Saulo Henrique Pires de Oliveira

Doutor em Abordagens de Sistemas às Ciências Biomédicas pelo departamento de estatística da Universidade de Oxford (2016), mestre pelo programa interunidades de Bioinformática da Universidade de São Paulo (2011) e bacharel em Ciências Moleculares pela Universidade de São Paulo (2008). Atualmente, é pós-doutorando em bioinformática estrutural no departamento de estatística na Universidade de Oxford. Atua na área de bioinformática, principalmente nos temas: predição de estrutura de proteínas, enovelamento cotranslacional de proteínas, predição de interações proteicas e desenvolvimento computacional de drogas.

Informações coletadas do Lattes em 02/05/2026

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em System Approaches to Biomedical Sciences IDC

2011 - 2016

University of Oxford
Título: Biologically Inspired Protein Folding Prediction
Orientador: Prof. Dr. Charlotte Deane
Coorientador: Dr Jiye Shi. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Estrutura de Proteínas; Enovelamento Cotranslacional de Proteínas; Bioinformática Estrutural.Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Química de Macromoléculas / Especialidade: Proteínas. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: MULTIDISCIPLINAR.

Mestrado em Programa Interunidades de Mestrado Bioinformática

2009 - 2011

Instituto de Bioinformática da Universidade de São Paulo
Título: Desenvolvimento de um algoritmo para identificação e caracterização de cavidades em regiões específicas de estruturas tridimensionais de proteínas.,Ano de Obtenção: 2011
Paulo Sergio Lopes de Oliveira.Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Química de Macromoléculas.

Graduação em Bacharelado em Ciências Moleculares

2005 - 2008

Universidade de São Paulo
Título: Antimaláricos e Homeostasia de Cálcio em P. falciparum
Orientador: Célia Regina da Silva Garcia
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Italiano

Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioinformatica Estrutural.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioinformática.

Grande área: Ciências da Saúde / Área: Farmácia / Subárea: Desenvolvimento de Drogas.

Grande área: Ciências da Saúde / Área: Farmácia / Subárea: Ciência da Computação.

Grande área: Ciências da Saúde / Área: Farmácia / Subárea: Química de Macromoléculas.

Participação em eventos

3D-Sig 2015 (ISMB satellite meeting).Biologically Inspired de novo Protein Structure Prediction.. 2015. (Simpósio).

Annual Intelligent Systems for Molecular Biology - International Society for Computational Biology.Biologically Inspired de novo Protein Structure Prediction.. 2015. (Simpósio).

Doctoral Training Centre 4th Year Symposium.Biologically Inspired de novo Protein Structure Prediction.. 2015. (Simpósio).

11th Conference for the Critical Assessment of protein Structure Prediction (CASP11). Improving Fragment Libraries for de novo (co-translational) protein structure prediction.. 2014. (Congresso).

2nd year DPhil student poster session - Department of Statistics.Improving Fragment Libraries for de novo (co-translational) protein structure prediction.. 2014. (Encontro).

Department of Statistics - 3rd Year Talks.Improving Fragment Libraries for de novo (co-translational) protein structure prediction.. 2014. (Encontro).

Doctoral Training Centre 4th Year Symposium.Improving Fragment Libraries for de novo (co-translational) protein structure prediction.. 2014. (Simpósio).

UCB?s Studentship Day.SAINT2: Biologically Inspired de novo Protein Structure Prediction.. 2014. (Simpósio).

UCB Symposium.Improving Fragment Libraries for de novo (co-translational) protein structure prediction.. 2014. (Simpósio).

3D-Sig 2013 (ISMB satellite meeting). Improving Fragment Libraries for de novo (co-translational) protein structure prediction.. 2013. (Congresso).

Annual Intelligent Systems for Molecular Biology - International Society for Computational Biology. Improving Fragment Libraries for de novo (co-translational) protein structure prediction.. 2013. (Congresso).

UCB?s Studentship Day.Improving Fragment Libraries for de novo (co-translational) protein structure prediction.. 2013. (Simpósio).

Academy for PhD Training in Statistics (APTS) ? Statistical Computing and Statistical Inference Courses. 2012. (Oficina).

Course on CUDA Programming on NVIDIA GPUs ? University of Oxford. 2012. (Seminário).

6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology X-Meeting. Identification and characterization of cavities in specific regions of three-dimensional structures of protein. 2010. (Congresso).

Escola de Verão do Laboratório de Computação e Matemática Aplicada. 2010. (Outra).

I Workshop de Bioinformática da Universidade de São Paulo.Uma nova ferramenta para identificação e caracterização de cavidades em regiões específicas da estrutura tridimensional de proteínas.. 2010. (Oficina).

Curso de Verao de Bioinformatica - USP. 2009. (Outra).

Workshop de Bioinformática - Applied Biosystems. 2009. (Oficina).

ACM Programming Contest - South America Brazil.Equipe [CCM-USP]. 2008. (Outra).

ACM Programming Contest - South America Brazil Sao Paulo.Equipe [CCM-USP]. 2008. (Outra).

V Curso de Inverno - IB-USP.Sincronização na Infecção pela Malária. 2008. (Seminário).

XVI SIICUSP.Antimaláricos e Homeostasia de Cálcio em P. falciparum. 2008. (Simpósio).

III Curso Avançado em Biologia Celular de Patógeno. 2007. (Outra).

Produções bibliográficas

2015 de Oliveira, S. H. P. ; Shi, J. ; Deane, CM . Building a Better Fragment Library for De Novo Protein Structure Prediction. Plos One , v. 10, p. e0123998, 2015.
2014 OLIVEIRA, SAULO HP ; FERRAZ, FELIPE AN ; HONORATO, RODRIGO V ; XAVIER-NETO, JOSÉ ; SOBREIRA, TIAGO JP ; DE OLIVEIRA, PAULO SL . KVFinder: steered identification of protein cavities as a PyMOL plugin. BMC Bioinformatics , v. 15, p. 197, 2014.
2011 Santos, Aline M ; Schechtman, Deborah ; Cardoso, Alisson C ; Clemente, Carolina F M Z ; Silva, JÃºlio C ; Fioramonte, Mariana ; Pereira, Michelle B M ; Marin, Talita M ; Oliveira, Paulo S L ; Figueira, Ana Carolina M ; Oliveira, Saulo H P ; Torriani, Ã ris L ; Gozzo, FÃ¡bio C ; Neto, JosÃ© Xavier ; Franchini, Kleber G . FERM domain interaction with myosin negatively regulates FAK in cardiomyocyte hypertrophy. Nature Chemical Biology , v. 8, p. 102-110, 2011.
2010 Castillo, H. A. ; Cravo, R. M. ; Azambuja, A. P. ; Simoes-Costa, M. S. ; Sura-Trueba, S. ; Gonzalez, J. ; Slonimsky, E. ; Almeida, K. ; Abreu, J. G. ; de Almeida, M. A. A. ; Sobreira, T. P. ; OLIVEIRA, S. H. P. ; de Oliveira, P. S. L. ; Signore, I. A. ; Colombo, A. ; Concha, M. L. ; Spengler, T. S. ; Bronner-Fraser, M. ; Nobrega, M. ; Rosenthal, N. ; Xavier-Neto, J. . Insights into the organization of dorsal spinal cord pathways from an evolutionarily conserved raldh2 intronic enhancer. Development (Cambridge) , v. 137, p. 507-518, 2010.
2009 Luiz Marcelo Aranha Camargo ; OLIVEIRA, S. H. P. ; Sergio Basano ; CELIA, R. S. Garcia . Antimalarials and the fight against malaria in Brazil. Therapeutics and Clinical Risk Management (Online) , v. 5, p. 311-317, 2009.
OLIVEIRA, S. H. P. . Sincronização na Infecção pela Malária. In: Ananda Brito de Assis;Andreas Betz;Breno Teixeira Santos;Fernanda Beatriz Monteiro Paes Gouvêa;Meirielen Caroline da Silva;Renata Brandt Nunes;Tatiana Hideko Kawamoto. (Org.). V Curso de Inverno - Tópicos em Fisiologia Comparativa - IB-USP. IB-USP: IB-USP, 2008, v. 2, p. 169-176.

Prêmios

2014

Segundo Melhor Poster no Simpósio UCB PhD Day 2014., UCB Pharma.

2014

Prêmio Melhor Poster - Conferência CASP11 (Critical Assessment for protein Structure Prediction), CASP11 Assessors.

2012

Prêmio Santander de Excelência Acadêmica, Banco Santander.

2010

Primeiro Lugar no I Workshop de Bioinformática da Universidade de São Paulo, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática - Universidade de São Paulo.

2008

Menção Honrosa no XVI Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, SIICUSP.

Histórico profissional

Experiência profissional

2012 - 2012

InhibOx

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estágio, Carga horária: 40

Outras informações:
Desenvolvimento de uma ferramenta web de quimioinformática para a identificiação de pares moleculares correspondentes (Matched Molecular Pairs) utilizando bancos de dados de compostos. O software foi desenvolvido utilizanto Python Django, RDKit, dois bancos de dados relacionais (MySQL) e C/C for CUDA. O programa foi utilizado para elucidar o relacionamento entre substituições químicas de grupos funcionais e a atividade dos compostos.

2011 - 2012

YASARA Biosciences

Vínculo: Programador Freelancer, Enquadramento Funcional: Programador Freelancer, Carga horária: 30

Outras informações:
Implementação de rotinas de dinâmica molecular (Molecular Dynamics) utilizando programação orientada à unidades de processamento gráfico (GPUs).

2009 - 2009

Genoa Laboratório Patologia Molecular e Celular Humana

Vínculo: , Enquadramento Funcional: Analista de Programação Senior II, Carga horária: 20

Outras informações:
Implementação do programa ERP OpenBravo e adaptação das funcionalidades para rotina laboratorial.