Vinicius Sousa Flores

Atualmente é bioinformata na empresa Genera e Mestre em Ciências pelo programa de pós-graduação interunidades em Bioinformática USP no Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular de Microorganismos. Na empresa Genera coordena o time de calculadoras, criando novas ferramentas e pipelines de bioinformática para o cálculo de Ancestralidade, busca de segmentos IBD e cálculo de Linhagens. Mestrando pelo programa de pós-graduação interunidades em Bioinformática da Universidade de São Paulo sob orientação da Profa. Dra. Aline Maria da Silva e Co-orientação do Prof. Dr. João Carlos Setubal com enfoque na criação de pipelines para a recuperação de bacteriófagos a partir de metagenomas e criação de catálogos de MAGs fágicos.

Informações coletadas do Lattes em 07/07/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Mestrado em Bioinformática

2020 - 2023

Universidade de São Paulo
Título: Recuperação e caracterização de genomas de bacteriófagos a partir de metagenomas de compostagem, Ano de Obtenção: 2023
Aline Maria da Silva.Coorientador: João Carlos Setubal. Palavras-chave: Metagenômica; Bacteriofágos; Zoológico de São Paulo.Grande área: Ciências Biológicas

Graduação em Ciências Biológicas

2015 - 2019

Universidade de São Paulo
Título: Evolução dirigida de Pseudomonas aeruginosa em cultura contínua
Orientador: Beny Spira
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.

Curso técnico/profissionalizante em Técnico em Informática

2012 - 2013

Etec de Embu

Formação complementar

2021 - 2021

Logo da empresa Mosaico Translational Genomics Informática, Data Managemen. (Carga horária: 36h). , Mosaico Translational Genomics, MTG, Brasil.

Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Bioinformática.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Metagenomica.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Microbiologia.

Organização de eventos

KAWASHIMA, I. Y. ; ROSSI, F. ; LOPES, T. S. ; GOMES, C. ; FLORES, V. S. ; OLIVEIRA, R. P. ; FRANCO, H. M. . Curso de Verão em Bioinformática USP 2022. 2022. (Outro).

Participação em eventos

65º Congresso Brasileiro de Génetica. Directed Evolution of Pseudomonas aeruginosa in Continuous Culture. 2019. (Congresso).

International Genetically Engineered Machine. QS-Comms - Quorum Sensing Communication. 2018. (Congresso).

Produções bibliográficas

  • FLORES, VINICIUS S. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; RYON, KRISTA A. ; DANKO, DAVID ; TIERNEY, BRADEN T. ; MASON, CHRISTOPHER ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS . Discovery and description of novel phage genomes from urban microbiomes sampled by the MetaSUB consortium. Scientific Reports , v. 14, p. 7913, 2024.

Projetos de pesquisa

  • 2020 - 2023

    Recuperação e caracterização de genomas de bacteriofagos isolados a partir de metagenomas de compostagem, Descrição: Bacteriófagos ou fagos são vírus que predam bactérias e as utilizam como hospedeiras para sua propagação. A estrutura de comunidades bacterianas são profundamente afetadas pelos fagos. Por muito tempo o isolamento dos fagos foi restrito às bactérias que são possíveis de se cultivar em laboratório, resultando em uma subestimação da real diversidade desses vírus. Com o desenvolvimento do sequenciamento de alto desempenho e da metagenômica tem sido possível o acesso à diversidade viral existente nos mais variados ambientes. A compostagem utiliza o metabolismo microbiano para a degradação/biotransformação da matéria orgânica. Existe uma grande variação no perfil dos microrganismos que participam das diferentes fases do processo de compostagem. Nos últimos anos, compêndios de genomas de fagos têm sido construídos a partir de metagenomas e viromas de variados ambientes e suas implicações ecológicas têm sido exploradas. O objetivo deste projeto é a montagem de um catálogo de genomas de fagos recuperados de dados metagenômicos de diversas amostras do processo de compostagem do Parque Zoológico de São Paulo. Esse catálogo será usado para avaliar o potencial impacto dos bacteriófagos no processo de compostagem.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Vinicius Sousa Flores - Integrante / Aline Maria da Silva - Coordenador / João Carlos Setubal - Integrante.

  • 2017 - 2019

    Evolução dirigida de Pseudomonas aeruginosa em cultura contínua., Descrição: O cultivo continuo é uma técnica que permite regular o crescimento de microrganismos e direcionar a pressão seletiva imposta para um nutriente do meio de cultura. O mutante phoU de P. aeruginosa tem capacidade aumentada na captação de fosfato, entretanto é mais sensível do que a cepa selvagem. Um experimento de longa duração em cultura contínua com privação de fosfato foi realizando utilizando o mutante phoU. Três cepas foram isoladas após 14 dias de experimento, sendo essas com capacidade aumentada para a captação de fosfato e com maior resistência a estresses ambientais. Busco descobrir quão grande é a diferença da aptidão darwiniana dessas cepas com relação ao seu ancestral por meio de competições utilizando o metódo de cultura contínua.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Vinicius Sousa Flores - Integrante / Beny Spira - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

Histórico profissional

Endereço profissional

  • Genera. , Avenida Paulista - de 1047 a 1865 - lado ímpar, Bela Vista, 01311200 - São Paulo, SP - Brasil, Telefone: (11) 40001653, URL da Homepage:

Experiência profissional

2017 - 2019

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20

2021 - Atual

Genera

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Bioinformata, Carga horária: 40