Bruno Koshin Vazquez Iha

Doutorando na área de Bioinformática na USP com ênfase em Aprendizado de Máquina aplicada a microbiologia sob supervisão do prof João Carlos Setubal. Formado bacharel em física pela Universidade de São Paulo (USP). Mestre na área de química dos materiais pelo Instituto Tecnológico de Aeronáutica (ITA) com o prof. José Atílio Friz Fidel Rocco. Principais focos aprendizado de máquina, genômica, modelagem de sistemas biológicos.

Informações coletadas do Lattes em 22/02/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em andamento em Bioinformática

2019 - Atual

Universidade de São Paulo
Título: PHEMALE: predição fenotípica de bactérias a partir de seus genomas utilizando aprendizado de máquina
Orientador: João Carlos Setubal
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: aprendizado de máquina; microbiologia.Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Biologia e Fisiologia dos Microorganismos / Especialidade: Bacteriologia. Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.

Mestrado em Quimica

2016 - 2018

Instituto Tecnológico de Aeronáutica
Título: Redes neurais artificiais e equações lineares e não-lineares para previsão de propriedades físico-químicas de misturas de farnesano e querosene de aviação QAV-1
, Ano de Obtenção: 2018.José Atílio Fritz Fidel Rocco.Grande área: Ciências Exatas e da Terra

Graduação em Física

2007 - 2015

Universidade de São Paulo

Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Espanhol

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Pouco.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação/Especialidade: Modelos Analíticos e de Simulação.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Linguagens de Programação.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física.

Participação em eventos

15th Brazilian Symposium on Bioinformatics.PHEMALE-Bacteria: genome-based tool for prediction of bacteria phenotypes with machine learning. 2022. (Simpósio).

Workshop CAPES-DAAD (PROBAL) - IME/USP.PHEMALE-Bacteria: genome-based tool for prediction of bacteria phenotypes with machine learning. 2022. (Oficina).

iGEM 2021 - International Genetically Engineered Machine. Let.It.Bee. 2021. (Olimpíada).

Orientou

Marcos Markevich

Identificação de combinações de grupos genéticos funcionais em bactérias relacionados a capacidade de fixação de nitrogênio; Início: 2022; Iniciação científica (Graduando em Estatística) - Universidade de São Paulo; (Orientador);

Eduardo do Nascimento Evaristo

Técnicas de aprendizado de máquina para predição de fenótipos em bactérias; 2021; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Matemática) - Universidade de São Paulo; Orientador: Bruno Koshin Vázquez Iha;

Produções bibliográficas

  • GONCALVES, RENE F.B. ; IHA, BRUNO K.V. ; ROCCO, JOSÉ A.F.F. ; KUZNETSOV, ALEKSEY E. . Reactive molecular dynamics of pyrolysis and combustion of alternative jet fuels: A ReaxFF study. FUEL , v. 310, p. 122157, 2022.

  • Tasinaffo, P. M. ; Santos, A. H. M. ; Cavalcante Junior, E. ; Forster, C. H. Q. ; Shigemura, R. A. L. ; Jacomel, R. ; Pugliese, V. U. ; IHA, BRUNO ; Cunha, A. M. ; Gonçalves, G. S. ; Dias, L. A. V. . Determination of Forest Reserves Area Using Images Processed by Drones, Neural Networks and Monte Carlo Method. Mathematics and Computer Science , v. 4, p. 112-129, 2019.

  • IHA, BRUNO ; SANTOS, LEILA ; SANTOS, LENILSON ; SBAMPATO, MARIA ESTHER ; ROCCO, JOSÉ . EQUAÇÕES LINEARES E NÃO LINEARES PARA PREVER O COMPORTAMENTO DE PROPRIEDADES FÍSICO-QUÍMICAS DE COMBUSTÍVEL DE AVIAÇÃO MISTURADO COM BIOQUEROSENE DROP-IN ALTERNATIVO. QUIMICA NOVA , v. 2018, p. 1-9, 2018.

  • AMGARTEN, DEYVID ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS . vHULK, a New Tool for Bacteriophage Host Prediction Based on Annotated Genomic Features and Neural Networks. PHAGE , 2022.

Projetos de pesquisa

  • 2023 - Atual

    Meta-Baccom, Descrição: Extensão da capacidade de modelagem metabólica de comunidades bacterianas grandes e complexas utilizando aprendizado de máquina.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Bruno Koshin Vázquez Iha - Coordenador / SETUBAL, JOÃO CARLOS - Integrante / Peter Stadler - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.

  • 2020 - 2021

    Let.it.bee - Projeto para a competição internacional de engenharia genética IGEM, Descrição: Adição de gene de degração do agrotóxico imidacloprido em plantas de tomate com intuito do gene se expressar apenas no pólen, dessa forma o polen fica sem agrotóxicos, sendo seguro para polinização enquanto o resto da planta se mantém protegido com os agrotóxicos. Resultados da competição: Medalha de ouro Medalha de Best plant Top 10 mundial melhores times na categoria overgrad Referências: https://jamboree.igem.org/results https://2021.igem.org/Team:USP-Brazil. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (20) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Bruno Koshin Vázquez Iha - Coordenador / Beatriz Toledo Akiti - Integrante / Marcos Markevich - Integrante / João Pedro Fairbanks - Integrante / Caio Klocke Zamuner - Integrante / Amanda Soares Hirata - Integrante / Eric Andre Velasco Yepez - Integrante / Luiz Gustavo dos Santos Lima - Integrante / Pedro Garcia Abilleira de Castro - Integrante / Vital Pegorin Oliveira - Integrante / Larissa Braga Nunes - Integrante.

  • 2020 - Atual

    PHEMALE: predição fenotípica de bactérias a partir de seus genomas utilizando aprendizado de máquina, Descrição: Desenvolvimento de ferramenta de predição de múltiplos fenótipos bacterianos a partir de grupos genéticos funcionais utilizando aprendizado de máquina.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Bruno Koshin Vázquez Iha - Coordenador / Marcos Markevich - Integrante / João Carlos Setubal - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.

Prêmios

2021

Best plant synthetic biology, IGEM.

2021

Top 10 world-wide best teams, IGEM.

Histórico profissional

Endereço profissional

  • Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica. , Avenida Professor Lineu Prestes, 748, sala 911, Butantã, 05508000 - São Paulo, SP - Brasil, Telefone: (11) 30913839, URL da Homepage:

Experiência profissional

2023 - Atual

Universität Leipzig, UNI/Leipzig

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2015 - 2015

Universidade de São Paulo

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Assistente de professor, Carga horária: 20

Outras informações:
Assistente do professor Gilson Schwartz (ECA - USP) na matéria Produção de Jogos e Empreendedorismo.

2015 - 2015

Universidade de São Paulo

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Assistente de professor, Carga horária: 8

Outras informações:
Assistente do professor Ricardo Nakamura (Departamento de Engenharia de Computação e Sistemas Digitais, POLI - USP) na matéria Design de Jogos para o curso de design da FAU.

2010 - 2010

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor de Eletromagnetismo, Carga horária: 20

Outras informações:
Monitor de eletromagnetismo do curso de Ciências Moleculares.

2015 - 2015

Cidade do Conhecimento

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Gerente de Tecnologia, Carga horária: 20

Outras informações:
Um portal de notícias voltado para jovens brasileiros. Administrado pelo grupo Cidade do Conhecimento, é um projeto da Secretaria Municipal de Direitos Humanos e Cidadania de São Paulo. Fui gerente de tecnologia do Portal da Juventude. Ajudei a organizar o projeto antes do lançamento, participando do planejamento com a Secretaria de Direitos Humanos e Cidade do Conhecimento e capacitação dos futuros membros na parte tecnológica do Portal. http://www5.usp.br/96843/parceria-entre-usp-e-prefeitura-portal-conecta-jovens-a-projetos-e-acoes-na-cidade

2014 - 2015

Lawsoft SA

Vínculo: Programador CLT, Enquadramento Funcional: Programador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Trabalhei com C#, DOT.NET, SQL na manutenção de um programa de administração jurídica.

2012 - 2014

Paysession

Vínculo: estagiário, Enquadramento Funcional: programador, Carga horária: 30

Outras informações:
Criação de softwares com as seguintes linguagens C++ Qt MySQL E criação de sites com as seguintes linguagens Javascript Html CSS

2011 - 2012

Molygrafit Lubrificantes Especiais

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Assistente de pesquisador, Carga horária: 10

Outras informações:
Assistente do pesquisador e professor José Atílio Fritz Fidel Rocco (ITA) no desenvolvimento de produtos.

2011 - 2011

Webcenter Sistemas

Vínculo: estagiário, Enquadramento Funcional: programador, Carga horária: 20

Outras informações:
Atualização e manutenção de sites.