Mônika Aparecida Coronado

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• EBERLE, RAPHAEL J. ; SEVENICH, MARC ; GERING, IAN ; SCHARBERT, LARA ; STRODEL, BIRGIT ; LAKOMEK, NILS A. ; SANTUR, KAROLINE ; MOHRLÜDER, JEANNINE ; CORONADO, MÔNIKA A. ; WILLBOLD, DIETER . Discovery of All- d -Peptide Inhibitors of SARS-CoV-2 3C-like Protease. ACS Chemical Biology , v. 18, p. 315-330, 2023.

• CORONADO, MÔNIKA A. ; GERING, IAN ; SEVENICH, MARC ; Olivier, Danilo S. ; MASTALIPOUR, MOHAMMADAMIN ; Amaral, Marcos S. ; WILLBOLD, DIETER ; EBERLE, RAPHAEL J. . The Importance of Epigallocatechin as a Scaffold for Drug Development against Flaviviruses. PHARMACEUTICS , v. 15, p. 803, 2023.

• PEINADO, RAFAELA DOS S. ; EBERLE, RAPHAEL J. ; PACCA, CAROLINA C. ; Arni, Raghuvir K. ; CORONADO, MONIKA A. . Review of -omics studies on mosquito-borne viruses of the Flavivirus genus. VIRUS RESEARCH , v. 307, p. 198610, 2022.

• HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE E. ; EBERLE, RAPHAEL J. ; WILLBOLD, DIETER ; CORONADO, MÔNIKA A. . A Computer-Aided Approach for the Discovery of D-Peptides as Inhibitors of SARS-CoV-2 Main Protease. FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES , v. 8, p. 1-3, 2022.

• BORSATTO K. C. ; CORONADO, M.A. ; GALVAO, C. ; ARNI, R. K. ; CHABOLI ALEVI, KAIO CESAR . Transcriptomics Applied to the Study of Chagas Disease Vectors. AMERICAN JOURNAL OF TROPICAL MEDICINE AND HYGINE , v. 106, p. 1042-1048, 2022.

• CORONADO, MÔNIKA APARECIDA ; DE MORAES, FÁBIO ROGÉRIO ; STUQUI, BRUNA ; CALMON, MARÍLIA FREITAS ; EBERLE, RAPHAEL JOSEF ; RAHAL, PAULA ; ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY . The Secreted Metabolome of Hela Cells under Effect of Crotamine, a Cell-Penetrating Peptide from a Rattlesnake Using NMR-Based Metabolomics Analyses. BioMed , v. 2, p. 238-254, 2022.

• EBERLE, RAPHAEL J. ; GERING, IAN ; TUSCHE, MARKUS ; OSTERMANN, PHILIPP N. ; MÜLLER, LISA ; ADAMS, ORTWIN ; SCHAAL, HEINER ; Olivier, Danilo S. ; Amaral, Marcos S. ; Arni, Raghuvir K. ; WILLBOLD, DIETER ; CORONADO, MÔNIKA A. . Design of D-Amino Acids SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors Using the Cationic Peptide from Rattlesnake Venom as a Scaffold. PHARMACEUTICALS , v. 15, p. 540, 2022.

• EBERLE, RAPHAEL J. ; Olivier, Danilo S. ; Amaral, Marcos S. ; PACCA, CAROLINA C. ; NOGUEIRA, MAURICIO L. ; Arni, Raghuvir K. ; WILLBOLD, DIETER ; CORONADO, MONIKA A. . Riboflavin, a Potent Neuroprotective Vitamin: Focus on Flavivirus and Alphavirus Proteases. Microorganisms , v. 10, p. 1331, 2022.

• PEINADO, RAFAELA DOS S. ; EBERLE, RAPHAEL J. ; Arni, Raghuvir K. ; CORONADO, MÔNIKA A. . A Review of Omics Studies on Arboviruses: Alphavirus, Orthobunyavirus and Phlebovirus. Viruses-Basel , v. 14, p. 2194, 2022.

• LOSCHWITZ, JENNIFER ; JÄCKERING, ANNA ; KEUTMANN, MONIKA ; OLAGUNJU, MARYAM ; EBERLE, RAPHAEL J. ; CORONADO, MONIKA APARECIDA ; OLUBIYI, OLUJIDE O. ; STRODEL, BIRGIT . Novel inhibitors of the main protease enzyme of SARS-CoV-2 identified via molecular dynamics simulation-guided in vitro assay. BIOORGANIC CHEMISTRY , v. 104862, p. 104862, 2021.

• EBERLE, RAPHAEL J. ; Olivier, Danilo S. ; PACCA, CAROLINA C. ; AVILLA, CLARITA M. S. ; NOGUEIRA, MAURICIO L. ; Amaral, Marcos S. ; WILLBOLD, DIETER ; Arni, Raghuvir K. ; CORONADO, MONIKA A. . In vitro study of Hesperetin and Hesperidin as inhibitors of zika and chikungunya virus proteases. PLoS One , v. 16, p. e0246319, 2021.

• BORSATTO, KELLY CRISTINE ; CORONADO, MONIKA APARECIDA ; ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY ; CHABOLI ALEVI, KAIO CESAR . Omics Tools Applied to the Study of Chagas Disease Vectors: Cytogenomics and Genomics. AMERICAN JOURNAL OF TROPICAL MEDICINE AND HYGIENE , v. 10, p. 112-120, 2021.

• EBERLE, RAPHAEL J. ; Olivier, Danilo S. ; Amaral, Marcos S. ; GERING, IAN ; WILLBOLD, DIETER ; Arni, Raghuvir K. ; CORONADO, MONIKA A. . The Repurposed Drugs Suramin and Quinacrine Cooperatively Inhibit SARS-CoV-2 3CLpro In Vitro. Viruses-Basel , v. 13, p. 873-894, 2021.

• EBERLE, RAPHAEL J. ; Olivier, Danilo S. ; Amaral, Marcos S. ; WILLBOLD, DIETER ; Arni, Raghuvir K. ; CORONADO, MONIKA A. . Promising Natural Compounds against Flavivirus Proteases: Citrus Flavonoids Hesperetin and Hesperidin. PLANTS , v. 10, p. 2183, 2021.

• BHAT, SHREESHA K. ; JOSHI, MANJUNATH B. ; VASISHTA, SAMPARA ; JAGADALE, RAJESH N. ; BILIGIRI, SETLUR G. ; CORONADO, MONIKA A. ; Arni, Raghuvir K. ; SATYAMOORTHY, KAPAETTU . P-I metalloproteinases and L-amino acid oxidases from Bothrops species inhibit angiogenesis. JOURNAL OF VENOMOUS ANIMALS AND TOXINS INCLUDING TROPICAL DISEASES , v. 27, p. 1-15, 2021.

• Juliana S. Bernanrdes ; EBERLE, RAPHAEL J. ; VIEIRA, F. R.Fabio RJ Vieira ; CORONADO, MÔNIKA A. . A comparative pan-genomic analyses of 53 C. pseudotuberculosis strains based on functional domains. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , v. x, p. 1-10, 2020.

• BELLINI, REINALDO G. ; CORONADO, MÔNIKA APARECIDA ; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI ; GAUDENCIO DO RÊGO, THAÍS ; HUNGRIA, MARIANGELA ; RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA TEREZA ; NICOLÁS, MARISA FABIANA . Structural analysis of a novel N-carbamoyl-d-amino acid amidohydrolase from a Brazilian Bradyrhizobium japonicum strain: In silico insights by molecular modelling, docking and molecular dynamics. JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING , v. 86, p. 35-42, 2019.

• Peinado, Rafaela dos S. AU ; Olivier, Danilo S. ; EBERLE, RAPHAEL J. ; DE MORAES, FABIO R. ; Amaral, Marcos S. ; Arni, Raghuvir K. ; CORONADO, MONIKA A. . Binding studies of a putative C. pseudotuberculosis target protein from Vitamin B12 Metabolism. Scientific Reports , v. 9, p. 1-13, 2019.

• CARUSO, ÍCARO P. ; PANWALKAR, VINEET ; CORONADO, MONIKA A. ; DINGLEY, ANDREW J. ; CORNÉLIO, MARINÔNIO L. ; WILLBOLD, DIETER ; Arni, Raghuvir K. ; EBERLE, RAPHAEL J. . Structure and interaction of Corynebacterium pseudotuberculosis cold shock protein A with Y-box single-stranded DNA fragment. FEBS Journal , v. 285, p. 372-390, 2018.

• EBERLE, RAPHAEL J. ; KAWAI, LIEGE A. ; DE MORAES, FABIO R. ; OLIVIER, DANILO ; DO AMARAL, MARCOS S. ; TASIC, LJUBICA ; Arni, Raghuvir K. ; CORONADO, MONIKA A. . Inhibition of thioredoxin A1 from Corynebacterium pseudotuberculosis by polyanions and flavonoids. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES , v. 18, p. 8130, 2018.

• CORONADO, MÔNIKA APARECIDA ; DA SILVA OLIVIER, DANILO ; EBERLE, RAPHAEL JOSEF ; DO AMARAL, MARCOS SERROU ; ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY . Modeling and molecular dynamics indicate that snake venom phospholipase B-like enzymes are Ntn-hydrolases. TOXICON , v. 153, p. 106-113, 2018.

• CORONADO, MONIKA APARECIDA ; EBERLE, RAPHAEL JOSEF ; BLEFFERT, NICOLE ; FEUERSTEIN, SOPHIE ; OLIVIER, DANILO SILVA ; DE MORAES, FABIO ROGERIO ; WILLBOLD, DIETER ; ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY . Zika virus NS2B/NS3 proteinase: A new target for an old drug - Suramin a lead compound for NS2B/NS3 proteinase inhibition-. ANTIVIRAL RESEARCH , v. 160, p. 118-125, 2018.

• EBERLE, RAPHAEL J. ; CORONADO, MONIKA A. ; PEINADO, RAFAELA S. ; DE MORAES, FABIO R. ; OLIVIER, DANILO ; DREYER, THIAGO ; DE OLIVEIRA LOPES, DEBORA ; DA LUZ, BRENDA SILVA ROSA ; AZEVEDO, VASCO ; Arni, Raghuvir K. . The polyanions heparin and suramin impede binding of free adenine to a DNA glycosylase from C. pseudotuberculosis. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES , v. 18, p. 34999-35007, 2018.

• GEORGIEVA, DESSI ; HILDEBRAND, DIANA ; SIMAS, RODRIGO ; A. CORONADO, MONIKA ; KWIATKOWSKI, MARCEL ; SCHLÜTER, HARTMUT ; ARNI, RAGHUVIR ; SPENCER, PATRICK ; Betzel, Christian . Protein profile analysis of two Australian snake venoms by one-dimensional gel electrophoresis and MS/MS experiments. CURRENT MEDICINAL CHEMISTRY , v. 24, p. 001-0015, 2017.

• EBERLE, RAPHAEL J. ; KAWAI, LIEGE A. ; DE MORAES, FABIO R. ; TASIC, LJUBICA ; Arni, Raghuvir K. ; CORONADO, MONIKA A. . Biochemical and biophysical characterization of a mycoredoxin protein glutaredoxin A1 from Corynebacterium pseudotuberculosis. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES , v. 107, p. 1999-2007, 2017.

• EBERLE, RAPHAEL ; ARNI, RAGHUVIR ; KAWAI, LIEGE ; LEITE, VITOR ; CONTESSOTO, VINÍCIUS ; OLIVEIRA, VINICIUS ; CARUSO, ICARO ; Coronado, Monika . Cold Shock Protein A from Corynebacterium pseudotuberculosis: Role of Electrostatic Forces in the Stability of the Secondary Structure. PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS , v. 24, p. 358-367, 2017.

• VUITIKA, L. ; CHAVES-MOREIRA, D. ; CARUSO, I. ; LIMA, M.A. ; MATSUBARA, F.H. ; MURAKAMI, M.T. ; TAKAHASHI, H.K. ; TOLEDO, M.S. ; CORONADO, M.A. ; NADER, H.B. ; SENFF-RIBEIRO, A. ; CHAIM, O.M. ; ARNI, R.K. ; VEIGA, S.S. . Active site mapping of Loxosceles phospholipases D: Biochemical and biological features. Biochimica and Biophysica Acta. Molecular and Cell Biology of Lipids , v. 1861, p. 970-979, 2016.

• MARIUTTI, R. B. ; CHAVES-MOREIRA, D. ; VUITIKA, L. ; CARUSO, P. I. ; CORONADO, M. A. ; AZEVEDO, V. A. ; Murakami, M. T. ; VEIGA, S. S. ; Arni, R. K. . Bacterial and Arachnid Sphingomyelinases D: Comparison of Biophysical and Pathological Activities. JOURNAL OF CELLULAR BIOCHEMISTRY , v. 1, p. 1, 2016.

• LINDAE, ANTJE ; EBERLE, RAPHAEL J. ; CARUSO, ICARO P. ; CORONADO, MONIKA A. ; DE MORAES, FABIO R. ; AZEVEDO, VASCO ; Arni, Raghuvir K. . Expression, purification and characterization of cold shock protein A of Corynebacterium pseudotuberculosis. Protein Expression and Purification (Print) , v. 112, p. 15-20, 2015.

• CORONADO, M.A. ; ULLAH, A. ; SILVA, L.S. ; CHAVES-MOREIRA, D. ; VUITIKA, L. ; CHAIM, O.M. ; VEIGA, S.S. ; CHAHINE, J. ; MURAKAMI, M.T. ; ARNI, R.K. . Structural Insights into Substrate Binding of Brown Spider Venom Class II Phospholipases D. Current Protein and Peptide Science , v. 16, p. 768-774, 2015.

• KRONENBERGER, THALES ; LINDNER, JASMIN ; MEISSNER, KAMILA A. ; ZIMBRES, FLÁVIA M. ; CORONADO, MONIKA A. ; SAUER, FRANK M. ; SCHETTERT, ISOLMAR ; WRENGER, CARSTEN . Vitamin B6-Dependent Enzymes in the Human Malaria Parasite Plasmodium falciparum: A Druggable Target?. Biomed Research International , v. 2014, p. 1-11, 2014.

• Ullah, Anwar ; MAGALHÃES, GERALDO SANTANA ; MASOOD, REHANA ; MARIUTTI, RICARDO BARROS ; CORONADO, MONIKA APARECIDA ; MURAKAMI, MÁRIO TYAGO ; BARBARO, KATIA CRISTINA ; ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY . Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a novel sphingomyelinase D from Loxosceles gaucho venom. Acta Crystallographica Section F-Structural Biology Communications , v. 70, p. 1418-1420, 2014.

• EBERLE, RAPHAEL J. ; CORONADO, MONIKA A. ; CARUSO, ICARO P. ; LOPES, DÉBORA O. ; MIYOSHI, ANDERSON ; AZEVEDO, VASCO ; Arni, Raghuvir K. . Chemical and thermal influence of the [4Fe-4S]2+ cluster of A/G-specific adenine glycosylase from Corynebacterium pseudotuberculosis. Biochimica et Biophysica Acta. G, General Subjects (Print) , v. 1850, p. 393-400, 2014.

• CORONADO, MONIKA A. ; GABDULKHAKOV, AZAT ; Georgieva, Dessislava ; SANKARAN, BANUMATHI ; MURAKAMI, MARIO T. ; Arni, Raghuvir K. ; Betzel, Christian . Structure of the polypeptide crotamine from the Brazilian rattlesnake Crotalus durissus terrificus. Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography , v. 69, p. 1958-1964, 2013.

• OKAMOTO, DÉBORA N. ; KONDO, MARCIA Y. ; OLIVEIRA, LILIAN C.G. ; HONORATO, RODRIGO V. ; ZANPHORLIN, LETICIA M. ; CORONADO, MONIKA A. ; ARAÚJO, MARIANA S. ; DA MOTTA, GUACYARA ; VERONEZ, CAMILA L. ; ANDRADE, SHEILA S. ; OLIVEIRA, PAULO S.L. ; Arni, Raghuvir K. ; CINTRA, ADELIA C. ; SAMPAIO, SUELI V. ; JULIANO, MARIA A. ; JULIANO, LUIZ ; Murakami, Mário T. ; GOUVEA, IURI E. . P-I class metalloproteinase from Bothrops moojeni venom is a post-proline cleaving peptidase with kininogenase activity: Insights into substrate selectivity and kinetic behavior. Biochimica et Biophysica Acta. Proteins and Proteomics , v. 1844, p. 3-552, 2013.

• Ullah, Anwar ; CORONADO, M. A. ; Murakami, Mário T. ; Betzel, Christian ; Arni, Raghuvir K. . Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of an -amino-acid oxidase from venom. Acta Crystallographica. Section F , v. 68, p. 211-213, 2012.

• Georgieva, Dessislava ; Coronado, Monika ; Oberthür, Dominik ; Buck, Friedrich ; Duhalov, Deyan ; Arni, Raghuvir K. ; Betzel, Christian . Crystal structure of a dimeric Ser49 PLA2-like myotoxic component of the Vipera ammodytes meridionalis venomics reveals determinants of myotoxicity and membrane damaging activity. Molecular Biosystems (Print) , v. 8, p. 1, 2012.

• CORONADO, M. A. ; VILAS-BOAS, L. A. ; G.T.Villas-Boas ; DEKKER, R. F. ; BARBOSA, A. M. ; GARCIA, J. E. . Determination of a Minimal DNA Sequence of the Internal Transcribed Spacer Region for the in silico Identification of Botryosphaeria sp.. Trends in Applied Sciences Research , v. 2, p. 201-210, 2007.

• CORONADO, M.A. ; EBERLE, R. J. ; MORAES, F. R. ; Fernandez, J. H. ; EP Gomes ; LIRA, A. ; ARNI, R. K. . Evolution, Structural Features, and Biochemical Diversity of Snake Venom Serine Proteinases. In: Monika A.Coronado, Raphael J. Eberle, Fábio R. de Moraes, Jorge H. Fernandez, E.P. Gomes, A. Lira1, Raghuvir K. Arni. (Org.). Evolution, Structural Features, and Biochemical Diversity of Snake Venom Serine Proteinases. 1ed.: Nova, 2016, v. , p. 169-213.

• CORONADO, MONIKA A. ; MORAES, F. R. ; Anwar Ullah ; MASOOD, R. ; SANTANA, V. S. ; MARIUTTI, R. ; BROGNARO, H. ; Georgieva, Dessislava ; Murakami, Mário T. ; Betzel, Christian ; Arni, Raghuvir K. . Three-Dimensional Structures and Mechanisms of Snake Venom Serine Proteinases, Metalloproteinases, and Phospholipase A2s. Three-Dimensional Structures and Mechanisms of Snake Venom Serine Proteinases, Metalloproteinases, and Phospholipase A2s. 20ed.Springer Netherlands: Springer, 2014, v. , p. 1-25.

• CORONADO, M. A. ; GARCIA, J. E. ; BARBOSA, A. M. ; DEKKER, R. F. ; VILAS-BOAS, L. A. . Determinação IN SILICO da menor seqüência da região ITS (INTERNAL TRANSCRIBED SPACER) para identificação de espécies do gênero BOTRYOSPHAERIA (Fungi: Ascomiceto). In: 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindóia. 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005.

• CORONADO, M. A. ; GARCIA, J. E. ; BARBOSA, A. M. ; DEKKER, R. F. ; VILAS-BOAS, L. A. . Determination of a minimal DNA sequence of the Internal Transcribed Spacer region for the in-silico identification of Botryosphaeria spp. In: X-meeting and 1º INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 2005, Caxambu. X-meeting and 1º INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 2005.

• CORONADO, M.A. ; Anwar Ullah ; MARIUTTI, R. ; EBERLE, R. ; MURAKAMI, M.T. ; ARNI, R. K. . Structural Study of a phospholipase B from venom of the Brazilian viperidae snake Bothrops brazilli.. 2016. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• Anwar Ullah ; CORONADO, MONIKA A. ; MORAES, F. R. ; VUITIKA, L. ; CHAIM, O. M. ; VEIGA, S. S. ; Arni, Raghuvir K. . Catalytic mechanisms of Sphingomyelinase D. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CORONADO, MONIKA A. . Cristalografia de proteinas. 2014. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• CORONADO, M. A. ; Aline Rossi da Silveira ; Vasconcelos, A. T. R. ; Fernandez, J. H. . Structural Model of ADAMs disintegrin-like domain and Dynamics of Interaction with alpha6beta1. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• CORONADO, M.A. ; EBERLE, R. J. ; ARNI, R. K. . Glycosylation in Snake Venom Proteinases 2018 (Review).

• CORONADO, M. A. . CURSO CBAB/CABBIO. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

Projetos de pesquisa

• 2021 - Atual

  Identification of D-peptide leads using phage display against viral diseases., Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Mônika Aparecida Coronado - Coordenador / Raphael Josef Eberle - Integrante.

• 2020 - Atual

  Estudos estruturais das proteínas acessórias ORF8 and ORF3a do novo coronavirus "SARS-CoV-2", Descrição: O projeto visa a determinacao estrutural por RMN e cristalografia de raios-x das proteínas ORF8 e ORF3a do virus responsável pela Covid-19.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Mônika Aparecida Coronado - Coordenador / Raphael Eberle - Integrante / WILLBOLD, DIETER - Integrante.

• 2018 - Atual

  Exploring the non-structural protease nsP2 from Chikungunya and Mayaro viruses: structures and inhibition., Descrição: Infection by the Chikungunya virus results in considerable social and economic trauma and requires urgent attention. The lack of efficacious treatments is compounded by potential co-infection by Chikungunya and Mayaro which exacerbates and magnifies the problem since both trigger similar reactions and analogous clinical symptoms. The cleavage of the Chikungunya and Mayaro nsP-polyproteins, by the nsP2 cysteine protease is crucial for viral replication; therefore, the identification and characterization of specific inhibitors of the nsP2 cysteine protease is potentially relevant for understanding viral replication and also to serve as a platform for the development of inhibitors that can help develop drugs.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Mônika Aparecida Coronado - Integrante / Arni, Raghuvir K. - Integrante / Dieter Willbold - Integrante / Raphael Josef Eberle - Coordenador.

• 2018 - Atual

  Mechanisms and Molecular Interactions of Bioactive Molecules with Protein NS3 from Zika Virus -De novo drug design-, Descrição: The lack of potential drugs against Zika virus, encouraging scientists from different research domains to fill the gap in this research area. Drug development is a powerful approach to disease management but remains challenging in the Zika virus diseases.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Mônika Aparecida Coronado - Coordenador / Arni, Raghuvir K. - Integrante / Dieter Willbold - Integrante / Raphael Josef Eberle - Integrante.

• 2017 - Atual

  Mecanismos de Interações Moleculares de Moléculas Bioativas com a Protease NS3 do Vírus da Zika, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Mônika Aparecida Coronado - Coordenador.

• 2015 - 2017

  Estudos estruturais e caracterização de proteínas por cristalografia de raios-X e Ressonância Magnética Nuclear: Investigações estruturais e biofísicas dos mecanismos moleculares de proteínas funcionais, Descrição: Descrição: FAPESP Processo nº 2015/13765-0; Vigência: 01/11/2015 a 31/10/2017 RESUMO: Os elevados prejuízos causados à pecuária de caprinos e ovinos por Corynebacterium pseudotuberculosis, uma bactéria patogênica gram-positiva, nos estimulam a examinar as proteínas na tentativa de buscar alternativos e novos alvos terapêuticos para combater a doença causada por este microorganismo, pois ainda não existem soluções contra a patologia provocada por esta bactéria e os animais afetados são sacrificados devido à falta de tratamentos viáveis. Outra bactéria com importância na patogenia humana e animal é a Staphylococcus aureus, que é responsável por causar diversas reações, desde infecções localizadas da pele relativamente inofensivas a condições sistêmicas com risco de morte. As proteínas esfoliativas estão relacionadas à síndrome da pele escaldada estafilocócica (Staphylococcus scalded skin syndrome-SSSS). A presente proposta realizará estudos de biologia molecular e estrutural para entender os mecanismos de ação das onze proteínas do secretoma de C. pseudotuberculosis e da proteína esfoliativa (ETD) da S. aureus. Serão realizados ainda, testes de expressão e purificação de outras proteínas do secretoma de C. pseudotuberculosis para padronizar a produção em larga escala das proteínas a fim de conduzir os ensaios de cristalização. As proteínas serão caracterizadas estruturalmente usando técnicas de cristalografia e Ressonância Magnética Nuclear e os resultados contribuirão para melhorar nosso entendimento a respeito dos mecanismos de ação e podem sugerir vias para e o desenvolvimento racional de potenciais drogas, inibidores, antitoxinas, visando o combate destas infecções... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Mônika Aparecida Coronado - Integrante / Raghuvir K. Arni - Coordenador / EBERLE, RAPHAEL J. - Integrante / Ricardo Mariutti - Integrante.

• 2014 - 2017

  Interaçao e Design de Enzimas, Descrição: Desenvolvimentos científicos e tecnológicos estão tornando a ressonância magnética nuclear em uma ferramenta extremamente poderosa para entendermos o funcionamento e o comportamento de macromoléculas em solução. Juntamente com dados cristalográficos podemos entender interações especificas e a dinâmica de macromoléculas. Nessa proposta pretendemos colaborar com o Prof. Dieter Willbold, diretor do Institute of Complex Systems, Research Center Jülich, uma autoridade mundial na utilização de técnicas do-estado-da-arte de RMN, incorporando-o em nosso laboratório. Ênfase também será dada para a disseminação e incorporação dessas técnicas em outros laboratórios no país e para a execução de cursos e workshops... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Mônika Aparecida Coronado - Integrante / ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY - Coordenador / Dieter Willbold - Integrante.

• 2013 - 2017

  Functional and Structural Characterization of Snake Venom Proteins with Angiogenic Potential from Bothrops atrox, Descrição: Venenos ofídicos são misturas complexas de moléculas bioativas com um amplo leque de alvos fisiológicos. Esta complexa mistura engloba desde proteínas multiméricas de alta massa molecular até peptídeos que, apesar de seu diminuto tamanho, são capazes de interferir em mecanismos chave da homeostasia, como pressão arterial, agregação plaquetária e integridade do endotélio vascular. Dentre os componentes enzimáticos, destacam-se as proteases, (serino- e metallo-proteinases), L-amino-acido-oxidases, nucleases, esterases, fosfolipases e hialuronidases (2). Este vasto espectro de atividades tem atraído a atenção de bioquímicos, dado o potencial terapêutico de vários componentes do veneno ofídico. Por exemplo: Batroxobin, uma enzima trombina-símile isolada do veneno de Bothrops atrox é hoje um fármaco utilizado no tratamento de tromboses (3). Também existem evidências da atividade anti-tumoral de proteínas do veneno de serpentes. A fosfolipase A2 de Bothrops brazili se mostrou citotóxica em células Jurkat (4). A saxatilina, uma disintegrina do veneno de uma serpente Coreana inibiu crescimento de tumores metastáticos em modelos murinos. (5). A angiogenese é um pré-requisito para o desenvolvimento tumoral e metástase. A terapia anti-angiogênica é uma das estratégias recentes para o tratamento de tumores sólidos, ao passo que moléculas pró-angiogênicas têm sido usadas para o tratamento de doenças isquêmicas. Venenos de serpentes já se mostraram fontes de moléculas com capacidade de modular a neovascularização. MVL-PLA2, uma fosfolipase A2 apresentou atividade anti-angiogênica em modelos invitro e in vivo (6). Triflavin, uma disintegrina de Trimeresurus flavovridis inibia angiogênese induzida por TNF-em modelo de membrana corioalantoíca de ovo (7). Um estudo focando no veneno de Trimeresurus flavoviridis identificou proteínas VEGF-símile, com especificidade pelo receptor VEGFR1, e sem afinidade pelo VEGFR2 (8). Moléculas VEGF-símile também foram identificadas em Bothrops insularis (9). Bothrops atrox é uma serpente encontrada na região amazônica. Estudos de proteoma e transcriptoma apontam para a presença de várias proteínas, incluindo metaloproteases, fosfolipases e proteínas capazes de interferir na cascata da coagulação (10 & 11). No presente projeto, o objetivo é identificar e caracterizar proteínas que modulam a angiogênese, que poderiam ser usadas para inibir ou estimular a angiogênese, um processo de extrema relevância para diversas patologias... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Mônika Aparecida Coronado - Integrante / Raghuvir K. Arni - Coordenador / Ullah, Anwar - Integrante / SPENCER, PATRICK J. - Integrante / Sonia MAria Oliani - Integrante / Igor Polikarpov - Integrante / Kapaettu Satyamoorthy - Integrante / Manjunath B. Josh - Integrante.

• 2012 - Atual

  Caracterização funcional e estrutural de toxinas do veneno de aranhas do gênero Loxosceles (aranha-marrom), Descrição: Realizar clonagem, expressão heteróloga e avaliação funcional de toxinas dos venenos loxoscélicos. Estudos estruturais. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Mônika Aparecida Coronado - Coordenador / Raghuvir K. Arni - Integrante / Olga M. Chaim - Integrante / Silvio Sanches Veiga - Integrante / Helena Gremski - Integrante / Hélio K. Takashi - Integrante / Marcos S. Toledo - Integrante / Rafael Bertoni da Silveira - Integrante / Waldemiro Gremski - Integrante / Daniele Chaves Moreira - Integrante.

• 2011 - 2014

  Proteômica e Peptidômica Estrutural de Toxinas, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Raghuvir Krishnaswamy Arni em 18/06/2018., Descrição: Os objetivos do projeto colaborativo Brasil-Alemanha consistem, em seu caráter interdisciplinar, em explorar o potencial farmacêutico e biotecnológico de venenos de insetos, serpentes e aranhas a partir da biodiversidade européia e, principalmente, da brasileira, por meio da colaboração científica dos grupos de ambos os países com tradição na área de estudos estruturais de toxinas. A combinação do potencial científico, de equipamentos tecnológicos e do intercâmbio de conhecimento entre os grupos brasileiro e alemão permitirá uma caracterização estrutural e farmacológica detalhada de novos componentes de venenos e sua aplicação com propósitos médicos e biotecnológicos. Isso inclui a determinação da composição proteômica completa de venenos utilizando a combinação de técnicas como eletroforese bidimensional, espectrometria de massa, análise de seqüências, caracterização de atividades farmacológicas como propriedades anticancerígenas de venenos da família Viperidae, proporcionar maior conhecimento sobre os mecanismos patológicos de acidentes com venenos como os das aranhas do gênero Loxosceles e determinação da relação estrutura-função desses componentes usando espectroscopia de Ressonância Magnética Nucelar (RMN) e cristalografia da alta resolução usando radiação Síncrotron de alta energia disponível no DESY, Hamburgo. A espectroscopia de RMN, o espalhamento de raios-X a baixos ângulos e a espectroscopia Raman serão empregados para estudos da dinâmica e interações em solução de proteínas. Acidentes ofídicos com serpentes da família Viperidae causam intensa mionecrose, neurotoxicidade, hemólise intravascular, hemorragia e aumento da permeabilidade capilar. Tipicamente, o envenenamento ofídico é tratado com antissoros preparados a partir do veneno bruto, mas sua efetividade é limitada apesar do amplo espectro de ação... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Mônika Aparecida Coronado - Integrante / Christian Betzel - Integrante / Arni, Raghuvir K. - Coordenador / SPENCER, PATRICK J. - Integrante / Silvio S. Veiga - Integrante / Dessislava Georgieva - Integrante / Nicolay Genov - Integrante / Valmir FAdel - Integrante / Lars Redecke - Integrante / Markus Perbrandt - Integrante.

• 2011 - Atual

  Modificações Pós-Traducionais e Interações Proteína-Proteína no Contexto das Toxinas de Venenos de Serpentes e seus Ligantes: Um Estudo Vênomico Detalhado, Descrição: lassicamente, estudos proteômicos de venenos (venômica) têm por objetivo a identificação da composição proteica destas secreções, empregando principalmente a abordagem de eletroforese em gel, seguida de identificação por espectrometria de massas e/ou degradação de Edman. Entretanto, venenos de serpentes são secreções complexas muito ricas em isoformas, que podem interagir diferencialmente com receptores e/ou canais iônicos, enzimas e inibidores, interferindo com a homeostasia, a coagulação sanguínea e os sistemas nervoso, cardiovascular e/ou neuromuscular. Portanto, para compreendermos atividades biológicas tão diversas, é preciso identificar não só a composição de proteínas/peptídeos destes venenos, mas também avançar no detalhamento molecular de seus componentes e de seus ligantes (alvos moleculares e inibidores naturais). Neste projeto, pretendemos empregar a espectrometria de massas de alta resolução (nLC-LTQ-Orbitrap) para estudar o proteoma de venenos de serpentes relevantes para o continente americano, com ênfase no estudo em larga escala das isoformas das diferentes toxinas, incluindo a caracterização de suas modificações pós-traducionais (PTMs/glicosilações e fosforilações). Ainda que, provavelmente, sejam as maiores responsáveis pela grande heterogeneidade dos venenos, as PTMs têm sido muito pouco estudadas de modo sistemático nestas amostras. Estas informações deverão subsidiar estudos sobre a relação estrutura-função das toxinas, além de contribuir para análises onto- e filogenéticas em serpentes e potencialmente para a seleção mais eficaz dos venenos a serem utilizados na produção de soros antiofídicos. A Biologia Molecular, através da técnica de mutações sítio-dirigidas, será empregada como ferramenta complementar de validação dos estudos da relação estrutura-função de toxinas. A segunda grande vertente do projeto terá por objetivo aprofundar o conhecimento sobre o mecanismo de ação de proteínas antiofídicas isoladas do soro de animais resistentes ao envenenamento por serpentes. Estes inibidores naturais de toxinas hemorrágicas (ex.: DM43, BJ46a) e miotóxicas (ex.: DM64) funcionam como aceptores solúveis, prontos para neutralizar rapidamente os efeitos deletérios das toxinas. As constantes de dissociação de velocidade e no equilíbrio da interação entre as toxinas e os inibidores serão determinadas através de ressonância plasmônica de superfície (Biacore). Os complexos toxina-inibidor serão submetidos à cristalização e posterior análise por difração de raios X, para obtenção de informações estruturais de alta resolução. Em associação com as técnicas de cross-linking, intensity fading e/ou hidrólise enzimática, a espectrometria de massas será empregada no mapeamento das regiões de interação entre os inibidores e as toxinas hemorrágicas ou miotóxicas, identificando os requisitos estruturais que definem a especificidade de cada complexo. Posteriormente, fragmentos recombinantes e/ou peptídeos sintéticos dos inibidores serão utilizados para validar os resultados do mapeamento molecular. A porção glicídica dos inibidores também será analisada, assim como sua participação na manutenção da atividade inibitória destas moléculas. Com estas abordagens complementares, esperamos contribuir para a definição da estrutura mínima dos inibidores responsável por sua importante atividade biológica, abrindo caminho para o desenho racional de enfoques terapêuticos inovadores, principalmente para o tratamento das lesões teciduais locais. Dada a homologia de estruturas primária e terciária existente entre algumas toxinas de veneno e enzimas humanas, pretendemos igualmente testar o potencial de utilização dos inibidores naturais na modulação da atividade de metaloproteases e fosfolipases que participam em processos fisiológicos normais e/ou patológicos. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Mônika Aparecida Coronado - Coordenador / Raghuvir K. Arni - Integrante / Ullah, Anwar - Integrante / Jonas henrique Perales Aguilar - Integrante.