José Luiz Rybarczyk Filho
Possui graduação em Bacharelado em Física pelo Instituto de Física da Universidade Federal do Rio Grande do Sul- UFRGS (2004), Mestrado em Medicina: Ciências Médicas pela Faculdade de Medicina da Universidade Federal do Rio Grande do Sul-UFRGS (2006), Doutorado em Física pelo Instituto de Física da Universidade Federal do Rio Grande do Sul-UFRGS (2011), Pós-Doutorado na área de Bioquímica pelo Instituto de Ciências Básicas da Saúde da Universidade Federal do Rio Grande do Sul- UFRGS (2011/2012), Livre-Docente em Bioinformática pelo Instituto de Biociências de Botucatu da Universidade Estadual Paulista ?Júlio de Mesquita Filho? - UNESP (2019). Atualmente é Professor Associado no Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP ministrando aulas nos cursos de graduação de Física Médica, Ciências Biológicas e Biomedicina e na pós-graduação para os cursos de Biotecnologia, Ciências Biológicas - Genética e Biologia Geral e Aplicada. Têm experiência nas área de sinais biomédicos, bioinformática, redes biológicas.
Informações coletadas do Lattes em 14/01/2024
Acadêmico
Formação acadêmica
Doutorado em Física
2007 - 2011
Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Título: Medida de performance metabólica usando a expressão gênica de genoma completo
Rita Maria Cunha de Almeida. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Mestrado em Medicina: Ciências Médicas
2005 - 2006
Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Título: Classificação de Fusos de Sono por Técnicas Não-Lineares, Ano de Obtenção: 2006
Marcia Lorena Fagundes Chaves.Coorientador: Gunther Johannes Lewczuk Gerhardt. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Grande área: Ciências da SaúdeSetores de atividade: Neurociências.
Especialização em MBA Datascience & Machine Learning
2019 - 2021
Universidade Paulista
Título: Avaliação da U-NET e Efficient Net na detecção de câncer de mama
Graduação em Bacharelado Em Fisica
2000 - 2004
Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Orientador: Johnny Ferraz Dias
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Pós-doutorado
2019
Livre-docência. , Universidade Estadual Paulista Julio De Mesquita F, UNESP, Brasil. , Título: Desenvolvimento de ferramenta computacional para integração de transcriptomas e redes biológicas para avaliação de assinaturas transcricionais, Ano de obtenção: 2019., Grande área: Ciências Biológicas
2011 - 2012
Pós-Doutorado. , Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil. , Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Metabolismo e Bioenergética / Especialidade: Rotas Metabólicas. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: BIOINFORMÁTICA.
Formação complementar
2020 - 2020
Entre fórmulas e funções: explorando as Planilhas Google. (Carga horária: 2h). , Nuvem Mestra, NM, Brasil.
2020 - 2020
Podcasts pedagógicos: produzindo e distribuindo conhecimento interativo. (Carga horária: 2h). , Nuvem Mestra, NM, Brasil.
2020 - 2020
Criando slides impactantes com as Apresentações Google. (Carga horária: 2h). , Nuvem Mestra, NM, Brasil.
2020 - 2020
Avaliando com rubricas. (Carga horária: 2h). , Nuvem Mestra, NM, Brasil.
2020 - 2020
Como conectar-se com os alunos via Meet e produzir videoaulas. (Carga horária: 2h). , Nuvem Mestra, NM, Brasil.
2020 - 2020
Criando objetos digitais com os Formulários Google. (Carga horária: 2h). , Nuvem Mestra, NM, Brasil.
2020 - 2020
Estratégias para aulas remotas ao vivo. (Carga horária: 2h). , Nuvem Mestra, NM, Brasil.
2020 - 2020
Gamificando a aprendizagem com Quizizz. (Carga horária: 2h). , Nuvem Mestra, NM, Brasil.
2020 - 2020
omo editar uma videoaula?. (Carga horária: 2h). , Nuvem Mestra, NM, Brasil.
2020 - 2020
Gestão da educação: criando painéis de indicadores com Planilhas e Data Stu. (Carga horária: 2h). , Nuvem Mestra, NM, Brasil.
2020 - 2020
Criando questões digitais com os Formulários Google. (Carga horária: 2h). , Nuvem Mestra, NM, Brasil.
2018 - 2019
Fundamentos de AI & Machine Learning. (Carga horária: 96h). , Udacity, UDACITY, Brasil.
2015 - 2015
Current methodologies in transcriptome analysis. (Carga horária: 3h). , Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2015 - 2015
Análises transcriptômicas e biologia de sistemas - avançado. (Carga horária: 15h). , Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
2014 - 2014
rotein-Protein Docking,Protein Structural Alignmen. (Carga horária: 6h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2014 - 2014
Dinâmica Molecular Básica. (Carga horária: 6h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2014 - 2014
Cálculo de Modos Normais em Proteínas. (Carga horária: 6h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2013 - 2013
Mapping of epitopes using proteomic techniques, mo. (Carga horária: 3h). , Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2013 - 2013
II Jornada de Integração e Capacitação do LBBC. (Carga horária: 4h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2008 - 2008
Bioinformática de RNA. (Carga horária: 8h). , Sociedade Brasileira de Computação, SBC, Brasil.
2008 - 2008
Genômica Comparativa. (Carga horária: 8h). , Sociedade Brasileira de Computação, SBC, Brasil.
2008 - 2008
Cultura de células. , Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
2004 - 2004
Segurança e Proteção Radiológica. , Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Idiomas
Inglês
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Áreas de atuação
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Bioinformática.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica de Processos e Sistemas.
Grande área: Engenharias / Área: Engenharia Biomédica / Subárea: Eletroencefalograma.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Sistemas Complexos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Wavelets.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Inteligência Artificial.
Organização de eventos
Rybarczyk-Filho, J. L. . IV WORKBIOTECH. 2018. (Congresso).
FERNANDEZ, R. M. ; HORMAZA, J. M. ; Rybarczyk-Filho, J. L. ; COSTA, V. E. . XII Congresso de Física aplicada à Medicina. 2016. (Congresso).
HORMAZA, J. M. ; Rybarczyk-Filho, J. L. ; Lemke, N. ; FONTES, M. R. M. ; MIRANDA, J. R. A. ; PINA, D. R. ; FERNANDES, M. A. R. ; FERNANDEZ, R. M. . XI Congresso de Física Aplicada à Medicina. 2015. (Congresso).
FLEURI, L. F. ; Rybarczyk-Filho, J. L. . I Workbio Workshop de Biotecnologia. 2015. (Outro).
Rybarczyk-Filho, J. L. ; HORMAZA, J. M. ; MIRANDA, J. R. A. ; FONTES, M. R. M. ; Lemke, N. ; COSTA, V. E. . X Congresso de Física Aplicada à Medicina (CONFIAM). 2014. (Congresso).
Rybarczyk-Filho, J. L. . Membro do Comitê Organizador Local do XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica. 2013. (Congresso).
Lemke, N. ; Rybarczyk-Filho, J. L. ; FERNANDEZ, R. M. ; COSTA, V. E. ; MIRANDA, J. R. A. ; HORMAZA, J. M. ; FERNANDES, M. A. R. ; FONTES, M. R. M. . VIII Congresso de Física Aplicado à Medicina. 2012. (Congresso).
Participação em eventos
X-meeting 2019 - 15th International Conference of the AB3C. Neuroblastoma Meta-Analysis for Gene Characterization of INSS Stages. 2019. (Congresso).
X-meeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C. LEVI ? AN R PACKAGE FOR INTEGRATION OF NETWORKS AND GENE EXPRESSION DATA,. 2018. (Congresso).
13th International Conference of the AB3C. RTranscriptogram: a tool for biological data integration. 2017. (Congresso).
GDG Campinas DataFest. 2017. (Encontro).
GDG Campinas DevFest. 2017. (Encontro).
XLVI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). ModulaRmap: a R package to analysis of toxicogenomic data. 2017. (Congresso).
The fourth International Society for Computational Biology Latin America Bioinformatics Conference (ISCB-LA). R-Transcriptogram: a tool for integrate networks and microarray data. 2016. (Congresso).
11th International Conference of the AB3C+Brazilian Symposium of Bioinformatics. 2015. (Congresso).
23 rd IUBMB and 44th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology-SBBq. Modular and Functional analysis of non-model organisms protein networks. 2015. (Congresso).
I Escola Gaúcha de Bioinformática. 2015. (Outra).
XI Congresso de Física Aplicada à Medicina. 2015. (Congresso).
10th International Conference of the AB3C+Brazilian Symposium of Bioinformatics. 2014. (Congresso).
VII Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos.Triplet Entropy Analysis and Molecular Modeling of Hemagglutinin as Tools for Understanding Influenza Virus Phylodynamics. 2014. (Outra).
XVIII Conference on Nonequilibrium Statistical Mechanics and Nonlinear Physics. WaveFinder: a tool for signal processing using Neuroheadsets and Android System. 2014. (Congresso).
21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. TRANSTAGING: Transcriptogram-based staging of cancer. 2013. (Congresso).
CAMDA 2013 Critical Assessment of Massive Data Analysis. TRANSTAGING: Transcriptogram-based staging of cancer. 2013. (Congresso).
International Conference of the AB3C e Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2013. (Congresso).
XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica. Comparação de Fusos do Sono: Métodos automáticos vs. perito. 2013. (Congresso).
XXXVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. Development of a transcriptional staging for cancer by the transcriptogram method. 2013. (Congresso).
XXXVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada.Quantifiyng fylodynamics of Influenza Virus by means of Triplet Entropy. 2013. (Seminário).
8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Integrating proposed and novel putative gene-environment interactions within the autistic puzzle through a systems biology analysis. 2012. (Congresso).
8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. PROGENET: an integrative protein/gene network web tool. 2012. (Congresso).
UNESP e seus novos docentes. 2012. (Outra).
VIII Congresso de Física Aplicado à Medicina. Transcriptograma: Integração de redes protéicas e expressão gênica. 2012. (Congresso).
XXXV Encontro Nacional da Física da Matéria Condensada. Towards a genome-wide transcriptogram: the Homo sapiens case. 2012. (Congresso).
6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Gene expression analysis of an ordered network: A search for tumoral patterns. 2010. (Congresso).
VIII Mostra PG IF UFRGS.Expression analysis on interactome of Saccharomyces cerevisiae. 2010. (Encontro).
5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Expression Analysis on Interactome for Saccharomyces cerevisiae. 2009. (Congresso).
Conference on Computational Physics. Metropolis Algorithm Modified for Protein Networks. 2008. (Congresso).
I Escola Brasileira de Bioinformática.GNATT: Ferramentas de análise de redes gênicas/protéicas e ordenamento de Interatomas. 2008. (Outra).
III Brazilian Simposium on Bioinformatics. 2008. (Simpósio).
BIOMAT International Symposium on Mathematical and Computational Biology.A New Tool for Analysis of Interactome. 2007. (Simpósio).
VI MostraPG IF UFRGS.Uma nova ferramenta para análise de Interatomas. 2007. (Encontro).
XVI Salão de Iniciação Cientifica.Análise Elementar do Café. 2004. (Encontro).
XV Salão de Iniciação Científica.Calibraçao do Sistema PIXE do Institudo de Fisíca da Universidade Federal do Rio Grande do Sul. 2003. (Encontro).
Participação em bancas
Rybarczyk-Filho, J. L.; Laurita dos Santos; HORTA JUNIOR, J. A. C. E.. Análise das bandas alfa e teta do eletroencefalograma durante tarefa aritmética. 2020. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduaação em Biologia Geral e Aplicada) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.; RAMOS, P. R. R.; Orselli, M. I. V.. Desenvolvimento de um dispositivo para avaliação objetiva da expansão do casco do equino à locomoção. 2018. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Magro, A. J.;Rybarczyk-Filho, José Luiz; Zambuzzi, W. F.. Análise Comparativa de Métodos de Determinação de Vias Biológicas Alteradas em Dados Toxicogenômicos de estudos in vitro e in vivo. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
SIMAO, E. M.; Alonso, D. P.;Rybarczyk-Filho, José Luiz. Construção de uma ferramenta para análise de enriquecimento funcional gênico multiespécie entre amostras comparativas. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.SIMAO, E. M.; FONTES, M. R. M.. Desenvolvimento de um método de classificação taxonômica de dados de metagenomas. 2017. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.; Magro, A. J.; Almeida, O. C. P.. Desenvolvimento de Ferramenta Computacional para integração de transcriptomas e redes biológicas: medidas de desempenho global. 2017. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.; Silva-Junior, W. A.; Simões, R. P.. Meta-análise do Projeto Toxicogenômico Japonês: diferenças entre modelos in vivo e in vitro. 2017. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.; Laurita dos Santos; PEDROSA, V. A.. Utilização de um aparelho de eletroencefalografia na domótica. 2017. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
SIMAO, E. M.Rybarczyk-Filho, J. L.; SILVA, S. C.. Identificação de genes diferencialmente expressos em glioblastoma e sua relação nas vias do sistema imunológico. 2016. Dissertação (Mestrado em Nanociências) - Universidade Franciscana.
Rybarczyk-Filho, J. L.; Laurita dos Santos; Da-SILVA, M. L.. Ferramenta computacional para identificação de micro-organismos com base em assinaturas genômicas. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas: Genética) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Lemke, N.Rybarczyk-Filho, J. L.; SILVA, S. A. E.. Modelo cinético estocástico para a transição considerando colisões entre moléculas de RNA Polimerase. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas: Genética) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Carvalho, R. F.; Linde, S. A. D.;Rybarczyk-Filho, José Luiz. Identificação de alterações na expressão de pseudogenes e seus genes parentais correspondentes em adenocarcinoma pulmonar. 2018. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
RUDGE, M. V. C.; CALDERON, I. M. P.;Rybarczyk-Filho, J. L.; NEGRATO, C. A.; SILVA, G. N.. Avaliação no Padrão de Expressão Gênica em Células do Sangue Total de Gestantes Diabéticas e com Hiperglicemia Gestacional Leve. 2016. Tese (Doutorado em Ginecologia, Obstetrícia e Mastologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
MARTINS, C.;Rybarczyk-Filho, José Luiz; BRITO, R. O. A. A.; BRAZ, A. S. K.; GALETTI JUNIOR, P. M.. Analisando a determinação sexual de vertebrados com base em redes de interação entre proteínas. 2013. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
YORIYAZ, H.;Rybarczyk-Filho, J. L.. Avaliação de dose em Radioterapia Guiada por Imagem (IGRT). 2022. Exame de qualificação (Doutorando em Tecnologia Nuclear) - Universidade de São Paulo.
Rybarczyk-Filho, José Luiz; HORMAZA, J. M.; MIRANDA, J. R. A.. Desenvolvimento de um aparelho de eletroencefalografia mobile de baixo custo. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
ARAUJO JUNIOR, J. P.;Rybarczyk-Filho, J. L.; Sandrim, V. C.. Meta-análise do Projeto Toxicogenômico Japonês: diferenças entre modelos in vivo e in vitro. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.; PEDROSA, V. A.; MIRANDA, J. R. A.. Utilização de um aparelho de eletroencefalografia portátil na domótica. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.; HORMAZA, J. M.; Alonso, J. M.. Desenvolvimento de um dispositivo para avaliação objetiva da expansão do casco equino à locomoção. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.; FERNANDEZ, R. M.; Gushi, L. T.. Desenvolvimento de um método de classificação taxonômica de dados de metagenomas. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.; RAINHO, C. A.; Marcondes, J. P. C.. Desenvolvimento de Ferramenta Computacional para integração de transcriptomas e redes biológicas: medidas de desempenho global. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.; RAINHO, C. A.; SOUZA-NETO, J. A.. Ferramenta computacional para identificação de micro-organismos com base em assinaturas genômicas. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências Biológicas: Genética) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Acencio, M. L.Rybarczyk-Filho, José LuizLemke, N.. Modelo cinético estocástico para a transcrição considerando colisões entre moléculas de RNA Polimerase. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências Biológicas: Genética) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Mapeamento espacial dos níveis radiométricos do serviço de medicina nuclear do hospital das clínicas da faculdade de medicina de Botucatu - UNESP. 2020. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Programa de Residência em Física Médica) - Hospital das Clinicas da Faculdade de Medicina de Botucatu.
MIRANDA, J. R. A.;Rybarczyk-Filho, J. L.; OLIVEIRA NETO, M.. Problema Inverso Aplicado em Imagens de Biosusceptometria AC de Nanopartículas Magnéticas. 2021. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
MIRANDA, J. R. A.;Rybarczyk-Filho, J. L.; FERNANDEZ, R. M.. Aspectos de Proteção Radiológica em uma Clínica de Radiodiagnóstico Veterinário. 2021. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.; HORMAZA, J. M.; FERNANDEZ, R. M.. Cálculo de multiplicidade de nêutrons , prótons em reação p+ 16O para energias de interesse em protonterapia empregando um modelo de bilhar nuclear. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
FLEURI, L. F.;Rybarczyk-Filho, J. L.; OLIVEIRA NETO, M.. Caracterização Química do Caroá in Natura. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.; MORIGUCHI, S. M.. Otimização de Sensor de Biosusceptometria AC para quantificação de nanopartículas magnéticas. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
PINA, D. R.;Rybarczyk-Filho, J. L.; COSTA, V. E.. Desenvolvimento de um Simulador Radiográfico Homogêneo Equivalente ao Tórax Canino para procedimentos de otimização de imagens radiográficas. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
HORMAZA, J. M.;Rybarczyk-Filho, J. L.; COSTA, V. E.. Protocolos para aplicação do 13C-UBT na detecção da infecção pelo Helicobacter pylori no Hospital das Clínicas analisado por IRMS. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, José Luiz; FERNANDEZ, R. M.; COSTA, V. E.. Comparação do 13C-UBT com método convencional para diagnóstico da infecção por Helicobacter pilori no Hospital das Clínicas de Botucatu - SP. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.; MANCERA, P. F. A.; TRINCA, L. A.. Ferramenta computacional para avaliação da capacidade preditiva de delineamentos experimentais. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Análise in silico Indica Similaridade da Expressão Gênica na Rede de Interação do Receptor de Vitamina D na Síndrome Clinicamente Isolada e Esclerose Múltipla. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biomédicas) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
HORMAZA, J. M.;Rybarczyk-Filho, J. L.; PINA, D. R.. Avaliação da Exposição à Radiação no Médico Intervencionista em Procedimentos no Setor de Hemodinâmica. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
PINA, D. R.;RYBARCZYK FILHO, Jose LuizLemke, N.. Quantificação de Compromentimento Pulmonar Causado por Tuberculose em Exames de Raios-X e Tomografia Computadorizada. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.; COSTA, V. E.; FERNANDES, M. A. R.. Turnover do Carbono-13 no Teste respiratório para diagnóstico da Helicobacter pylori em diferentes tempos de Jejum. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.; FERNANDES, M. A. R.; COSTA, V. E.. Influência do Estado de Jejum no 13C-UBT para detecção da infecção da Helicobacter pylori em diferentes tempos de coleta do sopro. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.Lemke, N.. Distribuição e Dispersão dos Níveis Radiométricos do Setor Técnico de Medicina Nuclear do Hospital das Clinícas da Faculdade de Medicina de Botucatu. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.Lemke, N.. Radioterapia Bidimensional e Radioterapia Conformada Tridimensional. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Lemke, N.; FERNANDEZ, R. M.;Rybarczyk-Filho, J. L.. Estagiamento do sono e análise de sinais em apnéia obstrutiva do sono. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Acencio, M. L.Rybarczyk-Filho, José Luiz. Determinação de genes potencialmente responsivos à radiação ionizante através de aprendizado de máquina.. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
MIRANDA, J. R. A.;Rybarczyk-Filho, J. L.; OLIVEIRA NETO, M.. Professor Substituto (Depto de Biofísica e Farmacologia) para as disciplinas de Eletromagnetismo, Mecânica Quântica, Mecânica Clássica I. 2021. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
MIRANDA, J. R. A.;Rybarczyk-Filho, J. L.; FERNANDEZ, R. M.. Professor Substituto (Depto de Biofísica e Farmacologia) para as disciplinas de Mecânica Clássica I e II, Física das Radiações, Física Experimental e Fìsica. 2020. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
HORMAZA, J. M.;Rybarczyk-Filho, J. L.; OLIVEIRA NETO, M.. Professor Substituto: "Eletrônica Experimental e Aplicada","Física Experimental I", "Física das Radiações", "Técnicas Fìsicas de Radiação não-Ionizante","Física Experimental IV", "Medicina Nuclear e Radiobiologia". 2018. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
HORMAZA, J. M.;Rybarczyk-Filho, J. L.; FERNANDEZ, R. M.. Professor Substituto: Termodinâmica & Mecânica Estatítstica e Mecânica Quântica. 2017. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
VASKE-JUNIOR, T.;Rybarczyk-Filho, J. L.; TERAMOTO, E. T.. Professor Assistente Doutor nas disciplinas de "navegação I", "navegação II", "Fisica I" e "Física II" Campus de Registro. 2017. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.; HORMAZA, J. M.; RAMOS, P. R. R.. Professor Substituto : física III; Eletrônica Experimental Aplicada. 2016. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
REZENDE, M. A.; COSTA, V. E.;Rybarczyk-Filho, J. L.. Concurso publico para vaga de física aplicada. 2014. Faculdade de Tecnologia de Botucatu.
WELFER, D.;Rybarczyk-Filho, J. L.; CHIWIACOWSKY, L. D.. Modelagem Computacional. 2013. Universidade Federal do Pampa.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Professor Adjunto de Biofísica. 2013. Universidade Federal da Bahia.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Avaliador de Trabalhos do XV CONFIAM. 2019. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Comissão Científica do IV WorkBiotech. 2018. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Avaliador de Pôster no 14th International Conference of the AB3C. 2018. Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.
Rybarczyk-Filho, J. L.; ARAUJO JUNIOR, J. P.; PEDROSA, V. A.. Seleção de Mestrado/Doutorado em Biotecnologia 2017/2. 2017. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
RICCARDI, C. S.;Rybarczyk-Filho, J. L.; ARAUJO JUNIOR, J. P.. Seleção Mestrado/Doutorado em Biotecnologia 2018/1. 2017. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Avaliador de Poster no XVII Workshop de Genética. 2017. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Comissão CIentífica do XIII CONFIAM. 2017. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Avaliador de trabalhos do 13th International Conference of the AB3C. 2017. Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Parecerista do programa PIBIC/UNESP (2 projetos). 2017. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.; NOBREGA, R. H.; LIMA, C. A. H.. Processo Seletivo PNPD/2016 - Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Genética). 2016. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Parecerista do programa PIBIC/UNESP (2 projetos). 2016. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Parecerista de Projetos de Extensão Universitária (2 projetos) - UNESP. 2016. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
VALENTE, G. T.;Rybarczyk-Filho, José Luiz; RICCARDI, C. S.. Seleção Mestrado/Doutorado em Biotecnologia 2017/1. 2016. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
SOUZA-NETO, J. A.;Rybarczyk-Filho, J. L.; OLIVEIRA, C.. Seleção Mestrado/Doutorado em Ciências Biológicas (Genética) 2016/2. 2016. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Membro de Comissão Científica do XII CONFIAM. 2016. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, J. L.; FERNANDEZ, R. M.. Membro da Comissão Científica do XI CONFIAM e I EPRAD. 2015. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Parecerista do XI CONFIAM e I EPRAD. 2015. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Parecerista de Projetos de Extensão Universitária (1 projeto) - UNESP. 2015. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, José Luiz; HERNANDES, R. T.; CESARINO, I.. Seleção de Mestrado/Doutorado (2015/2) em Biotecnologia. 2015. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, José Luiz; ARAUJO JUNIOR, J. P.; PEDROSA, V. A.. Seleção de Mestrado/Doutorado (2016/1) em Biotecnologia. 2015. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Comissão de Avaliação de Cartazes para o Prêmio SBBq 44° Reunião da SBBq/ 23° IUBMB. 2015. Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Parecerista do programa IC SEM BOLSA/UNESP (1 projeto). 2015. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, José Luiz. Parecerista de trabalhos do XII Workshop da Pós-Graduação do Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP. 2013. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Membro do Comitê Científico e Parecerista do XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica, V SIIM e IX CONFIAM. 2013. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, J. L.. Parecerista do programa IC SEM BOLSA/UNESP (1 projeto). 2013. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Rybarczyk-Filho, José Luiz. Membro da Comitê de Organização Local do XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica, V SIIM e IX CONFIAM. 2013. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, José Luiz. Avaliação de trabalhos da 1ª fase do XXIV Congresso de Iniciação Científica da UNESP. 2012. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, José Luiz. Parecerista de trabalhos do VIII CONFIAM. 2012. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Rybarczyk-Filho, José Luiz. Membro da Comissão Científica do VIII CONFIAM. 2012. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP.
Comissão julgadora das bancas
R. M. C. de Almeida; M. A. F. de Menezes; N. Lemke;ARENZON, J. J.STARIOLO, D. A.. Medidas de performance metabólica usando a expressão gênica de ganoma completo. 2011. Tese (Doutorado em Programa de Pós Graduação em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
R. M. C. de Almeida; R. F. S. Andrade; IDIART, M. A. P.;STARIOLO, D. A.. Medidas de performance metabólica usando a expressão gênica de ganoma completo. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós Graduação em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
Hidalgo, M. P. L.; CANANI, S. F.;GIOVANNINI, O.. Classificação de fusos do sono por meio de técnicas não-lineares. 2006. Dissertação (Mestrado em Medicina: Ciências Médicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
Santa-Helena, E. L. deSCHONWALD, Suzana V. Aquisição de Sinais. 2007. Dissertação (Mestrado em Medicina: Ciências Médicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
Arenzon, J. J.. Medidas de performance metabólica usando a expressão gênica de genoma completo. 2011. Tese (Doutorado em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
Muxfeldt Bianchin M. Classificação de Fusos do Sono por Meio de Técnicas Não-Lineares. 2006. Dissertação (Mestrado em Curso de Pós-graduação Clínica Medica) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
CHAVES, M. L. F.Bianchin, M. M.. Classificação de Fusos de Sono por Meio de Técnicas Não-Lineares.. 2006. Dissertação (Mestrado em Medicina: Ciências Médicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
CHAVES, M. L. F.Bianchin, M. M.. José Luiz Rybarczyk Filho. 2007. Exame de qualificação (Mestrando em Medicina: Ciências Médicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
SCHÖNWALD, SUZANA V; BIANCHIN, M. M.; de Santa-Helena, Emerson L.. Aquisição de Sinal. 2007. Exame de qualificação (Mestrando em Medicina: Ciências Médicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
Fagondes, S. C.; HIDALGO, M. P. L.; GIOVANNINI JUNIOR, O.; CHAVES, M. L. F.; GERHARDT, G. J.. Classificação dos Fusos do Sono por Meio de Técnicas Não-Lineares. 2006. Dissertação (Mestrado em Medicina: Ciências Médicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
CHAVES, M L FHIDALGO, Maria Paz Loayza; GIOVANNINI, O; CANANI, S. F.. Classificação de Fusos do Sono por Meio de Técnicas Não-Lineares. 2006. Dissertação (Mestrado em Medicina: Ciências Médicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
Orientou
Início: 2022; Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP;
Análise Espaço-Temporal da Pandemia de Covid-19 em São Paulo: Uma Abordagem de Ciência de Dados e Machine Learning; Início: 2023; Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; (Orientador);
Integração de Tecnologia de Jogos e Ensino de Física: Um Estudo de Caso na Aplicação das Leis de Newton com Unity; Início: 2023; Iniciação científica (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; (Orientador);
Identificação e Classificação de Tipos de Traumas Abdominais em Tomografias: Um Estudo de Diagnóstico; Início: 2023; Iniciação científica (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; (Orientador);
Aprendizado Profundo para a Caracterização de Fusos do Sono Utilizando Espectrogramas; Início: 2023; Iniciação científica (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; (Orientador);
Aprimorando a Precisão de Diagnósticos de Radiografia de Tórax por Meio de Data Augmentation e Modelos de Aprendizado Supervisionado; Início: 2023; Iniciação científica (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; (Orientador);
Redes Políticas e Corrupção Utilizando Link Prediction para Expor Conexões Ocultas; Início: 2023; Iniciação científica (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; (Orientador);
Personalização do Diagnóstico de Câncer do Colo do Útero: Desenvolvimento de um Painel de Biomarcadores com Aprendizado de Máquina; Início: 2023; Iniciação científica (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; (Orientador);
Modelagem Preditiva de Crimes: Integrando Dados Espaciais e Temporais com Machine Learning; Início: 2023; Iniciação científica (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; (Orientador);
Análise das bandas alfa e teta do eletroencefalograma durante tarefa de aritmética; 2020; Dissertação (Mestrado em Biologia Geral e Aplicada) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho,; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Desenvolvimento de um aparelho de eletroencefalograa mobile de baixo custo; ; 2019; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho,; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Desenvolvimento de um dispositivo para avaliação objetiva da expansão do casco do equino à locomoção; 2018; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho,; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Construção de uma ferramenta para análise de enriquecimento funcional gênico multiespécie entre amostras comparativas; 2018; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise Comparativa de Métodos de Determinação de Vias Biológicas Alteradas em Dados Toxicogenômicos de estudos in vitro e in vivo; 2018; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Desenvolvimento de um método de classificação taxonômica de dados de metagenomas; 2017; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP,; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Desenvolvimento de Ferramenta Computacional para integração de transcriptomas e redes biológicas: medidas de desempenho global; 2017; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP,; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Meta-análise do Projeto Toxicogenômico Japonês: diferenças entre modelos in vivo e in vitro; 2017; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho,; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
automação residêncial via neuroheadset para pessoas portadoras de deficiência; 2017; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho,; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Ferramenta computacional para identificação de micro-organismos com base em assinaturas genômicas; 2015; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas: Genética) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Caracterização de redes de interação gênica/proteica dependentes de GDNF; 2012; Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Instituto de Ciências Básicas da Saúde,; Coorientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Desenvolvimento de ferramentas de biologia de sistemas para avaliação de dados transcriptômicos; 2022; Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Construção de um Modelo Preditivo para o Prognóstico de Pacientes com Neuroblastoma baseado em Assinaturas Transcricionais; 2022; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise modular de dados de expressão para avaliação de múltiplos tumores com auxílio de métodos heurísticos; 2022; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Utilizando redes complexas para comparar padrões de expressão de vias e proteínas associadas ao desenvolvimento e tratamento do Glioblastoma Multiforme; 2020; Tese (Doutorado em Nanociências) - Universidade Franciscana,; Coorientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Caracterização de Eletroencefalograma utilizando Análise de Quantificação da Recorrência; 2020; Tese (Doutorado em ENGENHARIA BIOMÉDICA) - Universidade Brasil,; Coorientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Dinâmica de Grafoelementos do Sono e seus Impactos na Neurofisiologia de Pacientes com Apnéia Obstrutiva através de Sinais de Eletroencefalografia; 2012; Tese (Doutorado em Biologia Geral e Aplicada) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise de plasticidade das vias de senescência celular, apoptose e estabilidade genômica; 2022; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Avaliação da disponibilidade de aceleradores lineares e os tratamentos realizados na radioterapia do brasil; 2021; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Fisioterapia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise Exploratória do Fuso do Sono com o uso de heatmaps; 2019; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise de métricas de centralidades em redes de interações entre drogas quimioterápicas usadas no tratamento de câncer de pulmão; 2019; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise exploratória da distribuição dos equipamentos de diagnóstico por imagem e da demanda de exames nos estados de São Paulo e Rio de Janeiro; 2019; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Comparação Gráfica da Técnica do Soco Gyaku Tsuki do Karatê através de unidade de sistemas inerciais; 2018; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Predição da toxicidade de anticolesterolêmicos em humanos por meio de modelo animal; 2018; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Avaliação das ondas Theta resultantes da atividade cerebral captada durante a realização de operações matemáticas; 2018; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
ANÁLISE DO EFEITO BERGER COM ELETROENCEFALOGRAMA PORTÁTIL; 2018; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise da variação da frequência na banda alfa durante o Efeito Berger; 2017; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Criação de um Algoritmo para Organização Hierárquica de Elementos Interagentes: uma aplicação em redes protéicas, pequenas moléculas e miRNAs; 2014; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Estudo de fusos do sonos obtidos por técnicas automáticas de detecção; 2014; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Otimização da Quantificação do Ritmo Alfa em Sinais de EEG obtido com dispositivo portátil; 2014; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Classificação de fusos do sono usando técnicas de neuroinformática; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Integração de Transcriptomas e rede Quimio-protéica para avaliação de novos alvos protéicos para o tratamento de câncer de Pulmonar; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Integração de Transcriptomas e rede Quimio-protéica para avaliação de novos alvos protéicos para o tratamento de câncer de Mama; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Desenvolvimento de um preditor de prognóstico para Neuroblastoma; 2021; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, PIBIC/Reitoria - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise da senescência, apoptose e estabilidade cromossômica do ponto de vista da biologia de sistemas; 2021; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise de ondas theta com o uso do EMOTIV EPOC+; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise de ondas alfa com o uso do EMOTIV EPOC+; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Ensino de programação em escolas públicas; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP Pró Reitoria de Extensão; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Integração do Emotiv com raspberry pie e sistema arduino; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Detecção de ondas alfas com o uso do raspberry pie; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Validação do software Wavefinder para detecção de ondas alfas; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Teste de desempenho do Wavefinder em diferentes processadores; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Validação do Wavefinder usando ondas alfas; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Criação de um Algoritmo para Organização Hierárquica de Elementos Interagentes: uma aplicação em redes protéicas, pequenas moléculas e miRNAs; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Desenvolvimento de Métodos de Detecção de ondas alfas; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Análise de Sistemas e Tecnologias da Informação) - Centro Estadual de Educação Tecnológica Paula Souza, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise de ondas alfas através do método matching pursuit; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Integração de transcriptomas e redes quimio-protéicas para avaliação de novos alvos protéicos para o tratamento de câncer de Estômago; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Agrupamento e Classificação de Fusos de Sono usando técnicas de Neuroinformática; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Agrupamento e Classificação de fusos do sono usando técnicas de neuroinformática; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Integração de Transcriptomas e rede Quimio-protéica para avaliação de novos alvos protéicos para o tratamento de câncer de Pulmonar; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Atividade de Formação Complementar: Capacitação em programas para aquisição de competências específicas (30h); 2023; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Monitoria Voluntária na disciplina de Física I; 2022; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Atividade Observação em Laboratório na área de Bioinformática (30h); 2022; Orientação de outra natureza; (Ciências Biomédicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Atividade de Monitoria Voluntária na disciplina de Bioinformática; 2020; Orientação de outra natureza; (Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Monitoria Voluntária na disciplina de Física I; 2020; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
MoNet: Um visualizador de redes molecurares em ambiente de realidade virtual; 2019; Orientação de outra natureza - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise da rede de interação de pacotes da plataforma Bioconductor; 2019; Orientação de outra natureza - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Estudo de vias alteradas de câncer de pulmão por meio de RNAseq; 2019; Orientação de outra natureza - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Comparação de workflows de análise de RNA-seq; 2019; Orientação de outra natureza; (Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Comparação de workflows de enriquecimento funcional de RNA-seq; 2019; Orientação de outra natureza; (Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise de genes diferencialmente expressos com o protocolo Tuxedo; 2019; Orientação de outra natureza; (Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Análise de miRNAs em câncer de pulmão; 2019; Orientação de outra natureza - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Monitoria Voluntária na disciplina de Termodinâmica e Mecânica Estatística; 2019; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Monitoria Voluntária na disciplina de Física I; 2019; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Capacitação em programas para aquisição de competências específicas na área de Bioinformática (30h); 2019; Orientação de outra natureza; (Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Atividade de Estágio Observacional de Capacitação em programas para aquisição de competências específicasna área de Bioinformática; 2019; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Atividade de Estágio Observacional de Capacitação em programas para aquisição de competências específicasna área de Bioinformática; 2019; Orientação de outra natureza; (Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Pocessamento de Sinais de Eletroencefalografia; 2018; Orientação de outra natureza; (Ciências Biomédicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Tomografia computadorizada e ressonância magnética aplicados no diagnóstico em casos de dissecção de aorta; 2015; Orientação de outra natureza; (Ciências Biomédicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Estudo de similaridades nas sequências de 5 cepas do Ebola; 2014; Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, UNESP - AREX; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Aplicação da Técnica de Transcriptograma em Câncer de pulmão e mama; 2014; Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, UNESP - AREX; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Estudo das limitações da Transformada de Gabor para detecção de Fusos do Sono; 2014; Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, UNESP - AREX; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Teoria da Informação aplicada à sequências de DNA de fungos; 2013; Orientação de outra natureza - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP - AREX; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Monitoria de Física das Radiações; 2013; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Monitoria de Termodinâmica e Mecânica Estatística; 2013; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Monitoria de Fundamentos de Física (Biomedicina); 2013; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Monitoria de Fundamentos de Física (Biomedicina); 2013; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
; Monitoria de Processamento e Análise de Sinais e Imagens Médicas; 2013; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Monitoria de LaTeX para a disciplina de Processamento e Análise de Sinais e Imagens Médicas; 2012; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Monitoria de LaTeX para a disciplina de Processamento e Análise de Sinais e Imagens Médicas; 2012; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Monitoria de LaTeX para a disciplina de Processamento e Análise de Sinais e Imagens Médicas; 2012; Orientação de outra natureza; (Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Construção de uma ferramenta web para integração rede protéica e transcriptoma; 2011; Orientação de outra natureza; (Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Ferramenta de estadiamento de tumores baseada em informação de expressão gênica; 2011; Orientação de outra natureza; (Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Assinatura transcricional de tumores gliais; 2011; Orientação de outra natureza; (Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho;
Foi orientado por
Classificação de Fusos de Sono por Técnicas Não-lineares; 2006; Dissertação (Mestrado em Medicina: Ciências Médicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: Günther Johannes Lewczuk Gerhardt;
Análise de Materiais por Feixes Iônicos: RBS e PIXE; 2004; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Pró Reitoria de Pesquisa; Orientador: Johnny Ferraz Dias;
Medida de performance metabólica usando a expressão gênica de genoma completo; 2011; Tese (Doutorado em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Rita Maria Cunha de Almeida;
Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para análise de transcriptogramas; ; 2013; Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Jose Claudio Fonseca Moreira;
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RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz ; SHUBEITA, S. M. ; C.E.I. dos Santos ; R. Giulian ; J. F. Dias . Análise Elementar do Café. In: XVI Salão de Iniciação Científica e XIII Feira de Iniciação Científica, 2004, Porto Alegre. Livro de Resumos do XVI Salão de Iniciação Científica. Porto Alegre: Editora da UFRGS, 2004. v. unico. p. 345-345.
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SHUBEITA, S. M. ; RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz ; C.E.I. dos Santos ; R. Giulian ; M. Y> Yoneama ; J. F. Dias . Atividade residual de amostras isolantes induzidas por bombardeamento ionico. In: XVI Salão de Iniciação Científica e XIII Feira de Iniciação Científica., 2004, Porto Alegre. Livro de resumos do XVI Salão de Iniciação Científic. Porto Alegre: Editora da UFRGS, 2004. v. unico. p. 345-345.
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Schünemann, Lúcia Duclos ; J. F. Dias ; R. Giulian ; SHUBEITA, S. M. ; RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz ; Grande, Pedro Luis . Presença de alumínio no leite em embalagens do tipo longa vida. In: XV Salão de Iniciação Científica e XII Feira de Iniciação Científica, 2003. Livro de Resumos do XV Salão de Iniciação Científica. Porto Alegre: Editora da UFRGS, 2003. v. unico.
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SHUBEITA, S. M. ; R. Giulian ; RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz ; J. F. Dias . Medida da ingestão de metais pesados durante o ato de fumar. In: XV Salão de Iniciação Científica e XII Feira de Iniciação Científica, 2003, Porto Alegre. Livro de Resumos do XV Salão de Iniciação Científica. Porto Algre: Editora da UFRGS, 2003. v. unico.
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RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz ; R. Giulian ; SHUBEITA, S. M. ; J. F. Dias . Calibração do sistema PIXE do IF-UFRGS. In: XV Salão de Iniciação Científica e XII Feira de Iniciação Científica, 2003, Porto Alegre. Livro de Resumos do XV Salão de Iniciação Científica. Porto Alegre: Editora da UFRGS, 2003. v. unico.
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Rybarczyk-Filho, J. L. . OpenLab - Laboratório de Estudos em Biocomplexidade. 2017. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
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Rybarczyk-Filho, J. L. . Integração de dados biológicos e datamining. 2017. (Apresentação de Trabalho/Outra).
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RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz . Transcriptograma: Uma ferramenta para análise de expressão gênica. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
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Rybarczyk-Filho, J. L. . Ordenamento de redes protéicas. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
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Rybarczyk-Filho, J. L. . Transcriptogram Tool: Estudo do caso da E. coli. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
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RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz . Medidas de performance metabólica usando a expressão gênica de genoma completo. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
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RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz ; Mauro A. A. Castro ; Rodrigo J. S. Dalmolin ; MOREIRA, J. C. F. ; Leonardo Gregory Brunnet ; Rita M. C. de Almeida . Expression analysis on interactome of Saccharomyces cerevisiae. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).
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RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz . Aquisição de Sinal. 2007. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
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Rybarczyk-Filho, José Luiz . Anais do X Congresso de Física Aplicada à Medicina 2014 (Anais do X Congresso de Física Aplicada à Medicina).
Outras produções
BIAZOTTI, A. A. ; MOLAN, A. L. ; TAKEDA, A. A. S. ; Rybarczyk-Filho, J. L. . Rtranscriptogram: ferramenta de integração de dados para análise de redes e dados de expressão gênica. 2016.
BIAZOTTI, A. A. ; Gerhardt, G.J.L. ; Suzana V. Schowald ; Rybarczyk-Filho, J. L. . Wavefinder. 2015.
Mauro A. A. Castro ; RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz ; Rodrigo J. S. Dalmolin ; Marialva Sinigaglia ; José C. M. Mombach ; MOREIRA, J. C. F. ; Rita M. C. de Almeida . ViaComplex. 2009.
RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz ; Mauro A. A. Castro ; Rodrigo J. S. Dalmolin ; Leonardo Gregory Brunnet ; Rita M. C. de Almeida . Gnatt- Gene/Protein Network Analysis Tool for Tracing Interactome. 2009.
Mauro A. A. Castro ; RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz ; Rita M. C. de Almeida . Karyocomplex : citogenetic diagnosis based on karyotipic complexity analysis.. 2008.
RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz ; Castro, M. A. A. ; Dalmolin, R. J. S. ; Leonardo Gregory Brunnet ; Bonatto, Diego ; MOREIRA, J. C. F. ; Rita M. C. de Almeida . Método, Sistema e Aparato de Análise de Dados de Expressão Gênica (Transcriptograma). 2011.
Rybarczyk-Filho, José Luiz . Convênio FATEC BOTUCATU - IBTEC UNESP. 2017. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).
Rybarczyk-Filho, J. L. . Neurociências. 2013. (Coordenação de Sessão - XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica).
Rybarczyk-Filho, J. L. . Informática Médica. 2013. (Coordenação de Sessão - XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica).
Rybarczyk-Filho, J. L. . Experimental Methods in Biophysics I. 2013. (Coordenação de Sessão - XXXVI Encontro Nacional da Física da Matéria Condensada).
RYBARCZYK FILHO, Jose Luiz . Introdução a Wavelets. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Rybarczyk-Filho, José Luiz ; Lemke, N. ; FERNANDEZ, R. M. ; HORMAZA, J. M. ; COSTA, V. E. ; MIRANDA, J. R. A. ; FONTES, M. R. M. ; FERNANDES, M. A. R. . VIII CONFIAM - Entrevistas dos Convidados. 2012. Vídeo.
Projetos de pesquisa
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2015 - 2018
Meta-análise do Projeto Toxicogenômico Japonês: diferenças entre modelos in vivo e in vitro, Descrição: É possível prever o potencial de toxicidade na fase inicial de desenvolvimento de medicamentos as empresas farmacêuticas podem evitar enormes perdas financeiras devido à retirada de medicamentos do ensaio clínico ou do mercado. Isso economiza recursos e estabiliza a gestão da empresa farmacêutica. Além disso, o desenvolvimento eficiente de drogas mais seguras é a missão social para as empresas farmacêuticas.Recentemente, o afunilamento da seleção para o composto principal mais adequado está mudando a partir da triagem de eficácia para a toxicidade. Uma estimativa eficaz e a previsão de toxicidade baseado na realização do Projeto Toxicogenômico será útil no futuro para o desenvolvimento de drogas. Os progressos na compreensão do modo em que o efeito de certo químico vai ocorrer, bem como a toxicidade das drogas no nível de expressão gênica por toxicogenômica vai melhorar a extrapolação a partir de testes em animais para seres humanos, e será possível para a reavaliação de drogas que tinham uma única atividade farmacológica que tiveram seu desenvolvimento parado por causa da toxicidade.Uma vez que o sistema de previsão para a toxicidade é estabelecida pelo Projeto Toxicogenômico, será possível que os produtos químicos com elevado risco de efeitos colaterais sejam eliminados antes da entrada no estudo clínico. Isso iria reduzir o risco de efeitos colaterais inesperados e, posteriormente, contribuir para a garantia de segurança para os pacientes. O tempo e os custos de desenvolvimento de drogas serão então reduzidos, e, por consequência, o custo total de medicação é diminuído.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Carlos Alberto Oliveira de Biagi-Júnior - Integrante., Número de produções C, T & A: 1
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2014 - 2020
Desenvolvimento de Wearables para ciências biomédicas., Descrição: Este projeto visa o desenvolvimento de dispositivos eletrônicos inteligentes que podem ser "vestidos" e que possam interagir com computadores. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Gunther J L Gerhardt - Integrante / Guilherme de Almeida Creste - Integrante., Número de produções C, T & A: 1
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2013 - 2020
Alfa2Bit: Criação de chaves liga-desliga com o uso de ondas alfas, Descrição: Com o auxílio de headsets podemos criar aplicativos que possam controlar muitos utensílios de uma casa, por exemplo, ligar e desligar aparelhos eletrodomésticos. Uma boa parte do controle de uma casa passa por ordens binárias, que podem ser sim ou nao, liga e desliga A novidade está na obtenção relativamente barata do sinal e processamento em tempo real. Quanto ao processamento em tempo real podemos utilizar hardware livre, o arduíno é uma plataforma de prototipagem eletrônica, desenvolvida com um microcontrolador de placa única, com suporte de entrada e saída embutido. Isto é perfeito para o desenvolvimento de objetos interativos e ainda podem ser conectado via wireless ou bluetooth a um computador hospedeiro para auxiliar no processamento. O Raspberry PI é um computador de excelente modelo para processar um sinal biométrico em tempo real, tem o tamanho de um cartão de crédito, isso possibilita a fixação dele em qualquer lugar. No caso o Headset pode ser conectado ao raspberry para o processamento do sinal e enviar o resultado para o arduíno que irá realizar a operação liga-desliga. O uso da atividade cerebral e técnicas de processsamento de sinais podem faciltar muito a vida de uma PPD e estão se tornando uma realidade. O nosso grupo possui experiencia no processamento de sinal de EEG e na utilização de ferramentas computacionais para sua caracterização. O sinal obtido de uma ferramenta como o EMOTIV (headset) não é muito diferente do que já estamos analisando ha algum tempo, sendo que o desafio será separar estados diferentes de atividade de forma automática e transformar esses estados em ordens de acordo com a vontade do individuo. O controle do ritmo alfa, por exemplo, não é nenhuma novidade na literatura e esse sinal pode ser transformado em comandos binários. (O projeto foi contemplado com 3 Bolsas de ITI e 2 de Pesquisador visitante). , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Suzana V Schönwald - Integrante / Gunther J L Gerhardt - Integrante / Luiz Miguel Alves de Oliveira - Integrante / Giordano Bruno Sanches Seco - Integrante / Guilherme de Almeida Creste - Integrante / Gustavo Moreira Jarola - Integrante / João Paulo Ballerini Bruno - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 9
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2013 - 2017
Ferramenta computacional para identificação de micro-organismos com base em assinaturas genômicas, Descrição: O avanço das tecnologias de sequenciamento de DNA permitiu a diminuição de seu custo e o aumento de sua velocidade, consequentemente causando um aumento considerável no montante de dados gerados. Entretanto, o desenvolvimento de algoritmos eficientes para a análise desses dados não tem acompanhado esse progresso, principalemnte tratando-se de dados metagenômicos. A Metagenômica consiste no sequenciamento de vários microorganismos de uma amostra de um determinado ambiente sem que haja a necessidade de isolamento dos mesmos. É importante para a caracterização de ambientes, pois a maioria dos microorganismos não podem ser cultivados em laboratório. As sequências obtidas por metagenômica são pequenos fragmentos com não mais de 700pb, que geralmente são identificados a partir do alinhamento com genomas inteiros armazenados em bancos de dados. Contudo, essa metodologia de análise é demorada e não se mostra tão precisa quando utilizamos pequenos fragmentos de DNA, pois fatores biológicos como transferência lateral de genes e rearranjos cromossômicos interferem no resultado. Uma das alternativas para facilitar essa caracterização é a utilização de assinaturas genômicas para uma análise prévia das sequências. Assinaturas genômicas são padrões de organização das sequências formadas pela pressão de seleção dos meios em que os organismos vivem. Elas são específicas de cada espécie, e quanto mais próximos da escala evolutiva dois organismos estiverem, menos modificadas serão suas assinaturas genômicas. Esse método não sofre as mesmas interferências do alinhamento, pois as assinaturas estão presentes no genoma inteiro. Neste projeto utilizaremos medidas de organização de sequências em fragmentos de DNA de várias espécies de microrganismos, com o intuito de encontrar assinaturas genômicas que possam ser utilizadas para auxiliar na identificação dos fragmentos a nível de gênero, reduzindo as possibilidades a serem analisadas e assim simplificando as metodologias de caracterização de sequências.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Gerhardt, G.J.L. - Integrante / André Luiz Molan - Integrante / Agnes Alessandra Sekijima Takeda - Integrante / Alex Augusto Biazotti - Integrante / José Rafael Pilan - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 2
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2013 - 2014
Aprendizado de Máquina em Biologia Molecular de Sistemas (AMBiS) aplicação em letalidade sintética, genes condicionalmente essenciais e transcrição gênica cooperativa, Descrição: O desenvolvimento de técnicas de alta produção de dados está transformando a biologia em uma disciplina rica em dados. Neste projeto nós consideramos redes biológicas integradas que incluem interações gênicas envolvendo metabolismo regulação e interação proteína-proteína. Nós iremos desenvolver ferramentas de aprendizado de máquina que utilizarão informações topológicas integradas com dados de expressão, localização celular e organização dos genomas para extrair informações biológicas relevantes. Nesse projeto iremos utilizar ferramentas de inteligência artificial para determinar a influência de propriedades topológicas na letalidade sintética de pares de genes e a influência do meio na essencialidade de genes.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (5) . , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Integrante / Ney Lemke - Coordenador / Marcio Luis Acencio - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
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2013 - Atual
Integração de Transcriptomas e Redes para o Estudo de Câncer, Descrição: A cada dia surgem novas tecnologias que possibilitam aos cientistas medirem a expressão de muitos genes em uma única experiência com uma alta rapidez e eficiência. No entanto, ainda não existem muitas metodologias que sirvam para a análise do funcionamento de células e tecidos que possibilitem diagnóstico, prevenção e terapias de doenças. Nós iremos utilizar uma nova metodologia de análise de expressão gênica que tem poder de diagnóstico quando uma célula cancerosa é comparada com uma célula normal. Partimos da idéia de que rotas bioquímicas podem ser representadas por uma rede de interações entre metabólitos, entre os quais muitas são proteínas codificadas a partir do genoma. Sendo assim, o funcionamento de uma célula implica em interações que compõem uma rede intricada e complexa. Reorganizamos a lista de genes em uma dimensão e reescrevemos a matriz de interação, sem a criação ou a destruição de interações, buscando correlacionar cada um dos genes com os seus respectivos vizinhos na lista unidimensional. Com base nisto, sobrepondo dados de expressão gênica sobre a lista unidimensional (transcriptograma), teremos um perfil transcricional de um tecido no ato da medida experimental. Se medirmos a expressão gênica de um tecido normal com um tecido canceroso. Como resultado desta comparação saberíamos quais conjuntos de proteínas estão super expressos e os subexpressos em relação ao tecido normal. E assim podemos propôr uma nova classificação para estadiamento para o câncer, encontrar novos alvos quimioterápicos, etc.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / André Luiz Molan - Integrante / Agnes Alessandra Sekijima Takeda - Integrante / Alex Augusto Biazotti - Integrante / José Rafael Pilan - Integrante / Felipe Chimin - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
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2012 - 2019
Busca de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer, Descrição: A biologia de sistemas pode auxiliar na busca de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer. Câncer é uma doença que não possuí cura, em muitos casos, após o tratamento o câncer retorna mais agressivo e o indivíduo se torna imune ao quimioterápicos utilizado no tratamento anterior. Usando a biologia de sistemas, é possivel descrever um sistema de interação protéica que representa o câncer (ex.: neuroblastoma, câncer de mama, câncer de pulmão, etc) e com o uso de métricas da teoria de grafos é possivel inferir novos alvos quimioterápicos associando conceitos como drogabilidade, comorbidade, etc. (O projeto foi contemplado com uma bolsa de IC). , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / André Luiz Molan - Integrante / Agnes Alessandra Sekijima Takeda - Integrante / Carlos Alberto Oliveira de Biagi-Júnior - Integrante / Alex Augusto Biazotti - Integrante / Gerson Santos de Almeida - Integrante., Financiador(es): Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho - Auxílio financeiro.
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2012 - 2013
Autismo e fatores ambientais, Descrição: O autismo é uma disfunção global do desenvolvimento. É uma alteração que afeta a capacidade de comunicação do indivíduo, de socialização e de comportamento Esta desordem faz parte de um grupo de síndromes chamado transtorno global do desenvolvimento (TGD), também conhecido como transtorno invasivo do desenvolvimento (TID), do inglês pervasive developmental disorder (PDD). O Objetivo deste projeto é correlacionar todos os genes envolvidos nesta sindrome e possíveis agentes. Esta correlação é obtida a partir da biologia de sistemas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Integrante / José C. F. Moreira - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2011 - 2012
Desenvolvimento de ferramentas para análise de transcriptomas, Descrição: A carência de ferramentas para análise de transcriptomas é o nosso motivador. Uma maneira de analisar transcriptomas é usando um método que considere os níveis de expressão do genoma completo com a organização de genes a partir de uma rede de interação protéica. Projetando o transcriptoma sobre a rede é possível avaliar a nível global a expressão do organismo desejado.. , Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Rita M. C. de Almeida - Integrante / Rodrigo J. S. Dalmolin - Integrante / José C. F. Moreira - Integrante.
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2009 - 2012
Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para análise de interatomas e identificação de redes de biomarcadores tumorais., Descrição: A progressão das neoplasias sólidas é um processo complexo, não segue uma seqüência universal e é caracterizada pela marcada heterogeneidade tumoral na ocasião do diagnóstico. Anormalidades cromossômicas, mutações somáticas e alterações epigenéticas estão entre as principais alterações celulares decorrentes da instabilidade do genoma destas neoplasias. Essa instabilidade tem importantes implicações clínicas, pois impõe dificuldades ao desenvolvimento de novos biomarcadores tumorais, tais como a baixa recorrência de mutações somáticas causalmente relacionadas ao desenvolvimento do câncer e a grande diversidade amostral. Segundo o atual sistema de estadiamento de tumores, apenas neoplasias de testículo são estadiadas com auxílio de marcadores moleculares (i.e. sistema TNM+S). Nas demais neoplasias sólidas o estadiamento é feito exclusivamente por critérios anatômicos, apesar das inúmeras ferramentas disponíveis para a análise molecular do genoma, do proteoma e do transcriptoma de biópsias de tecidos malignos. Visto que biomarcadores isoladamente não parecem ser efetivos para traduzir heterogeneidade tumoral em informação clínica relevante, neste projeto nos propomos a aumentar a robustez da classificação molecular de neoplasias sólidas através da identificação redes de biomarcadores tumorais (Edital Universal MCT/CNPq 14/2009 - 472658/2009-3).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Integrante / Mauro A. A. Castro - Coordenador / Rita M. C. de Almeida - Integrante / Rodrigo J. S. Dalmolin - Integrante / José C. F. Moreira - Integrante / José C. M. Mombach - Integrante / Fabio Klamt - Integrante.
Projetos de desenvolvimento
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2016 - Atual
Desenvolvimento do sistema de gerenciamento do Instituto de Biotecnologia da UNESP, Descrição: Criação do sistema de informática que permitirá o gerenciamento de todos os setores e laboratórios residentes do instituto de biotecnologia da unesp. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Paulo Eduardo Martins Ribolla - Integrante / Rogério Ferreira Sgoti - Integrante.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2016 - Atual
Desenvolvimento do sistema de gerenciamento do Instituto de Biotecnologia da UNESP, Descrição: Criação do sistema de informática que permitirá o gerenciamento de todos os setores e laboratórios residentes do instituto de biotecnologia da unesp. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Paulo Eduardo Martins Ribolla - Integrante / Rogério Ferreira Sgoti - Integrante.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2016 - Atual
Desenvolvimento do sistema de gerenciamento do Instituto de Biotecnologia da UNESP, Descrição: Criação do sistema de informática que permitirá o gerenciamento de todos os setores e laboratórios residentes do instituto de biotecnologia da unesp. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Paulo Eduardo Martins Ribolla - Integrante / Rogério Ferreira Sgoti - Integrante.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2016 - Atual
Desenvolvimento do sistema de gerenciamento do Instituto de Biotecnologia da UNESP, Descrição: Criação do sistema de informática que permitirá o gerenciamento de todos os setores e laboratórios residentes do instituto de biotecnologia da unesp. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Paulo Eduardo Martins Ribolla - Integrante / Rogério Ferreira Sgoti - Integrante.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2016 - Atual
Desenvolvimento do sistema de gerenciamento do Instituto de Biotecnologia da UNESP, Descrição: Criação do sistema de informática que permitirá o gerenciamento de todos os setores e laboratórios residentes do instituto de biotecnologia da unesp. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Paulo Eduardo Martins Ribolla - Integrante / Rogério Ferreira Sgoti - Integrante.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2016 - Atual
Desenvolvimento do sistema de gerenciamento do Instituto de Biotecnologia da UNESP, Descrição: Criação do sistema de informática que permitirá o gerenciamento de todos os setores e laboratórios residentes do instituto de biotecnologia da unesp. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Paulo Eduardo Martins Ribolla - Integrante / Rogério Ferreira Sgoti - Integrante.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2016 - Atual
Desenvolvimento do sistema de gerenciamento do Instituto de Biotecnologia da UNESP, Descrição: Criação do sistema de informática que permitirá o gerenciamento de todos os setores e laboratórios residentes do instituto de biotecnologia da unesp. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.
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2016 - Atual
Desenvolvimento do sistema de gerenciamento do Instituto de Biotecnologia da UNESP, Descrição: Criação do sistema de informática que permitirá o gerenciamento de todos os setores e laboratórios residentes do instituto de biotecnologia da unesp. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Paulo Eduardo Martins Ribolla - Integrante / Rogério Ferreira Sgoti - Integrante.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2016 - Atual
Desenvolvimento do sistema de gerenciamento do Instituto de Biotecnologia da UNESP, Descrição: Criação do sistema de informática que permitirá o gerenciamento de todos os setores e laboratórios residentes do instituto de biotecnologia da unesp. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Paulo Eduardo Martins Ribolla - Integrante / Rogério Ferreira Sgoti - Integrante.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2016 - Atual
Desenvolvimento do sistema de gerenciamento do Instituto de Biotecnologia da UNESP, Descrição: Criação do sistema de informática que permitirá o gerenciamento de todos os setores e laboratórios residentes do instituto de biotecnologia da unesp. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Paulo Eduardo Martins Ribolla - Integrante / Rogério Ferreira Sgoti - Integrante.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2016 - Atual
Desenvolvimento do sistema de gerenciamento do Instituto de Biotecnologia da UNESP, Descrição: Criação do sistema de informática que permitirá o gerenciamento de todos os setores e laboratórios residentes do instituto de biotecnologia da unesp. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Paulo Eduardo Martins Ribolla - Integrante / Rogério Ferreira Sgoti - Integrante.
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2012 - Atual
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
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2021 - Atual
Apllicação de técnicas de inteligência artificial para problemas biomédicos, Descrição: Usar as técnicas de Deep Learning e Aprendizado de máquina explicável para problemas de predição de prognóstico de tumores.Desenvolvimento de modelos que sejam capazes de predizer o prognostico a partir de dados moleculares e o desenvolvimento de ferramentas web para o uso dos modelos na clínica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / André Luiz Molan - Integrante / Agnes Alessandra Sekijima Takeda - Integrante / Giordano Bruno Sanches Seco - Integrante.
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2019 - Atual
Criação de aplicativos mobile e software de bioinformática, Descrição: Desenvolvimento de aplicativos mobiles que utilizam realidade virtual para visualização de dados biológicos. Também este projeto conta o desenvolvimento de software de integração de vários níveis de dados biológicos. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / André Luiz Molan - Integrante / Agnes Alessandra Sekijima Takeda - Integrante / José Rafael Pilan - Integrante / Giordano Bruno Sanches Seco - Integrante / JORGE HENRIQUE FAINE MONTEIRO - Integrante.
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2012 - 2017
Criação de uma nova classificação de estadiamento para canceres usando informação transcriptômica, Descrição: Usando a metodologia do transcriptograma é possível desenvolver uma nova forma para realizar o estadiamento de câncer. Atualmente isto é realizado de forma histológica.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Fares Zeidán-Chuliá - Integrante.
Prêmios
2017
Prêmio de Melhor Pôster em ômicas - Encontro da SBBq 2017, SBBq.
2017
Terceiro lugar melhor apresentação de trabalho no XXIX Congresso de Inciação Científica, Instituto de Biociências de Botucatu.
2016
Melhor apresentação Pôster - Pós-Graduação - XVI Workshop de Genética, Instituto de Biociências de Botucatu.
2015
Melhor apresentação Pôster - Iniciação Científica - XV Workshop de Genética, Instituto de Biociências de Botucatu.
2014
Best Poster Award - III International Workshop on Environmental Microbiology, AB3C.
2010
Best Poster Awards in Systems Biology and Networks: X-meeting 2010, AB3C.
Histórico profissional
Endereço profissional
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Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica. , Distrito de Rubião Júnior s/n, Rubião Júnior, 18618970 - Botucatu, SP - Brasil - Caixa-postal: 510, Telefone: (14) 38800264, Fax: (14) 38800262
Experiência profissional
2022 - Atual
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita FilhoVínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Associado MS5.3, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2019 - 2022
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita FilhoVínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Associado MS5.1, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2012 - 2019
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita FilhoVínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Professor Assistente Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
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08/2023
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Ciência de Dados II: Aprendizado de Máquina (60h)
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02/2022
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Representante Suplente no Conselho do Departamento de Biofísica e Farmacologia.
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11/2021
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Represente Docente da Comissão Assessora para análise das inscrições de Concurso de Livre-Docência e Plano de Carreira Docente.
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09/2020
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Membro Titular do Conselho de Curso da Física Médica.
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07/2023 - 07/2023
Ensino, Ciências Biológicas (Genética), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Programação em Python (60h)
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04/2023 - 07/2023
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Física I (64h), Termodinâmica e Mecânica Estatística (64h), Mecânica Clássica I (64h)
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04/2023 - 07/2023
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática (16h)
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09/2022 - 01/2023
Ensino, Ciências Biomédicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Fundamentos de Física (30h)
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09/2022 - 01/2023
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Ciência de Dados III: Aprendizado Profundo (60h)
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04/2022 - 08/2022
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Termodinâmica e Mecânica Estatística (68h), Física I (102h)
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04/2022 - 08/2022
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Termodinâmica e Mecânica Estatística (68h), Física I (102h)
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04/2022 - 08/2022
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática (60h)
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10/2021 - 03/2022
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Ciência de Dados II: Aprendizado de Máquina (Optativa) - (60h)
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02/2020 - 01/2022
Direção e administração, Instituto de Biociências, Departamento de Biofísica e Farmacologia.,Cargo ou função, Chefe de Departamento.
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02/2020 - 01/2022
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Membro Titular da Congregação do Instituto de Biociências de Botucatu - Representando o Depto de Biofísica e Farmacologia.
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10/2021 - 11/2021
Ensino, Biologia Geral e Aplicada, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Programação em Python (60h), Aprendizado de Máquina em Python (60 h)
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10/2021 - 11/2021
Ensino, Ciências Biológicas (Genética), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Programação em Python (60h), Aprendizado de Máquina em Python (60h)
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05/2021 - 09/2021
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Termodinâmica e Mecânica Estatística (60h), Física I (72h), Física I - Turma Extra (90h)
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05/2021 - 09/2021
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática (60h)
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11/2020 - 03/2021
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Física das Radiações (30h)
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11/2020 - 03/2021
Ensino, Ciências Biomédicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Fundamentos de Física (15h)
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02/2020 - 10/2020
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Física das Radiações (90h), Física I (72h), Termodinâmica e Mecânica Estatística (60h)
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02/2020 - 10/2020
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática (48h)
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06/2015 - 08/2020
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Cargo ou função, Membro suplente do Conselho de Curso da Física Médica.
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02/2018 - 01/2020
Direção e administração, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Cargo ou função, Chefe de Departamento.
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02/2018 - 01/2020
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Membro Titular da Congregação do Instituto de Biociências de Botucatu - Representando o Depto de Física e Biofísica.
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08/2019 - 12/2019
Ensino, Ciências Biomédicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Fundamentos de Física (09h)
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08/2019 - 12/2019
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Física das Radiações (24h)
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07/2019 - 07/2019
Ensino, Ciências Biológicas (Genética), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioestatística usando ambiente estatístico R (60h)
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07/2019 - 07/2019
Ensino, Biologia Geral e Aplicada, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioestatística usando ambiente estatístico R (60h)
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07/2019 - 07/2019
Ensino, Biotecnologia, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioestatística (60h)
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02/2019 - 07/2019
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Física I (96h), Termodinâmica e Mecânica Estatística (64h)
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02/2019 - 07/2019
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática (64h)
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08/2017 - 06/2019
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Membro titular do Conselho de Pós-Graduação em Biotecnologia.
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08/2018 - 12/2018
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Física das Radiações (90h)
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08/2018 - 12/2018
Ensino, Ciências Biomédicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Fundamentos de Física (45h)
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09/2018 - 09/2018
Ensino, Biotecnologia, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Tópicos Especiais em Biotecnologia: Introdução à Biologia de Sistemas e Análise de Balanço de Fluxo (12h)
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09/2018 - 09/2018
Ensino, Ciências Biológicas (Genética), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, 	Tópicos Especiais em Genética: Introdução à Biologia de Sistemas e Análise de Balanço de Fluxo (12h)
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04/2014 - 09/2018
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Cargo ou função, Membro Titular do Conselho do Curso de Graduação em Ciências Biomédicas do IBB.
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02/2018 - 07/2018
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Termodinâmica e Mecânica Estatística (60h)
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02/2018 - 07/2018
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática (60h)
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03/2017 - 01/2018
Direção e administração, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Cargo ou função, Vice-chefe de Departamento.
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08/2017 - 12/2017
Ensino, Ciências Biomédicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Fundamentos de Física (45h)
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08/2017 - 12/2017
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Processamento e Análise de Sinais e Imagem Médica (60h)
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10/2014 - 12/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Membro Suplente do Conselho Municipal de Ciência, Tecnologia e Inovação de Botucatu (COMCITI).
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08/2017 - 10/2017
Ensino, Biotecnologia, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, BIoestatística (60h), 	Tópicos Especiais em Biotecnologia - Bioinformática: dos Genes à Estrutura de Proteínas (16h)
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08/2017 - 10/2017
Ensino, Biologia Geral e Aplicada, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Tópicos Especiais em Biologia Geral e Aplicada - Bioinformática: dos genes à estrutura de proteínas. (16h)
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08/2017 - 10/2017
Ensino, Ciências Biológicas (Genética), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Tópicos Especiais em Genética - Bioinformática: dos genes à estrutura de proteínas (16h)
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07/2017 - 07/2017
Ensino, Biologia Geral e Aplicada, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioestatística usando ambiente estatístico R (60h)
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07/2017 - 07/2017
Ensino, Ciências Biológicas (Genética), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioestatística usando ambiente estatístico R (60 h)
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03/2017 - 07/2017
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Fisica das Radiações (45h), Termodinâmica e Mecânica Estatística (60h)
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05/2014 - 07/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Cargo ou função, Membro suplente do conselho do Programa de Pós Graduação em Biotecnologia.
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07/2016 - 02/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Cargo ou função, Membro Titular do Conselho do Departamento.
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08/2016 - 12/2016
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Processamento e Análise de Sinais e Imagem Médica (60h)
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08/2016 - 12/2016
Ensino, Ciências Biomédicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Fundamentos de Física (45h)
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01/2016 - 12/2016
Extensão universitária , Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Atividade de extensão realizada, Escola de Programação para Ensino Médio (EPEM).
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02/2015 - 12/2016
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Membro Titular da Comissão Local de Contratação Docente do Instituto de Biociências do Câmpus de Botucatu.
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11/2015 - 09/2016
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Vice Presidente da Comissão de Estágios do Curso de Física Médica.
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06/2016 - 06/2016
Ensino, Ciências Biológicas (Genética), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Laboratório de Bioinformática: proteínas e expressão gênica (60h)
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02/2016 - 06/2016
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Física das Radiações (90h), Termodinâmica e Mecânica Estatística (60h)
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02/2012 - 06/2016
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Cargo ou função, Membro Suplente do Conselho do Departamento de Física e Biofísica.
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08/2015 - 12/2015
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Processamento e Análise de Sinais e Imagem Médica (60h)
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08/2015 - 12/2015
Ensino, Ciências Biomédicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Fundamentos de Física (45h)
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08/2015 - 11/2015
Ensino, Biotecnologia, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Laboratório de Bioinformática (60h)
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08/2013 - 10/2015
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Cargo ou função, Membro da Comissão de estágios do curso de Física Médica.
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07/2015 - 07/2015
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Comissão para Apuração Preliminar de Plágio.
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03/2015 - 07/2015
Ensino, Ciências Biológicas (Genética), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Laboratório de Bioinformática: Proteínas e Expressão Gênica (60h)
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02/2015 - 07/2015
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Física das Radiações (90h), Termodinâmica e Mecânica Estatística (60h)
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11/2014 - 01/2015
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Cargo ou função, Membro da Comissão de Transferência - Física Médica.
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09/2014 - 01/2015
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Processamento e Análise de Sinais e Imagens Médicas (60h)
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09/2014 - 01/2015
Ensino, Ciências Biomédicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Fundamentos de Física (39h)
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08/2014 - 11/2014
Ensino, Ciência Biológica AC.: Genética, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Algoritmos e Programação em Python (60h)
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02/2014 - 08/2014
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Física das Radiações (44h), Termodinâmica e Mecânica Estatística (60h)
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09/2012 - 03/2014
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Cargo ou função, Membro Suplente do Conselho do Curso de Graduação em Ciências Biomédicas do IBB.
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11/2013 - 02/2014
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Cargo ou função, Presidente da Comissão de Transferência - Física Médica.
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08/2013 - 01/2014
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Medicina Nuclear e Radiobiologia (24h), Processamento e Análise de sinais e imagens médicas (60h)
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08/2013 - 01/2014
Ensino, Ciências Biomédicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Fundamentos de Física (45h)
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08/2013 - 11/2013
Ensino, Ciências Biológicas (Genética), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Algoritmos e Programação em Python (60h)
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09/2013 - 09/2013
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Cargo ou função, Membro titular da mesa da eleição para Representante junto ao Conselho do Departamento de Física e Biofísica.
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03/2013 - 07/2013
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Física das Radiações (90h), Termodinâmica e Mecânica Estatística (60h)
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03/2013 - 07/2013
Extensão universitária , Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Atividade de extensão realizada, Curso de Python (30h) (Ensino propulsor de física e matemática).
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06/2013 - 06/2013
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.,Cargo ou função, Membro Titular da mesa da Eleição do Chefe e Vice-Chefe do Departamento de Física e Biofísica.
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11/2012 - 01/2013
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências.,Cargo ou função, Membro da Comissão de Transferência - Física Médica.
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07/2012 - 12/2012
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Medicina Nuclear e Radiobiologia - 28h, Processamento e Análise de sinais e imagens médicas - 60h
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07/2012 - 12/2012
Ensino, Ciências Biomédicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Física Geral - 24h
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01/2012 - 06/2012
Ensino, Física Médica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Física das Radiações - 90h, Termodinâmica e Mecânica Estatística - 60h
2020 - 2021
Universidade virtual do Estado de São PauloVínculo: Contrato Temporário, Enquadramento Funcional: Professor Conteúdista, Carga horária: 4
Atividades
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11/2020 - 07/2021
Ensino, Licenciatura em Matemática, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Estatística (80h)
2015 - 2017
Instituto de Biotecnologia - Universidade Estadual PaulistaVínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 20
2003 - 2012
Universidade Federal do Rio Grande do SulVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista
Atividades
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01/2008 - 09/2010
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Física.,Cargo ou função, Representande Discente ao Conselho do Programa de Pós-Graduação.
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03/2010 - 07/2010
Estágios , Instituto de Física.,Estágio realizado, FIS01206 Métodos Computacionais da Física B.
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05/2008 - 05/2009
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Física.,Cargo ou função, Representante Titular Discente do Conselho do Instituto de Física.
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09/2008 - 11/2008
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Física.,Cargo ou função, Representante Discente da Comissão de Consulta para nomeação do Diretor.
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03/2006 - 07/2006
Estágios , Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, Curso de Pós-Graduação em Medicina: Clínica Médica.,Estágio realizado, MED 26 Introdução à Bioestatística.
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04/2003 - 12/2004
Estágios , Instituto de Física.,Estágio realizado, Bolsista do laboratório de Implantação Iônica, no qual realizava análise de materiais via PIXE.
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