Carlos Alberto Oliveira de Biagi Junior

Graduado em Física Médica (2015) e Mestre pelo programa de Biotecnologia da Universidade Estadual Paulista (UNESP). Iniciou o Doutorado no Departamento de Genética pela Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto na Universidade de São Paulo (USP) em 2017. Desde o início do Doutorado o foco foi compreender o macroambiente intratumoral através do sequenciamento de RNA de células únicas (single-cell RNA-seq), principalmente de Melanoma e Câncer de Pulmão de Pequenas Células (SCLC). Durante o Doutorado teve a oportunidade de passar um período no ERIBA (European Research Institute for the Biology of Ageing) localizado no Centro Médico Universitário de Groningen, na Holanda, no laboratório do Prof. Dr. Floris Foijer, onde estudou sobre aneuploidia e instabilidade cromossomal em câncer em dados de single-cell DNA-seq. Além disso teve a oportunidade de passar 1 ano no CMMC (Center for Molecular Medicine Cologne) no Departamento de Genômica Translacional da Universidade de Colônia na Alemanha, aprendendo e aprimorando as habilidades de lidar com diferentes tipos de análises para dados de single-cell RNA-seq em Câncer de Pulmão de Pequenas Células (SCLC) com o Prof. Dr. Martin Peifer. Atualmente se enquadra na posição de Research Fellow no Dana-Farber Cancer Institute afiliado à Harvard Medical School e Broad Institute, no laboratório da Profa. Dra. Mariella Filbin localizado no Departamento de Oncologia Pediátrica, buscando entender melhor os tumores pediátricos utilizando as tecnologias mais atuais como single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, Spatial Transcriptomics, entre outras. Em 2019 tornou-se sócio da NEOGENYS Diágnostico Molecular, startup focada em pesquisa e desenvolvimento de soluções na área de Diagnóstico Molecular em Oncologia, especificamente quanto à estratificação de risco do paciente, para que o médico possa ter uma maior precisão na rápida tomada de decisão do protocolo de tratamento a ser utilizado no paciente. Na NEOGENYS, Carlos atua como Bioinformata.

Informações coletadas do Lattes em 28/07/2024

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Genética USP-RP

2017 - 2022

Universidade de São Paulo
Título: Sequenciamento de RNA de células únicas como ferramenta para a compreensão do microambiente intratumoral
Orientador: em Center for Molecular Medicine Cologne ( Martin Peifer)
com Wilson Araújo da Silva Júnior. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Bioinformática; Sequenciamento; Células únicas.

Mestrado em Biotecnologia

2015 - 2017

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Título: Meta-análise do Projeto Toxicogenômico Japonês: diferenças entre modelos in vivo e in vitro
, Ano de Obtenção: 2017.José Luiz Rybarczyk Filho.Palavras-chave: Toxicogenômica; microarranjo.Grande área: Ciências Exatas e da Terra

Graduação em Física Médica

2011 - 2015

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Título: Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama baseado em centralidades de rede
Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho
Bolsista do(a): Prope-UNESP, PROPE-UNESP, Brasil.

Ensino Médio (2º grau)

2007 - 2009

Colégio Luiz de Queiroz

Pós-doutorado

2022

Pós-Doutorado. , Dana-Farber Cancer Institute, DFCI, Estados Unidos.

Formação complementar

2021 - 2021

Gestão Cultural e Metodologias Ágeis. (Carga horária: 70h). , Instituto para Pesquisa do Câncer, IPEC, Brasil.

2019 - 2019

Systems biology and gene networks inference: application to livestock breed. (Carga horária: 40h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2017 - 2017

X Curso de Verão em Bioinformática. (Carga horária: 80h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2017 - 2017

Metaprogramação em C++17 para computação estatística. (Carga horária: 12h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2016 - 2016

Extensão universitária em Escola de Programação para o Ensino Médio (EPEM). (Carga horária: 60h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2016 - 2016

Writing Effective Abstracts. (Carga horária: 2h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2016 - 2016

Identificação, anotação e análise de expr de transcritos utilizando RNA-Seq. (Carga horária: 25h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

2015 - 2015

Uso de Pacote R para a Biologia de Sistemas. (Carga horária: 15h). , Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.

2015 - 2015

Current methodologies in transcriptome analysis. (Carga horária: 3h). , Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.

2015 - 2015

Redação Científica Internacional. (Carga horária: 8h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2014 - 2014

Sistema de Planejamento em Radioterapia. (Carga horária: 4h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2013 - 2013

Extensão universitária em Venha Conhecer o IB. (Carga horária: 3h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2013 - 2013

Radioterapia. (Carga horária: 3h). , Associação Brasileira de Física Médica, ABFM, Brasil.

2012 - 2012

Biologia Sistêmica do Câncer. (Carga horária: 2h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2012 - 2012

Dosimetria OSL e suas aplicações. (Carga horária: 2h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

2012 - 2012

Radiologia Industrial. (Carga horária: 4h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2011 - 2011

Avanços Tec. do Ultrassom e Novas Mod. de Imagens. (Carga horária: 4h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2011 - 2011

SAXS. (Carga horária: 2h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2011 - 2011

Campos de Atuação do Físico Médico. (Carga horária: 1h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Bioinformática.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Médica.

Organização de eventos

BIAGI JÚNIOR, C. A. O. . XI Curso de Verão em Bioinformática. 2018. (Outro).

BIAGI JÚNIOR, C. A. O. . X-meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). 2016. (Congresso).

BIAGI JÚNIOR, C. A. O. . II Workshop de Biotecnologia da UNESP (Workbiotec). 2016. (Congresso).

BIAGI JÚNIOR, C. A. O. . X Congresso de Física Aplicada a Medicina. 2014. (Congresso).

BIAGI JÚNIOR, C. A. O. . XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica. 2013. (Congresso).

BIAGI JÚNIOR, C. A. O. . VIII Congresso de Física Aplicada à Medicina (CONFIAM). 2012. (Congresso).

Participação em eventos

Pediatric Neuro-Oncology Research Conference. THE DISTINCT GENOMICS OF HIGH-GRADE INFANT GLIOMAS AMONG PEDIATRIC GLIOMAS HARBORING RECEPTOR TYROSINE KINASE FUSIONS. 2023. (Congresso).

Genética 2021 - 66th Brazilian Congress of Genetics. Characterization of immune system cell subpopulations from single cell RNA sequencing in head and neck squamous cell carcinoma. 2021. (Congresso).

Genética 2019 - 65th Brazilian Congress of Genetics. THE ROLE OF HOTAIR IN THE ACTIVATION OF EPITHELIAL MESENCHYMAL TRANSITION GENETIC PROGRAM IN MELANOMA CELLS. 2019. (Congresso).

2018 International Congress of Genetics. The long noncoding RNA ZEB1-AS1 upregulation in melanoma and correlation with ZEB1 gene expression and invasiveness. 2018. (Congresso).

XI Curso de Verão em Bioinformática.R: Bioconductor e TCGABiolinks. 2018. (Outra).

Xmeeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C. Investigation of long non-coding RNAs (lncRNAs) expression in melanoma using Single Cell RNA-Seq (scRNA-Seq) data. 2018. (Congresso).

Pequeno Cientista.Por que somos todos mutantes?. 2017. (Outra).

Principais resultados alcançados nos últimos cinco anos do CTC. 2017. (Seminário).

XVI Workshop de Genética. Breaking RNA-Seq: analise você mesmo. 2017. (Congresso).

II Workshop de Biotecnologia da UNESP (Workbiotec). 2016. (Congresso).

X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). Meta-analysis of Japanese Toxicogenomics data: differences between in vivo and in vitro models. 2016. (Congresso).

1 Workshop de Biotecnologia (WorkBio). 2015. (Simpósio).

Escola Gaúcha de Bioinformática. 2015. (Congresso).

XIV Workshop da Pós-Graduação.Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama usando biologia de sistemas. 2015. (Outra).

X-Meeting 2015 - 11 th International Conference of the AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. Expression gene levels display differences between in vivo and in vitro models. 2015. (Congresso).

X Congresso de Física Aplicada à Medicina. Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama baseado em topologias de rede. 2014. (Congresso).

XXVI Congresso de Iniciação Científica da Unesp. Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama baseado em centralidades de rede. 2014. (Congresso).

7 Congresso de Extensão Universitária da Unesp. 2013. (Congresso).

International Conference of the AB3C and Brazilian Symposium on Bioinformatics. Discovery of new chemotherapeutic targets for the treatment of breast cancer. 2013. (Congresso).

XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica. Predição de Novo Alvos Quimioterápicos para o Tratamento de Câncer de Mama Baseado em Topologias de Rede. 2013. (Congresso).

IV Congresso de Física Médica do IFGW da Unicamp. 2012. (Congresso).

VIII Congresso de Física Aplicada à Medicina (CONFIAM). 2012. (Congresso).

VII Congresso de Física Aplicada à Medicina (CONFIAM). 2011. (Congresso).

Participação em bancas

Aluno: GABRIELA STEFANIE SILVA SANTOS

ELIAS, L. L. K.; SILVA JUNIOR, W. A.;BIAGI JÚNIOR, C. A. O.. Análise do transcriptoma hipotalâmico e do órgão subfornicial de ratos adultos submetidos à programação nutricional neonatal. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.

Orientou

Tais Cassalho Evangelista

Análise comparativa de ferramentas de Single cell RNA-Seq para a detecção de células tronco e células raras; 2019; Iniciação Científica; (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo; Orientador: Carlos Alberto Oliveira de Biagi Júnior;

Produções bibliográficas

CASILLO, STEPHANIE M. ; GATESMAN, TAYLOR A. ; CHILUKURI, AKANKSHA ; VARADHARAJAN, SRINIDHI ; JOHNSON, BRENDEN J. ; DAVID PREMKUMAR, DANIEL R. ; JANE, ESTHER P. ; PLUTE, TRITAN J. ; KONCAR, ROBERT F. ; STANTON, ANN-CATHERINE J. ; BIAGI-JUNIOR, CARLOS A.O. ; BARBER, CALLIE S. ; HALBERT, MATTHEW E. ; GOLBOURN, BRIAN J. ; HALLIGAN, KATHARINE ; CRUZ, ANDREA F. ; MANSI, NEVEEN M. ; CHENEY, ALLISON ; MULLETT, STEVEN J. ; LAND, CLINTON VAN?T . An ERK5-PFKFB3 axis regulates glycolysis and represents a therapeutic vulnerability in pediatric diffuse midline glioma. Cell Reports , v. 43, p. 113557, 2024.
BRUSCHI, MARCO ; MIDJEK, LILIA ; AJLIL, YASSINE ; VAIRY, STEPHANIE ; LANCIEN, MANON ; GHERMAOUI, SAMIA ; KERGROHEN, THOMAS ; VERREAULT, MAÏTÉ ; IDBAIH, AHMED ; DE BIAGI JR, CARLOS ALBERTO OLIVEIRA ; LIU, ILON ; FILBIN, MARIELLA G ; BECCARIA, KÉVIN ; BLAUWBLOMME, THOMAS ; PUGET, STEPHANIE ; TAUZIEDE-ESPARIAT, ARNAULT ; VARLET, PASCALE ; DANGOULOFF-ROS, VOLODIA ; BODDAERT, NATHALIE ; LE TEUFF, GWENAEL . Diffuse Midline Glioma Invasion and Metastasis Rely on Cell-autonomous Signaling. NEURO-ONCOLOGY , v. 1, p. 1, 2023.
AUSEJO-MAULEON, IKER ; LABIANO, SARA ; DE LA NAVA, DANIEL ; LASPIDEA, VIRGINIA ; ZALACAIN, MARTA ; MARRODÁN, LUCÍA ; GARCÍA-MOURE, MARC ; GONZÁLEZ-HUARRIZ, MARISOL ; HERVÁS-CORPIÓN, IRATI ; DHANDAPANI, LAASYA ; VICENT, SILVESTRE ; COLLANTES, MARIA ; PEUELAS, IVÁN ; BECHER, OREN J. ; FILBIN, MARIELLA G. ; JIANG, LI ; LABELLE, JENNA ; DE BIAGI-JUNIOR, CARLOS A.O. ; NAZARIAN, JAVAD ; LATERNSER, SANDRA . TIM-3 blockade in diffuse intrinsic pontine glioma models promotes tumor regression and antitumor immune memory. CANCER CELL , v. 1, p. 1, 2023.
SIENA, ÁDAMO DAVI DIÓGENES ; BARROS, ISABELA ICHIHARA DE ; STORTI, CAMILA BALDIN ; DE BIAGI JÚNIOR, CARLOS ALBERTO OLIVEIRA ; DA COSTA CARVALHO, LARISSA ANASTACIO ; MARIA'ENGLER, SILVYA STUCHI ; SOUSA, JOSANE DE FREITAS ; SILVA, WILSON ARAÚJO . Upregulation of the novel lncRNA U731166 is associated with migration, invasion and vemurafenib resistance in melanoma. JOURNAL OF CELLULAR AND MOLECULAR MEDICINE (PRINT) , v. 1, p. 1, 2022.
MOTA, RYERSON FONSECA ; CAVALCANTI DE ARAÚJO, PAULO HENRIQUE ; CEZINE, MARIA EDUARDA RAMOS ; MATSUO, FLÁVIA SAYURI ; METZNER, RODRIGO JAIR MORANDI ; OLIVEIRA DE BIAGI JUNIOR, CARLOS ALBERTO ; PERONNI, KAMILA CHAGAS ; HAYASHI, HIROKI ; SHIMAMURA, MUNEHISA ; NAKAGAMI, HIRONORI ; OSAKO, MARIANA KIOMY . RANKL Impairs the TLR4 Pathway by Increasing TRAF6 and RANK Interaction in Macrophages. BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL , v. 2022, p. 1-13, 2022.
CURY, SS. ; OLIVEIRA, JS. ; BIAGI-JÚNIOR, CAO. ; JR WA, SILVA ; REIS, PP. ; CABRAL-MARQUES, O. ; HASIMOTO, EN. ; FREIRE, PP. ; CARVALHO, RF. . Transcriptional profiles and common genes link lung cancer with the development and severity of COVID-19. GENE , v. 1, p. 147047, 2022.
PEDEZZI, RAFAEL ; DE BIAGI JUNIOR, CARLOS ALBERTO OLIVEIRA ; DE FREITAS, MARCELA CRISTINA CORRÊA ; DA ROSA-GARZON, NATHÁLIA GONSALES ; CABRAL, HAMILTON . Transcriptomic studies on Purpureocillium lilacinum reveal molecular mechanisms of response to fluconazole and itraconazole. BRAZILIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY , v. 1, p. 1-11, 2021.
OLIVEIRA DE BIAGI, CARLOS ALBERTO ; NOCITI, RICARDO PERECIN ; BROTTO, DANIELLE BARBOSA ; FUNICHELI, BRENO OSVALDO ; CÁSSIA RUY, PATRÍCIA DE ; BIANCHI XIMENEZ, JOÃO PAULO ; ALVES FIGUEIREDO, DAVID LIVINGSTONE ; ARAÚJO SILVA, WILSON . CeTF: an R/Bioconductor package for transcription factor co-expression networks using regulatory impact factors (RIF) and partial correlation and information (PCIT) analysis. BMC GENOMICS , v. 22, p. 624, 2021.
DE BIAGI, CARLOS ALBERTO OLIVEIRA ; CURY, SARAH SANTILONI ; ALVES, CLEIDSON PÁDUA ; RABHI, NABIL ; SILVA, WILSON ARAUJO ; FARMER, STEPHEN R. ; CARVALHO, ROBSON FRANCISCO ; BATISTA, MIGUEL LUIZ . Multidimensional Single-Nuclei RNA-Seq Reconstruction of Adipose Tissue Reveals Adipocyte Plasticity Underlying Thermogenic Response. Cells , v. 10, p. 3073, 2021.
ALENCASTRO VEIGA CRUZEIRO, GUSTAVO ; DE ALMEIDA MAGALHÃES, TACIANI ; RIBEIRO DE SOUSA, GRAZIELLA ; BONFIM SILVA, RICARDO ; ALBERTO OLIVEIRA DE BIAGI JUNIOR, CARLOS ; FERREIRA DAS CHAGAS, PABLO ; GOMES DE PAULA QUEIROZ, ROSANE ; ALBERTO SCRIDELI, CARLOS ; GONZAGA TONE, LUIZ ; TERCI VALERA, ELVIS . YAP1 Is a Potential Predictive Molecular Biomarker for Response to SMO Inhibitor in Medulloblastoma Cells. Cancers , v. 13, p. 6249, 2021.
DAS CHAGAS, PABLO FERREIRA ; DE SOUSA, GRAZIELLA RIBEIRO ; KODAMA, MÁRCIO HIDEKI ; DE BIAGI JUNIOR, CARLOS ALBERTO OLIVEIRA ; YUNES, JOSÉ ANDRES ; BRANDALISE, SILVIA REGINA ; CALIN, GEORGE ADRIAN ; TONE, LUIZ GONZAGA ; SCRIDELI, CARLOS ALBERTO ; DE OLIVEIRA, JAQUELINE CARVALHO . Ultraconserved long non-coding RNA uc.112 is highly expressed in childhood T versus B-cell acute lymphoblastic leukemia. Hematology, Transfusion and Cell Therapy , v. epub, p. ahead, 2020.
CODO, ANA CAMPOS ; DAVANZO, GUSTAVO GASTÃO ; DE BRITO MONTEIRO, LAUAR ; FABIANO DE SOUZA, GABRIELA ; MURARO, STÉFANIE PRIMON ; VIRGILIO-DA-SILVA, JOÃO VICTOR ; PRODONOFF, JULIANA SILVEIRA ; CARREGARI, VICTOR CORASOLLA ; OLIVEIRA DE BIAGI JUNIOR, CARLOS ALBERTO ; CRUNFLI, FERNANDA ; JIMENEZ RESTREPO, JEFFERSSON LEANDRO ; VENDRAMINI, PEDRO HENRIQUE ; REIS-DE-OLIVEIRA, GUILHERME ; BISPO DOS SANTOS, KARINA ; AUGUSTO DE TOLEDO TEIXEIRA, DANIEL ; PARISE, PIERINA LORENCINI ; MARTINI, MATHEUS CAVALHEIRO ; MARQUES, RAFAEL ELIAS ; CARMO, HELISON R. ; BORIN, ALEXANDRE . Title: Elevated glucose levels favor SARS-CoV-2 infection and monocyte response through a HIF-1/glycolysis dependent axis. Cell Metabolism , v. 1, p. 1, 2020.
FERREIRA, MR ; SANTOS, GA ; BIAGI, CA ; SILVA JUNIOR, WA ; ZAMBUZZI, WF . GSVA score reveals molecular signatures from transcriptomes for biomaterials comparison. Journal of Biomedical Materials Research Part A , v. 1, p. 1, 2020.
DAIBERT, RAQUEL MORAIS DE PAIVA ; DE BIAGI JUNIOR, CARLOS ALBERTO OLIVEIRA ; VIEIRA, FELIPE DE OLIVEIRA ; DA SILVA, MARCOS VINICIUS GUALBERTO BARBOSA ; HOTTZ, EUGENIO DAMACENO ; MENDONÇA PINHEIRO, MARIANA BRANDI ; FAZA, DANIELE RIBEIRO DE LIMA REIS ; PEREIRA, HYAGO PASSE ; MARTINS, MARTA FONSECA ; BRANDÃO, HUMBERTO DE MELLO ; MACHADO, MARCO ANTÔNIO ; CARVALHO, WANESSA ARAÚJO . Lipopolysaccharide triggers different transcriptional signatures in taurine and indicine cattle macrophages: Reactive oxygen species and potential outcomes to the development of immune response to infections. PLoS One , v. 15, p. e0241861, 2020.
CRUZEIRO, GUSTAVO ALENCASTRO VEIGA ; SALOMÃO, KARINA BEZERRA ; DE BIAGI JR, CARLOS ALBERTO OLIVEIRA ; BAUMGARTNER, MARTIN ; STURM, DOMINIK ; LIRA, RÉGIA CAROLINE PEIXOTO ; DE ALMEIDA MAGALHÃES, TACIANI ; BARONI MILAN, MIRELLA ; DA SILVA SILVEIRA, VANESSA ; SAGGIORO, FABIANO PINTO ; DE OLIVEIRA, RICARDO SANTOS ; DOS SANTOS KLINGER, PAULO HENRIQUE ; SEIDINGER, ANA LUIZA ; YUNES, JOSÉ ANDRÉS ; DE PAULA QUEIROZ, ROSANE GOMES ; OBA-SHINJO, SUELI MIEKO ; SCRIDELI, CARLOS ALBERTO ; NAGAHASHI, SUELY MARIE KAZUE ; TONE, LUIZ GONZAGA ; VALERA, ELVIS TERCI . A simplified approach using Taqman low-density array for medulloblastoma subgrouping. ACTA NEUROPATHOLOGICA COMMUNICATIONS , v. 7, p. 7-33, 2019.
SIENA, ÁDAMO DAVI DIÓGENES ; PLAÇA, JÉSSICA RODRIGUES ; ARAÚJO, LUIZA FERREIRA ; DE BARROS, ISABELA ICHIHARA ; PERONNI, KAMILA ; MOLFETTA, GREICE ; DE BIAGI, CARLOS ALBERTO OLIVEIRA ; ESPREAFICO, ENILZA MARIA ; SOUSA, JOSANE FREITAS ; SILVA, WILSON ARAÚJO . Whole transcriptome analysis reveals correlation of long noncoding RNA ZEB1-AS1 with invasive profile in melanoma. Scientific Reports , v. 9, p. 11350, 2019.
ARAUJO, L. F. ; SIENA, A. D. D. ; PLAÇA, J. R. ; BROTTO, D. B. ; BARROS, I. I. ; MUYS, B. R. ; BIAGI, C. A. O. ; PERONNI, K. C. ; SOUSA, J. F. ; MOLFETTA, G. A. ; WEST, L. C. ; WEST, A. P. ; LEOPOLDINO, A. M. ; ESPREAFICO, E. M. ; SILVA, W. A. . Mitochondrial transcription factor A (TFAM) shapes metabolic and invasion gene signatures in melanoma. Scientific Reports , v. 8, p. 14190 (2018), 2018.
ALMEIDA, G. S. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz . Procura de novos alvos proteicos de quimioterápicos para o tratamento de câncer gástrico. In: 19 Encontro Nacional de Biomedicina (ENBM), 2016, Botucatu. 19 Encontro Nacional de Biomedicina, 2016. p. 88-88.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz . PREDIÇÃO DE NOVOS ALVOS QUIMIOTERÁPICOS PARA O TRATAMENTO DE CÂNCER DE MAMA BASEADO EM TOPOLOGIAS DE REDE. In: XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica, 2013, São Pedro. Anais do XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica. Natal: Associação Brasileira de Física Médica, 2013. v. 1. p. 1.
BARROS, I. I. ; BIAGI, C. A. O. ; BROTTO, D. B. ; ARAUJO, L. F. ; PLAÇA, J. R. ; SIENA, A. D. D. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Initial in silico functional characterization of a novel testis-specific long noncoding RNA. In: 2018 International Congress of Genetics, 2018, Foz do Iguaçu. Abstracts - 2018 International Congress of Genetics, 2018.
SIENA, A. D. D. ; PLAÇA, J. R. ; ARAUJO, L. F. ; BARROS, I. I. ; PERONNI, K. C. ; MOLFETTA, G. A. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; SOUSA, J. F. ; ESPREAFICO, E. M. ; SILVA JUNIOR, W. A. . RNA-seq and bioinformatics analysis reveals the long noncoding RNA ZEB1-AS1 correlation with ZEB1 gene expression and association with invasive profile in melanoma. In: 2018 International Congress of Genetics, 2018, Foz do Iguaçu. Abstracts - 2018 International Congress of Genetics, 2018.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; NOCITE, R. P. ; TORRIERI, R. ; PLAÇA, J. R. ; SIENA, A. D. D. ; SOUSA, J. F. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Investigation of long non-coding RNAs (lncRNAs) expression in melanoma using Single Cell RNA-Seq (scRNA-Seq) data. In: Xmeeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C, 2018, São Pedro. Proceedings X-Meeting 2018, 2018. p. 198-199.
SIENA, A. D. D. ; PLAÇA, J. R. ; ARAUJO, L. F. ; BARROS, I. I. ; PERONNI, K. C. ; MOLFETTA, G. A. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; SOUSA, J. F. ; ESPREAFICO, E. M. ; SILVA JUNIOR, W. A. . The long noncoding RNA ZEB1-AS1 upregulation in melanoma and correlation with ZEB1 gene expression and invasiveness. In: Xmeeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C, 2018, São Pedro. Proceedings X-Meeting 2018, 2018. p. 214-215.
NOCITE, R. P. ; SAMPAIO, R. V. ; TAKAHASHI, K. ; ISLAS-TREJO, A. D. ; TORRIERI, R. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; MEIRELLES, F. V. ; LIMA, V. F. M. H. ; ROSS, P. J. . Transcriptome of isolated bovine Inner cell mass and trophectoderm from single embryos. In: 32nd Annual Meeting of the Brazilian Embryo Technology Society (SBTE), 2018, Florianópolis. ANIMAL REPRODUCTION - Official journal of the Brazilian College of Animal Reproduction, 2018. v. 15. p. 485-485.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz . Discovery of new chemotherapeutics targets for the treatment of breast cancer. In: International Conference of the AB3C and Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2013, Recife. Anais International Conference of the AB3C and Brazilian Symposium on Bioinformatics. São Paulo: AB3C, 2013. v. 1. p. 11-11.
RUY, P. C. ; BARROS, I. I. ; ROSA, R. C. A. ; PLACA, J. R. ; CORVELONI, A. C. ; CARDOSO, C. ; SOUZA, A. F. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; SIENA, ÁDAMO DAVI DIÓGENES ; ZUELI, K. P. ; TELLECHEA, M. F. ; CARVALHO, S. C. E. S. ; MOLFETTA, G. A. ; PINA, J. ; SILVA JR, W. A. . Analysis of potential disease-causing variants in a patient with intellectual disability via whole-exome sequencing. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
BROTTO, D. B. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; SILVA-JUNIOR, W. A. . Single-cell gene expression reveals a landscape of HOX genes in placental cell subtypes. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
RUCKERT, M. T. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; SILVEIRA, V. S. . DUSP6 IMPACTS EXPRESSION PATTERN OF GLUCOSE METABOLISM-RELATED GENES IN PANCREATIC CANCER CELLS. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
SIENA, A. D. D. ; PLAÇA, J. R. ; BARROS, I. I. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; SILVA-JUNIOR, W. A. . INTEGRATIVE TRANSCRIPTOMIC AND EPIGENOMIC ANALYSIS REVEALS LONG NONCODING RNAs WITH BOTH ALTERED GENE EXPRESSION AND METHYLATION PATTERN DURING MELANOMAGENESIS. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
SILVA-JUNIOR, W. A. ; PINA-NETO, J. M. ; MOLFETTA, G. A. ; CARVALHO, S. C. E. S. ; TELLECHEA, M. F. ; PERONNI, K. C. ; SIENA, A. D. D. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; SOUSA, J. F. ; CARDOSO, C. ; CORVELONI, A. C. ; PLAÇA, J. R. ; ROSA, R. C. A. ; RUY, P. C. ; BARROS, I. I. . THE LOSS OF A LONG NONCODING RNA CAN LEAD TO DELAYED NEURAL DEVELOPMENT. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
MOLAN, A. L. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; SECO, G. B. S. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz . EntropyClusterGenes: a R package for clustering genes according ontologies and pathways. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz ; BATRA, R. ; BAUMBACH, J. . Meta-analysis of Japanese Toxicogenomics data: differences between in vivo and in vitro models. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz ; TAKEDA, A. A. S. . Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama usando biologia de sistemas. 2015. (Apresentação de Trabalho/Outra).
BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz . Expression gene levels display differences between in vivo and in vitro models. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz ; TAKEDA, Agnes A. S. . Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama baseado em centralidades de rede. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz ; TAKEDA, Agnes A. S. . Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama baseado em topologias de rede. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
DE BIAGI JUNIOR, CARLOS ALBERTO OLIVEIRA ; CURY, S. S. ; ALVES, C. P. ; RAHBI, N. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; FARMER, S. R. ; CARVALHO, R. F. ; BATISTA JR, M. L. . Multidimensional Single-Nuclei RNA-Seq Reconstruction of Adipose Tissue Reveals Adipocyte Plasticity Underlying Thermogenic Response. bioRxiv, 2021 (Preprint).
BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; NOCITE, R. P. ; FUNICHELI, B. O. ; RUY, P. C. ; XIMENEZ, J. P. B. ; SILVA-JUNIOR, W. A. . CeTF: an R package to Coexpression for Transcription Factors using Regulatory Impact Factors (RIF) and Partial Correlation and Information (PCIT) analysis. bioRxiv, 2020 (Preprint).

Outras produções

BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; NOCITE, R. P. ; FUNICHELI, B. O. ; SILVA-JUNIOR, W. A. . CeTF: Coexpression for Transcription Factors using Regulatory Impact Factors and Partial Correlation and Information Theory analysis. 2020.

BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; MOLAN, A. L. ; TAKEDA, Agnes A. S. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz . modulaRmap. 2017.

Projetos de pesquisa

2015 - 2017

Meta-análise do Projeto Toxicogenômico Japonês: diferenças entre modelos in vivo e in vitro, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Carlos Alberto Oliveira de Biagi Júnior - Integrante / Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador., Número de produções C, T & A: 1
2013 - 2015

Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama usando biologia de sistemas, Descrição: Trabalho de Conclusão de Curso (TCC) A biologia de sistemas pode auxiliar na busca de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer. Câncer é uma doença que não possuí cura, em muitos casos, após o tratamento o câncer retorna mais agressivo e o indivíduo se torna imune ao quimioterápicos utilizado no tratamento anterior. Usando a biologia de sistemas, é possível descrever um sistema de interação proteica que representa o câncer (ex.: neuroblastoma, câncer de mama, câncer de pulmão, etc) e com o uso de métricas da teoria de grafos é possível inferir novos alvos quimioterápicos associando conceitos como drogabilidade, comorbidade, etc.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Carlos Alberto Oliveira de Biagi Júnior - Integrante / Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Agnes Alessandra Sekijima Takeda - Integrante., Financiador(es): Propex do Brasil - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa., Número de produções C, T & A: 4

Prêmios

2021

Menção hontosa pela participação do PRÊMIO DARCY FONTOURA DE ALMEIDA na área de GENÔMICA E BIOINFORMÁTICA, Sociedade Brasileira de Genética.

Histórico profissional

Experiência profissional

2014 - 2015

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Não Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 30

Outras informações:
Iniciação CIentífica sem bolsa.

2014 - 2014

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Iniciação Científica com Bolsa do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica (PIBIC).

2013 - 2013

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor da disciplina de Matemática, Carga horária: 4

Outras informações:
Monitor da disciplina de Matemática do curso de graduação em Zootecnia, da Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Câmpus de Botucatu.

2013 - 2013

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Monitor da disciplina de Cálculo I, Carga horária: 4

Outras informações:
Monitoria voluntária na disciplina de Cálculo Diferencial e Integral I no curso de Bacharelado em Física Médica

2013 - 2013

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20

Outras informações:
Iniciação Científica com Bolsa do Programa Primeiros Projetos da UNESP.

2012 - 2012

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor da disciplina de Cálculo I, Carga horária: 4

Outras informações:
Bolsista de monitoria da disciplina de Cálculo Diferencial e Integral I, do Curso de Graduação em Física Médica, do Instituto de Biociências, Câmpus de Botucatu.

Atividades

06/2013 - 03/2014
Extensão universitária , Instituto de Biociências.,Atividade de extensão realizada, Presidente da Empresa Júnior Nucleon Jr. do Instituto de Biociências da Unesp de Botucatu..
08/2013 - 08/2013
Extensão universitária , Instituto de Biociências.,Atividade de extensão realizada, Participação como expositor do Departamento de Física e Biofísica durante o Evento de Extensão Universitária "Venha Conhecer o IB".
02/2012 - 05/2013
Extensão universitária , Instituto de Biociências.,Atividade de extensão realizada, Diretor de Marketing da Empresa Júnior Nucleon Jr. do Instituto de Biociências da Unesp de Botucatu..
02/2012 - 02/2012
Extensão universitária , Instituto de Biociências.,Atividade de extensão realizada, Fundador da Nucleon Jr, Empresa Júnior do curso de Física Médica, do Instituto de Biociência de Botucatu - Unesp..

2015 - 2017

Instituto de Biotecnologia da UNESP

Vínculo: Não Bolsista, Enquadramento Funcional: Mestrado, Carga horária: 40

Outras informações:
http://www.ibtec.unesp.br/

2016 - 2016

Instituto de Biociencias de Botucatu

Vínculo: Não Bolsista, Enquadramento Funcional: Estágio Docência, Carga horária: 6

Outras informações:
Estágio Docência na disciplina de Física das Radiações, responsável pelo Prof. Dr. José Luiz Rybarckyk Filho, para o Curso de Física Médica do Instituto de Biociências de Botucatu.

2017 - 2022

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutorado, Carga horária: 40

2017 - 2022

Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutorado, Carga horária: 40

Atividades

07/2017 - 12/2017
Extensão universitária , Casa da Ciência.,Atividade de extensão realizada, Programa de iniciação científica para alunos da rede básica participantes do programa Adote um cientista. Orientação em projetos de investigação por pesquisadores do INCTC e USP, desenvolvido nas dependências do Hemocentro-RP.

2018 - 2018

University Medical Center Groningen

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estágiário, Carga horária: 8

Outras informações:
Durante esse período foi possível aprender sobre as expertise que o laboratório do Prof. Dr. Floris Foijer possui na análise de dados de sequenciamento de Single-Cell DNA.

2020 - 2021

University of Cologne, UoC

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador Assistente, Carga horária: 30