Gabriel Rubino

Idiomas

Áreas de atuação

Produções bibliográficas

• Vicente, Fábio F. R. ; Menezes, Euler ; Rubino, Gabriel ; de Oliveira, Juliana ; Lopes, Fabrício Martins . A Feature Selection Approach for Evaluate theInference of GRNs Through Biological Data Integration - A Case Study on A. Thaliana. Lecture Notes in Computer Science. 942ed.: Springer International Publishing, 2015, v. , p. 667-675.

• OLIVEIRA, J. ; Rubino, Gabriel ; VICENTE, F. F. R. ; LOPES, F. M. . Integration of temporal gene expression data of Arabidopsis thaliana from the Gene Expression Omnibus. In: ISCB-LA / X-meeting / BSB / SoIBio,, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin America X-meeting in Bioinformatics with BSB and SoiBio, 2014.

• Rubino, Gabriel ; LOPES, F. M. . Integration of biological data for GNs inference. In: X-Meeting, 2012, Campinas. International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2012.

• Rubino, Gabriel ; SILVA, J. S. S. R. ; VICENTE, F. F. R. ; LOPES, F. M. . Integration of biological data for the inference of GRNs. In: X-Meeting, 2011, Florianópolis. 7th Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011.

• RUBINO, G. ; LOPES, F. M. ; VICENTE, F. F. R. ; SILVA, J. S. S. R. . Integration of biological data for the inference of GNRs. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2012 - 2015

  Integração de dados na biologia sistêmica: um estudo de caso em Arabidopsis Thaliana, Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus perfis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integração de dados biológicos públicos, provenientes de diversas naturezas para a inferência de GRNs, considerando como escopo deste projeto o estudo de caso na Arabidopsis Thaliana. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma e estrutura topológica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para a geração de vetores de características que representem a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrutura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gabriel Rubino - Coordenador / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Leandro Takeshi Hattori - Integrante / Euler Angelo de Menezes Junior - Integrante / Juliana de Oliveira - Integrante / André Rocha Barbosa - Integrante / Filipe Protasio Pereira - Integrante.