Ronnie Cley de Oliveira Alves

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• DE SOUSA RIBEIRO FILHO, JOSÉ ; CARDOSO, LUCAS FELIPE FERRARO ; DA SILVA, RAÍSSA LORENA SILVA ; CARNEIRO, NIKOLAS JORGE SANTIAGO ; SANTOS, VITOR CIRILO ARAUJO ; DE OLIVEIRA ALVES, RONNIE CLEY . Explanations based on Item Response Theory (eXirt): A model-specific method to explain tree-ensemble model in trust perspective. EXPERT SYSTEMS WITH APPLICATIONS , v. 244, p. 122986, 2024.

• MARQUES, NUBIA ; SOARES, CARLA DANIELLE DE MELO ; CASALI, DANIEL DE MELO ; GUIMARÃES, ERICK ; FAVA, FERNANDA ; ABREU, JOÃO MARCELO DA SILVA ; MORAS, LIGIANE ; SILVA, LETÍCIA GOMES DA ; MATIAS, RAPHAEL ; ASSIS, RAFAEL LEANDRO DE ; FRAGA, RAFAEL ; ALMEIDA, SARA ; LOPES, VANESSA ; OLIVEIRA, VERÔNICA ; MISSAGIA, RAFAELA ; CARVALHO, EDUARDO ; CARNEIRO, NIKOLAS ; Alves, Ronnie ; SOUZA-FILHO, PEDRO ; OLIVEIRA, GUILHERME ; et.al . Retrieving biodiversity data from multiple sources: making secondary data standardised and accessible. BIODIVERSITY DATA JOURNAL , v. 12, p. 1, 2024.

• FERREIRA, DOUGLAS SILVA ; PAES, ANA PAULA ; COSTA, CLÁUDIA WANZELER DA ; TEDESCHI, RENATA ; JÚNIOR, RENATO SILVA ; JÚNIOR, WILSON NASCIMENTO ; NETO, ANTÔNIO NOGUEIRA ; KUHN, PAULO ; FRANCO, VÂNIA ; JESUS, EDMIR ; SOUZA-FILHO, PEDRO WALFIR ; DE SOUZA, EVERALDO ; SODRÉ, GIORDANI ; SILVA, FABRÍCIO ; SARAIVA, IVAN ; CARVALHO, EDUARDO ; ROCHA, RAFAEL ; Alves, Ronnie . The Role of Meteorology in The Mining Chain in Northern Brazil. Advances in Image and Video Processing , v. 12, p. 08-30, 2024.

• SILVA, EDILSON F. DA ; LOPES, KAREN S. ; Alves, Ronnie ; CARREIRA, LÉA MARIA M. ; SILVA, DELMO F. DA ; ROMEIRO, LUIZA A. ; BATISTA JÚNIOR, WILSON F. ; RODRIGUES, TARCÍSIO M. ; SECCO, RICARDO S. ; GUIMARÃES, JOSÉ TASSO F. . Late Quaternary hydroclimate and vegetation changes in an upland lake in southeastern Amazonia. ANAIS DA ACADEMIA BRASILEIRA DE CIÊNCIAS , v. 95, p. 1-10, 2023.

• ARAUJO SANTOS, VITOR CIRILO ; CARDOSO, LUCAS ; Alves, Ronnie . The quest for the reliability of machine learning models in binary classification on tabular data. Scientific Reports , v. 13, p. 1, 2023.

• OLIVEIRA, EWERTON CRISTHIAN LIMA DE ; NOGUEIRA NETO, ANTONIO VASCONCELOS ; SANTOS, ANA PAULA PAES DOS ; DA COSTA, CLAUDIA PRISCILA WANZELER ; FREITAS, JULIO CEZAR GONÇALVES DE ; SOUZA-FILHO, PEDRO WALFIR MARTINS ; ROCHA, RAFAEL DE LIMA ; ALVES, RONNIE CLEY ; FRANCO, VÂNIA DOS SANTOS ; CARVALHO, EDUARDO COSTA DE ; TEDESCHI, RENATA GONÇALVES . Precipitation forecasting: from geophysical aspects to machine learning applications. Frontiers in Climate , v. 5, p. 1, 2023.

• LAUX, MARCELE ; OLIVEIRA, RENATO R. M. ; VASCONCELOS, SANTELMO ; PIRES, EDER S. ; LIMA, TALVÂNE G. L. ; PASTORE, MAYARA ; NUNES, GISELE L. ; Alves, Ronnie ; OLIVEIRA, GUILHERME . New plastomes of eight Ipomoea species and four putative hybrids from Eastern Amazon. PLoS One , v. 17, p. e0265449, 2022.

• OLIVEIRA, RENATO R. M. ; COSTA NEGRI, TATIANNE ; NUNES, GISELE ; MEDEIROS, INÁCIO ; ARAÚJO, GUILHERME ; DE OLIVEIRA SILVA, FABRICIO ; ESTEFANO SANTANA DE SOUZA, JORGE ; Alves, Ronnie ; OLIVEIRA, GUILHERME . PipeCoV: a pipeline for SARS-CoV-2 genome assembly, annotation and variant identification. PeerJ , v. 10, p. e13300, 2022.

• BITENCOURT, JOSÉ ; SCHOLTE, LARISSA ; OLIVEIRA, RENATO ; MORAIS, DANIEL ; NUNES, GISELE ; NANCUCHEO, IVAN ; VALADARES, RAFAEL ; HOLMES, DAVID S. ; JOHNSON, D. BARRIE ; Alves, Ronnie ; OLIVEIRA, GUILHERME . Draft Genome Sequence of the Novel, Moderately Thermophilic, Iron- and Sulfur-Oxidizing Firmicute Strain Y002, Isolated from an Extremely Acidic Geothermal Environment. Microbiology Resource Announcements , v. 11, p. 1-10, 2022.

• CARVALHO, CAROLINA S. ; FORESTER, BRENNA R. ; MITRE, SIMONE K. ; Alves, Ronnie ; IMPERATRIZ'FONSECA, VERA L. ; RAMOS, SILVIO J. ; RESENDE'MOREIRA, LUCIANA C. ; SIQUEIRA, JOSÉ O. ; TREVELIN, LEONARDO C. ; CALDEIRA, CECILIO F. ; GASTAUER, MARKUS ; JAFFÉ, RODOLFO . Combining genotype, phenotype, and environmental data to delineate site-adjusted provenance strategies for ecological restoration. Molecular Ecology Resources , v. 21, p. 44-58, 2021.

• SILVA, RAÍSSA ; Padovani, Kleber ; GÓES, FABIANA ; Alves, Ronnie . geneRFinder: gene finding in distinct metagenomic data complexities. BMC BIOINFORMATICS , v. 22, p. 87, 2021.

• FLEXA, CAIO ; GOMES, WALISSON ; MOREIRA, IGOR ; Alves, Ronnie ; SALES, CLAUDOMIRO . Polygonal Coordinate System: Visualizing high-dimensional data using geometric DR, and a deterministic version of t-SNE. EXPERT SYSTEMS WITH APPLICATIONS , v. 175, p. 114741, 2021.

• VASCONCELOS, SANTELMO ; NUNES, GISELE L. ; DIAS, MARIANA C. ; LORENA, JAMILY ; OLIVEIRA, RENATO R. M. ; LIMA, TALVÂNE G. L. ; PIRES, EDER S. ; VALADARES, RAFAEL B. S. ; Alves, Ronnie ; WATANABE, MAURÍCIO T. C. ; ZAPPI, DANIELA C. ; HIURA, ALICE L. ; PASTORE, MAYARA ; VASCONCELOS, LIZIANE V. ; MOTA, NARA F. O. ; VIANA, PEDRO L. ; GIL, ANDRÉ S. B. ; SIMÕES, ANDRÉ O. ; IMPERATRIZ'FONSECA, VERA L. ; HARLEY, RAYMOND M. ; et.al . Unraveling the plant diversity of the Amazonian canga through DNA barcoding. Ecology and Evolution , v. 00, p. 1-15, 2021.

• NETO, HABIB ASSEISS ; TAVARES, WANESSA L.F. ; RIBEIRO, DANIELA C.S.Z. ; ALVES, RONNIE C.O. ; FONSECA, LEORGES M. ; CAMPOS, SÉRGIO V.A. . On the utilization of deep and ensemble learning to detect milk adulteration. BioData Mining , v. 12, p. 1-10, 2019.

• JAFFÉ, RODOLFO ; VEIGA, JAMILLE C. ; POPE, NATHANIEL S. ; LANES, ÉDER C. M. ; CARVALHO, CAROLINA S. ; Alves, Ronnie ; ANDRADE, SÓNIA C. S. ; ARIAS, MARIA C. ; BONATTI, VANESSA ; CARVALHO, AIRTON T. ; CASTRO, MARINA S. ; CONTRERA, FELIPE A. L. ; FRANCOY, TIAGO M. ; FREITAS, BRENO M. ; GIANNINI, TEREZA C. ; HRNCIR, MICHAEL ; MARTINS, CELSO F. ; OLIVEIRA, GUILHERME ; SARAIVA, ANTONIO M. ; SOUZA, BRUNO A. ; et.al . Landscape genomics to the rescue of a tropical bee threatened by habitat loss and climate change. Evolutionary Applications , v. 1, p. 1-10, 2019.

• GAGEN, EMMA J. ; LEVETT, ALAN ; PAZ, ANAT ; GASTAUER, MARKUS ; CALDEIRA, CECÍLIO FROIS ; VALADARES, RAFAEL BORGES DA SILVA ; BITENCOURT, JOSÉ AUGUSTO PIRES ; Alves, Ronnie ; OLIVEIRA, GUILHERME ; SIQUEIRA, JOSE OSWALDO ; VASCONCELOS, PAULO M. ; SOUTHAM, GORDON . Biogeochemical processes in canga ecosystems: Armoring of iron ore against erosion and importance in iron duricrust restoration in Brazil. ORE GEOLOGY REVIEWS , v. 107, p. 573-586, 2019.

• SAHOO, PRAFULLA KUMAR ; GUIMARÃES, JOSÉ TASSO FELIX ; SOUZA-FILHO, PEDRO WALFIR MARTINS ; POWELL, MIKE A. ; DA SILVA, MARCIO SOUSA ; MORAES, ALINE MAMEDE ; Alves, Ronnie ; LEITE, ALESSANDRO SABÁ ; JÚNIOR, WILSON NASCIMENTO ; RODRIGUES, TARCÍSIO MAGEVSKI ; COSTA, VLADIMIR ELIODORO ; DALL'AGNOL, ROBERTO . Statistical analysis of lake sediment geochemical data for understanding surface geological factors and processes: An example from Amazonian upland lakes, Brazil. CATENA , v. 175, p. 47-62, 2019.

• GASTAUER, MARKUS ; VERA, MABEL PATRICIA ORTIZ ; DE SOUZA, KLEBER PADOVANI ; PIRES, EDER SOARES ; Alves, Ronnie ; CALDEIRA, CECÍLIO FROIS ; RAMOS, SILVIO JUNIO ; OLIVEIRA, GUILHERME . A metagenomic survey of soil microbial communities along a rehabilitation chronosequence after iron ore mining. Scientific Data , v. 6, p. 190008, 2019.

• NASCIMENTO, SIDNEY VASCONCELOS DO ; MAGALHÃES, MARCELO MURAD ; CUNHA, ROBERTO LISBOA ; COSTA, PAULO HENRIQUE DE OLIVEIRA ; ALVES, RONNIE CLEY DE OLIVEIRA ; OLIVEIRA, GUILHERME CORRÊA DE ; VALADARES, RAFAEL BORGES DA SILVA . Differential accumulation of proteins in oil palms affected by fatal yellowing disease. PLoS One , v. 13, p. e0195538, 2018.

• LANES, ÉDER C. ; POPE, NATHANIEL S. ; Alves, Ronnie ; CARVALHO FILHO, NELSON M. ; GIANNINI, TEREZA C. ; GIULIETTI, ANA M. ; IMPERATRIZ-FONSECA, VERA L. ; MONTEIRO, WALÉRIA ; OLIVEIRA, GUILHERME ; SILVA, AMANDA R. ; SIQUEIRA, JOSÉ O. ; SOUZA-FILHO, PEDRO W. ; VASCONCELOS, SANTELMO ; JAFFÉ, RODOLFO . Landscape Genomic Conservation Assessment of a Narrow-Endemic and a Widespread Morning Glory From Amazonian Savannas. Frontiers in Plant Science , v. 9, p. 532, 2018.

• OLIVEIRA, RENATO RENISON MOREIRA ; NUNES, GISELE LOPES ; DE LIMA, TALVÂNE GLAUBER LOPES ; OLIVEIRA, GUILHERME ; Alves, Ronnie . PIPEBAR and OverlapPER: tools for a fast and accurate DNA barcoding analysis and paired-end assembly. BMC BIOINFORMATICS , v. 19, p. 1-10, 2018.

• NUNES, GISELE LOPES ; OLIVEIRA, RENATO RENISON MOREIRA ; GUIMARÃES, JOSÉ TASSO FELIX ; GIULIETTI, ANA MARIA ; CALDEIRA, CECÍLIO ; VASCONCELOS, SANTELMO ; PIRES, EDER ; DIAS, MARIANA ; WATANABE, MAURÍCIO ; PEREIRA, JOVANI ; JAFFÉ, RODOLFO ; BANDEIRA, CINTHIA HELENA M. M. ; CARVALHO-FILHO, NELSON ; DA SILVA, EDILSON FREITAS ; RODRIGUES, TARCÍSIO MAGEVSKI ; DOS SANTOS, FERNANDO MARINO GOMES ; FERNANDES, TAÍS ; CASTILHO, ALEXANDRE ; SOUZA-FILHO, PEDRO WALFIR M. ; ALVES, R. ; et.al . Quillworts from the Amazon: A multidisciplinary populational study on Isoetes serracarajensis and Isoetes cangae. PLoS One , v. 13, p. e0201417, 2018.

• SOUZA, K. P. ; SETUBAL, J. C. ; CARVALHO, A. P. L. ; CHATEAU, A. ; Alves, R. . Machine learning meets genome assembly. Briefings in Bioinformatics , v. 1, p. 1, 2018.

• ORTIZ-VERA, MABEL PATRICIA ; OLCHANHESKI, LUIZ RICARDO ; DA SILVA, ELIANE GONÇALVES ; DE LIMA, FELIPE REZENDE ; MARTINEZ, LINA ROCÍO DEL PILAR RADA ; SATO, MARIA INÊS ZANOLI ; JAFFÉ, RODOLFO ; Alves, Ronnie ; ICHIWAKI, SIMONE ; PADILLA, GABRIEL ; ARAÚJO, WELINGTON LUIZ . Influence of water quality on diversity and composition of fungal communities in a tropical river. Scientific Reports , v. 8, p. 1-10, 2018.

• GUIMARAES, J. T. F. ; REIS, L. ; FIGUEIREDO, M. ; RODRIGUES, T. ; Alves, Ronnie ; SOUZA, P. M. ; SILVA, M. S. ; SAHOO, PRAFULLA KUMAR ; GIANNINI, T. C. ; CARREIRA, L. . Modern pollen rain as a background for palaeoenvironmental studies in the Serra dos Carajás, southeastern Amazonia. HOLOCENE , p. 095968361668326, 2017.

• GUIMARÃES, JOSÉ TASSO FELIX ; CARREIRA, LÉA MARIA MEDEIROS ; Alves, Ronnie ; MARTINS E SOUZA FILHO, PEDRO WALFIR ; GIANNINI, TEREZA CRISTINA ; MACAMBIRA, HIGOR JARDIM ; DA SILVA, EDILSON FREITAS ; DIAS, ANNA CHRISTINA RIO ; DA SILVA, CARLA BASTISTA ; ROMEIRO, LUIZA DE ARAÚJO ; RODRIGUES, TARCÍSIO MAGEVSKI . Pollen morphology of the Poaceae: implications of the palynological and paleoecological records of the southeastern Amazon in Brazil. PALYNOLOGY , v. 1, p. 1-13, 2017.

• RUFFLE, FLORENCE ; AUDOUX, JEROME ; BOUREUX, ANTHONY ; BEAUMEUNIER, SACHA ; GAILLARD, JEAN-BAPTISTE ; BOU SAMRA, ELIAS ; MEGARBANE, ANDRE ; CASSINAT, BRUNO ; CHOMIENNE, CHRISTINE ; Alves, Ronnie ; RIQUIER, SEBASTIEN ; GILBERT, NICOLAS ; LEMAITRE, JEAN-MARC ; BACQ-DAIAN, DELPHINE ; BOUGÉ, ANNE LAURE ; PHILIPPE, NICOLAS ; COMMES, THERESE . New chimeric RNAs in acute myeloid leukemia. F1000RESEARCH , v. 6, p. 1302, 2017.

• Sacha Beaumeunier ; Jerome Audoux ; Anthony Boureux ; COMMES, T. ; FRUFFLE, F. ; ALVES, R. . On the evaluation of the fidelity of supervised classifiers in the prediction of chimeric RNAs. BioData Mining , v. 9, p. 34, 2016.

• RICHARD, FRANÇOIS D. ; Alves, Ronnie ; KAJAVA, ANDREY V. . , a scoring tool for boundary determination between repetitive and non-repetitive protein sequences. Bioinformatics , v. 1, p. btw118, 2016.

• GIANNINI, T. C. ; GIULIETTI, A. ; HARLEY, R. ; VIANA, P. ; JAFFE, R. ; Alves, R. ; PINTO, C. ; MOTA, N. ; CALDEIRA, C. ; IMPERATRIZ-FONSECA, V. ; FURTINI, A. ; SIQUEIRA, J. . Selecting plant species for practical restoration of degraded lands using a multiple-trait approach. AUSTRAL ECOLOGY , p. 1/1, 2016.

• LIRA, WALLACE P. ; Alves, Ronnie ; COSTA, JEAN M.R. ; PESSIN, GUSTAVO ; GALVAO, LILYAN ; CARDOSO, ANA C. ; DE SOUZA, CLEIDSON R.B. . A Visual-Analytics System for Railway Safety Management. IEEE Computer Graphics and Applications , v. 34, p. 52-57, 2014.

• GUIMARÃES, JOSÉ TASSO FELIX ; SOUZA-FILHO, PEDRO WALFIR MARTINS ; Alves, Ronnie ; DE SOUZA, EVERALDO BARREIROS ; DA COSTA, FRANCISCO RIBEIRO ; REIS, LUIZA SANTOS ; SAHOO, PRAFULLA KUMAR ; DE OLIVEIRA MANES, CARMEM-LARA ; SILVA JÚNIOR, RENATO OLIVEIRA ; OTI, DOUGLAS ; DALL'AGNOL, ROBERTO . Source and distribution of pollen and spores in surface sediments of a plateau lake in southeastern Amazonia. Quaternary International , v. 352, p. 181-196, 2014.

• GUIMARAES, JOSE ; RODRIGUES NOGUEIRA, AFONSO ; BANDEIRA, JOSE ; SOARES, JOELSON ; Alves, Ronnie ; KERN, ANDREA . PALYNOLOGY OF THE MIDDLE MIOCENE-PLIOCENE NOVO REMANSO FORMATION, CENTRAL AMAZONIA, BRAZIL. Ameghiniana , v. 52, p. 107/134, 2014.

• ALVES, R. . Biomarkers, Ranking. Encyclopedia of System Biology by Springer , v. 2, p. 760-761, 2013.

• ALVES, R. . Gene Expression Biomarkers, Ranking. Encyclopedia of System Biology by Springer , v. 2, p. 791-795, 2013.

• GUIMARAES, J. T. F. ; COHEN, M. C. L. ; FRANCA, M. C. ; PESSENDA, L.C.R ; Souza, E.J. ; Nogueira, A.C.R. ; Alves, R. . Recent effects of tidal and hydro-meteorological changes on coastal plains near the mouth of the Amazon River. Earth Surface Processes and Landforms (Print) , v. 1, p. n/a-n/a, 2013.

• MENDOZA, MARIANA R. ; DA FONSECA, GUILHERME C. ; LOSS-MORAIS, GUILHERME ; ALVES, RONNIE ; MARGIS, ROGERIO ; BAZZAN, ANA L. C. . RFMirTarget: Predicting Human MicroRNA Target Genes with a Random Forest Classifier. Plos One , v. 8, p. e70153, 2013.

• SIMAO, E. M. ; Marialva Sinigaglia ; BUGS, C. A. ; CASTRO, M. A. A. ; Librelotto, Giovani R ; Alves, R. ; Mombach, José C. M . Induced genome maintenance pathways in pre-cancer tissues describe an anti-cancer barrier in tumor development. Molecular Biosystems (Print) , v. 8, p. 3003-3009, 2012.

• Alves, R. ; Rodriguez-Baena, D. S. ; Aguilar-Ruiz, J. S. . Gene association analysis: a survey of frequent pattern mining from gene expression data. Briefings in Bioinformatics , v. 11, p. 210-224, 2010.

• ALVES, R. ; BELO, Orlando ; RIBEIRO, Joel . Mining Significant Change Patterns in Multidimensional Spaces. International Journal of Business Intelligence and Data Mining , v. 4, p. 219-241, 2009.

• Alves, Ronnie . Lecture Notes in Computer Science. 11. ed. Springer International Publishing, 2018. v. 1. 145p .

• BELO, Orlando (Org.) ; ALVES, R. (Org.) ; LOURENÇO, Anália (Org.) . Data Gadgets 2005, Bringing Up Emerging Solutions for Data Warehousing Systems. , 2005. v. 1. 100p .

• BELO, Orlando (Org.) ; ALVES, R. (Org.) ; LOURENÇO, Analia (Org.) ; AZEVEDO, Paulo (Org.) . Data Gadgets 2004, Bringing Up Emerging Solutions for Data Warehousing Systems. , 2004. v. 1. 84p .

• CARDOSO, L. F. F. ; RIBEIRO, J. ; Santos, Vitor C. A. ; SILVA, R. L. S. ; MOTA, M. P. ; Prudêncio, Ricardo B. C. ; Alves, R. . Explanation-by-Example Based on Item Response Theory. In: Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS). (Org.). Explanation-by-Example Based on Item Response Theory. 1ed.: Springer, Cham, 2022, v. 1, p. 283-297.

• RIBEIRO, J. ; MENESES, L. ; COSTA, D. ; MIRANDA, W. ; Alves, R. . Prediction of Homicides in Urban Centers: A Machine Learning Approach. In: Intelligent Systems and Applications (IntelliSys). (Org.). Prediction of Homicides in Urban Centers: A Machine Learning Approach. 1ed.: Springer, Cham, 2022, v. 1, p. 344-361.

• RIBEIRO, J. ; SILVA, R. L. S. ; CARDOSO, L. F. F. ; Alves, R. . Does Dataset Complexity Matters for Model Explainers?. In: 2021 IEEE International Conference on Big Data (Big Data). (Org.). Does Dataset Complexity Matters for Model Explainers?. 1ed.: IEEE Xplore, 2021, v. , p. 257-265.

• Oliveira, Paulo ; Padovani, Kleber ; Alves, Ronnie . On Clustering Validation in Metagenomics Sequence Binning. In: 12th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB). (Org.). Lecture Notes in Computer Science. 12ed.: Springer International Publishing, 2020, v. 11347, p. 3-15.

• Xavier, Roberto ; DE SOUZA, KLEBER PADOVANI ; Chateau, Annie ; Alves, Ronnie . Genome Assembly Using Reinforcement Learning. In: 12th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB). (Org.). Lecture Notes in Computer Science. 12ed.: Springer International Publishing, 2020, v. 11347, p. 16-28.

• Franco, Edian F. ; Maués, Dener ; Alves, Ronnie ; Guimarães, Luis ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; Ghosh, Preetam ; Morais, Jefferson ; Ramos, Rommel T. J. . A Clustering Approach to Identify Candidates to Housekeeping Genes Based on RNA-seq Data. In: 12th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB). (Org.). Lecture Notes in Computer Science. 12ed.: Springer International Publishing, 2020, v. 11347, p. 83-95.

• ALVES, R. ; RIBEIRO, Joel ; BELO, Orlando ; HAN, Jiawei . Ranking Gradients in Multidimensional Spaces. In: Tho Manh Nguyen. (Org.). Complex Data Warehousing and Knowledge Discovery for Advanced Retrieval Development: Innovative Methods and Applications. Hershey, PA, EUA: IGI Global, 2009, v. , p. 251-269.

• CASTRO, T. P. ; CARDOSO, L. F. F. ; R. Alves ; FRANCES, R. S. K. . FERRAMENTA GRÁFICA PARA A AVALIAÇÃO DE MODELOS E CONJUNTOS DE DADOS DE APRENDIZADO DE MÁQUINA PELA TEORIA DE RESPOSTA AO ITEM. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON INFORMATION SYSTEMS AND TECHNOLOGY MANAGEMENT, 2024. 20th CONTECSI, 2024.

• CARDOSO, L. F. F. ; RIBEIRO, J. ; SANTOS, V. ; FRANCES, R. S. K. ; ALVES, R. . Standing on the Shoulders of Giants. In: Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS), 2024, Belém. 34th Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS), 2024.

• ROCHA, RAFAEL DE LIMA ; CARVALHO, E. ; OLIVEIRA, EWERTON ; VIADEMONTE, S. ; FERREIRA, DOUGLAS ; ALVES, RONNIE . Evaluating Past Horizons for U-Net-Based Precipitation Nowcasting. In: Symposium on Knowledge Discovery, Mining and Learning, KDMiLe 2024, 2024, Belém. Symposium on Knowledge Discovery, Mining and Learning, KDMiLe 2024., 2024.

• CORREA, F. E. ; CARDOSO, L. F. F. ; SANTOS, V. ; FRANCES, R. S. K. ; ALVES, RONNIE . Effectiveness Analysis of Oversampling Techniques By The Lens of Item Response Theory. In: ESCOLA NACIONAL DE INTELINGENCIA ARTIFICIAL (ENIAC), 2024, Belém. ESCOLA NACIONAL DE INTELINGENCIA ARTIFICIAL (ENIAC), 2024.

• ROCHA, RAFAEL ; OLIVEIRA, EWERTON ; CARVALHO, EDUARDO ; TEDESCHI, RENATA ; COSTA, CLAUDIA ; FERREIRA, DOUGLAS ; Alves, Ronnie . Assessing U-Net Model Performance in Weather Radar-Based Precipitation Nowcasting: A Reflectivity Threshold Analysis. In: Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional, 2023, Brasil. Anais do XX Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC 2023), 2023. p. 782.

• GONSALES, ARTHUR ; Santos, Vitor C. A. ; APPEL, GIULLIANA ; TREVELIN, LEONARDO ; TAVARES, VALERIA ; Alves, Ronnie . Bats, Spectrograms, and Deep Learning: Unmasking the Secrets of Mining Area Caves. In: Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional, 2023, Brasil. Anais do XX Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC 2023), 2023. p. 1186.

• CARVALHO, EDUARDO ; OLIVEIRA, EWERTON ; ROCHA, RAFAEL ; CARNEIRO, NIKOLAS ; TEDESCHI, RENATA ; Alves, Ronnie . A machine learning and statistical learning-based pipeline to perform multipoint rainfall forecasting. In: Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional, 2023, Brasil. Anais do XX Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC 2023), 2023. p. 726.

• Cardoso, Lucas F. F. ; Santos, Vitor C. A. ; KAWASAKI FRANCÊS, REGIANE S. ; Alves, Ronnie C. O. . AutoML Optimized by Genetic Algorithm and Item Response Theory. In: Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional, 2023, Brasil. Anais do XX Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC 2023), 2023. p. 1089.

• CARDOSO, L. F. F. ; SANTOS, V. ; FRANCES, R. S. K. ; Prudêncio, Ricardo B. C. ; ALVES, R. . Decoding Machine Learning Benchmarks. In: Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS), 2020, Rio Grande. Intelligent Systems, 2020. v. 12320. p. 412-425.

• XAVIER JUNIOR, R. B. ; DE SOUZA, KLEBER PADOVANI ; ALVES, R. . Genome Assembly using Reinforcement Learning. In: In the Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), 2019, Fortaleza. Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI), 2019.

• OLIVEIRA JUNIOR, P. P. F. ; SOUZA, K. P. ; ALVES, R. . On Clustering Validation in Metagenomics Sequence Binning. In: In the Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), 2019, Fortaleza. Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI), 2019.

• SANTOS, E. F. F. L. ; MAUES, D. ; GUIMARAES, L. C. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. L. ; GHOSH, P. ; MORAIS, J. ; RAMOS, R. T. ; ALVES, R. . A clustering approach to identify candidates to housekeeping genes based on RNA-seq data. In: In the Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), 2019, Fortaleza. Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI), 2019.

• SILVA, R. L. S. ; SOUZA, K. P. ; Góes, F. R. ; ALVES, R. . A Random Forest Classifier for Prokaryotes Gene Prediction. In: In the Brazilian Conference on Intelligent System (BRACIS), 2019, Salvador. IEEE Xplore Digital Library, 2019.

• FLEXA, C. ; GOMES, W. ; VIADEMONTE, S. ; SALES, C. ; ALVES, R. . A geometry-based approach to visualize high-dimensional data. In: In the Brazilian Conference on Intelligent System (BRACIS), 2019, Salvador. IEEE Xplore Digital Library, 2019.

• SANTOS, V. ; Corrêa, L. H. S. ; MEIGUINS, B. ; OLIVEIRA, G. ; ALVES, RONNIE . Metagenomics-based signature clustering and interactive visualization analysis. In: International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), 2018, Rio de Janeiro. 2018 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), 2018.

• ALVES, A. ; Alves, Ronnie . Um pipeline para predição de genes em dados metatranscriptômicos. In: XIV Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC), 2017, Uberlândia. XIV Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC), 2017.

• LIRA, WALLACE P. ; GAMA, F. ; BARBOSA, H. ; ALVES, RONNIE ; DE SOUZA, C. R. B. . VCloud: Adding Interactiveness to Word Clouds for Knowledge Exploration in Large Unstructured Texts. In: The 31st ACM Symposium on Applied Computing (SAC 2016), 2016, Pisa. Proceedings of the 31st Annual ACM Symposium on Applied Computing (SAC '16), 2016.

• FLAVIO JR, J. ; Alves, R. ; COMMES, T. . A module-based approach for evaluating differential genome-wide expression profiles. In: Brazilian Conference on Intelligent System (BRACIS), 2016, Recife. Proceedings of The 5th Brazilian Conference on Intelligent System (BRACIS), 2016.

• Sacha Beaumeunier ; Jerome Audoux ; Anthony Boureux ; COMMES, T. ; Nicolas Philippe ; Alves, R. . The Role of Machine Learning in Finding Chimeric RNAs. In: 6th International Workshop on Biological Knowledge Discovery and Data Mining (BIOKDD'15), 2015, Valencia. In Proceeding of 26th International Workshop on Database and Expert Systems Applications DEXA 2015 -BIOKDD 2015., 2015. v. 1. p. 41-45.

• Corrêa, L. H. S. ; Alves, R. ; Góes, F. R. ; Chaparro, Cristian ; Thom, L. H. . A Pipeline for Functional and Visual Analytics of Microbial Genetic Networks. In: 2nd International Workshop on Dynamic Networks and Knowledge Discovery, 2014, Nancy. Proceedings of the 2nd International Workshop on Dynamic Networks and Knowledge Discovery, 2014.

• Corrêa, L. H. S. ; Alves, R. ; Góes, F. R. ; Chaparro, Cristian ; Thom, L. H. . FUNN-MG: A Metagenomic Systems Biology Computational Framework. In: 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), 2014, Belo Horizonte. Advances in Bioinformatics and Computational Biology (LNCS), 2014. v. 8826. p. 25-32.

• Góes, F. R. ; Alves, R. ; Corrêa, L. H. S. ; Chaparro, Cristian ; Thom, L. H. . Towards an Ensemble Learning Strategy for Metagenomic Gene Prediction. In: 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), 2014, Belo Horizonte. Advances in Bioinformatics and Computational Biology (LNCS), 2014. v. 8826. p. 17-24.

• Daniel Lichtnow ; Alves, R. ; Oscar Pastor ; BURIEL, V. ; OLIVEIRA, J. P. M. . BION2SEL: An Ontology-Based Approach for the Selection of Molecular Biology Databases. In: 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), 2014, Belo Horizonte. Advances in Bioinformatics and Computational Biology (LNCS), 2014. v. 8826. p. 83-90.

• Góes, F. R. ; Alves, R. ; Corrêa, L. H. S. ; Chaparro, Cristian ; Thom, L. H. . A Comparison of Classification Methods for Gene Prediction in Metagenomics. In: 1st Workshop on New Frontiers in Mining Complex Patterns, 2014, Nancy. 1st Workshop on New Frontiers in Mining Complex Patterns, 2014.

• ALVES, R. ; Mendes, Marcus ; Bonnato, Diego . A Network-Based Meta-analysis Strategy for the Selection of Potential Gene Modules in Type 2 Diabetes. In: 8th Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2013, Recife. Advances in Bioinformatics and Computational Biology - Lecture Notes in Computer Science. New York: Springer International Publishing, 2013. v. 8213. p. 160-169.

• Mendoza, M ; Fonseca, G ; Morais, G ; Alves, R. ; Bazzan, A ; Margis, R. . RFMirTarget: A Random Forest Classifier for Human miRNA Target Gene Prediction. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2012, Campo Grande. LNBI Series Advances in Bioinformatics, 2012. v. 7409. p. 97-108.

• ALVES, R. ; FERREIRA, Pedro ; RIBEIRO, Joel ; BELO, Orlando . Detecting Abnormal Patterns in Call Graphs Based on the Aggregation of Relevant Vertex Measures. In: 12th Industrial Conference on Data Mining, 2012, Berlin. Advances in Data Mining. Applications and Theoretical Aspects, 2012. v. 7377. p. 92-102.

• Daniel Lichtnow ; Ana Levin ; Alves, R. ; Ignacio Medina Castello ; Luis Pulido ; Joaquin Dopazo ; Oscar Pastor ; José Palazzo Moreira de Oliveira . Using Metadata amd Web Metrics to Create a Ranking of Genomic Databases. In: IADIS WWW/Internet 2011, 2011, Rio de Janeiro. IADIS WWW/Internet 2011.

• Daniel Lichtnow ; ALVES, R. ; José Palazzo Moreira de Oliveira ; Ana Levin ; Oscar Pastor ; Ignacio Medina Castello ; Joaquin Dopazo . Using Papers Citations for Selecting The Best Genomic Databases. In: 30th International Conference of the Chilean Computer Science Society, 2011, Curico. The Jornadas Chilenas de Computación (JCC), 2011.

• ALVES, R. ; BELO, Orlando . Multidimensional Data Mining. In: IV Simpósio Doutoral do Departamento de Informática, 2007, Braga. SDDI'2007, 2007.

• ALVES, R. ; BELO, Orlando . Effective OLAP Mining of Evolving Data Marts. In: 11th International Database Engineering and Applications Symposium (IDEAS 2007), 2007, Banff, Canada. International Database Engineering and Applications Symposium, 2007. p. 120-128.

• FERREIRA, Pedro ; Libreloto, G. ; ALVES, R. . Discovering Co-Relations on Research Topics and Authors from the PubMed Database. In: 13th Portuguese Conference on Artificial Intelligence - EPIA'07, 2007, Guimaraes. 2nd Workshop on Text Mining and Applications, 2007.

• FERREIRA, Pedro ; ALVES, R. ; BELO, Orlando ; RIBEIRO, Joel . Detecting Telecommunications Fraud based on Signature Clustering Analysis. In: 13th Portuguese Conference in Artificial Intelligence - EPIA'07, 2007, Guimaraes. Workshop on Business Intelligence, 2007.

• ALVES, R. ; BELO, Orlando ; RIBEIRO, Joel . Mining Top-K Multidimensional Gradients. In: 9th International Data Warehousing and Knowledge Discovery Conference (DaWaK), 2007, Regensburg. Lecture Notes in Computer Science - Data Warehousing and Knowledge Discovery. Heidelberg: Springer Berlin, 2007. v. 4654. p. 375-384.

• ALVES, R. ; BELO, Orlando . Analytical Data Mining for Stream Data Analysis. In: III Simpósio Doutoral do Departamento de Informática, 2006, Braga. SDDI'2006, 2006.

• FERREIRA, Pedro ; ALVES, R. ; BELO, Orlando ; CORTESÃO, Luis . Establishing Fraud Detection Patterns Based on Signatures. In: 6th Industrial Conference on Data Mining (ICDM), 2006, Leipzig. Lecture Notes in Computer Science (Springer)- Advances in Data Mining. Heidelberg: Springer Berlin, 2006. v. 4065. p. 526-538.

• ALVES, R. ; BELO, Orlando . On the Computation of Maximal-Correlated Cuboids Cells. In: 8th International Data Warehousing and Knowledge Discovery Conference (DaWaK), 2006, Krakow. Lecture Notes in Computer Science - Data Warehousing and Knowledge Discovery. Heidelberg: Springer Berlin, 2006. v. 4081. p. 165-174.

• ALVES, R. ; FERREIRA, Pedro ; BELO, Orlando ; RIBEIRO, Joel ; LOPES, João ; CORTESÃO, Luis . Discovering Telecom Fraud Situations through Mining Anomalous Behavior Patterns. In: ACM SIGKDD 2006, 2006, Philadelphia. 1st Workshop on Data Mining for Business Applications, 2006.

• FERREIRA, Pedro ; ALVES, R. ; AZEVEDO, Paulo ; BELO, Orlando . A Hybrid Method to Discover Inter-Transactional Rules. In: Jornadas de Ingeniería del Software y Bases de Datos (JISBD), 2005, Granada. JISBD 2005, 2005. p. 131-138.

• ALVES, R. ; BELO, Orlando . Programming Relational Databases for Itemset Mining over Large Transactional Tables. In: 12th Portuguese Conference on Artificial Intelligence (EPIA), 2005, Covilha. Lecture Notes in Computer Science (Springer) - Progress in Artificial Intelligence. Heidelberg: Springer Berlin, 2005. v. 3808. p. 314-324.

• ALVES, R. ; BELO, Orlando . Mining Clickstream-based Data Cubes. In: International Conference On Enterprise Information Systems, 2004, Porto. ICEIS'2004, 2004. p. 583-586.

• ALVES, R. ; CAVALCANTI, Fabio Torres ; FERREIRA, Pedro ; BELO, Orlando . Clickstreams, the basis to establish user navigation patterns on web sites. In: International Conference On Data Mining 2004, 2004, Malaga. Data Mining'2004, 2004. p. 87-132.

• ALVES, R. ; LOURENÇO, Anália ; BELO, Orlando . When the Hunter Becomes the Prey - Tracking Down Web Crawlers in Clickstreams. In: Data Gadgets 2005, Bringing Up Emerging Solutions for Data Warehousing Systems, 2004, Malaga. Data Gadgets 2004, 2004.

• ALVES, R. ; BELO, Orlando . An OLAM Approach to Analize e-commerce Clickstreams. In: 1 Simpósio Doutoral do Departamento de Informática, 2003, Braga. SDDI'2003, 2003.

• Sacha Beaumeunier ; Jerome Audoux ; Anthony Boureux ; COMMES, T. ; Nicolas Philippe ; R. Alves . Rôle de l'apprentissage automatique dans le problème de détection d'ARN chimères. In: Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques (JOBIM'15), 2015, Clemont-Ferrand. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques (JOBIM'15), 2015.

• RICHARD, F. ; KAJAVA, A. ; ALVES, R. . Repeat or not repeat in protein sequence? 3D structure as a decision criterion. In: Biochemical Society. Repetitive, Non-Globular Proteins: Nature to Nanotechnology conference, 2015, York. Biochemical Society. Repetitive, Non-Globular Proteins: Nature to Nanotechnology conference, 2015.

• Corrêa, L. H. S. ; Goés, Fabiana ; ALVES, A. ; ALVES, R. . Functional network-oriented analysis of environmental metagenomics data. In: 3ème Colloque de Génomique Environnementale Montpellier (GE2015), 2015, Montpellier. 3ème Colloque de Génomique Environnementale Montpellier (GE2015), 2015.

• ALVES, R. ; FLAVIO JR, J. ; RYBARCZYK FILHO, J. L. ; COMMES, T. . TGRAMs: Tools for Transcriptograms Analysis and Visualization. In: JOURNEE POLE RABELAIS AXE INTERDISCIPLINAIRE, Modélisation et Cancer, 2015, Montpellier. JOURNEE POLE RABELAIS AXE INTERDISCIPLINAIRE, Modélisation et Cancer, 2015.

• BIAZUS, M. ; Thom, L. H. ; Alves, R. . A Systematic Review of Metagenomics Workflow Patterns. In: ISCB Latin America Conference 2014, 2014, Belo Horizonte. ISCB Latin America Conference 2014, 2014.

• ALVES, R. ; RODRIGUEZ-BAENA, D. ; Aguilar-Ruiz, J . Gene Association Analysis of Gene Expression Data. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALVES, R. . Métodos e algoritmos para análise de redes biológicas: "cliques" em transcriptoma e proteoma. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• ALVES, R. . Data Mining in Bioinformatics. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• ALVES, R. . Uma panorama da área de Bioinformática. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALVES, R. . Transcriptomic Data Analysis: Theoretical and Practical Aspects of Gene Expression Analysis. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• ALVES, R. ; BELO, Orlando . Multidimensional Data Mining. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• ALVES, R. . Mining Superimposed Fraud Situations in Telecommunications. 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• ALVES, R. ; FERREIRA, Pedro ; BELO, Orlando ; RIBEIRO, Joel ; CORTESÃO, Luis ; MARTINS, Filipe ; LOPES, João . Discovering Telecom Fraud Situations through Mining Anomalous Behavior Patterns. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALVES, R. ; BELO, Orlando . On the Computation of Maximal-Correlated Cuboids Cells. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALVES, R. ; BELO, Orlando . Analytical Data Mining for Stream Data Analysis. 2006. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• ALVES, R. . Extracção de padrões em bases de dados de grandes dimensões. 2005. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• ALVES, R. . Frequent Pattern Mining. 2005. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• ALVES, R. ; BELO, Orlando . Programming Relational Databases for itemset Mining over Large Transactional Tables. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALVES, R. ; FERREIRA, Pedro ; AZEVEDO, Paulo ; BELO, Orlando . A Hybrid Method to Discover Inter-Transactional Rules. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALVES, R. ; BELO, Orlando . Mining Clickstream-based Data Cubes. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALVES, R. ; BELO, Orlando ; CAVALCANTI, Fabio Torres ; FERREIRA, Pedro . Clickstreams, the basis to establish user navigation patterns on web sites. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALVES, R. ; BELO, Orlando . An OLAM Approach to Analize e-commerce Clickstreams. 2003. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• ALVES, R. . Database Marketing: Tecnologias e Aplicações. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• ALVES, R. ; Pasquier, C ; Christen, R . An Unified Mining Strategy for Ranking Differentially Expressed Genes from Gene Expression Data 2010 (Relatório Interno).

• ALVES, R. ; NUNES, Daltro José . Uma Proposta de Apoio para Decisões de Grupo no Ambiente PROSOFT. Porto Alegre - RS: Editora da UFRGS, 2002 (Dissertação de Mestrado).

• ALVES, R. . Pertinencia de Objetos (ATOS PROSOFT) com Banco de Dados Orientado a Objetos 1999 (Relatório Interno).

• ALVES, R. ; NUNES, Isabel Dillmann . Especificação de Alarme Automotivo Usando Lotos 1999 (Seminario Interno - CPGCC/UFRGS).

• ALVES, R. ; NUNES, Daltro José . Ferramentas de Groupware para o Desenvolvimento de Software 1999 (Trabalho Individual de Mestrado).

• ALVES, R. ; SILVA, Fabio . Uma Aplicação de loja virtual usando banco de dados OO (Jasmine) 1998 (Seminario Interno - CPGCC/UFRGS).

• ALVES, R. . Elementos de Computação Cliente/Servidor com Objetos Distribuidos 1998 (Monografia de Especialização).

• ALVES, R. . PROSOFT: HowTo para Inclusão de Novos ATOS ao Ambiente PROSOFT 1998 (Relatório Interno).

• ALVES, R. ; BENTES, Wiltom Almeida . Uma Metodologia para Desenvolvimento de Software 1997 (Trabalho de Conclusão).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2022 - Atual

  DatalakeDS, Descrição: Os objetivos principais do data lake são de organizar e disponibilizar informações e dados pelos grupos de pesquisa do ITV-DS em uma plataforma de dados. Estes dados estão nos mais diversos formatos e tipos, compreendendo, resumidamente, informações de uso e cobertura do solo, meteorologia e clima, genética e genômica, socio economia, geologia, hidrologia, biodiversidade, entre outras. Para atingir esses objetivos e lidar com a diversidade de dados, a plataforma deve possuir as seguintes funcionalidades: (1) permitir anotação das informações com metadados; (2) utilizar informação geoespacial como denominador comum entre os diversos tipos de dados; e (3) disponibilizar e atualizar seus dados dinamicamente, facilitando a aplicação futura de modelos preditivos e cenários ambientais a fim de tornar a plataforma ITV-DS uma ?plataforma viva? [THAU 2019].. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (3) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador / Vitor Santos - Integrante / Sergio Viademonte - Integrante / Lucas F. F. Cardoso - Integrante / José Ribeiro - Integrante / Eduardo Carvalho - Integrante / Nikolas Carneiro - Integrante / Fabrício Evangelista Corrêa - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2020 - Atual

  BioLink : Plataforma integrada de dados da biodiversidade, Descrição: O objetivo do projeto é desenvolver uma plataforma Web com mapas, utilizando informações integradas de 3 bancos de dados da biodiversidade, permitindo uma percepção ampla de espécies vegetais e animais, seus limites geográficos, conservação e ameaça de extinção. A plataforma irá prover um sistema Web que irá dar suporte aos estudos e análises de riscos da biodiversidade em áreas de interesse da Vale, visando classificar habitats e espécies como prioritárias para a gestão de riscos e impactos, de forma a embasar estratégias de mitigação.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador / Tereza Cristina Giannini - Integrante / Roberto Brito Xavier Junior - Integrante / Andre Rosario Quadros - Integrante / Luis Filipe Coimbra - Integrante., Financiador(es): Instituto Tecnológico Vale Desenvolvimento Sustentável - Bolsa.

• 2017 - 2019

  Desenvolvimento de co#769;digos de barra de DNA para plantas da canga da provi#769;ncia mineral de Caraja#769;s, Descrição: A Floresta Nacional de Caraja#769;s, localizada na regia#771;o do arco do desmatamento amazo#770;nico no Brasil, e#769; considerada um dos ambientes mais megadiversos e ameac#807;ados. Somente um pequeno nu#769;mero plantas foram descritas a#768; ni#769;vel de espe#769;cie ate#769; o momento, sendo em sua maioria desconhecida. Ale#769;m da enorme biodiversidade que abriga, extraordina#769;rias reservas de ferro sa#771;o encontradas nessa regia#771;o, especificamente em Caraja#769;s, sob a#769;reas ricas no mineral. Conhecer com profundidade a sua diversidade e#769; de suma importa#770;ncia para ambos o#769;rga#771;os ambientais e mineradoras, que buscam obtenc#807;a#771;o da licenc#807;as de operac#807;a#771;o ou expansa#771;o da empresa. Desta forma, e#769; extremamente importante que seja produzido conhecimento cienti#769;fico que gere uma so#769;lida base para a tomada de deciso#771;es. Nesta proposta, co#769;digos de barras de DNA sera#771;o gerados a partir de diferentes espe#769;cimes de plantas coletados na regia#771;o de Caraja#769;s por meio da tecnologia de sequenciamento, com o objetivo geral de realizar um levantamento global das espe#769;cies componentes locais para que sejam considerados no processo de conservac#807;a#771;o do ecossistema. Marcadores especi#769;ficos sera#771;o testados para confirmar a efetividade dos Barcodes. Neste projeto sera#769; tambe#769;m implementado um pipeline de ana#769;lise automatizada de co#769;digos de barra e tambe#769;m uma estrutura de banco de dados relacional para o armazenamento, seguimento dos processos de gerac#807;a#771;o dos marcadores e realizac#807;a#771;o e visualizac#807;a#771;o de ana#769;lises.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador / Nelson Monte de Carvalho Filho - Integrante / Leandro Henrique Santos Corrêa - Integrante / Guilherme Correa de Oliveira - Integrante / EDER SOARES PIRES - Integrante / GISELE LOPES NUNES - Integrante / MARIANA COSTA DIAS - Integrante / RAFAEL BORGES DA SILVA VALADARES - Integrante / RENATO RENISON MOREIRA OLIVEIRA - Integrante / SANTELMO SELMO DE VASCONCELOS JUNIOR - Integrante / TALVANE GLAUBER LOPES DE LIMA - Integrante / DE SOUZA, KLEBER PADOVANI - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.

• 2014 - 2015

  Bioanalysis of cancer genomes and transcriptomes, Descrição: Due to the volume of data produced by HTS, the bottleneck lies in the bioinformatics analyses. Except for locating reads on a reference genome, the algorithmics for analyzing HTS data has been little explored to date. All life sciences communities urgently need new methods for general tasks like indexing, compressing, or comparing read sets, or for more specialized ones like performing transcriptomic or genomic variation (SNP) analyses. The main focus here will be on transcriptome data obtained by RNA sequencing (RNA‐seq). Indeed, unraveling the full complexity of transcriptomes remains a major issue. Single mRNA variants can drastically influence tissue metabolism, and the characterization of alternative splicing events and tissue‐related expression appears to be more complex than expected. Moreover, non‐coding RNAs (ncRNAs) are spread along the entire genome. Ultimately, one also wishes to identify potential fusion RNAs, which are known to drive carcinogenesis and may be highly specific markers, such as in Chronic Myeloid Leukemia (CML), but could also be functional in normal tissues.Current methods can partly capture transcriptome complexity, and the most precise methods require combining multiple approaches and integrating complementary sources of information. Presently, RNA‐seq analysis cumulates mistakes made in multi‐step procedures and suffers from mapping limitations (cross‐mapping, false positive matching). Therefore, tools like TopHat lack precision in exon boundary detection, which paired‐end reads cannot resolve. The entanglement of transcriptomes and the need for scalability drive the need for algorithmic innovations and new analysis approaches that combine flexibility, efficiency and specificity. Related techniques such as indexation and algorithmics, robust and statistically controlled analysis, and data integration (see WP5‐Databases) will help to overcome these limitations.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador / Therese Commes - Integrante / Olivier Gascuel - Integrante.

• 2013 - 2015

  BioFLows: Modelagem computacional para a descoberta de padrões e tendências em dados experimentais gerados em estudos metagenômicos, Descrição: Este projeto está centrado na definição de meta-modelos de processos meta-genômicos e para o desenvolvimento de novas estratégias de mineração de dados que permitam a exploração sistemática dos dados gerados nestes experimentos ômicos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador / Lucinéia Heloisa Thom - Integrante / Hajo Reijers - Integrante / Nelson Monte de Carvalho Filho - Integrante / Fabiana Rodrigues de Góes - Integrante / Leandro Henrique Santos Corrêa - Integrante / Chaparro, Cristian - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 9

• 2010 - 2012

  MOBIO: Modelagem computacional para exploração analítica de dados bioquímicos, Descrição: MOBIO é um projeto que se insere num contexto de globalização da ciência e pelos recentes avanços em novas tecnologias da informação na área da genômica estrutural, funcional e analítica. Tecnologias estas como os Microarrays, ou os recentes dados oriundos de piro-sequenciamento, conduziram um aumento fantástico, tanto em quantidade como em qualidade, dos dados bioquímicos produzidos por laboratórios experimentais. É praticamente inviável analisar tal manancial de dados, sem a utilização de técnicas avançadas de mineração de dados (MD). Com este projeto pretende-se avançar no estado-da-arte em MD aplicada em dados científicos, propondo novas estratégias para exploração de dados bioquímicos, tendo a área da Farmacogenômica como principal objeto de aplicação.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.

• 2008 - 2010

  Transcriptome mass data use and interpretation using the Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS) technologies, Descrição: Analyses of such mass data are presently based on two successive steps: 1) data cleansing, similarity and clustering calculations, 2) integration and interpretation using knowledge linked to genes and gene products. Similarity and clustering rely on well known algorithms which are now largely mastered. Annotation and interpretations are still in infancy. Currently, the laborious process of annotation is carried out jointly by human experts and data-processing programs. In-silico annotations are deduced from overall gene expression measurements in particular experimental contexts. The assumption is that a set of gene products is probably involved in a functional module when their levels of expression vary in a coordinated manner [15]. The goal, from now on, is more to track the activity of whole genomes, temporally and spatially than to thoroughly study biological objects taken separately.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Integrante / Richard Christen - Coordenador / Claude Pasquier - Integrante., Financiador(es): Centre National de la Recherche Scientifique - Bolsa.

• 2007 - 2007

  Gene Associatio Data Analysis, Descrição: Establishing an association between variables is always of interest in the life sciences. For example, is increased blood pressure associated with the expression level of the angiotensin gene? Does the PKA gene down-regulated the RAF1 gene? This research is a compilation of several works on Gene Association Data Analysis (GADA). These works were evaluated according to its practical application on microarray data analysis. Determining the interactions that can exist between different genes is not easily achieved by direct clustering results, especially as gene can participate in more than one gene network. Thus, relationships which are identified by GADA, provide associations that do not appear adjacent to each other interaction in a one shot clustering solution. Therefore, GADA seem more useful in helping to uncover gene networks. GADA can describe how the expressions of gene may be related with expression of a set of genes.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (3) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador.

• 2006 - 2007

  Efficient Cube-based Mining Methods, Descrição: a) Efficient computation of maximal-correlated cuboids cells We enumerate the following questions as the baseline for guiding this study: a.1) Can we develop an efficient algorithm which captures maximal correlated cuboids cells on dense/sparse databases? a.2) How much such approach can reduce the complete set of cuboids in comparison with the classical approaches (i.e., pure maximal to closed ones)? a.3) What are the data cubing costs involved in such computation? Does such correlated measure holds for complex aggregation measures? a.4) Is that possible to recover the remaining cells the from maximal-correlated ones? a.5) Is there any particular tree structure to explore efficiently maximal-correlated cells? Is that possible to explore heuristics like maximal frequent pattern mining methods to improve pruning of non-correlated cells? b) Mining top-k gradient cells in large databases Inspired on the previous issues studied we raise a few questions to drive this work: b.1) What could be defined as an efficient computational model (multi-dimensional selection and raking functions) for mining top-k gradient cells? b.2) Given the complexity on non-convex functions (like average gradient), how to prune the search space efficiently compensating computational costs on mining top-k results? b.3) How to over-come the curse-of-dimensionality challenge? Is there any hybrid-materialization approach to compute gradient cells? b.4) There are efficient data structures which deal with the complexity of mining complex gradients in presence of (complex) ranking functions?. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (5) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador / Orlando Belo - Integrante / Jiawei Han - Integrante / Hector Gonzalez - Integrante / Xialoei Li - Integrante., Financiador(es): University Of Illinois At Urbana Champaign - Cooperação / Universidade do Minho - Cooperação.

• 2005 - 2008

  Fraud Detection and Prevention on Telecommunications Systems, Descrição: Addressing fraud is a challenge that telecommunications industry faces every day. Fraud detection and prevention can be very difficult and can strain your resources. How do you detect and prevent fraud to ensure you can best serve your legitimate customers and protect your profit margins? We have been developing data mining components to address such problem. Those components will be designed for churning prevention and fraud detection. We called this project Fratello and it is sponsored by Portugal Telecom Inovação, SA (PT Inovação).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador., Financiador(es): Pt Inovação Sa - Auxílio financeiro / Universidade do Minho - Outra.

• 2005 - 2008

  Mining Under Supervision for Real Data Applications, Descrição: MIning Under Supervision for Real DAta Applications (MIUDA) is a data mining component which brings together concepts of OLAP and Data Mining. The main idea is to provide such mechanisms in order to extract multi-dimensional association rules from data cubes. Real-time surveillance systems, network and telecommunication systems, and other dynamic processes often generate tremendous (potentially infinite) volume of stream data. Effective analysis of such stream data poses great challenges to database and data mining researchers, due to its unique features, such as single-scan algorithm, multi-dimensional online analysis, fast response time, etc. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador.

• 2005 - 2008

  Multidimensional Aggregation-based Mining, Descrição: In many applications, data contains structured (or unstructured) information that is multi-dimensional and multi-level in nature, such as the ones in areas like e-commerce, telecommunications, retail, stocks, and healthcare. Several research efforts have been made on exploring better computational methods for handling high multi-dimensional databases. The best attempt so far has been achieved by combining OLAP and data mining strategies. OLAP provides a data-driven way to explore and test what-if business/scientific scenarios by employing intrinsic multi-dimensional algorithms. Data mining provides a discovery-driven manner to explore databases, revealing interesting patterns by applying mixture computational models and algorithms from areas such as machine learning, information retrieval, artificial intelligence, and databases. In fact, data mining and OLAP complement each other, bringing out powerful techniques to allow practical and efficient multi-dimensional data analysis (MDA).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador.

• 2005 - 2006

  Market Basket Analysis, Descrição: In the retail environment, the shopping cart constitutes the market basket. The point-of-sale scanner produces transaction data, which can be loaded into a data-warehousing environment to determine merchandising, product placement and shelving decisions. The most commonly cited example of market basket analysis is the finding that young fathers buy diapers and six packs of beer Thursday nights, enabling appropriate placement of products. We have been providing consulting services on MBA for Modelo Continente-Hipermercados, SA (Continente on-line) (SONAE). , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador.

• 2004 - 2005

  IKF Project, Descrição: IKF (Information and Knowledge Fusion) is a Eureka Project (E!2235) aimed at developing an ontology-based distributed infrastructure (IKF Framework) with appropriate toolkits and techniques for intelligent Knowledge Management in a multi-source distributed environment in order to support advanced applications in different domains. The IKF Portuguese consortium (hereby called IKF-P, for "IKF Portugal") is an evolution of the Portuguese partnership in the past SOUR (Eureka 379) project. SOUR was devoted to the development of a CASE-system based on fuzzy-object-based knowledge classification and retrieval targeted at software reuse in large repositories of legacy code [SSS94]. Later developments of SOUR led to an integration of the SOUR platform with Netscape, thus extending the scope of the paradigm to the classification and retrieval of arbitrary Internet information sources [NO96]. In some sense, the 'IKF space' can be regarded as an opportunity for the evolution of these ideas towards a much wider class of knowledge elicitation and representation problems.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (18) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Integrante / Luis Neves - Integrante / Jose Nuno Oliveira - Coordenador / Jose Carlos Ramalho - Integrante / Pedro Rangel Henriques - Integrante / Luis Soares Barbosa - Integrante / Jose Joao - Integrante / Olga Pacheco - Integrante / Tiago Alves - Integrante / Paulo Silva - Integrante / LGP Group FEUP - Integrante., Financiador(es): Universidade do Minho - Bolsa.

• 1998 - 2000

  PROSOFT, Descrição: O ambiente está sendo desenvolvido no Instituto de Informática da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (Brasil), em um programa de cooperação internacional com o Institut für Informatik - Universität Stuttgart (Alemanha). O grupo pesquisa problemas relacionados com processo de construção de software e propõe métodos e ferramentas de apoio. As ferramentas são implementadas em Java com base num mesmo framework e todas juntas formam um laboratório, denominado PROSOFT, para construção e experimentação de novas ferramentas, neste mesmo framework. As ferramentas podem ser construídas pela composição de ferramentas já existentes. O laboratório é distribuído, permitindo que ferramentas possam ser usadas em máquinas remotas. O framework adotado é semelhante à estrutura dos tipos abstratos de dados (ADT). As ferramentas são previamente especificadas algebricamente, facilitando a implementação e permitindo a validação. Para facilitar a especificação algébrica, foi desenvolvida uma notação gráfica para representação de tipos primitivos e compostos. A partir da notação gráfica é possível gerar automaticamente código em Java, que inclui funções básicas para inclusão e remoção de objetos. Tipos definidos pelos usuários são construídos a partir de tipos compostos. Mais recentemente, ferramentas têm sido construídas para automação do processo de software (incluindo ferramentas para apoiar atividades dos desenvolvedores de software, ferramentas para modelar e executar processo de software, e ferramentas para apoiar o trabalho cooperativo de desenvolvedores de projetos complexos).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Integrante / Daltro Jose Nunes - Coordenador / Heribert Schelebbe - Integrante / Rodrigo Quites Reis - Integrante / Carla Alessandra Lima Reis - Integrante / Abraham Rabelo - Integrante / Alessandra Dahmer - Integrante / Guilherme Rangel - Integrante., Financiador(es): Universidade Federal do Rio Grande do Sul - Bolsa.

Prêmios