José Carlos Merino Mombach

Pós-doutorado

Formação complementar

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Produções bibliográficas

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• GUPTA, S. ; SILVEIRA, D. ; Mombach, José ; HASHIMOTO, R. . Targeting NSCLC drug resistance: Systems biology insights into the MALAT1/miR-145-5p axis and Wip1 in regulating ferroptosis and apoptosis. Journal of The Royal Society Interface , v. 22, p. 1-15, 2025.

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• MOMBACH, J. C. M. . Simulação de redes metabólicas (Palestra convidada no Departamento de Física da USP). 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MOMBACH, J. C. M. . Networks of chemical reactions in cells and the structure of complex systems (Palestra no Laboratoire de physique de la matiere condensee et nanostructres em Lyon). 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MOMBACH, J. C. M. . Networks of chemical reactions in cells and the structure of complex systems (Palestra no Laboratoire de Spectrometrie Physique em Grenoble). 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MOMBACH, J. C. M. . Modelagem de redes celulares e aplicações (palestra convidada no CBIOT - UFRGS). 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MOMBACH, J. C. M. . Bioinformática (Palestra convidada no Departamento de Informática da UCS). 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MOMBACH, J. C. M. . Mecanismos físicos na organização de células biológicas (Palestra convidada no Colóquio de Biofísica da Unisinos). 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MOMBACH, J. C. M. . A quantitative study of cell sorting (Palestra convidada no Departamento de Física da Universidade de Missouri, EUA). 1999. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MOMBACH, J. C. M. . Metastable states in cell sorting (Palestra na Universidade de Notre Dame, EUA). 1999. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MOMBACH, J. C. M. . Propriedades de líquido de tecidos embrionários (Palestra convidada no Departamento de Física da UFPEL). 1998. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MOMBACH, J. C. M. . Estados metaestáveis na segregação celular biológica (Palestra convidada no Departamento de Física da UFF). 1998. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MOMBACH, J. C. M. . Propriedades de líquido de tecidos embrionários (Palestra convidada no Departamento de Física da UFSC). 1997. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2024 - Atual

  Integração da modelagem da dinâmica de redes moleculares com dados de transcriptomas, Projeto certificado pela empresa Instituto do Câncer Infantil do Rio Grande do Sul em 22/04/2024., Descrição: Neste projeto (152984/2024-7), investigamos a dinâmica de redes genéticas regulatórias que controlam o destino celular usando modelos booleanos em diferentes linhagens celulares de tumores pediátricos. Resultados experimentais sugerem que é o comportamento dinâmico da rede genética que determina o destino celular (cell fate) em vários processos biológicos. Além disso, utilizamos análises de bionformática em dados de transcriptoma disponíveis em bancos de dados públicos com o objetivo de integrar dados de mutação e expresão de genes nos modelos lógico para entender o comportamento dinâmico associados aos diferentes perfis genéticos. Este projeto é uma colaboração entre a Universidade Federal de Santa Maria e o Instituto do Câncer Infantil, objetivando integrar a dinâmica de redes booleanas e a análise de dados de transcriptoma, com a finalidade de selecionar possíveis alvos de controle do destino celular em tumores pediátricos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Integrante / Marialva Sinigaglia - Coordenador / SILVEIRA, DANER A. - Integrante.

• 2024 - Atual

  Modelagem in silico da dinâmica de redes moleculares na seleção de alvos de controle do cell fate em tumores pediátricos, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Marialva Sinigaglia em 30/07/2024., Descrição: No Brasil, o câncer infantil é a primeira causa de morte por doença. Neste projeto investigamoscomo a dinâmica de redes genéticas controla o destino celular usando modelos booleanos emtumorespediátricos. A modelagem da dinâmica de redes genéticas regulatórias tem se tornado uma poderosaferramenta no entendimento da complexidade de origem biológica. Resultados experimentais sugerem que é o comportamento dinâmico da rede genética que determina o destino celular (cellfate) de vários processos biológicos, incluindo apoptose, autofagia, senescência celular e a transiçãoepitélio-mesenquimal (EMT). Além disso, vamos personalizar alguns modelos propostos atravésde perfis genéticos de amostras de pacientes com tumores pediátricos. Isso possibilita ummelhordirecionamento para previsão de efeitos de drogas. Por fim, este projeto visa uma colaboração entreo desenvolvimento de pesquisas envolvendo redes booleanas e técnicas de bioinformática entre aUniversidade Federal de SantaMaria e o Instituto do Câncer Infantil de Porto Alegre.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Integrante / Marialva Sinigaglia - Coordenador / Daner Silveira - Integrante., Financiador(es): Instituto do Câncer Infantil do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro.

• 2022 - Atual

  Modelagem da dinâmica de redes de proteínas para seleção de alvos moleculares de controle do cell fate celular, Descrição: A modelagem da dinâmica de redes genéticas regulatórias tem se tornado uma poderosa ferramenta no entendimento da complexidade de origem biológica. Resultados experimentais sugerem que é o comportamento dinâmico da rede genética que determina o destino celular (cell fate) entre apoptose ou senescência celular induzida por danos ao DNA. Enquanto que os mecanismos que desencadeiam a apoptose celular são melhor entendidos, pouco ainda se sabe sobre os que desencadeiam a senescência celular e autofagia. Neste projeto investigamos como a dinâmica de redes genéticas controla o destino celular usando modelos booleanos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador / Marialva Sinigaglia - Integrante / de Oliveira, Luciana R. - Integrante / Daner Silveira - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2019 - 2023

  Construção de células fluorescentes para estudar diversos processos celulares em células tumorais vivas, Descrição: Células do câncer possuem muitas formas de resistir a um tratamento. Neste projeto iremos produzir células coloridas que mostrem o que está acontecendo nas células tumorais quando elas forem tratadas com um quimioterápico. Com isto será possível ver quais 'truques' elas usam para conseguir sobreviver. A grande vantagem destas células que iremos construir é poder ver nas células vivas o que está acontecendo e poder acompanhá-las ao longo do tempo em que elas estão sendo tratadas com o quimioterápico. Fapergs 19/2551-0002277-8. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Integrante / Guido Lenz - Coordenador / Carlos Frederico Martins Menck - Integrante.

• 2013 - 2018

  Modelagem lógica da regulação através de P53 de apoptose e senescência celular humana (304805/2012-2), Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador / Bugs, Cristhian A - Integrante / Claudine Chaouiya - Integrante.

• 2013 - 2016

  Systems Biology of Aging and Age related diseases... (402547/2012-8), Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2011 - 2014

  Superfícies super-repelentes com vocação multifuncional... (Capes: 742/12), Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Integrante / Stella Ramos - Integrante / Flávio Horowitz - Coordenador., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.

• 2010 - 2013

  Ferramentas Computacionais para Análise Funcional de Vias Genéticas em Interatomas (304997/2009-9), Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2010 - 2012

  Sistemas Auto-Organizados: Aplicações multidisciplinares (Fapergs: 10/0008-0), Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Integrante / Rita M C de Almeida - Coordenador / Otávio Costa Acevedo - Integrante., Financiador(es): FUNDACAO DE AMPARO A PESQUISA DO ESTADO DO RIO GRANDE DO SUL - Auxílio financeiro.

• 2010 - 2012

  Laboratório de Modelagem de Sistemas Complexos (Fapergs: 10/1663-0), Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador.

• 2008 - 2010

  Uma arquitetura para a integração de dados de interatoma e transcriptoma de câncer representada na ontologia ONTOCANCRO, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Integrante / Marialva Sinigaglia - Integrante / Rita M C de Almeida - Integrante / Mauro A. A. Castro - Integrante / Giovani Librelotto - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2006 - 2009

  Modelagem de agregados celulares, espumas e redes metabólicas, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2004 - 2008

  Simulação computacional de metabolismo e modelagem de proteínas, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2002 - 2005

  Identificação de proteínas alvo do M. hyopneumoniae através da topologia da rede metabólica, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2000 - 2004

  Simulação do crescimento celular desordenado e da formação de cavidades em agregados de células biológicas, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 1999 - 2003

  Laboratório associado de caracterização de estruturas celulares, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador., Financiador(es): FUNDACAO DE AMPARO A PESQUISA DO ESTADO DO RIO GRANDE DO SUL - Auxílio financeiro.

• 1997 - 2003

  Simulação computacional da reorganização de tecidos embrionários, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.