Adèle Helena Ribeiro

Atualmente faz pós-doutorado no Laboratório de Genética e Cardiologia Molecular do Instituto do Coração, Universidade de São Paulo. Fez bacharelado em Matemática Aplicada e Computacional, além de mestrado e doutorado em Ciência da Computação, todos no Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. Realizou doutorado-sanduíche no departamento de Neurociência da Universidade de Princeton. Seus principais tópicos de pesquisa são Inferência Causal, Modelos Gráficos Probabilísticos, Aprendizagem de Estruturas, Aprendizado Profundo, Aplicações e Métodos Estatísticos e Computacionais em Genética e Neurociência, além de Inteligência Artificial na Área da Saúde.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Ciências da Computação

2014 - 2018

Universidade de São Paulo
Título: Identification of Causality in Genetics and Neuroscience
Orientador: em Princeton University ( Asif A. Ghazanfar)
com André Fujita. Coorientador: Júlia Maria Pavan Soler. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Probabilistic graphical models; structure learning; Polygenic mixed model; Granger causality; Functional brain networks.

Mestrado em Ciência da Computação

2012 - 2014

Universidade de São Paulo
Título: Análise de expressões gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais.,Ano de Obtenção: 2014
Roberto Hirata Júnior.Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Gene expression analysis; Microarrays; Multivariate delta method; Optimal LOWESS normalization; Pixel-level uncertainty.Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.

Graduação em Matemática Aplicada e Computacional Com Habilitação em Mecatrônica e Sistem

2003 - 2011

Universidade de São Paulo
Título: Análise de Sinais de um Sensor Piroelétrico
Orientador: Roberto Hirata Júnior

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Pós-doutorado

2019

Pós-Doutorado. , Instituto do Coração da Universidade de São Paulo, INCOR - HCFMUSP, Brasil. , Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. , Grande área: Ciências Exatas e da Terra

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Formação complementar

2014 - 2014

Gene Functional Networks and Protein Interactomics. (Carga horária: 8h). , Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Japonês

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Ciência da Computação.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Quantitativa.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Estatística/Especialidade: Análise Multivariada.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Bioestatística.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Matemática Aplicada.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Robótica, Mecatrônica e Automação.

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Participação em eventos

X-Meeting - 14th International Conference of the AB3C. Granger causality between graphs. 2018. (Congresso).

XXIXth International Biometric Conference. Learning Genetic And Environmental Graphical Models In Family-Based Studies. 2018. (Congresso).

XXXVIII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional (CNMAC). Revisora de trabalhos. 2018. (Congresso).

3º Congresso de Graduação da USP. A produção da cerveja produzindo conhecimento. 2017. (Congresso).

IXXVIIth International Biometric Conference. A Comparative Study of Algorithms for Discovering Causal Genotype-Phenotype Networks by Using Genetic Variant Information. 2016. (Congresso).

74th Annual Meeting of the Society for Investigative Dermatology (SID). Analysis of extracellular-matrix and cell-adhesion genes modulated by mechanical massage applied in combination with a cosmetic emulsion.. 2015. (Congresso).

School on Complex Networks and Applications to Neuroscience. 2015. (Congresso).

IIIth International Society for Computational Biology (ISCB) Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio. Two-color microarray data analysis taking into account probe-level inaccuracies.. 2014. (Congresso).

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Comissão julgadora das bancas

Carlos da Silva dos Santos

HIRATA JUNIOR, R.; SOLER, J. M. P.;SANTOS, Carlos da Silva dos. Análise de expressões gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemáfica e Estatística - Universidade de São Paulo.

Jesús Pascual Mena Chalco

HIRATA JUNIOR, R.; MIRANDA, F. R.;MENA-CHALCO, J. P.. Análise de Sinais de um Sensor Piroelétrico. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Andre Fujita

FUJITA, A. Análise de medidas de expressões gênicas com imprecisões usando microarranjos e aplicação em classificadores moleculares. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

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Foi orientado por

Roberto Hirata Junior

Análise de expressõ es gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais; 2014; Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Roberto Hirata Junior;

Roberto Hirata Junior

Análise de Sinais de um Sensor Piroelétrico; 2011; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Matemática Aplicada e Computacional) - Universidade de São Paulo; Orientador: Roberto Hirata Junior;

Andre Fujita

Identification of causality in genetics and neuroscience; 2018; Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: André Fujita;

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Produções bibliográficas

  • Ribeiro, Adèle H. ; SOLER, JULIA MARIA PAVAN ; HIRATA, ROBERTO . Variance-Preserving Estimation of Intensity Values Obtained From Omics Experiments. Frontiers in Genetics , v. 10, p. 855-855, 2019.

  • RIBEIRO, ADÈLE H ; LOTUFO, PAULO A ; FUJITA, ANDRÉ ; GOULART, ALESSANDRA C ; CHOR, DORA ; MILL, JOSÉ G ; BENSENOR, ISABELA M ; SANTOS, ITAMAR S . Association Between Short-Term Systolic Blood Pressure Variability and Carotid Intima-Media Thickness in ELSA-Brasil Baseline. AMERICAN JOURNAL OF HYPERTENSION , v. 30, p. 954-960, 2017.

  • Ribeiro, Adèle H. ; Soler, Júlia M. P. ; Neto, Elias Chaibub ; FUJITA, ANDRÉ . Causal Inference and Structure Learning of Genotype Phenotype Networks Using Genetic Variation. Big Data Analytics in Genomics. 1ed.: Springer International Publishing, 2016, v. , p. 89-143.

  • SOLER, J. M. P. ; RIBEIRO, A. H. ; JAHNKE, M. R. . A produção da cerveja produzindo conhecimento. In: 3º Congresso de Graduação da Universidade de São Paulo, 2017, São Paulo. Anais do 3º Congresso de Graduação da Universidade de São Paulo, 2017.

  • Ribeiro, Adèle H. ; SOLER, J. M. P. ; FUJITA, A. . A Comparative Study of Algorithms for Discovering Causal Genotype-Phenotype Networks by Using Genetic Variant Information. In: XXVIIIth International Biometric Conference, 2016, Victoria, Canada. Abstracts for the XXVIIIth International Biometric Conference, 10-15 July, 2016. Victoria, British Columbia: International Biometric Society, 2016.

  • SWINKA, B. B. ; CARVALHO, C. M. ; WEIHERMANN, A. C. ; DAVILA, D. C. S. ; SILVA, V. V. ; COSTA, M. T. ; RIBEIRO, A. H. ; FUJITA, A. ; BROHEM, C. A. ; LORENCINI, M. . Analysis of extracellular-matrix and cell-adhesion genes modulated by mechanical massage applied in combination with a cosmetic emulsion.. In: 74th Annual Meeting of the Society for Investigative Dermatolog, 2015, Atlanta, GA, USA. Supplement issue of the Journal of Investigative Dermatology, Epidermal Structure & Barrier Function, 2015. v. 135. p. S58-S69.

  • Ribeiro, Adèle H. ; SOLER, J. M. P. . Learning Genetic and Environmental Graphical Models from Family Data 2019 (Artigo submetido para publicação).

  • Ribeiro, Adèle H. . omicsMA: An R Package for Variance-Preserving Estimation and Normalization of M-A Values from Omics Experiments 2018 (R package).

  • Ribeiro, Adèle H. . FamilyBasedPGMs: An R Package for Learning Genetic and Environmental Graphical Models from Family Data 2018 (R Package).

  • Ribeiro, Adèle H. . Identification of Causality in Genetics and Neuroscience. São Paulo: Universidade de São Paulo, 2018 (Tese de Doutorado).

  • RIBEIRO, A. H. . Análise de expressões gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais. São Paulo: Universidade de São Paulo, 2014 (Dissertação de Mestrado).

  • RIBEIRO, A. H. . Análise de Sinais de um Sensor Piroelétrico 2011 (Trabalho de Conclusão de Curso).

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Outras produções

RIBEIRO, A. H. ; SOLER, J. M. P. . Redução de dimensionalidade e aprendizagem de estruturas - aplicações à genômica. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

SOLER, J. M. P. ; RIBEIRO, A. H. . Redução de Dimensionalidade - Aplicações à Genômica. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

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Projetos de pesquisa

  • 2019 - Atual

    Algoritmos de Aprendizado Profundo para Classificação de Eletrocardiogramas, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Adèle Helena Ribeiro - Integrante / Júlia Maria Pavan Soler - Integrante / José Eduardo Krieger - Coordenador / Marco Antonio Gutierrez - Integrante / Luis Aparecido Milan - Integrante / Glaucylara Geovanini - Integrante.

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Prêmios

2018

Best Poster Award, X-Meeting - 14th International Conference of the AB3C.

Histórico profissional

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Experiência profissional

  • 2019 - Atual

    Instituto do Coração da Universidade de São Paulo

    Vínculo: , Enquadramento Funcional:

  • 2018 - 2018

    Insper Instituto de Ensino e Pesquisa

    Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professora Assistente, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Professora Assistente do curso Design de Software para alunos da Engenharia do Insper.

  • 2017 - 2017

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Monitora, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Assistência à disciplina Planejamento de Experimentos oferecida para alunos do curso de Bacharelado em Estatística do Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo (USP).

  • 2016 - 2016

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Monitora, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Assistência à disciplina " Métodos Estatísticos em Genética e Genômica" para alunos do Instituto de Matemática da Universidade de São Paulo (USP).

  • 2016 - 2016

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Monitora, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Assistência à disciplina Análise Multivariada de Dados oferecida para alunos do curso de Bacharelado em Estatística do Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo (USP).

  • 2015 - 2015

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Monitora, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Assistência à disciplina Matemática, Arquitetura e Design oferecida para alunos do Instituto de Matemática e Estatística e para alunos da Faculdade de Urbanismo e Arquitetura da Universidade de São Paulo (USP).

  • 2015 - 2015

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Monitora, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Assistência à disciplina Análise Multivariada de Dados oferecida para alunos do curso de Bacharelado em Estatística do Instituto de Matemática e Estatística, Universidade de São Paulo (USP).

  • 2014 - 2014

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Monitora, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Assistência à disciplina de Laboratório de Computação e Simulação oferecida para o Bacharelado em Matemática Aplicada e Computacional e para o Bacharelado em Matemática Aplicada, IME - USP.

  • 2014 - 2014

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Monitora, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Assistência à disciplina de Cálculo Numérico com Aplicações em Física oferecida para os alunos do Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas - IAG - USP.

  • 2013 - 2013

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Monitora, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Assistência à disciplina de Modelagem e Matemática oferecida para o Bacharelado em Matemática Aplicada e Computacional, IME - USP.

  • 2013 - 2013

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Monitora, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Assistência à disciplina de Introdução à Computação oferecida para a Licenciatura em Matemática, IME - USP.

  • 2012 - 2012

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Monitora

    Outras informações:
    Assistência à disciplina de Programação Linear oferecida para o Bacharelado em Matemática Aplicada e Computacional, IME - USP.

  • 2012 - 2012

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Monitora, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Assistência à disciplina de Métodos Numéricos da Álgebra Linear oferecida para o Bacharelado em Ciência da Computação, IME - USP.

  • 2009 - 2012

    MicroVip

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Desenvolvedora e Projetista de Software, Carga horária: 30

    Outras informações:
    Desenvolvimento de firmware de microcontrolador da Microchip Technology para detecção de presença a partir de análise de sinais de um sensor piroelétrico, usando linguagem C. Projeto e desenvolvimento do sofware de interação com o usuário do sistema MyWay, um sistema de automação residencial da empresa Domotica. O desenvolvimento foi feito para a plataforma Windows CE, nas linguagens C e C++. Também implementou melhorias no firmware de microcontrolador Freescale, para transmissão e recepção dos sinais de radio-frequência. Desenvolvimento de firmware de microcontrolador Freescale para sistema de telemetria usado para rastreamento de cargas, usando linguagem C.

  • 2007 - 2008

    Ydea Solutions

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Desenvolvedora e Projetista de Software, Carga horária: 40

    Outras informações:
    Desenvolvimento do Ydea Analytics, framework de business analytics e business inteligence. A interface Web foi construída usando Tapestry, JfreeChart e Dojo e o backend usando Ada, APQ, framework em Ada que permite portabilidade entre vários bancos de dados e Corba. Implementação de um plugin do Blender para Web usando C++.

  • 2006 - 2009

    Photolab Digital

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Desenvolvedora e Projetista de Software, Carga horária: 40

    Outras informações:
    Desenvolvimento dos programas PhotoFacil, voltado para lojas e profissionais da área de fotografia, auxíliando na criação de álbuns automáticos e manuais de fotos, na edição e tratamento das imagens e no gerenciamento dos setores adminitrativos. Desenvolvimento nas linguagens Java e C, integrados com JNI e ferramentas como Swing e Java2D e persistência com Xerces2 e Hibernate.

  • 2008 - 2008

    We Do It

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Desenvolvedora e Projetista Web, Carga horária: 20

    Outras informações:
    Desenvolvimento de sites como o JobJobs e Clip Laundering em PHP e Ruby on Rails.

  • 2004 - 2005

    Interaction Plexus

    Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Projetista e Instrutora, Carga horária: 40

    Outras informações:
    Projetos e elaboração de apostilas para cursos de metodologias em produção industrial, como Six Sigma e SPC (Statistical Process Control). Localização e manutenção de um programa de controle de qualidade industrial. Liderança de treinamentos in-company sobre ferramentas da qualidade e produtividade.