindóia, SP. Anais da XXXI RASBQ, 2008.
BARBOSA, Marcia C B ; de Oliveira, Alan Barros ; NETZ, P. A. . Which mechanism underlies the water-like anomalies in core-softened potentials?. In: Liquid Matter Conference, 2008, Lund. annals of the Liquid Matter Conference, 2008.
ANDRADE, A. S. C. DE ; MOTTIN, Melina ; AMORIM, H. L. N. ; NETZ, P. A. . Simulação da interação de oligonucleotídeos com o fármaco antitumoral ecteinascidina: caracterização estrutural e termodinâmica. In: XXX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2007, Águas de Lindóia - SP. Anais da XXX RASBQ, 2007.
RICCI, C. G. ; NETZ, P. A. . Simulação Dinâmica Molecular da Interconversão entre as conformações A e B do DNA. In: XIV Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2007, Poços de Caldas. Livro de Resumos do XIV SBQT, 2007. p. 206.
NEVES, E. B. ; OLIVEIRA, Alan Barros de ; BARBOSA, Marcia C B ; NETZ, P. A. . Anomalias dinâmicas, termodinâmicas e estruturais em fluidos diatômicos com potencial de interação shoulder. In: XIV Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2007, Poços de Caldas. Livro de Resumos do XIV SBQT, 2007. p. 207.
ANDRADE, A. S. C. DE ; MOTTIN, Melina ; AMORIM, H. L. N. ; NETZ, P. A. . Estudo das interações e alterações estruturais induzidas em complexos DNA-Ecteinascidina via Dinâmica Molecular. In: XIV Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2007, Poços de Caldas. Livro de Resumos do XIV SBQT, 2007. p. 239.
SANTOS, L. ; BARONI, M. P. M. A. ; ROSA, R. R. ; NETZ, P. A. . Caracterização da variabilidade assimétrica de séries temporais de conformação de príons utilizando a Análise de Padrões Gradientes. In: Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computaciona, 2007, Florianópolis. anais do XXX CNMAC, 2007.
ANDRADE, Alex Sandro Cardoso de ; ROSA, Igor Ribeiro ; AMORIM, Hermes L Neubauer de ; NETZ, P. A. . Dinâmica Molecular do Fármaco Antitumoral Ecteinascidina e sua interação com o DNA. In: 29a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2006, Águas de Lindóia, SP, 2006.
SILVEIRA, Leandro Greff da ; LIVOTTO, Paolo R. ; NETZ, P. A. ; OLIVEIRA, Eduardo Rolim de . Análise das Energias dos Estados de Transição na Alquilação de Enaminas Utilizando uma População Ponderada de Confôrmeros. In: 29a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2006, Águas de Lindóia, SP, 2006.
ROSA, I. R. ; NETZ, P. A. . Simulação Dinâmica Molecular de um Oligopeptídeo similar ao Príon. In: 14a SQB-Sul - Reunião da região sul da Sociedade Brasileira de Química, 2006, Erechim, RS. Anais da 14a. SBQ-Sul, 2006.
NETZ, P. A. ; ROSA, Igor Ribeiro ; AMORIM, H. L. N. . Molecular Dynamics simulations of temperature induced conformational transitions in prion-like oligopeptides. In: PASI 2006 - Disorder and Complexity, 2006, Mar del Plata, Argentina. Annals of PASI 2006 - Disorder and Complexity, 2006.
NETZ, P. A. ; OLIVEIRA, Alan Barros de ; BARBOSA, Marcia C B . Structural, dynamic and thermodynamic anomalies in simple isotropic fluids. In: PASI 2006 - Disorder and Complexity, 2006, Mar del Plata, Argentina. Annals of PASI 2006, 2006.
LIVOTTO, Paolo R. ; OLIVEIRA, Eduardo Rolim de ; NETZ, P. A. ; RIATTO, V. B. . Análise Conformacional de Enaminas Cíclicas Quirais. In: 28a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2005, Poços de Caldas. Anais da 28a RASBQ, 2005.
SILVEIRA, Leandro Greff da ; LIVOTTO, Paolo R. ; NETZ, P. A. ; OLIVEIRA, Eduardo Rolim de . Análise do excesso diastereoisomérico em reações de enaminas quirais usando uma população ponderada de confôrmeros. In: XIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2005, São Pedro/SP. Anais do XIII SBQT, 2005.
OLIVEIRA, Alan Barros de ; COLLA, Thiago ; BARBOSA, Marcia C B ; NETZ, P. A. . Anomalias dinâmicas e termodinâmicas em fluidos simples de potencial esferossimétrico, analisadas por simulações e equações integrais. In: XIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2005, São Pedro/SP. Anais do XIII SBQT, 2005.
CARVALHO, S. ; SAMIOS, D. ; BORTOLLI, A. L. ; JUSTO, D. A. R. ; NETZ, P. A. . Simulação computacional dos processos de formação de pares de bases biológicas considerando princípios geométricos e energéticos. In: XXVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2003, Caxambu. Anais do XXVI ENFMC, 2003.
NETZ, P. A. ; BARBOSA, Marcia C ; STARR, F. ; STANLEY, H Eugene . Relation between structural and dynamic anomalies in supercooled water. In: Liquid Matter Conference, 2002, Konstanz, Alemanha. Book of abstract - Liquid Matter Conference 2002, 2002.
SILVEIRA, Leandro Greff da ; NETZ, P. A. ; OLIVEIRA, Eduardo Rolim de . Análise das Energias dos Estados de Transição na Alquilação de Enaminas. In: XXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2002, Poços de Caldas, MG, 2002.
SAMIOS, D. ; CARVALHO, S. ; BORTOLLI, A. L. ; JUSTO, D. A. R. ; NETZ, P. A. . Formation process of free biological base pairs studied by Monte Carlo, based on geometrical and energetic probabilistic principles. In: Novel Approaches to the Structure and Dynamics of Liquids: Experiments, Theories and Simulations, 2002, Rhodes. Novel Approaches to the Structure and Dynamics of Liquids: Experiments, Theories and Simulations, 2002. p. 55-55.
CARVALHO, S. ; SAMIOS, D. ; JUSTO, D. A. R. ; BORTOLLI, A. L. ; NETZ, P. A. . Processos de Formação de Pares de Bases Biológicas Adenina, Timina, Guanina e Citosina. In: XV Congresso Brasileiro de Engenharia e Ciência dos Materiais, 2002, Natal. Anais do XV Congresso Brasileiro de Engenharia e Ciência dos Materiais, 2002.
NETZ, P. A. ; STARR, F. ; BARBOSA, Marcia C ; STANLEY, H Eugene . Translational and Rotational Diffusion in Stretched Water. In: Euresco Conference on Molecular Liquids, 2001, Obernai, França, 2001.
SANTOS, E. M. ; SACHETO, D. ; NETZ, P. A. ; TENIUS, B. S. M. ; OLIVEIRA, Eduardo Rolim de . The influence of substituent on the diastereoselective synthesis of homochiral octalones. Theoretical and experimental studies. In: 9th Brazilian Meetin on Organic Synthesis, 2001, 2001.
BARBOSA, Marcia C ; STARR, F. ; STANLEY, H Eugene ; NETZ, P. A. . Static and Dynamic Properties of Stretched Water. In: 2001 Annual Meeting of the Division of Computational Physics of APS, 2001, Boston. Proceedings of the 2001 Annual Meeting of the Division of Computational Physics of APS, 2001.
AMORIM, H. L. N. ; NETZ, P. A. ; GUIMARÃES, J. A. . Molecular Dynamics Simulations: An Insight on the Allosteric Behavior of Thrombin. In: XXX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2001, Caxambu, MG. Resumos da XXX Reunião Anual da SBBq, 2001.
AMORIM, H. L. N. ; NETZ, P. A. ; GUIMARÃES, J. A. . Nanoscale molecular dynamics simulations of thrombin. In: Fifteenth Symposium of The Protein Society, 2001, Philadelphia, EUA. Protein Science (Print), 2001. v. 10. p. 208-208.
NETZ, P. A. ; BARBOSA, Marcia C ; STARR, F. ; STANLEY, H Eugene . Rotational Diffusion and Orientational Order in Stretched Water. In: XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2001, Caxambu, MG. Anais do XI SBQT, 2001.
NETZ, P. A. ; BARBOSA, Marcia C ; STARR, F. ; STANLEY, H Eugene . Água como um líquido complexo: simulação computacional da água e de suas anomalias. In: XXVI Congresso de Químicos Teóricos de Expressão Latina, 2000, Caxambu, Minas Gerais, 2000.
AMORIM, H. L. N. ; GUIMARÃES, J. A. ; NETZ, P. A. . Estudo de Estados Alostéricos da Trombina Através de Simulações de Dinâmica Molecular. In: XXVI Congresso dos Químicos Teóricos de Expressão Latina, 2000, Caxambu, Minas Gerais, 2000.
BARBOSA, Marcia C ; NETZ, P. A. . Anomalies on Water Diffusion at Strong Stretching. In: Gordon Conference on Water and Aqueous Solutions, 2000, Plymouth, 2000.
NETZ, P. A. ; OLIVEIRA, Eduardo Rolim de ; SILVEIRA, Leandro Greff da . Estudo do Estado de Transição da Adição em Enaminas Quirais. In: XII Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 2000, Porto Alegre. Livro de Resumos do XII Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 2000.
SACHETO, D. ; NETZ, P. A. ; OLIVEIRA, Eduardo Rolim de . Modelagem Molecular da Alquilação Desracemizante. In: X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999, Caxambu, MG. Anais do X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999.
BARBOSA, Marcia C ; NETZ, P. A. . Temperature dependence of the Water Diffusion anomalies. In: Facets of Universality in Complex Systems: Climate, Biodynamics and Stock Markets, 1999, Giessen, 1999.
NETZ, P. A. ; BARBOSA, Marcia C . Molecular Dynamics Simulation of Water Diffusion Anomalies Using the SPC/E water model. In: XXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1999, São Lourenço, MG. Anais do XXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1999.
NETZ, P. A. ; BARBOSA, Marcia C . DIFFUSION OF SIMULATED WATER: ANOMALIES IN STRETCHED WATER AND IN WATER IN POLYMER GELS. In: X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999, Caxambu, MG. Anais do X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999.
SACHETO, D. ; NETZ, P. A. ; OLIVEIRA, Eduardo Rolim de . Modelagem Molecular Aplicada ao Estudo da reação de alquilação desracemizante via iminas quirais. In: VII Encontro de Química da Região Sul, 1999, Tubarão. Livro de Resumos, 1999. v. 1.
SACHETO, D. ; NETZ, P. A. ; OLIVEIRA, Eduardo Rolim de . Estudo da Reação de Michael via iminas quirais usando Modelagem Molecular. In: XI Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 1999, Porto Alegre. Livro de Resumos do XI Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 1999. v. 1.
SACHETO, D. ; NETZ, P. A. ; OLIVEIRA, Eduardo Rolim de . Modelagem Molecular da Alquilação Desracemizante em Enaminas Quirais. In: XXII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999, Caxambu. Livro de Resumos, 1999.
NETZ, P. A. ; DORFMÜLLER, T. . Computer Simulation Studies on Diffusion in Gels. In: Workshop on Complex Systems, 1998, Brasília. Workshop on Complex Systems, 1998.
NETZ, P. A. ; REIHER, M. . Filosofia da Química. In: XVIII Encontro de debates sobre o Ensino da Química, 1998, Cruz Alta, RS. Anais do XVIII EDEQ, 1998.
OLDIGES, C. ; TÖNSING, T. ; NETZ, P. A. ; EIMER, W. . Rotationsdiffusion von Acetonitril in Waessrigen Polyacrylamidgelen. Eine molekulardynamische Simulation. In: Hauptversammlung der Bunsen-Gesellschaft fuer Physikalische Chemie, 1998, Muenster, Alemanha. Hauptversammlung der Bunsen-Gesellschaft fuer Physikalische Chemie, 1998.
NETZ, P. A. ; SACHETO, D. ; OLIVEIRA, Eduardo Rolim de . Utilização de métodos de modelagem molecular no estudo da dupla indução assimétrica. In: X Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 1998, Porto Alegre. Livro de Resumos do X Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 1998. v. 1.
NETZ, P. A. ; DORFMÜLLER, T. . Molecular Dynamics Simulations of Diffusion and Dynamics of Water in Polyacrylamide Gels. In: Third International Discussion Meeting on Relaxation in Complex Systems, 1997, Vigo, Espanha. Third International Discussion Meeting on Relaxation in Complex Systems, 1997.
BUCHNER, M. ; NETZ, P. A. ; DORFMÜLLER, T. . Struktur und Dynamik Dichter Molekularer Systeme, eine Multimediale Vorlesung. In: Multimediatag Universität Bielefeld, 1996, Bielefeld, Alemanha. Multimediatag Universität Bielefeld, 1996.
NETZ, P. A. ; DORFMÜLLER, T. . Computer Simulation Studies on Structure and Dynamics in Polyacrylamide Gels. In: Third Liquid Matter Conference of the European Physical Society, 1996, Norwich, Inglaterra. Europhysics Conference Abstracts, 1996. v. 20B. p. p6-20.
NETZ, P. A. ; DORFMÜLLER, T. . Computer Simulation Studies of Anomalous Diffusion in Polyacrylamide Gels. In: Europhysics Conference on Gels, 1995, Balatonszeplak, Hungria. Europhysics Conference Abstracts, 1995. v. 19G. p. P80-P80.
NETZ, P. A. ; DORFMÜLLER, T. . Computer Simulation Studies on the Structure of Polyacrylamide Gels. In: Polymer Networks 1994, 1994, Praga, República Tcheca. Polymer Networks 1994, 1994. p. p74-p74.
NETZ, P. A. ; AMORIM, H. L. N. ; GUIMARÃES, J. A. . Nanoscale Molecular Dynamics Simulations of Thrombin: Perspectives to Drug Design. Protein Science , Estados Unidos, v. 10, n.2, p. 208-208, 2001.
ISTIFLI, ERMAN SALIH ; OKUMUS, NURULLAH ; SARIKURKCU, CENGIZ ; KUHN, EDUARDO RAMIRES ; Netz, Paulo A. ; TEPE, ARZUHAN SIHOGLU . Comparative docking and molecular dynamics studies of molnupiravir (EIDD-2801): implications for novel mechanisms of action on influenza and SARS-CoV-2 protein targets. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , 2023.
NETZ, P. A. . Gibbs: A Procura De Uma Linguagem.. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Netz, Paulo A. . Methods and challenges in DNA modeling and simulation. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
NETZ, P. A. . Simulação dinâmica molecular de sistemas biológicos: DNA e fármacos. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
NETZ, P. A. . Simulação dinâmica molecular. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
NETZ, P. A. . Simulações computacionais no estudo das anomalias dinâmicas, termodinâmicas e estruturais em fluidos. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
NETZ, P. A. . Complexidade da Química e Química da Complexidade. 2001. (Apresentação de Trabalho/Outra).
ORTEGA, G. G. ; NETZ, P. A. ; ANDRIGHETTI, L. H. ; PEIXOTO, M. P. G. . MARTIN Físico-Farmácia e ciências farmacêuticas 5ª edição. Porto Alegre: ARTMED, 2008. (Tradução/Livro).
NETZ, P. A. . Delineamento de Formas Farmacêuticas. Porto Alegre: ARTMED, 2005. (Tradução/Livro).

Outras produções

NETZ, P. A. . LJ_SHOULDER. 2003.

NETZ, P. A. . GELDYN. 1995.

NETZ, P. A. . Fundamentos Teóricos da Técnica de Simulação por Dinâmica Molecular. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

NETZ, P. A. . Tratamento de águas para uso humano e industrial. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

NETZ, P. A. . O programa Modellus e a construção de modelos em química. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

NETZ, P. A. ; ANDRADE, Alex Sandro Cardoso de . usando ferramentas computacionais no ensino da cinética química. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

NETZ, P. A. ; CAMARGO, M. ; TARTARI, L. ; RICHTER, M. F. S. L. . Cadernos universitários n. 95: Química Geral II. 2003. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Cadernos universitários).

NETZ, P. A. . Exploração de Modelos: o programa Modellus na físico-química. 2002. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

NETZ, P. A. . Simulação Dinâmica Molecular. 2002. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

NETZ, P. A. . Cinética Química. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Projetos de pesquisa

2019 - Atual

Processos de Ensino e Aprendizagem de Química, Descrição: Estudos que abordam aspectos inerentes à construção do conhecimento e formação conceitual em Química. Os estudos possuem como foco de investigação as concepções conceituais de estudantes, propostas metodológicas e diagnósticos de aprendizagem nos diferentes níveis de ensino. Além disso, abrange o desenvolvimento, implementação e análise de materiais didáticos durante a formação inicial e continuada de professores. Assim, a linha de pesquisa inclui investigações sobre as concepções epistemológicas dos docentes e futuros professores sobre o ensino e a aprendizagem de Química, sobre suas práticas pedagógicas e as demandas curriculares atuais. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Paulo Augusto Netz - Coordenador / CAMILA GREFF PASSOS - Integrante / LIVIA STREIT - Integrante / MAURICIUS SELVERO PAZINATO - Integrante / TANIA DENISE MISKINIS SALGADO - Integrante.
2019 - Atual

Simulação computacional da interação entre hidroxiapatita e biomoléculas., Descrição: O projeto se propõe a estudar, usando simulações computacionais, as interações entre as superfícies de hidroxiapatita e as proteínas queratina, albumina e esqualeno epoxidase, em diferentes condições de pH, detalhando microscopicamente as particularidades das interações. Propor peptídeos que contenham os resíduos exibidos em regiões de interação elevada.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Paulo Augusto Netz - Coordenador., Número de produções C, T & A: 1
2018 - Atual

Simulação computacional de materiais poliméricos termo-responsivos., Descrição: Materiais termo-responsivos são aqueles materiais que respondem de modo drástico com uma propriedade, por exemplo, com alteração do volume, em função de uma altera- ção das condições de temperatura. Dentre os materiais termo-responsivos mais estudados destaca-se a poli-N-isopropilacrilamida (PNIPAm), cuja temperatura de transição é próxima à temperatura fisiológica. A alteração na estrutura do polímero (por copolimerização, mo- dificação da taticidade etc.) ou do meio solvente (uso de co-solventes e osmólitos) permite o ajuste preciso da temperatura de transição, contribuindo para a melhoria da aplicabili- dade em finalidades biomédicas, dentre outras. Além da PNIPAm, outros polímeros termo- responsíveis vem sendo estudados, como por exemplo a poli(N-vinil caprolactama) PVCL. Nesse projeto, partindo do nosso conhecimento prévio de nossos trabalhos com polímeros, apli- caremos métodos de dinâmica molecular all-atom para elucidação do comportamento, do ponto de vista microscópico, do PNIPAm em solução aquosa com a presença de polióis, bem como do PVCL tendo em vista suas propriedades estruturais, termodinâmicas e dinâmicas e seu comportamento de transição de fases. Além da realização de simulações de dinâmica molecular all-atom em solvente explícito, metodologias do tipo coarse-grained serão aplicadas a fim de reproduzir sistemas poliméricos em escalas temporais e espaciais mais realistas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Paulo Augusto Netz - Coordenador / Tiago Espinosa de Oliveira - Integrante., Número de produções C, T & A: 2
2016 - Atual

Métodos computacionais no estudo das interações ligantes-proteínas em sistemas de interesse medicinal, Descrição: Métodos computacionais como o docking e a simulação dinâmica molecular de biomoléculas têm permitido uma compreensão microscópica de eventos como a ligação de fármacos a proteínas ou ao DNA ou aspectos dinâmicos e estruturais das macromoléculas biológicas . Estes estudos apresentam, portanto, grande relevância, dentre outros aspectos, na compreensão dos mecanismos microscópicos de doenças, na pesquisa de sondas biológicas e no desenho racional de fármacos. Neste projeto, são abordados diversos sistemas nos quais os estudos detalhados das interações entre moléculas de pequeno ou médio porte (ligantes) e proteínas-alvo cumprem um papel fundamental para o desenho racional de fármacos ou inibidores. Os sistemas estudados serão os seguintes: I - Derivados da Isoniazida, com potencial farmacológico no controle de Mycobacterium tuberculosis, atuando como inibidores da Enoil-ACP-Redutase II – Potenciais inibidores da proteína que sintetiza o sideróforo ácido 3,4 dihidroxibenzóico no Bacillus Anthracis. III - Derivados de naftoquinonas e sua interação com as monoaminooxidases MAO-A e MAO-B IV – Derivados de 1,3,4-Oxidiazol como ligantes à proteinda de ligação ao ácido salicílico 2 (SABP2). V – Interações de derivados de triperpenos com a Ca-ATPASE Sarco-Endoplasmática (SERCA) de Plasmodium Falciparum.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Paulo Augusto Netz - Coordenador / Vanessa Petry do Canto - Integrante / Andreia C. Wildner - Integrante / Luis Andre Baptista - Integrante.
2008 - Atual

Estudos computacionais da interação entre DNA e ligantes via docking e dinâmica molecular, Descrição: Este projeto tem como objetivos o estudo computacional, usando docking e simulação dinâmica molecular, da interação entre diferentes ligantes e oligonucleotídeos (fragmentos de DNA). Os ligantes abordados serão ligantes intercaladores (como antraciclinas, as actinomicinas, a acridina e a proflavina) e ligantes de sulco menor (como berenil, pentamidina, netropsina e distamicina), bem como de caráter misto como as Bases de Tröger. A análise via docking irá procurar estabelecer um protocolo capaz de classificar o ligante de acordo com o tipo de interação. As simulações, que partem das estruturas mais estáveis obtidas no docking, procuram refinar a descrição das interações. Este estudo enquadra-se como uma etapa no desenvolvimento racional de fármacos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Paulo Augusto Netz - Coordenador / Hermes L Neubauer de Amorim - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2006 - Atual

Simulação computacional de fluidos complexos e biomoléculas, Descrição: Este projeto visa aplicar métodos de simulação computacional para o estudo de peculiaridades no comportamento termodinâmico, propriedades estruturais e propriedades de transporte de líquidos, bem como na dinâmica, estrutura e interações de moléculas de interesse biológico. O estudo da água e de sistemas aquosos apresenta imenso interesse prático e teórico, mas algumas das suas propriedades anômalas ainda desafiam a nossa compreensão. Para melhor entender o seu comportamento, porém, é essencial entender as suas propriedades particulares mediante a simulação de líquidos modelos, cujas moléculas interagem mediante potenciais que procuram reproduzir algumas características fundamentais do comportamento da água e de líquidos complexos. Por outro lado, a simulação dinâmica molecular do DNA, proteínas, e outras biomoléculas nos permite entender as particularidades das interações diferenciadas das regiões hidrofílicas e hidrofóbicas destas com o meio aquoso em que se encontram e o papel destas interações na dinâmica e estrutura tanto da água quanto das moléculas biológicas. Este estudo apresenta grande relevância, dentre outros aspectos, na compreensão dos mecanismos microscópicos de doenças neurodegenerativas e no desenho racional de fármacos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Paulo Augusto Netz - Coordenador / Marcia C B Barbosa - Integrante / Alex Sandro Cardoso de Andrade - Integrante / Alan Barros de Oliveira - Integrante / Melina Mottin - Integrante / Clarisse Gravina Ricci - Integrante / Thomas Bartlett - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3
2005 - 2008

Investigação por simulação computacional das bases atômico-moleculares de fármacos antitumorais, Descrição: O Et 743 é um alcalóide composto por anéis tetraidroisoquinolínicos fundidos e apresenta estrutura química relacionada a família de antibióticos saframicinas e é um importante inibidor da proliferação celular. Os resultados obtidos nos testes clínicos de fase I na Europa e nos Estados Unidos mostraram respostas satisfatórias contra uma variedade e tumores humanos, incluindo sarcoma de tecidos moles. Atualmente, o desenvolvimento de fármacos antitumorais derivados de Et 743 está limitado, em parte, devido a ausência de informações estruturais, em resolução atômica, sobre os complexos formados pela interação de Et 743 com o DNA e com proteínas reparadoras específicas. Neste projeto, pretende-se aplicar técnicas de simulação computacional para a obtenção de modelos tridimensionais destes complexos que, após validados, serão empregados como ponto de partida para o desenho racional de protótipos de fármacos antitumorais.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Paulo Augusto Netz - Coordenador / Hermes L N de Amorim - Integrante / Alex Sandro Cardoso de Andrade - Integrante / Jorge Guimarães - Integrante / Igor Ribeiro Rosa - Integrante / Melina Mottin - Integrante., Financiador(es): Universidade Luterana do Brasil - Remuneração / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 8
2004 - 2006

Simulação Dinâmica Molecular de Mudanças Conformacionais em Príons, Descrição: Nosso projeto de pesquisa visa aplicar métodos computacionais de simulação para estudar o comportamento termodinâmico e dinâmico, bem como propriedades estruturais de prions. Prions são proteínas cerebrais que, num estado alterado, patológico, são causadoras das chamadas encefalopatias espongiformes, sendo a mais conhecida a popular "doença da vaca louca". O processo de alteração, envolvendo uma mudança conformacional, é um processo adequado para ser investigado mediante as ferramentas da simulação computacional. Este método possibilita o acesso à informação microscópica detalhada, auxiliando a compreensão deste processo, cuja implicação na área da saúde é extremamente grande.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Paulo Augusto Netz - Coordenador / Hermes L N de Amorim - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Bolsa / Universidade Luterana do Brasil - Remuneração.
2003 - 2005

Simulação computacional da água e outros fluídos complexos, Descrição: O projeto de pesquisa visa aplicar métodos computacionais de simulação dinâmica molecular para estudar o comportamento termodinâmico e as propriedades de transporte de líquidos. A água constitui o principal líquido de interesse, em relação ao qual já desenvolvemos alguns trabalhos enfocando a termodinâmica e a difusão translacional e rotacional. A água certamente é uma das substâncias chaves nas tecnologias limpas, enquanto solvente e também considerando seu estado termodinâmico de fluido supercrítico, mas também enquanto um líquido-base para todos os sistemas biológicos. Para compreender o comportamento da água é essencial entender as suas propriedades particulares. Para uma melhor compreensão destes aspectos, também serão simulados líquidos modelos, cujas moléculas interagem mediante potenciais de interação que procuram reproduzir algumas características essenciais do comportamento da água e de líquidos complexos. Os modelos analíticos mais aperfeiçoados utilizam um potencial Lennard-Jones acrescido de uma gaussiana, mas ainda não houve uma exploração exaustiva nem das potencialidades deste modelo nem do papel dos diferentes parâmetros.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Paulo Augusto Netz - Coordenador / Adriana Simane Camera - Integrante., Financiador(es): Universidade La Salle - Canoas - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3
2002 - 2004

Simulação computacional da água em condições termodinâmicas extremas, Descrição: Nosso projeto de pesquisa visa aplicar métodos computacionais de simulação para estudar o comportamento termodinâmico e as propriedades de transporte de fluidos complexos, no caso água, sob condições termodinâmicas extremas, ou seja, baixas temperaturas e presença de tensão de estiramento (densidades formalmente negativas). Um dos aspectos fundamentais nesta pesquisa é o estudo das características dinâmicas da própria água como o coeficiente de difusão e a relaxação orientacional, propriedades as quais sabe-se que cumprem um papel importante na dinâmica das macromoléculas em solução aquosa e nos chamados "efeitos coletivos". O entendimento do comportamento da água tem, portanto, uma importância não apenas acadêmica, mas fundamental para áreas como a biotecnologia, a biologia molecular e o desenho de fármacos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Paulo Augusto Netz - Coordenador / H Eugene Stanley - Integrante / Marcia C B Barbosa - Integrante / F W Starr - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação / National Science Foundation - Cooperação / Universidade Luterana do Brasil - Remuneração., Número de produções C, T & A: 5
2000 - 2005

simulações computacionais de fluidos complexos, Descrição: Este projeto visa analisar a aplicação de métodos computacionais de simulação dinâmica molecular para o estudo do comportamento termodinâmico e as propriedades de transporte de fluidos complexos. A água e os sistemas aquosos constituem o principal sistema de interesse, quanto aos aspectos da termodinâmica e da difusão translacional e rotacional. Para compreender o comportamento da água e de suas interações é essencial também entender as suas propriedades particulares simulando líquidos modelos, cujas moléculas interagem mediante potenciais que procuram reproduzir algumas características essenciais do comportamento da água e de líquidos complexos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Paulo Augusto Netz - Integrante / Francis Starr - Integrante / H Eugene Stanley - Integrante / Marcia C B Barbosa - Coordenador / Sergey V Buldyrev - Integrante., Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 14
1999 - 2001

Simulação Computacional e Modelagem Molecular aplicada a sistemas complexos, Descrição: O nosso objetivo é estudo comparativo de sistemas tais como água em diferentes condições de temperatura e pressão (e utilizando-se diferentes métodos de simulação dinâmica molecular) bem como géis de poliacrilamida e derivados. Estas simulações em sistemas de géis já foram realizadas mediante uso de outros programas de simulação e nos mostram as peculiaridades da difusão anômala de partículas sonda que difundem através do gel, bem como no comportamento das moléculas de água (no que toca à sua estrutura, dinâmica e difusão) na presença de um ambiente complexo. Numa etapa posterior planeja-se aplicar os softwares na investigação de moléculas biológicas, numa cooperação entre o departamento de Química da ULBRA, através dos professores Paulo Netz e Hermes Amorim, o Centro de Biotecnologia da UFRGS e o Instituto de Biofísica da UFRJ. Primeiro serão utilizadas técnicas de modelagem molecular (MM) e dinâmica molecular (DM) para realizar o desenho e simular a interação entre substratos de baixo peso molecular com proteínas. Estes compostos deverão ser derivados de princípios ativos que tenham atividade biológica reconhecida através de, por exemplo, estudos cinéticos. É importante que nesta fase sejam escolhidos sistemas que tenham relevância biológica como, por exemplo, substratos que possam ser relacionados a mecanismos bioquímicos ou sejam candidatos a fármacos. Posteriormente, aqueles compostos que tenham sido escolhidos através das metodologias teóricas, caso não possam ser adquiridos comercialmente, serão sintetizados em laboratório. Avaliação da atividade biológica destes compostos para a identificação de compostos-líderes. Utilização de técnicas de cristalografia de raios-X e ressonância magnética nuclear (RMN) na determinação das estruturas tridimensionais dos complexos ligante-enzima. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Paulo Augusto Netz - Coordenador / Hermes L Neubauer de Amorim - Integrante / Jorge Guimarães - Integrante., Financiador(es): Universidade Luterana do Brasil - Remuneração., Número de produções C, T & A: 15

Prêmios

2023

Paraninfo do curso de bacharelado em química UFRGS, UFRGS.

2019

Professor homenageado do curso de química UFRGS, UFRGS.

2010

Paraninfo do curso de química UFRGS, UFRGS.

2008

Professor homenageado do curso de química UFRGS, UFRGS.

2006

Premio Destaque 14a SBQSul ao trabalho Simulação Dinâmica Molecular de um Oligopeptídeo Similar ao Príon, SBQ, Regional Sul.

Histórico profissional

Endereço profissional

Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Instituto de Química. , AC Campus da UFRGS, Agronomia, 91501970 - Porto Alegre, RS - Brasil, Telefone: (51) 33086276

Experiência profissional

2006 - Atual

Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: professor associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

1997 - 2006

Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Visitante, Carga horária: 8

Atividades

11/2019
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Química.,Linhas de pesquisa
07/2007
Ensino, PPGQ/UFRGS, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Físico-Química Avançada, Química Teórica Avançada
05/2006
Ensino, Química, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Química Computacional, Físico-Química Experimental, Físico-Química III
12/1997
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Física, Departamento de Física.,Linhas de pesquisa
12/1997
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Química, Departamento de Físico-Química.,Linhas de pesquisa

2014 - 2015

Max Planck Institut für Polymerforschung

Vínculo: Pesquisador visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador visitante

Outras informações:
Bolsista pos-doc CNPq

1991 - 2006

Universidade Luterana do Brasil

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: professor adjunto, Carga horária: 30

Atividades

03/2003 - 02/2006
Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Central Canoas, Programa de Pós Graduação no Ensino de Ciências e Matemática.,Cargo ou função, Conselho editorial da revista ACTA SCIENTIAE.
01/1999 - 02/2006
Pesquisa e desenvolvimento, Campus Central Canoas, Centro de Ciências Naturais e Exatas.,Linhas de pesquisa
03/1998 - 02/2006
Ensino, Química, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Química Geral II, Físico-Química I, Físico-Química II, Físico-Química Experimental
09/2005 - 10/2005
Extensão universitária , Campus Central Canoas, Diretoria de Extensão.,Atividade de extensão realizada, Tratamento de água para consumo humano e industrial.
08/1998 - 12/2004
Ensino, Farmácia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Físico-Química, Física Farmacêutica, Química Geral e Inorgânica
03/2000 - 07/2000
Ensino, Pós Graduação Em Ciências Ppgcien, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Tópicos Multidisciplinares em Ciências
01/1998 - 12/1999
Pesquisa e desenvolvimento, Campus Central Canoas, Centro de Ciências Naturais e Exatas.,Linhas de pesquisa
03/1999 - 07/1999
Ensino, Pós Graduação Em Ciências Ppgcien, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Modelagem e Simulação
03/1991 - 05/1992
Ensino, Química, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Físico-Química I, Físico-Química II, Físico-Química III

2002 - 2006

Universidade La Salle - Canoas

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: professor horista, Carga horária: 8

Atividades

08/2002 - 12/2005
Ensino, Química, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Química Geral Experimental, Físico-Química IV, Fisico-Química III, Físico-Química I, Físico-Química II, Laboratório de Físico-Química
05/2003 - 05/2005
Pesquisa e desenvolvimento, Curso de Química.,Linhas de pesquisa

2000 - 2005

Boston University

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: , Carga horária: 0

Atividades

01/2005 - 01/2005
Pesquisa e desenvolvimento, Physics Department, Center Of Polymer Studies.,Linhas de pesquisa
12/2003 - 12/2003
Pesquisa e desenvolvimento, Physics Department, Center Of Polymer Studies.,Linhas de pesquisa
01/2000 - 02/2000
Pesquisa e desenvolvimento, Physics Department, Center Of Polymer Studies.,Linhas de pesquisa