Deyvid Emanuel Amgarten

Atualmente é cientista bioinformata no Genesis Genomics (Joint Venture do Grupo Fleury e Hospital Albert Einstein), atuando com a pesquisa e desenvolvimento de soluções para o diagnóstico de doenças infecciosas. Também atua como Professor Assistente na Faculdade Israelita de Ciências da Saúde Albert Einstein. PhD pelo programa Interunidades em bioinformática da Universidade de São Paulo (2021). A tese teve como tema o desenvolvimento de métodos de aprendizado de máquina para predição de atributos em sequências virais. Mestre em bioinformática pelo mesmo programa (2016). A dissertação desenvolvida envolveu a análise computacional da diversidade viral em amostras metagenômicas do processo de compostagem. Foi pesquisador visitante (2016) no Viral Bioinformatics Resource Center (VBRC) em Victoria, Canada. Bacharel e Licenciado em Ciências Biológicas pelo Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo (2013/2015).Possui experiência na caracterização computacional de sequências biológicas, em virologia, metagenômica e no desenvolvimento de ferramentas de análises bioinformáticas. Possui bom conhecimento em linguagem de programação C, Perl, Python e JAVA básico. Cerificação de arquiteto de soluções na núvem da AWS. Para mais informações, por favor visite: https://sites.google.com/view/deyvid/

Informações coletadas do Lattes em 22/07/2025

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Bioinformática

2017 - 2022

Universidade de São Paulo
Título: Machine Learning Prediction in Genomic Sequences of Prokaryotic Viruses from Metagenomic Datasets
João Carlos Setubal. Coorientador: Aline Maria da Silva. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Bioinformática; machine learning; metagenômica; Virologia; Biologia Molecular.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Metagenômica. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Biologia e Fisiologia dos Microorganismos / Especialidade: Virologia. Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.

Mestrado em Bioinformática

2014 - 2016

Universidade de São Paulo
Título: Análise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana durante o processo de compostagem, Ano de Obtenção: 2016
Orientador: em University of Victoria ( Chris Upton)
com João Carlos Setubal.Coorientador: Aline Maria da Silva. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Bioinformática; vírus; metagenômica; metatranscritômica; bacteriófagos; metagenômica viral. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Biologia e Fisiologia dos Microorganismos / Especialidade: Virologia. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos. Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.

Graduação em Ciências Biológicas

2009 - 2013

Universidade de São Paulo
Título: Desenvolvimento de um componente de anotação automática de vias metabólicas (KEGG) para a plataforma EGene de análise de sequências biológicas
Orientador: Arthur Gruber
com

Formação complementar

2016 - 2016

Introduction to Big Data Hadoop Ecosystems: Hadoop, HBase, and Spark. (Carga horária: 5h). , University of Victoria, UVic, Canadá.

2015 - 2015

Biologia Molecular de Fagos e Aplicações. (Carga horária: 60h). , Universidad de Buenos Aires, UBA, Argentina.

2014 - 2014

Vírus. (Carga horária: 12h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2010 - 2010

Células Tronco e Saude. (Carga horária: 8h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2010 - 2010

Embriologia e Desenvolvimento. (Carga horária: 8h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2009 - 2009

Biologia forense. (Carga horária: 12h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: aprendizado de máquina.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Metagenômica.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Virologia.

Participação em eventos

2nd Brazilian Student Symposium.MARVEL: A pipeline for recovery and analysis of viral genomes from metagenomic shotgun sequencing data. 2017. (Simpósio).

X-meeting on Bioinformatics 2017. MARVEL: A pipeline for recovery and analysis of viral genomes from metagenomic shotgun sequencing data. 2017. (Congresso).

XI Congresso do Departamento de Bioquímica do Instituto de Química, USP. Diversidade no Viroma da Compostagem. 2016. (Congresso).

Molecular Genetics of Bacteria and Phages Meeting. Computational analysis of bacteriophages sequences present in metagenomes and metatranscriptomes of a thermophilic composting operation and genomic characterization of new Pseudomonas phages. 2015. (Congresso).

X-meeting on Bioinformatics 2015. Computational methods for metagenomic data processing in the Metazoo project. 2015. (Congresso).

ISCB-Latin America x-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio!. Diversity of Bacteriophages in Composting. 2014. (Congresso).

18º Simpósio internacional de Iniciações Científicas da Universidade de São Paulo.Desenvolvimento de um Componente de anotação automática de vias metabólicas KEGGpara a plataforma EGene. 2010. (Simpósio).

Encontro de Historia e Filosofia da Biologia. 2009. (Congresso).

Orientou

Gustavo Bezerra de Andrade

Bio-JARVIS: Desenvolvimento de um micro-serviço baseado em IA generativa para geração de textos de interpretação clínica de patógenos em exames de metagenômica; Início: 2024 - Faculdade Israelita de Ciências da Saúde Albert Einstein, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Produções bibliográficas

SEARA-MORAIS, GABRIEL J. ; MIRAGLIA, FERNANDO FRANCO DE OLIVEIRA ; HIDAL, JAIRO TABACOW ; CAMARGO, LUIS FERNANDO ARANHA ; MANGUEIRA, CRISTÓVÃO LUIS PITANGUEIRA ; DOI, ANDRE MARIO ; AMGARTEN, DEYVID EMANUEL ; DORLASS, ERICK GUSTAVO ; SANTANA, RUBIA ANITA FERRAZ ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO . . DIAGNOSTIC MICROBIOLOGY AND INFECTIOUS DISEASE , v. 110, p. 116501, 2024.
MARRA, ALEXANDRE R. ; LOPES, GABRIEL O.V. ; PARDO, ISABELE ; HSIEH, MARIANA KIM ; KOBAYASHI, TAKAAKI ; MARRA, PEDRO S. ; MARSCHALL, JONAS ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO ; AMGARTEN, DEYVID EMANUEL ; DE MELLO MALTA, FERNANDA ; DOS SANTOS, NATHALIA VILLA ; EDMOND, MICHAEL B. . Metagenomic next-generation sequencing in patients with fever of unknown origin: A comprehensive systematic literature review and meta-analysis. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGY AND INFECTIOUS DISEASE , v. 110, p. 116465, 2024.
DE ARAÚJO, ANDREINA CARVALHO ; SILVA, LAURA MORAIS NASCIMENTO ; CHO, ANDREW YONG ; REPENNING, MÁRCIO ; AMGARTEN, DEYVID ; DE MORAES, ANA PAULA ; MALTA, FERNANDA ; MILLER, MICHAEL ; DORLASS, ERICK G. ; PALAMETA, SOLEDAD ; OLIVEIRA, DANIELE BRUNA L. ; DE ARAÚJO, JANSEN ; ARNS, CLARICE WEIS ; DURIGON, EDISON L. ; PINHO, JOÃO RENATO R. ; LEE, DONG-HUN ; FERREIRA, HELENA LAGE . Incursion of Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1) Clade 2.3.4.4b Virus, Brazil, 2023. EMERGING INFECTIOUS DISEASES , v. 30, p. 619-621, 2024.
RIBEIRO, LEIDIANE B. ; RECHE, LUCIANA A. ; NASTRI, ANA C. DE SEIXAS SANTOS ; MALTA, FERNANDA DE MELLO ; AMGARTEN, DEYVID E. ; CASADIO, LUCIANA V. B. ; GONZALEZ, MARIO P. ; ONO, SUZANE K. ; MENDES'CORREA, MARIA C. ; CARRILHO, FLAIR J. ; PINHO, JOÃO R. R. ; GOMES'GOUVÊA, MICHELE S. . Acute Hepatitis Related to Hepatitis E Virus Genotype 3f Infection in Brazil. JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY , v. 96, p. e70024, 2024.
RIVETTI, ANSELMO VASCONCELOS ; REISCHAK, DILMARA ; DE OLIVEIRA, CAIRO HENRIQUE SOUSA ; OTAKA, JULIANA NABUCO PEREIRA ; DOMINGUES, CHRISTIAN STEFFE ; FREITAS, TALITA DE LIMA ; CARDOSO, FERNANDA GOMES ; MONTESINO, LUCAS OLIVEIRA ; DA SILVA, ANA LUIZA SAVIOLI ; CAMILLO, SORAYA CECÍLIA ALBIERI ; MALTA, FERNANDA ; AMGARTEN, DEYVID ; GOÉS-NETO, ARISTÓTELES ; AGUIAR, ERIC ROBERTO GUIMARÃES ROCHA ; DE ALMEIDA, IASSUDARA GARCIA ; PINTO, CARLA AMARAL ; FONSECA, ANTÔNIO AUGUSTO ; CAMARGOS, MARCELO FERNANDES . Phylodynamics of avian influenza A(H5N1) viruses from outbreaks in Brazil. VIRUS RESEARCH , v. 347, p. 199415, 2024.
DE CARVALHO ARAUJO, ANDREINA ; CHO, ANDREW YONG ; SILVA, LAURA MORAIS NASCIMENTO ; CORRÊA, THAIS CAMILO ; DE SOUZA, GABRIELA CRISTINI ; ALBUQUERQUE, ADRIANA SILVA ; MACAGNAN, EDUARDO ; KOLESNIKVOAS, CRISTIANE K. M. ; MEURER, RAFAEL ; VIEIRA, JENYFFER VIERHELLER ; LEMOS, GIULIA GAGLIANONE ; BARRETO, ANDRÉ SILVA ; DICK, JEFERSON LUIS ; GROCH, KARINA REJANE ; DE CASTILHO, PEDRO VOLKMER ; AMGARTEN, DEYVID ; MALTA, FERNANDA ; MILLER, MICHAEL ; DORLASS, ERICK G. ; PALAMETA, SOLEDAD ; et.al . Mortality in sea lions is associated with the introduction of the H5N1 clade 2.3.4.4b virus in Brazil October 2023: whole genome sequencing and phylogenetic analysis. BMC Veterinary Research , v. 20, p. 285, 2024.
THOMAZELLI, LUCIANO M. ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO ; DORLASS, ERICK G. ; OMETTO, TATIANA ; MENEGUIN, CARLA ; PALUDO, DANIELLE ; FRIAS, RODOLFO TEIXEIRA ; MANCINI, PATRICIA LUCIANO ; MONTEIRO, CAIRO ; AICHER, SOPHIE MARIE ; WALKER, DAVID ; SCAGION, GUILHERME P. ; KRAUSS, SCOTT ; FABRIZIO, THOMAS ; PETRY, MARIA VIRGÍNIA ; SCHERER, ANGELO L. ; SCHERER, JANETE ; SERAFINI, PATRICIA P. ; NETO, ISAAC S. ; AMGARTEN, DEYVID EMANUEL ; et.al . Evidence of reassortment of avian influenza A (H2) viruses in Brazilian shorebirds. PLoS One , v. 19, p. e0300862, 2024.
MACHADO, RAFAEL RAHAL GUARAGNA ; CANDIDO, ÉRIKA DONIZETTI ; AGUIAR, ANDRESSA SIMOES ; CHALUP, VANESSA NASCIMENTO ; SANCHES, PATRICIA ROMÃO ; DORLASS, ERICK GUSTAVO ; AMGARTEN, DEYVID EMANUEL ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO ; DURIGON, EDISON LUIZ ; OLIVEIRA, DANIELLE BRUNA LEAL . Immune Evasion of SARS-CoV-2 Omicron Subvariants XBB.1.5, XBB.1.16 and EG.5.1 in a Cohort of Older Adults after ChAdOx1-S Vaccination and BA.4/5 Bivalent Booster. Vaccines , v. 12, p. 144, 2024.
FLORES, VINICIUS S. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; RYON, KRISTA A. ; DANKO, DAVID ; TIERNEY, BRADEN T. ; MASON, CHRISTOPHER ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS . Discovery and description of novel phage genomes from urban microbiomes sampled by the MetaSUB consortium. Scientific Reports , v. 14, p. 7913, 2024.
REISCHAK, DILMARA ; RIVETTI, ANSELMO VASCONCELOS ; OTAKA, JULIANA NABUCO PEREIRA ; DOMINGUES, CHRISTIAN STEFFE ; FREITAS, TALITA DE LIMA ; CARDOSO, FERNANDA GOMES ; MONTESINO, LUCAS OLIVEIRA ; DA SILVA, ANA LUIZA SAVIOLI ; MALTA, FERNANDA ; AMGARTEN, DEYVID ; GOÉS-NETO, ARISTÓTELES ; DE OLIVEIRA, ANTÔNIO FONSECA ; CAMARGOS, MARCELO FERNANDES . First report and genetic characterization of the highly pathogenic avian influenza A(H5N1) virus in Cabot's tern (Thalasseus acuflavidus), Brazil. VETERINARY AND ANIMAL SCIENCE , v. 22, p. 100319, 2023.
MARRA, ALEXANDRE R ; MIRAGLIA, JOÃO LUIZ ; MALHEIROS, DANIEL TAVARES ; GUOZHANG, YANG ; TEICH, VANESSA DAMAZIO ; DA SILVA VICTOR, ELIVANE ; REBELLO PINHO, JOÃO RENATO ; CYPRIANO, ADRIANA ; VIEIRA, LAURA WANDERLY ; POLONIO, MIRIA ; ORNELAS, RAFAEL HERRERA ; DE OLIVEIRA, SOLANGE MIRANDA ; BORGES JUNIOR, FLAVIO ARAUJO ; OLER, SILVIA CRISTINA CASSIANO ; SCHETTINO, GUILHERME DE PAULA PINTO ; DE OLIVEIRA, KETTI GLEYZER ; FERRAZ SANTANA, RÚBIA ANITA ; DE MELLO MALTA, FERNANDA ; AMGARTEN, DEYVID ; BOECHAT, ANA LAURA ; et.al . Effectiveness of Heterologous Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Vaccine Booster Dosing in Brazilian Healthcare Workers, 2021. CLINICAL INFECTIOUS DISEASES , v. XX, p. XX, 2022.
MARRA, ALEXANDRE R. ; MIRAGLIA, JOÃO LUIZ ; MALHEIROS, DANIEL TAVARES ; GUOZHANG, YANG ; TEICH, VANESSA DAMAZIO ; DA SILVA VICTOR, ELIVANE ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO ; CYPRIANO, ADRIANA ; VIEIRA, LAURA WANDERLY ; POLONIO, MIRIA ; ORNELAS, RAFAEL HERRERA ; DE OLIVEIRA, SOLANGE MIRANDA ; BORGES JUNIOR, FLAVIO ARAUJO ; SHIBATA, AUDREY RIE OGAWA ; SCHETTINO, GUILHERME DE PAULA PINTO ; DE OLIVEIRA, KETTI GLEYZER ; FERRAZ SANTANA, RÚBIA ANITA ; DE MELLO MALTA, FERNANDA ; AMGARTEN, DEYVID ; BOECHAT, ANA LAURA ; et.al . Effectiveness of two coronavirus disease 2019 (COVID-19) vaccines (viral vector and inactivated viral vaccine) against severe acute respiratory coronavirus virus 2 (SARS-CoV-2) infection in a cohort of healthcare workers. INFECTION CONTROL AND HOSPITAL EPIDEMIOLOGY , v. xx, p. 1-7, 2022.
AMGARTEN, DEYVID ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS . vHULK, a New Tool for Bacteriophage Host Prediction Based on Annotated Genomic Features and Neural Networks. Phage-Therapy Applications And Research , v. 3, p. 204-212, 2022.
DE MELLO MALTA, FERNANDA ; AMGARTEN, DEYVID ; VAL, FELIPE CAMILO ; CERVATO, MURILO CASTRO ; DE AZEVEDO, BRUNA MASCARO CORDEIRO ; DE SOUZA BASQUEIRA, MARCELA ; DOS SANTOS ALVES, CAMILA OLIVEIRA ; NOBREGA, MARIA SOARES ; DE SOUZA REIS, RODRIGO ; SEBE, PEDRO ; GRETSCHISCHKIN, MICHEL CHIEREGATO ; DE OLIVEIRA, DIEGO DELGADO COLOMBO ; NAKAMURA, CAROLINA NAOMI IZO ; CHAZANAS, PEDRO LUI NIGRO ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO . Mass molecular testing for COVID19 using NGS-based technology and a highly scalable workflow. Scientific Reports , v. 11, p. xxx, 2021.
ARAUJO, DANIELLE BASTOS ; MACHADO, RAFAEL RAHAL GUARAGNA ; AMGARTEN, DEYVID EMANUEL ; MALTA, FERNANDA DE MELLO ; DE ARAUJO, GABRIEL GUARANY ; MONTEIRO, CAIRO OLIVEIRA ; CANDIDO, ERIKA DONIZETTI ; SOARES, CAMILA PEREIRA ; DE MENEZES, FERNANDO GATTI ; PIRES, ANA CAROLINA CORNACHIONI ; SANTANA, RÚBIA ANITA FERRAZ ; VIANA, AMANDA DE OLIVEIRA ; DORLASS, ERICK ; THOMAZELLI, LUCIANO ; FERREIRA, LUIS CARLOS DE SOUSA ; BOTOSSO, VIVIANE FONGARO ; CARVALHO, CRISTIANE RODRIGUES GUZZO ; OLIVEIRA, DANIELLE BRUNA LEAL ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO ; DURIGON, EDISON LUIZ ; et.al . SARS-CoV-2 isolation from the first reported patients in Brazil and establishment of a coordinated task network. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz , v. 115, p. xxxx, 2020.
DE MELLO MALTA, FERNANDA ; AMGARTEN, DEYVID ; NASTRI, ANA CATHARINA DE SEIXAS SANTOS ; HO, YEH-LI ; BOAS CASADIO, LUCIANA VILAS ; BASQUEIRA, MARCELA ; SELEGATTO, GLORIA ; CERVATO, MURILO CASTRO ; DUARTE-NETO, AMARO NUNES ; HIGASHINO, HERMES RYOITI ; FAUSTINO MEDEIROS, FELIPE ARTHUR ; GENDLER, JOSÉ LUIZ PINTO LIMA ; LEVIN, ANNA S. ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO . Sabiá Virus-Like Mammarenavirus in Patient with Fatal Hemorrhagic Fever, Brazil, 2020. EMERGING INFECTIOUS DISEASES , v. 26, p. 1332-1334, 2020.
BRAGA, LUCAS P. P. ; SOUCY, SHANNON M. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; DA SILVA, ALINE M. ; SETUBAL, JOÃO C. . Bacterial Diversification in the Light of the Interactions with Phages: The Genetic Symbionts and Their Role in Ecological Speciation. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION , v. 6, p. 1-12, 2018.
AMGARTEN, DEYVID ; BRAGA, LUCAS P. P. ; DA SILVA, ALINE M. ; SETUBAL, JOÃO C. . MARVEL, a Tool for Prediction of Bacteriophage Sequences in Metagenomic Bins. Frontiers in Genetics , v. 9, p. 304, 2018.
AMGARTEN, DEYVID ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; LOMBARDI, KAREN CRISTINA ; ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL ; DE SOUZA, ANA PAULA SILVA ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES ; KITAJIMA, ELLIOTT WATANABE ; QUAGGIO, RONALDO BENTO ; UPTON, CHRIS ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA . Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC GENOMICS , v. 18, p. 346, 2017.
DORLASS, E. ; AMGARTEN, DEYVID . Bioinformatic Approaches for Comparative Analysis of Viruses. Methods in Molecular Biology. 1ed.: Springer US, 2024, v. , p. 395-425.
ROSSI, F. P. N. ; FLORES, V. S. ; UCEDA-CAMPOS, G. ; AMGARTEN, DEYVID ; SETUBAL, JOÃO C. ; DA SILVA, ALINE M. . Comparative Analyses of Bacteriophage Genomes. Comparative Genomics: Methods and Protocols. 1ed.New York: Springer US, 2024, v. , p. 427-.
AMGARTEN, DEYVID ; UPTON, CHRIS . Bioinformatic Approaches for Comparative Analysis of Viruses. In: João C. Setubal; Jens Stoye; Peter F. Stadler. (Org.). Comparative Genomics: Methods and Protocols. 1ed.: Humana Press, 2017, v. 1704, p. 1-212.
AMGARTEN, DEYVID . Viruses and Bioinformatics (Disponível You tube). 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
AMGARTEN, DEYVID ; Luis Thiberio L. D. Rangel ; Alan M. Durhan ; Arthur Gruber . Desenvolvimento de um Componente de anotação automática de vias metabólicas KEGGpara a plataforma EGene. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

Outras produções

MAXMEN, A. ; ROUX, S. ; AMGARTEN, DEYVID . Machine learning spots treasure trove of elusive viruses. 2018. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

GUIMARAES, M. ; AMGARTEN, DEYVID ; SETUBAL, JOÃO C. ; DA SILVA, ALINE M. . Aliados improváveis. 2017. (Programa de rádio ou TV/Comentário).

AMGARTEN, DEYVID . Análise de dados de sequenciamento de segunda e terceira geração. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

AMGARTEN, DEYVID ; RYIUZO, Raquel. ; CICONELLE, A. ; RODRIGUES, Amanda. ; SOARES, A. C. ; MOURA, L. ; MAJOR, G. ; ROSSI, F. ; BURKE, Paulo. ; SUDRE, I. ; PESSOA, D. ; GUEDES, A. ; SETUBAL, JOÃO C. . Curso de Verão em Bioinformática USP. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

CICONELLE, A. ; AMGARTEN, DEYVID ; MAJOR, G. ; VILLAR, C. ; RUSSO, P. ; RYIUZO, Raquel. ; THOMAS, A. ; SETUBAL, JOÃO C. . Curso de Verão em Bioinformática USP. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

AMGARTEN, DEYVID ; CICONELLE, A. ; VILLAR, C. ; MOURA, L. ; MAJOR, G. ; SETUBAL, JOÃO C. ; Alan M. Durhan . Curso de Verão em Bioinformática USP. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

AMGARTEN, DEYVID . Análise computacional de Sequências Virais em dados de sequenciamento (Palestra). 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

AMGARTEN, DEYVID ; ORPINELLI, F. ; VILLAR, C. ; SILVA, D. ; MOURA, L. ; SOSA, J. ; MEDEROS, M. . Curso de Verão em Bioinformática USP (Organização). 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Prêmios

2017

Best Paper Awards, Brazilian Student Council of the International Society for Computational Biology.

2010

Menção Honrosa - Projeto de Iniciação Científica, 18º SIICUSP - Universidade de São Paulo.

Histórico profissional

Endereço profissional

Faculdade Israelita de Ciências da Saúde Albert Einstein, Engenharia Biomédica. , Avenida Professor Francisco Morato - de 4245 a 4999 - lado ímpar, Vila Sônia, 05521200 - São Paulo, SP - Brasil, Telefone: (11) 21511001, URL da Homepage:

Experiência profissional

2024 - Atual

Faculdade Israelita de Ciências da Saúde Albert Einstein

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Assistente, Carga horária: 8

Outras informações:
Ensino da disciplina de Engenharia de Dados Biomédicos e Machine Learning aplicado à Genômica

Atividades

07/2024
Pesquisa e desenvolvimento, Engenharia Biomédica.,Linhas de pesquisa
07/2024
Ensino, Engenharia Biomédica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Engenharia de dados biomédicos
02/2019
Ensino, Genômica médica e bioinformática, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Machine learning aplicado em genômica

2024 - Atual

Genesis Genomics, Genesis

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Cientista Bioinformata, Carga horária: 40

Outras informações:
Atuo como cientista bioinformata no setor de pesquisa e desenvolvimento para o desenvolvimento de novos testes diagnósticos.

Atividades

04/2024
Pesquisa e desenvolvimento, Pesquisa e Desenvolvimento.,Linhas de pesquisa

2018 - 2024

Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Bioinformata, Carga horária: 40

Outras informações:
Bioinformata atuando com a pesquisa e desenvolvimento de soluções para o diagnóstico de doenças infecciosas.

2014 - 2022

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Aluno-pesquisador

Outras informações:
Desenvolve pesquisa relacionada à dissertação de mestrado "Análise computacional da diversidade de bacteriófagos associada à comunidade microbiana durante o processo de compostagem". Bolsista FAPESP.

2010 - 2011

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista CNPq de IC, Enquadramento Funcional: Aluno-Pesquisador, Carga horária: 12

Outras informações:
Bolsista CNPq de Iniciação Científica com o projeto "Desenvolvimento de um componente de anotação automática de vias metabólicas (KEGG) para a plataforma EGene de análise de sequências biológicas".

Atividades

03/2014
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.,Linhas de pesquisa