Marcus Fabiano de Almeida Mendes

Formação complementar

Participação em eventos

Produções bibliográficas

• VIANNA, PRISCILA ; MENDES, MARCUS F.A. ; BRAGATTE, MARCELO A. ; FERREIRA, PRISCILA S. ; SALZANO, FRANCISCO M. ; BONAMINO, MARTIN H. ; VIEIRA, GUSTAVO F. . pMHC Structural Comparisons as a Pivotal Element to Detect and Validate T-Cell Targets for Vaccine Development and Immunotherapy-A New Methodological Proposal. Cells , v. 8, p. 1488, 2019.

• ANTUNES, DINLER A. ; RIGO, MAURÍCIO M. ; FREITAS, MARTIELA V. ; Mendes, Marcus F. A. ; SINIGAGLIA, MARIALVA ; LIZÉE, GREGORY ; KAVRAKI, LYDIA E. ; SELIN, LIISA K. ; CORNBERG, MARKUS ; VIEIRA, GUSTAVO F. . Interpreting T-Cell Cross-reactivity through Structure: Implications for TCR-Based Cancer Immunotherapy. Frontiers in Immunology , v. 8, p. 1210, 2017.

• MENDES, MARCUS F.A. ; ANTUNES, DINLER A. ; RIGO, MAURÍCIO M. ; SINIGAGLIA, MARIALVA ; VIEIRA, GUSTAVO F. . Improved structural method for T-cell cross-reactivity prediction. Molecular Immunology , v. 67, p. 303-310, 2015.

• MENEGATTI RIGO, MAURÍCIO ; AMARAL ANTUNES, DINLER ; VAZ DE FREITAS, MARTIELA ; FABIANO DE ALMEIDA MENDES, MARCUS ; MEIRA, LINDOLFO ; SINIGAGLIA, MARIALVA ; FIORAVANTI VIEIRA, GUSTAVO . DockTope: a Web-based tool for automated pMHC-I modelling. Scientific Reports , v. 5, p. 18413, 2015.

• FIGUEIREDO, DANIELI FORGIARINI ; ANTUNES, DINLER A. ; RIGO, MAURÍCIO M. ; MENDES, MARCUS F.A. ; SILVA, JADER P. ; MAYER, FABIANA Q. ; MATTE, URSULA ; GIUGLIANI, ROBERTO ; VIEIRA, GUSTAVO F. ; SINIGAGLIA, MARIALVA . Lessons from molecular modeling human -l-iduronidase. Journal of Molecular Graphics & Modelling , v. 54, p. 107-113, 2014.

• Alves, Ronnie ; Mendes, Marcus ; Bonnato, Diego . A Network-Based Meta-analysis Strategy for the Selection of Potential Gene Modules in Type 2 Diabetes. Lecture Notes in Computer Science , v. 8213, p. 160-169, 2013.

• Abegg, Maxwel A. ; Lucietto, Rodrigo ; Alabarse, Paulo V. G. ; MENDES, M. F. A. ; Benfato, Mara Silveira . Differential Resistance to Oxidants and Production of Hydrolytic Enzymes in Candida albicans. Mycopathologia (1975. Print) , v. 171, p. 35-41, 2011.

• Alabarse, Paulo Vinicius Gil ; Hackenhaar, Fernanda Schäfer ; Medeiros, Tássia Machado ; Mendes, Marcus Fabiano Almeida ; Viacava, Paula Ramos ; Schüller, Ártur Krumberg ; Salomon, Tiago Boeira ; Ehrenbrink, Guilherme ; Benfato, Mara Silveira . Oxidative stress in the brain of reproductive male rats during aging. Experimental Gerontology , v. 46, p. 241-248, 2011.

• ALVES, R. ; MENDES, M. F. A. ; BONATTO, D. . A Network-Based Meta-analysis Strategy for the Selection of Potential Gene Modules in Type 2 Diabetes. In: 8th Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2013, Recife. 8th Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2013, Recife. Advances in Bioinformatics and Computational Biology - Lecture Notes in Computer Science. New York: Springer International Publishing, 2013. v. 8213. p. 160-169.

• MENDES, M. F. A. ; ANTUNES, D. A. ; RIGO, M. M. ; SINIGAGLIA, M. ; VIEIRA, G. F. . Cross-reactivity prediction among Dengue Virus serotypes: Applications to vaccine design. In: Keystone Symposia meeting on Advancing Vaccines in the Genomics Era, 2013, Rio de Janeiro. Advancing Vaccines in the Genomics Era, 2013.

• MENDES, M. F. A. ; ANTUNES, D. A. ; RIGO, M. M. ; SINIGAGLIA, M. ; VIEIRA, G. F. . Predição da reatividade cruzada por meio clusterização hierárquica de complexos p:MHC.. In: VI escola de modelagem molecular em sistemas biológicos, 2012, Petrópolis/RJ. VI escola de modelagem molecular em sistemas biológicos, 2012.

• MENDES, M. F. A. ; ABEGG, M. A. ; ALABARSE, P. ; Schüller, A. K. ; HACKENHAAR, F. S. ; MEDEIROS, T. M. ; SALOMON, T. B. ; BENFATO, M. S. . Protein and Lypid Damage Sensitive in Candidas sp.. In: Free Radicals and Antioxidants in Chile 2009, 2009, Santiago. Free Radicals and Antioxidants in Chile 2009. Santiago: Salviat Impresores, 2009. p. 140-140.

• MENDES, M. F. A. ; ABEGG, M. A. ; ALABARSE, P. ; Schüller, A. K. ; MEDEIROS, T. M. ; HACKENHAAR, F. S. ; SALOMON, T. B. ; BENFATO, M. S. . SENSIBILIDADE A DANOS EM PROTEÍNA E LIPÍDIOS EM CANDIDAS SP. In: XXI Salao de Iniciacao Cientifica, 2009, 2009, Porto Alegre. Livro de Resumos do XXI Salao de Iniciacao Cientifica, 2009.

• Schüller, A. K. ; MENDES, M. F. A. ; VIACAVA, P. R. ; ALABARSE, P. ; HACKENHAAR, F. S. ; BENFATO, M. S. . NÍVEIS DE DANO OXIDATIVO EM PROTEÍNAS E ATIVIDADE DA ENZIMA CATALASE EM RATOS EXPOSTOS À FUMAÇA. In: XXI Salao de Iniciacao Cientifica, 2009, 2009, Porto Alegre. Livro de Resumos do XXI Salao de Iniciacao Cientifica, 2009.

• ABEGG, M. A. ; MENDES, M. F. A. ; ALABARSE, P. ; HACKENHAAR, F. S. ; Schüller, A. K. ; MEDEIROS, T. M. ; SALOMON, T. B. ; BENFATO, M. S. . Response to oxidative stress in eight human pathogenic species of the Genus Candida. In: XI Reunião Anual do Programa de Pós-graduação em Biologia Celular e Molecular do Centro de Biotecnologia da UFRGS, 2009, 2009, Porto Alegre. Livro de Resumos PPGBCM, 2009. p. 86-86.

• BARROS, L. ; SANTOS, P. T. ; PRETTI, M. A. ; VIEIRA, G. F. ; BRAGATTE, M. ; MENDES, M. F. A. ; FREITAS, M. ; SCHERER, N. ; OLIVEIRA, I. ; RAPOZO, D. C. ; FERNANDES, P. ; SIMAO, T. ; LIMA, S. ; BORONI, M. ; PINTO, L. F. ; BONAMINO, M. . High infiltration of B cells in tertiary lymphoid structures, TCR oligoclonality, and neoantigens are part of esophageal squamous cell carcinoma microenvironment. JOURNAL OF LEUKOCYTE BIOLOGY , 2020.

• Mendes, Marcus F. A. ; RIGO, M. M. ; ANTUNES, D. A. ; SINIGAGLIA, M. ; VIEIRA, G. F. . Predição de reatividade cruzada por meio de clusterização hierarquica de complexos p:MHC. 2012. (Apresentação de Trabalho/Outra).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2014 - Atual

  MatchTope: Ferramenta de predição de reatividade cruzada, Descrição: Ferramenta de predição de reatividade cruzada, que utliza como entrada dados de similaridade da área acessíveis por solvente e a distribuição eletrostática da região de interação do receptor de células T entre complexos de péptidos: HLA: 0201.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Marcus Fabiano de Almeida Mendes - Integrante / VIEIRA, GUSTAVO F. - Coordenador.

• 2012 - 2014

  Construção de redes de reatividade cruzada a partir da inferência de relações de similaridade da área acessível ao solvente e da distribuição eletrostática da região de interação com o receptor de células T entre complexos peptídeo:HLA:0201, Descrição: Neste trabalho, nós utilizamos características estruturais dos complexos p:MHC de regiões de contato com o TCR e um diferente método de analise estatística para melhorar a técnica de predição de reatividade cruzada previamente publicada pelo nosso grupo. Assim, o nosso grupo de análise inclui um grupo de 28 epitopos de hepatite C, usado para testar a antiga abordagem, mais 8 epitopos de 4 subtipos de dengue testados in vitro em um trabalho previamente publicado. Utilizando a analise de clusterização hierárquica (HCA) com cálculo de bootstraps com os dados extraídos do potencial eletrostástico e a superfície acessível ao solvente (ASA) de regiões selecionadas do p:MHC, foi criado uma rede com complexos de p:MHC, os quais agrupam corretamente complexos que possuem reatividade cruzada em um ramo e os que não possuem reatividade cruzada em outros ramos. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Marcus Fabiano de Almeida Mendes - Coordenador / Dinler Amaral Antunes - Integrante / Mauricio Meneghati RIgo - Integrante / Marialva Sinigaglia - Integrante / Gustavo Fioravanti Vieira - Integrante.

• 2010 - 2012

  Consensus cliques in gene co-expression networks: Candidate gene modules in type 2 diabetes, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcus Fabiano de Almeida Mendes - Coordenador.

• 2008 - 2010

  Determinação das Defesas Antioxidantes e Dano Oxidativo em Ratos Reprodutores e Não Reprodutores, Descrição: Estudos de defesas antioxidantes e danos oxidativos em ratos reprodutores e não reprodutores.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcus Fabiano de Almeida Mendes - Integrante / paulo alabarse - Coordenador / Ártur K. Schüller - Integrante / Fernanda S. Hackenhaar - Integrante / Tássia Machado Medeiros - Integrante.

• 2007 - 2010

  Defesas antioxidantes e dano oxidativo em espécies patogênicas de Candida não-albicans, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcus Fabiano de Almeida Mendes - Integrante / paulo alabarse - Integrante / Ártur K. Schüller - Integrante / Fernanda S. Hackenhaar - Integrante / Maxwel Adriano Abegg - Coordenador.

• 2006 - 2010

  Determinação da Atividade Enzimática das Defesas Antioxidantes em Ratos Reprodutores, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcus Fabiano de Almeida Mendes - Integrante / paulo alabarse - Coordenador / Ártur K. Schüller - Integrante / Fernanda S. Hackenhaar - Integrante / Tássia Machado Medeiros - Integrante.