José Rafael Bordin

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Produções bibliográficas

• PINHEIRO, LUCAS AVILA ; SILVA-OLIVEIRA, WALAS ; DE MORAES, ELIZANE E. ; BORDIN, JOSÉ RAFAEL . Exploring the Thermodynamics and Dynamics of CO2 Using Rigid Models. PROCESSES , v. 13, p. 148, 2025.

• CÔRTES, PATRICK R. B. ; LOUBET, NICOLÁS A. ; MOREIRA, LUANA S. ; MENÉNDEZ, CINTIA A. ; APPIGNANESI, GUSTAVO A. ; KÖHLER, MATEUS H. ; BORDIN, JOSÉ RAFAEL . Nanoscale water behavior and its impact on adsorption: A case study with CNTs and diclofenac. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS , v. 162, p. 034701, 2025.

• BORDIN, JOSÉ RAFAEL ; FERREIRA DE MATOS JAURIS, CAROLINA ; CÔRTES, PATRICK RUAM BREDOW ; SOUZA ARAÚJO, WANDERSON ; MOREIRA, LUANA SCHNEIDER ; PEREIRA DOS SANTOS, ALEXSANDRA ; BITENCOUT LEÃO, MAYARA ; MORAES, ELIZANE EFIGÊNIA ; PIOTROWSKI, MAURÍCIO J. ; KÖHLER, MATEUS H. . Computational condensed matter science contributions to addressing water emerging contaminant pollution: A comprehensive review. JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER , v. 37, p. 113004, 2025.

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• S. ARAÚJO, WANDERSON ; CALDEIRA RÊGO, CELSO RICARDO ; GUEDES-SOBRINHO, DIEGO ; CAVALHEIRO DIAS, ALEXANDRE ; RODRIGUES DO COUTO, ISADORA ; BORDIN, JOSÉ RAFAEL ; FERREIRA DE MATOS, CAROLINA ; PIOTROWSKI, MAURÍCIO JEOMAR . Quantum Simulations and Experimental Insights into Glyphosate Adsorption Using Graphene-Based Nanomaterials. ACS Applied Materials & Interfaces , v. 16, p. 31500-31512, 2024.

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• MOREIRA-SOARES, MAURÍCIO ; MOSSMANN, EDUARDO ; TRAVASSO, RUI D M ; BORDIN, JOSÉ RAFAEL . TrajPy: empowering feature engineering for trajectory analysis across domains. Bioinformatics Advances , v. 4, p. vbae026, 2024.

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• MELO, SORAIA ; GUERRERO, PILAR ; MOREIRA SOARES, MAURÍCIO ; BORDIN, JOSÉ RAFAEL ; CARNEIRO, FÁTIMA ; CARNEIRO, PATRÍCIA ; DIAS, MARIA BEATRIZ ; CARVALHO, JOÃO ; FIGUEIREDO, JOANA ; SERUCA, RAQUEL ; TRAVASSO, RUI D. M. . The ECM and tissue architecture are major determinants of early invasion mediated by E-cadherin dysfunction. Communications Biology , v. 6, p. 1132, 2023.

• BORDIN, JOSÉ RAFAEL ; ILHA, ALEXANDRE VARGAS ; CÔRTES, PATRICK RUAM BREDOW ; DA SILVA OLIVEIRA, WALAS ; PINHEIRO, LUCAS AVILA ; DE MORAES, ELIZANE E. ; GRISON, TULIO G. ; KÖHLER, MATEUS H. . Molecular modeling of aquaporins and artificial transmembrane channels: a mini-review and perspective for plants. Theoretical and Experimental Plant Physiology , v. 36, p. 619-634, 2023.

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• LEITE, B. L. G. ; BORDIN, JOSÉ RAFAEL . SIMULAÇÃO COMPUTACIONAL DO DIÓXIDO DE CARBONO EM ESTADO SUPERCRÍTICO EM UM MEIO POROSO. In: 7º Salão Internacional de Ensino, Pesquisa e Extensão, 2015, Alegrete. Anais do Salão Internacional de Ensino, Pesquisa e Extensão 7, 2015.

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• OLIVEIRA, G. R. ; BLAUSIUS, J. ; J. Bordin . EFEITOS DE ANISOTROPIA EM FLUIDOS ANÔMALOS NANOCONFINADOS. In: VI SIEPE, 2014, Bagé. Anais do Salão Internacional de Ensino, Pesquisa e Extensão, 2014. v. 6.

• BORDIN, JOSE' RAFAEL ; KROTT, LEANDRO B. . Distinct dynamical and structural properties of a core-softened fluid when confined between fluctuating and fixed walls. In: I Encontro de Físicos do Sul, 2013, Curitiba. I Encontro de Físicos do Sul, 2013.

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• BORDIN, J. R. ; DIEHL, A. . Grand Canonical Molecular Dynamics in a complex fluid. In: XXXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2010, Águas de Lindóia. XXXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2010.

• J. R. Bordin . Simulational contributions to address water emerging contaminant pollution. 2025. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• BORDIN, J. R. . Simulational contributions to address water emerging contaminant pollution. 2025. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

• MOREIRA SOARES, MAURÍCIO ; MOSSMANN, EDUARDO ; TRAVASSO, RUI D. M. ; BORDIN, JOSÉ RAFAEL . TrajPy: empowering feature engineering for trajectory analysis across domains. 2024. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BORDIN, JOSÉ RAFAEL . About the origin of anomalies in purely repulsive poly(a)morphous systems. 2024. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BORDIN, JOSÉ RAFAEL . About the origin of anomalies in purely repulsive poly(a)morphous systems. 2024. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BORDIN, JOSÉ R. . The Impact of Water Structure on Drug Adsorption on Surfaces: A Case Study of Sodium Diclofenac on Carbon Nanotubes. 2024. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• HERNANDES, VINICIUS F. ; MARQUES, MURILO S. ; Bordin, José Rafael Rafael . Phase classification using neural networks: application to supercooled polymorphic core-softened mixtures.. 2022. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BORDIN, JOSÉ RAFAEL . Matéria Mole do Nano ao Micro. 2022. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BORDIN, JOSÉ RAFAEL . Nanofluidics: from basic understanding to applications. 2022. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• HERNANDES, VINICIUS F. ; MARQUES, MURILO SODRÉ ; J. R. Bordin . Phase classification in supercooled, polymorphic core-softened mixtures using neural networks. 2021. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• MOREIRA-SOARES, M. ; CUNHA, S. P. ; TRAVASSO, R. D. M. ; BORDIN, JOSÉ RAFAEL . Adhesion modulation of cell morphology and migration. 2020. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• BORDIN, JOSÉ RAFAEL ; KÖHLER, MATEUS H. . Surface, density and temperature effects on the water diffusion and structure inside narrow nanotubes.. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BORDIN, J. R. . Research in Soft Matter - an overview. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BORDIN, JOSÉ RAFAEL . Confinement effects on Janus Nanoparticles. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BORDIN, JOSÉ RAFAEL . USO DE NANOPARTÍCULAS JANUS PARA RECUPERAÇÃO AVANÇADA DE ÓLEO E REDUÇÃO DO IMPACTO AMBIENTAL. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BORDIN, JOSÉ RAFAEL . Self-assembly and Waterlike Anomalies in Janus Nanoparticles.. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BORDIN, JOSE' RAFAEL ; KROTT, LEANDRO B. . Distinct dynamical and structural properties of a core-softened fluid when confined between fluctuating and fixed walls. 2013. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

• BORDIN, JOSE' RAFAEL ; KROTT, LEANDRO B. . Water-like fluid confined in flexible and rigid nanopores. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• KÖHLER, MATEUS HENRIQUE ; NOLASCO, M. A. B. ; BORDIN, JOSÉ RAFAEL . Quantum, all-atom and coarse-grained molecular modeling of liquid crystal polymers. Duxford: Elsevier/Woodhead Publishing, 2022 (Seção em Capítulo de Livro).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2023 - Atual

  Fenômenos Coletivos em Matéria Mole e Biológica, Descrição: O projeto em questão, aprovado no edital Projeto em cooperação com comprovada articulação internacional do CNPq, tem como objetivo principal utilizar uma abordagem multidisciplinar, com uma equipe composta por pesquisadores de diferentes países da América do Sul e da Europa, para estudar fenômenos coletivos em sistemas caracterizados por agregação e heterogeneidades induzidas por confinamento e interfaces. Esses fenômenos são relevantes em contextos biológicos e de matéria mole, como a autoassociação de partículas coloidais e a condensação de corpos intracelulares. Esses processos têm implicações em doenças neurológicas, câncer e outras condições, além de serem importantes para o desenvolvimento de nanomateriais para entrega de medicamentos. O projeto também visa investigar propriedades estruturais, termodinâmicas, cinéticas e dinâmicas desses sistemas por meio de abordagens teóricas, simulação computacional e experimentos. A simulação computacional é fundamental para entender os resultados experimentais, e o projeto visa desenvolver abordagens metodológicas e programas otimizados para lidar com a complexidade das tarefas. Com as equipes envolvidas, pretende-se avançar desde a descrição experimental até a exploração computacional desses fenômenos, utilizando diferentes abordagens físicas, químicas e biológicas. Destacase que os pesquisadores nacionais envolvidos são jovens doutores emergentes em universidades do interior, de forma que o projeto irá gerar um grande impacto na internacionalização da pesquisa longe dos grandes centros.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: José Rafael Bordin - Coordenador / KROTT, LEANDRO B. - Integrante / Carolina Ferreira de Matos - Integrante / Mateus Henrique Köhler - Integrante / PIAZZA, FRANCESCO - Integrante / LOMBA, ENRIQUE - Integrante / MARQUES, MURILO S. - Integrante / ILHA, ALEXANDRE VARGAS - Integrante / TRAVASSO, RUI D. M. - Integrante / Carlos Manuel Carlevaro - Integrante / Rosiane Carneiro da Rosa - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2023 - Atual

  Simulação em Multiescalas: de Nanofluídica e Nanomateriais a Células Biológicas, Descrição: Projeto Contemplado com Bolsa de Produtividade PQ1E do CNPq.Nos dedicaremos a estudar como as propriedades dos poros de nanomateriais afetam o comportamento dos fluidos. Água pura será estudada para compreender o comportamento básico dela em nanoporos, assim como água com sais, moléculas biológicas, fármacos, pesticidas fosfatados, corantes iônicos e neutros, hormônios, bactérias e vírus dentro de poros construídos a partir de nanotubos, grafeno e grafeno oxidado, dissulfeto de molibdênio, polímeros e colóides. Efeitos de geometria, da funcionalização destes poros, das propriedades mecânicas, etc, serão explorados computacionalmente para auxiliar no desenvolvimento de nanomateriais com propriedades específicas para remoção de poluentes e sal da água, biosensores e mesmo visando aplicações biomédicas. Também iremos estudar como a adesão entre células afeta suas propriedades de agregação e sua dinâmica. Por exemplo, estamos modelando a influência da perda de E-caderina e fixação de estroma na invasão de células cancerígenas em colaboração com pesquisadores experimentais e teóricos de Portugal e Espanha. Assim, iremos estudar como a organização das células pode afetar processos que vão desde a invasão do câncer até a formação de tecidos de forma a contribuir no desenvolvimento de tratamentos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: José Rafael Bordin - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2022 - 2024

  NANOFLUÍDICA E NANOMATERIAIS: CIÊNCIA BÁSICA e NOVAS TECNOLOGIAS, Descrição: Os feno#770;menos de difusa#771;o e estruturac#807;a#771;o em sistemas complexos esta#771;o intimamente conectados. Principalmente na escala nanome#769;trica, a estrutura assumida pelo fluido possui um papel fundamental nas propriedades difusivas. Compreender a nanofluídica e estas relac#807;o#771;es ainda e#769; um desafio em aberto, pois o comportamento de fluidos nanoconfinados e em interfaces difere do esperado e observado no bulk - muito devido às propriedades do nanomaterial confinante. Igualmente, o entendimento da agregac#807;a#771;o e cristalizac#807;a#771;o de blocos nanométricos de construção para a formac#807;a#771;o de macroestruturas e#769; essencial paranovas tecnologias. As estruturas montadas a partir deste Lego Molecular possuem aplicac#807;o#771;es em va#769;rias a#769;reas da medicina, engenharia e indu#769;stria, e o controle da montagem e#769; um desafio que se impo#771;e. Das inu#769;meras aplicac#807;o#771;es tecnolo#769;gicas decorrentes deste maior entendimento, pode-se ressaltar a captura e estocagem de gases poluentes, filtros altamente seletivos, sensores, descontaminação do solo e dessalinizac#807;a#771;o e purificac#807;a#771;o da a#769;gua. Desta forma, este projeto une uma abordagem computacional de diferentes níveis - de simulações a nível atomístico até mesoescala - em direta colaboração compesquisadores experimentais para o desenvolvimento de novos materiais a partir da compreensão dos processos a nível nanome#769;trico e microme#769;trico que regem desde a obtenção e funcionalização de um nanomaterial até sua aplicação para sistemas complexos. Essa abordagem conjunta e em diferentes níveis permitirá compreender os processos ba#769;sicos e tambe#769;m propo#770;r aplicac#807;o#771;es tecnolo#769;gicas em colaboração com pesquisadores experimentais.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: José Rafael Bordin - Coordenador / P. O. NOGUEIRA, THIAGO - Integrante / CARDOSO, DANIEL SOUZA - Integrante / Alexsandra Pereira dos Santos - Integrante / Walas da Silva Oliveira - Integrante / Alexandre Vargas Ilha - Integrante / Débora Pavani - Integrante / Eduardo Henrique Mossmann - Integrante / Fábio Lunielli da Silva Brum - Integrante / Lucas Avila Pinheiro - Integrante / Milena Costa Guidotti - Integrante., Financiador(es): FUNDACAO DE AMPARO A PESQUISA DO ESTADO DO RIO GRANDE DO SUL - Auxílio financeiro.

• 2019 - 2022

  Difusão e estruturação em sistemas nano e micrométricos: uma abordagem computacional, Descrição: Projeto financiado com resursos do Edital Universal/CNPq 2018 e Bolsa de Produtividade em Pesquisa CNPq. Este projeto abrange tre#770;s assuntos interconectados que o grupo de Sistemas Complexos da UFPel tem se dedicado a pesquisar. O primeiro envolve o estudo do comportamento de fluidos nanoconfinados, ou nanoflu#305;#769;dica. No segundo buscamos compreender as propriedades de agregac#807;a#771;o de sistemas nanome#769;tricos e como obter estruturas meso ou microme#769;tricas a partir de nanopart#305;#769;culas ou mole#769;culas. Por fim, o terceiro ponto deste projeto busca compreender a difusa#771;o em meios complexos, com foco no comportamento de ce#769;lulas e colo#769;ides em meios polime#769;ricos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . , Integrantes: José Rafael Bordin - Coordenador / Alexandre Diehl - Integrante / Thiago Puccinelli - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2017 - 2020

  ESTUDO COMPUTACIONAL DE NANOPARTÍCULAS E MOLÉCULAS AUTOMONTANTES, Descrição: Projeto financiado com recursos do edital PqG Fapergs 2017. Estudo da montagem de nanoestruturas a partir de blocos quı́micos de construção como nanopartı́culas, surfactantes e polı́meros. Estas nanoestruturas possuem aplicações em várias áreas da medicina, engenharia e indústria, e o controle da montagem é um desafio que se impõe. Recentemente, foi sugerido que nanoconfinamento pode ser utilizado para controlar as estruturas formadas. Dentre os métodos disponı́veis para estudar estes sistemas, eu e meus colaboradores utilizaremos simulações moleculares para a análise do comportamento de fluidos nanoconfinados e em interfaces, bem como investigaremos as propriedades estruturais de nanopartı́culas e moléculas auto-montantes.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (1) . , Integrantes: José Rafael Bordin - Coordenador., Financiador(es): FUNDACAO DE AMPARO A PESQUISA DO ESTADO DO RIO GRANDE DO SUL - Auxílio financeiro.

• 2017 - 2020

  Modelagem computacional de sistemas nanométricos: nanoconfinamento e nanoestruturação, Descrição: Projeto financiado com bolsa de produtividade em Pesquisa nível 2 do CNPq. A nanotecnologia tem atraído a atenção dos cientistas devido ao seu caráter revolucionário, e a Fı́sica Estatı́stica possui um papel central nesta revolução. Dentre os diversos sistemas de interesse, a nanofluı́dica apresenta-se como uma das áreas de destaque. Das inúmeras aplicações tecnológicas, pode-se ressaltar a captura e estocagem de gases poluentes, filtros altamente seletivos e dessanilização e purificação da água. Contudo, compreender a nanofluı́dica ainda é um desafio em aberto, pois o comportamento de fluidos nanoconfinados e em interfaces difere do esperado e observado no bulk. Outra área que vem crescendo é a montagem de nanoestruturas a partir de blocos quı́micos de construção como nanopartı́culas, surfactantes e polı́meros. Estas nanoestruturas possuem aplicações em várias áreas da medicina, engenharia e indústria, e o controle da montagem é um desafio que se impõe. Recentemente, foi sugerido que nanoconfinamento pode ser utilizado para controlar as estruturas formadas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: José Rafael Bordin - Coordenador / Alexandre Diehl - Integrante / Barbosa, Marcia C. - Integrante / BATIROLLA KROTT, LEANDRO - Integrante / KÖHLER, MATEUS HENRIQUE - Integrante / Rafael Otto Coelho - Integrante / Thiago Puccinelli - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2014 - 2018

  Propriedades dinâmicas, estruturais e termodinâmicas de fluidos anômalos nanoconfinados., Descrição: Neste projeto utilizaremos simulações computacionais ? métodos de Monte Carlo e Dinâmica Molecular ? para estudar o comportamento da água nanoconfinada. Um foco inicial será dado ao estudo de água confinada em nanocanais de celulose. O entendimento dos processos físicos e químicos nesta matriz porosa é essencial para aprimorar a produção de bioetanol de segunda geração. Também estudaremos o confinamento em rochas (zeólitas), interagindo com a Geologia e Geofísica, além de efeitos de altas pressões e das características do nanoporo nas propriedades do fluido nanoconfinado.Projeto financiado com recursos do Edital Universal 2014 no valor de R$15.000,00.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: José Rafael Bordin - Coordenador / Gabriela Ramos Oliveira - Integrante / Jandir Blausius - Integrante / Aline Lopes Balladares - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2014 - 2017

  Ordenamento de Polieletrólitos em Interfaces, Descrição: O projeto alia estudos computacionais e experimentais para entender o comportamento de polieletrólitos em interfaces água-óleo. Este assunto possui inúmeras aplicações tecnológicas, como: purificação de água, tratamento de água contaminada, recuperação de minerais e terapia gênica, além de fornecer um maior entendimento em processos químicos e biológicos ligados à adsorção de íons, proteínas, surfactantes e macromoléculas em camadas lipídicas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: José Rafael Bordin - Coordenador / Marcia Cristina Bernardes Barbosa - Integrante / Geraldine RIchmond - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

Prêmios