Debora Cristine Hammes

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Projetos de pesquisa

• 2019 - Atual

  O conceito de reconhecimento de espécies em fungos micorrízicos arbusculares (Filo Glomeromycota): estudos morfológicos e moleculares comparativos, Descrição: Os fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) são fungos do solo que se associam com as raízes das plantas terrestres e fornecem importantes serviços ecossistêmicos. Apesar dos avanços recentes na sistemática molecular, no aumento na descoberta de novas espécies e nos estudos de ecologia, estudos sobre o conceito de reconhecimento de espécie é praticamente inexistente para este grupo de fungos. O objetivo desta proposta é avaliar o Genealogical Concordance Phylogenetic Species Recognition como critério de reconhecimento de espécie para FMAs através de estudos morfológicos e moleculares comparativos. Para cumprir este objetivo, isolados de sete espécies do clado referido como mellea (Acaulospora mellea, A. dilatata, A. rugosa, A. delicata, A. morrowiae, A. lacunosa, e A. colombiana) e de cinco espécies do clado claroideum (Claroideoglomus claroideum, C. luteum e C. lamellosum, C. etunicatum, e comparado com Entrophospora infrequens) serão usados. Dados morfológicos dos esporos (tamanho, forma, cor, espessura da parede) serão mensurados em 100 esporos de cada isolado e testes realizados para determinar a variabilidade intra e interespecífica. Para cada isolado será amplificado e sequenciado o gene da RNA polimerase II (rpb-1) seguindo os primers e protocolo estabelecido na literatura. As sequencias de rpb1 de espécies de Acaulospora e Claroideoglomus que não fazem parte do clado ?mellea? e ?claroideum? e sequencias de LSU para as espécies de ambos os gêneros serão obtidas do GenBank e alinhadas usando ClustalX As análises filogenéticas serão conduzidas independentes para os genes de rpb1 e LSU em MrBayes usando os método de reconstrução de filogenia Bayesiano e ?maximum likelihood? para acessar o suporte de bootstrap (1000 repetições). MEGA7 será usado para determinar o melhor modelo evolutivo e padrão de substituição de nucleotídeo. Os resultados das análises morfológicas e da filogenia molecular para ambos os genes independentes fornecerão subsídios para a discussão e determinação de um critério para reconhecimento de espécies em FMAs, usando como modelo o Genealogical Concordance Phylogenetic Species Recognition. Este projeto permitirá o aperfeiçoamento e a formação em conceitos em métodos de analises filogenéticas por parte do proponente, bem como o uso de ferramentas da biologia molecular para estudos em sistemática de FMAs. Os resultados deste projeto permitirão estabelecer um conceito de reconhecimento de espécie para FMAs, o qual é importante para estudos de taxonomia, diversidade e para identificação adequada de espécies presentes em inoculantes comerciais.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Debora Cristine Hammes - Integrante / Sidney Luiz Stürmer - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa e Inovação do Estado de Santa Catarina - Auxílio financeiro.

• 2016 - 2018

  Uso de barcode para identificação de espécies de Acaulospora e Gigaspora (Glomeromycota), Descrição: Os fungos micorrízicos arbusculares (FMA - Filo Glomeromycota) são componentes ubíquos dos sistemas terrestres onde eles estabelecem a associação micorrízica com a maioria das plantas. Considerando os serviços de ecossistemas prestados por estes fungos, entre eles o aumento do crescimento e nutrição vegetal, há um enorme potencial para usar os mesmos como componentes de inoculantes comerciais. No entanto, a identificação acurada das espécies que compõem um inoculante é um requisito importante num inoculante comercial. A identificação dos FMAs é feita com base na morfologia dos esporos e alguns grupo de espécies possuem características que se sobrepõem, dificultando a identificação das mesmas. O uso de barcode molecular representa uma alternativa para identificar e distinguir espécies que são próximas morfologicamente. O objetivo deste projeto é diferenciar isolados de três espécies de Acaulospora e duas espécies de Gigaspora baseado na análise morfológica e sequenciamento da maior subunidade do rRNA. Isolados de três espécies de Acaulospora (Acaulospora mellea, Acaulospora morrowiae e Acaulospora colombiana) e duas espécies de Gigaspora (Gigaspora margarita e Gigaspora decipiens) serão obtidos da Coleção Internacional de Cultura de Glomeromycota (CICG). De cada isolado, 100 esporos serão usados para a caracterização morfológica que incluirá a mensuração do diâmetro dos esporos, cor e espessura da parede do esporo. Cinco esporos de cada isolado serão usados e cada esporo será quebrado individualmente para extrair o DNA, o qual será amplificado via PCR utilizando-se primers específicos para a o gene que codifica a maior subunidade do rDNA (LSU). O sequenciamento será realizado em empresa comercial e as sequências comparadas com banco de dados públicos. As análises filogenéticas serão conduzidas usando o método de parcimônia em PAUP e todas as sequências serão depositadas no banco de dados EMBL do NCBI. Os resultados deste projeto servirão de base para a caracterização molecular de isolados fúngicos pertencentes a CICG, caracterizando e delimitando algumas espécies que poderão ser utilizadas em inoculantes comerciais.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Debora Cristine Hammes - Integrante / Sidney Luiz Stürmer - Coordenador.

• 2015 - 2016

  Diversidade genética de isolados de Acaulospora koskei e Gigaspora decipiens pertencentes à Coleção Internacional de Cultura de Glomeromycota (CICG) detectada pela análise do DNA ribossomal 25S, Descrição: Os fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) estabelecem uma associação simbiótica com a maioria das plantas terrestres. A taxonomia destes fungos é baseada principalmente na analise das paredes dos esporos e mais recentemente, ferramentas da biologia molecular são utilizadas na caracterização de isolados e na sistemática. O objetivo deste projeto é analisar a diversidade genética das espécies de FMAs Acaulospora koskei e Gigaspora decipiens pela análise do DNA ribossomal 25S. Isolados geográficos destas duas espécies serão obtidos da Coleção Internacional de Cultura de Glomeromycota (CICG) da FURB. O DNA será extraído de esporos maduros de todos os isolados em solução tampão para PCR. O gene que codifica para o DNA ribossomal 25S será amplificado usando primers específicos e produto do PCR visualizado em gel de agarose. As bandas serão excisadas do gel e sequenciadas em laboratório específico. As sequências serão depositadas em banco de sequências públicas contribuindo para a caracterização molecular de espécies de FMAs. Os resultados contribuem para o entendimento da diversidade genética das duas espécies de FMAs que tem ampla ocorrência em Santa Catarina.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Debora Cristine Hammes - Integrante / Sidney Luiz Stürmer - Coordenador.

• 2011 - 2012

  Uso de microssatélites para verificação de cruzamento entre as subespécies de abelhas Tetragonisca angustula angustula e Tetragonisca angustula fiebrigi, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Debora Cristine Hammes - Integrante / Jaqueline Reginato Koser - Integrante / Geraldo Moretto - Coordenador.