Anderson Paulo Avila Santos

Pós-doutorado

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Produções bibliográficas

• AVILA SANTOS, ANDERSON P. ; DE ALMEIDA, BRENO L. S. ; BONIDIA, ROBSON P. ; STADLER, PETER F. ; STEFANIC, POLONCA ; MANDIC-MULEC, INES ; ROCHA, ULISSES ; SANCHES, DANILO S. ; DE CARVALHO, ANDRÉ C.P.L.F. . BioDeepfuse: a hybrid deep learning approach with integrated feature extraction techniques for enhanced non-coding RNA classification. RNA Biology , v. 21, p. 1-12, 2024.

• FREITAS, JOSÉ ALEXANDRE DE ; OLIVEIRA, MATEUS ; MARTINELLI, CARLOS ; AMORIM, FERNANDO ; TODA, ARMANDO M. ; PALOMINO, PAULA ; KLOCK, ANA C. T. ; GUERINO, GUILHERME ; AVILA-SANTOS, ANDERSON P. ; RODRIGUES, LUIZ . Sensation in Gamification: A Qualitative Investigation of Background Music in Gamified Learning. Journal on Interactive Systems , v. 15, p. 810-822, 2024.

• AVILA SANTOS, ANDERSON PAULO ; KABIRU NATA?ALA, MUHAMMAD ; KASMANAS, JONAS COELHO ; BARTHOLOMÄUS, ALEXANDER ; KELLER-COSTA, TINA ; JURBURG, STEPHANIE D. ; TAL, TAMARA ; CAMARINHA-SILVA, AMÉLIA ; SARAIVA, JOÃO PEDRO ; PONCE DE LEON FERREIRA DE CARVALHO, ANDRÉ CARLOS ; STADLER, PETER F. ; SIPOLI SANCHES, DANILO ; ROCHA, ULISSES . The AnimalAssociatedMetagenomeDB reveals a bias towards livestock and developed countries and blind spots in functional-potential studies of animal-associated microbiomes. Animal Microbiome , v. 5, p. 48, 2023.

• BONIDIA, ROBSON P ; SANTOS, ANDERSON P AVILA ; DE ALMEIDA, BRENO L S ; STADLER, PETER F ; DA ROCHA, ULISSES N ; SANCHES, DANILO S ; DE CARVALHO, ANDRÉ C P L F . BioAutoML: automated feature engineering and metalearning to predict noncoding RNAs in bacteria. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS , v. 23, p. 1-13, 2022.

• BONIDIA, ROBSON P. ; AVILA SANTOS, ANDERSON P. ; DE ALMEIDA, BRENO L. S. ; STADLER, PETER F. ; NUNES DA ROCHA, ULISSES ; SANCHES, DANILO S. ; DE CARVALHO, ANDRÉ C. P. L. F. . Information Theory for Biological Sequence Classification: A Novel Feature Extraction Technique Based on Tsallis Entropy. Entropy , v. 24, p. 1398, 2022.

• NATA?ALA, MUHAMMAD KABIRU ; AVILA SANTOS, ANDERSON P. ; COELHO KASMANAS, JONAS ; BARTHOLOMÄUS, ALEXANDER ; SARAIVA, JOÃO PEDRO ; GODINHO SILVA, SANDRA ; KELLER-COSTA, TINA ; COSTA, RODRIGO ; GOMES, NEWTON C. M. ; PONCE DE LEON FERREIRA DE CARVALHO, ANDRÉ CARLOS ; STADLER, PETER F. ; SIPOLI SANCHES, DANILO ; NUNES DA ROCHA, ULISSES . MarineMetagenomeDB: a public repository for curated and standardized metadata for marine metagenomes. Environmental Microbiome , v. 17, p. 57, 2022.

• RODRIGUES, L. A. L. ; PALOMINO, PAULA T. ; TODA, ARMANDO M. ; KLOCK, ANA C. T. ; OLIVEIRA, WILK ; SANTOS, A. P. A. ; GASPARINI, ISABELA ; ISOTANI, SEIJI . Personalization Improves Gamification. Proceedings of the ACM on Human-Computer Interaction , v. 5, p. 1-25, 2021.

• BONIDIA, ROBSON P. ; RODRIGUES, LUIZ A. L. ; AVILA-SANTOS, ANDERSON P. ; SANCHES, DANILO S. ; BRANCHER, JACQUES D. . Computational Intelligence in Sports: A Systematic Literature Review. Advances in Human-Computer Interaction , v. 2018, p. 1-13, 2018.

• RODRIGUES, LUIZ ; Avila-Santos, Anderson P. ; Silva, Thomaz E. ; da Penha, Rodolfo S. ; Neto, Carlos ; Challco, Geiser ; dos Santos, Ermesson L. ; Souza, Everton ; GUERINO, GUILHERME ; VIEIRA, THALES ; MARINHO, MARCELO ; MACARIO, VALMIR ; BITTENCOURT, IG IBERT ; DERMEVAL, DIEGO ; ISOTANI, SEIJI . Knowledge Tracing Unplugged: From Data Collection to Model Deployment. Knowledge Tracing Unplugged: From Data Collection to Model Deployment. 1ed.: , 2024, v. 14829, p. 91-104.

• AVILA-SANTOS, ANDERSON P. ; RODRIGUES, LUIZ ; VELOSO, THOMAZ E. V. DA ; VIEIRA, THALES ; MARINHO, MARCELO ; MACARIO, VALMIR ; DERMEVAL, DIEGO ; BITTENCOURT, IG IBERT ; ISOTANI, SEIJI . Design, Development and Evaluation of a Lightweight Knowledge-based System for Theoretically-grounded Math Error Classification. In: Simpósio Brasileiro de Informática na Educação, 2024, Brasil. Anais do XXXV Simpósio Brasileiro de Informática na Educação (SBIE 2024), 2024. p. 1756.

• RODRIGUES, LUIZ ; TODA, ARMANDO M. ; PALOMINO, PAULA T. ; KLOCK, ANA C. T. ; AVILA-SANTOS, ANDERSON . Motivation no Jutsu: Exploring the Power of Badge Aesthetics in Gamified Learning. In: Simpósio Brasileiro de Informática na Educação, 2023, Brasil. Anais do XXXIV Simpósio Brasileiro de Informática na Educação (SBIE 2023). p. 631.

• FREITAS, JOSÉ ALEXANDRE DE ; OLIVEIRA, MATEUS ; MARTINELLI, CARLOS ; TODA, ARMANDO M. ; PALOMINO, PAULA T. ; KLOCK, ANA C. T. ; AVILA-SANTOS, ANDERSON P. ; RODRIGUES, LUIZ . Finding Harmony in Gamification: Examining the Role of Music in Gamified Learning. In: Workshop sobre Interação e Pesquisa de Usuários no Desenvolvimento de Jogos, 2023, Brasil. Anais do II Workshop sobre Interação e Pesquisa de Usuários no Desenvolvimento de Jogos (WIPlay 2023), 2023. p. 1.

• RODRIGUES, LUIZ ; ARNDT, DANIEL ; PALOMINO, PAULA ; TODA, ARMANDO ; KLOCK, ANA CAROLINA TOMÉ ; AVILA-SANTOS, ANDERSON ; ISOTANI, SEIJI . Affective Memory in Gamified Learning: A Usability Study. In: Simpósio Brasileiro de Informática na Educação, 2022, Brasil. Anais do XXXIII Simpósio Brasileiro de Informática na Educação (SBIE 2022), 2022. p. 585.

• RODRIGUES, LUIZ ; TODA, ARMANDO M. ; OLIVEIRA, WILK ; PALOMINO, PAULA T. ; AVILA-SANTOS, ANDERSON PAULO ; ISOTANI, SEIJI . Gamification Works, but How and to Whom?. In: SIGCSE '21: The 52nd ACM Technical Symposium on Computer Science Education, 2021, Virtual Event USA. Proceedings of the 52nd ACM Technical Symposium on Computer Science Education. New York: ACM, 2021. p. 184.

• ALMEIDA, B. L. S. ; QUEIROZ, A. P. ; AVILA-SANTOS, ANDERSON P. ; BONIDIA, R. P. ; ROCHA, U. N. ; SANCHES, D. S. ; CARVALHO, A. C. P. L. F. . Feature Importance Analysis of Non-coding DNA/RNA Sequences Based on Machine Learning Approaches. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), 2021. Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 2021. v. 13063. p. 81-92.

• SANTOS, ANDERSON PAULO AVILA ; KASTER, DANIEL DOS SANTOS ; BACCARIN, EVANDRO . Coalitions in Agricultural Supply Chains: A Behavioral Approach in Multi-party Automated Contract Negotiation. In: 2017 IEEE 19th Conference on Business Informatics (CBI), 2017, Thessaloniki. 2017 IEEE 19th Conference on Business Informatics (CBI), 2017. p. 339.

• AVILA-SANTOS, ANDERSON P. ; HULSE, JHONATAN ; KASTER, DANIEL S. ; BACCARIN, EVANDRO . Building Coalitions of Competitors in the Negotiation of Multiparty e-Contracts through Consultations. In: 17th International Conference on Enterprise Information Systems, 2015, Barcelona. Proceedings of the 17th International Conference on Enterprise Information Systems. p. 618.

• AVILA-SANTOS, A. P. ; KASTER, DANIEL S. ; BACCARIN, E. ; NEGREIROS, L. F. ; VIEIRA, S. F. A. . Sistema Integrado de Custo Municipal: uma Ferramenta de Apoio à Tomada de Decisão pelo Gestor Público. In: XI Simpósio Brasileiro de Sistemas de Informação, 2015, Goiânia. Trilha de Sistemas de Governo Eletrônico (SIG), 2015.

• ALMEIDA, B. L. S. ; KAMATH, S. ; A. Avila Santos ; BONIDIA, ROBSON P ; STADLER, P. F. ; OLIVEIRA, A. ; CARVALHO, A. C. P. L. F. ; ROCHA, ULISSES . Exploration of multiple protein language models and over 16 million open reading frames recovered from thousands of terrestrial metagenomes uncover protein domains and families in 13,486 previously unknown orthologs. In: 17th Symposium on Bacterial Genetics and Ecology (BAGECO), 2025, Graz, Austria. Microbial production systems and artificial intelligence, 2025.

• KABIRU NATA?ALA, MUHAMMAD ; Avila Santos, A. P. ; COELHO KASMANAS, JONAS ; Borchert, Eriik ; Zarzycki, Jan ; GOMES, N. C. M. ; KELLER-COSTA, T. ; COSTA, R. ; PERNER, M. ; NIKOLAUSZ, M. ; KLEINSTEUBER, S. ; BERG, I. A. ; ERB, T. J. ; HARMS, H. ; STADLER, P. F. ; ROCHA, U. N. . Unveiling the carbon fixation potential of marine Prokaryotes using MarMAGs, a novel user-friendly database with over 130 thousand metagenome assemble genomes. In: VAAM Annual Conference 2025, 2025, Bochum. Methods and tools, 2025.

• SANTOS, A. P. A. ; ALMEIDA, B. L. S. ; BONIDIA, ROBSON P. ; STADLER, P. F. ; STEFANIC, P. ; MANDIC-MULEC, INES ; DA ROCHA, ULISSES N ; CARVALHO, A. C. P. L. F. . Democratizing Life Sciences Research: How BioDeepFuse May Stimulate Non-computer Scientists to Use Deep Learning. In: Helmholtz AI Conference, 2024, Düsseldorf. Helmholtz AI Conference - Applications of AI, 2024.

• ALMEIDA, B. L. S. ; KAMATH, S. ; SANTOS, A. P. A. ; BONIDIA, ROBSON P. ; STADLER, P. F. ; WIERCKX, N. ; BORCHERT, E. ; ROTHER, D. ; OLIVEIRA, A. ; SANCHES, D. S. ; CARVALHO, A. C. P. L. F. ; DA ROCHA, ULISSES N . HiPfam: Expanding the universe of known protein using large language models. In: Helmholtz AI Conference, 2024, Düsseldorf. Helmholtz AI Conference - Applications of AI, 2024.

• BONIDIA, ROBSON P ; ALMEIDA, B. L. S. ; SANTOS, A. P. A. ; GOEDERT, G. T. ; DA ROCHA, ULISSES N ; STRUCHINER, C. J. ; KONG, J. D. ; CARVALHO, A. C. P. L. F. . AutoAI-Pandemics: Democratizing Machine Learning for Analysis, Study, and Control of Epidemics and Pandemics. In: Helmholtz AI Conference, 2024, Düsseldorf. Helmholtz AI Conference - Applications of AI, 2024.

• Avila Santos, A. P. ; ALMEIDA, B. L. S. ; BONIDIA, ROBSON P ; STADLER, P. F. ; SANCHES, D. S. ; CARVALHO, A. C. P. L. F. ; ROCHA, U. N. . BioMetaExplorer: democratizing the analysis of non- Coding RNA with multi-omics and data-centric AI. In: Helmholtz AI Conference, 2024, Düsseldorf. Helmholtz AI Conference - Applications of AI, 2024.

• AVILA SANTOS, ANDERSON P. ; ALMEIDA, B. L. S. ; BONIDIA, R. P. ; STADLER, P. F. ; ROCHA, U. N. ; SANCHES, D. S. ; CARVALHO, A. C. P. L. F. . Feature Extraction Techniques based on Deep Learning Framework for Enhanced Classification of Non-coding RNA. In: 16th symposium on Genetics and Bacterial Ecology 2023 (BAGECO 2023), 2023, Copenhagen. New approaches/technologies in microbial ecology, 2023.

• BONIDIA, ROBSON P ; AVILA-SANTOS, ANDERSON ; ALMEIDA, B. L. S. ; STADLER, P. F. ; ROCHA, U. N. ; SANCHES, DANILO S ; CARVALHO, A. C. P. L. F. . BioAutoML: end-to-end machine learning package for life sciences. In: 10th Congress of European Microbiologists, 2023, Hamburgo, Alemanha. Poster Presentations, 2023.

• AVILA SANTOS, ANDERSON P. ; NATA?ALA, MUHAMMAD KABIRU ; COELHO KASMANAS, JONAS ; CORREA, F. B. ; BARTHOLOMÄUS, ALEXANDER ; STADLER, P. F. ; CARVALHO, A. C. P. L. F. ; SANCHES, D. S. ; ROCHA, U. N. . HostAssociatedMetagenomeDB: a public repository of curated and standardized metadata of non-human host-associated metagenomes. In: 15th Microsymposium on Small RNA Biology, 2021, Viena. 15th Microsymposium on Small RNA Biology, 2021.

• AVILA SANTOS, ANDERSON P. ; ALMEIDA, B. L. S. ; BONIDIA, ROBSON P. ; STADLER, PETER F. ; ROCHA, U. N. ; SANCHES, D. S. ; CARVALHO, A. C. P. L. F. . FEATURE EXTRACTION TECHNIQUES BASED ON DEEP LEARNING FRAMEWORK FOR ENHANCED CLASSIFICATION OF NON-CODING RNA. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• AVILA-SANTOS, ANDERSON P. ; KASTER, D. S. ; BACCARIN, EVANDRO . 19th IEEE International Conference on BUSINESS INFORMATICS (CBI?17). 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2024 - Atual

  FAIR e Além: Democratizando a Análise do RNA Não Codificante com MultiÔmicas e IA Centrada em Dados, Descrição: Este projeto de pesquisa foca na análise do RNA não codificante (ncRNA) através de uma abordagem Multi-Ômicas, combinando a expertise de Inteligência Artificial (IA) centrada em dados com os princípios FAIR (Findable, Acessível, Interoperável, Reutilizável). A relevância desta pesquisa reside na importância emergente do ncRNA na biologia molecular, onde ele desempenha papéis cruciais em processos celulares e na regulação genética. Nossa metodologia propõe a fusão de conjuntos de dados biológicos diversificados, visando uma compreensão mais aprofundada dos complexos sistemas biológicos. Com a colaboração do Helmholtz Centre for Environmental Research - UFZ, integraremos dados do consórcio CLUE-TERRA, enriquecendo significativamente nossa base de dados. Essa abordagem multifacetada permitirá análises mais detalhadas e descobertas potencialmente transformadoras no campo da medicina personalizada e na compreensão de doenças complexas. Além disso, reconhecemos a necessidade de tornar a análise de dados complexos mais acessível. Portanto, um aspecto chave deste projeto é o desenvolvimento de uma plataforma de fácil uso para a análise de ncRNA, destinada a pesquisadores de diferentes níveis de experiência. Este sistema será projetado com foco na usabilidade, garantindo que pesquisadores ao redor do mundo possam se beneficiar de nossas ferramentas e descobertas. Em nosso compromisso com os princípios FAIR, também estabeleceremos bancos de dados especializados para armazenar e compartilhar dados anotados de alta fidelidade sobre ncRNA e outras regiões genômicas, servindo como um recurso global valioso. A união de análises Multi-Ômicas, IA e princípios FAIR neste Página 2 / 2 projeto apresenta uma oportunidade única para avançar na compreensão das complexidades da vida, prometendo avanços significativos na biologia molecular e celular.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Anderson Paulo Avila Santos - Integrante / Andre Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2023 - 2024

  MEC/FNDE - Gestão Inteligente de Atores Educacionais da Escola com Dados Abertos Conectados, Descrição: Desenvolver uma solução de gestão inteligente da frequência escolar, com alto potencial de adesão das escolas das redes federais, estaduais e municipais, para controle de frequência de alunos do ensino básico, visando o enfrentamento do abandono e da evasão escolar. Esta plataforma deve ser adaptada que implemente uma coleta de dados semiautomática de baixo custo; uma infraestrutura robusta capaz de armazenar, gerenciar, e permitir o monitoramento de uma quantidade massiva de dados; e o uso de algoritmos de Inteligência Artificial para gestão de usuários e alertas preventivos de abandono e evasão automatizados. Além disso, com vistas a ampliar a atuação da solução automatizada de correção textual no contexto da plataforma Acompanhamento Personalizado da Aprendizagem (APA), vinculada ao programa Brasil na Escola (Instituído pela Portaria n 177, de 30 de março de 2021 pelo MEC). Desenvolver-se-á também, como estratégia de engajamento e teste da aplicabilidade da solução, um módulo para correção automática de questões de matemática manuscritas (Valor Aprox: R$ 10.000.000,00).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Anderson Paulo Avila Santos - Integrante / Luiz Antonio Lima Rodrigues - Integrante / Seiji Isotani - Integrante / Ig Ibert Bittencourt Santana Pinto - Integrante / Diego Dermeval - Integrante / Thales Miranda de Almeida Vieira - Coordenador / Valmir Macario Filho - Integrante / Leonardo Brandão Marques - Integrante / Rafael Ferreira Leite de Mello - Integrante., Financiador(es): Fundo Nacional de Desenvolvimento Educacional - Auxílio financeiro.

• 2022 - 2022

  MEC/SEB/FNDE - Gestão do Conhecimento e Aprendizagem Organizacional do Programa Nacional do Livro e do Material Didático, Descrição: Identificação dos gargalos informacionais, planejamento de soluções, e otimização dos processos que subsidiam a integração dos diferentes sistemas e atores do ecossistema vinculados ao PNLD nos seguintes aspectos: (1) gestão do conhecimento de suporte ao acompanhamento e direcionamento do fluxo de informações compartilhadas entre os atores envolvidos na triagem, avaliação, escolha e homologação das obras do PNLD; (2) gestão da aprendizagem organizacional via otimização das decisões relativas aos recursos humanos que tomam parte nos processos de triagem, avaliação, escolha e homologação das obras do PNLD (Valor Aprox. R$ 9.500.000,00).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Anderson Paulo Avila Santos - Integrante / Luiz Antonio Lima Rodrigues - Integrante / Seiji Isotani - Integrante / Ig Ibert Bittencourt Santana Pinto - Coordenador / Diego Dermeval - Integrante.

• 2015 - 2017

  Coalizão de Negociadores Automáticos no Framework SPICA: Avaliação e Evolução, Descrição: Uma cadeia produtiva é uma rede de fornecedores, vendedores, distribuidores, transportadores e armazéns que participam na venda, entrega e produção de um produto específico. Ela é composta por elementos distribuídos, heterogêneos e autônomos. O uso de meios computacionais para a execução de transações comerciais tem crescido constantemente. Desta forma, contratos serão escritos e assinados por meios eletrônicos e a negociação será executada por agentes de software. O estabelecimento de contratos entre parceiros em um cadeia produtiva pode ser um instrumento para a formação de organizações virtuais e coalizões. Organizações virtuais (OV) são alianças dinâmicas entre empresas que, juntas, beneficiam-se da economia de escala. O processo de construção da OV é feito, neste contexto, por meio da negociação de contratos multilaterais entre seus componentes. Outra forma de associação entre negociadores são as coalizões. Elas diferem das OVs pelo fato de que as últimas são formadas e produzem seus efeitos após a negociação e assinatura do contrato, enquanto que coalizões são construídas antes da negociação e produzem seu efeitos durante o processo de negociação, podendo desfazer-se após seu encerramento. Contratos e negociações multilaterais são bastante adequados tanto para OVs quanto para coalizões. O framework SPICA provê contratos multilaterais e um protocolo de negociação para tais contratos. Recentemente, o protocolo foi estendido para permitir coalizão entre negociadores. Este projeto visa avaliar com maior profundidade a eficiência destas coalizões... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Anderson Paulo Avila Santos - Integrante / Daniel dos Santos Kaster - Integrante / Evandro Baccarin - Coordenador / Jhonatan G. S. Hulse - Integrante.

• 2013 - 2015

  Custos e Desempenho de Unidades Escolares Municipais: Subsídios para um Sistema de Monitoramento e Avaliação de Escolas Municipais do Estado do Paraná, Descrição: O processo de evolução da administração pública brasileira é marcado pela gestão dos governos, pela pressão social e pela necessidade de adaptação do Estado às necessidades dos cidadãos frente aos serviços públicos. Sucessivas reformas administrativas vêm procurando implementar os princípios de eficiência, transparência e controle social. No entanto, apenas a verificação de saldos positivos e negativos do orçamento público não oferece grande contribuição para o controle social. É preciso que os dados dos serviços prestados à população se transformem em informações acessíveis à linguagem desse público, a fim de possibilitar a avaliação do desempenho da administração pública. Assim, percebe-se que a organização da contabilidade pública atual, que deveria embasar o planejamento, a execução e a avaliação das tomadas de decisão do gestor público, não é capaz de responder às demandas de controle social e de controle interno por si só. Diante disso, a expectativa deste projeto é desenvolver as etapas iniciais de uma proposta maior, cujo propósito é ofertar um sistema de avaliação e monitoramento de custos e de desempenho das 3.431 escolas de ensino fundamental existentes nos 399 municípios paranaenses, conforme dados do IBGE (2012). Com isso, pretende-se superar uma das principais barreiras na produção e no uso de indicadores de gestão entre os municípios e os atores sociais, que é a baixa e assimétrica capacidade de coleta, acesso e processamento de dados sobre políticas públicas. Dessa forma, o objetivo geral da pesquisa é analisar comparativamente a relação entre os custos e o desempenho das unidades escolares dos municípios paranaenses. A presente pesquisa, caracterizada como quantitativa, qualitativa e descritiva, será desenvolvida por meio do levantamento dos dados das escolas de ensino fundamental existentes no Estado do Paraná.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (4) . , Integrantes: Anderson Paulo Avila Santos - Integrante / Daniel dos Santos Kaster - Integrante / Evandro Baccarin - Integrante / Saulo Fabiano Amancio Vieira - Coordenador / Benilson Borinelli - Integrante., Financiador(es): Secretaria da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior do Paraná - Bolsa.

Prêmios