Jonas Weissmann Gaiarsa

Possui graduação em Curso Ciências Moleculares pela Universidade de São Paulo (2007), doutorado em Biotecnologia pela Universidade de São Paulo (2013) e pós-doutorado em Genética pelo Instituto de Biociências da USP. Atuação como Bioinformata TT5 no Instituto de Biociências da USP (2013-2014) e Centro de Facilidades para Pesquisa USP (2015-2017). Bolsista FAPESP de doutorado direto e treinamento técnico nível 5. Selecionado para financiamento e incubação de startup pelos programas Entrepreneur First (GB) e Illumina Accelerator (EUA). Fundador e Bioinformata da Tau GC Bioinformática (2017-2021) que presta serviços de consultoria, pesquisa e desenvolvimento em bioinformática e tecnologia da informação para ciências. Tem experiência na área de Genética, com ênfase em Genômica, atuando principalmente nos seguintes temas: bioinformática, metagenômica e rna-seq. Pesquisador associado do grupo Genomics and Transposable Elements Laboratory (gatelab.ib.usp.br). Assessor ad-hoc de periódicos nacionais e internacionais.

Informações coletadas do Lattes em 09/06/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Biotecnologia

2008 - 2013

Universidade de São Paulo
Título: História evolutiva de carbo-hidrolases ligno-celulósicas da família Xanthomonadaceae
Marie-Anne Van Sluys. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Xanthomonas; Enzimas de degradação; Parede celular vegetal; arroz.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Agrárias / Área: Agronomia / Subárea: Fitossanidade / Especialidade: Fitopatologia. Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Bioinformática. Setores de atividade: Agricultura, Pecuária e Serviços Relacionados; Fabricação de coque, de produtos derivados do petróleo e de biocombustíveis.

Mestrado interrompido em 2009 em Biotecnologia

2008 - Atual

Universidade de São Paulo
Título: Caracterização de enzimas de degradação da parede celular vegetal em Xanthomonadaceae.,Orientador: Marie-Anne Van Sluys
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Ano de interrupção: 2009Palavras-chave: Enzimas de degradação; Parede celular vegetal; Filogenia; Xanthomonadales.Grande área: Ciências AgráriasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular. Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Bioinformática. Setores de atividade: Agricultura, Pecuária e Serviços Relacionados; Fabricação de coque, de produtos derivados do petróleo e de biocombustíveis.

Graduação em Curso Ciências Moleculares

2003 - 2007

Universidade de São Paulo
Título: Análise das toxinas do tipo hemaglutinina, RTX e killer/antikiller presentes em diferentes linhagens da bactéria fitopatogênica Xylella fastidiosa.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Graduação interrompida em 2003 em Engenharia

2003 - Atual

Escola Politécnica da Universidade de São Paulo
Ano de interrupção: 2003

Pós-doutorado

2014 - 2015

Pós-Doutorado. , Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, IBUSP, Brasil. , Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Italiano

Compreende Pouco, Lê Pouco.

Francês

Compreende Pouco, Lê Pouco.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Bioinformática.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

Grande área: Ciências Agrárias / Área: Agronomia / Subárea: Fitossanidade/Especialidade: Fitopatologia.

Organização de eventos

GOLDEMBERG, J. ; CRUZ, C. H. B. ; LYND, L. ; CORTEZ, L. ; SLUYS, M. A. V. ; GAIARSA, J. W. . Global Sustainable Bioenergy Project - The Latin American Convention. 2010. (Congresso).

Participação em eventos

Scientific Issues on Biofuels. 2010. (Oficina).

Xanthomonas Genomics Conference. Plant cell wall degrading enzymes: How many sources in Xanthomonas, Xylella and Stenotrophomonas?. 2009. (Congresso).

International Workshop on Xylella fastidiosa.Analysis of toxins of the hemagglutinin, RTX and killer/antikiller type present in different strains of the phytopathogenic bacteria Xylella fastidiosa.. 2007. (Oficina).

SIICUSP.Análise das toxinas do tipo hemaglutinina, RTX e killer/antikiller presentes em diferentes linhagens da bactéria fitopatogênica Xylella fastidiosa.. 2007. (Simpósio).

SIICUSP.Analise comparativa das toxinas presentes no genoma de diferentes linhagens de Xylella fastidiosa.. 2005. (Simpósio).

Participação em bancas

Aluno: Natália de Souza Araujo

ARIAS, M. C.; SANTOS, I. A.; HARTMANN, K.; CAPURRO, M. L.;GAIARSA, J. W.. Expressão de genes envolvidos no comportamento social em abelhas que apresentam diferentes níveis de eussocialidade. 2017. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo.

Produções bibliográficas

QUEIROZ DE PINHO TAVARES, EVELINE ; CAMARA MATTOS MARTINS, MARINA ; GRANDIS, ADRIANA ; ROMIM, GRAYCE H. ; RUSISKA PIOVEZANI, AMANDA ; WEISSMANN GAIARSA, JONAS ; SILVEIRA BUCKERIDGE, MARCOS . Newly identified miRNAs may contribute to aerenchyma formation in sugarcane roots. Plant Direct , v. 4, p. e00204, 2020.
TAVARES, EVELINE Q P ; DE SOUZA, AMANDA P ; ROMIM, GRAYCE H ; GRANDIS, ADRIANA ; PLASENCIA, ANNA ; GAIARSA, JONAS W ; GRIMA-PETTENATI, JACQUELINE ; DE SETTA, NATHALIA ; VAN SLUYS, MARIE-ANNE ; BUCKERIDGE, MARCOS S . The control of endopolygalacturonase expression by the sugarcane RAV transcription factor during aerenchyma formation. JOURNAL OF EXPERIMENTAL BOTANY (ONLINE) , v. 70, p. 497-506, 2019.
GRANDIS, ADRIANA ; LEITE, DÉBORA C C ; TAVARES, EVELINE Q P ; ARENQUE-MUSA, BRUNA C ; GAIARSA, JONAS W ; MARTINS, MARINA C M ; DE SOUZA, AMANDA P ; GOMEZ, LEONARDO D ; FABBRI, CLAUDIA ; MATTEI, BENEDETTA ; BUCKERIDGE, MARCOS S . Cell wall hydrolases act in concert during aerenchyma development in sugarcane roots. Annals of Botany , v. 124, p. 1067-1089, 2019.
SOUZA, GLAUCIA MENDES VANSLUYS, MARIE-ANNE LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI LEE, HAYAN MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES HOTTA, CARLOS TAKESHI GAIARSA, JONAS WEISSMANN DINIZ, AUGUSTO LIMA OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS FERREIRA, SÁVIO DE SIQUEIRA NISHIYAMA, MILTON YUTAKA TEN-CATEN, FELIPE RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO ANDRADE, PABLO DE MORAIS DESOUZA, ROBSON FRANCISCO NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES PANDYA, RAVI KIM, CHANGSOO GUO, HUI DURHAM, ALAN MITCHELL CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO ZHANG, JISEN ZHANG, XINGTAN ZHANG, QING MING, RAY , et al. SCHATZ, MICHAEL C DAVIDSON, BOB Paterson, Andrew H HECKERMAN, DAVID ; Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience , v. 8, p. giz129, 2019.
CASTOLDI, ANGELA ANDRADE-OLIVEIRA, VINICIUS AGUIAR, CRISTHIANE FAVERO AMANO, MARIANE TAMI LEE, JENNIFER MIYAGI, MARCELLI TERUMI LATÂNCIA, MARCELA TEATIN BRAGA, TARCIO TEODORO DA SILVA, MARINA BURGOS IGNÁCIO, ALINE CAROLA CORREIA LIMA, JOANNA DARCK LOURES, FLAVIO V. ALBUQUERQUE, JOSÉ ANTONIO T. MACÊDO, MARINA BARGUIL ALMEIDA, RAFAEL RIBEIRO GAIARSA, JONAS W. LUÉVANO-MARTÍNEZ, LUIS A. BELCHIOR, THIAGO HIYANE, MEIRE IOSHIE BROWN, GORDON D. MORI, MARCELO A. HOFFMANN, CHRISTIAN SEELAENDER, MARÍLIA FESTUCCIA, WILLIAN T. MORAES-VIEIRA, PEDRO MANOEL , et al. CÂMARA, NIELS OLSEN SARAIVA ; Dectin-1 Activation Exacerbates Obesity and Insulin Resistance in the Absence of MyD88. Cell Reports , v. 19, p. 2272-2288, 2017.
MEIRELES, D.A. ; DOMINGOS, R.M. ; GAIARSA, J.W. ; RAGNONI, E.G. ; BANNITZ-FERNANDES, R. ; DA SILVA NETO, J.F. ; DE SOUZA, R.F. ; NETTO, L.E.S. . Functional and evolutionary characterization of Ohr proteins in eukaryotes reveals many active homologs among pathogenic fungi. Redox Biology , v. 12, p. 600-609, 2017.
FIRETTI, FABIANA ; ZUNTINI, ALEXANDRE RIZZO ; GAIARSA, JONAS WEISMANN ; OLIVEIRA, RENATA SOUZA ; LOHMANN, LÚCIA G. ; VAN SLUYS, MARIE-ANNE . Complete chloroplast genome sequences contribute to plant species delimitation: A case study of the Anemopaegma species complex. AMERICAN JOURNAL OF BOTANY (ELETRONIC VERSION) , v. 104, p. 1493-1509, 2017.
HENRIQUE YOKOMIZO, CESAR ; GERONIMO ALEGRIA, THIAGO ; MEIRELES, DIOGO DE ABREU ; WEISSMANN GAIARSA, JONAS ; GOMES RAGNONI, EDUARDO ; MATEUS DOMINGOS, RENATO ; NETTO, LUIS EDUARDO SOARES . Studies of Disulfide Reductase Activity and Phylogenetic Distribution of Xylella Fastidiosa YbbN Protein. FREE RADICAL BIOLOGY AND MEDICINE , v. 100, p. S115, 2016.
METCALFE, CUSHLA J. ; OLIVEIRA, SARAH G. ; GAIARSA, JONAS W. ; AITKEN, KAREN S. ; CARNEIRO, MONALISA S. ; ZATTI, FERNANDA ; VAN SLUYS, MARIE-ANNE . Using quantitative PCR with retrotransposon-based insertion polymorphisms as markers in sugarcane. JOURNAL OF EXPERIMENTAL BOTANY (ONLINE) , v. 66, p. 4239-4250, 2015.
VITORELLO, C. M. ; Nathalia de Setta ; Guilherme Marcello Queiroga Cruz ; Edgar Andres Ochoa Cruz ; METCALFE, C. J. ; Roberta Alvares Campos ; Carlos Hotta ; Mariane de Mendonça Vilela ; Michel Vincentz ; Fabio T.S. Nogueira ; Renato Vicentini ; Sonia Vautrin ; Glaucia Souza ; Hélene Bérgès ; GAIARSA, J. W. ; João Paulo Kitajima ; SLUYS, M. A. V. . 300 BACs Accomplished. In: Plant & Animal Genomes XX Conference, 2012, San Diego, CA. Plant & Animal Genomes XX Conference, 2012.
Nathalia de Setta ; Guilherme Marcello Queiroga Cruz ; Edgar Andres Ochoa Cruz ; Kleber Alves Gomes ; Roberta Alvares Campos ; Carlos Hotta ; Mariane de Mendonça Vilela ; Michel Vincentz ; Sonia Vautrin ; Glaucia Souza ; Hélene Bérgès ; GAIARSA, J. W. ; João Paulo Kitajima ; SLUYS, M. A. V. . Sugarcane Genome: A Snapshot From 100 Sequenced BACs.. In: Plant & Animal Genomes XIX Conference, 2011, San Diego, CA. Plant & Animal Genomes XIX Conference, 2011.
Roberta Alvares Campos ; ALMEIDA, A. S. S. A. ; KIM, C. ; Lembke, Carolina G ; Nishiyama, Milton Y ; Paterson, Andrew H ; Sato, Paloma M ; GAIARSA, J. W. ; Carlos Hotta ; João Paulo Kitajima ; NUNES, S. L ; SLUYS, M. A. V. ; Glaucia Souza . A strategy to select and sequence sugarcane bacs corresponding to gene-rich regions.. In: III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011, Ilhéus, BA. III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011.
ALMEIDA, A. S. S. A. ; Roberta Alvares Campos ; KIM, C. ; Carlos Hotta ; Lembke, Carolina G ; João Paulo Kitajima ; Paterson, Andrew H ; Guilherme Marcello Queiroga Cruz ; GAIARSA, J. W. ; Sato, Paloma M ; NUNES, S. L ; Nishiyama, Milton Y ; Durham, A.M ; Glaucia Souza . Sugarcane genome annotation based in sorghum genome and ests mapping.. In: III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011, Ilhéus, BA. III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011.
Crivellari, Augusto César ; Guilherme Marcello Queiroga Cruz ; GAIARSA, J. W. ; SLUYS, M. A. V. ; Buckeridge, Marcos S. . Characterization of sugarcane xyloglucan endo transglycosilase ( scXTH) in the SUCEST database.. In: II Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2009, Buzios, RJ. II Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2009.
GAIARSA, J. W. . Data Analysis. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções

GAIARSA, J.W. . RNA-Seq com Galaxy. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

GAIARSA, J.W. . 4 Minicurso: Transcriptômica de novo com RNAseq e Trinity sobre Galaxy - 1ª edição. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

GAIARSA, J.W. . 4 Minicurso: Transcriptômica de novo com RNAseq e Trinity sobre Galaxy - 2ª edição. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

GAIARSA, J.W. ; DEFELICIBUS, A. . 3 Minicurso: Transcriptômica quantitativa com RNAseq e Tuxedo sobre Galaxy ? 2ª Edição. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

GAIARSA, J.W. . 3 Minicurso: Transcriptômica quantitativa com RNAseq e Tuxedo sobre Galaxy ? 3ª Edição. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

GAIARSA, J.W. . 2 Minicurso: Transcriptômica com RNAseq - 2ª edição. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

GAIARSA, J.W. ; DEFELICIBUS, A. . 3 Minicurso: Transcriptômica quantitativa com RNAseq e Tuxedo sobre Galaxy - 1ª Edição. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

GAIARSA, J.W. . 2 Minicurso: Transcriptômica com RNAseq - 1ª edição. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

NETTO, LUIS EDUARDO SOARES ; Cejudo, F.J. ; GAIARSA, J.W. . Workshop - Mecanismos de sinalização redox e resposta a estresse oxidativo em plantas. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

GAIARSA, J. W. . Bioinformática - II Botânica no Inverno. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

GAIARSA, J. W. . Genômica - Bionformática. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

Righi A.A. ; Matsumura A.T ; Lima A.C ; Crivellari, Augusto César ; Figueiredo C.F. ; Amâncio C.E. ; Leite D.C.C. ; Costa E. ; Guilherme Marcello Queiroga Cruz ; LOCOSSELLI, G. M. ; Ferreira G.B. ; Lopes J.C. ; GAIARSA, J. W. ; Elbl P.M. ; Carrara T.B. . I Botânica no Inverno. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Righi A.A. ; Matsumura A.T ; Lima A.C ; Crivellari, Augusto César ; Figueiredo C.F. ; Amâncio C.E. ; Leite D.C.C. ; Costa E. ; Guilherme Marcello Queiroga Cruz ; LOCOSSELLI, G. M. ; Ferreira G.B. ; Lopes J.C. ; GAIARSA, J. W. ; Hernandes J. ; Elbl P.M. ; Carrara T.B. . I Botânica no Inverno. 2011. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Material Didático para o I Botânica no Inverno).

Histórico profissional

Experiência profissional

2013 - 2014

Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Treinamento Técnico - Nível 5, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Bioinformata do Laboratório de Biologia Molecular de Plantas (GaTE Lab) do Departamento de Botânica.

Atividades

08/2013 - 08/2014
Serviços técnicos especializados , Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo.,Serviço realizado, Criação e manutenção de infra-estrutura de TI para serviços de bioinformática; Montagem e anotação de BACs de cana-de-açúcar.

2015 - 2017

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bioinformata, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Facility GENIAL - CEFAP - USP Projeto FAPESP - Análise de dados de sequenciamento NGS (Next-Generation Sequencing): Bioinformática aplicada ao estudo de genomas e transcriptomas. Reformulação de infra-estrutura de TI e criação de um serviço de nuvem para bioinformática baseado em Galaxy. Sessões de de atendimento e orientação para desenho experimental com NGS e consultas de bioinformática.

Atividades

09/2015 - 01/2017
Serviços técnicos especializados , Instituto de Ciências Biomédicas.,Serviço realizado, Reformulação de infra-estrutura de TI e criação de um serviço de nuvem para bioinformática baseado em Galaxy.; Sessões de de atendimento e orientação para desenho experimental com NGS e consultas de bioinformática.

2019 - 2019

Juno Bio

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Chief Science Officer, Carga horária: 40

Outras informações:
Science powered by women There?s been an explosion in our understanding of different microbiomes but the vaginal microbiome has taken a back seat! Women?s health has taken a back seat! At Juno Bio, we?re changing that. We?re taking matters into our own hands and pushing women microbial wellness to the top of the agenda. We?re committed to unravelling the vaginal microbiome and shifting the focus of world-class scientists to finding solutions for women. And we?re doing it with you.

2018 - 2019

Juno Bio

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Chief Technology Officer, Carga horária: 40

Outras informações:
www.juno.bio Science powered by women There?s been an explosion in our understanding of different microbiomes but the vaginal microbiome has taken a back seat! Women?s health has taken a back seat! At Juno Bio, we?re changing that. We?re taking matters into our own hands and pushing women microbial wellness to the top of the agenda. We?re committed to unravelling the vaginal microbiome and shifting the focus of world-class scientists to finding solutions for women. And we?re doing it with you. What even are microbiomes? Microbiomes are the community of bacteria and other microbes that live in and on us. Since the completion of the first part of the Human Microbiome Project in 2015, there?s been an explosion in our understanding of the importance of these communities for our wellbeing. These microbiomes can be found in our mouths, our guts and even in our vaginal tracts. Why am I only just hearing about the vaginal microbiome? Good question. The vaginal microbiome and its impact on women?s lives is only just being unravelled. Research in the space has lagged behind the gut microbiome but very recent work is showing its importance in a myriad of women?s vaginal and reproductive wellness. How do I know what?s in my vaginal microbiome? We tell you! From a simple vaginal swab that you take - think cotton bud, we can tell you exactly what your vaginal microbiome contains. We process the vaginal swab in our labs by extracting all the microbial DNA - that?s just the genetic makeup of the bacteria, not you! - and figure out exactly which microbes they belong to, what they?re known to do and what that means for you. The hard bit is what we?re good at - using bioinformatics and machine learning to give you the deepest insights you can get about just what?s down there. We then send you a report with simple explanations so that you know exactly where you stand. But why should I care about my vaginal microbiome? There?s a crazy amount of re

Atividades

06/2019 - 12/2019
Pesquisa e desenvolvimento, Juno Bio.,Linhas de pesquisa

2017 - 2021

Tau GC Bioinformática

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Fundador - Bioinformata, Carga horária: 40

Outras informações:
www.taugc.com TauGC Bioinformatics - da ideia ao resultado Outsourcing em Bioinformática Soluções rápidas e customizadas