Said Sadique Adi

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• Lima, L. ; ADI, S. S. . The Chain Alignment Problem. Journal of Computational Science , v. 45, p. 101161, 2020.

• Dobre, J. A. ; ADI, S. S. . Um sistema para auxiliar na seleção de regiões específicas de sequências biológicas. iSys - Revista Brasileira de Sistemas de Informação , v. 11, p. 127-151, 2019.

• Zaccaron, A. Z. ; Araújo, Elói ; Higa, C. H. A. ; ADI, S. S. . The maximum similarity partitioning problem and its application in the transcriptome reconstruction and quantification problem. International Journal of Innovative Computing and Applications (Print) , v. 7, p. 147, 2016.

• Adi, Said S. ; Ferreira, Carlos E. . Syntenic global alignment and its application to the gene prediction problem. JOURNAL OF THE BRAZILIAN COMPUTER SOCIETY (IMPRESSO) , v. 19, p. 511-521, 2013.

• ADI, S. S. ; Moreira, Leandro M ; Almeida, Nalvo F ; Potnis, Neha ; Digiampietri, Luciano A ; Bortolossi, Julio C ; da Silva, Ana C ; da Silva, Aline M ; de Moraes, Fabricio E ; de Oliveira, Julio C ; de Souza, Robson F ; Fancincani, Agda P ; Ferraz, Andre L ; Ferro, Maria I ; Furlan, Luiz R ; Gimenez, Daniele F ; Jones, Jeffrey B ; Kitajima, Elliot W ; Laia, Marcelo L ; Leite, Rui P ; et.al . Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC Genomics , v. 11, p. 238, 2010.

• Guedes JR, D. S. ; Araujo, F. R. ; Almeida, N. F. ; ADI, S. S. ; Montera, L. ; Fragoso, S. P. ; Ramos, C. A. do N. ; Oliveira, R. H. M. ; Santos, Caroline S. ; Bacanelli, G. ; Soares, C. O. ; Rosinha, G. M. S. ; Fonseca, A. H. . Analysis of membrane protein genes in a Brazilian isolate of Anaplasma marginale. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso) , v. 105, p. 843-849, 2010.

• Adi, Said S. ; Braga, Marília D.V. ; Fernandes, Cristina G. ; Ferreira, Carlos E. ; Martinez, Fábio Viduani ; Sagot, Marie-France ; Stefanes, Marco A. ; Tjandraatmadja, Christian ; Wakabayashi, Yoshiko . Repetition-free longest common subsequence. Discrete Applied Mathematics , v. 158, p. 1315-1324, 2010.

• ADI, S. S. ; Ferreira, C. E. . Gene prediction by multiple syntenic alignment. Journal of Integrative Bioinformatics , v. 2, p. 19-28, 2005.

• Martinez, F. H. V. ; Montera, L. ; Gonda, L. ; ADI, S. S. . Lógica. In: Edson Takashi Matsubara'Ricardo Ribeiro dos Santos. (Org.). Interciências: despertando talentos em computação. 1ed.Campo Grande: Editora UFMS, 2014, v. , p. 15-21.

• Montera, L. ; Nicoletti, M. C. ; ADI, S. S. ; Walter, M. E. M. T. . Customized Simulated Annealing Algorithm Suitable for Primer Design in Polymerase Chain Reaction Process. In: Rui Chibante. (Org.). Simulated Annealing, Theory with Applications. Rijeka: Sciyo, 2010, v. , p. 137-159.

• Rocha, L. B. ; Araújo, Elói ; ADI, S. S. . Heuristics for the de Bruijn Graph Sequence Mapping Problem. In: International Conference on Computational Science and Its Applications - ICCSA, 2023, Atenas. Computational Science and Its Applications ? ICCSA 2023, 2023. v. 13956. p. 152-169.

• Lima, L. ; Sadique Adi, S. . The Chain Alignment Problem. In: International Conference on Computational Science, 2019, Faro - Portugal. Computational Science ? ICCS 2019, 2019. v. 11538. p. 17-30.

• ROCHA, LUCAS B. ; Sadique Adi, Said ; Stefanes, Marco A. ; ARAUJO, ELOI . Heuristics for the Specific Substring Problem with Hamming Distance. In: 2019 IEEE 19th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), 2019, Athens. 2019 IEEE 19th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), 2019. p. 250.

• Zaccaron, A. Z. ; ADI, S. S. ; Higa, C. H. A. ; Araújo, Elói ; Bluhm B. H. . The Maximum Similarity Partitioning Problem and its Application in the Transcriptome Reconstruction and Quantification Problem. In: The 15th International Conference on Computational Science and Its Applications (ICCSA 2015), 2015, Banff. Computational Science and Its Applications -- ICCSA 2015, 2015. v. 9155. p. 257-266.

• Mazaro, R. B. ; Lima, L. I. S. ; ADI, S. S. . A 3-Approximation Algorithm for the Multiple Spliced Alignment Problem and Its Application to the Gene Prediction Task. In: 21st International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE'14), 2014, Ouro Preto. String Processing and Information Retrieval, 2014. p. 129-138.

• Kishi, R. M. ; Santos, R. F. ; ADI, S. S. . Gene Predicition by Multiple Spliced Alignment. In: 6th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), 2011, Brasília. Lecture Notes in Bioinformatics. Berlin - Heidelberg: Springer, 2011. v. 6832. p. 26-33.

• Santos, R. F. ; Kishi, R. M. ; ADI, S. S. . Paired Segments Alignment and its Application to the Gene Prediction Task. In: 6th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB - 2011), 2011, Brasília. Proceedings of the 6th Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2011.

• ADI, S. S. ; Ferreira, C. E. . Alinhamento de Seqüências e o Problema da Identificação de Genes. In: XXVI Congresso da SBC (Workshop de Biologia Computacional), 2006, Campo Grande. Anais do XXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2006. p. 16-25.

• ADI, S. S. ; Ferreira, C. E. . Uma Avaliação de Ferramentas para Predição de Genes. In: XXII Congresso da SBC (Jornada Acadêmica de Atualização em Informática), 2002, Florianópolis. Anais do XXII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2002. v. 3. p. 133-143.

• ADI, S. S. ; Ferreira, C. E. . Ferramentas de Auxílio ao Seqüenciamento de DNA por Montagem de Fragmentos: um estudo comparativo. In: IV Oficina Nacional de Problemas de Corte e Empacotamento, 2000, São José dos Campos. Anais do IV Congresso Nacional de Problemas de Corte e Empacotamento, 2000. p. 77-97.

• CASTRO JR., AMAURY A. DE ; LIMA, ANDERSON C. DE ; ARANDA, ANNY B. C. S. ; SILVA, BRUNO P. W. DA ; SANTOS, FERNANDA DAS N. M. ; GHINOZZI, GLAUDER G. ; ARAÚJO, GRAZIELA S. DE ; FALCÃO, GABRIEL P. ; CHECCHIA, JENNIFFER O. ; PAULA, LEONARDO V. DE ; WINK, NATHANAEL M. ; ROCHA, MARCOS GABRIEL DA S. ; SANTOS, MARIA PAULA DO N. ; Adi, Said S. ; RODRIGUES, VICTOR LUIZ M. S. . Oficinas de Micro:bit com Foco no Ensino Técnico e no Ensino de Programação. In: Simpósio Brasileiro de Computação na Educação Básica, 2025, Brasil. Anais do II Simpósio Brasileiro de Computação na Educação Básica (SBC-EB 2025). Porto Alegre: SBC, 2025. p. 123-126.

• Rocha, L. B. ; Araújo, Elói ; ADI, S. S. . Specific Substring Problem: an application in bioinformatics. In: 11th Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2018, Niterói-RJ. Proceedings of the 11th Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2018. p. 34-39.

• Lima, L. I. S. ; ADI, S. S. . Gene Prediction by Segment Alignment. In: 7ht Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2012, Campo Grande - MS. Digital Proceedings of the VII Brazilian Symposium in Bioimformatics, 2012. p. 96-101.

• Kishi, R. M. ; Santos, R. F. ; Montera, L. ; ADI, S. S. . A Similarity-based Genetic Algorithm for the Gene Prediction Problem. In: VII Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2012, Campo Grande - MS. Digital Proceedings of the VII Brazilian Symposium in Bioimformatics, 2012. p. 84-89.

• ADI, S. S. ; Braga, M. D. V. ; Fernandes, C. G. ; Ferreira, C. E. ; Martinez, F. H. V. ; Sagot, M.-F. ; Stefanes, M. A. ; Tjandraatmadja, C. ; Wakabayashi, Y. . Repetition-free Longest Common Subsequence. In: IV Latin American Algorithms, Graphs, and Optimization Symposium, 2008, Puerto Varas. Electronic Notes in Discrete Mathematics, 2008. v. 30. p. 243-248.

• Lima, A. C. ; Almeida, N. F. ; Viana, C. J. M. ; ADI, S. S. ; Nakazaki, M. Y. ; Tamura, A. A. ; Hiratsuka, L. Y. ; Brazil, L. P. . Mapping Contigs onto Reference Genomes. In: VI Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2007, Angra dos Reis. Lecture Notes in Computer Science. Berlim: Springer-Verlag, 2007. v. 4643. p. 153-157.

• Almeida, N. F. ; Nakazaki, M. Y. ; Tamura, A. A. ; Hiratsuka, L. Y. ; Lima, A. C. ; ADI, S. S. ; Viana, C. J. M. ; Brazil, L. P. . EGGview: Visualization of EGG Comparative Data Using GBrowse. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2007, Angra dos Reis. BSB2007 Poster Proceedings. Porto Alegra, 2007. p. 24-27.

• ADI, S. S. ; Ferreira, C. E. . Gene Prediction by Syntenic Alignment. In: XXV Congresso da SBC (IV Brazilian Simposium on Bioinformatics), 2005, São Leopoldo. Lecture Notes in Computer Science. Berlin Heidelberg: Springer-Verlag, 2005. v. 3594. p. 246-250.

• ADI, S. S. ; Ferreira, C. E. . An Experimental Evaluation of Similarity-Based Gene Prediction Tools. In: 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Proceedings of the 2nd ICOBICOBI, 2004.

• ADI, S. S. ; Ferreira, C. E. . Gene Prediction by Spliced Alignment. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Proceedings of the 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003.

• ADI, S. S. ; Ferreira, C. E. . DNA Fragments Assembly Programs: a comparative study. In: Brazilian Summer School on Combinatorics and Algorithms (GRACO), 2001, Fortaleza. Electronic Notes in Discrete Mathematics, 2001. v. 7.

• ADI, S. S. ; Zorzatto, J. R. . Apicação do Método Bootstrap para Obtenção de Intervalos de Confiança em Métodos Clássicos de Amostragem. In: VI Encontro de Iniciação Científica, 1997, Goiânia. Anais do VI Encontro de Iniciação Científica, 1997. p. 26-26.

• Araujo, F. R. ; Soares, C. O. ; Rosinha, G. M. S. ; Elisei, C. ; Madruga, C. R. ; Fragoso, S. P. ; Torres, F. A. G. ; Brigido, M. M. ; Walter, M. E. M. T. ; Felipe, M. S. S. ; Almeida, N. F. ; ADI, S. S. ; Soares, C. M. A. ; Maristela, P. ; Filho, S. A. ; Ramos, C. A. do N. ; Farias, T. A. ; Souza, I. I. F. ; Prado, R. de Q. . Genômica e Proteômica de Anaplasma marginale: contribuições para o Controle da Riquétsia 2006 (Documentos - Embrapa).

• ADI, S. S. ; Ferreira, C. E. . A Gene prediction algorithm using the spliced alignment problem 2003 (Relatório Técnico).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2020 - 2024

  Alinhamento de Sequências em Grafos de Sequência, Descrição: Uma alternativa ao mapeamento de sequências em um genoma/transcriptoma de referência consiste no seu mapeamento em grafos especiais denominados grafos de sequência. Nesses grafos, os vértices representam sequências (de DNA ou RNA) e as arestas sobreposição entre elas. A principal motivação para o uso desses grafos como alternativa de comparação está no fato de que eles podem ser facilmente construídos a partir de um conjunto de sequências e também no fato de que eles podem incluir informações diversas a respeito das sequências sobre as quais foram construídos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Said Sadique Adi - Coordenador / Luciana Montera Cheung - Integrante / Graziela Santos de Araújo - Integrante / Francisco Elói Soares de Araújo - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Lucas Barbosa da Rocha - Integrante., Número de produções C, T & A: 2

• 2016 - 2023

  Programação Linear Inteira Aplicada a Problemas de Biologia Computacional, Descrição: Este projeto aborda problemas de biologia computacional, em especial a classe de problemas chamada problemas de seleção de strings. Nessa classe de problemas procura-se por uma string com alguma propriedade especial para um grupo de uma ou mais sequências genômicas. Em particular, considera-se o problema de encontrar uma string que seja similar a um dado grupo de sequências, mas, por outro lado, seja diferente o suficiente de um segundo grupo. Uma das aplicações ocorre em testes de diagnóstico de contaminação por bactérias. Para desenvolver testes rápidos e eficazes, por exemplo, através de PCR em tempo real, é necessária a existência de uma string que esteja presente na sequência do genoma dabactéria e que se distingua com grande certeza do genoma do hospedeiro e de outras bactérias. Recentemente, ocorreram as primeiras tentativas de resolver alguns problemas correlatos através de técnicas de Otimização Combinatória, em especial Programação Linear Inteira. O objetivo deste projeto é avaliar o uso de tais técnicas para resolver alguns problemas de seleção de strings e outros problemas NP-difíceis de biologia computacional, como o problema da filogenia. Uma forma muito comum de acelerar a convergência dos algoritmos de Programação Linear Inteira e de encontrar soluções sub-ótimas no decorrer da solução do problema é o uso de heurísticas, que também serão propostas e avaliadas neste projeto.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Edna Ayako Hoshino - Coordenador / Graziela Santos de Araújo - Integrante / Vagner Pedrotti - Integrante / Jean Patrick Tremeschin Torres - Integrante.

• 2015 - 2018

  Análise bioinformática do transcritoma de Panicum maximum em resposta ao déficit hídrico, Descrição: Este projeto se ocupará da análise bioinformática do sequenciamento por RNAseq do transcritoma de Panicum maximum. Especificamente, as análises serão realizadas de forma a se concentrar na procura de genes e marcadores moleculares relacionados a tolerância ao défcit hídrico em Panicum maximum. A atividade justifica-se pelo uso de computadores na interpretação dos resultados de sequenciamento em larga escala. Os resultados esperados abrangem resultados práticos a curto e longo prazo, pois além de obter resultados diretos dos dados de sequenciamento, o que irá fomentar o programa de melhoramento genético de P. maximum da CNPGC-EMBRAPA capacitará recursos humanos para projetos futuros na área da bioinformática. Os resultados serão difundidos por meio de resumos em congressos e eventos científicos; boletins de pesquisa e documentos da EMBRAPA; palestras em eventos científicos e universidades; e publicações em revistas técnico-científicas. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Marco Aurélio Stefanes - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante / Lucimara Chiari - Integrante / Liana Jank - Integrante / Francisco Elói Soares de Araújo - Integrante / Leonardo Rippel Salgado - Coordenador / Camilo Carromeu - Integrante / Rodrigo Matheus Pereira - Integrante / Guilherme Toledo e SIlva - Integrante / Mariane de Mendonça Vilela - Integrante / Anna Beatriz Robottom Ferreira - Integrante.

• 2015 - 2018

  Técnicas computacionais para rastreamento de focos de Tuberculose Bovina, Descrição: A proposta tem como objetivo principal o desenvolvimento de uma plataforma de rastreamento de Tuberculose Bovina na América do Sul, provendo informações atualizadas acerca da evolução da doença.A doença é causada pela bactéria Mycobacterium bovis, pertencente ao grupo conhecido como Complexo Mycobacterium Tuberculosis.A abordagem utilizada será baseada no sequenciamento e análise comparativa dos genomas de isolados Mycobacterium bovis da América do Sul, considerando o baixo custo de sequenciamento, além do uso de técnicas de filogenia de espécies, já aplicadas em projetos anteriores e da aplicação de métodos de aprendizado de máquina e reconhecimento de padrões a serem desenvolvidos para aperfeiçoar as técnicas de filogenia existentes.Um banco de dados com informações de todos os isolados sequenciados de espécies de CMT que sejam importantes no contexto da evolução da Tuberculose Bovina será construído, assim como ferramentas on-line de atualização do banco, para que genomas de novos isolados sequenciados sejam incluídos nas análises. Um portal, assim como um aplicativo para dispositivos móveis (iOS e Android) contendo todas essas análises será disponibilizada via web para que a comunidade científica possa obter as informações acerca da evolução da doença, tanto em termos geográficos, quanto em termos das especificidades das cepas identificadas.Pretende-se, com essa plataforma, o desenvolvimento de metodologia de diagnóstico avançado da tuberculose, levando em consideração a variabilidade genética dos isolados de Mycobacerium bovis existentes América do Sul, avaliada por sequenciamento genômico.O ferramental desenvolvido terá impacto direto na aceleração dos programas de controle e erradicação da tuberculose bovina, possibilitando um incremento na certificação de propriedades livres de tuberculose. Isso trará vantagens competitivas nos mercados internos dos países envolvidos, por meio da agregação de valor aos produtos destas propriedades; e nos mercados externos, sobretudo naqueles que já impõem restrições específicas, como a União Aduaneira. A aceleração do controle e erradicação da tuberculose também trará incrementos de até 20 na produtividade dos rebanhos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Maria Emilia Machado Telles Walter - Integrante / Débora Maria Barroso Paiva - Integrante / Marcelo Henriques de Carvalho - Coordenador / Flábio Ribeiro de Araújo - Integrante / Joao Carlos Setubal - Integrante / Luciana Montera Cheung - Integrante / Almeida, Nalvo F - Integrante / Graziela Santos de Araújo - Integrante / Camilo Carromeu - Integrante / Guilherme Pimentel Telles - Integrante / Cláudio Leonardo Luchesi - Integrante / Willian Paraguassu Amorim - Integrante / Maria Istela Cagnim Machado - Integrante / Rogério Guths - Integrante / Uppaluri Siva Ramachandra Murty - Integrante / Chistiane Nishibe - Integrante / Phelipe Araújo Fabres - Integrante.

• 2014 - 2020

  Bioinformática, Genômica, e Associados (BIGA), Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Joao Carlos Setubal em 10/09/2014., Descrição: O objetivo deste projeto é realizar avanços no estado da arte em biologia computacional1 por meio de trabalho interdisciplinar em projetos biológicos motivadores. Esses projetos têm em comum entre si necessidades sofisticadas de bioinformática; além disso, vários dos temas importantes da biologia computacional aparecem de forma recorrente em muitos desses projetos, permitindo assim uma sinergia na análise dos dados e no desenvolvimento de novas ferramentas. A área científica geral que permeia os projetos motivadores é a área de Ciências Genômicas. Usamos este termo para designar todas as investigações biológicas que dependem direta ou indiretamente do conhecimento do genoma dos organismos de interesse. Recaem portanto nesta definição várias das técnicas conhecidas como ômicas , tais como a genômica, a transcritômica e a proteômica. O advento das tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS) barateou extraordinariamente os custos de sequenciamento, tanto para DNA quanto RNA. Isso abriu novos horizontes de pesquisa em variadas áreas, mas ao mesmo tempo trouxe demandas novas e intensas de processamento computacional, exigindo a adaptação de antigas técnicas e a formulação de novas. É neste contexto que se insere este projeto. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante / Setubal, Joao C - Coordenador / Jesus Ferro - Integrante / Leandro Moreira - Integrante.

• 2014 - 2020

  Rede Centro-Oeste de Formação e Pesquisa em Biologia Computacional, Descrição: As ações previstas nessa proposta contemplam desenvolvimento técnico-científico e formação de recursos humanos segundo diretrizes do Edital 51/2013 CAPES em Biologia Computacional. As ações se enquadram em três categorias principais: (i) integração de grandes áreas; (ii) formação de recursos humanos; e (iii) atividades de extensão.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (6) . , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Marcelo de Macedo Brígido - Integrante / Luciana Montera Cheung - Integrante / Werner Treptow - Coordenador.

• 2014 - 2017

  Uma Nova Ferramenta para Reconstrução e Quantificação de Transcritoma e sua Aplicação na Detecção de Genes Diferencialmente Expressos, Descrição: O Problema da Reconstrução e Quantificação de Transcritoma consiste em, dado um conjunto de reads sequenciados, constituintes dos RNAs expressos em uma célula em um dado momento, determinar quais transcritos são esses e estimar a quantidade de cada um deles. Esse problema constitui em um problema relativamente novo da área de Bioinformática, com várias aplicações práticas, como a determinação de genes diferencialmente expressos sob determinadas condições externas. Apesar do número considerável de ferramentas de reconstrução e quantificação de transcritoma disponíveis, nenhuma delas pode ser utilizada de forma ampla, para qualquer tipo de organimso e sob quaisquer condições. Nesse sentido, propomos neste projeto o desenvolvimento de uma nova ferramenta de reconstrução e quantificação de transcritoma e seu uso na detecção de genes diferencialmente expressos em uma Panicum maximum Jacq., uma forrageira de grande interesse para o estado, relacionados à resistência ao fungo Bipolaris maydis (Nisik.) Shoemaker.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Said Sadique Adi - Coordenador / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante / Luciana Montera Cheung - Integrante / Stefanes, Marco A. - Integrante / Edna Ayako Hoshino - Integrante / Lucimara Chiari - Integrante / Francisco Elói Soares de Araújo - Integrante / Luiz Carlos da Silva Rozante - Integrante / Regina Beretta Mazaro - Integrante / Vagner Pedrotti - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Leonardo Rippel Salgado - Integrante / Alex Zanella Zaccaron - Integrante.

• 2013 - 2016

  Agentes autônomos inteligentes para ambientes de larga escala, Descrição: Aplicações científicas atuais têm produzido volumes de dados cada vez maiores. O processamento, a manipulação e a análise desses dados requerem infraestruturas computacionais de larga escala tais como aglomerados e grades de computadores. Nesse contexto, várias pesquisas visam o aumento de desempenho dessas aplicações por meio da otimização de seus acessos aos dados. Para alcançar tal objetivo, pesquisadores, geralmente, utilizam técnicas de replicação, migração, distribuição e paralelismo. No entanto, uma das principais lacunas dessas pesquisas está na falta de emprego de conhecimento sobre aplicações com objetivo de realizar otimizações de acesso. Essa lacuna motivou este projeto de pesquisa que visa empregar agentes autônomos inteligentes a fim de otimizar operações de leitura e escrita. Novas abordagens de acesso serão propostas e sua aplicabilidade depende dos requisitos e da quantidade de informações disponíveis. Essas abordagens serão, inicialmente, implementadas e avaliadas utilizando o simulador OptorSim, vinculado ao projeto LHC/CERN. Experimentos serão conduzidos a fim de comparar as abordagens, por meio da métrica tempo de resposta de aplicações que manipulam grandes volumes de dados. Após a avaliação/validação dessas abordagens, elas deverão ser implementadas em um sistema real. Os resultados obtidos devem ser comparados às simulações previamente conduzidas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Marco Aurélio Stefanes - Integrante / Renato Porfírio Ishii - Coordenador / Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / Rodrigo Fernandes de Mello - Integrante., Financiador(es): Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.

• 2011 - 2014

  Prospecção de sequencias diferencialmente expressas em Panicum maximum Jacq. relacionadas à resistência à infecção pelo fungo Bipolaris maydis (Nisik.) Shoemaker, Descrição: Relatos recentes de pecuaristas apontam uma crescente incidência do fungo B. maydis em Panicum maximum, uma importante gramínea forrageira tropical. O uso de cultivares resistentes é o processo mais eficaz no controle de pragas e doenças de plantas. Em função disso, a avaliação de genótipos de P. maximum quanto à resistência a esse fungo constitui-se num dos principais objetivos atuais dos programas de melhoramento. A possibilidade de melhorar a eficiência da seleção de materiais resistentes abre novos caminhos de pesquisa no campo da biotecnologia. Investigar quais são os genes diferencialmente expressos pela planta forrageira P. maximum em resposta ao ataque por B. maydis poderá trazer grande avanço e rapidez nesta área do conhecimento, contribuindo para a dinamização do processo de seleção e melhoramento tradicional e, portanto, para o desenvolvimento de novas cultivares resistentes ao fungo. Para tanto, uma biblioteca de cDNAs diferencialmente expressos será construída, clonada e sequenciada. Após análise das sequencias obtidas, aquelas mais promissoras serão avaliadas quanto ao padrão de expressão gênica, utilizando a técnica de PCR em tempo real a fim de confirmar se induzidas pela infecção pelo fungo. Essas sequencias, genes potenciais relacionados à resistência ao patôgeno, poderão ser utilizadas na seleção assistida visando à seleção direta (no genoma), precoce e precisa de genótipos resistentes ao B. maydis.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Renato Henrique Marçal de Oliveira - Integrante / Lucimara Chiari - Coordenador / Liana Jank - Integrante / Felipe Rodrigues da Silva - Integrante / Celso Dornelas Fernandes - Integrante / Hugo Bruno Correa Molinari - Integrante / Letícia Jungmann Cançado - Integrante / Karem Guimarães Xavier Meireles - Integrante / Cacilda Borges do Valle - Integrante / Rosangela Maria Simeão - Integrante / Elvia Silvia Rizzi - Integrante / Gisele Olivas Leguizamon - Integrante / Margareth Vieira Batista - Integrante., Financiador(es): Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.

• 2009 - 2011

  Detecção de Mycobacterium spp. em lesões sugestivas de tuberculose em bovinos por PCR em tempo real, Descrição: A tuberculose bovina é uma enfermidade infecciosa, causada por Mycobacterium bovis, responsável por perdas econômicas e problema de saúde pública. Com a globalização da economia, crescem as exigências sanitárias dos mercados internacionais e diversos países já adotam a obrigatoriedade da identificação etiológica de lesões sugestivas de tuberculose em abatedouros. Tal procedimento certamente fará parte das exigências sobre o mercado brasileiro, de forma que os órgãos de pesquisa devem disponibilizar tecnologias que amparem o PNCEBT. Desta forma, este projeto tem como objetivo padronizar PCR em tempo real (RT-PCR), adaptada diretamente a amostras biológicas de bovinos, para detecção de micobactérias dos complexos M. tuberculosis, M. avium e outras micobactérias não tuberculosas de interesse médico-veterinário. Para tanto, serão desenhados oligonucleotídeos iniciadores e sondas de DNA específicos baseados na região espaçadora 16S-23S rDNA ou do gene rpoB. Serão testadas amostras de DNA de cepas padrão de diversas espécies de Mycobacterium e de bactérias causadoras de linfadenopatia, bem como será feita extração de DNA diretamente de amostras biológicas de bovinos, as quais serão testadas na RT-PCR. A validação do teste será feita na Agência de Vigilância Sanitária de Mato Grosso do Sul, sob a supervisão do MAPA. O principal benefício esperado com este projeto é o aumento da precisão do diagnóstico da tuberculose bovina, por meio de teste rápido, aplicado a amostras biológicas de bovinos com lesões sugestivas da doença. Este teste pode ser adaptado para laboratórios de vigilância sanitária regionais, permitindo verificar se há envolvimento de micobactérias dos complexos M. tuberculosis ou M. avium.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante / Cleber Oliveira Soares - Integrante / Flábio Ribeiro de Araújo - Coordenador / Carina Elisei de Oliveira - Integrante / Stênio Perdigão Fragoso - Integrante / Lenita Ramires dos Santos - Integrante / Euripedes Batista Guimarães - Integrante / Renato Henrique Marçal de Oliveira - Integrante / Klaudia dos Santos Gonçalves Jorge - Integrante / Pedro Moacyr Pinto Coelho Mota - Integrante / José Diomedes Barbosa Neto - Integrante / Valiria Duarte Cerqueira - Integrante / Grácia Maria Soares Rosinha - Integrante / Thaís de Andrade Farias - Integrante / Carlos Alberto do Nascimento Ramos - Integrante / Hera Luana Luiz - Integrante / Júlio Antônio da Costa Garcia - Integrante / Ana Luiza Aalves Rosa Osório - Integrante / Letícia Almeida Retumba Carneiro Monteiro - Integrante / Gelson Luis Dias Feijo - Integrante / Rinaldo Aparecido Mota - Integrante / Aiesca Oliveira Pellegrin - Integrante., Financiador(es): Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.

• 2009 - 2011

  Bioinformática de Transcritoma, Descrição: O conjunto de todos os distintos RNAs mensageiros de uma célula é chamado de transcritoma. Graças a novos equipamentos de sequenciamento (454-Roche, Solexa, SOLiD) é possível formular projetos de sequenciamento de transcritomas de muito maior escala do que até agora tentado. Isto, porém, exige apoio computacional, ou mais propriamente bioinformático, mais sofisticado do que o existente atualmente. Este é o problema geral abordado neste projeto. O projeto propõe a criação de uma infra-estrutura de bioinformática e o desenvolvimento de novas ferramentas computacionais para análise de sequências transcritas provindas de humanos e de bactéria. O projeto se justifica devido ao enorme volume de dados que será gerado e à falta de ambientes e ferramentas computacionais adequados que possibilitem a extração eficiente de informações úteis para facilitar, em última análise, o tratamento ou cura das doenças que são foco deste projeto. Apesar deste foco, pretendemos criar ferramentas computacionais inovadoras, que deverão ser úteis a qualquer projeto que envolva sequências de transcritos em grande escala.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / Maria Emilia Machado Telles Walter - Integrante / Cleber Oliveira Soares - Integrante / Liana Dessandre Duenha Garanhani - Integrante / Flábio Ribeiro de Araújo - Integrante / Grácia Maria Soares Rosinha - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Luciana Montera Cheung - Integrante / Hercules da Costa Sandim - Integrante., Financiador(es): Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.

• 2008 - 2012

  BIOFOCOIII (MCT/FINEP Ação Transvesal- Rede Genoprot - 07/2007), Descrição: O objetivo principal desse projeto é desenvolver softwares para análises genômicas, que serão executados em ambiente cooperativo e distribuído na região Centro-Oeste. Isso permite melhor distribuição, compartilhamento e alocação de recursos computacionais, o que maximiza o potencial computacional das instituições integrantes do sistema (Campo Grande, Goiânia e Brasilia) Particularmente, três áreas da Bioinformática são abordadas: genômica comparativa, identificação de RNAs não-codificantes e redes metabólicas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Said Sadique Adi - Coordenador / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante / Maria Emilia Machado Telles Walter - Integrante / Édson Norberto Cáceres - Integrante / Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / Alba Cristina Magalhães Alves de Melo - Integrante / Claus Akira Horodynski Matsushigue - Integrante / Célia Ghedini Ralha - Integrante / Célia Maria de Almeida Soares - Integrante / Daniele da Silva Baratela Martins Neto - Integrante / Edward de Oliveira Robeiro - Integrante / Fábio Moreira Costa - Integrante / Georgios Joannis Pappas Junior - Integrante / Henrique Mongelli - Integrante / Jan Mendonça Correia - Integrante / Marcelo de Macedo Brígido - Integrante / Maria José Albuquerque de Carvalho - Integrante / Maristela Pereira - Integrante / Natália Florêncio Martins - Integrante., Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 4

• 2008 - 2011

  Diagnóstico molecular rápido de Mycobacterium spp. em lesões sugestivas de tuberculose em bovinos, Descrição: A tuberculose bovina é uma importante enfermidade infecciosa, causada pela bactéria Mycobacterium bovis, responsável por consideráveis perdas econômicas, além de constituir problema de saúde pública. Com a globalização da economia, as barreiras à comercialização de produtos de origem animal, antes alfandegárias, são hoje de natureza sanitária. A cada dia crescem as exigências dos mercados internacionais. No contexto da tuberculose bovina, diversos países já adotam hoje a obrigatoriedade da identificação etiológica de lesões sugestivas da enfermidade detectadas em abatedouros. Tal procedimento certamente fará parte das exigências sobre o importante mercado brasileiro, de forma que os órgãos de pesquisa devem estar atentos a disponibilizar tecnologias que amparem o PNCEBT. Desta forma, este projeto tem como objetivo padronizar uma técnica de baseado em PCR em tempo real, adaptada diretamente a amostras biológicas de bovinos, para detecção de micobactérias dos complexos M. tuberculosis, M. avium e outras micobactérias não tuberculosas de interesse médico-veterinário. Para tanto, serão desenhados oligonucleotídeos iniciadores e sondas de DNA específicos baseados na região espaçadora 16S-23S rDNA ou do gene rpoB. Serão testadas amostras de DNA de cepas padrão de diversas espécies de Mycobacterium e de bactérias causadoras de linfadenopatia, bem como será feita extração de DNA diretamente de amostras biológicas de bovinos, as quais serão testadas na PCR em tempo real. A validação do teste será feita na Agência Estadual de Vigilância Sanitária de Mato Grosso do Sul, sob a supervisão do MAPA. O principal benefício esperado com este projeto é o aumento da precisão do diagnóstico da tuberculose bovina, por meio de teste molecular rápido, aplicado a amostras biológicas de bovinos com lesões sugestivas da doença. Este teste pode ser adaptado para laboratórios de vigilância sanitária regionais, permitindo verificar se há envolvimento de micobactérias dos complexos M. tuberculos. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) . , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante / Flábio Ribeiro de Araújo - Coordenador / Carina Elisei de Oliveira - Integrante / Stênio Perdigão Fragoso - Integrante / Lenita Ramires dos Santos - Integrante / Euripedes Batista Guimarães - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2008 - 2010

  Técnicas de Otimização para Problemas Combinatórios (Edital Universal - MCT/CNPq - Nº 15/2007), Descrição: Otimização Combinatória é a área da matemática que estuda métodos para encontrar pontos ótimos (máximo ou mínimo) de uma função definida sobre um certo domínio. Nos problemas desta área o domínio é finito, e os pontos podem ser enumerados. Entretanto, o número de pontos do domínio pode ser muito grande, inviabilizando uma abordagem que enumerasse todas as possibilidades. Diversos problemas práticos podem ser modelados como problemas de Otimização Combinatória. Tais aplicações práticas motivam o estudo de abordagens exatas e aproximadas para sua resolução, objeto principal de estudo neste projeto. Os problemas que estudaremos provêm de diversas áreas como Biologia Computacional, Escalonamento de Tarefas, Empacotamento, entre outros. A equipe do projeto consiste de 14 pesquisadores que já interagem há algum tempo dos quais 5 são pesquisadores de instituições emergentes, que fizeram seus doutoramentos orientados por pesquisadores do IME-USP, instituição principal deste projeto. As instituições envolvidas são a USP (através do IME e da Escola Politécnica), UFRJ, UECE, UFPE e UFMS. Os objetivos deste projeto são o fortalecimento da colaboração existente entre os grupos de pesquisa envolvidos e a ampliação do apoio aos doutores egressos da instituição, a fim de que possam continuar a desenvolver pesquisa de qualidade na área. Durante o projeto pretendemos realizar oficinas semestrais de pesquisa, que visam a expor os alunos envolvidos a um ambiente de pesquisa prolífero. Tais oficinas contarão com a participação de pesquisadores do país e do exterior que apresentarão palestras de seus trabalhos. Além disso, haverá também seções de problemas em aberto com a participação ativa dos estudantes. Ampliar esta interação é um dos principais objetivos deste projeto.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (22) / Doutorado: (6) . , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Marco Aurélio Stefanes - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / José Coelho de Pina Júnior - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Márcia Rosana Cerioli - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Liliane Salgado - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Glauber Ferreira Cintra - Integrante / Maya Jacobine Stein - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2008 - 2010

  Algoritmos para Análise Pós-genômica, Descrição: Dentre os objetivos de um projeto genoma está a determinação das funções de cada um dos genes do organismo de interesse. Isso permite um melhor conhecimento dos mecanismos celulares responsáveis pelo desenvolvimento desse organismo. O conhecimento pode então ser usado no controle de pragas, prevenção de doenças, tratamento de endemias, etc. Uma forma de se determinar as funções dos genes de um organismo é por meio da análise dos produtos derivados dessas regiões funcionais: proteínas, no caso de genes codificadores, e RNAs, no caso de genes não codificadores. Nesse último caso, analisa-se a seqüência dos RNAs pertencentes ao transcriptoma do organismo. Essa análise tem por objetivo identificar os {\RNA}s não-mensageiros e definir o tipo desse RNA. O problema da análise de proteínas consiste na análise das redes metabólicas de um organismo na busca por informações úteis sobre o papel desempenhado pelas suas proteínas. Apesar de haver um número considerável de ferramentas de identificação de genes não-codificadores dentro do genoma, poucos são os trabalhos que tratam da identificação de RNAs não-codificadores dentro do transcriptoma. Sobre o problema da análise de redes metabólicas, considerando que os dados relativos a essas redes constituem informações relativamente novas, não são muitos os trabalhos que tratam da análise dessas estruturas. Essas considerações e a relevância associada à tarefa de determinação das funções dos genes justificam pesquisas adicionais nesses campos, com o desenvolvimento de formulações mais adequadas, novas metodologias e programas para análise de RNAs e de redes metabólicas. .. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante / Carlos Juliano Moura Viana - Integrante / Maria Emilia Machado Telles Walter - Integrante / André Chastel Lima - Integrante / Fábio Henrique Viduani Martinez - Coordenador / Paulo Vieira Milreu - Integrante / Wandner Valdivino Meirelles - Integrante., Financiador(es): Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.

• 2008 - 2010

  Caracterização de polimorfismos do gene prnp em ovinos e sua associação à susceptibilidade/resistência a Scrapie, Descrição: A Scrapie é uma doença que acomete ovinos e faz parte do grupo de patologias neurodegenerativas consideradas fatais, causadas pela proteína infecciosa prion (PrPsc), que possui conformação alterada devido a prováveis mutações no gene prnp. Estas mutações, em ovinos, modificam a tradução dos códons 136, 154 e 171 do gene prnp, as quais provavelmente estejam envolvidas na susceptibilidade ou resistência à scrapie. O estudo da variabilidade genética possibilita o conhecimento da freqüência dos alelos envolvidos no desenvolvimento da doença. Assim, o objetivo deste trabalho será mapear a variabilidade de nucleotídeos de regiões específicas do gene prnp em ovinos da raça Hampshire Down, Santa Inês e Suffolk. Será realizada a extração de DNA genômico de sangue dos animais selecionados, para a amplificação das regiões alvo do gene prnp através de PCR, utilizando-se primers específicos. Estas seqüências gênicas serão clonadas em plasmídeos, selecionadas e seqüenciadas. Análises in silico das sequencias obtidas serão realizadas, como Blast e alinhamento múltiplo. Os resultados obtidos neste trabalho contribuirão para identificar raças presentes no Estado e no Brasil com maior predisposição genética a scrapie, bem como raças geneticamente resistentes, diminuindo a ocorrência da doença no Brasil e poderão contribuir para elaboração de estratégias de seleção assistida de raças economicamente importantes no Estado de Mato Grosso do Sul impedindo que a doença se torne uma barreira sanitária e comercial para o Estado.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante / Cleber Oliveira Soares - Integrante / Flábio Ribeiro de Araújo - Integrante / Carina Elisei de Oliveira - Integrante / Renata Cunha Madeira - Integrante / Stênio Perdigão Fragoso - Integrante / Vanessa Felipe de Souza - Integrante / Roberto Augusto de Almeida Torres Junior - Integrante / Maribel Elizabeth Funes Huacca - Integrante / Fernando Alvarenga Reis - Integrante / Euripedes Batista Guimarães - Integrante / Cristiane Camargo Sanches - Integrante / Cleber Eduardo Galvão Carvalho - Integrante / Grácia Maria Soares Rosinha - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.

• 2008 - 2010

  Caracterização molecular de isolados brasileiros de Babesia bovis e sua aplicação no aprimoramento de estratégias de controle, Descrição: A babesiose bovina é uma doença transmitida por carrapatos, causada principalmente pelos protozoários Babesia bovis e B. bigemina. Estes afetam bovinos nas regiões tropicais e subtropicais do mundo limitando severamente a produção de carne e leite. Novas ferramentas são necessárias para um controle mais eficiente desses parasitos, incluindo uma melhor vigilância e o desenvolvimento de vacinas mais eficientes. O principal objetivo desse trabalho é a caracterização molecular de diferentes isolados brasileiros de B. bovis, para detectar regiões conservadas em genes que codificam para antígenos potenciais candidatos para composição de vacinas. Para isso, os genes serão amplificados por PCR, clonados e seqüenciados. Os fragmentos gênicos conservados serão expressos em E. coli e as proteínas recombinantes testadas com relação à sua antigenicidade frente a soros de bovinos imunes a B. bovis. As informações geradas neste projeto serão utilizadas para o desenvolvimento de ferramentas biotecnológicas, especialmente vacinas de subunidade, que irão contribuir significativamente para um melhor controle desse patógeno.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Cleber Oliveira Soares - Integrante / Flábio Ribeiro de Araújo - Coordenador / Carina Elisei de Oliveira - Integrante / Stênio Perdigão Fragoso - Integrante / Leucio Camara Alves - Integrante / Daniel da Silva Guedes Junior - Integrante., Financiador(es): Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.

• 2007 - 2010

  Identificação de Genes: uma abordagem combinatória (Chamada FUNDECT Nº 04/2006 - UNIVERSAL), Descrição: Neste projeto, estamos interessados no problema da identificação de genes. Mais especificamente, estamos interessados no tratamento formal desse problema por meio dos conceitos e técnicas de uma sub-área da computação denominada Otimização Combinatória. A idéia aqui é propor algumas formalizações para o problema da Predição de Genes, desenvolver algoritmos com base nessas formalizações, implementá-los e, finalmente, comparar os resultados obtidos com aqueles gerados por ferramentas de predição pré-existentes.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Said Sadique Adi - Coordenador / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Guilhereme Pimentel Teles - Integrante., Número de produções C, T & A: 3

• 2007 - 2009

  Modelos e Algoritmos para Biologia Integrativa (Projeto STIC/AMSUD/CAPES), Descrição: Historicamente, a área de Biologia Computacional, ao menos sob o ponto de vista algorítmico, originou-se com a análise de seqüências. Durante vários anos, apenas seqüências isoladas eram analisadas. Com avanços dos projetos de seqüenciamento, genomas completos passaram então a serem analisados. De início, outros tópicos de interesse da área tratavam ou de questões relacionadas a seqüências (filogenia molecular, por exemplo) ou relacionadas com a análise de outros elementos biológicos elementares (tais como proteina ou RNA). Recentemente, o interesse em um entendimento mais profundo de como tais objetos biológicos elementares interagem entre si no contexto geral de um genoma, célula ou organismo levou ao desenvolvimento de toda uma nova área de investigação. O estudo de relações, apesar de não completamente novo, ganhou um grande destaque nos últimos anos. Tais relações dizem respeito a todos os elementos de uma célula ou organismo. Eles podem até mesmo envolver elementos extra-celulares, ou elementos que pertencem ao ambiente de um organismo, já que alguns deles pode ter influência direta no funcionamento de um sistema vivo. Investigar essas relações requer o estudo do que se chama Biologia Integrativa. Este é o objetivo geral deste projeto. Para alcançar este objetivo, o projeto se utilizará das experiências de pesquisadores de áreas diferentes e complementares (modelagem matemática e análise formal, análise de dados, algoritmos estocáticos e discretos, combinatória, e biologia evolucionária e computacional) pertencentes aos vários grupos envolvidos, alguns deles com longa história de colaborações (o coordenador francês é ex-aluno da Universidade de São Paulo) enquanto outras colaborações são mais recentes (entre UFMS e França) ou totalmente novas (entre Chile e Brasil, e Chile e França).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (5) . , Integrantes: Said Sadique Adi - Coordenador / Marco Aurélio Stefanes - Integrante / Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Institut National de Recherche En Informatique - Cooperação / Instituto de Matemática e Estatística - Cooperação / Universidade Adolfo Ibañez - Cooperação / Universidade Federal de Mato Grosso do Sul - Cooperação., Número de produções C, T & A: 1

• 2006 - 2008

  Identificação de Regiões Funcionais por Comparação de Genomas (Chamada Fundect Nº 02/2005 - UNIVERSAL), Descrição: O resultado imediato dos avanços das técnicas de clonagem, clivagem e determinação das bases de fragmentos de DNA é o atual número de organismos eucarióticos cujas moléculas encontram-se já seqüenciadas. Uma análise detalhada dessas seqüências em busca de informações úteis sobre elas constitui um dos objetivos principais dos projetos genomas em andamento. Dentre essas informações está a localização das diversas regiões funcionais constituintes de uma molécula de DNA de interesse. Várias são as formas de processá-la na busca por essas regiões. Uma delas consiste na comparação da seqüência sendo analisada com outras seqüências relacionadas. Esse é o princípio básico de um campo recente de pesquisa denominado genômica comparativa. O objetivo principal desse projeto é uso dos conceitos e técnicas ligadas a esse campo na busca por regiões funcionais em seqüências genômicas, com ênfase na identificação dos genes. Para isso, é proposto o uso de um alinhamento especial, denominado alinhamento sintênico, aliado à comparação de várias seqüências (e não apenas duas) em busca das verdadeiras regiões funcionais.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / Guilhereme Pimentel Teles - Integrante., Financiador(es): Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 7

• 2006 - 2008

  Algoritmos Paralelos com Programação Dinâmica para Problemas de Otimização Combinatória (Chamada Fundect Nº 02/2005 - UNIVERSAL), Descrição: A técnica de programação dinâmica tem produzido soluções eficientes para muitos problemas de otimização com diversas aplicações práticas. Dentre eles, podemos citar os mais famosos como o problema da maior subseqüência comum com aplicações em processamento de textos e em biologia molecular computacional, problema da construção dos caminhos de custo mínimo entre todos os pares de vértices em um grafo, com aplicações em roteamento de placas VLSI, redes de computadores, transporte de cargas, telecomunicações e geoprocessamento, problema da tringularização ótima de um polígono convexo, com aplicações em geometria computacional, computação gráfica e visão computacional. Por outro lado, a computação paralela consiste de um conjunto de processadores interligados que juntos resolvem um determinado problema, de forma mais rápida que a computação seqüencial, a qual utiliza somente um processador. Em áreas que trabalham com um grande quantidade de informações, como por exemplo, biologia computacional, processamento de imagens, modelagem e simulação de grandes sistemas, entre outras o uso de paralelismo tem conseguido acelerações de tempo significativas. Neste projeto propomos o desenvovimento de algoritmos paralelos realísticos para solucionar problemas de otimização através da técnica de programação dinâmica com economia de tempo e espaço. Implementações desses algoritmos serão projetadas para solucionar esses problemas e aplicá-las a casos reais em biologia molecular computacional, geoprocessamento, computação gráfica, entre outros.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) . , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Marco Aurélio Stefanes - Coordenador / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Édson Norberto Cáceres - Integrante / Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante., Financiador(es): Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.

• 2005 - 2007

  Otimização Combinatória: Teoria, Projeto de Algoritmos e Aplicações (Edital Universal CNPq), Descrição: O objetivo desse projeto é o estudo de problemas de otimização combinatória. Temos particular interesse em projeto de algoritmos de aproximação e em resultados de inaproximabilidade para tais problemas. Consideraremos em nossas pesquisas problemas clássicos da teoria dos grafos, problemas de empacotamento e problemas em biologia computacional.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (5) . , Integrantes: Said Sadique Adi - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / José Coelho de Pina Júnior - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Márcia Rosana Cerioli - Integrante / Paulo Feofiloff - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante., Financiador(es): Universidade de São Paulo - Cooperação / Universidade Federal do Rio de Janeiro - Cooperação / Universidade Federal de Mato Grosso do Sul - Cooperação / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

Prêmios